JAL-3551 copy Jalview features to Pymol 'p' (with pull refactoring)
[jalview.git] / resources / lang / Messages.properties
1 action.refresh_services = Refresh Services
2 action.reset_services = Reset Services
3 action.merge_results = Merge Results
4 action.load_scheme = Load scheme
5 action.save_scheme = Save scheme
6 label.scheme_changed = Changes to scheme ''{0}'' have not been saved.<br><br>Save changes, or continue without saving to make a new colour scheme.
7 label.save_changes = Save Changes
8 label.dont_save_changes = Don't Save
9 action.save_image = Save Image
10 action.paste = Paste
11 action.show_html_source = Show HTML Source
12 action.print = Print...
13 action.web_service = Web Service
14 action.cancel_job = Cancel Job
15 action.start_job = Start Job
16 action.revert = Revert
17 action.move_down = Move Down
18 action.move_up = Move Up
19 action.remove_return_datatype = Remove return datatype
20 action.add_return_datatype = Add return datatype
21 action.remove_input_parameter = Remove selected input parameter
22 action.add_input_parameter = Add input parameter
23 action.edit = Edit
24 action.new = New
25 action.open_file = Open file
26 action.show_unconserved = Show Unconserved
27 action.open_new_alignment = Open new alignment
28 action.raise_associated_windows = Raise Associated Windows
29 action.minimize_associated_windows = Minimize Associated Windows
30 action.close_all = Close all
31 action.load_project = Load Project
32 action.save_project = Save Project
33 action.save_project_as = Save Project as...
34 action.quit = Quit
35 label.quit_jalview = Quit Jalview?
36 action.expand_views = Expand Views
37 action.gather_views = Gather Views
38 action.page_setup = Page Setup...
39 action.reload = Reload
40 action.load = Load
41 action.open = Open
42 action.cancel = Cancel
43 action.create = Create
44 action.update = Update
45 action.delete = Delete
46 action.clear = Clear
47 action.accept = Accept
48 action.select_ddbb = --- Select Database ---
49 action.undo = Undo
50 action.redo = Redo
51 action.reset = Reset
52 action.remove_left = Remove left
53 action.remove_right = Remove right
54 action.remove_empty_columns = Remove Empty Columns
55 action.remove_all_gaps = Remove All Gaps
56 action.left_justify_alignment = Left Justify Alignment
57 action.right_justify_alignment = Right Justify Alignment
58 action.boxes = Boxes
59 action.text = Text
60 action.by_pairwise_id = By Pairwise Identity
61 action.by_id = By Id
62 action.by_length = By Length
63 action.by_group = By Group
64 action.unmark_as_reference = Unmark as Reference 
65 action.set_as_reference = Set as Reference 
66 action.remove = Remove
67 action.remove_redundancy = Remove Redundancy...
68 action.pairwise_alignment = Pairwise Alignment
69 action.user_defined = User Defined...
70 action.by_conservation = By Conservation
71 action.wrap = Wrap
72 action.show_gaps = Show Gaps
73 action.show_hidden_markers = Show Hidden Markers
74 action.find = Find
75 action.undefine_groups = Undefine Groups
76 action.make_groups_selection = Make Groups For Selection
77 action.copy = Copy
78 action.cut = Cut
79 action.font = Font...
80 action.scale_above = Scale Above
81 action.scale_left = Scale Left
82 action.scale_right = Scale Right
83 action.by_tree_order = By Tree Order
84 action.sort = Sort
85 action.calculate_tree = Calculate Tree...
86 action.calculate_tree_pca = Calculate Tree or PCA...
87 action.help = Help
88 action.by_annotation = By Annotation...
89 action.invert_sequence_selection = Invert Sequence Selection
90 action.invert_column_selection = Invert Column Selection
91 action.show = Show
92 action.hide = Hide
93 action.ok = OK
94 action.set_defaults = Defaults
95 action.create_group = Create Group
96 action.remove_group = Remove Group
97 action.edit_group = Edit Group
98 action.border_colour = Border colour
99 action.edit_new_group = Edit New Group
100 action.hide_sequences = Hide Sequences
101 action.sequences = Sequences
102 action.ids = IDS
103 action.ids_sequences = IDS and sequences
104 action.reveal_all = Reveal All
105 action.reveal_sequences = Reveal Sequences
106 action.find_all = Find all
107 action.find_next = Find next
108 action.file = File
109 action.view = View
110 action.annotations = Annotations
111 action.change_params = Change Parameters
112 action.apply = Apply
113 action.apply_threshold_all_groups = Apply threshold to all groups
114 action.apply_all_groups = Apply to all Groups
115 action.by_chain = By Chain
116 action.by_sequence = By Sequence
117 action.paste_annotations = Paste Annotations
118 action.format = Format
119 action.select = Select
120 action.new_view = New View
121 action.close = Close
122 action.add = Add
123 action.save_as = Save as...
124 action.save = Save
125 action.change_font = Change Font
126 action.change_font_tree_panel = Change Font (Tree Panel)
127 action.colour = Colour
128 action.calculate = Calculate
129 action.select_all = Select all
130 action.select_highlighted_columns = Select Highlighted Columns
131 tooltip.select_highlighted_columns = Press B to mark highlighted columns, Ctrl-(or Cmd)-B to toggle, and Alt-B to mark all but highlighted columns 
132 action.deselect_all = Deselect all
133 action.invert_selection = Invert selection
134 action.using_jmol = Using Jmol
135 action.undo_changes_to_feature_settings = Undo all unapplied changes to feature settings
136 action.undo_changes_to_feature_settings_and_close_the_dialog = Undo all pending changes and close the feature settings dialog
137 action.link = Link
138 action.group_link = Group Link
139 action.show_chain = Show Chain
140 action.show_group = Show Group
141 action.fetch_db_references = Fetch DB References
142 action.view_flanking_regions = Show flanking regions
143 label.view_flanking_regions = Show sequence data either side of the subsequences involved in this alignment
144 label.structures_manager = Structures Manager
145 label.url = URL
146 label.url\: = URL:
147 label.input_file_url = Enter URL or Input File
148 label.select_feature = Select feature
149 label.name = Name
150 label.name\: = Name:
151 label.name_param = Name: {0}
152 label.group = Group
153 label.group\: = Group:
154 label.group_name = Group Name
155 label.group_description = Group Description
156 label.edit_group_name_description = Edit Group Name/Description
157 label.colour = Colour:
158 label.description = Description
159 label.description\: = Description:
160 label.start = Start:
161 label.end = End:
162 label.current_parameter_set_name = Current parameter set name:
163 label.service_action = Service Action:
164 label.post_url = POST URL:
165 label.url_suffix = URL Suffix
166 label.per_seq = per Sequence
167 label.result_vertically_separable = Results are vertically separable
168 label.amend = Amend
169 label.undo_command = Undo {0}
170 label.redo_command = Redo {0}
171 label.principal_component_analysis = Principal Component Analysis
172 label.average_distance_identity = Average Distance Using % Identity
173 label.neighbour_joining_identity = Neighbour Joining Using % Identity
174 label.choose_calculation = Choose Calculation
175 label.calc_title = {0} Using {1}
176 label.tree_calc_av = Average Distance
177 label.tree_calc_nj = Neighbour Joining
178 label.score_model_pid = % Identity
179 label.score_model_blosum62 = BLOSUM62
180 label.score_model_pam250 = PAM 250
181 label.score_model_smithwatermanscore = Score between two sequences aligned with Smith-Waterman with default Peptide/Nucleotide matrix
182 label.score_model_sequencefeaturesimilarity = Distance measure of average number of features not shared at sequence positions 
183 label.score_model_conservation = Physicochemical property conservation
184 label.score_model_enhconservation = Physicochemical property conservation
185 label.status_bar = Status bar
186 label.out_to_textbox = Output to Textbox
187 label.occupancy = Occupancy
188 # delete Clustal - use FileFormat name instead
189 label.clustal = Clustal
190 # label.colourScheme_<schemeName> as in JalviewColourScheme, spaces removed
191 label.colourScheme_clustal = Clustalx
192 label.colourScheme_blosum62 = BLOSUM62 Score
193 label.colourScheme_%identity = Percentage Identity
194 label.colourScheme_zappo = Zappo
195 label.colourScheme_taylor = Taylor
196 label.colourScheme_hydrophobic = Hydrophobicity
197 label.colourScheme_helixpropensity = Helix Propensity
198 label.colourScheme_strandpropensity = Strand Propensity
199 label.colourScheme_turnpropensity = Turn Propensity
200 label.colourScheme_buriedindex = Buried Index
201 label.colourScheme_purine/pyrimidine = Purine/Pyrimidine
202 label.colourScheme_nucleotide = Nucleotide
203 label.colourScheme_t-coffeescores = T-Coffee Scores
204 label.colourScheme_rnahelices = By RNA Helices
205 label.colourScheme_sequenceid = Sequence ID Colour
206 label.blc = BLC
207 label.fasta = Fasta
208 label.msf = MSF
209 label.pfam = PFAM
210 label.pileup = Pileup
211 label.pir = PIR
212 label.average_distance_blosum62 = Average Distance Using BLOSUM62
213 label.neighbour_blosum62 = Neighbour Joining Using BLOSUM62
214 label.show_annotations = Show annotations
215 label.hide_annotations = Hide annotations
216 label.show_all_seq_annotations = Show sequence related
217 label.hide_all_seq_annotations = Hide sequence related
218 label.show_all_al_annotations = Show alignment related
219 label.hide_all_al_annotations = Hide alignment related
220 label.hide_all = Hide all
221 label.add_reference_annotations = Add reference annotations
222 label.find_tip = Search alignment, selection or sequence ids for a subsequence (ignoring gaps).<br>Accepts regular expressions - search Help for 'regex' for details.
223 label.colour_text = Colour Text
224 label.show_non_conserved = Show nonconserved
225 label.overview_window = Overview Window
226 label.none = None
227 label.above_identity_threshold = Above Identity Threshold
228 label.show_sequence_features = Show Sequence Features
229 label.nucleotide = Nucleotide
230 label.protein = Protein
231 label.nucleotides = Nucleotides
232 label.proteins = Proteins
233 label.CDS = CDS
234 label.to_new_alignment = To New Alignment
235 label.to_this_alignment = Add To This Alignment
236 label.apply_colour_to_all_groups = Apply Colour To All Groups
237 label.modify_identity_threshold = Modify Identity Threshold...
238 label.modify_conservation_threshold = Modify Conservation Threshold...
239 label.input_from_textbox = Input from textbox
240 label.centre_column_labels = Centre column labels
241 label.automatic_scrolling = Automatic Scrolling
242 label.documentation = Documentation
243 label.about = About...
244 label.show_sequence_limits = Show Sequence Limits
245 action.feature_settings = Feature Settings...
246 label.all_columns = All Columns
247 label.all_sequences = All Sequences
248 label.selected_columns = Selected Columns 
249 label.selected_sequences = Selected Sequences
250 label.except_selected_sequences = All except selected sequences
251 label.all_but_selected_region = All but Selected Region (Shift+Ctrl+H)
252 label.selected_region = Selected Region
253 label.all_sequences_columns = All Sequences and Columns
254 label.hide_selected_annotations = Hide selected annotations
255 label.show_selected_annotations = Show selected annotations
256 label.group_consensus = Group Consensus
257 label.group_conservation = Group Conservation
258 label.show_consensus_histogram = Show Consensus Histogram
259 label.show_consensus_logo = Show Consensus Logo
260 label.norm_consensus_logo = Normalise Consensus Logo
261 label.apply_all_groups = Apply to all groups
262 label.autocalculated_annotation = Autocalculated Annotation
263 label.show_first = Show first
264 label.show_last = Show last
265 label.struct_from_pdb = Process secondary structure from PDB
266 label.use_rnaview = Use RNAView for secondary structure
267 label.autoadd_secstr = Add secondary structure annotation to alignment
268 label.autoadd_temp = Add Temperature Factor annotation to alignment
269 label.structure_viewer = Default structure viewer
270 label.double_click_to_browse = Double-click to browse for file
271 label.viewer_path = Path to {0} program
272 label.viewer_path_tip = Jalview will first try any path entered here, else standard installation locations.<br>Double-click to browse for file.
273 label.invalid_viewer_path = Path not found or not executable
274 label.viewer_missing = Structure viewer not found.<br/>Please enter the path to the executable (if installed),<br/>or download and install the program.
275 label.open_viewer_failed = Error opening {0} - is it installed?\nCheck path in Preferences, Structure
276 label.min_colour = Minimum Colour
277 label.max_colour = Maximum Colour
278 label.no_colour = No Colour
279 label.use_original_colours = Use Original Colours
280 label.threshold_minmax = Threshold is min/max
281 label.represent_group_with = Represent Group with {0}
282 label.selection = Selection
283 label.group_colour = Group Colour
284 label.sequence = Sequence
285 label.view_pdb_structure = View PDB Structure
286 label.min_value = Min value
287 label.max_value = Max value
288 label.no_value = No value
289 label.new_feature = New Feature
290 label.match_case = Match Case
291 label.view_alignment_editor = View in alignment editor
292 label.labels = Labels
293 label.output_values = Output Values...
294 label.output_points = Output points...
295 label.output_transformed_points = Output transformed points
296 label.input_data = Input Data...
297 label.nucleotide_matrix = Nucleotide matrix
298 label.protein_matrix = Protein matrix
299 label.show_bootstrap_values = Show Bootstrap Values
300 label.show_distances = Show distances
301 label.mark_unassociated_leaves = Mark Unassociated Leaves
302 label.fit_to_window = Fit To Window
303 label.newick_format = Newick Format
304 label.select_newick_like_tree_file = Select a newick-like tree file
305 label.colours = Colours
306 label.view_mapping = View Mapping
307 label.wireframe = Wireframe
308 label.depthcue = Depthcue
309 label.z_buffering = Z Buffering
310 label.charge_cysteine = Charge & Cysteine
311 label.all_chains_visible = All Chains Visible
312 label.successfully_added_features_alignment = Successfully added features to alignment
313 label.keyboard_editing_mode = Keyboard editing mode is {0}
314 label.paste_features_annotations_Tcoffee_here = Paste your features / annotations / T-coffee score file here.
315 label.removed_columns = Removed {0} columns.
316 label.removed_empty_columns = Removed {0} empty columns.
317 label.paste_newick_tree_file = Paste your Newick tree file here.
318 label.order_by_params = Order by {0}
319 label.html_content = <html>{0}</html>
320 label.paste_pdb_file= Paste your PDB file here.
321 label.paste_pdb_file_for_sequence = Paste PDB file for sequence {0}
322 label.could_not_parse_newick_file  = Could not parse Newick file\!\n {0}
323 label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment= Successfully pasted T-Coffee scores to alignment.
324 label.failed_add_tcoffee_scores = Failed to add T-Coffee scores: 
325 label.successfully_pasted_annotation_to_alignment= Successfully pasted annotation to alignment.
326 label.couldnt_parse_pasted_text_as_valid_annotation_feature_GFF_tcoffee_file = Couldn't parse pasted text as a valid annotation, feature, GFF, or T-Coffee score file
327 label.successfully_pasted_alignment_file = Successfully pasted alignment file
328 label.paste_your_alignment_file = Paste your alignment file here
329 label.paste_your = Paste your
330 label.finished_searching = Finished searching
331 label.search_results= Search results {0} : {1}
332 label.found_match_for = Found match for {0}
333 label.font = Font:
334 label.size = Size:
335 label.style = Style:
336 label.calculating = Calculating....
337 label.modify_conservation_visibility = Modify conservation visibility
338 label.colour_residues_above_occurrence = Colour residues above % occurrence
339 label.set_this_label_text = set this label text
340 label.sequences_from = Sequences from {0}
341 label.successfully_loaded_file  = Successfully loaded file {0}
342 label.successfully_loaded_matrix  = Successfully loaded score matrix {0}
343 label.successfully_saved_to_file_in_format = Successfully saved to file: {0} in {1} format.
344 label.copied_sequences_to_clipboard = Copied {0} sequences to clipboard.
345 label.check_file_matches_sequence_ids_alignment = Check that the file matches sequence IDs in the alignment.
346 label.problem_reading_tcoffee_score_file = Problem reading T-COFFEE score file
347 label.source_to_target = {0} ... {1}
348 label.per_sequence_only= Per-sequence only
349 label.to_file = to File
350 label.to_textbox = to Textbox
351 label.jalview = Jalview
352 label.csv_spreadsheet = CSV (Spreadsheet)
353 label.status = Status
354 label.channels = Channels
355 label.channel_title_item_count = {0} ({1})
356 label.blog_item_published_on_date = {0} {1} 
357 label.session_update = Session Update
358 label.new_vamsas_session = New Vamsas Session
359 action.load_vamsas_session = Load Vamsas Session...
360 action.save_vamsas_session = Save Vamsas Session
361 label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session= Select a vamsas session to be opened as a new vamsas session.
362 label.open_saved_vamsas_session = Open a saved VAMSAS session
363 label.groovy_console = Groovy Console...
364 label.lineart = Lineart
365 label.dont_ask_me_again = Don't ask me again
366 label.select_character_rendering_style = {0} character rendering style
367 label.select_character_style_title = {0} Rendering options
368 label.invert_selection = Invert Selection
369 label.optimise_order = Optimise Order
370 label.seq_sort_by_score = Sequence sort by Score
371 label.load_colours = Load Colours
372 label.save_colours = Save Colours
373 label.load_colours_tooltip = Load feature colours and filters from file
374 label.save_colours_tooltip = Save feature colours and filters to file
375 label.selected_database_to_fetch_from = Selected {0} database {1} to fetch from {2} 
376 label.database_param = Database: {0}
377 label.example = Example
378 label.example_param = Example: {0}
379 label.select_file_format_before_saving = You must select a file format before saving!
380 label.file_format_not_specified = File format not specified
381 label.couldnt_save_file = Couldn't save file: {0}
382 label.error_saving_file = Error Saving File
383 label.remove_from_default_list = Remove from default list?
384 label.remove_user_defined_colour = Remove user defined colour
385 label.you_must_select_least_two_sequences = You must select at least 2 sequences.
386 label.invalid_selection = Invalid Selection
387 label.sequence_selection_insufficient = Sequence selection insufficient
388 label.you_need_at_least_n_sequences = You need to select at least {0} sequences
389 label.not_enough_sequences = Not enough sequences
390 label.selected_region_to_tree_may_only_contain_residues_or_gaps =  The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
391 label.sequences_selection_not_aligned = Sequences in selection are not aligned
392 label.problem_reading_tree_file =  Problem reading tree file
393 label.possible_problem_with_tree_file = Possible problem with tree file
394 label.select_at_least_three_bases_in_at_least_one_sequence_to_cDNA_translation = Please select at least three bases in at least one sequence in order to perform a cDNA translation.
395 label.translation_failed = Translation Failed
396 label.error_when_translating_sequences_submit_bug_report = Unfortunately, something went wrong when translating your sequences.\nPlease take a look in the Jalview java console\nand submit a bug report including the stacktrace.
397 label.implementation_error  = Implementation error:
398 label.automatically_associate_structure_files_with_sequences_same_name = Do you want to automatically associate the {0} structure file(s) with sequences in the alignment that have the same name?
399 label.automatically_associate_structure_files_by_name = Automatically Associate Structure files by name
400 label.ignore_unmatched_dropped_files_info = <html>Do you want to <em>ignore</em> the {0} files whose names did not match any sequence IDs ?</html>
401 label.ignore_unmatched_dropped_files = Ignore unmatched dropped files?
402 label.view_name_original = Original
403 label.enter_view_name = Enter View Name
404 label.enter_label = Enter label
405 label.enter_label_for_the_structure = Enter a label for the structure
406 label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved = The following pdb entries could not be retrieved from the PDB\:\n{0}\nPlease retry, or try downloading them manually.
407 label.couldnt_load_file = Couldn't load file
408 label.couldnt_find_pdb_id_in_file = Couldn't find a PDB id in the file supplied. Please enter an Id to identify this structure.
409 label.no_pdb_id_in_file = No PDB Id in File
410 label.couldnt_read_pasted_text = Couldn't read the pasted text {0}
411 label.error_parsing_text = Error parsing text
412 label.input_alignment_from_url = Input Alignment From URL
413 label.input_alignment = Input Alignment
414 label.couldnt_import_as_vamsas_session = Couldn't import {0} as a new vamsas session.
415 label.vamsas_document_import_failed = Vamsas Document Import Failed
416 label.couldnt_locate = Couldn''t locate {0}
417 label.url_not_found = URL not found
418 label.new_sequence_url_link = New sequence URL link
419 label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view = Cannot edit annotations in wrapped view
420 label.wrapped_view_no_edit = Wrapped view - no edit
421 label.error_retrieving_data = Error Retrieving Data
422 label.user_colour_scheme_must_have_name = User colour scheme must have a name
423 label.no_name_colour_scheme = No name for colour scheme
424 label.invalid_url = Invalid URL !
425 label.error_loading_file = Error loading file
426 label.problems_opening_file = Encountered problems opening {0}!!
427 label.file_open_error = File open error
428 label.colour_scheme_exists_overwrite = Colour scheme {0} exists.\nContinue saving colour scheme as {1}?"
429 label.duplicate_scheme_name = Duplicate scheme name
430 label.jalview_new_questionnaire = There is a new Questionnaire available. Would you like to complete it now ?\n
431 label.jalview_user_survey = Jalview User Survey
432 label.alignment_properties = Alignment Properties: {0}
433 label.alignment_props = Alignment Properties
434 label.input_cut_paste = Cut & Paste Input
435 label.input_cut_paste_params = Cut & Paste Input - {0}
436 label.alignment_output_command = Alignment output - {0}
437 label.annotations = Annotations
438 label.structure_options = Structure Options
439 label.features = Features
440 label.overview_params = Overview {0}
441 label.paste_newick_file = Paste Newick file
442 label.load_tree_from_file = From File - 
443 label.colour_by_annotation = Colour by Annotation
444 label.selection_output_command = Selection output - {0}
445 label.annotation_for_displayid = <p><h2>Annotation for {0} </h2></p><p>
446 label.pdb_sequence_mapping = PDB - Sequence Mapping
447 label.pca_details = PCA details
448 label.redundancy_threshold_selection = Redundancy threshold selection
449 label.user_defined_colours = User defined colours
450 label.jalviewLite_release = JalviewLite - Release {0}
451 label.jaview_build_date = Build date: {0}
452 label.jalview_authors_1 = Authors: Jim Procter, Andrew Waterhouse, Mungo Carstairs, Tochukwu Ofoegbu, Lauren Lui, Jan Engelhardt,
453 label.jalview_authors_2 = Natasha Sherstnev, Daniel Barton, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, David Martin & Geoff Barton.
454 label.jalview_dev_managers = Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.
455 label.jalview_distribution_lists = For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list
456 label.jalview_please_cite = If  you use Jalview, please cite:
457 label.jalview_cite_1_authors = Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
458 label.jalview_cite_1_title = Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench
459 label.jalview_cite_1_ref = Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033
460 label.right_click = Right click
461 label.to_add_annotation = to add annotation
462 label.alignment_has_no_annotations = Alignment has no annotations
463 label.retrieving_pdb_data = Retrieving PDB data...
464 label.label = Label
465 label.no_features_added_to_this_alignment = No Features added to this alignment!!
466 label.features_can_be_added_from_searches_1 = (Features can be added from searches or
467 label.features_can_be_added_from_searches_2 = from Jalview / GFF features files)
468 label.calculating_pca= Calculating PCA
469 label.jalview_cannot_open_file = Jalview can't open file
470 label.jalview_applet = Jalview applet
471 label.loading_data = Loading data
472 label.memory_stats = Total Free Memory: {0} MB; Max Memory: {1} MB; {2} %
473 label.calculating_tree = Calculating tree
474 label.state_queueing = queuing
475 label.state_running = running
476 label.state_completed = finished
477 label.state_job_cancelled = job cancelled!!
478 label.state_job_error = job error!
479 label.server_error_try_later = Server Error! (try later)
480 label.error_loading_pdb_data = Error loading PDB data!!
481 label.fetching_pdb_data = Fetching PDB data...
482 label.structure_type = Structure type
483 label.settings_for_type = Settings for {0}
484 label.view_full_application = View in Full Application
485 label.load_associated_tree = Load Associated Tree...
486 label.load_features_annotations = Load Features/Annotations...
487 label.load_vcf = Load SNP variants from plain text or indexed VCF data
488 label.load_vcf_file = Load VCF File
489 label.searching_vcf = Loading VCF variants...
490 label.added_vcf = Added {0} VCF variants to {1} sequence(s)
491 label.export_features = Export Features...
492 label.export_annotations = Export Annotations...
493 label.to_upper_case = To Upper Case
494 label.to_lower_case = To Lower Case
495 label.toggle_case = Toggle Case
496 label.edit_name_description = Edit Name/Description...
497 label.create_sequence_feature = Create Sequence Feature...
498 label.edit_sequence = Edit Sequence
499 label.edit_sequences = Edit Sequences
500 label.insert_gap = Insert 1 gap
501 label.insert_gaps = Insert {0} gaps
502 label.delete_gap = Delete 1 gap
503 label.delete_gaps = Delete {0} gaps
504 label.sequence_details = Sequence Details
505 label.viewer_help = {0} Help
506 label.close_viewer = Close Viewer
507 label.confirm_close_viewer = This will close Jalview''s connection to {0}.<br>Do you want to close the {1} window as well?
508 label.all = All
509 label.sort_by = Sort alignment by
510 label.sort_by_score = Sort by Score
511 label.sort_by_density = Sort by Density
512 label.sequence_sort_by_density = Sequence sort by Density
513 label.sort_ann_by = Sort annotations by
514 label.sort_annotations_by_sequence = Sort by sequence
515 label.sort_annotations_by_label = Sort by label
516 label.reveal = Reveal
517 label.hide_columns = Hide Columns
518 label.load_jalview_annotations = Load Jalview Annotations or Features File
519 label.load_tree_file = Load a tree file
520 label.retrieve_parse_sequence_database_records_alignment_or_selected_sequences = Retrieve and parse sequence database records for the alignment or the currently selected sequences
521 label.standard_databases = Standard Databases
522 label.fetch_embl_uniprot = Fetch from EMBL/EMBLCDS or Uniprot/PDB and any selected DAS sources
523 label.reset_min_max_colours_to_defaults = Reset min and max colours to defaults from user preferences.
524 label.align_structures_using_linked_alignment_views = Superpose structures using {0} selected alignment view(s)
525 label.connect_to_session = Connect to session {0}
526 label.threshold_feature_display_by_score = Threshold the feature display by score.
527 label.threshold_feature_no_threshold = No Threshold
528 label.threshold_feature_above_threshold = Above Threshold
529 label.threshold_feature_below_threshold = Below Threshold
530 label.adjust_threshold = Adjust threshold
531 label.toggle_absolute_relative_display_threshold = Toggle between absolute and relative display threshold.
532 label.select_colour_minimum_value = Select Colour for Minimum Value
533 label.select_colour_maximum_value = Select Colour for Maximum Value
534 label.open_url_param = Open URL {0}
535 label.open_url_seqs_param = Open URL ({0}..) ({1} seqs)
536 label.load_pdb_file_associate_with_sequence = Load a PDB file and associate it with sequence {0}
537 label.reveal_hidden_columns = Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button
538 label.dark_colour = Dark Colour
539 label.light_colour = Light Colour
540 label.highlightnode = Left click to select leaves.<br>Double-click to invert leaves.<br>Right click to change colour.
541 label.load_colour_scheme = Load colour scheme
542 label.copy_format_from = Copy format from
543 label.toggle_enabled_views = When enabled, allows many views to be selected.
544 label.select_all_views = Select all views
545 label.select_many_views = Select many views
546 label.edit_notes_parameter_set = Click to edit the notes for this parameter set.
547 label.open_local_file = Open local file
548 label.enable_automatically_sort_alignment_when_open_new_tree = Enable this to automatically sort<br>the alignment when you open<br> a new tree.
549 label.listen_for_selections = Listen for selections
550 label.selections_mirror_selections_made_same_sequences_other_views = When selected, selections in this view will mirror<br>selections made on the same sequences in other views.
551 label.toggle_sequence_visibility = Shift+H toggles sequence visiblity
552 label.toggle_columns_visibility = Ctrl+H toggles column visiblity.
553 label.toggles_visibility_hidden_selected_regions = H toggles visibility of hidden or selected regions
554 label.rename_tab_eXpand_reGroup=  Right-click to rename tab <br> Press X to eXpand tabs, G to reGroup.
555 label.right_align_sequence_id = Right Align Sequence Id
556 label.sequence_id_tooltip = Sequence ID Tooltip
557 label.no_services = <No Services>
558 label.select_copy_raw_html = Select this if you want to copy raw html
559 label.share_data_vamsas_applications = Share data with other vamsas applications
560 label.connect_to = Connect to
561 label.join_existing_vamsas_session = Join an existing vamsas session
562 label.from_url = from URL
563 label.any_trees_calculated_or_loaded_alignment_automatically_sort = When selected, any trees calculated or loaded onto the alignment will automatically sort the alignment
564 label.sort_with_new_tree = Sort With New Tree
565 label.from_textbox = from Textbox
566 label.window = Window
567 label.preferences = Preferences
568 label.tools = Tools
569 label.fetch_sequences = Fetch Sequences
570 action.fetch_sequences = Fetch Sequences...
571 label.stop_vamsas_session = Stop Vamsas Session
572 label.collect_garbage = Collect Garbage
573 label.show_memory_usage = Show Memory Usage
574 label.show_java_console = Show Java Console
575 label.show_jalview_news = Show Jalview News
576 label.take_snapshot = Take snapshot
577 label.monospaced_fonts_faster_to_render = Monospaced fonts are faster to render
578 label.anti_alias_fonts = Anti-alias Fonts (Slower to render)
579 label.monospaced_font= Monospaced
580 label.quality = Quality
581 label.maximize_window = Maximize Window
582 label.conservation = Conservation
583 label.consensus = Consensus
584 label.histogram = Histogram
585 label.logo = Logo
586 label.non_positional_features = List Non-positional Features
587 label.database_references = List Database References
588 #label.share_selection_across_views = Share selection across views
589 #label.scroll_highlighted_regions = Scroll to highlighted regions
590 label.gap_symbol = Gap Symbol
591 label.prot_alignment_colour = Protein Alignment Colour
592 label.nuc_alignment_colour = Nucleotide Alignment Colour
593 label.address = Address
594 label.port = Port
595 label.default_browser_unix = Default Browser (Unix)
596 label.send_usage_statistics = Send usage statistics
597 label.check_for_questionnaires = Check for questionnaires
598 label.check_for_latest_version = Check for latest version
599 label.url_linkfrom_sequence_id = URL link from Sequence ID
600 label.use_proxy_server = Use a proxy server
601 label.rendering_style = {0} rendering style
602 label.append_start_end = Append /start-end (/15-380)
603 label.full_sequence_id = Full Sequence Id
604 label.smooth_font = Smooth Font
605 label.autocalculate_consensus = AutoCalculate Consensus
606 label.pad_gaps = Pad Gaps
607 label.pad_gaps_when_editing = Pad Gaps When Editing
608 label.automatically_set_id_width = Automatically set ID width
609 label.figure_id_column_width = Figure ID column width
610 label.use_modeller_output = Use Modeller Output
611 label.wrap_alignment = Wrap Alignment
612 label.right_align_ids = Right Align Ids
613 label.sequence_name_italics = Italic Sequence Ids
614 label.open_overview = Open Overview
615 label.default_colour_scheme_for_alignment = Default Colour Scheme for alignment
616 label.annotation_shading_default = Annotation Shading Default
617 label.default_minimum_colour_annotation_shading = Default Minimum Colour for annotation shading
618 label.default_maximum_colour_annotation_shading = Default Maximum Colour for annotation shading
619 label.visual = Visual
620 label.connections = Connections
621 label.output = Output
622 label.editing = Editing
623 label.web_services = Web Services
624 label.right_click_to_edit_currently_selected_parameter = Right click to edit currently selected parameter.
625 label.let_jmol_manage_structure_colours = Let Jmol manage structure colours
626 label.fetch_chimera_attributes = Fetch Chimera attributes
627 label.fetch_chimera_attributes_tip = Copy Chimera attribute to Jalview feature
628 label.marks_leaves_tree_not_associated_with_sequence = Marks leaves of tree not associated with a sequence
629 label.index_web_services_menu_by_host_site = Index web services in menu by the host site
630 label.option_want_informed_web_service_URL_cannot_be_accessed_jalview_when_starts_up = Check this option if you want to be informed<br>when a web service URL cannot be accessed by Jalview<br>when it starts up
631 label.new_service_url = New Service URL
632 label.edit_service_url = Edit Service URL
633 label.delete_service_url = Delete Service URL
634 label.details = Details
635 label.options = Options
636 label.parameters = Parameters
637 label.proxy_server = Proxy Server
638 label.file_output = File Output
639 label.select_input_type = Select input type
640 label.set_options_for_type = Set options for type
641 label.data_input_parameters = Data input parameters
642 label.data_returned_by_service = Data returned by service
643 label.rsbs_encoded_service = RSBS Encoded Service
644 label.parsing_errors = Parsing errors
645 label.simple_bioinformatics_rest_services = Simple Bioinformatics Rest Services
646 label.web_service_discovery_urls = Web Service Discovery URLS
647 label.input_parameter_name = Input Parameter name
648 label.short_descriptive_name_for_service = Short descriptive name for service
649 label.function_service_performs = What kind of function the service performs (e.g. alignment, analysis, search, etc).
650 label.brief_description_service = Brief description of service
651 label.url_post_data_service = URL to post data to service. Include any special parameters needed here
652 label.optional_suffix = Optional suffix added to URL when retrieving results from service
653 label.preferred_gap_character = Which gap character does this service prefer?
654 label.gap_character = Gap character
655 label.move_return_type_up_order= Move return type up order
656 label.move_return_type_down_order= Move return type down order
657 label.update_user_parameter_set = Update this existing user parameter set
658 label.delete_user_parameter_set = Delete the currently selected user parameter set
659 label.create_user_parameter_set = Create a new parameter set with the current settings.
660 label.revert_changes_user_parameter_set = Undo all changes to the current parameter set
661 label.start_job_current_settings = Start Job with current settings
662 label.cancel_job_close_dialog = Close this dialog and cancel job
663 label.input_output = Input/Output
664 label.cut_paste = Cut'n'Paste
665 label.adjusting_parameters_for_calculation = Adjusting parameters for existing Calculation
666 label.2d_rna_structure_line = 2D RNA {0} (alignment)
667 label.2d_rna_sequence_name = 2D RNA - {0}
668 label.edit_name_and_description_current_group = Edit name and description of current group
669 label.from_file = From File
670 label.enter_pdb_id = Enter PDB Id
671 label.enter_pdb_id_tip = Enter PDB Id (or pdbid:chaincode)
672 label.text_colour = Text Colour...
673 label.structure = Structure
674 label.show_pdbstruct_dialog = 3D Structure Data...
675 label.view_rna_structure = VARNA 2D Structure
676 label.create_sequence_details_report_annotation_for = Annotation for {0}
677 label.sequence_details_for = Sequence Details for {0}
678 label.sequence_name = Sequence Name
679 label.sequence_description = Sequence Description
680 label.edit_sequence_name_description = Edit Sequence Name/Description
681 label.spaces_converted_to_underscores = Spaces have been converted to _
682 label.no_spaces_allowed_sequence_name = No spaces allowed in Sequence Name
683 label.select_outline_colour = Select Outline Colour
684 label.web_browser_not_found_unix = Unixers\: Couldn't find default web browser.\nAdd the full path to your browser in Preferences."
685 label.web_browser_not_found = Web browser not found
686 label.select_pdb_file_for = Select a PDB file for {0}
687 label.html = HTML
688 label.wrap = Wrap
689 label.show_database_refs = Show Database Refs
690 label.show_non_positional_features = Show Non-Positional Features
691 label.save_png_image = Save As PNG Image
692 label.load_tree_for_sequence_set = Load a tree for this sequence set
693 label.export_image = Export Image
694 label.vamsas_store = VAMSAS store
695 label.translate_cDNA = Translate as cDNA
696 label.reverse = Reverse
697 label.reverse_complement = Reverse Complement
698 label.linked_view_title = Linked CDS and protein view
699 label.extract_scores = Extract Scores
700 label.get_cross_refs = Get Cross-References
701 label.sort_alignment_new_tree = Sort Alignment With New Tree
702 label.add_sequences = Add Sequences
703 label.new_window = New Window
704 label.split_window = Split Window
705 label.set_as_default = Set as Default
706 label.show_labels = Show labels
707 action.background_colour = Background Colour...
708 label.associate_nodes_with = Associate Nodes With
709 label.link_name = Link Name
710 label.pdb_file = PDB file
711 label.colour_with_jmol = Colour with Jmol
712 label.let_viewer_manage_structure_colours = Let viewer manage structure colours
713 label.colour_with_viewer = Colour in structure viewer
714 label.superpose_structures = Superpose Structures
715 error.superposition_failed = Superposition failed: {0}
716 label.insufficient_residues = Not enough aligned residues ({0}) to perform superposition
717 label.create_viewer_attributes = Write Jalview features
718 label.create_viewer_attributes_tip = Set structure residue attributes for Jalview features
719 label.attributes_set = {0} attribute values set on Chimera
720 label.sort_alignment_by_tree = Sort Alignment By Tree
721 label.mark_unlinked_leaves = Mark Unlinked Leaves
722 label.associate_leaves_with = Associate Leaves With
723 label.save_colour_scheme_with_unique_name_added_to_colour_menu = Save your colour scheme with a unique name and it will be added to the Colour menu
724 label.case_sensitive = Case Sensitive
725 label.lower_case_colour = Colour All Lower Case
726 label.lower_case_tip = Chosen colour applies to all lower case symbols
727 label.index_by_host = Index by Host
728 label.index_by_type = Index by Type
729 label.enable_jabaws_services = Enable JABAWS Services
730 label.display_warnings = Display Warnings
731 label.move_url_up = Move URL Up
732 label.move_url_down = Move URL Down
733 label.add_sbrs_definition = Add a SBRS Definition
734 label.edit_sbrs_definition = Edit SBRS Definition
735 label.delete_sbrs_definition = Delete SBRS Definition
736 label.your_sequences_have_been_verified = Your sequences have been verified against known sequence databases.\n(Use Calculate | Show flanking regions to show enclosing sequence.)\nTo preserve data changes, save your alignment.\n\n
737 label.sequences_updated = Sequences updated
738 label.dbref_search_completed = DBRef search completed
739 label.fetch_all_param = Fetch all {0}
740 label.paste_new_window = Paste To New Window
741 label.settings_for_param = Settings for {0}
742 label.view_params = View {0}
743 label.aacon_calculations = AACon Calculations
744 label.aacon_settings = Change AACon Settings...
745 tooltip.aacon_calculations = When checked, AACon calculations are updated automatically.
746 tooltip.aacon_settings = Modify settings for AACon calculations.
747 label.rnalifold_calculations = RNAAliFold Prediction
748 label.rnalifold_settings = Change RNAAliFold settings...
749 tooltip.rnalifold_calculations = When checked, RNA secondary structure predictions will be calculated for the alignment, and updated when edits are made.
750 tooltip.rnalifold_settings = Modify settings for the RNAAliFold prediction. Use this to hide or show different results of the RNA calculation, and change RNA folding parameters.
751 label.all_views = All Views
752 label.align_sequences_to_existing_alignment = Align sequences to an existing alignment
753 label.realign_with_params = Realign with {0}
754 label.calcname_with_default_settings = {0} with Defaults
755 label.action_with_default_settings = {0} with default settings
756 label.edit_settings_and_run = Edit settings and run...
757 label.view_and_change_parameters_before_alignment = View and change the parameters before alignment
758 label.run_with_preset_params = Run {0} with preset
759 label.view_and_change_parameters_before_running_calculation = View and change parameters before running calculation
760 label.view_documentation = View documentation
761 label.select_return_type = Select return type
762 label.translation_of_params = Translation of {0} (Table {1})
763 label.features_for_params = Features for - {0}
764 label.annotations_for_params = Annotations for - {0}
765 label.generating_features_for_params = Generating features for - {0}
766 label.generating_annotations_for_params = Generating annotations for - {0}
767 label.varna_params = VARNA - {0}
768 label.sequence_feature_settings = Sequence Feature Settings
769 label.sequence_feature_settings_for = Sequence Feature Settings for {0}
770 label.sequence_feature_settings_for_view = Sequence Feature Settings for view "{0}"
771 label.sequence_feature_settings_for_CDS_and_Protein = Sequence Feature Settings for CDS and Protein
772 label.pairwise_aligned_sequences = Pairwise Aligned Sequences
773 label.original_data_for_params = Original Data for {0}
774 label.points_for_params = Points for {0}
775 label.transformed_points_for_params = Transformed points for {0}
776 label.variable_color_for = Variable Feature Colour for {0}
777 label.select_background_colour = Select Background Colour
778 label.invalid_font = Invalid Font
779 label.separate_multiple_accession_ids = Enter one or more accession IDs separated by a semi-colon ";"
780 label.separate_multiple_query_values = Enter one or more {0}s separated by a semi-colon ";"
781 label.search_all = Enter one or more search values separated by a semi-colon ";" (Note: This searches the entire database)
782 label.replace_commas_semicolons = Replace commas with semi-colons
783 label.parsing_failed_syntax_errors_shown_below_param = Parsing failed. Syntax errors shown below {0}
784 label.parsing_failed_unrecoverable_exception_thrown_param = \nParsing failed. An unrecoverable exception was thrown\:\n {0}
785 label.example_query_param = Example query: {0}
786 label.enter_value_increase_conservation_visibility = Enter value to increase conservation visibility
787 label.enter_percentage_identity_above_which_colour_residues = Enter % identity above which to colour residues
788 label.wswublast_client_credits = To display sequence features an exact Uniprot id with 100% sequence identity match must be entered.\nIn order to display these features, try changing the names of your sequences to the ids suggested below.\n\nRunning WSWUBlast at EBI.\nPlease quote Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R.\nSOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.\nNucleic Acids Res. 33(1)\:W25-W28 (2005));
789 label.blasting_for_unidentified_sequence = BLASTing for unidentified sequences
790 label.select_columns_containing = Select columns containing
791 label.select_columns_not_containing = Select columns that do not contain
792 label.hide_columns_containing = Hide columns containing
793 label.hide_columns_not_containing = Hide columns that do not contain
794 option.trim_retrieved_seqs = Trim retrieved sequences
795 label.trim_retrieved_sequences = When the reference sequence is longer than the sequence that you are working with, only keep the relevant subsequences.
796 label.use_sequence_id_1 = Use $DB_ACCESSION$ or $DB_ACCESSION=/<regex>/=$
797 label.use_sequence_id_2 = to embed accession id in URL
798 label.use_sequence_id_3 = Use $SEQUENCE_ID$ similarly to embed sequence id
799 label.use_sequence_id_4 = 
800 label.ws_parameters_for = Parameters for {0}
801 label.switch_server = Switch server
802 label.choose_jabaws_server = Choose a server for running this service
803 label.services_at = Services at {0}
804 label.rest_client_submit = {0} using {1}
805 label.fetch_retrieve_from =Retrieve from {0}</html>
806 label.fetch_retrieve_from_all_sources = Retrieve from all {0} sources in {1}<br>First is :{2}<html> 
807 label.feature_settings_click_drag = Drag up or down to change render order.<br/>Double click to select columns containing feature.
808 label.transparency_tip = Adjust transparency to 'see through' feature colours.
809 label.opt_and_params_further_details = see further details by right-clicking
810 label.opt_and_params_show_brief_desc_image_link = <html>Click to show brief description<br><img src="{0}"/> Right click for further information.</html> 
811 label.opt_and_params_show_brief_desc = <html>Click to show brief description<br></html>
812 label.adjusts_width_generated_eps_png = <html>Adjusts the width of the generated EPS or PNG file to ensure even the longest sequence ID or annotation label is displayed</html>
813 label.manually_specify_width_left_column = <html>Manually specify the width of the left hand column where sequence IDs and annotation labels will be rendered in exported alignment figures. This setting will be ignored if 'Automatically set ID width' is set</html>
814 label.job_created_when_checked = <html>When checked, a job is created for every sequence in the current selection.</html>
815 label.when_checked_job_visible_region_and_results = <html>When checked, a single job is created for the visible region and results mapped back onto their location in the alignment. Otherwise, a job would be created for every contiguous region visible in the alignment or current selection (e.g. a multiple alignment).</html>
816 label.flat_file_representation = <html>Flat file representation of this rest service using the Really Simple Bioinformatics Service formalism</html>
817 label.result_of_parsing_rsbs = <html>Results of parsing the RSBS representation</html>
818 label.user_preset = User Preset
819 label.service_preset = Service Preset
820 label.run_with_preset = Run {0} with preset
821 label.view_service_doc_url = <html>View <a href="{0}">{1}</a></html>
822 action.by_title_param = By {0}
823 label.source_from_db_source = Sources from {0}
824 label.from_msname = from {0}
825 label.superpose_with = Superpose with
826 label.scale_label_to_column = Scale Label to Column
827 label.add_new_row = Add New Row
828 label.edit_label_description = Edit Label/Description
829 label.hide_row = Hide This Row
830 label.delete_row = Delete This Row
831 label.show_all_hidden_rows = Show All Hidden Rows
832 label.export_annotation = Export Annotation
833 label.copy_consensus_sequence = Copy Consensus Sequence
834 label.helix = Helix
835 label.sheet = Sheet
836 label.rna_helix = RNA Helix
837 label.remove_annotation = Remove Annotation
838 label.colour_by = Colour by...
839 label.muscle_multiple_protein_sequence_alignment = Muscle Multiple Protein Sequence Alignment
840 label.mafft_multiple_sequence_alignment = MAFFT Multiple Sequence Alignment
841 label.clustalw_multiple_sequence_alignment = ClustalW Multiple Sequence Alignment
842 label.jnet_secondary_structure_prediction = JPred Secondary Structure Prediction
843 label.multiharmony = Multi-Harmony
844 label.unable_start_web_service_analysis = Unable to start web service analysis
845 label.job_couldnt_be_started_check_input = The Job couldn't be started. Please check your input, and the Jalview console for any warning messages.
846 label.prompt_each_time = Prompt each time
847 label.couldnt_save_project = Couldn't save project
848 label.error_whilst_saving_current_state_to = Error whilst saving current state to {0}
849 label.error_whilst_loading_project_from = Error whilst loading project from {0}
850 label.couldnt_load_project = Couldn't load project
851 label.invalid_name_preset_exists = Invalid name - preset already exists.
852 label.invalid_name = Invalid name
853 label.set_proxy_settings = Please set up your proxy settings in the 'Connections' tab of the Preferences window
854 label.proxy_authorization_failed = Proxy Authorization Failed
855 label.internal_jalview_error = Internal Jalview Error
856 label.secondary_structure_prediction_service_couldnt_be_located = The Secondary Structure Prediction Service named {0} at {1} couldn't be located.
857 label.service_called_is_not_msa_service = The Service called \n{0}\nis not a \nMultiple Sequence Alignment Service\!
858 label.msa_service_is_unknown = The Multiple Sequence Alignment Service named {0} is unknown
859 label.service_called_is_not_seq_search_service = The Service called \n{0}\nis not a \nSequence Search Service\!
860 label.seq_search_service_is_unknown = The Sequence Search Service named {0} is unknown
861 label.feature_type = Feature Type
862 label.show = Show
863 label.service_url = Service URL
864 label.copied_sequences = Copied sequences
865 label.cut_sequences = Cut Sequences
866 label.conservation_colour_increment = Conservation Colour Increment ({0})
867 label.percentage_identity_threshold = Percentage Identity Threshold ({0})
868 label.error_unsupported_owwner_user_colour_scheme = Unsupported owner for User Colour scheme dialog
869 label.save_alignment_to_file = Save Alignment to file
870 label.save_features_to_file = Save Features to File
871 label.save_annotation_to_file = Save Annotation to File
872 label.save_pdb_file = Save PDB File
873 label.save_text_to_file = Save Text to File
874 label.save_state = Save State
875 label.restore_state = Restore State
876 label.saving_jalview_project = Saving jalview project {0}
877 label.loading_jalview_project = Loading jalview project {0}
878 label.save_vamsas_document_archive = Save Vamsas Document Archive
879 label.saving_vamsas_doc = Saving VAMSAS Document to {0}
880 label.load_feature_colours = Load Feature Colours
881 label.save_feature_colours = Save Feature Colour Scheme
882 label.select_startup_file = Select startup file
883 label.select_default_browser = Select default web browser
884 label.save_tree_as_newick = Save tree as newick file
885 label.save_colour_scheme = Save colour scheme
886 label.edit_params_for = Edit parameters for {0}
887 label.choose_filename_for_param_file = Choose a filename for this parameter file
888 label.save_as_html = Save as HTML
889 label.recently_opened = Recently Opened
890 label.blasting_for_unidentified_sequence_jobs_running = BLASTing for unidentified sequences - {0}  jobs running.
891 label.tree = Tree
892 label.tree_from = Tree from {0}
893 label.webservice_job_title = {0} using {1}
894 label.select_visible_region_of = selected {0} region of {1}
895 label.visible = Visible
896 label.select_unselect_visible_regions_from = select and unselected {0} regions from {1}
897 label.visible_region_of = visible region of
898 label.webservice_job_title_on = {0} using {1} on {2}
899 label.updating_vamsas_session = Updating vamsas session
900 label.loading_file = Loading File: {0}
901 label.edit_params = Edit {0}
902 label.as_percentage = As Percentage
903 error.not_implemented = Not implemented
904 error.no_such_method_as_clone1_for = No such method as clone1 for {0}
905 error.null_from_clone1 = Null from clone1!
906 error.not_yet_implemented = Not yet implemented
907 error.unknown_type_dna_or_pep = Unknown Type {0} - dna or pep are the only allowed values.
908 error.implementation_error_dont_know_threshold_annotationcolourgradient = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
909 error.invalid_separator_parameter = Invalid separator parameter - must be non-zero length
910 error.alignment_cigararray_not_implemented = Alignment(CigarArray) not yet implemented
911 error.empty_view_cannot_be_updated = empty view cannot be updated.
912 error.mismatch_between_number_of_sequences_in_block = Mismatch between number of sequences in block {0} ({1}) and the original view ({2})
913 error.padding_not_yet_implemented = Padding not yet implemented
914 error.mismatch_between_visible_blocks_to_update_and_number_of_contigs_in_view = Mismatch between visible blocks to update and number of contigs in view (contigs=0,blocks={0})
915 error.unknown_seq_cigar_operation = Unknown SeqCigar operation {0}
916 error.implementation_bug_parse_cigar_string = Implementation bug in parseCigarString
917 error.implementation_error_invalid_operation_string = Implementation error. Invalid operation string.
918 error.invalid_range_string = Invalid range string (must be zero or positive number)
919 error.implementation_error_delete_range_out_of_bounds = Implementation Error: deleteRange out of bounds: start must be non-negative and less than end.
920 error.implementation_error = Implementation error
921 error.implementation_error_unknown_operation = Implementation Error! Unknown operation {0}
922 error.implementation_error_unexpected_null_from_get_sequence_and_deletions = Implementation Error - unexpected null from getSequenceAndDeletions
923 error.implementation_error_set_seq_null = Implementation Error - _setSeq(null,...)
924 error.implementation_error_s = Implementation Error: _s= {0}
925 error.implementation_error_seqcigar_possible = SeqCigar: Possible implementation error: sequence is longer than dataset sequence
926 error.implmentation_bug_seq_null = Implementation Bug. Null seq
927 error.implementation_bug_cigar_operation_list_range_list = Implementation Bug. Cigar Operation list!= range list
928 error.not_yet_implemented_cigar_object_from_cigar_string = NOT YET Implemented: Constructing a Cigar object from a cigar string and a gapped sequence.
929 error.implementation_bug_cigar_operation = Implementation Bug. Cigar Operation {0} {1} not one of {2}, {3}, or {4}.
930 error.implementation_error_for_new_cigar = Implementation error for new Cigar(SequenceI)
931 error.implementation_error_cigar_seq_no_operations = Implementation error: {0}th sequence Cigar has no operations.
932 error.implementation_error_no_pdbentry_from_index = Implementation error - no corresponding pdbentry (for index {0}) to add sequences mappings to
933 error.jmol_version_not_compatible_with_jalview_version = Jmol version {0} is not compatible with this version of Jalview. Report this problem at issues.jalview.org
934 error.not_implemented_remove = Remove: Not implemented
935 error.not_implemented_clone = Clone: Not implemented
936 error.call_setprogressbar_before_registering_handler = call setProgressBar before registering the progress bar's handler.
937 label.cancelled_params = Cancelled {0}
938 error.implementation_error_cannot_show_view_alignment_frame = Implementation error: cannot show a view from another alignment in an AlignFrame.
939 error.implementation_error_dont_know_about_threshold_setting = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
940 error.try_join_vamsas_session_another = Trying to join a vamsas session when another is already connected
941 error.invalid_vamsas_session_id = Invalid vamsas session id
942 label.groovy_support_failed = Jalview Groovy Support Failed
943 label.couldnt_create_groovy_shell = Couldn't create the groovy Shell. Check the error log for the details of what went wrong.
944 error.unsupported_version_calcIdparam = Unsupported Version for calcIdparam {0}
945 error.implementation_error_cant_reorder_tree = Implementation Error: Can't reorder this tree. Not DefaultMutableTreeNode.
946 error.invalid_value_for_option = Invalid value {0} for option {1}
947 error.implementation_error_cannot_import_vamsas_doc = Implementation Error - cannot import existing vamsas document into an existing session, Yet!
948 label.vamsas_doc_couldnt_be_opened_as_new_session = VAMSAS Document could not be opened as a new session - please choose another
949 error.implementation_error_vamsas_operation_not_init = Impementation error! Vamsas Operations when client not initialised and connected
950 error.jalview_no_connected_vamsas_session = Jalview not connected to Vamsas session
951 error.implementation_error_cannot_recover_vamsas_object_mappings = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot recover vamsas object mappings - no backup was made
952 error.setstatus_called_non_existent_job_pane = setStatus called for non-existent job pane {0}
953 error.implementation_error_cannot_find_marshaller_for_param_set =Implementation error: Can't find a marshaller for the parameter set
954 error.implementation_error_old_jalview_object_not_bound =IMPLEMENTATION ERROR: old jalview object is not bound ! ({0})
955 error.implementation_error_vamsas_doc_class_should_bind_to_type = Implementation Error: Vamsas Document Class {0} should bind to a {1} (found a {2})
956 error.invalid_vamsas_rangetype_cannot_resolve_lists = Invalid vamsas RangeType - cannot resolve both lists of Pos and Seg from choice!
957 error.implementation_error_maplist_is_null = Implementation error. MapList is null for initMapType.
958 error.implementation_error_cannot_have_null_alignment = Implementation error: Cannot have null alignment property key
959 error.implementation_error_null_fileparse = Implementation error. Null FileParse in copy constructor
960 error.implementation_error_cannot_map_alignment_sequences = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot map an alignment of sequences from different datasets into a single alignment in the vamsas document.
961 error.implementation_error_structure_selection_manager_null = Implementation error. Structure selection manager's context is 'null'
962 exception.ssm_context_is_null = SSM context is null
963 error.idstring_seqstrings_only_one_per_sequence = idstrings and seqstrings contain one string each per sequence
964 error.cannot_have_mixed_length_replacement_vectors = Cannot have mixed length replacement vectors. Replacement vector for {0} is {1} strings long, and have already seen a {2} length vector.
965 error.cannot_have_zero_length_vector_replacement_strings = Cannot have zero length vector of replacement strings - either 1 value or n values.
966 error.implementation_error_multiple_single_sequence_prediction_jobs_not_supported = Implementation Error! Multiple single sequence prediction jobs are not yet supported
967 error.implementation_error_invalid_msa_index_for_job =Implementation Error! Invalid msaIndex for JPredJob on parent MSA input object!
968 error.implementation_error_startjob_called = Implementation error - StartJob(JpredJob) called on {0}
969 error.multiple_jnet_subjob_merge_not_implemented = Multiple JPred subjob merging not yet implemented
970 label.job_never_ran = Job never ran - input returned to user.
971 error.implementation_error_minlen_must_be_greater_zero = Implementation error: minlen must be zero or more
972 error.implementation_error_msawbjob_called = Implementation error - StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance {0}
973 error.implementation_error_cannot_attach_ws_menu_entry = IMPLEMENTATION ERROR: cannot attach WS Menu Entry without service handle reference!
974 error.parameter_migration_not_implemented_yet = Parameter migration not implemented yet
975 error.implementation_error_cannot_set_jaba_option = Implementation error: cannot set Jaba Option to a value outside its allowed value range!
976 error.implementation_error_valuetype_doesnt_support_jabaws_type = IMPLEMENTATION ERROR: jalview.ws.params.ValueConstrainI.ValueType does not support the JABAWS type : {0}
977 error.cannot_create_jabaws_param_set = Cannot create a JabaWSParamSet from non-JabaWS parameters
978 error.cannot_set_arguments_to_jabaws_param_set = Cannot set arguments to a JabaWSParamSet that are not JabaWS arguments
979 error.implementation_error_runner_config_not_available = Implementation Error: Runner Config not available for a JABAWS service of type {0} ({1})
980 error.implementation_error_cannot_handle_jaba_param = Implementation Error: Cannot handle Jaba parameter object {0}
981 error.implementation_error_attempt_to_delete_service_preset = Implementation error: Attempt to delete a service preset!
982 error.implementation_error_cannot_locate_oldname_presetname = Implementation error: Can't locate either oldname ({0}) or presetName ({1}in the datastore!"
983 error.implementation_error_jabaws_param_set_only_handled_by = Implementation error: JabaWsParamSets can only be handled by JabaParamStore
984 error.cannot_set_source_file_for = Cannot set source file for {0}
985 error.mismatch_service_instance_preset = Probable mismatch between service instance and preset!
986 error.cannot_set_params_for_ws_preset = Cannot set Parameters for a Jaba Web service's preset
987 error.implementation_error_can_only_instantiate_jaba_param_sets = Implementation error: Can only instantiate Jaba parameter sets
988 error.no_aacon_service_found = No AACon service found
989 error.implementation_error_couldnt_copy_value_constraint = Implementation error: could not copy ValueConstrain!
990 error.couldnt_encode_as_utf8 = Couldn't encode {0} as UTF-8.
991 error.tree_inputtype_not_yet_implemented = Tree InputType not yet implemented
992 error.implementation_error_need_to_have_httpresponse = Implementation Error: need to have an HttpResponse to process
993 error.dbrefsource_implementation_exception =DBRefSource Implementation Exception
994 error.implementation_error_dbinstance_must_implement_interface = Implmentation Error - getDbInstances must be given a class that implements jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy (was given{0})
995 error.implementation_error_must_init_dbsources =Implementation error. Must initialise dbSources
996 label.view_controller_toggled_marked = {0} {1} columns {2} features of type {3}  across {4} sequence(s)
997 label.toggled = Toggled
998 label.marked = Marked
999 label.containing = containing
1000 label.not_containing = not containing
1001 label.no_feature_of_type_found = No features of type {0} found
1002 label.no_feature_found_selection = No features of type {0} found in selection
1003 label.submission_params = Submission {0}
1004 label.empty_alignment_job = Empty Alignment Job
1005 label.add_new_sbrs_service = Add a new Simple Bioinformatics Rest Service
1006 label.edit_sbrs_entry = Edit Simple Bioinformatics Rest Service entry
1007 label.pca_recalculating = Recalculating PCA
1008 label.pca_calculating = Calculating PCA
1009 label.select_foreground_colour = Choose foreground colour
1010 label.select_colour_for_text = Select Colour for Text
1011 label.adjust_foreground_text_colour_threshold = Adjust Foreground Text Colour Threshold
1012 label.select_subtree_colour = Select Sub-Tree Colour
1013 label.create_new_sequence_features = Create New Sequence Feature(s)
1014 label.amend_delete_features = Amend/Delete Features for {0}
1015 exception.out_of_bounds_for_file = Out of bounds for file: i={0}, Final Buffer: i0={1} iend={2}
1016 exception.null_string_given_to_regex_search = Null String Given to Regex.search
1017 exception.null_string_like_given_to_regex_search = Null StringLike Given to Regex.search
1018 exception.null_string_given_to_regex_reverse_search = Null String Given to Regex.reverseSearch
1019 exception.null_string_like_given_to_regex_reverse_search = Null StringLike Given to Regex.reverseSearch
1020 exception.null_string_like_given_to_regex_search_from = Null String Given to Regex.searchFrom
1021 exception.null_string_like_given_to_regex_search_region = Null String Given to Regex.searchRegion
1022 exception.replace_null_regex_pointer = Replacer has null Regex pointer
1023 exception.bad_pattern_to_regex_perl_code = bad pattern to Regex.perlCode: {0}
1024 exception.no_stub_implementation_for_interface = There is no stub implementation for the interface: {0}
1025 exception.cannot_set_endpoint_address_unknown_port = Cannot set Endpoint Address for Unknown Port {0}
1026 exception.mismatched_unseen_closing_char = Mismatched (unseen) closing character {0}
1027 exception.mismatched_closing_char = Mismatched closing character {0}
1028 exception.mismatched_opening_char = Mismatched opening character {0} at {1}
1029 exception.invalid_datasource_couldnt_obtain_reader = Invalid datasource. Could not obtain Reader
1030 exception.unterminated_cigar_string = Unterminated cigar string
1031 exception.unexpected_operation_cigar_string_pos = Unexpected operation {0} in cigar string (position {1} in {2}
1032 exception.couldnt_parse_responde_from_annotated3d_server = Couldn't parse response from Annotate3d server
1033 exception.application_test_npe = Application test: throwing an NullPointerException It should arrive at the console
1034 exception.overwriting_vamsas_id_binding = Overwriting vamsas id binding
1035 exception.overwriting_jalview_id_binding = Overwriting jalview id binding
1036 exception.failed_to_resolve_gzip_stream = Failed to resolve GZIP stream
1037 exception.problem_opening_file_also_tried = Problem opening {0} (also tried {1}) : {2}
1038 exception.problem_opening_file = Problem opening {0} : {1}
1039 exception.failed_to_read_data_from_source = Failed to read data from source: {0}
1040 exception.no_init_source_stream = Unitialised Source Stream
1041 exception.invalid_source_stream = Invalid Source Stream: {0}
1042 error.implementation_error_reset_called_for_invalid_source = Implementation Error: Reset called for invalid source.
1043 exception.number_of_residues_in_query_sequence_differ_from_prediction = Number of residues in {0} supposed query sequence ({1}\n{2})\ndiffer from number of prediction sites in prediction ({3})
1044 label.mapped = mapped
1045 exception.jpredconcide_entry_has_unexpected_number_of_columns = JPredConcise: Entry ({0}) has an unexpected number of columns
1046 exception.couldnt_parse_concise_annotation_for_prediction = Couldn't parse concise annotation for prediction profile.\n{0}
1047 exception.newfile = NewickFile\: {0}\n
1048 label.no_tree_read_in = No Tree read in
1049 exception.rnaml_couldnt_access_datasource = Couldn't access datasource ({0})
1050 exception.ranml_couldnt_process_data = Couldn't process data as RNAML file ({0})
1051 exception.ranml_invalid_file = Invalid RNAML file ({0})
1052 exception.ranml_problem_parsing_data = Problem parsing data as RNAML ({0})
1053 exception.pfam_no_sequences_found = No sequences found (PFAM input)
1054 exception.stockholm_invalid_format = This file is not in valid STOCKHOLM format: First line does not contain '# STOCKHOLM'
1055 exception.couldnt_parse_sequence_line = Could not parse sequence line: {0}
1056 exception.unknown_annotation_detected = Unknown annotation detected: {0} {1}
1057 exception.couldnt_store_sequence_mappings = Couldn't store sequence mappings for {0}
1058 exception.matrix_too_many_iteration = Too many iterations in {0} (max is {1})
1059 exception.browser_not_found = Exception in finding browser: {0}
1060 exception.browser_unable_to_locate = Unable to locate browser: {0}
1061 exception.invocation_target_exception_creating_aedesc = InvocationTargetException while creating AEDesc: {0}
1062 exception.illegal_access_building_apple_evt= IllegalAccessException while building AppleEvent: {0}
1063 exception.unable_to_launch_url = Unable to launch URL: {0}
1064 exception.unable_to_create_internet_config = Unable to create an Internet Config instance: {0}
1065 exception.invocation_target_calling_url = InvocationTargetException while calling openURL: {0}
1066 exception.illegal_access_calling_url = IllegalAccessException while calling openURL: {0}
1067 exception.interrupted_launching_browser = InterruptedException while launching browser: {0}
1068 exception.ebiembl_retrieval_failed_on = EBI EMBL XML retrieval failed on {0}:{1}
1069 exception.no_pdb_records_for_chain = No PDB Records for {0} chain {1}
1070 exception.unexpected_handling_rnaml_translation_for_pdb = Unexpected exception when handling RNAML translation of PDB data
1071 exception.couldnt_recover_sequence_properties_for_alignment = Couldn't recover sequence properties for alignment
1072 exception.unknown_format_for_file = Unknown format {0} for file \: \n{1}
1073 label.remove_gaps = Remove Gaps
1074 exception.couldnt_recover_sequence_props_for_jnet_query = Couldn't recover sequence properties for JPred Query sequence!
1075 exception.server_timeout_try_later = Server timed out - try again later\n
1076 exception.web_service_returned_null_try_later= Server at {0} returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later.
1077 exception.cannot_contact_service_endpoint_at = Cannot contact service endpoint at {0}
1078 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set = Implementation error: Cannot find service url in the given url set!
1079 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set_param_store = Implementation error: Cannot find service url in the given url set for this service parameter store ({0}}
1080 exception.jobsubmission_invalid_params_set = Invalid parameter set. Check Jalview implementation
1081 exception.notvaliddata_group_contains_less_than_min_seqs = Group contains less than {0} sequences.
1082 exception.outofmemory_loading_pdb_file = Out of memory loading PDB File
1083 exception.eps_method_not_supported = Method not currently supported by EpsGraphics2D version {0}
1084 exception.eps_unable_to_get_inverse_matrix = Unable to get inverse of matrix: {0}
1085 warn.job_cannot_be_cancelled_close_window = This job cannot be cancelled.\nJust close the window.
1086 warn.service_not_supported = Service not supported!
1087 warn.input_is_too_big = Input is too big!
1088 warn.invalid_job_param_set = Invalid job parameter set!
1089 warn.oneseq_msainput_selection = The current selection only contains a single sequence. Do you want to submit all sequences for alignment instead ?   
1090 info.job_couldnt_be_run_server_doesnt_support_program = Job could not be run because the server doesn't support this program.\n{0}
1091 info.job_couldnt_be_run_exceeded_hard_limit = Job could not be run because it exceeded a hard limit on the server.\n{0}
1092 info.job_couldnt_be_run_incorrect_param_setting = Job could not be run because some of the parameter settings are not supported by the server.\n{0}\nPlease check to make sure you have used the correct parameter set for this service\!\n
1093 info.no_jobs_ran = No jobs ran
1094 info.failed_to_submit_prediction = Failed to submit the prediction\:\n{0} {1}
1095 info.invalid_jnet_job_result_data ={0}\n{1}\nInvalid JPred job result data\!\n{2}
1096 info.failed_to_submit_sequences_for_alignment = Failed to submit sequences for alignment.\nIt is most likely that there is a problem with the server.\nJust close the window\n
1097 info.alignment_object_method_notes = \nAlignment Object Method Notes\n
1098 info.server_exception = \n{0} Server exception\!\n{1}
1099 info.invalid_msa_input_mininfo = Need at least two sequences with at least 3 residues each, with no hidden regions between them.  
1100 info.invalid_msa_notenough = Not enough sequence data to align
1101 status.processing_commandline_args = Processing commandline arguments...
1102 status.das_features_being_retrived = DAS features being retrieved...
1103 status.searching_for_sequences_from = Searching for sequences from {0}
1104 status.finished_searching_for_sequences_from = Finished searching for sequences from {0}
1105 label.eps_file = EPS file
1106 label.png_image = PNG image
1107 status.export_complete = {0} Export completed
1108 status.fetching_pdb = Fetching PDB {0}
1109 status.refreshing_news = Refreshing news
1110 status.importing_vamsas_session_from = Importing VAMSAS session from {0}
1111 status.opening_params = Opening {0}
1112 status.waiting_sequence_database_fetchers_init = Waiting for Sequence Database Fetchers to initialise
1113 status.init_sequence_database_fetchers = Initialising Sequence Database Fetchers
1114 status.fetching_sequence_queries_from = Fetching {0} sequence queries from {1}
1115 status.finshed_querying = Finished querying
1116 status.parsing_results = Parsing results.
1117 status.processing = Processing...
1118 status.refreshing_web_service_menus = Refreshing Web Service Menus
1119 status.collecting_job_results = Collecting job results.
1120 status.fetching_db_refs = Fetching db refs
1121 status.loading_cached_pdb_entries = Loading Cached PDB Entries
1122 status.searching_for_pdb_structures = Searching for PDB Structures
1123 status.opening_file_for = opening file for
1124 status.colouring_structures = Colouring structures
1125 label.font_doesnt_have_letters_defined = Font doesn't have letters defined\nso cannot be used\nwith alignment data
1126 label.font_too_small = Font size is too small
1127 label.error_loading_file_params = Error loading file {0}
1128 label.error_loading_jalview_file = Error loading Jalview file
1129 warn.out_of_memory_when_action = Out of memory when {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1130 warn.out_of_memory_loading_file = Out of memory loading file {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1131 label.out_of_memory = Out of memory
1132 label.invalid_id_column_width = Invalid ID Column width
1133 warn.user_defined_width_requirements = The user defined width for the\nannotation and sequence ID columns\nin exported figures must be\nat least 12 pixels wide.
1134 label.couldnt_create_sequence_fetcher = Couldn't create SequenceFetcher
1135 warn.couldnt_create_sequence_fetcher_client = Could not create the sequence fetcher client. Check error logs for details.
1136 warn.server_didnt_pass_validation = Service did not pass validation.\nCheck the Jalview Console for more details.
1137 warn.url_must_contain = Sequence URL must contain $SEQUENCE_ID$, $DB_ACCESSION$, or a regex
1138 warn.urls_not_contacted = URLs that could not be contacted
1139 warn.urls_no_jaba = URLs without any JABA Services
1140 info.validate_jabaws_server = Validate JabaWS Server ?\n(Look in console output for results)
1141 label.test_server = Test Server?
1142 label.new_sequence_fetcher = New Sequence Fetcher
1143 label.additional_sequence_fetcher = Additional Sequence Fetcher
1144 label.select_database_retrieval_source = Select Database Retrieval Source
1145 label.overwrite_existing_file = Overwrite existing file?
1146 label.file_already_exists = File exists
1147 label.edit_jabaws_url = Edit JABAWS URL
1148 label.add_jabaws_url = Add new JABAWS URL
1149 label.news_from_jalview = News from http://www.jalview.org
1150 label.cut_paste_alignmen_file = Cut & Paste Alignment File
1151 label.enter_redundancy_threshold = Enter the redundancy threshold
1152 label.select_dark_light_set_threshold = <html><i>Select a dark and light text colour, then set the threshold to<br>switch between colours, based on background colour</i></html>
1153 label.select_feature_colour = Select Feature Colour
1154 label.delete_all = Delete all sequences
1155 warn.delete_all = <html>Deleting all sequences will close the alignment window.<br>Confirm deletion or Cancel.
1156 label.add_annotations_for = Add annotations for
1157 action.choose_annotations = Choose Annotations...
1158 label.choose_annotations = Choose Annotations
1159 label.find = Find
1160 label.invalid_search = Search string invalid
1161 error.invalid_regex = Invalid regular expression
1162 label.ignore_gaps_consensus = Ignore Gaps In Consensus
1163 label.show_group_histogram = Show Group Histogram
1164 label.show_group_logo = Show Group Logo
1165 label.normalise_group_logo = Normalise Group Logo
1166 label.show_histogram = Show Histogram
1167 label.show_logo = Show Logo
1168 label.normalise_logo = Normalise Logo
1169 label.no_colour_selection_in_scheme = Please make a colour selection before applying colour scheme
1170 label.no_colour_selection_warn = Error saving colour scheme
1171 label.open_split_window? = Would you like to open as a split window, with cDNA and protein linked?
1172 label.open_split_window = Open split window
1173 action.no = No
1174 action.yes = Yes
1175 label.for = for
1176 label.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation
1177 action.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation...
1178 label.threshold_filter =  Threshold Filter
1179 label.alpha_helix = Alpha Helix
1180 label.beta_strand = Beta Strand
1181 label.turn = Turn
1182 label.select_all = Select All
1183 label.structures_filter = Structures Filter
1184 label.search_filter = Search Filter
1185 label.include_description= Include Description
1186 action.back = Back
1187 label.hide_insertions = Hide Insertions
1188 label.mark_as_representative = Mark as representative
1189 label.open_jabaws_web_page = Open JABAWS web page
1190 label.pdb_sequence_fetcher = PDB Sequence Fetcher
1191 label.result = result
1192 label.results = results
1193 label.structure_chooser = Structure Chooser
1194 label.invert = Invert 
1195 label.select_pdb_file = Select PDB File
1196 info.select_filter_option = Select Filter Option/Manual Entry
1197 info.associate_wit_sequence = Associate with Sequence
1198 label.search_result = Search Result
1199 label.found_structures_summary = Found Structures Summary
1200 label.configure_displayed_columns = Customise Displayed Options
1201 label.start_jalview = Start Jalview
1202 label.biojs_html_export = BioJS
1203 label.scale_as_cdna = Scale protein residues to codons
1204 label.font_as_cdna = Use same font for cDNA and peptide
1205 label.scale_protein_to_cdna = Scale Protein to cDNA
1206 label.scale_protein_to_cdna_tip = Make protein residues same width as codons in split frame views
1207 info.select_annotation_row = Select Annotation Row
1208 info.enter_search_text_here = Enter Search Text Here
1209 info.enter_search_text_to_enable = Enter Search Text to Enable
1210 info.search_in_annotation_label = Search in {0} Label
1211 info.search_in_annotation_description = Search in {0} Description
1212 info.change_threshold_mode_to_enable = Change Threshold Mode to Enable
1213 label.couldnt_read_data = Couldn't read data
1214 label.embbed_biojson = Embed BioJSON to HTML export
1215 action.export_groups = Export Groups
1216 action.export_annotations = Export Annotations
1217 action.export_hidden_columns = Export Hidden Columns
1218 action.export_hidden_sequences = Export Hidden Sequences
1219 action.export_features = Export Features
1220 label.export_settings = Export Settings
1221 label.pdb_web-service_error = PDB Web-service Error
1222 label.structure_chooser_manual_association = Structure Chooser - Manual association
1223 label.structure_chooser_filter_time = Structure Chooser - Filter time ({0})
1224 label.structure_chooser_no_of_structures = Structure Chooser - {0} Found ({1})
1225 info.no_pdb_entry_found_for = No PDB entry found for {0}
1226 exception.unable_to_detect_internet_connection = Jalview is unable to detect an internet connection
1227 exception.fts_server_unreachable = Jalview is unable to reach the {0} server. \nPlease ensure that you are connected to the internet and try again.
1228 label.nw_mapping = Needleman & Wunsch Alignment
1229 label.sifts_mapping = SIFTs Mapping
1230 label.mapping_method = Sequence \u27f7 Structure mapping method
1231 status.cancelled_image_export_operation = Cancelled {0} export operation
1232 info.error_creating_file = Error creating {0} file
1233 exception.outofmemory_loading_mmcif_file = Out of memory loading mmCIF File
1234 label.run_groovy = Run Groovy console script
1235 label.run_groovy_tip = Run the script in the Groovy console over this alignment
1236 label.couldnt_run_groovy_script = Failed to run Groovy script
1237 label.uniprot_sequence_fetcher = UniProt Sequence Fetcher
1238 action.next_page= >> 
1239 action.prev_page= << 
1240 label.next_page_tooltip=Next Page
1241 label.prev_page_tooltip=Previous Page
1242 status.launching_3d_structure_viewer = Launching 3D Structure viewer...
1243 status.fetching_3d_structures_for_selected_entries = Fetching 3D Structures for selected entries...
1244 status.fetching_dbrefs_for_sequences_without_valid_refs = Fetching db refs for {0} sequence(s) without valid db ref required for SIFTS mapping
1245 status.fetching_3d_structures_for = Fetching 3D Structure for {0}
1246 status.obtaining_mapping_with_sifts = Obtaining mapping with SIFTS
1247 status.obtaining_mapping_with_nw_alignment = Obtaining mapping with NW alignment
1248 status.exporting_alignment_as_x_file = Exporting alignment as {0} file
1249 label.column = Column
1250 label.cant_map_cds = Unable to map CDS to protein\nCDS missing or incomplete
1251 label.operation_failed = Operation failed
1252 label.SEQUENCE_ID_no_longer_used = $SEQUENCE_ID$ is no longer used for DB accessions
1253 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1 = Please review your URL links in the 'Connections' tab of the Preferences window:
1254 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2 = URL links using '$SEQUENCE_ID$' for DB accessions now use '$DB_ACCESSION$'.
1255 label.do_not_display_again = Do not display this message again
1256 exception.url_cannot_have_duplicate_id = {0} cannot be used as a label for more than one line
1257 action.customfilter = Custom only
1258 action.showall = Show All
1259 label.insert = Insert:
1260 action.seq_id = $SEQUENCE_ID$
1261 action.db_acc = $DB_ACCESSION$
1262 label.primary = Double Click
1263 label.inmenu = In Menu
1264 label.id = ID
1265 label.database = Database
1266 label.urltooltip = Only one url, which must use a sequence id, can be selected for the 'On Click' option
1267 label.edit_sequence_url_link = Edit sequence URL link
1268 warn.name_cannot_be_duplicate = User-defined URL names must be unique and cannot be MIRIAM ids
1269 label.output_seq_details = Output Sequence Details to list all database references
1270 label.urllinks = Links
1271 action.clear_cached_items = Clear Cached Items
1272 label.togglehidden = Show hidden regions
1273 label.quality_descr = Alignment Quality based on Blosum62 scores
1274 label.conservation_descr = Conservation of total alignment less than {0}% gaps
1275 label.consensus_descr = PID
1276 label.complement_consensus_descr = PID for cDNA
1277 label.strucconsensus_descr = PID for base pairs
1278 label.occupancy_descr = Number of aligned positions 
1279 label.show_experimental = Enable experimental features
1280 label.show_experimental_tip = Enable any new and currently 'experimental' features (see Latest Release Notes for details)
1281 label.warning_hidden = Warning: {0} {1} is currently hidden
1282 label.overview_settings = Overview settings
1283 label.ov_legacy_gap = Use legacy gap colouring (gaps are white)
1284 label.gap_colour = Gap colour:
1285 label.ov_show_hide_default = Show hidden regions when opening overview
1286 label.hidden_colour = Hidden colour:
1287 label.select_gap_colour = Select gap colour
1288 label.select_hidden_colour = Select hidden colour
1289 label.overview = Overview
1290 label.reset_to_defaults = Reset to defaults
1291 label.oview_calc = Recalculating overview...
1292 label.feature_details = Feature details
1293 label.matchCondition_contains = Contains
1294 label.matchCondition_notcontains = Does not contain
1295 label.matchCondition_matches = Matches
1296 label.matchCondition_notmatches = Does not match
1297 label.matchCondition_present = Is present
1298 label.matchCondition_notpresent = Is not present
1299 label.matchCondition_eq = =
1300 label.matchCondition_ne = not =
1301 label.matchCondition_lt = <
1302 label.matchCondition_le = <=
1303 label.matchCondition_gt = >
1304 label.matchCondition_ge = >=
1305 label.numeric_required = The value should be numeric
1306 label.filter = Filter
1307 label.filters = Filters
1308 label.join_conditions = Join conditions with
1309 label.delete_condition = Delete this condition
1310 label.score = Score
1311 label.colour_by_label = Colour by label
1312 label.variable_colour = Variable colour...
1313 label.select_colour_for = Select colour for {0}
1314 option.enable_disable_autosearch = When ticked, search is performed automatically
1315 option.autosearch = Autosearch
1316 label.retrieve_ids = Retrieve IDs
1317 label.display_settings_for = Display settings for {0} features
1318 label.simple = Simple
1319 label.simple_colour = Simple Colour
1320 label.colour_by_text = Colour by text
1321 label.graduated_colour = Graduated Colour
1322 label.by_text_of = By text of
1323 label.by_range_of = By range of
1324 label.or = Or
1325 label.and = And
1326 label.sequence_feature_colours = Sequence Feature Colours
1327 label.best_quality = Best Quality
1328 label.best_resolution = Best Resolution
1329 label.most_protein_chain = Most Protein Chain
1330 label.most_bound_molecules = Most Bound Molecules
1331 label.most_polymer_residues = Most Polymer Residues
1332 label.cached_structures = Cached Structures
1333 label.free_text_search = Free Text Search
1334 label.annotation_name = Annotation Name
1335 label.annotation_description = Annotation Description 
1336 label.edit_annotation_name_description = Edit Annotation Name/Description
1337 label.alignment = alignment
1338 label.pca = PCA
1339 label.create_image_of = Create {0} image of {1}
1340 label.click_to_edit = Click to edit, right-click for menu
1341 label.backupfiles_confirm_delete = Confirm delete
1342 label.backupfiles_confirm_delete_old_files = Delete the following older backup files? (see the Backups tab in Preferences for more options)
1343 label.backupfiles_confirm_save_file = Confirm save file
1344 label.backupfiles_confirm_save_file_backupfiles_roll_wrong = Something possibly went wrong with the backups of this file.
1345 label.backupfiles_confirm_save_new_saved_file_ok = The new saved file seems okay.
1346 label.backupfiles_confirm_save_new_saved_file_not_ok = The new saved file might not be okay.
1347 label.backups = Backups
1348 label.backup = Backup
1349 label.backup_files = Backup Files
1350 label.enable_backupfiles = Enable backup files
1351 label.backup_filename_strategy = Backup filename strategy
1352 label.append_to_filename = Append to filename (%n is replaced by the backup number)
1353 label.append_to_filename_tooltip = %n in the text will be replaced by the backup number. The text will appear after the filename. See the summary box above.
1354 label.index_digits = Number of digits to use for the backup number (%n)
1355 label.summary_of_backups_scheme = Summary of backup scheme
1356 label.scheme_examples = Scheme examples
1357 label.increment_index = Increase appended text numbers - newest file has largest number.
1358 label.reverse_roll = "Roll" appended text numbers - newest backup file is always number 1.
1359 label.keep_files = Deleting old backup files
1360 label.keep_all_backup_files = Do not delete old backup files
1361 label.keep_only_this_number_of_backup_files = Keep only this number of most recent backup files
1362 label.autodelete_old_backup_files = Auto-delete old backup files:
1363 label.always_ask = Always ask
1364 label.auto_delete = Automatically delete
1365 label.filename = filename
1366 label.braced_oldest = (oldest)
1367 label.braced_newest = (most recent)
1368 label.configuration = Configuration
1369 label.configure_feature_tooltip = Click to configure variable colour or filters
1370 label.schemes = Schemes
1371 label.customise = Customise
1372 label.custom = Custom
1373 label.default = Default
1374 label.single_file = Single backup
1375 label.keep_all_versions = Keep all versions
1376 label.rolled_backups = Rolled backup files
1377 label.customise_description = Select Customise, make changes, and click on OK to save your own custom scheme
1378 label.custom_description = Your own saved scheme
1379 label.default_description = Keep the last three versions of the file
1380 label.single_file_description = Keep the last version of the file
1381 label.keep_all_versions_description = Keep all previous versions of the file
1382 label.rolled_backups_description = Keep the last nine versions of the file from _bak.1 (newest) to _bak.9 (oldest)
1383 label.cancel_changes_description = Cancel changes made to your last saved Custom scheme
1384 label.previously_saved_scheme = Previously saved scheme
1385 label.no_backup_files = NO BACKUP FILES
1386 label.include_backup_files = Include backup files
1387 label.cancel_changes = Cancel changes
1388 label.warning_confirm_change_reverse = Warning!\nIf you change the increment/decrement of the backup filename number, without changing the suffix or number of digits,\nthis may cause loss of backup files created with the previous backup filename scheme.\nAre you sure you wish to do this?
1389 label.change_increment_decrement = Change increment/decrement?
1390 label.was_previous = was {0}
1391 label.newerdelete_replacement_line = Backup file\n''{0}''\t(modified {2}, size {4})\nis to be deleted and replaced by apparently older file\n''{1}''\t(modified {3}, size {5}).
1392 label.confirm_deletion_or_rename = Confirm deletion of ''{0}'' or rename to ''{1}''?
1393 label.newerdelete_line = Backup file\n''{0}''\t(modified {2}, size {4})\nis to be deleted but is newer than the oldest remaining backup file\n''{1}''\t(modified {3}, size {5}).
1394 label.confirm_deletion = Confirm deletion of ''{0}''?
1395 label.delete = Delete
1396 label.rename = Rename
1397 label.keep = Keep
1398 label.file_info = (modified {0}, size {1})
1399 label.annotation_name = Annotation Name
1400 label.annotation_description = Annotation Description 
1401 label.edit_annotation_name_description = Edit Annotation Name/Description
1402 label.alignment = alignment
1403 label.pca = PCA
1404 label.create_image_of = Create {0} image of {1}
1405 label.click_to_edit = Click to edit, right-click for menu
1406 label.by_annotation_tooltip = Annotation Colour is configured from the main Colour menu
1407 label.show_linked_features = Show {0} features
1408 label.on_top = on top
1409 label.include_linked_features = Include {0} features
1410 label.include_linked_tooltip = Include visible {0} features<br>converted to local sequence coordinates
1411 label.features_not_shown = {0} feature(s) not shown
1412 label.no_features_to_sort_by = No features to sort by