JAL-3187 JAL-3533 JAL-3535 set feature settings dialog title from view, and stash...
[jalview.git] / resources / lang / Messages.properties
1 action.refresh_services = Refresh Services
2 action.reset_services = Reset Services
3 action.merge_results = Merge Results
4 action.load_scheme = Load scheme
5 action.save_scheme = Save scheme
6 label.scheme_changed = Changes to scheme ''{0}'' have not been saved.<br><br>Save changes, or continue without saving to make a new colour scheme.
7 label.save_changes = Save Changes
8 label.dont_save_changes = Don't Save
9 action.save_image = Save Image
10 action.paste = Paste
11 action.show_html_source = Show HTML Source
12 action.print = Print...
13 action.web_service = Web Service
14 action.cancel_job = Cancel Job
15 action.start_job = Start Job
16 action.revert = Revert
17 action.move_down = Move Down
18 action.move_up = Move Up
19 action.remove_return_datatype = Remove return datatype
20 action.add_return_datatype = Add return datatype
21 action.remove_input_parameter = Remove selected input parameter
22 action.add_input_parameter = Add input parameter
23 action.edit = Edit
24 action.new = New
25 action.open_file = Open file
26 action.show_unconserved = Show Unconserved
27 action.open_new_alignment = Open new alignment
28 action.raise_associated_windows = Raise Associated Windows
29 action.minimize_associated_windows = Minimize Associated Windows
30 action.close_all = Close all
31 action.load_project = Load Project
32 action.save_project = Save Project
33 action.save_project_as = Save Project as...
34 action.quit = Quit
35 label.quit_jalview = Quit Jalview?
36 action.expand_views = Expand Views
37 action.gather_views = Gather Views
38 action.page_setup = Page Setup...
39 action.reload = Reload
40 action.load = Load
41 action.open = Open
42 action.cancel = Cancel
43 action.create = Create
44 action.update = Update
45 action.delete = Delete
46 action.clear = Clear
47 action.accept = Accept
48 action.select_ddbb = --- Select Database ---
49 action.undo = Undo
50 action.redo = Redo
51 action.reset = Reset
52 action.remove_left = Remove left
53 action.remove_right = Remove right
54 action.remove_empty_columns = Remove Empty Columns
55 action.remove_all_gaps = Remove All Gaps
56 action.left_justify_alignment = Left Justify Alignment
57 action.right_justify_alignment = Right Justify Alignment
58 action.boxes = Boxes
59 action.text = Text
60 action.by_pairwise_id = By Pairwise Identity
61 action.by_id = By Id
62 action.by_length = By Length
63 action.by_group = By Group
64 action.unmark_as_reference = Unmark as Reference 
65 action.set_as_reference = Set as Reference 
66 action.remove = Remove
67 action.remove_redundancy = Remove Redundancy...
68 action.pairwise_alignment = Pairwise Alignment
69 action.user_defined = User Defined...
70 action.by_conservation = By Conservation
71 action.wrap = Wrap
72 action.show_gaps = Show Gaps
73 action.show_hidden_markers = Show Hidden Markers
74 action.find = Find
75 action.undefine_groups = Undefine Groups
76 action.make_groups_selection = Make Groups For Selection
77 action.copy = Copy
78 action.cut = Cut
79 action.font = Font...
80 action.scale_above = Scale Above
81 action.scale_left = Scale Left
82 action.scale_right = Scale Right
83 action.by_tree_order = By Tree Order
84 action.sort = Sort
85 action.calculate_tree = Calculate Tree...
86 action.calculate_tree_pca = Calculate Tree or PCA...
87 action.help = Help
88 action.by_annotation = By Annotation...
89 action.invert_sequence_selection = Invert Sequence Selection
90 action.invert_column_selection = Invert Column Selection
91 action.show = Show
92 action.hide = Hide
93 action.ok = OK
94 action.set_defaults = Defaults
95 action.create_group = Create Group
96 action.remove_group = Remove Group
97 action.edit_group = Edit Group
98 action.border_colour = Border colour
99 action.edit_new_group = Edit New Group
100 action.hide_sequences = Hide Sequences
101 action.sequences = Sequences
102 action.ids = IDS
103 action.ids_sequences = IDS and sequences
104 action.reveal_all = Reveal All
105 action.reveal_sequences = Reveal Sequences
106 action.find_all = Find all
107 action.find_next = Find next
108 action.file = File
109 action.view = View
110 action.annotations = Annotations
111 action.change_params = Change Parameters
112 action.apply = Apply
113 action.apply_threshold_all_groups = Apply threshold to all groups
114 action.apply_all_groups = Apply to all Groups
115 action.by_chain = By Chain
116 action.by_sequence = By Sequence
117 action.paste_annotations = Paste Annotations
118 action.format = Format
119 action.select = Select
120 action.new_view = New View
121 action.close = Close
122 action.add = Add
123 action.save_as = Save as...
124 action.save = Save
125 action.change_font = Change Font
126 action.change_font_tree_panel = Change Font (Tree Panel)
127 action.colour = Colour
128 action.calculate = Calculate
129 action.select_all = Select all
130 action.select_highlighted_columns = Select Highlighted Columns
131 tooltip.select_highlighted_columns = Press B to mark highlighted columns, Ctrl-(or Cmd)-B to toggle, and Alt-B to mark all but highlighted columns 
132 action.deselect_all = Deselect all
133 action.invert_selection = Invert selection
134 action.using_jmol = Using Jmol
135 action.link = Link
136 action.group_link = Group Link
137 action.show_chain = Show Chain
138 action.show_group = Show Group
139 action.fetch_db_references = Fetch DB References
140 action.view_flanking_regions = Show flanking regions
141 label.view_flanking_regions = Show sequence data either side of the subsequences involved in this alignment
142 label.structures_manager = Structures Manager
143 label.url = URL
144 label.url\: = URL:
145 label.input_file_url = Enter URL or Input File
146 label.select_feature = Select feature
147 label.name = Name
148 label.name\: = Name:
149 label.name_param = Name: {0}
150 label.group = Group
151 label.group\: = Group:
152 label.group_name = Group Name
153 label.group_description = Group Description
154 label.edit_group_name_description = Edit Group Name/Description
155 label.colour = Colour:
156 label.description = Description
157 label.description\: = Description:
158 label.start = Start:
159 label.end = End:
160 label.current_parameter_set_name = Current parameter set name:
161 label.service_action = Service Action:
162 label.post_url = POST URL:
163 label.url_suffix = URL Suffix
164 label.per_seq = per Sequence
165 label.result_vertically_separable = Results are vertically separable
166 label.amend = Amend
167 label.undo_command = Undo {0}
168 label.redo_command = Redo {0}
169 label.principal_component_analysis = Principal Component Analysis
170 label.average_distance_identity = Average Distance Using % Identity
171 label.neighbour_joining_identity = Neighbour Joining Using % Identity
172 label.choose_calculation = Choose Calculation
173 label.calc_title = {0} Using {1}
174 label.tree_calc_av = Average Distance
175 label.tree_calc_nj = Neighbour Joining
176 label.score_model_pid = % Identity
177 label.score_model_blosum62 = BLOSUM62
178 label.score_model_pam250 = PAM 250
179 label.score_model_smithwatermanscore = Score between two sequences aligned with Smith-Waterman with default Peptide/Nucleotide matrix
180 label.score_model_sequencefeaturesimilarity = Distance measure of average number of features not shared at sequence positions 
181 label.score_model_conservation = Physicochemical property conservation
182 label.score_model_enhconservation = Physicochemical property conservation
183 label.status_bar = Status bar
184 label.out_to_textbox = Output to Textbox
185 label.occupancy = Occupancy
186 # delete Clustal - use FileFormat name instead
187 label.clustal = Clustal
188 # label.colourScheme_<schemeName> as in JalviewColourScheme, spaces removed
189 label.colourScheme_clustal = Clustalx
190 label.colourScheme_blosum62 = BLOSUM62 Score
191 label.colourScheme_%identity = Percentage Identity
192 label.colourScheme_zappo = Zappo
193 label.colourScheme_taylor = Taylor
194 label.colourScheme_hydrophobic = Hydrophobicity
195 label.colourScheme_helixpropensity = Helix Propensity
196 label.colourScheme_strandpropensity = Strand Propensity
197 label.colourScheme_turnpropensity = Turn Propensity
198 label.colourScheme_buriedindex = Buried Index
199 label.colourScheme_purine/pyrimidine = Purine/Pyrimidine
200 label.colourScheme_nucleotide = Nucleotide
201 label.colourScheme_t-coffeescores = T-Coffee Scores
202 label.colourScheme_rnahelices = By RNA Helices
203 label.colourScheme_sequenceid = Sequence ID Colour
204 label.blc = BLC
205 label.fasta = Fasta
206 label.msf = MSF
207 label.pfam = PFAM
208 label.pileup = Pileup
209 label.pir = PIR
210 label.average_distance_blosum62 = Average Distance Using BLOSUM62
211 label.neighbour_blosum62 = Neighbour Joining Using BLOSUM62
212 label.show_annotations = Show annotations
213 label.hide_annotations = Hide annotations
214 label.show_all_seq_annotations = Show sequence related
215 label.hide_all_seq_annotations = Hide sequence related
216 label.show_all_al_annotations = Show alignment related
217 label.hide_all_al_annotations = Hide alignment related
218 label.hide_all = Hide all
219 label.add_reference_annotations = Add reference annotations
220 label.find_tip = Search alignment, selection or sequence ids for a subsequence (ignoring gaps).<br>Accepts regular expressions - search Help for 'regex' for details.
221 label.colour_text = Colour Text
222 label.show_non_conserved = Show nonconserved
223 label.overview_window = Overview Window
224 label.none = None
225 label.above_identity_threshold = Above Identity Threshold
226 label.show_sequence_features = Show Sequence Features
227 label.nucleotide = Nucleotide
228 label.protein = Protein
229 label.nucleotides = Nucleotides
230 label.proteins = Proteins
231 label.to_new_alignment = To New Alignment
232 label.to_this_alignment = Add To This Alignment
233 label.apply_colour_to_all_groups = Apply Colour To All Groups
234 label.modify_identity_threshold = Modify Identity Threshold...
235 label.modify_conservation_threshold = Modify Conservation Threshold...
236 label.input_from_textbox = Input from textbox
237 label.centre_column_labels = Centre column labels
238 label.automatic_scrolling = Automatic Scrolling
239 label.documentation = Documentation
240 label.about = About...
241 label.show_sequence_limits = Show Sequence Limits
242 action.feature_settings = Feature Settings...
243 label.all_columns = All Columns
244 label.all_sequences = All Sequences
245 label.selected_columns = Selected Columns 
246 label.selected_sequences = Selected Sequences
247 label.except_selected_sequences = All except selected sequences
248 label.all_but_selected_region = All but Selected Region (Shift+Ctrl+H)
249 label.selected_region = Selected Region
250 label.all_sequences_columns = All Sequences and Columns
251 label.hide_selected_annotations = Hide selected annotations
252 label.show_selected_annotations = Show selected annotations
253 label.group_consensus = Group Consensus
254 label.group_conservation = Group Conservation
255 label.show_consensus_histogram = Show Consensus Histogram
256 label.show_consensus_logo = Show Consensus Logo
257 label.norm_consensus_logo = Normalise Consensus Logo
258 label.apply_all_groups = Apply to all groups
259 label.autocalculated_annotation = Autocalculated Annotation
260 label.show_first = Show first
261 label.show_last = Show last
262 label.struct_from_pdb = Process secondary structure from PDB
263 label.use_rnaview = Use RNAView for secondary structure
264 label.autoadd_secstr = Add secondary structure annotation to alignment
265 label.autoadd_temp = Add Temperature Factor annotation to alignment
266 label.structure_viewer = Default structure viewer
267 label.double_click_to_browse = Double-click to browse for file
268 label.chimera_path = Path to Chimera program
269 label.chimera_path_tip = Jalview will first try any path entered here, else standard installation locations.<br>Double-click to browse for file.
270 label.invalid_chimera_path = Chimera path not found or not executable
271 label.chimera_missing = Chimera structure viewer not found.<br/>Please enter the path to Chimera (if installed),<br/>or download and install UCSF Chimera.
272 label.chimera_failed = Error opening Chimera - is it installed?\nCheck path in Preferences, Structure
273 label.min_colour = Minimum Colour
274 label.max_colour = Maximum Colour
275 label.no_colour = No Colour
276 label.use_original_colours = Use Original Colours
277 label.threshold_minmax = Threshold is min/max
278 label.represent_group_with = Represent Group with {0}
279 label.selection = Selection
280 label.group_colour = Group Colour
281 label.sequence = Sequence
282 label.view_pdb_structure = View PDB Structure
283 label.min_value = Min value
284 label.max_value = Max value
285 label.no_value = No value
286 label.new_feature = New Feature
287 label.match_case = Match Case
288 label.view_alignment_editor = View in alignment editor
289 label.labels = Labels
290 label.output_values = Output Values...
291 label.output_points = Output points...
292 label.output_transformed_points = Output transformed points
293 label.input_data = Input Data...
294 label.nucleotide_matrix = Nucleotide matrix
295 label.protein_matrix = Protein matrix
296 label.show_bootstrap_values = Show Bootstrap Values
297 label.show_distances = Show distances
298 label.mark_unassociated_leaves = Mark Unassociated Leaves
299 label.fit_to_window = Fit To Window
300 label.newick_format = Newick Format
301 label.select_newick_like_tree_file = Select a newick-like tree file
302 label.colours = Colours
303 label.view_mapping = View Mapping
304 label.wireframe = Wireframe
305 label.depthcue = Depthcue
306 label.z_buffering = Z Buffering
307 label.charge_cysteine = Charge & Cysteine
308 label.all_chains_visible = All Chains Visible
309 label.successfully_added_features_alignment = Successfully added features to alignment
310 label.keyboard_editing_mode = Keyboard editing mode is {0}
311 label.paste_features_annotations_Tcoffee_here = Paste your features / annotations / T-coffee score file here.
312 label.removed_columns = Removed {0} columns.
313 label.removed_empty_columns = Removed {0} empty columns.
314 label.paste_newick_tree_file = Paste your Newick tree file here.
315 label.order_by_params = Order by {0}
316 label.html_content = <html>{0}</html>
317 label.paste_pdb_file= Paste your PDB file here.
318 label.paste_pdb_file_for_sequence = Paste PDB file for sequence {0}
319 label.could_not_parse_newick_file  = Could not parse Newick file\!\n {0}
320 label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment= Successfully pasted T-Coffee scores to alignment.
321 label.failed_add_tcoffee_scores = Failed to add T-Coffee scores: 
322 label.successfully_pasted_annotation_to_alignment= Successfully pasted annotation to alignment.
323 label.couldnt_parse_pasted_text_as_valid_annotation_feature_GFF_tcoffee_file = Couldn't parse pasted text as a valid annotation, feature, GFF, or T-Coffee score file
324 label.successfully_pasted_alignment_file = Successfully pasted alignment file
325 label.paste_your_alignment_file = Paste your alignment file here
326 label.paste_your = Paste your
327 label.finished_searching = Finished searching
328 label.search_results= Search results {0} : {1}
329 label.found_match_for = Found match for {0}
330 label.font = Font:
331 label.size = Size:
332 label.style = Style:
333 label.calculating = Calculating....
334 label.modify_conservation_visibility = Modify conservation visibility
335 label.colour_residues_above_occurrence = Colour residues above % occurrence
336 label.set_this_label_text = set this label text
337 label.sequences_from = Sequences from {0}
338 label.successfully_loaded_file  = Successfully loaded file {0}
339 label.successfully_loaded_matrix  = Successfully loaded score matrix {0}
340 label.successfully_saved_to_file_in_format = Successfully saved to file: {0} in {1} format.
341 label.copied_sequences_to_clipboard = Copied {0} sequences to clipboard.
342 label.check_file_matches_sequence_ids_alignment = Check that the file matches sequence IDs in the alignment.
343 label.problem_reading_tcoffee_score_file = Problem reading T-COFFEE score file
344 label.source_to_target = {0} ... {1}
345 label.per_sequence_only= Per-sequence only
346 label.to_file = to File
347 label.to_textbox = to Textbox
348 label.jalview = Jalview
349 label.csv_spreadsheet = CSV (Spreadsheet)
350 label.status = Status
351 label.channels = Channels
352 label.channel_title_item_count = {0} ({1})
353 label.blog_item_published_on_date = {0} {1} 
354 label.session_update = Session Update
355 label.new_vamsas_session = New Vamsas Session
356 action.load_vamsas_session = Load Vamsas Session...
357 action.save_vamsas_session = Save Vamsas Session
358 label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session= Select a vamsas session to be opened as a new vamsas session.
359 label.open_saved_vamsas_session = Open a saved VAMSAS session
360 label.groovy_console = Groovy Console...
361 label.lineart = Lineart
362 label.dont_ask_me_again = Don't ask me again
363 label.select_eps_character_rendering_style = Select EPS character rendering style
364 label.invert_selection = Invert Selection
365 label.optimise_order = Optimise Order
366 label.seq_sort_by_score = Sequence sort by Score
367 label.load_colours = Load Colours
368 label.save_colours = Save Colours
369 label.load_colours_tooltip = Load feature colours and filters from file
370 label.save_colours_tooltip = Save feature colours and filters to file
371 label.selected_database_to_fetch_from = Selected {0} database {1} to fetch from {2} 
372 label.database_param = Database: {0}
373 label.example = Example
374 label.example_param = Example: {0}
375 label.select_file_format_before_saving = You must select a file format before saving!
376 label.file_format_not_specified = File format not specified
377 label.couldnt_save_file = Couldn't save file: {0}
378 label.error_saving_file = Error Saving File
379 label.remove_from_default_list = Remove from default list?
380 label.remove_user_defined_colour = Remove user defined colour
381 label.you_must_select_least_two_sequences = You must select at least 2 sequences.
382 label.invalid_selection = Invalid Selection
383 label.sequence_selection_insufficient = Sequence selection insufficient
384 label.you_need_at_least_n_sequences = You need to select at least {0} sequences
385 label.not_enough_sequences = Not enough sequences
386 label.selected_region_to_tree_may_only_contain_residues_or_gaps =  The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
387 label.sequences_selection_not_aligned = Sequences in selection are not aligned
388 label.problem_reading_tree_file =  Problem reading tree file
389 label.possible_problem_with_tree_file = Possible problem with tree file
390 label.select_at_least_three_bases_in_at_least_one_sequence_to_cDNA_translation = Please select at least three bases in at least one sequence in order to perform a cDNA translation.
391 label.translation_failed = Translation Failed
392 label.error_when_translating_sequences_submit_bug_report = Unfortunately, something went wrong when translating your sequences.\nPlease take a look in the Jalview java console\nand submit a bug report including the stacktrace.
393 label.implementation_error  = Implementation error:
394 label.automatically_associate_structure_files_with_sequences_same_name = Do you want to automatically associate the {0} structure file(s) with sequences in the alignment that have the same name?
395 label.automatically_associate_structure_files_by_name = Automatically Associate Structure files by name
396 label.ignore_unmatched_dropped_files_info = <html>Do you want to <em>ignore</em> the {0} files whose names did not match any sequence IDs ?</html>
397 label.ignore_unmatched_dropped_files = Ignore unmatched dropped files?
398 label.view_name_original = Original
399 label.enter_view_name = Enter View Name
400 label.enter_label = Enter label
401 label.enter_label_for_the_structure = Enter a label for the structure
402 label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved = The following pdb entries could not be retrieved from the PDB\:\n{0}\nPlease retry, or try downloading them manually.
403 label.couldnt_load_file = Couldn't load file
404 label.couldnt_find_pdb_id_in_file = Couldn't find a PDB id in the file supplied. Please enter an Id to identify this structure.
405 label.no_pdb_id_in_file = No PDB Id in File
406 label.couldnt_read_pasted_text = Couldn't read the pasted text {0}
407 label.error_parsing_text = Error parsing text
408 label.input_alignment_from_url = Input Alignment From URL
409 label.input_alignment = Input Alignment
410 label.couldnt_import_as_vamsas_session = Couldn't import {0} as a new vamsas session.
411 label.vamsas_document_import_failed = Vamsas Document Import Failed
412 label.couldnt_locate = Could not locate {0}
413 label.url_not_found = URL not found
414 label.new_sequence_url_link = New sequence URL link
415 label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view = Cannot edit annotations in wrapped view
416 label.wrapped_view_no_edit = Wrapped view - no edit
417 label.error_retrieving_data = Error Retrieving Data
418 label.user_colour_scheme_must_have_name = User colour scheme must have a name
419 label.no_name_colour_scheme = No name for colour scheme
420 label.invalid_url = Invalid URL !
421 label.error_loading_file = Error loading file
422 label.problems_opening_file = Encountered problems opening {0}!!
423 label.file_open_error = File open error
424 label.colour_scheme_exists_overwrite = Colour scheme {0} exists.\nContinue saving colour scheme as {1}?"
425 label.duplicate_scheme_name = Duplicate scheme name
426 label.jalview_new_questionnaire = There is a new Questionnaire available. Would you like to complete it now ?\n
427 label.jalview_user_survey = Jalview User Survey
428 label.alignment_properties = Alignment Properties: {0}
429 label.alignment_props = Alignment Properties
430 label.input_cut_paste = Cut & Paste Input
431 label.input_cut_paste_params = Cut & Paste Input - {0}
432 label.alignment_output_command = Alignment output - {0}
433 label.annotations = Annotations
434 label.structure_options = Structure Options
435 label.features = Features
436 label.overview_params = Overview {0}
437 label.paste_newick_file = Paste Newick file
438 label.load_tree_from_file = From File - 
439 label.colour_by_annotation = Colour by Annotation
440 label.selection_output_command = Selection output - {0}
441 label.annotation_for_displayid = <p><h2>Annotation for {0} </h2></p><p>
442 label.pdb_sequence_mapping = PDB - Sequence Mapping
443 label.pca_details = PCA details
444 label.redundancy_threshold_selection = Redundancy threshold selection
445 label.user_defined_colours = User defined colours
446 label.jalviewLite_release = JalviewLite - Release {0}
447 label.jaview_build_date = Build date: {0}
448 label.jalview_authors_1 = Authors: Jim Procter, Andrew Waterhouse, Mungo Carstairs, Tochukwu Ofoegbu, Lauren Lui, Jan Engelhardt,
449 label.jalview_authors_2 = Natasha Sherstnev, Daniel Barton, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, David Martin & Geoff Barton.
450 label.jalview_dev_managers = Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.
451 label.jalview_distribution_lists = For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list
452 label.jalview_please_cite = If  you use Jalview, please cite:
453 label.jalview_cite_1_authors = Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
454 label.jalview_cite_1_title = Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench
455 label.jalview_cite_1_ref = Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033
456 label.right_click = Right click
457 label.to_add_annotation = to add annotation
458 label.alignment_has_no_annotations = Alignment has no annotations
459 label.retrieving_pdb_data = Retrieving PDB data...
460 label.label = Label
461 label.no_features_added_to_this_alignment = No Features added to this alignment!!
462 label.features_can_be_added_from_searches_1 = (Features can be added from searches or
463 label.features_can_be_added_from_searches_2 = from Jalview / GFF features files)
464 label.calculating_pca= Calculating PCA
465 label.jalview_cannot_open_file = Jalview can't open file
466 label.jalview_applet = Jalview applet
467 label.loading_data = Loading data
468 label.memory_stats = Total Free Memory: {0} MB; Max Memory: {1} MB; {2} %
469 label.calculating_tree = Calculating tree
470 label.state_queueing = queuing
471 label.state_running = running
472 label.state_completed = finished
473 label.state_job_cancelled = job cancelled!!
474 label.state_job_error = job error!
475 label.server_error_try_later = Server Error! (try later)
476 label.error_loading_pdb_data = Error loading PDB data!!
477 label.fetching_pdb_data = Fetching PDB data...
478 label.structure_type = Structure type
479 label.settings_for_type = Settings for {0}
480 label.view_full_application = View in Full Application
481 label.load_associated_tree = Load Associated Tree...
482 label.load_features_annotations = Load Features/Annotations...
483 label.load_vcf = Load SNP variants from plain text or indexed VCF data
484 label.load_vcf_file = Load VCF File
485 label.searching_vcf = Loading VCF variants...
486 label.added_vcf = Added {0} VCF variants to {1} sequence(s)
487 label.export_features = Export Features...
488 label.export_annotations = Export Annotations...
489 label.to_upper_case = To Upper Case
490 label.to_lower_case = To Lower Case
491 label.toggle_case = Toggle Case
492 label.edit_name_description = Edit Name/Description...
493 label.create_sequence_feature = Create Sequence Feature...
494 label.edit_sequence = Edit Sequence
495 label.edit_sequences = Edit Sequences
496 label.insert_gap = Insert 1 gap
497 label.insert_gaps = Insert {0} gaps
498 label.delete_gap = Delete 1 gap
499 label.delete_gaps = Delete {0} gaps
500 label.sequence_details = Sequence Details
501 label.jmol_help = Jmol Help
502 label.chimera_help = Chimera Help
503 label.close_viewer = Close Viewer
504 label.confirm_close_chimera = This will close Jalview''s connection to {0}.<br>Do you want to close the Chimera window as well?
505 label.all = All
506 label.sort_by = Sort alignment by
507 label.sort_by_score = Sort by Score
508 label.sort_by_density = Sort by Density
509 label.sequence_sort_by_density = Sequence sort by Density
510 label.sort_ann_by = Sort annotations by
511 label.sort_annotations_by_sequence = Sort by sequence
512 label.sort_annotations_by_label = Sort by label
513 label.reveal = Reveal
514 label.hide_columns = Hide Columns
515 label.load_jalview_annotations = Load Jalview Annotations or Features File
516 label.load_tree_file = Load a tree file
517 label.retrieve_parse_sequence_database_records_alignment_or_selected_sequences = Retrieve and parse sequence database records for the alignment or the currently selected sequences
518 label.standard_databases = Standard Databases
519 label.fetch_embl_uniprot = Fetch from EMBL/EMBLCDS or Uniprot/PDB and any selected DAS sources
520 label.reset_min_max_colours_to_defaults = Reset min and max colours to defaults from user preferences.
521 label.align_structures_using_linked_alignment_views = Superpose structures using {0} selected alignment view(s)
522 label.connect_to_session = Connect to session {0}
523 label.threshold_feature_display_by_score = Threshold the feature display by score.
524 label.threshold_feature_no_threshold = No Threshold
525 label.threshold_feature_above_threshold = Above Threshold
526 label.threshold_feature_below_threshold = Below Threshold
527 label.adjust_threshold = Adjust threshold
528 label.toggle_absolute_relative_display_threshold = Toggle between absolute and relative display threshold.
529 label.select_colour_minimum_value = Select Colour for Minimum Value
530 label.select_colour_maximum_value = Select Colour for Maximum Value
531 label.open_url_param = Open URL {0}
532 label.open_url_seqs_param = Open URL ({0}..) ({1} seqs)
533 label.load_pdb_file_associate_with_sequence = Load a PDB file and associate it with sequence {0}
534 label.reveal_hidden_columns = Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button
535 label.dark_colour = Dark Colour
536 label.light_colour = Light Colour
537 label.highlightnode = Left click to select leaves.<br>Double-click to invert leaves.<br>Right click to change colour.
538 label.load_colour_scheme = Load colour scheme
539 label.copy_format_from = Copy format from
540 label.toggle_enabled_views = When enabled, allows many views to be selected.
541 label.select_all_views = Select all views
542 label.select_many_views = Select many views
543 label.edit_notes_parameter_set = Click to edit the notes for this parameter set.
544 label.open_local_file = Open local file
545 label.enable_automatically_sort_alignment_when_open_new_tree = Enable this to automatically sort<br>the alignment when you open<br> a new tree.
546 label.listen_for_selections = Listen for selections
547 label.selections_mirror_selections_made_same_sequences_other_views = When selected, selections in this view will mirror<br>selections made on the same sequences in other views.
548 label.toggle_sequence_visibility = Shift+H toggles sequence visiblity
549 label.toggle_columns_visibility = Ctrl+H toggles column visiblity.
550 label.toggles_visibility_hidden_selected_regions = H toggles visibility of hidden or selected regions
551 label.rename_tab_eXpand_reGroup=  Right-click to rename tab <br> Press X to eXpand tabs, G to reGroup.
552 label.right_align_sequence_id = Right Align Sequence Id
553 label.sequence_id_tooltip = Sequence ID Tooltip
554 label.no_services = <No Services>
555 label.select_copy_raw_html = Select this if you want to copy raw html
556 label.share_data_vamsas_applications = Share data with other vamsas applications
557 label.connect_to = Connect to
558 label.join_existing_vamsas_session = Join an existing vamsas session
559 label.from_url = from URL
560 label.any_trees_calculated_or_loaded_alignment_automatically_sort = When selected, any trees calculated or loaded onto the alignment will automatically sort the alignment
561 label.sort_with_new_tree = Sort With New Tree
562 label.from_textbox = from Textbox
563 label.window = Window
564 label.preferences = Preferences
565 label.tools = Tools
566 label.fetch_sequences = Fetch Sequences
567 action.fetch_sequences = Fetch Sequences...
568 label.stop_vamsas_session = Stop Vamsas Session
569 label.collect_garbage = Collect Garbage
570 label.show_memory_usage = Show Memory Usage
571 label.show_java_console = Show Java Console
572 label.show_jalview_news = Show Jalview News
573 label.take_snapshot = Take snapshot
574 label.monospaced_fonts_faster_to_render = Monospaced fonts are faster to render
575 label.anti_alias_fonts = Anti-alias Fonts (Slower to render)
576 label.monospaced_font= Monospaced
577 label.quality = Quality
578 label.maximize_window = Maximize Window
579 label.conservation = Conservation
580 label.consensus = Consensus
581 label.histogram = Histogram
582 label.logo = Logo
583 label.non_positional_features = List Non-positional Features
584 label.database_references = List Database References
585 #label.share_selection_across_views = Share selection across views
586 #label.scroll_highlighted_regions = Scroll to highlighted regions
587 label.gap_symbol = Gap Symbol
588 label.prot_alignment_colour = Protein Alignment Colour
589 label.nuc_alignment_colour = Nucleotide Alignment Colour
590 label.address = Address
591 label.port = Port
592 label.default_browser_unix = Default Browser (Unix)
593 label.send_usage_statistics = Send usage statistics
594 label.check_for_questionnaires = Check for questionnaires
595 label.check_for_latest_version = Check for latest version
596 label.url_linkfrom_sequence_id = URL link from Sequence ID
597 label.use_proxy_server = Use a proxy server
598 label.eps_rendering_style = EPS rendering style
599 label.append_start_end = Append /start-end (/15-380)
600 label.full_sequence_id = Full Sequence Id
601 label.smooth_font = Smooth Font
602 label.autocalculate_consensus = AutoCalculate Consensus
603 label.pad_gaps = Pad Gaps
604 label.pad_gaps_when_editing = Pad Gaps When Editing
605 label.automatically_set_id_width = Automatically set ID width
606 label.figure_id_column_width = Figure ID column width
607 label.use_modeller_output = Use Modeller Output
608 label.wrap_alignment = Wrap Alignment
609 label.right_align_ids = Right Align Ids
610 label.sequence_name_italics = Italic Sequence Ids
611 label.open_overview = Open Overview
612 label.default_colour_scheme_for_alignment = Default Colour Scheme for alignment
613 label.annotation_shading_default = Annotation Shading Default
614 label.default_minimum_colour_annotation_shading = Default Minimum Colour for annotation shading
615 label.default_maximum_colour_annotation_shading = Default Maximum Colour for annotation shading
616 label.visual = Visual
617 label.connections = Connections
618 label.output = Output
619 label.editing = Editing
620 label.web_services = Web Services
621 label.right_click_to_edit_currently_selected_parameter = Right click to edit currently selected parameter.
622 label.let_jmol_manage_structure_colours = Let Jmol manage structure colours
623 label.let_chimera_manage_structure_colours = Let Chimera manage structure colours
624 label.fetch_chimera_attributes = Fetch Chimera attributes
625 label.fetch_chimera_attributes_tip = Copy Chimera attribute to Jalview feature
626 label.marks_leaves_tree_not_associated_with_sequence = Marks leaves of tree not associated with a sequence
627 label.index_web_services_menu_by_host_site = Index web services in menu by the host site
628 label.option_want_informed_web_service_URL_cannot_be_accessed_jalview_when_starts_up = Check this option if you want to be informed<br>when a web service URL cannot be accessed by Jalview<br>when it starts up
629 label.new_service_url = New Service URL
630 label.edit_service_url = Edit Service URL
631 label.delete_service_url = Delete Service URL
632 label.details = Details
633 label.options = Options
634 label.parameters = Parameters
635 label.proxy_server = Proxy Server
636 label.file_output = File Output
637 label.select_input_type = Select input type
638 label.set_options_for_type = Set options for type
639 label.data_input_parameters = Data input parameters
640 label.data_returned_by_service = Data returned by service
641 label.rsbs_encoded_service = RSBS Encoded Service
642 label.parsing_errors = Parsing errors
643 label.simple_bioinformatics_rest_services = Simple Bioinformatics Rest Services
644 label.web_service_discovery_urls = Web Service Discovery URLS
645 label.input_parameter_name = Input Parameter name
646 label.short_descriptive_name_for_service = Short descriptive name for service
647 label.function_service_performs = What kind of function the service performs (e.g. alignment, analysis, search, etc).
648 label.brief_description_service = Brief description of service
649 label.url_post_data_service = URL to post data to service. Include any special parameters needed here
650 label.optional_suffix = Optional suffix added to URL when retrieving results from service
651 label.preferred_gap_character = Which gap character does this service prefer?
652 label.gap_character = Gap character
653 label.move_return_type_up_order= Move return type up order
654 label.move_return_type_down_order= Move return type down order
655 label.update_user_parameter_set = Update this existing user parameter set
656 label.delete_user_parameter_set = Delete the currently selected user parameter set
657 label.create_user_parameter_set = Create a new parameter set with the current settings.
658 label.revert_changes_user_parameter_set = Undo all changes to the current parameter set
659 label.start_job_current_settings = Start Job with current settings
660 label.cancel_job_close_dialog = Close this dialog and cancel job
661 label.input_output = Input/Output
662 label.cut_paste = Cut'n'Paste
663 label.adjusting_parameters_for_calculation = Adjusting parameters for existing Calculation
664 label.2d_rna_structure_line = 2D RNA {0} (alignment)
665 label.2d_rna_sequence_name = 2D RNA - {0}
666 label.edit_name_and_description_current_group = Edit name and description of current group
667 label.from_file = From File
668 label.enter_pdb_id = Enter PDB Id
669 label.enter_pdb_id_tip = Enter PDB Id (or pdbid:chaincode)
670 label.text_colour = Text Colour...
671 label.structure = Structure
672 label.show_pdbstruct_dialog = 3D Structure Data...
673 label.view_rna_structure = VARNA 2D Structure
674 label.create_sequence_details_report_annotation_for = Annotation for {0}
675 label.sequence_details_for = Sequence Details for {0}
676 label.sequence_name = Sequence Name
677 label.sequence_description = Sequence Description
678 label.edit_sequence_name_description = Edit Sequence Name/Description
679 label.spaces_converted_to_backslashes = Spaces have been converted to _
680 label.no_spaces_allowed_sequence_name = No spaces allowed in Sequence Name
681 label.select_outline_colour = Select Outline Colour
682 label.web_browser_not_found_unix = Unixers\: Couldn't find default web browser.\nAdd the full path to your browser in Preferences."
683 label.web_browser_not_found = Web browser not found
684 label.select_pdb_file_for = Select a PDB file for {0}
685 label.html = HTML
686 label.wrap = Wrap
687 label.show_database_refs = Show Database Refs
688 label.show_non_positional_features = Show Non-Positional Features
689 label.save_png_image = Save As PNG Image
690 label.load_tree_for_sequence_set = Load a tree for this sequence set
691 label.export_image = Export Image
692 label.vamsas_store = VAMSAS store
693 label.translate_cDNA = Translate as cDNA
694 label.reverse = Reverse
695 label.reverse_complement = Reverse Complement
696 label.linked_view_title = Linked CDS and protein view
697 label.extract_scores = Extract Scores
698 label.get_cross_refs = Get Cross-References
699 label.sort_alignment_new_tree = Sort Alignment With New Tree
700 label.add_sequences = Add Sequences
701 label.new_window = New Window
702 label.split_window = Split Window
703 label.set_as_default = Set as Default
704 label.show_labels = Show labels
705 action.background_colour = Background Colour...
706 label.associate_nodes_with = Associate Nodes With
707 label.link_name = Link Name
708 label.pdb_file = PDB file
709 label.colour_with_jmol = Colour with Jmol
710 label.colour_with_chimera = Colour with Chimera
711 label.superpose_structures = Superpose Structures
712 error.superposition_failed = Superposition failed: {0}
713 label.insufficient_residues = Not enough aligned residues ({0}) to perform superposition
714 label.jmol = Jmol
715 label.chimera = Chimera
716 label.create_chimera_attributes = Write Jalview features
717 label.create_chimera_attributes_tip = Set Chimera residue attributes for visible features
718 label.attributes_set = {0} attribute values set on Chimera
719 label.sort_alignment_by_tree = Sort Alignment By Tree
720 label.mark_unlinked_leaves = Mark Unlinked Leaves
721 label.associate_leaves_with = Associate Leaves With
722 label.save_colour_scheme_with_unique_name_added_to_colour_menu = Save your colour scheme with a unique name and it will be added to the Colour menu
723 label.case_sensitive = Case Sensitive
724 label.lower_case_colour = Colour All Lower Case
725 label.lower_case_tip = Chosen colour applies to all lower case symbols
726 label.index_by_host = Index by Host
727 label.index_by_type = Index by Type
728 label.enable_jabaws_services = Enable JABAWS Services
729 label.display_warnings = Display Warnings
730 label.move_url_up = Move URL Up
731 label.move_url_down = Move URL Down
732 label.add_sbrs_definition = Add a SBRS Definition
733 label.edit_sbrs_definition = Edit SBRS Definition
734 label.delete_sbrs_definition = Delete SBRS Definition
735 label.your_sequences_have_been_verified = Your sequences have been verified against known sequence databases.\n(Use Calculate | Show flanking regions to show enclosing sequence.)\nTo preserve data changes, save your alignment.\n\n
736 label.sequences_updated = Sequences updated
737 label.dbref_search_completed = DBRef search completed
738 label.fetch_all_param = Fetch all {0}
739 label.paste_new_window = Paste To New Window
740 label.settings_for_param = Settings for {0}
741 label.view_params = View {0}
742 label.aacon_calculations = AACon Calculations
743 label.aacon_settings = Change AACon Settings...
744 tooltip.aacon_calculations = When checked, AACon calculations are updated automatically.
745 tooltip.aacon_settings = Modify settings for AACon calculations.
746 label.rnalifold_calculations = RNAAliFold Prediction
747 label.rnalifold_settings = Change RNAAliFold settings...
748 tooltip.rnalifold_calculations = When checked, RNA secondary structure predictions will be calculated for the alignment, and updated when edits are made.
749 tooltip.rnalifold_settings = Modify settings for the RNAAliFold prediction. Use this to hide or show different results of the RNA calculation, and change RNA folding parameters.
750 label.all_views = All Views
751 label.align_sequences_to_existing_alignment = Align sequences to an existing alignment
752 label.realign_with_params = Realign with {0}
753 label.calcname_with_default_settings = {0} with Defaults
754 label.action_with_default_settings = {0} with default settings
755 label.edit_settings_and_run = Edit settings and run...
756 label.view_and_change_parameters_before_alignment = View and change the parameters before alignment
757 label.run_with_preset_params = Run {0} with preset
758 label.view_and_change_parameters_before_running_calculation = View and change parameters before running calculation
759 label.view_documentation = View documentation
760 label.select_return_type = Select return type
761 label.translation_of_params = Translation of {0} (Table {1})
762 label.features_for_params = Features for - {0}
763 label.annotations_for_params = Annotations for - {0}
764 label.generating_features_for_params = Generating features for - {0}
765 label.generating_annotations_for_params = Generating annotations for - {0}
766 label.varna_params = VARNA - {0}
767 label.sequence_feature_settings = Sequence Feature Settings
768 label.sequence_feature_settings_for_view = Sequence Feature Settings for view "{0}"
769 label.pairwise_aligned_sequences = Pairwise Aligned Sequences
770 label.original_data_for_params = Original Data for {0}
771 label.points_for_params = Points for {0}
772 label.transformed_points_for_params = Transformed points for {0}
773 label.variable_color_for = Variable Feature Colour for {0}
774 label.select_background_colour = Select Background Colour
775 label.invalid_font = Invalid Font
776 label.separate_multiple_accession_ids = Enter one or more accession IDs separated by a semi-colon ";"
777 label.separate_multiple_query_values = Enter one or more {0}s separated by a semi-colon ";"
778 label.search_all = Enter one or more search values separated by a semi-colon ";" (Note: This searches the entire database)
779 label.replace_commas_semicolons = Replace commas with semi-colons
780 label.parsing_failed_syntax_errors_shown_below_param = Parsing failed. Syntax errors shown below {0}
781 label.parsing_failed_unrecoverable_exception_thrown_param = \nParsing failed. An unrecoverable exception was thrown\:\n {0}
782 label.example_query_param = Example query: {0}
783 label.enter_value_increase_conservation_visibility = Enter value to increase conservation visibility
784 label.enter_percentage_identity_above_which_colour_residues = Enter % identity above which to colour residues
785 label.wswublast_client_credits = To display sequence features an exact Uniprot id with 100% sequence identity match must be entered.\nIn order to display these features, try changing the names of your sequences to the ids suggested below.\n\nRunning WSWUBlast at EBI.\nPlease quote Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R.\nSOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.\nNucleic Acids Res. 33(1)\:W25-W28 (2005));
786 label.blasting_for_unidentified_sequence = BLASTing for unidentified sequences
787 label.select_columns_containing = Select columns containing
788 label.select_columns_not_containing = Select columns that do not contain
789 label.hide_columns_containing = Hide columns containing
790 label.hide_columns_not_containing = Hide columns that do not contain
791 option.trim_retrieved_seqs = Trim retrieved sequences
792 label.trim_retrieved_sequences = When the reference sequence is longer than the sequence that you are working with, only keep the relevant subsequences.
793 label.use_sequence_id_1 = Use $DB_ACCESSION$ or $DB_ACCESSION=/<regex>/=$
794 label.use_sequence_id_2 = to embed accession id in URL
795 label.use_sequence_id_3 = Use $SEQUENCE_ID$ similarly to embed sequence id
796 label.use_sequence_id_4 = 
797 label.ws_parameters_for = Parameters for {0}
798 label.switch_server = Switch server
799 label.choose_jabaws_server = Choose a server for running this service
800 label.services_at = Services at {0}
801 label.rest_client_submit = {0} using {1}
802 label.fetch_retrieve_from =Retrieve from {0}</html>
803 label.fetch_retrieve_from_all_sources = Retrieve from all {0} sources in {1}<br>First is :{2}<html> 
804 label.feature_settings_click_drag = Drag up or down to change render order.<br/>Double click to select columns containing feature.
805 label.transparency_tip = Adjust transparency to 'see through' feature colours.
806 label.opt_and_params_further_details = see further details by right-clicking
807 label.opt_and_params_show_brief_desc_image_link = <html>Click to show brief description<br><img src="{0}"/> Right click for further information.</html> 
808 label.opt_and_params_show_brief_desc = <html>Click to show brief description<br></html>
809 label.adjusts_width_generated_eps_png = <html>Adjusts the width of the generated EPS or PNG file to ensure even the longest sequence ID or annotation label is displayed</html>
810 label.manually_specify_width_left_column = <html>Manually specify the width of the left hand column where sequence IDs and annotation labels will be rendered in exported alignment figures. This setting will be ignored if 'Automatically set ID width' is set</html>
811 label.job_created_when_checked = <html>When checked, a job is created for every sequence in the current selection.</html>
812 label.when_checked_job_visible_region_and_results = <html>When checked, a single job is created for the visible region and results mapped back onto their location in the alignment. Otherwise, a job would be created for every contiguous region visible in the alignment or current selection (e.g. a multiple alignment).</html>
813 label.flat_file_representation = <html>Flat file representation of this rest service using the Really Simple Bioinformatics Service formalism</html>
814 label.result_of_parsing_rsbs = <html>Results of parsing the RSBS representation</html>
815 label.user_preset = User Preset
816 label.service_preset = Service Preset
817 label.run_with_preset = Run {0} with preset
818 label.view_service_doc_url = <html>View <a href="{0}">{1}</a></html>
819 action.by_title_param = By {0}
820 label.source_from_db_source = Sources from {0}
821 label.from_msname = from {0}
822 label.superpose_with = Superpose with
823 label.scale_label_to_column = Scale Label to Column
824 label.add_new_row = Add New Row
825 label.edit_label_description = Edit Label/Description
826 label.hide_row = Hide This Row
827 label.delete_row = Delete This Row
828 label.show_all_hidden_rows = Show All Hidden Rows
829 label.export_annotation = Export Annotation
830 label.copy_consensus_sequence = Copy Consensus Sequence
831 label.helix = Helix
832 label.sheet = Sheet
833 label.rna_helix = RNA Helix
834 label.remove_annotation = Remove Annotation
835 label.colour_by = Colour by...
836 label.muscle_multiple_protein_sequence_alignment = Muscle Multiple Protein Sequence Alignment
837 label.mafft_multiple_sequence_alignment = MAFFT Multiple Sequence Alignment
838 label.clustalw_multiple_sequence_alignment = ClustalW Multiple Sequence Alignment
839 label.jnet_secondary_structure_prediction = JPred Secondary Structure Prediction
840 label.multiharmony = Multi-Harmony
841 label.unable_start_web_service_analysis = Unable to start web service analysis
842 label.job_couldnt_be_started_check_input = The Job couldn't be started. Please check your input, and the Jalview console for any warning messages.
843 label.prompt_each_time = Prompt each time
844 label.couldnt_save_project = Couldn't save project
845 label.error_whilst_saving_current_state_to = Error whilst saving current state to {0}
846 label.error_whilst_loading_project_from = Error whilst loading project from {0}
847 label.couldnt_load_project = Couldn't load project
848 label.invalid_name_preset_exists = Invalid name - preset already exists.
849 label.invalid_name = Invalid name
850 label.set_proxy_settings = Please set up your proxy settings in the 'Connections' tab of the Preferences window
851 label.proxy_authorization_failed = Proxy Authorization Failed
852 label.internal_jalview_error = Internal Jalview Error
853 label.secondary_structure_prediction_service_couldnt_be_located = The Secondary Structure Prediction Service named {0} at {1} couldn't be located.
854 label.service_called_is_not_msa_service = The Service called \n{0}\nis not a \nMultiple Sequence Alignment Service\!
855 label.msa_service_is_unknown = The Multiple Sequence Alignment Service named {0} is unknown
856 label.service_called_is_not_seq_search_service = The Service called \n{0}\nis not a \nSequence Search Service\!
857 label.seq_search_service_is_unknown = The Sequence Search Service named {0} is unknown
858 label.feature_type = Feature Type
859 label.show = Show
860 label.service_url = Service URL
861 label.copied_sequences = Copied sequences
862 label.cut_sequences = Cut Sequences
863 label.conservation_colour_increment = Conservation Colour Increment ({0})
864 label.percentage_identity_threshold = Percentage Identity Threshold ({0})
865 label.error_unsupported_owwner_user_colour_scheme = Unsupported owner for User Colour scheme dialog
866 label.save_alignment_to_file = Save Alignment to file
867 label.save_features_to_file = Save Features to File
868 label.save_annotation_to_file = Save Annotation to File
869 label.save_pdb_file = Save PDB File
870 label.save_text_to_file = Save Text to File
871 label.save_state = Save State
872 label.restore_state = Restore State
873 label.saving_jalview_project = Saving jalview project {0}
874 label.loading_jalview_project = Loading jalview project {0}
875 label.save_vamsas_document_archive = Save Vamsas Document Archive
876 label.saving_vamsas_doc = Saving VAMSAS Document to {0}
877 label.load_feature_colours = Load Feature Colours
878 label.save_feature_colours = Save Feature Colour Scheme
879 label.select_startup_file = Select startup file
880 label.select_default_browser = Select default web browser
881 label.save_tree_as_newick = Save tree as newick file
882 label.create_eps_from_tree = Create EPS file from tree
883 label.create_png_from_tree = Create PNG image from tree
884 label.save_colour_scheme = Save colour scheme
885 label.edit_params_for = Edit parameters for {0}
886 label.choose_filename_for_param_file = Choose a filename for this parameter file
887 label.save_as_html = Save as HTML
888 label.recently_opened = Recently Opened
889 label.blasting_for_unidentified_sequence_jobs_running = BLASTing for unidentified sequences - {0}  jobs running.
890 label.tree = Tree
891 label.tree_from = Tree from {0}
892 label.webservice_job_title = {0} using {1}
893 label.select_visible_region_of = selected {0} region of {1}
894 label.visible = Visible
895 label.select_unselect_visible_regions_from = select and unselected {0} regions from {1}
896 label.visible_region_of = visible region of
897 label.webservice_job_title_on = {0} using {1} on {2}
898 label.updating_vamsas_session = Updating vamsas session
899 label.loading_file = Loading File: {0}
900 label.edit_params = Edit {0}
901 label.as_percentage = As Percentage
902 error.not_implemented = Not implemented
903 error.no_such_method_as_clone1_for = No such method as clone1 for {0}
904 error.null_from_clone1 = Null from clone1!
905 error.not_yet_implemented = Not yet implemented
906 error.unknown_type_dna_or_pep = Unknown Type {0} - dna or pep are the only allowed values.
907 error.implementation_error_dont_know_threshold_annotationcolourgradient = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
908 error.invalid_separator_parameter = Invalid separator parameter - must be non-zero length
909 error.alignment_cigararray_not_implemented = Alignment(CigarArray) not yet implemented
910 error.empty_view_cannot_be_updated = empty view cannot be updated.
911 error.mismatch_between_number_of_sequences_in_block = Mismatch between number of sequences in block {0} ({1}) and the original view ({2})
912 error.padding_not_yet_implemented = Padding not yet implemented
913 error.mismatch_between_visible_blocks_to_update_and_number_of_contigs_in_view = Mismatch between visible blocks to update and number of contigs in view (contigs=0,blocks={0})
914 error.unknown_seq_cigar_operation = Unknown SeqCigar operation {0}
915 error.implementation_bug_parse_cigar_string = Implementation bug in parseCigarString
916 error.implementation_error_invalid_operation_string = Implementation error. Invalid operation string.
917 error.invalid_range_string = Invalid range string (must be zero or positive number)
918 error.implementation_error_delete_range_out_of_bounds = Implementation Error: deleteRange out of bounds: start must be non-negative and less than end.
919 error.implementation_error = Implementation error
920 error.implementation_error_unknown_operation = Implementation Error! Unknown operation {0}
921 error.implementation_error_unexpected_null_from_get_sequence_and_deletions = Implementation Error - unexpected null from getSequenceAndDeletions
922 error.implementation_error_set_seq_null = Implementation Error - _setSeq(null,...)
923 error.implementation_error_s = Implementation Error: _s= {0}
924 error.implementation_error_seqcigar_possible = SeqCigar: Possible implementation error: sequence is longer than dataset sequence
925 error.implmentation_bug_seq_null = Implementation Bug. Null seq
926 error.implementation_bug_cigar_operation_list_range_list = Implementation Bug. Cigar Operation list!= range list
927 error.not_yet_implemented_cigar_object_from_cigar_string = NOT YET Implemented: Constructing a Cigar object from a cigar string and a gapped sequence.
928 error.implementation_bug_cigar_operation = Implementation Bug. Cigar Operation {0} {1} not one of {2}, {3}, or {4}.
929 error.implementation_error_for_new_cigar = Implementation error for new Cigar(SequenceI)
930 error.implementation_error_cigar_seq_no_operations = Implementation error: {0}th sequence Cigar has no operations.
931 error.implementation_error_no_pdbentry_from_index = Implementation error - no corresponding pdbentry (for index {0}) to add sequences mappings to
932 error.jmol_version_not_compatible_with_jalview_version = Jmol version {0} is not compatible with this version of Jalview. Report this problem at issues.jalview.org
933 error.not_implemented_remove = Remove: Not implemented
934 error.not_implemented_clone = Clone: Not implemented
935 error.call_setprogressbar_before_registering_handler = call setProgressBar before registering the progress bar's handler.
936 label.cancelled_params = Cancelled {0}
937 error.implementation_error_cannot_show_view_alignment_frame = Implementation error: cannot show a view from another alignment in an AlignFrame.
938 error.implementation_error_dont_know_about_threshold_setting = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
939 error.eps_generation_not_implemented = EPS Generation not yet implemented
940 error.png_generation_not_implemented = PNG Generation not yet implemented
941 error.try_join_vamsas_session_another = Trying to join a vamsas session when another is already connected
942 error.invalid_vamsas_session_id = Invalid vamsas session id
943 label.groovy_support_failed = Jalview Groovy Support Failed
944 label.couldnt_create_groovy_shell = Couldn't create the groovy Shell. Check the error log for the details of what went wrong.
945 error.unsupported_version_calcIdparam = Unsupported Version for calcIdparam {0}
946 error.implementation_error_cant_reorder_tree = Implementation Error: Can't reorder this tree. Not DefaultMutableTreeNode.
947 error.invalid_value_for_option = Invalid value {0} for option {1}
948 error.implementation_error_cannot_import_vamsas_doc = Implementation Error - cannot import existing vamsas document into an existing session, Yet!
949 label.vamsas_doc_couldnt_be_opened_as_new_session = VAMSAS Document could not be opened as a new session - please choose another
950 error.implementation_error_vamsas_operation_not_init = Impementation error! Vamsas Operations when client not initialised and connected
951 error.jalview_no_connected_vamsas_session = Jalview not connected to Vamsas session
952 error.implementation_error_cannot_recover_vamsas_object_mappings = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot recover vamsas object mappings - no backup was made
953 error.setstatus_called_non_existent_job_pane = setStatus called for non-existent job pane {0}
954 error.implementation_error_cannot_find_marshaller_for_param_set =Implementation error: Can't find a marshaller for the parameter set
955 error.implementation_error_old_jalview_object_not_bound =IMPLEMENTATION ERROR: old jalview object is not bound ! ({0})
956 error.implementation_error_vamsas_doc_class_should_bind_to_type = Implementation Error: Vamsas Document Class {0} should bind to a {1} (found a {2})
957 error.invalid_vamsas_rangetype_cannot_resolve_lists = Invalid vamsas RangeType - cannot resolve both lists of Pos and Seg from choice!
958 error.implementation_error_maplist_is_null = Implementation error. MapList is null for initMapType.
959 error.implementation_error_cannot_have_null_alignment = Implementation error: Cannot have null alignment property key
960 error.implementation_error_null_fileparse = Implementation error. Null FileParse in copy constructor
961 error.implementation_error_cannot_map_alignment_sequences = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot map an alignment of sequences from different datasets into a single alignment in the vamsas document.
962 error.implementation_error_structure_selection_manager_null = Implementation error. Structure selection manager's context is 'null'
963 exception.ssm_context_is_null = SSM context is null
964 error.idstring_seqstrings_only_one_per_sequence = idstrings and seqstrings contain one string each per sequence
965 error.cannot_have_mixed_length_replacement_vectors = Cannot have mixed length replacement vectors. Replacement vector for {0} is {1} strings long, and have already seen a {2} length vector.
966 error.cannot_have_zero_length_vector_replacement_strings = Cannot have zero length vector of replacement strings - either 1 value or n values.
967 error.implementation_error_multiple_single_sequence_prediction_jobs_not_supported = Implementation Error! Multiple single sequence prediction jobs are not yet supported
968 error.implementation_error_invalid_msa_index_for_job =Implementation Error! Invalid msaIndex for JPredJob on parent MSA input object!
969 error.implementation_error_startjob_called = Implementation error - StartJob(JpredJob) called on {0}
970 error.multiple_jnet_subjob_merge_not_implemented = Multiple JPred subjob merging not yet implemented
971 label.job_never_ran = Job never ran - input returned to user.
972 error.implementation_error_minlen_must_be_greater_zero = Implementation error: minlen must be zero or more
973 error.implementation_error_msawbjob_called = Implementation error - StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance {0}
974 error.implementation_error_cannot_attach_ws_menu_entry = IMPLEMENTATION ERROR: cannot attach WS Menu Entry without service handle reference!
975 error.parameter_migration_not_implemented_yet = Parameter migration not implemented yet
976 error.implementation_error_cannot_set_jaba_option = Implementation error: cannot set Jaba Option to a value outside its allowed value range!
977 error.implementation_error_valuetype_doesnt_support_jabaws_type = IMPLEMENTATION ERROR: jalview.ws.params.ValueConstrainI.ValueType does not support the JABAWS type : {0}
978 error.cannot_create_jabaws_param_set = Cannot create a JabaWSParamSet from non-JabaWS parameters
979 error.cannot_set_arguments_to_jabaws_param_set = Cannot set arguments to a JabaWSParamSet that are not JabaWS arguments
980 error.implementation_error_runner_config_not_available = Implementation Error: Runner Config not available for a JABAWS service of type {0} ({1})
981 error.implementation_error_cannot_handle_jaba_param = Implementation Error: Cannot handle Jaba parameter object {0}
982 error.implementation_error_attempt_to_delete_service_preset = Implementation error: Attempt to delete a service preset!
983 error.implementation_error_cannot_locate_oldname_presetname = Implementation error: Can't locate either oldname ({0}) or presetName ({1}in the datastore!"
984 error.implementation_error_jabaws_param_set_only_handled_by = Implementation error: JabaWsParamSets can only be handled by JabaParamStore
985 error.cannot_set_source_file_for = Cannot set source file for {0}
986 error.mismatch_service_instance_preset = Probable mismatch between service instance and preset!
987 error.cannot_set_params_for_ws_preset = Cannot set Parameters for a Jaba Web service's preset
988 error.implementation_error_can_only_instantiate_jaba_param_sets = Implementation error: Can only instantiate Jaba parameter sets
989 error.no_aacon_service_found = No AACon service found
990 error.implementation_error_couldnt_copy_value_constraint = Implementation error: could not copy ValueConstrain!
991 error.couldnt_encode_as_utf8 = Couldn't encode {0} as UTF-8.
992 error.tree_inputtype_not_yet_implemented = Tree InputType not yet implemented
993 error.implementation_error_need_to_have_httpresponse = Implementation Error: need to have an HttpResponse to process
994 error.dbrefsource_implementation_exception =DBRefSource Implementation Exception
995 error.implementation_error_dbinstance_must_implement_interface = Implmentation Error - getDbInstances must be given a class that implements jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy (was given{0})
996 error.implementation_error_must_init_dbsources =Implementation error. Must initialise dbSources
997 label.view_controller_toggled_marked = {0} {1} columns {2} features of type {3}  across {4} sequence(s)
998 label.toggled = Toggled
999 label.marked = Marked
1000 label.containing = containing
1001 label.not_containing = not containing
1002 label.no_feature_of_type_found = No features of type {0} found
1003 label.no_feature_found_selection = No features of type {0} found in selection
1004 label.submission_params = Submission {0}
1005 label.empty_alignment_job = Empty Alignment Job
1006 label.add_new_sbrs_service = Add a new Simple Bioinformatics Rest Service
1007 label.edit_sbrs_entry = Edit Simple Bioinformatics Rest Service entry
1008 label.pca_recalculating = Recalculating PCA
1009 label.pca_calculating = Calculating PCA
1010 label.select_foreground_colour = Choose foreground colour
1011 label.select_colour_for_text = Select Colour for Text
1012 label.adjunst_foreground_text_colour_threshold = Adjust Foreground Text Colour Threshold
1013 label.select_subtree_colour = Select Sub-Tree Colour
1014 label.create_new_sequence_features = Create New Sequence Feature(s)
1015 label.amend_delete_features = Amend/Delete Features for {0}
1016 exception.out_of_bounds_for_file = Out of bounds for file: i={0}, Final Buffer: i0={1} iend={2}
1017 exception.null_string_given_to_regex_search = Null String Given to Regex.search
1018 exception.null_string_like_given_to_regex_search = Null StringLike Given to Regex.search
1019 exception.null_string_given_to_regex_reverse_search = Null String Given to Regex.reverseSearch
1020 exception.null_string_like_given_to_regex_reverse_search = Null StringLike Given to Regex.reverseSearch
1021 exception.null_string_like_given_to_regex_search_from = Null String Given to Regex.searchFrom
1022 exception.null_string_like_given_to_regex_search_region = Null String Given to Regex.searchRegion
1023 exception.replace_null_regex_pointer = Replacer has null Regex pointer
1024 exception.bad_pattern_to_regex_perl_code = bad pattern to Regex.perlCode: {0}
1025 exception.no_stub_implementation_for_interface = There is no stub implementation for the interface: {0}
1026 exception.cannot_set_endpoint_address_unknown_port = Cannot set Endpoint Address for Unknown Port {0}
1027 exception.mismatched_unseen_closing_char = Mismatched (unseen) closing character {0}
1028 exception.mismatched_closing_char = Mismatched closing character {0}
1029 exception.mismatched_opening_char = Mismatched opening character {0} at {1}
1030 exception.invalid_datasource_couldnt_obtain_reader = Invalid datasource. Could not obtain Reader
1031 exception.unterminated_cigar_string = Unterminated cigar string
1032 exception.unexpected_operation_cigar_string_pos = Unexpected operation {0} in cigar string (position {1} in {2}
1033 exception.couldnt_parse_responde_from_annotated3d_server = Couldn't parse response from Annotate3d server
1034 exception.application_test_npe = Application test: throwing an NullPointerException It should arrive at the console
1035 exception.overwriting_vamsas_id_binding = Overwriting vamsas id binding
1036 exception.overwriting_jalview_id_binding = Overwriting jalview id binding
1037 exception.failed_to_resolve_gzip_stream = Failed to resolve GZIP stream
1038 exception.problem_opening_file_also_tried = Problem opening {0} (also tried {1}) : {2}
1039 exception.problem_opening_file = Problem opening {0} : {1}
1040 exception.failed_to_read_data_from_source = Failed to read data from source: {0}
1041 exception.no_init_source_stream = Unitialised Source Stream
1042 exception.invalid_source_stream = Invalid Source Stream: {0}
1043 error.implementation_error_reset_called_for_invalid_source = Implementation Error: Reset called for invalid source.
1044 exception.number_of_residues_in_query_sequence_differ_from_prediction = Number of residues in {0} supposed query sequence ({1}\n{2})\ndiffer from number of prediction sites in prediction ({3})
1045 label.mapped = mapped
1046 exception.jpredconcide_entry_has_unexpected_number_of_columns = JPredConcise: Entry ({0}) has an unexpected number of columns
1047 exception.couldnt_parse_concise_annotation_for_prediction = Couldn't parse concise annotation for prediction profile.\n{0}
1048 exception.newfile = NewickFile\: {0}\n
1049 label.no_tree_read_in = No Tree read in
1050 exception.rnaml_couldnt_access_datasource = Couldn't access datasource ({0})
1051 exception.ranml_couldnt_process_data = Couldn't process data as RNAML file ({0})
1052 exception.ranml_invalid_file = Invalid RNAML file ({0})
1053 exception.ranml_problem_parsing_data = Problem parsing data as RNAML ({0})
1054 exception.pfam_no_sequences_found = No sequences found (PFAM input)
1055 exception.stockholm_invalid_format = This file is not in valid STOCKHOLM format: First line does not contain '# STOCKHOLM'
1056 exception.couldnt_parse_sequence_line = Could not parse sequence line: {0}
1057 exception.unknown_annotation_detected = Unknown annotation detected: {0} {1}
1058 exception.couldnt_store_sequence_mappings = Couldn't store sequence mappings for {0}
1059 exception.matrix_too_many_iteration = Too many iterations in {0} (max is {1})
1060 exception.browser_not_found = Exception in finding browser: {0}
1061 exception.browser_unable_to_locate = Unable to locate browser: {0}
1062 exception.invocation_target_exception_creating_aedesc = InvocationTargetException while creating AEDesc: {0}
1063 exception.illegal_access_building_apple_evt= IllegalAccessException while building AppleEvent: {0}
1064 exception.unable_to_launch_url = Unable to launch URL: {0}
1065 exception.unable_to_create_internet_config = Unable to create an Internet Config instance: {0}
1066 exception.invocation_target_calling_url = InvocationTargetException while calling openURL: {0}
1067 exception.illegal_access_calling_url = IllegalAccessException while calling openURL: {0}
1068 exception.interrupted_launching_browser = InterruptedException while launching browser: {0}
1069 exception.ebiembl_retrieval_failed_on = EBI EMBL XML retrieval failed on {0}:{1}
1070 exception.no_pdb_records_for_chain = No PDB Records for {0} chain {1}
1071 exception.unexpected_handling_rnaml_translation_for_pdb = Unexpected exception when handling RNAML translation of PDB data
1072 exception.couldnt_recover_sequence_properties_for_alignment = Couldn't recover sequence properties for alignment
1073 exception.unknown_format_for_file = Unknown format {0} for file \: \n{1}
1074 label.remove_gaps = Remove Gaps
1075 exception.couldnt_recover_sequence_props_for_jnet_query = Couldn't recover sequence properties for JPred Query sequence!
1076 exception.server_timeout_try_later = Server timed out - try again later\n
1077 exception.web_service_returned_null_try_later= Server at {0} returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later.
1078 exception.cannot_contact_service_endpoint_at = Cannot contact service endpoint at {0}
1079 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set = Implementation error: Cannot find service url in the given url set!
1080 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set_param_store = Implementation error: Cannot find service url in the given url set for this service parameter store ({0}}
1081 exception.jobsubmission_invalid_params_set = Invalid parameter set. Check Jalview implementation
1082 exception.notvaliddata_group_contains_less_than_min_seqs = Group contains less than {0} sequences.
1083 exception.outofmemory_loading_pdb_file = Out of memory loading PDB File
1084 exception.eps_coudnt_write_output_file = Could not write to the output file: {0}
1085 exception.eps_method_not_supported = Method not currently supported by EpsGraphics2D version {0}
1086 exception.eps_unable_to_get_inverse_matrix = Unable to get inverse of matrix: {0}
1087 warn.job_cannot_be_cancelled_close_window = This job cannot be cancelled.\nJust close the window.
1088 warn.service_not_supported = Service not supported!
1089 warn.input_is_too_big = Input is too big!
1090 warn.invalid_job_param_set = Invalid job parameter set!
1091 warn.oneseq_msainput_selection = The current selection only contains a single sequence. Do you want to submit all sequences for alignment instead ?   
1092 info.job_couldnt_be_run_server_doesnt_support_program = Job could not be run because the server doesn't support this program.\n{0}
1093 info.job_couldnt_be_run_exceeded_hard_limit = Job could not be run because it exceeded a hard limit on the server.\n{0}
1094 info.job_couldnt_be_run_incorrect_param_setting = Job could not be run because some of the parameter settings are not supported by the server.\n{0}\nPlease check to make sure you have used the correct parameter set for this service\!\n
1095 info.no_jobs_ran = No jobs ran
1096 info.failed_to_submit_prediction = Failed to submit the prediction\:\n{0} {1}
1097 info.invalid_jnet_job_result_data ={0}\n{1}\nInvalid JPred job result data\!\n{2}
1098 info.failed_to_submit_sequences_for_alignment = Failed to submit sequences for alignment.\nIt is most likely that there is a problem with the server.\nJust close the window\n
1099 info.alignment_object_method_notes = \nAlignment Object Method Notes\n
1100 info.server_exception = \n{0} Server exception\!\n{1}
1101 info.invalid_msa_input_mininfo = Need at least two sequences with at least 3 residues each, with no hidden regions between them.  
1102 info.invalid_msa_notenough = Not enough sequence data to align
1103 status.processing_commandline_args = Processing commandline arguments...
1104 status.das_features_being_retrived = DAS features being retrieved...
1105 status.searching_for_sequences_from = Searching for sequences from {0}
1106 status.finished_searching_for_sequences_from = Finished searching for sequences from {0}
1107 label.eps_file = EPS file
1108 label.png_image = PNG image
1109 status.saving_file = Saving {0}
1110 status.export_complete = {0} Export completed.
1111 status.fetching_pdb = Fetching PDB {0}
1112 status.refreshing_news = Refreshing news
1113 status.importing_vamsas_session_from = Importing VAMSAS session from {0}
1114 status.opening_params = Opening {0}
1115 status.waiting_sequence_database_fetchers_init = Waiting for Sequence Database Fetchers to initialise
1116 status.init_sequence_database_fetchers = Initialising Sequence Database Fetchers
1117 status.fetching_sequence_queries_from = Fetching {0} sequence queries from {1}
1118 status.finshed_querying = Finished querying
1119 status.parsing_results = Parsing results.
1120 status.processing = Processing...
1121 status.refreshing_web_service_menus = Refreshing Web Service Menus
1122 status.collecting_job_results = Collecting job results.
1123 status.fetching_db_refs = Fetching db refs
1124 status.loading_cached_pdb_entries = Loading Cached PDB Entries
1125 status.searching_for_pdb_structures = Searching for PDB Structures
1126 status.opening_file_for = opening file for
1127 status.colouring_chimera = Colouring Chimera
1128 label.font_doesnt_have_letters_defined = Font doesn't have letters defined\nso cannot be used\nwith alignment data
1129 label.font_too_small = Font size is too small
1130 label.error_loading_file_params = Error loading file {0}
1131 label.error_loading_jalview_file = Error loading Jalview file
1132 warn.out_of_memory_when_action = Out of memory when {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1133 warn.out_of_memory_loading_file = Out of memory loading file {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1134 label.out_of_memory = Out of memory
1135 label.invalid_id_column_width = Invalid ID Column width
1136 warn.user_defined_width_requirements = The user defined width for the\nannotation and sequence ID columns\nin exported figures must be\nat least 12 pixels wide.
1137 label.couldnt_create_sequence_fetcher = Couldn't create SequenceFetcher
1138 warn.couldnt_create_sequence_fetcher_client = Could not create the sequence fetcher client. Check error logs for details.
1139 warn.server_didnt_pass_validation = Service did not pass validation.\nCheck the Jalview Console for more details.
1140 warn.url_must_contain = Sequence URL must contain $SEQUENCE_ID$, $DB_ACCESSION$, or a regex
1141 warn.urls_not_contacted = URLs that could not be contacted
1142 warn.urls_no_jaba = URLs without any JABA Services
1143 info.validate_jabaws_server = Validate JabaWS Server ?\n(Look in console output for results)
1144 label.test_server = Test Server?
1145 label.new_sequence_fetcher = New Sequence Fetcher
1146 label.additional_sequence_fetcher = Additional Sequence Fetcher
1147 label.select_database_retrieval_source = Select Database Retrieval Source
1148 label.overwrite_existing_file = Overwrite existing file?
1149 label.file_already_exists = File exists
1150 label.edit_jabaws_url = Edit JABAWS URL
1151 label.add_jabaws_url = Add new JABAWS URL
1152 label.news_from_jalview = News from http://www.jalview.org
1153 label.cut_paste_alignmen_file = Cut & Paste Alignment File
1154 label.enter_redundancy_threshold = Enter the redundancy threshold
1155 label.select_dark_light_set_threshold = <html><i>Select a dark and light text colour, then set the threshold to<br>switch between colours, based on background colour</i></html>
1156 label.select_feature_colour = Select Feature Colour
1157 label.delete_all = Delete all sequences
1158 warn.delete_all = <html>Deleting all sequences will close the alignment window.<br>Confirm deletion or Cancel.
1159 label.add_annotations_for = Add annotations for
1160 action.choose_annotations = Choose Annotations...
1161 label.choose_annotations = Choose Annotations
1162 label.find = Find
1163 label.invalid_search = Search string invalid
1164 error.invalid_regex = Invalid regular expression
1165 label.ignore_gaps_consensus = Ignore Gaps In Consensus
1166 label.show_group_histogram = Show Group Histogram
1167 label.show_group_logo = Show Group Logo
1168 label.normalise_group_logo = Normalise Group Logo
1169 label.show_histogram = Show Histogram
1170 label.show_logo = Show Logo
1171 label.normalise_logo = Normalise Logo
1172 label.no_colour_selection_in_scheme = Please make a colour selection before applying colour scheme
1173 label.no_colour_selection_warn = Error saving colour scheme
1174 label.open_split_window? = Would you like to open as a split window, with cDNA and protein linked?
1175 label.open_split_window = Open split window
1176 action.no = No
1177 action.yes = Yes
1178 label.for = for
1179 label.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation
1180 action.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation...
1181 label.threshold_filter =  Threshold Filter
1182 label.alpha_helix = Alpha Helix
1183 label.beta_strand = Beta Strand
1184 label.turn = Turn
1185 label.select_all = Select All
1186 label.structures_filter = Structures Filter
1187 label.search_filter = Search Filter
1188 label.include_description= Include Description
1189 action.back = Back
1190 label.hide_insertions = Hide Insertions
1191 label.mark_as_representative = Mark as representative
1192 label.open_jabaws_web_page = Open JABAWS web page
1193 label.pdb_sequence_fetcher = PDB Sequence Fetcher
1194 label.result = result
1195 label.results = results
1196 label.structure_chooser = Structure Chooser
1197 label.invert = Invert 
1198 label.select_pdb_file = Select PDB File
1199 info.select_filter_option = Select Filter Option/Manual Entry
1200 info.associate_wit_sequence = Associate with Sequence
1201 label.search_result = Search Result
1202 label.found_structures_summary = Found Structures Summary
1203 label.configure_displayed_columns = Customise Displayed Options
1204 label.start_jalview = Start Jalview
1205 label.biojs_html_export = BioJS
1206 label.scale_as_cdna = Scale protein residues to codons
1207 label.font_as_cdna = Use same font for cDNA and peptide
1208 label.scale_protein_to_cdna = Scale Protein to cDNA
1209 label.scale_protein_to_cdna_tip = Make protein residues same width as codons in split frame views
1210 info.select_annotation_row = Select Annotation Row
1211 info.enter_search_text_here = Enter Search Text Here
1212 info.enter_search_text_to_enable = Enter Search Text to Enable
1213 info.search_in_annotation_label = Search in {0} Label
1214 info.search_in_annotation_description = Search in {0} Description
1215 info.change_threshold_mode_to_enable = Change Threshold Mode to Enable
1216 label.couldnt_read_data = Couldn't read data
1217 label.embbed_biojson = Embed BioJSON to HTML export
1218 action.export_groups = Export Groups
1219 action.export_annotations = Export Annotations
1220 action.export_hidden_columns = Export Hidden Columns
1221 action.export_hidden_sequences = Export Hidden Sequences
1222 action.export_features = Export Features
1223 label.export_settings = Export Settings
1224 label.pdb_web-service_error = PDB Web-service Error
1225 label.structure_chooser_manual_association = Structure Chooser - Manual association
1226 label.structure_chooser_filter_time = Structure Chooser - Filter time ({0})
1227 label.structure_chooser_no_of_structures = Structure Chooser - {0} Found ({1})
1228 info.no_pdb_entry_found_for = No PDB entry found for {0}
1229 exception.unable_to_detect_internet_connection = Jalview is unable to detect an internet connection
1230 exception.fts_server_unreachable = Jalview is unable to reach the {0} server. \nPlease ensure that you are connected to the internet and try again.
1231 label.nw_mapping = Needleman & Wunsch Alignment
1232 label.sifts_mapping = SIFTs Mapping
1233 label.mapping_method = Sequence \u27f7 Structure mapping method
1234 status.waiting_for_user_to_select_output_file = Waiting for user to select {0} file
1235 status.cancelled_image_export_operation = Cancelled {0} export operation
1236 info.error_creating_file = Error creating {0} file
1237 exception.outofmemory_loading_mmcif_file = Out of memory loading mmCIF File
1238 label.run_groovy = Run Groovy console script
1239 label.run_groovy_tip = Run the script in the Groovy console over this alignment
1240 label.couldnt_run_groovy_script = Failed to run Groovy script
1241 label.uniprot_sequence_fetcher = UniProt Sequence Fetcher
1242 action.next_page= >> 
1243 action.prev_page= << 
1244 label.next_page_tooltip=Next Page
1245 label.prev_page_tooltip=Previous Page
1246 status.launching_3d_structure_viewer = Launching 3D Structure viewer...
1247 status.fetching_3d_structures_for_selected_entries = Fetching 3D Structures for selected entries...
1248 status.fetching_dbrefs_for_sequences_without_valid_refs = Fetching db refs for {0} sequence(s) without valid db ref required for SIFTS mapping
1249 status.fetching_3d_structures_for = Fetching 3D Structure for {0}
1250 status.obtaining_mapping_with_sifts = Obtaining mapping with SIFTS
1251 status.obtaining_mapping_with_nw_alignment = Obtaining mapping with NW alignment
1252 status.exporting_alignment_as_x_file = Exporting alignment as {0} file
1253 label.column = Column
1254 label.cant_map_cds = Unable to map CDS to protein\nCDS missing or incomplete
1255 label.operation_failed = Operation failed
1256 label.SEQUENCE_ID_no_longer_used = $SEQUENCE_ID$ is no longer used for DB accessions
1257 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1 = Please review your URL links in the 'Connections' tab of the Preferences window:
1258 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2 = URL links using '$SEQUENCE_ID$' for DB accessions now use '$DB_ACCESSION$'.
1259 label.do_not_display_again = Do not display this message again
1260 exception.url_cannot_have_duplicate_id = {0} cannot be used as a label for more than one line
1261 action.customfilter = Custom only
1262 action.showall = Show All
1263 label.insert = Insert:
1264 action.seq_id = $SEQUENCE_ID$
1265 action.db_acc = $DB_ACCESSION$
1266 label.primary = Double Click
1267 label.inmenu = In Menu
1268 label.id = ID
1269 label.database = Database
1270 label.urltooltip = Only one url, which must use a sequence id, can be selected for the 'On Click' option
1271 label.edit_sequence_url_link = Edit sequence URL link
1272 warn.name_cannot_be_duplicate = User-defined URL names must be unique and cannot be MIRIAM ids
1273 label.output_seq_details = Output Sequence Details to list all database references
1274 label.urllinks = Links
1275 action.clear_cached_items = Clear Cached Items
1276 label.togglehidden = Show hidden regions
1277 label.quality_descr = Alignment Quality based on Blosum62 scores
1278 label.conservation_descr = Conservation of total alignment less than {0}% gaps
1279 label.consensus_descr = PID
1280 label.complement_consensus_descr = PID for cDNA
1281 label.strucconsensus_descr = PID for base pairs
1282 label.occupancy_descr = Number of aligned positions 
1283 label.show_experimental = Enable experimental features
1284 label.show_experimental_tip = Enable any new and currently 'experimental' features (see Latest Release Notes for details)
1285 label.warning_hidden = Warning: {0} {1} is currently hidden
1286 label.overview_settings = Overview settings
1287 label.ov_legacy_gap = Use legacy gap colouring (gaps are white)
1288 label.gap_colour = Gap colour:
1289 label.ov_show_hide_default = Show hidden regions when opening overview
1290 label.hidden_colour = Hidden colour:
1291 label.select_gap_colour = Select gap colour
1292 label.select_hidden_colour = Select hidden colour
1293 label.overview = Overview
1294 label.reset_to_defaults = Reset to defaults
1295 label.oview_calc = Recalculating overview...
1296 label.feature_details = Feature details
1297 label.matchCondition_contains = Contains
1298 label.matchCondition_notcontains = Does not contain
1299 label.matchCondition_matches = Matches
1300 label.matchCondition_notmatches = Does not match
1301 label.matchCondition_present = Is present
1302 label.matchCondition_notpresent = Is not present
1303 label.matchCondition_eq = =
1304 label.matchCondition_ne = not =
1305 label.matchCondition_lt = <
1306 label.matchCondition_le = <=
1307 label.matchCondition_gt = >
1308 label.matchCondition_ge = >=
1309 label.numeric_required = The value should be numeric
1310 label.filter = Filter
1311 label.filters = Filters
1312 label.join_conditions = Join conditions with
1313 label.delete_condition = Delete this condition
1314 label.score = Score
1315 label.colour_by_label = Colour by label
1316 label.variable_colour = Variable colour...
1317 label.select_colour = Select colour
1318 option.enable_disable_autosearch = When ticked, search is performed automatically
1319 option.autosearch = Autosearch
1320 label.retrieve_ids = Retrieve IDs
1321 label.display_settings_for = Display settings for {0} features
1322 label.simple = Simple
1323 label.simple_colour = Simple Colour
1324 label.colour_by_text = Colour by text
1325 label.graduated_colour = Graduated Colour
1326 label.by_text_of = By text of
1327 label.by_range_of = By range of
1328 label.or = Or
1329 label.and = And
1330 label.sequence_feature_colours = Sequence Feature Colours
1331 label.best_quality = Best Quality
1332 label.best_resolution = Best Resolution
1333 label.most_protein_chain = Most Protein Chain
1334 label.most_bound_molecules = Most Bound Molecules
1335 label.most_polymer_residues = Most Polymer Residues
1336 label.cached_structures = Cached Structures
1337 label.free_text_search = Free Text Search
1338 label.backupfiles_confirm_delete = Confirm delete
1339 label.backupfiles_confirm_delete_old_files = Delete the following older backup files? (see the Backups tab in Preferences for more options)
1340 label.backupfiles_confirm_save_file = Confirm save file
1341 label.backupfiles_confirm_save_file_backupfiles_roll_wrong = Something possibly went wrong with the backups of this file.
1342 label.backupfiles_confirm_save_new_saved_file_ok = The new saved file seems okay.
1343 label.backupfiles_confirm_save_new_saved_file_not_ok = The new saved file might not be okay.
1344 label.backups = Backups
1345 label.backup = Backup
1346 label.backup_files = Backup Files
1347 label.enable_backupfiles = Enable backup files
1348 label.backup_filename_strategy = Backup filename strategy
1349 label.append_to_filename = Append to filename (%n is replaced by the backup number)
1350 label.append_to_filename_tooltip = %n in the text will be replaced by the backup number. The text will appear after the filename. See the summary box above.
1351 label.index_digits = Number of digits to use for the backup number (%n)
1352 label.summary_of_backups_scheme = Summary of backup scheme
1353 label.scheme_examples = Scheme examples
1354 label.increment_index = Increase appended text numbers - newest file has largest number.
1355 label.reverse_roll = "Roll" appended text numbers - newest backup file is always number 1.
1356 label.keep_files = Deleting old backup files
1357 label.keep_all_backup_files = Do not delete old backup files
1358 label.keep_only_this_number_of_backup_files = Keep only this number of most recent backup files
1359 label.autodelete_old_backup_files = Auto-delete old backup files:
1360 label.always_ask = Always ask
1361 label.auto_delete = Automatically delete
1362 label.filename = filename
1363 label.braced_oldest = (oldest)
1364 label.braced_newest = (most recent)
1365 label.configuration = Configuration
1366 label.configure_feature_tooltip = Click to configure variable colour or filters
1367 label.schemes = Schemes
1368 label.customise = Customise
1369 label.custom = Custom
1370 label.default = Default
1371 label.single_file = Single backup
1372 label.keep_all_versions = Keep all versions
1373 label.rolled_backups = Rolled backup files
1374 label.customise_description = Select Customise, make changes, and click on OK to save your own custom scheme
1375 label.custom_description = Your own saved scheme
1376 label.default_description = Keep the last three versions of the file
1377 label.single_file_description = Keep the last version of the file
1378 label.keep_all_versions_description = Keep all previous versions of the file
1379 label.rolled_backups_description = Keep the last nine versions of the file from _bak.1 (newest) to _bak.9 (oldest)
1380 label.cancel_changes_description = Cancel changes made to your last saved Custom scheme
1381 label.previously_saved_scheme = Previously saved scheme
1382 label.no_backup_files = NO BACKUP FILES
1383 label.include_backup_files = Include backup files
1384 label.cancel_changes = Cancel changes
1385 label.warning_confirm_change_reverse = Warning!\nIf you change the increment/decrement of the backup filename number, without changing the suffix or number of digits,\nthis may cause loss of backup files created with the previous backup filename scheme.\nAre you sure you wish to do this?
1386 label.change_increment_decrement = Change increment/decrement?
1387 label.was_previous = was {0}
1388 label.newerdelete_replacement_line = Backup file\n''{0}''\t(modified {2}, size {4})\nis to be deleted and replaced by apparently older file\n''{1}''\t(modified {3}, size {5}).
1389 label.confirm_deletion_or_rename = Confirm deletion of ''{0}'' or rename to ''{1}''?
1390 label.newerdelete_line = Backup file\n''{0}''\t(modified {2}, size {4})\nis to be deleted but is newer than the oldest remaining backup file\n''{1}''\t(modified {3}, size {5}).
1391 label.confirm_deletion = Confirm deletion of ''{0}''?
1392 label.delete = Delete
1393 label.rename = Rename
1394 label.keep = Keep
1395 label.file_info = (modified {0}, size {1})
1396 label.annotation_name = Annotation Name
1397 label.annotation_description = Annotation Description 
1398 label.edit_annotation_name_description = Edit Annotation Name/Description
1399 label.alignment = alignment
1400 label.pca = PCA
1401 label.create_image_of = Create {0} image of {1}
1402 label.click_to_edit = Click to edit, right-click for menu
1403 label.by_annotation_tooltip = Annotation Colour is configured from the main Colour menu
1404 label.show_linked_features = Show {0} features
1405 label.show_linked_feature_settings = Open {0} settings
1406 label.on_top = on top
1407 label.include_linked_features = Include {0} features
1408 label.include_linked_tooltip = Include visible {0} features<br>converted to local sequence coordinates