JAL-2010 simple prototype of 'Highlight Selection' onto Chimera view
[jalview.git] / resources / lang / Messages.properties
1 action.refresh_services = Refresh Services
2 action.reset_services = Reset Services
3 action.merge_results = Merge Results
4 action.load_scheme = Load scheme
5 action.save_scheme = Save scheme
6 action.save_image = Save Image
7 action.paste = Paste
8 action.show_html_source = Show HTML Source
9 action.print = Print...
10 action.web_service = Web Service
11 action.cancel_job = Cancel Job
12 action.start_job = Start Job
13 action.revert = Revert
14 action.move_down = Move Down
15 action.move_up = Move Up
16 action.remove_return_datatype = Remove return datatype
17 action.add_return_datatype = Add return datatype
18 action.remove_input_parameter = Remove selected input parameter
19 action.add_input_parameter = Add input parameter
20 action.edit = Edit
21 action.new = New
22 action.open_file = Open file
23 action.show_unconserved = Show Unconserved
24 action.open_new_alignment = Open new alignment
25 action.raise_associated_windows = Raise Associated Windows
26 action.minimize_associated_windows = Minimize Associated Windows
27 action.close_all = Close all
28 action.load_project = Load Project
29 action.save_project = Save Project
30 action.quit = Quit
31 action.expand_views = Expand Views
32 action.gather_views = Gather Views
33 action.page_setup = Page Setup...
34 action.reload = Reload
35 action.load = Load
36 action.open = Open
37 action.cancel = Cancel
38 action.create = Create
39 action.update = Update
40 action.delete = Delete
41 action.snapshot = Snapshot
42 action.clear = Clear
43 action.accept = Accept
44 action.select_ddbb = --- Select Database ---
45 action.undo = Undo
46 action.redo = Redo
47 action.reset = Reset
48 action.remove_left = Remove left
49 action.remove_right = Remove right
50 action.remove_empty_columns = Remove Empty Columns
51 action.remove_all_gaps = Remove All Gaps
52 action.left_justify_alignment = Left Justify Alignment
53 action.right_justify_alignment = Right Justify Alignment
54 action.boxes = Boxes
55 action.text = Text
56 action.by_pairwise_id = By Pairwise Identity
57 action.by_id = By Id
58 action.by_length = By Length
59 action.by_group = By Group
60 action.unmark_as_reference = Unmark as Reference 
61 action.set_as_reference = Set as Reference 
62 action.remove = Remove
63 action.remove_redundancy = Remove Redundancy...
64 action.pairwise_alignment = Pairwise Alignment
65 action.by_rna_helixes = By RNA Helices
66 action.user_defined = User Defined...
67 action.by_conservation = By Conservation
68 action.wrap = Wrap
69 action.show_gaps = Show Gaps
70 action.show_hidden_markers = Show Hidden Markers
71 action.find = Find
72 action.undefine_groups = Undefine Groups
73 action.create_groups = Create Groups
74 action.make_groups_selection = Make Groups For Selection
75 action.copy = Copy
76 action.cut = Cut
77 action.font = Font...
78 action.scale_above = Scale Above
79 action.scale_left = Scale Left
80 action.scale_right = Scale Right
81 action.by_tree_order = By Tree Order
82 action.sort = Sort
83 action.calculate_tree = Calculate Tree
84 action.help = Help
85 action.by_annotation = By Annotation...
86 action.invert_sequence_selection = Invert Sequence Selection
87 action.invert_column_selection = Invert Column Selection
88 action.show = Show
89 action.hide = Hide
90 action.ok = OK
91 action.set_defaults = Defaults
92 action.create_group = Create Group
93 action.remove_group = Remove Group
94 action.edit_group = Edit Group
95 action.border_colour = Border colour
96 action.edit_new_group = Edit New Group
97 action.hide_sequences = Hide Sequences
98 action.sequences = Sequences
99 action.ids = IDS
100 action.ids_sequences = IDS and sequences
101 action.reveal_all = Reveal All
102 action.reveal_sequences = Reveal Sequences
103 action.find_all = Find all
104 action.find_next = Find next
105 action.file = File
106 action.view = View
107 action.annotations = Annotations
108 action.change_params = Change Parameters
109 action.apply = Apply
110 action.apply_threshold_all_groups = Apply threshold to all groups
111 action.apply_all_groups = Apply to all Groups
112 action.by_chain = By Chain
113 action.by_sequence = By Sequence
114 action.paste_annotations = Paste Annotations
115 action.format = Format
116 action.select = Select
117 action.new_view = New View
118 action.close = Close
119 action.add = Add
120 action.save_as_default = Save as default
121 action.save_as = Save as...
122 action.save = Save
123 action.cancel_fetch = Cancel Fetch
124 action.save_omit_hidden_columns = Save / Omit Hidden Regions
125 action.change_font = Change Font
126 action.change_font_tree_panel = Change Font (Tree Panel)
127 action.colour = Colour
128 action.calculate = Calculate
129 action.select_all = Select all
130 action.deselect_all = Deselect all
131 action.invert_selection = Invert selection
132 action.using_jmol = Using Jmol
133 action.link = Link
134 action.group_link = Group Link
135 action.show_chain = Show Chain
136 label.highlight_selection = Highlight Selection
137 action.show_group = Show Group
138 action.fetch_db_references = Fetch DB References
139 action.view_flanking_regions = Show flanking regions
140 label.view_flanking_regions = Show sequence data either side of the subsequences involved in this alignment
141 label.str = Str:
142 label.seq = Seq:
143 label.structures_manager = Structures Manager
144 label.nickname = Nickname:
145 label.url = URL:
146 label.input_file_url = Enter URL or Input File
147 label.select_feature = Select feature:
148 label.name = Name
149 label.name_param = Name: {0}
150 label.group = Group
151 label.group_name = Group Name
152 label.group_description = Group Description
153 label.edit_group_name_description = Edit Group Name/Description
154 label.colour = Colour:
155 label.description = Description:
156 label.start = Start:
157 label.end = End:
158 label.current_parameter_set_name = Current parameter set name:
159 label.service_action = Service Action:
160 label.post_url = POST URL:
161 label.url_suffix = URL Suffix
162 label.sequence_source = Sequence Source
163 label.per_seq = per Sequence
164 label.result_vertically_separable = Results are vertically separable
165 label.amend = Amend
166 label.undo_command = Undo {0}
167 label.redo_command = Redo {0}
168 label.principal_component_analysis = Principal Component Analysis
169 label.average_distance_identity = Average Distance Using % Identity
170 label.neighbour_joining_identity = Neighbour Joining Using % Identity
171 label.treecalc_title = {0} Using {1}
172 label.tree_calc_av = Average Distance
173 label.tree_calc_nj = Neighbour Joining
174 label.select_score_model = Select score model
175 label.score_model_pid = % Identity
176 label.score_model_blosum62 = BLOSUM62
177 label.score_model_pam250 = PAM 250
178 label.score_model_conservation = Physicochemical property conservation
179 label.score_model_enhconservation = Physicochemical property conservation
180 label.status_bar = Status bar
181 label.out_to_textbox = Output to Textbox
182 label.clustalx = Clustalx
183 label.clustal = Clustal
184 label.zappo = Zappo
185 label.taylor = Taylor
186 label.blc = BLC
187 label.fasta = Fasta
188 label.msf = MSF
189 label.pfam = PFAM
190 label.pileup = Pileup
191 label.pir = PIR
192 label.hydrophobicity = Hydrophobicity
193 label.helix_propensity = Helix Propensity
194 label.strand_propensity = Strand Propensity
195 label.turn_propensity = Turn Propensity
196 label.buried_index = Buried Index
197 label.purine_pyrimidine = Purine/Pyrimidine
198 label.percentage_identity = Percentage Identity
199 label.blosum62 = BLOSUM62
200 label.blosum62_score = BLOSUM62 Score
201 label.tcoffee_scores = T-Coffee Scores
202 label.average_distance_bloslum62 = Average Distance Using BLOSUM62
203 label.neighbour_blosum62 = Neighbour Joining Using BLOSUM62
204 label.show_annotations = Show annotations
205 label.hide_annotations = Hide annotations
206 label.show_all_seq_annotations = Show sequence related
207 label.hide_all_seq_annotations = Hide sequence related
208 label.show_all_al_annotations = Show alignment related
209 label.hide_all_al_annotations = Hide alignment related
210 label.hide_all = Hide all
211 label.add_reference_annotations = Add reference annotations
212 label.find_tip = Search alignment, selection or sequence ids for a subsequence (ignoring gaps).<br>Accepts regular expressions - search Help for 'regex' for details.
213 label.colour_text = Colour Text
214 label.show_non_conversed = Show nonconserved
215 label.overview_window = Overview Window
216 label.none = None
217 label.above_identity_threshold = Above Identity Threshold
218 label.show_sequence_features = Show Sequence Features
219 label.nucleotide = Nucleotide
220 label.protein = Protein
221 label.to_new_alignment = To New Alignment
222 label.to_this_alignment = Add To This Alignment
223 label.apply_colour_to_all_groups = Apply Colour To All Groups
224 label.modify_identity_thereshold = Modify Identity Threshold...
225 label.modify_conservation_thereshold = Modify Conservation Threshold...
226 label.input_from_textbox = Input from textbox
227 label.centre_column_labels = Centre column labels
228 label.automatic_scrolling = Automatic Scrolling
229 label.documentation = Documentation
230 label.about = About...
231 label.show_sequence_limits = Show Sequence Limits
232 action.feature_settings = Feature Settings...
233 label.feature_settings = Feature Settings
234 label.all_columns = All Columns
235 label.all_sequences = All Sequences
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237 label.selected_sequences = Selected Sequences
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239 label.all_but_selected_region = All but Selected Region (Shift+Ctrl+H)
240 label.selected_region = Selected Region
241 label.all_sequences_columns = All Sequences and Columns
242 label.hide_insertions = Hide columns gapped for selection
243 label.hide_selected_annotations = Hide selected annotations
244 label.show_selected_annotations = Show selected annotations
245 label.group_consensus = Group Consensus
246 label.group_conservation = Group Conservation
247 label.show_consensus_histogram = Show Consensus Histogram
248 label.show_consensus_logo = Show Consensus Logo
249 label.norm_consensus_logo = Normalise Consensus Logo
250 label.apply_all_groups = Apply to all groups
251 label.autocalculated_annotation = Autocalculated Annotation
252 label.show_first = Show first
253 label.show_last = Show last
254 label.struct_from_pdb = Process secondary structure from PDB
255 label.use_rnaview = Use RNAView for secondary structure
256 label.autoadd_secstr = Add secondary structure annotation to alignment
257 label.autoadd_temp = Add Temperature Factor annotation to alignment
258 label.structure_viewer = Default structure viewer
259 label.chimera_path = Path to Chimera program
260 label.chimera_path_tip = Jalview will first try any path entered here, else standard installation locations.<br>Double-click to browse for file.
261 label.invalid_chimera_path = Chimera path not found or not executable
262 label.chimera_missing = Chimera structure viewer not found.<br/>Please enter the path to Chimera (if installed),<br/>or download and install UCSF Chimera.
263 label.chimera_failed = Error opening Chimera - is it installed?\nCheck path in Preferences, Structure
264 label.min_colour = Minimum Colour
265 label.max_colour = Maximum Colour
266 label.use_original_colours = Use Original Colours
267 label.threshold_minmax = Threshold is min/max
268 label.represent_group_with = Represent Group with {0}
269 label.selection = Selection
270 label.group_colour = Group Colour
271 label.sequence = Sequence
272 label.view_pdb_structure = View PDB Structure
273 label.min = Min:
274 label.max = Max:
275 label.colour_by_label = Colour by label
276 label.new_feature = New Feature
277 label.match_case = Match Case
278 label.view_alignment_editor = View in alignment editor
279 label.labels = Labels
280 label.output_values = Output Values...
281 label.output_points = Output points...
282 label.output_transformed_points = Output transformed points
283 label.input_data = Input Data...
284 label.nucleotide_matrix = Nucleotide matrix
285 label.protein_matrix = Protein matrix
286 label.show_bootstrap_values = Show Bootstrap Values
287 label.show_distances = Show distances
288 label.mark_unassociated_leaves = Mark Unassociated Leaves
289 label.fit_to_window = Fit To Window
290 label.newick_format = Newick Format
291 label.select_newick_like_tree_file = Select a newick-like tree file
292 label.colours = Colours
293 label.view_mapping = View Mapping
294 label.wireframe = Wireframe
295 label.depthcue = Depthcue
296 label.z_buffering = Z Buffering
297 label.charge_cysteine = Charge & Cysteine
298 label.all_chains_visible = All Chains Visible
299 label.successfully_added_features_alignment = Successfully added features to alignment
300 label.keyboard_editing_mode = Keyboard editing mode is {0}
301 label.paste_features_annotations_Tcoffee_here = Paste your features / annotations / T-coffee score file here.
302 label.removed_columns = Removed {0} columns.
303 label.removed_empty_columns = Removed {0} empty columns.
304 label.paste_newick_tree_file = Paste your Newick tree file here.
305 label.order_by_params = Order by {0}
306 label.html_content = <html>{0}</html>
307 label.paste_pdb_file= Paste your PDB file here.
308 label.paste_pdb_file_for_sequence = Paste PDB file for sequence {0}
309 label.could_not_parse_newick_file  = Could not parse Newick file\!\n {0}
310 label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment= Successfully pasted T-Coffee scores to alignment.
311 label.failed_add_tcoffee_scores = Failed to add T-Coffee scores: 
312 label.successfully_pasted_annotation_to_alignment= Successfully pasted annotation to alignment.
313 label.couldnt_parse_pasted_text_as_valid_annotation_feature_GFF_tcoffee_file = Couldn't parse pasted text as a valid annotation, feature, GFF, or T-Coffee score file
314 label.successfully_pasted_alignment_file = Successfully pasted alignment file
315 label.paste_your_alignment_file = Paste your alignment file here
316 label.paste_your = Paste your
317 label.finished_searching = Finished searching
318 label.search_results= Search results {0} : {1}
319 label.found_match_for = Found match for {0}
320 label.font = Font:
321 label.size = Size:
322 label.style = Style:
323 label.enter_redundancy_threshold = Enter the redundancy threshold
324 label.calculating = Calculating....
325 label.modify_conservation_visibility = Modify conservation visibility
326 label.colour_residues_above_occurence = Colour residues above % occurence
327 label.set_this_label_text = set this label text
328 label.sequences_from = Sequences from {0}
329 label.successfully_loaded_file  = Successfully loaded file {0}
330 label.successfully_saved_to_file_in_format = Successfully saved to file: {0} in {1} format.
331 label.copied_sequences_to_clipboard = Copied {0} sequences to clipboard.
332 label.check_file_matches_sequence_ids_alignment = Check that the file matches sequence IDs in the alignment.
333 label.problem_reading_tcoffee_score_file = Problem reading T-COFFEE score file
334 label.source_to_target = {0} ... {1}
335 label.per_sequence_only= Per-sequence only
336 label.to_file = to File
337 label.to_textbox = to Textbox
338 label.jalview = Jalview
339 label.csv_spreadsheet = CSV (Spreadsheet)
340 label.status = Status
341 label.channels = Channels
342 label.channel_title_item_count = {0} ({1})
343 label.blog_item_published_on_date = {0} {1} 
344 label.select_das_service_from_table = Select a DAS service from the table to read a full description here.</font></html>
345 label.session_update = Session Update
346 label.new_vamsas_session = New Vamsas Session
347 action.load_vamsas_session = Load Vamsas Session...
348 action.save_vamsas_session = Save Vamsas Session
349 label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session= Select a vamsas session to be opened as a new vamsas session.
350 label.open_saved_vamsas_session = Open a saved VAMSAS session
351 label.groovy_console = Groovy Console...
352 label.lineart = Lineart
353 label.dont_ask_me_again = Don't ask me again
354 label.select_eps_character_rendering_style = Select EPS character rendering style
355 label.invert_selection = Invert Selection
356 label.optimise_order = Optimise Order
357 label.seq_sort_by_score = Sequence sort by Score
358 label.load_colours = Load Colours
359 label.save_colours = Save Colours
360 label.fetch_das_features = Fetch DAS Features
361 label.selected_database_to_fetch_from = Selected {0} database {1} to fetch from {2} 
362 label.database_param = Database: {0}
363 label.example = Example
364 label.example_param = Example: {0}
365 label.select_file_format_before_saving = You must select a file format before saving!
366 label.file_format_not_specified = File format not specified
367 label.alignment_contains_hidden_columns = The Alignment contains hidden regions (hidden sequences/columns).\nDo you want to save only the visible alignment?
368 label.couldnt_save_file = Couldn't save file: {0}
369 label.error_saving_file = Error Saving File
370 label.remove_from_default_list = Remove from default list?
371 label.remove_user_defined_colour = Remove user defined colour
372 label.you_must_select_least_two_sequences = You must select at least 2 sequences.
373 label.invalid_selection = Invalid Selection
374 label.principal_component_analysis_must_take_least_four_input_sequences = Principal component analysis must take\nat least 4 input sequences.
375 label.sequence_selection_insufficient = Sequence selection insufficient
376 label.you_need_more_two_sequences_selected_build_tree = You need to have more than two sequences selected to build a tree!
377 label.not_enough_sequences = Not enough sequences
378 label.selected_region_to_tree_may_only_contain_residues_or_gaps =  The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
379 label.sequences_selection_not_aligned = Sequences in selection are not aligned
380 label.sequences_must_be_aligned_before_creating_tree = The sequences must be aligned before creating a tree.\nTry using the Pad function in the edit menu,\n or one of the multiple sequence alignment web services.
381 label.sequences_not_aligned = Sequences not aligned
382 label.problem_reading_tree_file =  Problem reading tree file
383 label.possible_problem_with_tree_file = Possible problem with tree file
384 label.select_at_least_three_bases_in_at_least_one_sequence_to_cDNA_translation = Please select at least three bases in at least one sequence in order to perform a cDNA translation.
385 label.translation_failed = Translation Failed
386 label.error_when_translating_sequences_submit_bug_report = Unfortunately, something went wrong when translating your sequences.\nPlease take a look in the Jalview java console\nand submit a bug report including the stacktrace.
387 label.implementation_error  = Implementation error:
388 label.automatically_associate_pdb_files_with_sequences_same_name = Do you want to automatically associate the {0} PDB files with sequences in the alignment that have the same name?
389 label.automatically_associate_pdb_files_by_name = Automatically Associate PDB files by name
390 label.ignore_unmatched_dropped_files_info = <html>Do you want to <em>ignore</em> the {0} files whose names did not match any sequence IDs ?</html>
391 label.ignore_unmatched_dropped_files = Ignore unmatched dropped files?
392 label.view_name_original = Original
393 label.enter_view_name = Enter View Name
394 label.enter_label = Enter label
395 label.enter_label_for_the_structure = Enter a label for the structure?
396 label.pdb_entry_is_already_displayed = {0} is already displayed.\nDo you want to re-use this viewer ?
397 label.map_sequences_to_visible_window = Map Sequences to Visible Window: {0}
398 label.add_pdbentry_to_view = Do you want to add {0} to the view called\n{1}\n
399 label.align_to_existing_structure_view = Align to existing structure view
400 label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved = The following pdb entries could not be retrieved from the PDB\:\n{0}\nPlease retry, or try downloading them manually.
401 label.couldnt_load_file = Couldn't load file
402 label.couldnt_find_pdb_id_in_file = Couldn't find a PDB id in the file supplied. Please enter an Id to identify this structure.
403 label.no_pdb_id_in_file = No PDB Id in File
404 label.couldnt_read_pasted_text = Couldn't read the pasted text {0}
405 label.error_parsing_text = Error parsing text
406 label.enter_local_das_source = Enter Nickname & URL of Local DAS Source
407 label.you_can_only_edit_or_remove_local_das_sources = You can only edit or remove local DAS Sources!
408 label.public_das_source = Public DAS source - not editable
409 label.input_alignment_from_url = Input Alignment From URL
410 label.input_alignment = Input Alignment
411 label.couldnt_import_as_vamsas_session = Couldn't import {0} as a new vamsas session.
412 label.vamsas_document_import_failed = Vamsas Document Import Failed
413 label.couldnt_locate = Couldn't locate {0}
414 label.url_not_found = URL not found
415 label.no_link_selected = No link selected
416 label.new_sequence_url_link = New sequence URL link
417 label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view = Cannot edit annotations in wrapped view
418 label.wrapped_view_no_edit = Wrapped view - no edit
419 label.error_retrieving_data = Error Retrieving Data
420 label.user_colour_scheme_must_have_name = User colour scheme must have a name
421 label.no_name_colour_scheme = No name for colour scheme
422 label.invalid_url = Invalid URL !
423 label.error_loading_file = Error loading file
424 label.problems_opening_file = Encountered problems opening {0}!!
425 label.file_open_error = File open error
426 label.no_das_sources_selected_warn = No das sources were selected.\nPlease select some sources and\ntry again.
427 label.no_das_sources_selected_title = No DAS Sources Selected
428 label.colour_scheme_exists_overwrite = Colour scheme {0} exists.\nContinue saving colour scheme as {1}?"
429 label.duplicate_scheme_name = Duplicate scheme name
430 label.jalview_new_questionnaire = There is a new Questionnaire available. Would you like to complete it now ?\n
431 label.jalview_user_survey = Jalview User Survey
432 label.alignment_properties = Alignment Properties: {0}
433 label.alignment_props = Alignment Properties
434 label.input_cut_paste = Cut & Paste Input
435 label.input_cut_paste_params = Cut & Paste Input - {0}
436 label.alignment_output_command = Alignment output - {0}
437 label.annotations = Annotations
438 label.structure_options = Structure Options
439 label.features = Features
440 label.overview_params = Overview {0}
441 label.paste_newick_file = Paste Newick file
442 label.load_tree_from_file = From File - 
443 label.colour_by_annotation = Colour by Annotation
444 label.selection_output_command = Selection output - {0}
445 label.annotation_for_displayid = <p><h2>Annotation for {0} </h2></p><p>
446 label.pdb_sequence_mapping = PDB - Sequence Mapping
447 label.pca_details = PCA details
448 label.redundancy_threshold_selection = Redundancy threshold selection
449 label.user_defined_colours = User defined colours
450 label.jalviewLite_release = JalviewLite - Release {0}
451 label.jaview_build_date = Build date: {0}
452 label.jalview_authors_1 = Authors: Jim Procter, Andrew Waterhouse, Mungo Carstairs, Tochukwu Ofoegbu, Lauren Lui, Jan Engelhardt,
453 label.jalview_authors_2 = Natasha Sherstnev, Daniel Barton, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, David Martin & Geoff Barton.
454 label.jalview_dev_managers = Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.
455 label.jalview_distribution_lists = For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list
456 label.jalview_please_cite = If  you use Jalview, please cite:
457 label.jalview_cite_1_authors = Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
458 label.jalview_cite_1_title = Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench
459 label.jalview_cite_1_ref = Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033
460 label.right_click = Right click
461 label.to_add_annotation = to add annotation
462 label.alignment_has_no_annotations = Alignment has no annotations
463 label.retrieving_pdb_data = Retrieving PDB data...
464 label.label = Label
465 label.no_features_added_to_this_alignment = No Features added to this alignment!!
466 label.features_can_be_added_from_searches_1 = (Features can be added from searches or
467 label.features_can_be_added_from_searches_2 = from Jalview / GFF features files)
468 label.calculating_pca= Calculating PCA
469 label.reveal_columns = Reveal Columns
470 label.jalview_cannot_open_file = Jalview can't open file
471 label.jalview_applet = Jalview applet
472 label.loading_data = Loading data
473 label.memory_stats = Total Free Memory: {0} MB; Max Memory: {1} MB; {2} %
474 label.calculating_tree = Calculating tree
475 label.state_queueing = queuing
476 label.state_running = running
477 label.state_complete = complete
478 label.state_completed = finished
479 label.state_job_cancelled = job cancelled!!
480 label.state_job_error = job error!
481 label.server_error_try_later = Server Error! (try later)
482 label.error_loading_pdb_data = Error loading PDB data!!
483 label.fetching_pdb_data = Fetching PDB data...
484 label.structure_type = Structure type
485 label.settings_for_type = Settings for {0}
486 label.view_full_application = View in Full Application
487 label.load_associated_tree = Load Associated Tree...
488 label.load_features_annotations = Load Features/Annotations...
489 label.export_features = Export Features...
490 label.export_annotations = Export Annotations...
491 label.to_upper_case = To Upper Case
492 label.to_lower_case = To Lower Case
493 label.toggle_case = Toggle Case
494 label.edit_name_description = Edit Name/Description...
495 label.create_sequence_feature = Create Sequence Feature...
496 label.edit_sequence = Edit Sequence
497 label.edit_sequences = Edit Sequences
498 label.sequence_details = Sequence Details
499 label.jmol_help = Jmol Help
500 label.chimera_help = Chimera Help
501 label.close_viewer = Close Viewer
502 label.confirm_close_chimera = This will close Jalview''s connection to {0}.<br>Do you want to close the Chimera window as well?
503 label.chimera_help = Chimera Help
504 label.all = All
505 label.sort_by = Sort alignment by
506 label.sort_by_score = Sort by Score
507 label.sort_by_density = Sort by Density
508 label.sequence_sort_by_density = Sequence sort by Density
509 label.sort_ann_by = Sort annotations by
510 label.sort_annotations_by_sequence = Sort by sequence
511 label.sort_annotations_by_label = Sort by label
512 label.reveal = Reveal
513 label.hide_columns = Hide Columns
514 label.load_jalview_annotations = Load Jalview Annotations or Features File
515 label.load_tree_file = Load a tree file
516 label.retrieve_parse_sequence_database_records_alignment_or_selected_sequences = Retrieve and parse sequence database records for the alignment or the currently selected sequences
517 label.standard_databases = Standard Databases
518 label.fetch_embl_uniprot = Fetch from EMBL/EMBLCDS or Uniprot/PDB and any selected DAS sources
519 label.reset_min_max_colours_to_defaults = Reset min and max colours to defaults from user preferences.
520 label.align_structures_using_linked_alignment_views = Align structures using {0} linked alignment views
521 label.connect_to_session = Connect to session {0}
522 label.threshold_feature_display_by_score = Threshold the feature display by score.
523 label.threshold_feature_no_thereshold = No Threshold
524 label.threshold_feature_above_thereshold = Above Threshold
525 label.threshold_feature_below_thereshold = Below Threshold
526 label.adjust_thereshold = Adjust threshold
527 label.toggle_absolute_relative_display_threshold = Toggle between absolute and relative display threshold.
528 label.display_features_same_type_different_label_using_different_colour = Display features of the same type with a different label using a different colour. (e.g. domain features)
529 label.select_colour_minimum_value = Select Colour for Minimum Value
530 label.select_colour_maximum_value = Select Colour for Maximum Value
531 label.open_new_jmol_view_with_all_structures_associated_current_selection_superimpose_using_alignment = Open a new structure viewer with all structures associated with the current selection and superimpose them using the alignment.
532 label.open_url_param = Open URL {0}
533 label.open_url_seqs_param = Open URL ({0}..) ({1} seqs)
534 label.load_pdb_file_associate_with_sequence = Load a PDB file and associate it with sequence {0}
535 label.reveal_hidden_columns = Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button
536 label.dark_colour = Dark Colour
537 label.light_colour = Light Colour
538 label.highlightnode = Left click to select leaves.<br>Double-click to invert leaves.<br>Right click to change colour.
539 label.load_colour_scheme = Load colour scheme
540 label.copy_format_from = Copy format from
541 label.toggle_enabled_views = When enabled, allows many views to be selected.
542 label.select_all_views = Select all views
543 label.select_many_views = Select many views
544 label.edit_notes_parameter_set = Click to edit the notes for this parameter set.
545 label.open_local_file = Open local file
546 label.enable_automatically_sort_alignment_when_open_new_tree = Enable this to automatically sort<br>the alignment when you open<br> a new tree.
547 label.listen_for_selections = Listen for selections
548 label.selections_mirror_selections_made_same_sequences_other_views = When selected, selections in this view will mirror<br>selections made on the same sequences in other views.
549 label.toggle_sequence_visibility = Shift+H toggles sequence visiblity
550 label.toggle_columns_visibility = Ctrl+H toggles column visiblity.
551 label.toggles_visibility_hidden_selected_regions = H toggles visibility of hidden or selected regions
552 label.rename_tab_eXpand_reGroup=  Right-click to rename tab <br> Press X to eXpand tabs, G to reGroup.
553 label.right_align_sequence_id = Right Align Sequence Id
554 label.sequence_id_tooltip = Sequence ID Tooltip
555 label.no_services = <No Services>
556 label.select_copy_raw_html = Select this if you want to copy raw html
557 label.share_data_vamsas_applications = Share data with other vamsas applications
558 label.connect_to = Connect to
559 label.join_existing_vamsas_session = Join an existing vamsas session
560 label.from_url = from URL
561 label.any_trees_calculated_or_loaded_alignment_automatically_sort = When selected, any trees calculated or loaded onto the alignment will automatically sort the alignment
562 label.sort_with_new_tree = Sort With New Tree
563 label.from_textbox = from Textbox
564 label.window = Window
565 label.preferences = Preferences
566 label.tools = Tools
567 label.fetch_sequences = Fetch Sequences
568 action.fetch_sequences = Fetch Sequences...
569 label.stop_vamsas_session = Stop Vamsas Session
570 label.collect_garbage = Collect Garbage
571 label.show_memory_usage = Show Memory Usage
572 label.show_java_console = Show Java Console
573 label.show_jalview_news = Show Jalview News
574 label.take_snapshot = Take snapshot
575 label.monospaced_fonts_faster_to_render = Monospaced fonts are faster to render
576 label.anti_alias_fonts = Anti-alias Fonts (Slower to render)
577 label.monospaced_font= Monospaced
578 label.quality = Quality
579 label.maximize_window = Maximize Window
580 label.conservation = Conservation
581 label.consensus = Consensus
582 label.histogram = Histogram
583 label.logo = Logo
584 label.non_positional_features = List Non-positional Features
585 label.database_references = List Database References
586 label.share_selection_across_views = Share selection across views
587 label.scroll_highlighted_regions = Scroll to highlighted regions
588 label.gap_symbol = Gap Symbol
589 label.prot_alignment_colour = Protein Alignment Colour
590 label.nuc_alignment_colour = Nucleotide Alignment Colour
591 label.address = Address
592 label.port = Port
593 label.default_browser_unix = Default Browser (Unix)
594 label.send_usage_statistics = Send usage statistics
595 label.check_for_questionnaires = Check for questionnaires
596 label.check_for_latest_version = Check for latest version
597 label.url_linkfrom_sequence_id = URL link from Sequence ID
598 label.use_proxy_server = Use a proxy server
599 label.eps_rendering_style = EPS rendering style
600 label.append_start_end = Append /start-end (/15-380)
601 label.full_sequence_id = Full Sequence Id
602 label.smooth_font = Smooth Font
603 label.autocalculate_consensus = AutoCalculate Consensus
604 label.pad_gaps = Pad Gaps
605 label.pad_gaps_when_editing = Pad Gaps When Editing
606 label.automatically_set_id_width = Automatically set ID width
607 label.figure_id_column_width = Figure ID column width
608 label.use_modeller_output = Use Modeller Output
609 label.wrap_alignment = Wrap Alignment
610 label.right_align_ids = Right Align Ids
611 label.sequence_name_italics = Italic Sequence Ids
612 label.open_overview = Open Overview
613 label.default_colour_scheme_for_alignment = Default Colour Scheme for alignment
614 label.annotation_shading_default = Annotation Shading Default
615 label.default_minimum_colour_annotation_shading = Default Minimum Colour for annotation shading
616 label.default_maximum_colour_annotation_shading = Default Maximum Colour for annotation shading
617 label.visual = Visual
618 label.connections = Connections
619 label.output = Output
620 label.editing = Editing
621 label.das_settings = DAS Settings
622 label.web_services = Web Services
623 label.right_click_to_edit_currently_selected_parameter = Right click to edit currently selected parameter.
624 label.let_jmol_manage_structure_colours = Let Jmol manage structure colours
625 label.let_chimera_manage_structure_colours = Let Chimera manage structure colours
626 label.marks_leaves_tree_not_associated_with_sequence = Marks leaves of tree not associated with a sequence
627 label.index_web_services_menu_by_host_site = Index web services in menu by the host site
628 label.option_want_informed_web_service_URL_cannot_be_accessed_jalview_when_starts_up = Check this option if you want to be informed<br>when a web service URL cannot be accessed by Jalview<br>when it starts up
629 label.new_service_url = New Service URL
630 label.edit_service_url = Edit Service URL
631 label.delete_service_url = Delete Service URL
632 label.details = Details
633 label.options = Options
634 label.parameters = Parameters
635 label.available_das_sources = Available DAS Sources
636 label.full_details = Full Details
637 label.authority = Authority
638 label.type = Type
639 label.proxy_server = Proxy Server
640 label.file_output = File Output
641 label.select_input_type = Select input type
642 label.set_options_for_type = Set options for type
643 label.data_input_parameters = Data input parameters
644 label.data_returned_by_service = Data returned by service
645 label.rsbs_encoded_service = RSBS Encoded Service
646 label.parsing_errors = Parsing errors
647 label.simple_bioinformatics_rest_services = Simple Bioinformatics Rest Services
648 label.web_service_discovery_urls = Web Service Discovery URLS
649 label.input_parameter_name = Input Parameter name
650 label.short_descriptive_name_for_service = Short descriptive name for service
651 label.function_service_performs = What kind of function the service performs (e.g. alignment, analysis, search, etc).
652 label.brief_description_service = Brief description of service
653 label.url_post_data_service = URL to post data to service. Include any special parameters needed here
654 label.optional_suffix = Optional suffix added to URL when retrieving results from service
655 label.preferred_gap_character = Which gap character does this service prefer?
656 label.gap_character = Gap character
657 label.move_return_type_up_order= Move return type up order
658 label.move_return_type_down_order= Move return type down order
659 label.update_user_parameter_set = Update this existing user parameter set
660 label.delete_user_parameter_set = Delete the currently selected user parameter set
661 label.create_user_parameter_set = Create a new parameter set with the current settings.
662 label.revert_changes_user_parameter_set = Undo all changes to the current parameter set
663 label.start_job_current_settings = Start Job with current settings
664 label.cancel_job_close_dialog = Close this dialog and cancel job
665 label.input_output = Input/Output
666 label.cut_paste = Cut'n'Paste
667 label.adjusting_parameters_for_calculation = Adjusting parameters for existing Calculation
668 label.2d_rna_structure_line = 2D RNA {0} (alignment)
669 label.2d_rna_sequence_name = 2D RNA - {0}
670 label.edit_name_and_description_current_group = Edit name and description of current group.
671 label.view_structure_for = View structure for {0}
672 label.view_all_structures = View all {0} structures.
673 label.view_all_representative_structures = View all {0} representative structures.
674 label.open_new_jmol_view_with_all_representative_structures_associated_current_selection_superimpose_using_alignment = Opens a new structure viewer with all representative structures\nassociated with the current selection\nsuperimposed with the current alignment.
675 label.associate_structure_with_sequence = Associate Structure with Sequence
676 label.from_file = From File
677 label.enter_pdb_id = Enter PDB Id
678 label.discover_pdb_ids = Discover PDB IDs
679 label.text_colour = Text Colour
680 action.set_text_colour = Text Colour...
681 label.structure = Structure
682 label.view_structure = View Structure
683 label.view_protein_structure = View Protein Structure
684 label.show_pdbstruct_dialog = 3D Structure Data...
685 label.view_rna_structure = VARNA 2D Structure
686 label.clustalx_colours = Clustalx colours
687 label.above_identity_percentage = Above % Identity
688 label.create_sequence_details_report_annotation_for = Annotation for {0}
689 label.sequence_details_for = Sequence Details for {0}
690 label.sequence_name = Sequence Name
691 label.sequence_description = Sequence Description
692 label.edit_sequence_name_description = Edit Sequence Name/Description
693 label.spaces_converted_to_backslashes = Spaces have been converted to _
694 label.no_spaces_allowed_sequence_name = No spaces allowed in Sequence Name
695 label.select_outline_colour = Select Outline Colour
696 label.web_browser_not_found_unix = Unixers\: Couldn't find default web browser.\nAdd the full path to your browser in Preferences."
697 label.web_browser_not_found = Web browser not found
698 label.select_pdb_file_for = Select a PDB file for {0}
699 label.html = HTML
700 label.wrap = Wrap
701 label.show_database_refs = Show Database Refs
702 label.show_non_positional_features = Show Non-Positional Features
703 label.save_png_image = Save As PNG Image
704 label.load_tree_for_sequence_set = Load a tree for this sequence set
705 label.export_image = Export Image
706 label.vamsas_store = VAMSAS store
707 label.translate_cDNA = Translate as cDNA
708 label.reverse = Reverse
709 label.reverse_complement = Reverse Complement
710 label.linked_view_title = Linked CDS and protein view
711 label.align = Align
712 label.extract_scores = Extract Scores
713 label.get_cross_refs = Get Cross-References
714 label.sort_alignment_new_tree = Sort Alignment With New Tree
715 label.add_sequences = Add Sequences
716 label.new_window = New Window
717 label.split_window = Split Window
718 label.refresh_available_sources = Refresh Available Sources
719 label.use_registry = Use Registry
720 label.add_local_source = Add Local Source
721 label.set_as_default = Set as Default
722 label.show_labels = Show labels
723 label.background_colour = Background Colour
724 action.background_colour = Background Colour...
725 label.associate_nodes_with = Associate Nodes With
726 label.jalview_pca_calculation = Jalview PCA Calculation
727 label.link_name = Link Name
728 label.pdb_file = PDB file
729 label.colour_with_jmol = Colour with Jmol
730 label.colour_with_chimera = Colour with Chimera
731 label.align_structures = Align Structures
732 label.jmol = Jmol
733 label.chimera = Chimera
734 label.sort_alignment_by_tree = Sort Alignment By Tree
735 label.mark_unlinked_leaves = Mark Unlinked Leaves
736 label.associate_leaves_with = Associate Leaves With
737 label.save_colour_scheme_with_unique_name_added_to_colour_menu = Save your colour scheme with a unique name and it will be added to the Colour menu
738 label.case_sensitive = Case Sensitive
739 label.lower_case_colour = Lower Case Colour
740 label.index_by_host = Index by Host
741 label.index_by_type = Index by Type
742 label.enable_jabaws_services = Enable JABAWS Services
743 label.display_warnings = Display Warnings
744 label.move_url_up = Move URL Up
745 label.move_url_down = Move URL Down
746 label.add_sbrs_definition = Add a SBRS Definition
747 label.edit_sbrs_definition = Edit SBRS Definition
748 label.delete_sbrs_definition = Delete SBRS Definition
749 label.your_sequences_have_been_verified = Your sequences have been verified against known sequence databases. Some of the ids have been\n altered, most likely the start/end residue will have been updated.\n Save your alignment to maintain the updated id.\n\n
750 label.sequence_names_updated = Sequence names updated
751 label.dbref_search_completed = DBRef search completed
752 label.show_all_chains = Show all chains
753 label.fetch_all_param = Fetch all {0}
754 label.paste_new_window = Paste To New Window
755 label.settings_for_param = Settings for {0}
756 label.view_params = View {0}
757 label.aacon_calculations = AACon Calculations
758 label.aacon_settings = Change AACon Settings...
759 tooltip.aacon_calculations = When checked, AACon calculations are updated automatically.
760 tooltip.aacon_settings = Modify settings for AACon calculations.
761 label.rnalifold_calculations = RNAAliFold Prediction
762 label.rnalifold_settings = Change RNAAliFold settings...
763 tooltip.rnalifold_calculations = When checked, RNA secondary structure predictions will be calculated for the alignment, and updated when edits are made.
764 tooltip.rnalifold_settings = Modify settings for the RNAAliFold prediction. Use this to hide or show different results of the RNA calculation, and change RNA folding parameters.
765 label.all_views = All Views
766 label.align_sequences_to_existing_alignment = Align sequences to an existing alignment
767 label.realign_with_params = Realign with {0}
768 label.calcname_with_default_settings = {0} with Defaults
769 label.action_with_default_settings = {0} with default settings
770 label.edit_settings_and_run = Edit settings and run...
771 label.view_and_change_parameters_before_alignment = View and change the parameters before alignment
772 label.run_with_preset_params = Run {0} with preset
773 label.view_and_change_parameters_before_running_calculation = View and change parameters before running calculation
774 label.view_documentation = View documentation
775 label.select_return_type = Select return type
776 label.translation_of_params = Translation of {0}
777 label.features_for_params = Features for - {0}
778 label.annotations_for_params = Annotations for - {0}
779 label.generating_features_for_params = Generating features for - {0}
780 label.generating_annotations_for_params = Generating annotations for - {0}
781 label.varna_params = VARNA - {0}
782 label.sequence_feature_settings = Sequence Feature Settings
783 label.pairwise_aligned_sequences = Pairwise Aligned Sequences
784 label.original_data_for_params = Original Data for {0}
785 label.points_for_params = Points for {0}
786 label.transformed_points_for_params = Transformed points for {0}
787 label.graduated_color_for_params = Graduated Feature Colour for {0}
788 label.select_backgroud_colour = Select Background Colour
789 label.invalid_font = Invalid Font
790 label.separate_multiple_accession_ids = Enter one or more accession IDs separated by a semi-colon ";"
791 label.separate_multiple_query_values = Enter one or more {0}s separated by a semi-colon ";"
792 label.search_all = Enter one or more search values separated by a semi-colon ";" (Note: This Searches the entire PDB database)
793 label.replace_commas_semicolons = Replace commas with semi-colons
794 label.parsing_failed_syntax_errors_shown_below_param = Parsing failed. Syntax errors shown below {0}
795 label.parsing_failed_unrecoverable_exception_thrown_param = \nParsing failed. An unrecoverable exception was thrown\:\n {0}
796 label.example_query_param = Example query: {0}
797 label.enter_value_increase_conservation_visibility = Enter value to increase conservation visibility
798 label.enter_percentage_identity_above_which_colour_residues = Enter % identity above which to colour residues
799 label.wswublast_client_credits = To display sequence features an exact Uniprot id with 100% sequence identity match must be entered.\nIn order to display these features, try changing the names of your sequences to the ids suggested below.\n\nRunning WSWUBlast at EBI.\nPlease quote Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R.\nSOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.\nNucleic Acids Res. 33(1)\:W25-W28 (2005));
800 label.blasting_for_unidentified_sequence = BLASTing for unidentified sequences
801 label.select_columns_containing = Select columns containing
802 label.select_columns_not_containing = Select columns that do not contain
803 option.trim_retrieved_seqs = Trim retrieved sequences
804 label.trim_retrieved_sequences = When the reference sequence is longer than the sequence that you are working with, only keep the relevant subsequences.
805 label.use_sequence_id_1 = Use $SEQUENCE_ID$ or $SEQUENCE_ID=/<regex>/=$
806 label.use_sequence_id_2 = \nto embed sequence id in URL
807 label.ws_parameters_for = Parameters for {0}
808 label.switch_server = Switch server
809 label.choose_jabaws_server = Choose a server for running this service
810 label.services_at = Services at {0}
811 label.rest_client_submit = {0} using {1}
812 label.fetch_retrieve_from =Retrieve from {0}</html>
813 label.fetch_retrieve_from_all_sources = Retrieve from all {0} sources in {1}<br>First is :{2}<html> 
814 #label.feature_settings_click_drag = <html>Click/drag feature types up or down to change render order.<br/>Double click to select columns containing feature in alignment/current selection<br/>Pressing Alt will select columns outside features rather than inside<br/>Pressing Shift to modify current selection (rather than clear current selection)<br/>Press CTRL or Command/Meta to toggle columns in/outside features<br/></html>
815 label.feature_settings_click_drag = Drag up or down to change render order.<br/>Double click to select columns containing feature.
816 label.transparency_tip = Adjust transparency to 'see through' feature colours.
817 label.opt_and_params_further_details = see further details by right-clicking
818 label.opt_and_params_show_brief_desc_image_link = <html>Click to show brief description<br><img src="{0}"/> Right click for further information.</html> 
819 label.opt_and_params_show_brief_desc = <html>Click to show brief description<br></html>
820 label.adjusts_width_generated_eps_png = <html>Adjusts the width of the generated EPS or PNG file to ensure even the longest sequence ID or annotation label is displayed</html>
821 label.manually_specify_width_left_column = <html>Manually specify the width of the left hand column where sequence IDs and annotation labels will be rendered in exported alignment figures. This setting will be ignored if 'Automatically set ID width' is set</html>
822 label.job_created_when_checked = <html>When checked, a job is created for every sequence in the current selection.</html>
823 label.when_checked_job_visible_region_and_results = <html>When checked, a single job is created for the visible region and results mapped back onto their location in the alignment. Otherwise, a job would be created for every contiguous region visible in the alignment or current selection (e.g. a multiple alignment).</html>
824 label.flat_file_representation = <html>Flat file representation of this rest service using the Really Simple Bioinformatics Service formalism</html>
825 label.result_of_parsing_rsbs = <html>Results of parsing the RSBS representation</html>
826 label.user_preset = User Preset
827 label.service_preset = Service Preset
828 label.run_with_preset = Run {0} with preset
829 label.view_service_doc_url = <html>View <a href="{0}">{1}</a></html>
830 label.submit_sequence = <html>Submit {0} {1} {2} {3} to<br/>{4}</html>
831 action.by_title_param = By {0}
832 label.alignment = Alignment
833 label.secondary_structure_prediction = Secondary Structure Prediction
834 label.sequence_database_search = Sequence Database Search
835 label.analysis = Analysis
836 label.protein_disorder = Protein Disorder 
837 label.source_from_db_source = Sources from {0}
838 label.from_msname = from {0}
839 label.superpose_with = Superpose with
840 action.do = Do
841 label.scale_label_to_column = Scale Label to Column
842 label.add_new_row = Add New Row
843 label.edit_label_description = Edit Label/Description
844 label.hide_row = Hide This Row
845 label.delete_row = Delete This Row
846 label.show_all_hidden_rows = Show All Hidden Rows
847 label.export_annotation = Export Annotation
848 label.copy_consensus_sequence = Copy Consensus Sequence
849 label.helix = Helix
850 label.sheet = Sheet
851 label.rna_helix = RNA Helix
852 label.remove_annotation = Remove Annotation
853 label.colour_by = Colour by...
854 label.muscle_multiple_protein_sequence_alignment = Muscle Multiple Protein Sequence Alignment
855 label.mafft_multiple_sequence_alignment = MAFFT Multiple Sequence Alignment
856 label.clustalw_multiple_sequence_alignment = ClustalW Multiple Sequence Alignment
857 label.jnet_secondary_structure_prediction = JNet Secondary Structure Prediction
858 label.multiharmony = Multi-Harmony
859 label.unable_start_web_service_analysis = Unable to start web service analysis
860 label.job_couldnt_be_started_check_input = The Job couldn't be started. Please check your input, and the Jalview console for any warning messages.
861 label.prompt_each_time = Prompt each time
862 label.use_source = Use Source
863 label.couldnt_save_project = Couldn't save project
864 label.error_whilst_saving_current_state_to = Error whilst saving current state to {0}
865 label.error_whilst_loading_project_from = Error whilst loading project from {0}
866 label.couldnt_load_project = Couldn't load project
867 label.pca_sequences_not_aligned = The sequences must be aligned before calculating PCA.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
868 label.invalid_name_preset_exists = Invalid name - preset already exists.
869 label.invalid_name = Invalid name
870 label.set_proxy_settings = Please set up your proxy settings in the 'Connections' tab of the Preferences window
871 label.proxy_authorization_failed = Proxy Authorization Failed
872 label.internal_jalview_error = Internal Jalview Error
873 label.secondary_structure_prediction_service_couldnt_be_located = The Secondary Structure Prediction Service named {0} at {1} couldn't be located.
874 label.service_called_is_not_msa_service = The Service called \n{0}\nis not a \nMultiple Sequence Alignment Service\!
875 label.msa_service_is_unknown = The Multiple Sequence Alignment Service named {0} is unknown
876 label.service_called_is_not_seq_search_service = The Service called \n{0}\nis not a \nSequence Search Service\!
877 label.seq_search_service_is_unknown = The Sequence Search Service named {0} is unknown
878 label.feature_type = Feature Type
879 label.display = Display
880 label.service_url = Service URL
881 label.copied_sequences = Copied sequences
882 label.cut_sequences = Cut Sequences
883 label.conservation_colour_increment = Conservation Colour Increment ({0})
884 label.percentage_identity_thereshold = Percentage Identity Threshold ({0})
885 label.error_unsupported_owwner_user_colour_scheme = Unsupported owner for User Colour scheme dialog
886 label.save_alignment_to_file = Save Alignment to file
887 label.save_features_to_file = Save Features to File
888 label.save_annotation_to_file = Save Annotation to File
889 label.no_features_on_alignment = No features found on alignment
890 label.save_pdb_file = Save PDB File
891 label.save_text_to_file = Save Text to File
892 label.save_state = Save State
893 label.restore_state = Restore State
894 label.saving_jalview_project = Saving jalview project {0}
895 label.loading_jalview_project = Loading jalview project {0}
896 label.save_vamsas_document_archive = Save Vamsas Document Archive
897 label.saving_vamsas_doc = Saving VAMSAS Document to {0}
898 label.load_feature_colours = Load Feature Colours
899 label.save_feature_colours = Save Feature Colour Scheme
900 label.dataset_for = {0} Dataset for {1}
901 label.select_startup_file = Select startup file
902 label.select_default_browser = Select default web browser
903 label.save_tree_as_newick = Save tree as newick file
904 label.create_eps_from_tree = Create EPS file from tree
905 label.create_png_from_tree = Create PNG image from tree
906 label.save_colour_scheme = Save colour scheme
907 label.edit_params_for = Edit parameters for {0}
908 label.choose_filename_for_param_file = Choose a filename for this parameter file
909 label.save_as_html = Save as HTML
910 label.recently_opened = Recently Opened
911 label.blasting_for_unidentified_sequence_jobs_running = BLASTing for unidentified sequences - {0}  jobs running.
912 label.tree_from = Tree from {0}
913 label.webservice_job_title = {0} using {1}
914 label.select_visible_region_of = selected {0} region of {1}
915 label.visible = Visible
916 label.select_unselect_visible_regions_from = select and unselected {0} regions from {1}
917 label.visible_region_of = visible region of
918 label.webservice_job_title_on = {0} using {1} on {2}
919 label.updating_vamsas_session = Updating vamsas session
920 label.loading_file = Loading File: {0}
921 label.edit_params = Edit {0}
922 error.not_implemented = Not implemented
923 error.no_such_method_as_clone1_for = No such method as clone1 for {0}
924 error.null_from_clone1 = Null from clone1!
925 error.implementation_error_sortbyfeature = Implementation Error - sortByFeature method must be one of FEATURE_SCORE, FEATURE_LABEL or FEATURE_DENSITY.
926 error.not_yet_implemented = Not yet implemented
927 error.unknown_type_dna_or_pep = Unknown Type {0} - dna or pep are the only allowed values.
928 error.implementation_error_dont_know_thereshold_annotationcolourgradient = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
929 error.implementation_error_embeddedpopup_not_null = Implementation error - embeddedPopup must be non-null
930 error.invalid_colour_for_mycheckbox = Invalid color for MyCheckBox
931 error.implementation_error_unrecognised_render_object_for_features_type = Implementation Error: Unrecognised render object {0} for features of type {1}
932 error.implementation_error_unsupported_feature_colour_object = Implementation error: Unsupported feature colour object.
933 error.invalid_separator_parameter = Invalid separator parameter - must be non-zero length
934 error.alignment_cigararray_not_implemented = Alignment(CigarArray) not yet implemented
935 error.weak_sequencei_equivalence_not_yet_implemented = Weak sequenceI equivalence not yet implemented.
936 error.implementation_error_can_only_make_alignmnet_from_cigararray = Implementation Error - can only make an alignment view from a CigarArray of sequences.
937 error.empty_view_cannot_be_updated = empty view cannot be updated.
938 error.mismatch_between_number_of_sequences_in_block = Mismatch between number of sequences in block {0} ({1}) and the original view ({2})
939 error.padding_not_yet_implemented = Padding not yet implemented
940 error.mismatch_between_visible_blocks_to_update_and_number_of_contigs_in_view = Mismatch between visible blocks to update and number of contigs in view (contigs=0,blocks={0})
941 error.unknown_seq_cigar_operation = Unknown SeqCigar operation {0}
942 error.implementation_bug_parse_cigar_string = Implementation bug in parseCigarString
943 error.implementation_error_invalid_operation_string = Implementation error. Invalid operation string.
944 error.invalid_range_string = Invalid range string (must be zero or positive number)
945 error.implementation_error_delete_range_out_of_bounds = Implementation Error: deleteRange out of bounds: start must be non-negative and less than end.
946 error.implementation_error = Implementation error
947 error.implementation_error_unknown_operation = Implementation Error! Unknown operation {0}
948 error.implementation_error_unexpected_null_from_get_sequence_and_deletions = Implementation Error - unexpected null from getSequenceAndDeletions
949 error.implementation_error_set_seq_null = Implementation Error - _setSeq(null,...)
950 error.implementation_error_s = Implementation Error: _s= {0}
951 error.implementation_error_seqcigar_possible = SeqCigar: Possible implementation error: sequence is longer than dataset sequence
952 error.implmentation_bug_seq_null = Implementation Bug. Null seq
953 error.implementation_bug_cigar_operation_list_range_list = Implementation Bug. Cigar Operation list!= range list
954 error.not_yet_implemented_cigar_object_from_cigar_string = NOT YET Implemented: Constructing a Cigar object from a cigar string and a gapped sequence.
955 error.implementation_bug_cigar_operation = Implementation Bug. Cigar Operation {0} {1} not one of {2}, {3}, or {4}.
956 error.implementation_error_for_new_cigar = Implementation error for new Cigar(SequenceI)
957 error.implementation_error_cigar_seq_no_operations = Implementation error: {0}th sequence Cigar has no operations.
958 error.implementation_error_jmol_getting_data = Implementation error - Jmol seems to be still working on getting its data - report at http://issues.jalview.org/browse/JAL-1016
959 error.implementation_error_no_pdbentry_from_index = Implementation error - no corresponding pdbentry (for index {0}) to add sequences mappings to
960 error.jmol_version_not_compatible_with_jalview_version = Jmol version {0} is not compatible with this version of Jalview. Report this problem at issues.jalview.org
961 error.not_implemented_remove = Remove: Not implemented
962 error.not_implemented_clone = Clone: Not implemented
963 error.implementation_error_chimera_getting_data = Implementation error - Chimera seems to be still working on getting its data - report at http://issues.jalview.org/browse/JAL-1016
964 error.call_setprogressbar_before_registering_handler = call setProgressBar before registering the progress bar's handler.
965 label.cancelled_params = Cancelled {0}
966 error.implementation_error_cannot_show_view_alignment_frame = Implementation error: cannot show a view from another alignment in an AlignFrame.
967 error.implementation_error_dont_know_about_thereshold_setting = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
968 error.eps_generation_not_implemented = EPS Generation not yet implemented
969 error.png_generation_not_implemented = PNG Generation not yet implemented
970 error.try_join_vamsas_session_another = Trying to join a vamsas session when another is already connected
971 error.invalid_vamsas_session_id = Invalid vamsas session id
972 error.implementation_error_cannot_create_groovyshell = Implementation Error. Cannot create groovyShell without Groovy on the classpath!
973 label.groovy_support_failed = Jalview Groovy Support Failed
974 label.couldnt_create_groovy_shell = Couldn't create the groovy Shell. Check the error log for the details of what went wrong.
975 error.unsupported_version_calcIdparam = Unsupported Version for calcIdparam {0}
976 error.implementation_error_cant_reorder_tree = Implementation Error: Can't reorder this tree. Not DefaultMutableTreeNode.
977 error.invalid_value_for_option = Invalid value {0} for option {1}
978 error.implementation_error_cannot_import_vamsas_doc = Implementation Error - cannot import existing vamsas document into an existing session, Yet!
979 label.vamsas_doc_couldnt_be_opened_as_new_session = VAMSAS Document could not be opened as a new session - please choose another
980 error.implementation_error_vamsas_operation_not_init = Impementation error! Vamsas Operations when client not initialised and connected
981 error.jalview_no_connected_vamsas_session = Jalview not connected to Vamsas session
982 error.implementation_error_cannot_recover_vamsas_object_mappings = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot recover vamsas object mappings - no backup was made
983 error.setstatus_called_non_existent_job_pane = setStatus called for non-existent job pane {0}
984 error.implementation_error_cannot_find_marshaller_for_param_set =Implementation error: Can't find a marshaller for the parameter set
985 error.implementation_error_old_jalview_object_not_bound =IMPLEMENTATION ERROR: old jalview object is not bound ! ({0})
986 error.implementation_error_vamsas_doc_class_should_bind_to_type = Implementation Error: Vamsas Document Class {0} should bind to a {1} (found a {2})
987 error.implementation_error_jalview_class_should_bind_to_type = Implementation Error: Jalview Class {0} should bind to a {1} (found a {2})
988 error.invalid_vamsas_rangetype_cannot_resolve_lists = Invalid vamsas RangeType - cannot resolve both lists of Pos and Seg from choice!
989 error.implementation_error_maplist_is_null = Implementation error. MapList is null for initMapType.
990 error.implementation_error_cannot_have_null_alignment = Implementation error: Cannot have null alignment property key
991 error.implementation_error_null_fileparse = Implementation error. Null FileParse in copy constructor
992 error.implementation_error_cannot_map_alignment_sequences = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot map an alignment of sequences from different datasets into a single alignment in the vamsas document.
993 error.implementation_error_cannot_duplicate_colour_scheme = Serious implementation error: cannot duplicate colourscheme {0}
994 error.implementation_error_structure_selection_manager_null = Implementation error. Structure selection manager's context is 'null'
995 exception.ssm_context_is_null = SSM context is null
996 error.idstring_seqstrings_only_one_per_sequence = idstrings and seqstrings contain one string each per sequence
997 error.cannot_have_mixed_length_replacement_vectors = Cannot have mixed length replacement vectors. Replacement vector for {0} is {1} strings long, and have already seen a {2} length vector.
998 error.cannot_have_zero_length_vector_replacement_strings = Cannot have zero length vector of replacement strings - either 1 value or n values.
999 error.implementation_error_multiple_single_sequence_prediction_jobs_not_supported = Implementation Error! Multiple single sequence prediction jobs are not yet supported
1000 error.implementation_error_invalid_msa_index_for_job =Implementation Error! Invalid msaIndex for JPredJob on parent MSA input object!
1001 error.implementation_error_startjob_called = Implementation error - StartJob(JpredJob) called on {0}
1002 error.multiple_jnet_subjob_merge_not_implemented = Multiple JNet subjob merging not yet implemented
1003 label.job_never_ran = Job never ran - input returned to user.
1004 error.implementation_error_minlen_must_be_greater_zero = Implementation error: minlen must be zero or more
1005 error.implementation_error_msawbjob_called = Implementation error - StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance {0}
1006 error.implementation_error_cannot_attach_ws_menu_entry = IMPLEMENTATION ERROR: cannot attach WS Menu Entry without service handle reference!
1007 error.parameter_migration_not_implemented_yet = Parameter migration not implemented yet
1008 error.implementation_error_cannot_set_jaba_option = Implementation error: cannot set Jaba Option to a value outside its allowed value range!
1009 error.implementation_error_valuetype_doesnt_support_jabaws_type = IMPLEMENTATION ERROR: jalview.ws.params.ValueConstrainI.ValueType does not support the JABAWS type : {0}
1010 error.cannot_create_jabaws_param_set = Cannot create a JabaWSParamSet from non-JabaWS parameters
1011 error.cannot_set_arguments_to_jabaws_param_set = Cannot set arguments to a JabaWSParamSet that are not JabaWS arguments
1012 error.implementation_error_runner_config_not_available = Implementation Error: Runner Config not available for a JABAWS service of type {0} ({1})
1013 error.implementation_error_cannot_handle_jaba_param = Implementation Error: Cannot handle Jaba parameter object {0}
1014 error.implementation_error_attempt_to_delete_service_preset = Implementation error: Attempt to delete a service preset!
1015 error.implementation_error_cannot_locate_oldname_presetname = Implementation error: Can't locate either oldname ({0}) or presetName ({1}in the datastore!"
1016 error.implementation_error_jabaws_param_set_only_handled_by = Implementation error: JabaWsParamSets can only be handled by JabaParamStore
1017 error.cannot_set_source_file_for = Cannot set source file for {0}
1018 error.mismatch_service_instance_preset = Probable mismatch between service instance and preset!
1019 error.cannot_set_params_for_ws_preset = Cannot set Parameters for a Jaba Web service's preset
1020 error.implementation_error_can_only_instantiate_jaba_param_sets = Implementation error: Can only instantiate Jaba parameter sets
1021 error.no_aacon_service_found = No AACon service found
1022 error.implementation_error_couldnt_copy_value_constraint = Implementation error: could not copy ValueConstrain!
1023 error.couldnt_encode_as_utf8 = Couldn't encode {0} as UTF-8.
1024 error.tree_inputtype_not_yet_implemented = Tree InputType not yet implemented
1025 error.implementation_error_need_to_have_httpresponse = Implementation Error: need to have an HttpResponse to process
1026 error.dbrefsource_implementation_exception =DBRefSource Implementation Exception
1027 error.implementation_error_dbinstance_must_implement_interface = Implmentation Error - getDbInstances must be given a class that implements jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy (was given{0})
1028 error.implementation_error_must_init_dbsources =Implementation error. Must initialise dbSources
1029 label.view_controller_toggled_marked = {0} {1} columns {2} containing features of type {3}  across {4} sequence(s)
1030 label.toggled = Toggled
1031 label.marked = Marked
1032 label.not = not
1033 label.no_feature_of_type_found = No features of type {0} found.
1034 label.submission_params = Submission {0}
1035 label.empty_alignment_job = Empty Alignment Job
1036 label.add_new_sbrs_service = Add a new Simple Bioinformatics Rest Service
1037 label.edit_sbrs_entry = Edit Simple Bioinformatics Rest Service entry
1038 label.pca_recalculating = Recalculating PCA
1039 label.pca_calculating = Calculating PCA
1040 label.select_foreground_colour = Choose foreground colour
1041 label.select_colour_for_text = Select Colour for Text
1042 label.adjunst_foreground_text_colour_thereshold = Adjust Foreground Text Colour Threshold
1043 label.select_subtree_colour = Select Sub-Tree Colour
1044 label.create_new_sequence_features = Create New Sequence Feature(s)
1045 label.amend_delete_features = Amend/Delete Features for {0}
1046 exception.out_of_bounds_for_file = Out of bounds for file: i={0}, Final Buffer: i0={1} iend={2}
1047 exception.null_string_given_to_regex_search = Null String Given to Regex.search
1048 exception.null_string_like_given_to_regex_search = Null StringLike Given to Regex.search
1049 exception.null_string_given_to_regex_reverse_search = Null String Given to Regex.reverseSearch
1050 exception.null_string_like_given_to_regex_reverse_search = Null StringLike Given to Regex.reverseSearch
1051 exception.null_string_like_given_to_regex_search_from = Null String Given to Regex.searchFrom
1052 exception.null_string_like_given_to_regex_search_region = Null String Given to Regex.searchRegion
1053 exception.replace_null_regex_pointer = Replacer has null Regex pointer
1054 exception.bad_pattern_to_regex_perl_code = bad pattern to Regex.perlCode: {0}
1055 exception.no_stub_implementation_for_interface = There is no stub implementation for the interface: {0}
1056 exception.cannot_set_endpoint_address_unknown_port = Cannot set Endpoint Address for Unknown Port {0}
1057 exception.querying_matching_opening_parenthesis_for_non_closing_parenthesis = Querying matching opening parenthesis for non-closing parenthesis character {0}
1058 exception.mismatched_unseen_closing_char = Mismatched (unseen) closing character {0}
1059 exception.mismatched_closing_char = Mismatched closing character {0}
1060 exception.mismatched_opening_char = Mismatched opening character {0} at {1}
1061 exception.invalid_datasource_couldnt_obtain_reader = Invalid datasource. Could not obtain Reader
1062 exception.index_value_not_in_range = {0}: Index value {1} not in range [0..{2}]
1063 exception.unterminated_cigar_string = Unterminated cigar string
1064 exception.unexpected_operation_cigar_string_pos = Unexpected operation {0} in cigar string (position {1} in {2}
1065 exception.couldnt_parse_responde_from_annotated3d_server = Couldn't parse response from Annotate3d server
1066 exception.application_test_npe = Application test: throwing an NullPointerException It should arrive at the console
1067 exception.overwriting_vamsas_id_binding = Overwriting vamsas id binding
1068 exception.overwriting_jalview_id_binding = Overwriting jalview id binding
1069 error.implementation_error_unknown_file_format_string = Implementation error: Unknown file format string
1070 exception.failed_to_resolve_gzip_stream = Failed to resolve GZIP stream
1071 exception.problem_opening_file_also_tried = Problem opening {0} (also tried {1}) : {2}
1072 exception.problem_opening_file = Problem opening {0} : {1}
1073 exception.failed_to_read_data_from_source = Failed to read data from source: {0}
1074 exception.no_init_source_stream = Unitialised Source Stream
1075 exception.invalid_source_stream = Invalid Source Stream: {0}
1076 error.implementation_error_reset_called_for_invalid_source = Implementation Error: Reset called for invalid source.
1077 exception.number_of_residues_in_query_sequence_differ_from_prediction = Number of residues in {0} supposed query sequence ({1}\n{2})\ndiffer from number of prediction sites in prediction ({3})
1078 label.mapped = mapped
1079 exception.jpredconcide_entry_has_unexpected_number_of_columns = JPredConcise: Entry ({0}) has an unexpected number of columns
1080 exception.couldnt_parse_concise_annotation_for_prediction = Couldn't parse concise annotation for prediction profile.\n{0}
1081 exception.newfile = NewickFile\: {0}\n
1082 label.no_tree_read_in = No Tree read in
1083 exception.rnaml_couldnt_access_datasource = Couldn't access datasource ({0})
1084 exception.ranml_couldnt_process_data = Couldn't process data as RNAML file ({0})
1085 exception.ranml_invalid_file = Invalid RNAML file ({0})
1086 exception.ranml_problem_parsing_data = Problem parsing data as RNAML ({0})
1087 exception.pfam_no_sequences_found = No sequences found (PFAM input)
1088 exception.stockholm_invalid_format = This file is not in valid STOCKHOLM format: First line does not contain '# STOCKHOLM'
1089 exception.couldnt_parse_sequence_line = Could not parse sequence line: {0}
1090 exception.error_parsing_line = Error parsing {0}
1091 exception.unknown_annotation_detected = Unknown annotation detected: {0} {1}
1092 exception.couldnt_store_sequence_mappings = Couldn't store sequence mappings for {0}
1093 exception.matrix_too_many_iteration = Too many iterations in {0} (max is {1})
1094 exception.browser_not_found = Exception in finding browser: {0}
1095 exception.browser_unable_to_locate = Unable to locate browser: {0}
1096 exception.invocation_target_exception_creating_aedesc = InvocationTargetException while creating AEDesc: {0}
1097 exception.illegal_access_building_apple_evt= IllegalAccessException while building AppleEvent: {0}
1098 exception.instantiation_creating_aedesc = InstantiationException while creating AEDesc: {0}
1099 exception.unable_to_launch_url = Unable to launch URL: {0}
1100 exception.unable_to_create_internet_config = Unable to create an Internet Config instance: {0}
1101 exception.invocation_target_calling_url = InvocationTargetException while calling openURL: {0}
1102 exception.illegal_access_calling_url = IllegalAccessException while calling openURL: {0}
1103 exception.interrupted_launching_browser = InterruptedException while launching browser: {0}
1104 exception.das_source_doesnt_support_sequence_command = Source {0} does not support the sequence command.
1105 exception.invalid_das_source = Invalid das source: {0}
1106 exception.ebiembl_retrieval_failed_on = EBI EMBL XML retrieval failed on {0}:{1}
1107 label.no_embl_record_found = # No EMBL record retrieved for {0}:{1}
1108 label.embl_successfully_parsed = # Successfully parsed the {0} queries into an Alignment
1109 exception.no_pdb_records_for_chain = No PDB Records for {0} chain {1}
1110 exception.unexpected_handling_rnaml_translation_for_pdb = Unexpected exception when handling RNAML translation of PDB data
1111 exception.couldnt_recover_sequence_properties_for_alignment = Couldn't recover sequence properties for alignment
1112 exception.unknown_format_for_file = Unknown format {0} for file \: \n{1}
1113 label.remove_gaps = Remove Gaps
1114 exception.couldnt_recover_sequence_props_for_jnet_query = Couldn't recover sequence properties for JNet Query sequence!
1115 exception.server_timeout_try_later = Server timed out - try again later\n
1116 exception.web_service_returned_null_try_later= Server at {0} returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later.
1117 exception.cannot_contact_service_endpoint_at = Cannot contact service endpoint at {0}
1118 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set = Implementation error: Cannot find service url in the given url set!
1119 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set_param_store = Implementation error: Cannot find service url in the given url set for this service parameter store ({0}}
1120 exception.jobsubmission_invalid_params_set = Invalid parameter set. Check Jalview implementation
1121 exception.notvaliddata_group_contains_less_than_min_seqs = Group contains less than {0} sequences.
1122 exception.outofmemory_loading_pdb_file = Out of memory loading PDB File
1123 exception.eps_coudnt_write_output_file = Could not write to the output file: {0}
1124 exception.eps_method_not_supported = Method not currently supported by EpsGraphics2D version {0}
1125 exception.eps_unable_to_get_inverse_matrix = Unable to get inverse of matrix: {0}
1126 warn.job_cannot_be_cancelled_close_window = This job cannot be cancelled.\nJust close the window.
1127 warn.service_not_supported = Service not supported!
1128 warn.input_is_too_big = Input is too big!
1129 warn.invalid_job_param_set = Invalid job parameter set!
1130 warn.oneseq_msainput_selection = The current selection only contains a single sequence. Do you want to submit all sequences for alignment instead ?   
1131 info.job_couldnt_be_run_server_doesnt_support_program = Job could not be run because the server doesn't support this program.\n{0}
1132 info.job_couldnt_be_run_exceeded_hard_limit = Job could not be run because it exceeded a hard limit on the server.\n{0}
1133 info.job_couldnt_be_run_incorrect_param_setting = Job could not be run because some of the parameter settings are not supported by the server.\n{0}\nPlease check to make sure you have used the correct parameter set for this service\!\n
1134 info.no_jobs_ran = No jobs ran
1135 info.failed_to_submit_prediction = Failed to submit the prediction\:\n{0} {1}
1136 info.invalid_jnet_job_result_data ={0}\n{1}\nInvalid JNet job result data\!\n{2}
1137 info.failed_to_submit_sequences_for_alignment = Failed to submit sequences for alignment.\nIt is most likely that there is a problem with the server.\nJust close the window\n
1138 info.alignment_object_method_notes = \nAlignment Object Method Notes\n
1139 info.server_exception = \n{0} Server exception\!\n{1}
1140 info.invalid_msa_input_mininfo = Need at least two sequences with at least 3 residues each, with no hidden regions between them.  
1141 info.invalid_msa_notenough = Not enough sequence data to align
1142 status.processing_commandline_args = Processing commandline arguments...
1143 status.das_features_being_retrived = DAS features being retrieved...
1144 status.searching_for_sequences_from = Searching for sequences from {0}
1145 status.finished_searching_for_sequences_from = Finished searching for sequences from {0}
1146 label.eps_file = EPS file
1147 label.png_image = PNG image
1148 status.saving_file = Saving {0}
1149 status.export_complete = {0} Export completed.
1150 status.fetching_pdb = Fetching PDB {0}
1151 status.refreshing_news = Refreshing news
1152 status.importing_vamsas_session_from = Importing VAMSAS session from {0}
1153 status.opening_params = Opening {0}
1154 status.waiting_sequence_database_fetchers_init = Waiting for Sequence Database Fetchers to initialise
1155 status.init_sequence_database_fetchers = Initialising Sequence Database Fetchers
1156 status.fetching_sequence_queries_from = Fetching {0} sequence queries from {1}
1157 status.finshed_querying = Finished querying
1158 status.parsing_results = Parsing results.
1159 status.processing = Processing...
1160 status.refreshing_web_service_menus = Refreshing Web Service Menus
1161 status.collecting_job_results = Collecting job results.
1162 status.fetching_das_sequence_features = Fetching DAS Sequence Features
1163 status.no_das_sources_active = No DAS Sources Active
1164 status.das_feature_fetching_cancelled = DAS Feature Fetching Cancelled
1165 status.das_feature_fetching_complete = DAS Feature Fetching Complete
1166 status.fetching_db_refs = Fetching db refs
1167 status.loading_cached_pdb_entries = Loading Cached PDB Entries
1168 status.searching_for_pdb_structures = Searching for PDB Structures
1169 status.opening_file = opening file
1170 status.colouring_chimera = Colouring Chimera
1171 label.font_doesnt_have_letters_defined = Font doesn't have letters defined\nso cannot be used\nwith alignment data
1172 label.font_too_small = Font size is too small
1173 label.error_loading_file_params = Error loading file {0}
1174 label.error_loading_jalview_file = Error loading Jalview file
1175 warn.out_of_memory_when_action = Out of memory when {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1176 warn.out_of_memory_loading_file = Out of memory loading file {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1177 label.out_of_memory = Out of memory
1178 label.invalid_id_column_width = Invalid ID Column width
1179 warn.user_defined_width_requirements = The user defined width for the\nannotation and sequence ID columns\nin exported figures must be\nat least 12 pixels wide.
1180 label.couldnt_create_sequence_fetcher = Couldn't create SequenceFetcher
1181 warn.couldnt_create_sequence_fetcher_client = Could not create the sequence fetcher client. Check error logs for details.
1182 warn.server_didnt_pass_validation = Service did not pass validation.\nCheck the Jalview Console for more details.
1183 warn.url_must_contain = Sequence URL must contain $SEQUENCE_ID$ or a regex $SEQUENCE_ID=/<regex>/=$
1184 warn.urls_not_contacted = URLs that could not be contacted
1185 warn.urls_no_jaba = URLs without any JABA Services
1186 info.validate_jabaws_server = Validate JabaWS Server ?\n(Look in console output for results)
1187 label.test_server = Test Server?
1188 info.you_want_jalview_to_find_uniprot_accessions = Do you want Jalview to find\nUniprot Accession ids for given sequence names?
1189 label.find_uniprot_accession_ids = Find Uniprot Accession Ids
1190 label.new_sequence_fetcher = New Sequence Fetcher
1191 label.additional_sequence_fetcher = Additional Sequence Fetcher
1192 label.select_database_retrieval_source = Select Database Retrieval Source
1193 label.overwrite_existing_file = Overwrite existing file?
1194 label.file_already_exists = File exists
1195 label.edit_jabaws_url = Edit JABAWS URL
1196 label.add_jabaws_url = Add new JABAWS URL
1197 label.news_from_jalview = News from http://www.jalview.org
1198 label.cut_paste_alignmen_file = Cut & Paste Alignment File
1199 label.enter_redundancy_thereshold = Enter the redundancy threshold
1200 label.select_dark_light_set_thereshold = <html><i>Select a dark and light text colour, then set the threshold to<br>switch between colours, based on background colour</i></html>
1201 label.select_feature_colour = Select Feature Colour
1202 label.delete_all = Delete all sequences
1203 warn.delete_all = <html>Deleting all sequences will close the alignment window.<br>Confirm deletion or Cancel.
1204 label.add_annotations_for = Add annotations for
1205 action.choose_annotations = Choose Annotations...
1206 label.choose_annotations = Choose Annotations
1207 label.find = Find
1208 label.invalid_search = Search string invalid
1209 error.invalid_regex = Invalid regular expression
1210 label.ignore_gaps_consensus = Ignore Gaps In Consensus
1211 label.show_group_histogram = Show Group Histogram
1212 label.show_group_logo = Show Group Logo
1213 label.normalise_group_logo = Normalise Group Logo
1214 label.show_histogram = Show Histogram
1215 label.show_logo = Show Logo
1216 label.normalise_logo = Normalise Logo
1217 label.no_colour_selection_in_scheme = Please make a colour selection before applying colour scheme
1218 label.no_colour_selection_warn = Error saving colour scheme
1219 label.open_split_window? = Would you like to open as a split window, with cDNA and protein linked?
1220 label.open_split_window = Open split window
1221 label.no_mappings = No mappings found
1222 action.no = No
1223 action.yes = Yes
1224 label.for = for
1225 label.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation
1226 action.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation...
1227 label.threshold_filter =  Threshold Filter
1228 action.hide = Hide
1229 action.select = Select
1230 label.alpha_helix = Alpha Helix
1231 label.beta_strand = Beta Strand
1232 label.turn = Turn
1233 label.select_all = Select All
1234 label.structures_filter = Structures Filter
1235 label.search_filter = Search Filter
1236 label.description = Description
1237 label.include_description= Include Description
1238 action.back = Back
1239 label.hide_insertions = Hide Insertions
1240 label.mark_as_representative = Mark as representative
1241 label.open_jabaws_web_page = Open JABAWS web page
1242 label.opens_the_jabaws_server_homepage = Opens the JABAWS server's homepage in web browser
1243 label.pdb_sequence_getcher = PDB Sequence Fetcher
1244 label.result = result
1245 label.results = results
1246 label.structure_chooser = Structure Chooser
1247 label.select = Select : 
1248 label.invert = Invert 
1249 label.select_pdb_file = Select PDB File
1250 info.select_filter_option = Select Filter Option/Manual Entry
1251 info.associate_wit_sequence = Associate with Sequence
1252 label.search_result = Search Result
1253 label.found_structures_summary = Found Structures Summary
1254 label.configure_displayed_columns = Configure Displayed Columns
1255 label.start_jalview = Start Jalview
1256 label.biojs_html_export = BioJS
1257 label.scale_as_cdna = Scale protein residues to codons
1258 label.scale_protein_to_cdna = Scale Protein to cDNA
1259 label.scale_protein_to_cdna_tip = Make protein residues same width as codons in split frame views
1260 info.select_annotation_row = Select Annotation Row
1261 info.enter_search_text_here = Enter Search Text Here
1262 info.enter_search_text_to_enable = Enter Search Text to Enable
1263 info.search_in_annotation_label = Search in {0} Label
1264 info.search_in_annotation_description = Search in {0} Description
1265 info.change_threshold_mode_to_enable = Change Threshold Mode to Enable
1266 label.couldnt_read_data = Couldn't read data
1267 label.embbed_biojson = Embed BioJSON to HTML export
1268 action.export_groups = Export Groups
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1271 action.export_hidden_sequences = Export Hidden Sequences
1272 action.export_features = Export Features
1273 label.export_settings = Export Settings
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1276 label.structure_chooser_manual_association = Structure Chooser - Manual association
1277 label.structure_chooser_filter_time = Structure Chooser - Filter time ({0})
1278 label.structure_chooser_no_of_structures = Structure Chooser - {0} Found ({1})
1279 info.no_pdb_entry_found_for = No PDB entry found for {0}
1280 exception.unable_to_detect_internet_connection = Jalview is unable to detect an internet connection
1281 exception.pdb_rest_service_no_longer_available = PDB rest services no longer available!
1282 exception.resource_not_be_found = The requested resource could not be found
1283 exception.pdb_server_error = There seems to be an error from the PDB server
1284 exception.pdb_server_unreachable = Jalview is unable to reach the PDBe Solr server. \nPlease ensure that you are connected to the internet and try again.
1285 label.nw_mapping = Needleman & Wunsch Alignment
1286 label.sifts_mapping = SIFTs Mapping
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1291 info.error_creating_file = Error creating {0} file.