JAL-3187 first stab at ‘show CDS/Protein Settings’ for convenient switching between...
[jalview.git] / resources / lang / Messages.properties
1 action.refresh_services = Refresh Services
2 action.reset_services = Reset Services
3 action.merge_results = Merge Results
4 action.load_scheme = Load scheme
5 action.save_scheme = Save scheme
6 label.scheme_changed = Changes to scheme ''{0}'' have not been saved.<br><br>Save changes, or continue without saving to make a new colour scheme.
7 label.save_changes = Save Changes
8 label.dont_save_changes = Don't Save
9 action.save_image = Save Image
10 action.paste = Paste
11 action.show_html_source = Show HTML Source
12 action.print = Print...
13 action.web_service = Web Service
14 action.cancel_job = Cancel Job
15 action.start_job = Start Job
16 action.revert = Revert
17 action.move_down = Move Down
18 action.move_up = Move Up
19 action.remove_return_datatype = Remove return datatype
20 action.add_return_datatype = Add return datatype
21 action.remove_input_parameter = Remove selected input parameter
22 action.add_input_parameter = Add input parameter
23 action.edit = Edit
24 action.new = New
25 action.open_file = Open file
26 action.show_unconserved = Show Unconserved
27 action.open_new_alignment = Open new alignment
28 action.raise_associated_windows = Raise Associated Windows
29 action.minimize_associated_windows = Minimize Associated Windows
30 action.close_all = Close all
31 action.load_project = Load Project
32 action.save_project = Save Project
33 action.save_project_as = Save Project as...
34 action.quit = Quit
35 label.quit_jalview = Quit Jalview?
36 action.expand_views = Expand Views
37 action.gather_views = Gather Views
38 action.page_setup = Page Setup...
39 action.reload = Reload
40 action.load = Load
41 action.open = Open
42 action.cancel = Cancel
43 action.create = Create
44 action.update = Update
45 action.delete = Delete
46 action.clear = Clear
47 action.accept = Accept
48 action.select_ddbb = --- Select Database ---
49 action.undo = Undo
50 action.redo = Redo
51 action.reset = Reset
52 action.remove_left = Remove left
53 action.remove_right = Remove right
54 action.remove_empty_columns = Remove Empty Columns
55 action.remove_all_gaps = Remove All Gaps
56 action.left_justify_alignment = Left Justify Alignment
57 action.right_justify_alignment = Right Justify Alignment
58 action.boxes = Boxes
59 action.text = Text
60 action.by_pairwise_id = By Pairwise Identity
61 action.by_id = By Id
62 action.by_length = By Length
63 action.by_group = By Group
64 action.unmark_as_reference = Unmark as Reference 
65 action.set_as_reference = Set as Reference 
66 action.remove = Remove
67 action.remove_redundancy = Remove Redundancy...
68 action.pairwise_alignment = Pairwise Alignment
69 action.user_defined = User Defined...
70 action.by_conservation = By Conservation
71 action.wrap = Wrap
72 action.show_gaps = Show Gaps
73 action.show_hidden_markers = Show Hidden Markers
74 action.find = Find
75 action.undefine_groups = Undefine Groups
76 action.make_groups_selection = Make Groups For Selection
77 action.copy = Copy
78 action.cut = Cut
79 action.font = Font...
80 action.scale_above = Scale Above
81 action.scale_left = Scale Left
82 action.scale_right = Scale Right
83 action.by_tree_order = By Tree Order
84 action.sort = Sort
85 action.calculate_tree = Calculate Tree...
86 action.calculate_tree_pca = Calculate Tree or PCA...
87 action.help = Help
88 action.by_annotation = By Annotation...
89 action.invert_sequence_selection = Invert Sequence Selection
90 action.invert_column_selection = Invert Column Selection
91 action.show = Show
92 action.hide = Hide
93 action.ok = OK
94 action.set_defaults = Defaults
95 action.create_group = Create Group
96 action.remove_group = Remove Group
97 action.edit_group = Edit Group
98 action.border_colour = Border colour
99 action.edit_new_group = Edit New Group
100 action.hide_sequences = Hide Sequences
101 action.sequences = Sequences
102 action.ids = IDS
103 action.ids_sequences = IDS and sequences
104 action.reveal_all = Reveal All
105 action.reveal_sequences = Reveal Sequences
106 action.find_all = Find all
107 action.find_next = Find next
108 action.file = File
109 action.view = View
110 action.annotations = Annotations
111 action.change_params = Change Parameters
112 action.apply = Apply
113 action.apply_threshold_all_groups = Apply threshold to all groups
114 action.apply_all_groups = Apply to all Groups
115 action.by_chain = By Chain
116 action.by_sequence = By Sequence
117 action.paste_annotations = Paste Annotations
118 action.format = Format
119 action.select = Select
120 action.new_view = New View
121 action.close = Close
122 action.add = Add
123 action.save_as = Save as...
124 action.save = Save
125 action.change_font = Change Font
126 action.change_font_tree_panel = Change Font (Tree Panel)
127 action.colour = Colour
128 action.calculate = Calculate
129 action.select_all = Select all
130 action.select_highlighted_columns = Select Highlighted Columns
131 tooltip.select_highlighted_columns = Press B to mark highlighted columns, Ctrl-(or Cmd)-B to toggle, and Alt-B to mark all but highlighted columns 
132 action.deselect_all = Deselect all
133 action.invert_selection = Invert selection
134 action.using_jmol = Using Jmol
135 action.link = Link
136 action.group_link = Group Link
137 action.show_chain = Show Chain
138 action.show_group = Show Group
139 action.fetch_db_references = Fetch DB References
140 action.view_flanking_regions = Show flanking regions
141 label.view_flanking_regions = Show sequence data either side of the subsequences involved in this alignment
142 label.structures_manager = Structures Manager
143 label.url = URL
144 label.url\: = URL:
145 label.input_file_url = Enter URL or Input File
146 label.select_feature = Select feature
147 label.name = Name
148 label.name\: = Name:
149 label.name_param = Name: {0}
150 label.group = Group
151 label.group\: = Group:
152 label.group_name = Group Name
153 label.group_description = Group Description
154 label.edit_group_name_description = Edit Group Name/Description
155 label.colour = Colour:
156 label.description = Description
157 label.description\: = Description:
158 label.start = Start:
159 label.end = End:
160 label.current_parameter_set_name = Current parameter set name:
161 label.service_action = Service Action:
162 label.post_url = POST URL:
163 label.url_suffix = URL Suffix
164 label.per_seq = per Sequence
165 label.result_vertically_separable = Results are vertically separable
166 label.amend = Amend
167 label.undo_command = Undo {0}
168 label.redo_command = Redo {0}
169 label.principal_component_analysis = Principal Component Analysis
170 label.average_distance_identity = Average Distance Using % Identity
171 label.neighbour_joining_identity = Neighbour Joining Using % Identity
172 label.choose_calculation = Choose Calculation
173 label.calc_title = {0} Using {1}
174 label.tree_calc_av = Average Distance
175 label.tree_calc_nj = Neighbour Joining
176 label.score_model_pid = % Identity
177 label.score_model_blosum62 = BLOSUM62
178 label.score_model_pam250 = PAM 250
179 label.score_model_smithwatermanscore = Score between two sequences aligned with Smith-Waterman with default Peptide/Nucleotide matrix
180 label.score_model_sequencefeaturesimilarity = Distance measure of average number of features not shared at sequence positions 
181 label.score_model_conservation = Physicochemical property conservation
182 label.score_model_enhconservation = Physicochemical property conservation
183 label.status_bar = Status bar
184 label.out_to_textbox = Output to Textbox
185 label.occupancy = Occupancy
186 # delete Clustal - use FileFormat name instead
187 label.clustal = Clustal
188 # label.colourScheme_<schemeName> as in JalviewColourScheme, spaces removed
189 label.colourScheme_clustal = Clustalx
190 label.colourScheme_blosum62 = BLOSUM62 Score
191 label.colourScheme_%identity = Percentage Identity
192 label.colourScheme_zappo = Zappo
193 label.colourScheme_taylor = Taylor
194 label.colourScheme_hydrophobic = Hydrophobicity
195 label.colourScheme_helixpropensity = Helix Propensity
196 label.colourScheme_strandpropensity = Strand Propensity
197 label.colourScheme_turnpropensity = Turn Propensity
198 label.colourScheme_buriedindex = Buried Index
199 label.colourScheme_purine/pyrimidine = Purine/Pyrimidine
200 label.colourScheme_nucleotide = Nucleotide
201 label.colourScheme_t-coffeescores = T-Coffee Scores
202 label.colourScheme_rnahelices = By RNA Helices
203 label.colourScheme_sequenceid = Sequence ID Colour
204 label.blc = BLC
205 label.fasta = Fasta
206 label.msf = MSF
207 label.pfam = PFAM
208 label.pileup = Pileup
209 label.pir = PIR
210 label.average_distance_blosum62 = Average Distance Using BLOSUM62
211 label.neighbour_blosum62 = Neighbour Joining Using BLOSUM62
212 label.show_annotations = Show annotations
213 label.hide_annotations = Hide annotations
214 label.show_all_seq_annotations = Show sequence related
215 label.hide_all_seq_annotations = Hide sequence related
216 label.show_all_al_annotations = Show alignment related
217 label.hide_all_al_annotations = Hide alignment related
218 label.hide_all = Hide all
219 label.add_reference_annotations = Add reference annotations
220 label.find_tip = Search alignment, selection or sequence ids for a subsequence (ignoring gaps).<br>Accepts regular expressions - search Help for 'regex' for details.
221 label.colour_text = Colour Text
222 label.show_non_conserved = Show nonconserved
223 label.overview_window = Overview Window
224 label.none = None
225 label.above_identity_threshold = Above Identity Threshold
226 label.show_sequence_features = Show Sequence Features
227 label.nucleotide = Nucleotide
228 label.protein = Protein
229 label.nucleotides = Nucleotides
230 label.proteins = Proteins
231 label.to_new_alignment = To New Alignment
232 label.to_this_alignment = Add To This Alignment
233 label.apply_colour_to_all_groups = Apply Colour To All Groups
234 label.modify_identity_threshold = Modify Identity Threshold...
235 label.modify_conservation_threshold = Modify Conservation Threshold...
236 label.input_from_textbox = Input from textbox
237 label.centre_column_labels = Centre column labels
238 label.automatic_scrolling = Automatic Scrolling
239 label.documentation = Documentation
240 label.about = About...
241 label.show_sequence_limits = Show Sequence Limits
242 action.feature_settings = Feature Settings...
243 label.all_columns = All Columns
244 label.all_sequences = All Sequences
245 label.selected_columns = Selected Columns 
246 label.selected_sequences = Selected Sequences
247 label.except_selected_sequences = All except selected sequences
248 label.all_but_selected_region = All but Selected Region (Shift+Ctrl+H)
249 label.selected_region = Selected Region
250 label.all_sequences_columns = All Sequences and Columns
251 label.hide_selected_annotations = Hide selected annotations
252 label.show_selected_annotations = Show selected annotations
253 label.group_consensus = Group Consensus
254 label.group_conservation = Group Conservation
255 label.show_consensus_histogram = Show Consensus Histogram
256 label.show_consensus_logo = Show Consensus Logo
257 label.norm_consensus_logo = Normalise Consensus Logo
258 label.apply_all_groups = Apply to all groups
259 label.autocalculated_annotation = Autocalculated Annotation
260 label.show_first = Show first
261 label.show_last = Show last
262 label.struct_from_pdb = Process secondary structure from PDB
263 label.use_rnaview = Use RNAView for secondary structure
264 label.autoadd_secstr = Add secondary structure annotation to alignment
265 label.autoadd_temp = Add Temperature Factor annotation to alignment
266 label.structure_viewer = Default structure viewer
267 label.double_click_to_browse = Double-click to browse for file
268 label.chimera_path = Path to Chimera program
269 label.chimera_path_tip = Jalview will first try any path entered here, else standard installation locations.<br>Double-click to browse for file.
270 label.invalid_chimera_path = Chimera path not found or not executable
271 label.chimera_missing = Chimera structure viewer not found.<br/>Please enter the path to Chimera (if installed),<br/>or download and install UCSF Chimera.
272 label.chimera_failed = Error opening Chimera - is it installed?\nCheck path in Preferences, Structure
273 label.min_colour = Minimum Colour
274 label.max_colour = Maximum Colour
275 label.no_colour = No Colour
276 label.use_original_colours = Use Original Colours
277 label.threshold_minmax = Threshold is min/max
278 label.represent_group_with = Represent Group with {0}
279 label.selection = Selection
280 label.group_colour = Group Colour
281 label.sequence = Sequence
282 label.view_pdb_structure = View PDB Structure
283 label.min_value = Min value
284 label.max_value = Max value
285 label.no_value = No value
286 label.new_feature = New Feature
287 label.match_case = Match Case
288 label.view_alignment_editor = View in alignment editor
289 label.labels = Labels
290 label.output_values = Output Values...
291 label.output_points = Output points...
292 label.output_transformed_points = Output transformed points
293 label.input_data = Input Data...
294 label.nucleotide_matrix = Nucleotide matrix
295 label.protein_matrix = Protein matrix
296 label.show_bootstrap_values = Show Bootstrap Values
297 label.show_distances = Show distances
298 label.mark_unassociated_leaves = Mark Unassociated Leaves
299 label.fit_to_window = Fit To Window
300 label.newick_format = Newick Format
301 label.select_newick_like_tree_file = Select a newick-like tree file
302 label.colours = Colours
303 label.view_mapping = View Mapping
304 label.wireframe = Wireframe
305 label.depthcue = Depthcue
306 label.z_buffering = Z Buffering
307 label.charge_cysteine = Charge & Cysteine
308 label.all_chains_visible = All Chains Visible
309 label.successfully_added_features_alignment = Successfully added features to alignment
310 label.keyboard_editing_mode = Keyboard editing mode is {0}
311 label.paste_features_annotations_Tcoffee_here = Paste your features / annotations / T-coffee score file here.
312 label.removed_columns = Removed {0} columns.
313 label.removed_empty_columns = Removed {0} empty columns.
314 label.paste_newick_tree_file = Paste your Newick tree file here.
315 label.order_by_params = Order by {0}
316 label.html_content = <html>{0}</html>
317 label.paste_pdb_file= Paste your PDB file here.
318 label.paste_pdb_file_for_sequence = Paste PDB file for sequence {0}
319 label.could_not_parse_newick_file  = Could not parse Newick file\!\n {0}
320 label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment= Successfully pasted T-Coffee scores to alignment.
321 label.failed_add_tcoffee_scores = Failed to add T-Coffee scores: 
322 label.successfully_pasted_annotation_to_alignment= Successfully pasted annotation to alignment.
323 label.couldnt_parse_pasted_text_as_valid_annotation_feature_GFF_tcoffee_file = Couldn't parse pasted text as a valid annotation, feature, GFF, or T-Coffee score file
324 label.successfully_pasted_alignment_file = Successfully pasted alignment file
325 label.paste_your_alignment_file = Paste your alignment file here
326 label.paste_your = Paste your
327 label.finished_searching = Finished searching
328 label.search_results= Search results {0} : {1}
329 label.found_match_for = Found match for {0}
330 label.font = Font:
331 label.size = Size:
332 label.style = Style:
333 label.calculating = Calculating....
334 label.modify_conservation_visibility = Modify conservation visibility
335 label.colour_residues_above_occurrence = Colour residues above % occurrence
336 label.set_this_label_text = set this label text
337 label.sequences_from = Sequences from {0}
338 label.successfully_loaded_file  = Successfully loaded file {0}
339 label.successfully_loaded_matrix  = Successfully loaded score matrix {0}
340 label.successfully_saved_to_file_in_format = Successfully saved to file: {0} in {1} format.
341 label.copied_sequences_to_clipboard = Copied {0} sequences to clipboard.
342 label.check_file_matches_sequence_ids_alignment = Check that the file matches sequence IDs in the alignment.
343 label.problem_reading_tcoffee_score_file = Problem reading T-COFFEE score file
344 label.source_to_target = {0} ... {1}
345 label.per_sequence_only= Per-sequence only
346 label.to_file = to File
347 label.to_textbox = to Textbox
348 label.jalview = Jalview
349 label.csv_spreadsheet = CSV (Spreadsheet)
350 label.status = Status
351 label.channels = Channels
352 label.channel_title_item_count = {0} ({1})
353 label.blog_item_published_on_date = {0} {1} 
354 label.session_update = Session Update
355 label.new_vamsas_session = New Vamsas Session
356 action.load_vamsas_session = Load Vamsas Session...
357 action.save_vamsas_session = Save Vamsas Session
358 label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session= Select a vamsas session to be opened as a new vamsas session.
359 label.open_saved_vamsas_session = Open a saved VAMSAS session
360 label.groovy_console = Groovy Console...
361 label.lineart = Lineart
362 label.dont_ask_me_again = Don't ask me again
363 label.select_eps_character_rendering_style = Select EPS character rendering style
364 label.invert_selection = Invert Selection
365 label.optimise_order = Optimise Order
366 label.seq_sort_by_score = Sequence sort by Score
367 label.load_colours = Load Colours
368 label.save_colours = Save Colours
369 label.load_colours_tooltip = Load feature colours and filters from file
370 label.save_colours_tooltip = Save feature colours and filters to file
371 label.selected_database_to_fetch_from = Selected {0} database {1} to fetch from {2} 
372 label.database_param = Database: {0}
373 label.example = Example
374 label.example_param = Example: {0}
375 label.select_file_format_before_saving = You must select a file format before saving!
376 label.file_format_not_specified = File format not specified
377 label.couldnt_save_file = Couldn't save file: {0}
378 label.error_saving_file = Error Saving File
379 label.remove_from_default_list = Remove from default list?
380 label.remove_user_defined_colour = Remove user defined colour
381 label.you_must_select_least_two_sequences = You must select at least 2 sequences.
382 label.invalid_selection = Invalid Selection
383 label.sequence_selection_insufficient = Sequence selection insufficient
384 label.you_need_at_least_n_sequences = You need to select at least {0} sequences
385 label.not_enough_sequences = Not enough sequences
386 label.selected_region_to_tree_may_only_contain_residues_or_gaps =  The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
387 label.sequences_selection_not_aligned = Sequences in selection are not aligned
388 label.problem_reading_tree_file =  Problem reading tree file
389 label.possible_problem_with_tree_file = Possible problem with tree file
390 label.select_at_least_three_bases_in_at_least_one_sequence_to_cDNA_translation = Please select at least three bases in at least one sequence in order to perform a cDNA translation.
391 label.translation_failed = Translation Failed
392 label.error_when_translating_sequences_submit_bug_report = Unfortunately, something went wrong when translating your sequences.\nPlease take a look in the Jalview java console\nand submit a bug report including the stacktrace.
393 label.implementation_error  = Implementation error:
394 label.automatically_associate_structure_files_with_sequences_same_name = Do you want to automatically associate the {0} structure file(s) with sequences in the alignment that have the same name?
395 label.automatically_associate_structure_files_by_name = Automatically Associate Structure files by name
396 label.ignore_unmatched_dropped_files_info = <html>Do you want to <em>ignore</em> the {0} files whose names did not match any sequence IDs ?</html>
397 label.ignore_unmatched_dropped_files = Ignore unmatched dropped files?
398 label.view_name_original = Original
399 label.enter_view_name = Enter View Name
400 label.enter_label = Enter label
401 label.enter_label_for_the_structure = Enter a label for the structure
402 label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved = The following pdb entries could not be retrieved from the PDB\:\n{0}\nPlease retry, or try downloading them manually.
403 label.couldnt_load_file = Couldn't load file
404 label.couldnt_find_pdb_id_in_file = Couldn't find a PDB id in the file supplied. Please enter an Id to identify this structure.
405 label.no_pdb_id_in_file = No PDB Id in File
406 label.couldnt_read_pasted_text = Couldn't read the pasted text {0}
407 label.error_parsing_text = Error parsing text
408 label.input_alignment_from_url = Input Alignment From URL
409 label.input_alignment = Input Alignment
410 label.couldnt_import_as_vamsas_session = Couldn't import {0} as a new vamsas session.
411 label.vamsas_document_import_failed = Vamsas Document Import Failed
412 label.couldnt_locate = Could not locate {0}
413 label.url_not_found = URL not found
414 label.new_sequence_url_link = New sequence URL link
415 label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view = Cannot edit annotations in wrapped view
416 label.wrapped_view_no_edit = Wrapped view - no edit
417 label.error_retrieving_data = Error Retrieving Data
418 label.user_colour_scheme_must_have_name = User colour scheme must have a name
419 label.no_name_colour_scheme = No name for colour scheme
420 label.invalid_url = Invalid URL !
421 label.error_loading_file = Error loading file
422 label.problems_opening_file = Encountered problems opening {0}!!
423 label.file_open_error = File open error
424 label.colour_scheme_exists_overwrite = Colour scheme {0} exists.\nContinue saving colour scheme as {1}?"
425 label.duplicate_scheme_name = Duplicate scheme name
426 label.jalview_new_questionnaire = There is a new Questionnaire available. Would you like to complete it now ?\n
427 label.jalview_user_survey = Jalview User Survey
428 label.alignment_properties = Alignment Properties: {0}
429 label.alignment_props = Alignment Properties
430 label.input_cut_paste = Cut & Paste Input
431 label.input_cut_paste_params = Cut & Paste Input - {0}
432 label.alignment_output_command = Alignment output - {0}
433 label.annotations = Annotations
434 label.structure_options = Structure Options
435 label.features = Features
436 label.overview_params = Overview {0}
437 label.paste_newick_file = Paste Newick file
438 label.load_tree_from_file = From File - 
439 label.colour_by_annotation = Colour by Annotation
440 label.selection_output_command = Selection output - {0}
441 label.annotation_for_displayid = <p><h2>Annotation for {0} </h2></p><p>
442 label.pdb_sequence_mapping = PDB - Sequence Mapping
443 label.pca_details = PCA details
444 label.redundancy_threshold_selection = Redundancy threshold selection
445 label.user_defined_colours = User defined colours
446 label.jalviewLite_release = JalviewLite - Release {0}
447 label.jaview_build_date = Build date: {0}
448 label.jalview_authors_1 = Authors: Jim Procter, Andrew Waterhouse, Mungo Carstairs, Tochukwu Ofoegbu, Lauren Lui, Jan Engelhardt,
449 label.jalview_authors_2 = Natasha Sherstnev, Daniel Barton, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, David Martin & Geoff Barton.
450 label.jalview_dev_managers = Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.
451 label.jalview_distribution_lists = For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list
452 label.jalview_please_cite = If  you use Jalview, please cite:
453 label.jalview_cite_1_authors = Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
454 label.jalview_cite_1_title = Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench
455 label.jalview_cite_1_ref = Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033
456 label.right_click = Right click
457 label.to_add_annotation = to add annotation
458 label.alignment_has_no_annotations = Alignment has no annotations
459 label.retrieving_pdb_data = Retrieving PDB data...
460 label.label = Label
461 label.no_features_added_to_this_alignment = No Features added to this alignment!!
462 label.features_can_be_added_from_searches_1 = (Features can be added from searches or
463 label.features_can_be_added_from_searches_2 = from Jalview / GFF features files)
464 label.calculating_pca= Calculating PCA
465 label.jalview_cannot_open_file = Jalview can't open file
466 label.jalview_applet = Jalview applet
467 label.loading_data = Loading data
468 label.memory_stats = Total Free Memory: {0} MB; Max Memory: {1} MB; {2} %
469 label.calculating_tree = Calculating tree
470 label.state_queueing = queuing
471 label.state_running = running
472 label.state_completed = finished
473 label.state_job_cancelled = job cancelled!!
474 label.state_job_error = job error!
475 label.server_error_try_later = Server Error! (try later)
476 label.error_loading_pdb_data = Error loading PDB data!!
477 label.fetching_pdb_data = Fetching PDB data...
478 label.structure_type = Structure type
479 label.settings_for_type = Settings for {0}
480 label.view_full_application = View in Full Application
481 label.load_associated_tree = Load Associated Tree...
482 label.load_features_annotations = Load Features/Annotations...
483 label.load_vcf = Load SNP variants from plain text or indexed VCF data
484 label.load_vcf_file = Load VCF File
485 label.searching_vcf = Loading VCF variants...
486 label.added_vcf = Added {0} VCF variants to {1} sequence(s)
487 label.export_features = Export Features...
488 label.export_annotations = Export Annotations...
489 label.to_upper_case = To Upper Case
490 label.to_lower_case = To Lower Case
491 label.toggle_case = Toggle Case
492 label.edit_name_description = Edit Name/Description...
493 label.create_sequence_feature = Create Sequence Feature...
494 label.edit_sequence = Edit Sequence
495 label.edit_sequences = Edit Sequences
496 label.insert_gap = Insert 1 gap
497 label.insert_gaps = Insert {0} gaps
498 label.delete_gap = Delete 1 gap
499 label.delete_gaps = Delete {0} gaps
500 label.sequence_details = Sequence Details
501 label.jmol_help = Jmol Help
502 label.chimera_help = Chimera Help
503 label.close_viewer = Close Viewer
504 label.confirm_close_chimera = This will close Jalview''s connection to {0}.<br>Do you want to close the Chimera window as well?
505 label.all = All
506 label.sort_by = Sort alignment by
507 label.sort_by_score = Sort by Score
508 label.sort_by_density = Sort by Density
509 label.sequence_sort_by_density = Sequence sort by Density
510 label.sort_ann_by = Sort annotations by
511 label.sort_annotations_by_sequence = Sort by sequence
512 label.sort_annotations_by_label = Sort by label
513 label.reveal = Reveal
514 label.hide_columns = Hide Columns
515 label.load_jalview_annotations = Load Jalview Annotations or Features File
516 label.load_tree_file = Load a tree file
517 label.retrieve_parse_sequence_database_records_alignment_or_selected_sequences = Retrieve and parse sequence database records for the alignment or the currently selected sequences
518 label.standard_databases = Standard Databases
519 label.fetch_embl_uniprot = Fetch from EMBL/EMBLCDS or Uniprot/PDB and any selected DAS sources
520 label.reset_min_max_colours_to_defaults = Reset min and max colours to defaults from user preferences.
521 label.align_structures_using_linked_alignment_views = Superpose structures using {0} selected alignment view(s)
522 label.connect_to_session = Connect to session {0}
523 label.threshold_feature_display_by_score = Threshold the feature display by score.
524 label.threshold_feature_no_threshold = No Threshold
525 label.threshold_feature_above_threshold = Above Threshold
526 label.threshold_feature_below_threshold = Below Threshold
527 label.adjust_threshold = Adjust threshold
528 label.toggle_absolute_relative_display_threshold = Toggle between absolute and relative display threshold.
529 label.select_colour_minimum_value = Select Colour for Minimum Value
530 label.select_colour_maximum_value = Select Colour for Maximum Value
531 label.open_url_param = Open URL {0}
532 label.open_url_seqs_param = Open URL ({0}..) ({1} seqs)
533 label.load_pdb_file_associate_with_sequence = Load a PDB file and associate it with sequence {0}
534 label.reveal_hidden_columns = Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button
535 label.dark_colour = Dark Colour
536 label.light_colour = Light Colour
537 label.highlightnode = Left click to select leaves.<br>Double-click to invert leaves.<br>Right click to change colour.
538 label.load_colour_scheme = Load colour scheme
539 label.copy_format_from = Copy format from
540 label.toggle_enabled_views = When enabled, allows many views to be selected.
541 label.select_all_views = Select all views
542 label.select_many_views = Select many views
543 label.edit_notes_parameter_set = Click to edit the notes for this parameter set.
544 label.open_local_file = Open local file
545 label.enable_automatically_sort_alignment_when_open_new_tree = Enable this to automatically sort<br>the alignment when you open<br> a new tree.
546 label.listen_for_selections = Listen for selections
547 label.selections_mirror_selections_made_same_sequences_other_views = When selected, selections in this view will mirror<br>selections made on the same sequences in other views.
548 label.toggle_sequence_visibility = Shift+H toggles sequence visiblity
549 label.toggle_columns_visibility = Ctrl+H toggles column visiblity.
550 label.toggles_visibility_hidden_selected_regions = H toggles visibility of hidden or selected regions
551 label.rename_tab_eXpand_reGroup=  Right-click to rename tab <br> Press X to eXpand tabs, G to reGroup.
552 label.right_align_sequence_id = Right Align Sequence Id
553 label.sequence_id_tooltip = Sequence ID Tooltip
554 label.no_services = <No Services>
555 label.select_copy_raw_html = Select this if you want to copy raw html
556 label.share_data_vamsas_applications = Share data with other vamsas applications
557 label.connect_to = Connect to
558 label.join_existing_vamsas_session = Join an existing vamsas session
559 label.from_url = from URL
560 label.any_trees_calculated_or_loaded_alignment_automatically_sort = When selected, any trees calculated or loaded onto the alignment will automatically sort the alignment
561 label.sort_with_new_tree = Sort With New Tree
562 label.from_textbox = from Textbox
563 label.window = Window
564 label.preferences = Preferences
565 label.tools = Tools
566 label.fetch_sequences = Fetch Sequences
567 action.fetch_sequences = Fetch Sequences...
568 label.stop_vamsas_session = Stop Vamsas Session
569 label.collect_garbage = Collect Garbage
570 label.show_memory_usage = Show Memory Usage
571 label.show_java_console = Show Java Console
572 label.show_jalview_news = Show Jalview News
573 label.take_snapshot = Take snapshot
574 label.monospaced_fonts_faster_to_render = Monospaced fonts are faster to render
575 label.anti_alias_fonts = Anti-alias Fonts (Slower to render)
576 label.monospaced_font= Monospaced
577 label.quality = Quality
578 label.maximize_window = Maximize Window
579 label.conservation = Conservation
580 label.consensus = Consensus
581 label.histogram = Histogram
582 label.logo = Logo
583 label.non_positional_features = List Non-positional Features
584 label.database_references = List Database References
585 #label.share_selection_across_views = Share selection across views
586 #label.scroll_highlighted_regions = Scroll to highlighted regions
587 label.gap_symbol = Gap Symbol
588 label.prot_alignment_colour = Protein Alignment Colour
589 label.nuc_alignment_colour = Nucleotide Alignment Colour
590 label.address = Address
591 label.port = Port
592 label.default_browser_unix = Default Browser (Unix)
593 label.send_usage_statistics = Send usage statistics
594 label.check_for_questionnaires = Check for questionnaires
595 label.check_for_latest_version = Check for latest version
596 label.url_linkfrom_sequence_id = URL link from Sequence ID
597 label.use_proxy_server = Use a proxy server
598 label.eps_rendering_style = EPS rendering style
599 label.append_start_end = Append /start-end (/15-380)
600 label.full_sequence_id = Full Sequence Id
601 label.smooth_font = Smooth Font
602 label.autocalculate_consensus = AutoCalculate Consensus
603 label.pad_gaps = Pad Gaps
604 label.pad_gaps_when_editing = Pad Gaps When Editing
605 label.automatically_set_id_width = Automatically set ID width
606 label.figure_id_column_width = Figure ID column width
607 label.use_modeller_output = Use Modeller Output
608 label.wrap_alignment = Wrap Alignment
609 label.right_align_ids = Right Align Ids
610 label.sequence_name_italics = Italic Sequence Ids
611 label.open_overview = Open Overview
612 label.default_colour_scheme_for_alignment = Default Colour Scheme for alignment
613 label.annotation_shading_default = Annotation Shading Default
614 label.default_minimum_colour_annotation_shading = Default Minimum Colour for annotation shading
615 label.default_maximum_colour_annotation_shading = Default Maximum Colour for annotation shading
616 label.visual = Visual
617 label.connections = Connections
618 label.output = Output
619 label.editing = Editing
620 label.web_services = Web Services
621 label.right_click_to_edit_currently_selected_parameter = Right click to edit currently selected parameter.
622 label.let_jmol_manage_structure_colours = Let Jmol manage structure colours
623 label.let_chimera_manage_structure_colours = Let Chimera manage structure colours
624 label.fetch_chimera_attributes = Fetch Chimera attributes
625 label.fetch_chimera_attributes_tip = Copy Chimera attribute to Jalview feature
626 label.marks_leaves_tree_not_associated_with_sequence = Marks leaves of tree not associated with a sequence
627 label.index_web_services_menu_by_host_site = Index web services in menu by the host site
628 label.option_want_informed_web_service_URL_cannot_be_accessed_jalview_when_starts_up = Check this option if you want to be informed<br>when a web service URL cannot be accessed by Jalview<br>when it starts up
629 label.new_service_url = New Service URL
630 label.edit_service_url = Edit Service URL
631 label.delete_service_url = Delete Service URL
632 label.details = Details
633 label.options = Options
634 label.parameters = Parameters
635 label.proxy_server = Proxy Server
636 label.file_output = File Output
637 label.select_input_type = Select input type
638 label.set_options_for_type = Set options for type
639 label.data_input_parameters = Data input parameters
640 label.data_returned_by_service = Data returned by service
641 label.rsbs_encoded_service = RSBS Encoded Service
642 label.parsing_errors = Parsing errors
643 label.simple_bioinformatics_rest_services = Simple Bioinformatics Rest Services
644 label.web_service_discovery_urls = Web Service Discovery URLS
645 label.input_parameter_name = Input Parameter name
646 label.short_descriptive_name_for_service = Short descriptive name for service
647 label.function_service_performs = What kind of function the service performs (e.g. alignment, analysis, search, etc).
648 label.brief_description_service = Brief description of service
649 label.url_post_data_service = URL to post data to service. Include any special parameters needed here
650 label.optional_suffix = Optional suffix added to URL when retrieving results from service
651 label.preferred_gap_character = Which gap character does this service prefer?
652 label.gap_character = Gap character
653 label.move_return_type_up_order= Move return type up order
654 label.move_return_type_down_order= Move return type down order
655 label.update_user_parameter_set = Update this existing user parameter set
656 label.delete_user_parameter_set = Delete the currently selected user parameter set
657 label.create_user_parameter_set = Create a new parameter set with the current settings.
658 label.revert_changes_user_parameter_set = Undo all changes to the current parameter set
659 label.start_job_current_settings = Start Job with current settings
660 label.cancel_job_close_dialog = Close this dialog and cancel job
661 label.input_output = Input/Output
662 label.cut_paste = Cut'n'Paste
663 label.adjusting_parameters_for_calculation = Adjusting parameters for existing Calculation
664 label.2d_rna_structure_line = 2D RNA {0} (alignment)
665 label.2d_rna_sequence_name = 2D RNA - {0}
666 label.edit_name_and_description_current_group = Edit name and description of current group
667 label.from_file = From File
668 label.enter_pdb_id = Enter PDB Id
669 label.enter_pdb_id_tip = Enter PDB Id (or pdbid:chaincode)
670 label.text_colour = Text Colour...
671 label.structure = Structure
672 label.show_pdbstruct_dialog = 3D Structure Data...
673 label.view_rna_structure = VARNA 2D Structure
674 label.create_sequence_details_report_annotation_for = Annotation for {0}
675 label.sequence_details_for = Sequence Details for {0}
676 label.sequence_name = Sequence Name
677 label.sequence_description = Sequence Description
678 label.edit_sequence_name_description = Edit Sequence Name/Description
679 label.spaces_converted_to_backslashes = Spaces have been converted to _
680 label.no_spaces_allowed_sequence_name = No spaces allowed in Sequence Name
681 label.select_outline_colour = Select Outline Colour
682 label.web_browser_not_found_unix = Unixers\: Couldn't find default web browser.\nAdd the full path to your browser in Preferences."
683 label.web_browser_not_found = Web browser not found
684 label.select_pdb_file_for = Select a PDB file for {0}
685 label.html = HTML
686 label.wrap = Wrap
687 label.show_database_refs = Show Database Refs
688 label.show_non_positional_features = Show Non-Positional Features
689 label.save_png_image = Save As PNG Image
690 label.load_tree_for_sequence_set = Load a tree for this sequence set
691 label.export_image = Export Image
692 label.vamsas_store = VAMSAS store
693 label.translate_cDNA = Translate as cDNA
694 label.reverse = Reverse
695 label.reverse_complement = Reverse Complement
696 label.linked_view_title = Linked CDS and protein view
697 label.extract_scores = Extract Scores
698 label.get_cross_refs = Get Cross-References
699 label.sort_alignment_new_tree = Sort Alignment With New Tree
700 label.add_sequences = Add Sequences
701 label.new_window = New Window
702 label.split_window = Split Window
703 label.set_as_default = Set as Default
704 label.show_labels = Show labels
705 action.background_colour = Background Colour...
706 label.associate_nodes_with = Associate Nodes With
707 label.link_name = Link Name
708 label.pdb_file = PDB file
709 label.colour_with_jmol = Colour with Jmol
710 label.colour_with_chimera = Colour with Chimera
711 label.superpose_structures = Superpose Structures
712 error.superposition_failed = Superposition failed: {0}
713 label.insufficient_residues = Not enough aligned residues ({0}) to perform superposition
714 label.jmol = Jmol
715 label.chimera = Chimera
716 label.create_chimera_attributes = Write Jalview features
717 label.create_chimera_attributes_tip = Set Chimera residue attributes for visible features
718 label.attributes_set = {0} attribute values set on Chimera
719 label.sort_alignment_by_tree = Sort Alignment By Tree
720 label.mark_unlinked_leaves = Mark Unlinked Leaves
721 label.associate_leaves_with = Associate Leaves With
722 label.save_colour_scheme_with_unique_name_added_to_colour_menu = Save your colour scheme with a unique name and it will be added to the Colour menu
723 label.case_sensitive = Case Sensitive
724 label.lower_case_colour = Colour All Lower Case
725 label.lower_case_tip = Chosen colour applies to all lower case symbols
726 label.index_by_host = Index by Host
727 label.index_by_type = Index by Type
728 label.enable_jabaws_services = Enable JABAWS Services
729 label.display_warnings = Display Warnings
730 label.move_url_up = Move URL Up
731 label.move_url_down = Move URL Down
732 label.add_sbrs_definition = Add a SBRS Definition
733 label.edit_sbrs_definition = Edit SBRS Definition
734 label.delete_sbrs_definition = Delete SBRS Definition
735 label.your_sequences_have_been_verified = Your sequences have been verified against known sequence databases.\n(Use Calculate | Show flanking regions to show enclosing sequence.)\nTo preserve data changes, save your alignment.\n\n
736 label.sequences_updated = Sequences updated
737 label.dbref_search_completed = DBRef search completed
738 label.fetch_all_param = Fetch all {0}
739 label.paste_new_window = Paste To New Window
740 label.settings_for_param = Settings for {0}
741 label.view_params = View {0}
742 label.aacon_calculations = AACon Calculations
743 label.aacon_settings = Change AACon Settings...
744 tooltip.aacon_calculations = When checked, AACon calculations are updated automatically.
745 tooltip.aacon_settings = Modify settings for AACon calculations.
746 label.rnalifold_calculations = RNAAliFold Prediction
747 label.rnalifold_settings = Change RNAAliFold settings...
748 tooltip.rnalifold_calculations = When checked, RNA secondary structure predictions will be calculated for the alignment, and updated when edits are made.
749 tooltip.rnalifold_settings = Modify settings for the RNAAliFold prediction. Use this to hide or show different results of the RNA calculation, and change RNA folding parameters.
750 label.all_views = All Views
751 label.align_sequences_to_existing_alignment = Align sequences to an existing alignment
752 label.realign_with_params = Realign with {0}
753 label.calcname_with_default_settings = {0} with Defaults
754 label.action_with_default_settings = {0} with default settings
755 label.edit_settings_and_run = Edit settings and run...
756 label.view_and_change_parameters_before_alignment = View and change the parameters before alignment
757 label.run_with_preset_params = Run {0} with preset
758 label.view_and_change_parameters_before_running_calculation = View and change parameters before running calculation
759 label.view_documentation = View documentation
760 label.select_return_type = Select return type
761 label.translation_of_params = Translation of {0} (Table {1})
762 label.features_for_params = Features for - {0}
763 label.annotations_for_params = Annotations for - {0}
764 label.generating_features_for_params = Generating features for - {0}
765 label.generating_annotations_for_params = Generating annotations for - {0}
766 label.varna_params = VARNA - {0}
767 label.sequence_feature_settings = Sequence Feature Settings
768 label.pairwise_aligned_sequences = Pairwise Aligned Sequences
769 label.original_data_for_params = Original Data for {0}
770 label.points_for_params = Points for {0}
771 label.transformed_points_for_params = Transformed points for {0}
772 label.variable_color_for = Variable Feature Colour for {0}
773 label.select_background_colour = Select Background Colour
774 label.invalid_font = Invalid Font
775 label.separate_multiple_accession_ids = Enter one or more accession IDs separated by a semi-colon ";"
776 label.separate_multiple_query_values = Enter one or more {0}s separated by a semi-colon ";"
777 label.search_all = Enter one or more search values separated by a semi-colon ";" (Note: This searches the entire database)
778 label.replace_commas_semicolons = Replace commas with semi-colons
779 label.parsing_failed_syntax_errors_shown_below_param = Parsing failed. Syntax errors shown below {0}
780 label.parsing_failed_unrecoverable_exception_thrown_param = \nParsing failed. An unrecoverable exception was thrown\:\n {0}
781 label.example_query_param = Example query: {0}
782 label.enter_value_increase_conservation_visibility = Enter value to increase conservation visibility
783 label.enter_percentage_identity_above_which_colour_residues = Enter % identity above which to colour residues
784 label.wswublast_client_credits = To display sequence features an exact Uniprot id with 100% sequence identity match must be entered.\nIn order to display these features, try changing the names of your sequences to the ids suggested below.\n\nRunning WSWUBlast at EBI.\nPlease quote Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R.\nSOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.\nNucleic Acids Res. 33(1)\:W25-W28 (2005));
785 label.blasting_for_unidentified_sequence = BLASTing for unidentified sequences
786 label.select_columns_containing = Select columns containing
787 label.select_columns_not_containing = Select columns that do not contain
788 label.hide_columns_containing = Hide columns containing
789 label.hide_columns_not_containing = Hide columns that do not contain
790 option.trim_retrieved_seqs = Trim retrieved sequences
791 label.trim_retrieved_sequences = When the reference sequence is longer than the sequence that you are working with, only keep the relevant subsequences.
792 label.use_sequence_id_1 = Use $DB_ACCESSION$ or $DB_ACCESSION=/<regex>/=$
793 label.use_sequence_id_2 = to embed accession id in URL
794 label.use_sequence_id_3 = Use $SEQUENCE_ID$ similarly to embed sequence id
795 label.use_sequence_id_4 = 
796 label.ws_parameters_for = Parameters for {0}
797 label.switch_server = Switch server
798 label.choose_jabaws_server = Choose a server for running this service
799 label.services_at = Services at {0}
800 label.rest_client_submit = {0} using {1}
801 label.fetch_retrieve_from =Retrieve from {0}</html>
802 label.fetch_retrieve_from_all_sources = Retrieve from all {0} sources in {1}<br>First is :{2}<html> 
803 label.feature_settings_click_drag = Drag up or down to change render order.<br/>Double click to select columns containing feature.
804 label.transparency_tip = Adjust transparency to 'see through' feature colours.
805 label.opt_and_params_further_details = see further details by right-clicking
806 label.opt_and_params_show_brief_desc_image_link = <html>Click to show brief description<br><img src="{0}"/> Right click for further information.</html> 
807 label.opt_and_params_show_brief_desc = <html>Click to show brief description<br></html>
808 label.adjusts_width_generated_eps_png = <html>Adjusts the width of the generated EPS or PNG file to ensure even the longest sequence ID or annotation label is displayed</html>
809 label.manually_specify_width_left_column = <html>Manually specify the width of the left hand column where sequence IDs and annotation labels will be rendered in exported alignment figures. This setting will be ignored if 'Automatically set ID width' is set</html>
810 label.job_created_when_checked = <html>When checked, a job is created for every sequence in the current selection.</html>
811 label.when_checked_job_visible_region_and_results = <html>When checked, a single job is created for the visible region and results mapped back onto their location in the alignment. Otherwise, a job would be created for every contiguous region visible in the alignment or current selection (e.g. a multiple alignment).</html>
812 label.flat_file_representation = <html>Flat file representation of this rest service using the Really Simple Bioinformatics Service formalism</html>
813 label.result_of_parsing_rsbs = <html>Results of parsing the RSBS representation</html>
814 label.user_preset = User Preset
815 label.service_preset = Service Preset
816 label.run_with_preset = Run {0} with preset
817 label.view_service_doc_url = <html>View <a href="{0}">{1}</a></html>
818 action.by_title_param = By {0}
819 label.source_from_db_source = Sources from {0}
820 label.from_msname = from {0}
821 label.superpose_with = Superpose with
822 label.scale_label_to_column = Scale Label to Column
823 label.add_new_row = Add New Row
824 label.edit_label_description = Edit Label/Description
825 label.hide_row = Hide This Row
826 label.delete_row = Delete This Row
827 label.show_all_hidden_rows = Show All Hidden Rows
828 label.export_annotation = Export Annotation
829 label.copy_consensus_sequence = Copy Consensus Sequence
830 label.helix = Helix
831 label.sheet = Sheet
832 label.rna_helix = RNA Helix
833 label.remove_annotation = Remove Annotation
834 label.colour_by = Colour by...
835 label.muscle_multiple_protein_sequence_alignment = Muscle Multiple Protein Sequence Alignment
836 label.mafft_multiple_sequence_alignment = MAFFT Multiple Sequence Alignment
837 label.clustalw_multiple_sequence_alignment = ClustalW Multiple Sequence Alignment
838 label.jnet_secondary_structure_prediction = JPred Secondary Structure Prediction
839 label.multiharmony = Multi-Harmony
840 label.unable_start_web_service_analysis = Unable to start web service analysis
841 label.job_couldnt_be_started_check_input = The Job couldn't be started. Please check your input, and the Jalview console for any warning messages.
842 label.prompt_each_time = Prompt each time
843 label.couldnt_save_project = Couldn't save project
844 label.error_whilst_saving_current_state_to = Error whilst saving current state to {0}
845 label.error_whilst_loading_project_from = Error whilst loading project from {0}
846 label.couldnt_load_project = Couldn't load project
847 label.invalid_name_preset_exists = Invalid name - preset already exists.
848 label.invalid_name = Invalid name
849 label.set_proxy_settings = Please set up your proxy settings in the 'Connections' tab of the Preferences window
850 label.proxy_authorization_failed = Proxy Authorization Failed
851 label.internal_jalview_error = Internal Jalview Error
852 label.secondary_structure_prediction_service_couldnt_be_located = The Secondary Structure Prediction Service named {0} at {1} couldn't be located.
853 label.service_called_is_not_msa_service = The Service called \n{0}\nis not a \nMultiple Sequence Alignment Service\!
854 label.msa_service_is_unknown = The Multiple Sequence Alignment Service named {0} is unknown
855 label.service_called_is_not_seq_search_service = The Service called \n{0}\nis not a \nSequence Search Service\!
856 label.seq_search_service_is_unknown = The Sequence Search Service named {0} is unknown
857 label.feature_type = Feature Type
858 label.show = Show
859 label.service_url = Service URL
860 label.copied_sequences = Copied sequences
861 label.cut_sequences = Cut Sequences
862 label.conservation_colour_increment = Conservation Colour Increment ({0})
863 label.percentage_identity_threshold = Percentage Identity Threshold ({0})
864 label.error_unsupported_owwner_user_colour_scheme = Unsupported owner for User Colour scheme dialog
865 label.save_alignment_to_file = Save Alignment to file
866 label.save_features_to_file = Save Features to File
867 label.save_annotation_to_file = Save Annotation to File
868 label.save_pdb_file = Save PDB File
869 label.save_text_to_file = Save Text to File
870 label.save_state = Save State
871 label.restore_state = Restore State
872 label.saving_jalview_project = Saving jalview project {0}
873 label.loading_jalview_project = Loading jalview project {0}
874 label.save_vamsas_document_archive = Save Vamsas Document Archive
875 label.saving_vamsas_doc = Saving VAMSAS Document to {0}
876 label.load_feature_colours = Load Feature Colours
877 label.save_feature_colours = Save Feature Colour Scheme
878 label.select_startup_file = Select startup file
879 label.select_default_browser = Select default web browser
880 label.save_tree_as_newick = Save tree as newick file
881 label.create_eps_from_tree = Create EPS file from tree
882 label.create_png_from_tree = Create PNG image from tree
883 label.save_colour_scheme = Save colour scheme
884 label.edit_params_for = Edit parameters for {0}
885 label.choose_filename_for_param_file = Choose a filename for this parameter file
886 label.save_as_html = Save as HTML
887 label.recently_opened = Recently Opened
888 label.blasting_for_unidentified_sequence_jobs_running = BLASTing for unidentified sequences - {0}  jobs running.
889 label.tree = Tree
890 label.tree_from = Tree from {0}
891 label.webservice_job_title = {0} using {1}
892 label.select_visible_region_of = selected {0} region of {1}
893 label.visible = Visible
894 label.select_unselect_visible_regions_from = select and unselected {0} regions from {1}
895 label.visible_region_of = visible region of
896 label.webservice_job_title_on = {0} using {1} on {2}
897 label.updating_vamsas_session = Updating vamsas session
898 label.loading_file = Loading File: {0}
899 label.edit_params = Edit {0}
900 label.as_percentage = As Percentage
901 error.not_implemented = Not implemented
902 error.no_such_method_as_clone1_for = No such method as clone1 for {0}
903 error.null_from_clone1 = Null from clone1!
904 error.not_yet_implemented = Not yet implemented
905 error.unknown_type_dna_or_pep = Unknown Type {0} - dna or pep are the only allowed values.
906 error.implementation_error_dont_know_threshold_annotationcolourgradient = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
907 error.invalid_separator_parameter = Invalid separator parameter - must be non-zero length
908 error.alignment_cigararray_not_implemented = Alignment(CigarArray) not yet implemented
909 error.empty_view_cannot_be_updated = empty view cannot be updated.
910 error.mismatch_between_number_of_sequences_in_block = Mismatch between number of sequences in block {0} ({1}) and the original view ({2})
911 error.padding_not_yet_implemented = Padding not yet implemented
912 error.mismatch_between_visible_blocks_to_update_and_number_of_contigs_in_view = Mismatch between visible blocks to update and number of contigs in view (contigs=0,blocks={0})
913 error.unknown_seq_cigar_operation = Unknown SeqCigar operation {0}
914 error.implementation_bug_parse_cigar_string = Implementation bug in parseCigarString
915 error.implementation_error_invalid_operation_string = Implementation error. Invalid operation string.
916 error.invalid_range_string = Invalid range string (must be zero or positive number)
917 error.implementation_error_delete_range_out_of_bounds = Implementation Error: deleteRange out of bounds: start must be non-negative and less than end.
918 error.implementation_error = Implementation error
919 error.implementation_error_unknown_operation = Implementation Error! Unknown operation {0}
920 error.implementation_error_unexpected_null_from_get_sequence_and_deletions = Implementation Error - unexpected null from getSequenceAndDeletions
921 error.implementation_error_set_seq_null = Implementation Error - _setSeq(null,...)
922 error.implementation_error_s = Implementation Error: _s= {0}
923 error.implementation_error_seqcigar_possible = SeqCigar: Possible implementation error: sequence is longer than dataset sequence
924 error.implmentation_bug_seq_null = Implementation Bug. Null seq
925 error.implementation_bug_cigar_operation_list_range_list = Implementation Bug. Cigar Operation list!= range list
926 error.not_yet_implemented_cigar_object_from_cigar_string = NOT YET Implemented: Constructing a Cigar object from a cigar string and a gapped sequence.
927 error.implementation_bug_cigar_operation = Implementation Bug. Cigar Operation {0} {1} not one of {2}, {3}, or {4}.
928 error.implementation_error_for_new_cigar = Implementation error for new Cigar(SequenceI)
929 error.implementation_error_cigar_seq_no_operations = Implementation error: {0}th sequence Cigar has no operations.
930 error.implementation_error_no_pdbentry_from_index = Implementation error - no corresponding pdbentry (for index {0}) to add sequences mappings to
931 error.jmol_version_not_compatible_with_jalview_version = Jmol version {0} is not compatible with this version of Jalview. Report this problem at issues.jalview.org
932 error.not_implemented_remove = Remove: Not implemented
933 error.not_implemented_clone = Clone: Not implemented
934 error.call_setprogressbar_before_registering_handler = call setProgressBar before registering the progress bar's handler.
935 label.cancelled_params = Cancelled {0}
936 error.implementation_error_cannot_show_view_alignment_frame = Implementation error: cannot show a view from another alignment in an AlignFrame.
937 error.implementation_error_dont_know_about_threshold_setting = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
938 error.eps_generation_not_implemented = EPS Generation not yet implemented
939 error.png_generation_not_implemented = PNG Generation not yet implemented
940 error.try_join_vamsas_session_another = Trying to join a vamsas session when another is already connected
941 error.invalid_vamsas_session_id = Invalid vamsas session id
942 label.groovy_support_failed = Jalview Groovy Support Failed
943 label.couldnt_create_groovy_shell = Couldn't create the groovy Shell. Check the error log for the details of what went wrong.
944 error.unsupported_version_calcIdparam = Unsupported Version for calcIdparam {0}
945 error.implementation_error_cant_reorder_tree = Implementation Error: Can't reorder this tree. Not DefaultMutableTreeNode.
946 error.invalid_value_for_option = Invalid value {0} for option {1}
947 error.implementation_error_cannot_import_vamsas_doc = Implementation Error - cannot import existing vamsas document into an existing session, Yet!
948 label.vamsas_doc_couldnt_be_opened_as_new_session = VAMSAS Document could not be opened as a new session - please choose another
949 error.implementation_error_vamsas_operation_not_init = Impementation error! Vamsas Operations when client not initialised and connected
950 error.jalview_no_connected_vamsas_session = Jalview not connected to Vamsas session
951 error.implementation_error_cannot_recover_vamsas_object_mappings = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot recover vamsas object mappings - no backup was made
952 error.setstatus_called_non_existent_job_pane = setStatus called for non-existent job pane {0}
953 error.implementation_error_cannot_find_marshaller_for_param_set =Implementation error: Can't find a marshaller for the parameter set
954 error.implementation_error_old_jalview_object_not_bound =IMPLEMENTATION ERROR: old jalview object is not bound ! ({0})
955 error.implementation_error_vamsas_doc_class_should_bind_to_type = Implementation Error: Vamsas Document Class {0} should bind to a {1} (found a {2})
956 error.invalid_vamsas_rangetype_cannot_resolve_lists = Invalid vamsas RangeType - cannot resolve both lists of Pos and Seg from choice!
957 error.implementation_error_maplist_is_null = Implementation error. MapList is null for initMapType.
958 error.implementation_error_cannot_have_null_alignment = Implementation error: Cannot have null alignment property key
959 error.implementation_error_null_fileparse = Implementation error. Null FileParse in copy constructor
960 error.implementation_error_cannot_map_alignment_sequences = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot map an alignment of sequences from different datasets into a single alignment in the vamsas document.
961 error.implementation_error_structure_selection_manager_null = Implementation error. Structure selection manager's context is 'null'
962 exception.ssm_context_is_null = SSM context is null
963 error.idstring_seqstrings_only_one_per_sequence = idstrings and seqstrings contain one string each per sequence
964 error.cannot_have_mixed_length_replacement_vectors = Cannot have mixed length replacement vectors. Replacement vector for {0} is {1} strings long, and have already seen a {2} length vector.
965 error.cannot_have_zero_length_vector_replacement_strings = Cannot have zero length vector of replacement strings - either 1 value or n values.
966 error.implementation_error_multiple_single_sequence_prediction_jobs_not_supported = Implementation Error! Multiple single sequence prediction jobs are not yet supported
967 error.implementation_error_invalid_msa_index_for_job =Implementation Error! Invalid msaIndex for JPredJob on parent MSA input object!
968 error.implementation_error_startjob_called = Implementation error - StartJob(JpredJob) called on {0}
969 error.multiple_jnet_subjob_merge_not_implemented = Multiple JPred subjob merging not yet implemented
970 label.job_never_ran = Job never ran - input returned to user.
971 error.implementation_error_minlen_must_be_greater_zero = Implementation error: minlen must be zero or more
972 error.implementation_error_msawbjob_called = Implementation error - StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance {0}
973 error.implementation_error_cannot_attach_ws_menu_entry = IMPLEMENTATION ERROR: cannot attach WS Menu Entry without service handle reference!
974 error.parameter_migration_not_implemented_yet = Parameter migration not implemented yet
975 error.implementation_error_cannot_set_jaba_option = Implementation error: cannot set Jaba Option to a value outside its allowed value range!
976 error.implementation_error_valuetype_doesnt_support_jabaws_type = IMPLEMENTATION ERROR: jalview.ws.params.ValueConstrainI.ValueType does not support the JABAWS type : {0}
977 error.cannot_create_jabaws_param_set = Cannot create a JabaWSParamSet from non-JabaWS parameters
978 error.cannot_set_arguments_to_jabaws_param_set = Cannot set arguments to a JabaWSParamSet that are not JabaWS arguments
979 error.implementation_error_runner_config_not_available = Implementation Error: Runner Config not available for a JABAWS service of type {0} ({1})
980 error.implementation_error_cannot_handle_jaba_param = Implementation Error: Cannot handle Jaba parameter object {0}
981 error.implementation_error_attempt_to_delete_service_preset = Implementation error: Attempt to delete a service preset!
982 error.implementation_error_cannot_locate_oldname_presetname = Implementation error: Can't locate either oldname ({0}) or presetName ({1}in the datastore!"
983 error.implementation_error_jabaws_param_set_only_handled_by = Implementation error: JabaWsParamSets can only be handled by JabaParamStore
984 error.cannot_set_source_file_for = Cannot set source file for {0}
985 error.mismatch_service_instance_preset = Probable mismatch between service instance and preset!
986 error.cannot_set_params_for_ws_preset = Cannot set Parameters for a Jaba Web service's preset
987 error.implementation_error_can_only_instantiate_jaba_param_sets = Implementation error: Can only instantiate Jaba parameter sets
988 error.no_aacon_service_found = No AACon service found
989 error.implementation_error_couldnt_copy_value_constraint = Implementation error: could not copy ValueConstrain!
990 error.couldnt_encode_as_utf8 = Couldn't encode {0} as UTF-8.
991 error.tree_inputtype_not_yet_implemented = Tree InputType not yet implemented
992 error.implementation_error_need_to_have_httpresponse = Implementation Error: need to have an HttpResponse to process
993 error.dbrefsource_implementation_exception =DBRefSource Implementation Exception
994 error.implementation_error_dbinstance_must_implement_interface = Implmentation Error - getDbInstances must be given a class that implements jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy (was given{0})
995 error.implementation_error_must_init_dbsources =Implementation error. Must initialise dbSources
996 label.view_controller_toggled_marked = {0} {1} columns {2} features of type {3}  across {4} sequence(s)
997 label.toggled = Toggled
998 label.marked = Marked
999 label.containing = containing
1000 label.not_containing = not containing
1001 label.no_feature_of_type_found = No features of type {0} found
1002 label.no_feature_found_selection = No features of type {0} found in selection
1003 label.submission_params = Submission {0}
1004 label.empty_alignment_job = Empty Alignment Job
1005 label.add_new_sbrs_service = Add a new Simple Bioinformatics Rest Service
1006 label.edit_sbrs_entry = Edit Simple Bioinformatics Rest Service entry
1007 label.pca_recalculating = Recalculating PCA
1008 label.pca_calculating = Calculating PCA
1009 label.select_foreground_colour = Choose foreground colour
1010 label.select_colour_for_text = Select Colour for Text
1011 label.adjunst_foreground_text_colour_threshold = Adjust Foreground Text Colour Threshold
1012 label.select_subtree_colour = Select Sub-Tree Colour
1013 label.create_new_sequence_features = Create New Sequence Feature(s)
1014 label.amend_delete_features = Amend/Delete Features for {0}
1015 exception.out_of_bounds_for_file = Out of bounds for file: i={0}, Final Buffer: i0={1} iend={2}
1016 exception.null_string_given_to_regex_search = Null String Given to Regex.search
1017 exception.null_string_like_given_to_regex_search = Null StringLike Given to Regex.search
1018 exception.null_string_given_to_regex_reverse_search = Null String Given to Regex.reverseSearch
1019 exception.null_string_like_given_to_regex_reverse_search = Null StringLike Given to Regex.reverseSearch
1020 exception.null_string_like_given_to_regex_search_from = Null String Given to Regex.searchFrom
1021 exception.null_string_like_given_to_regex_search_region = Null String Given to Regex.searchRegion
1022 exception.replace_null_regex_pointer = Replacer has null Regex pointer
1023 exception.bad_pattern_to_regex_perl_code = bad pattern to Regex.perlCode: {0}
1024 exception.no_stub_implementation_for_interface = There is no stub implementation for the interface: {0}
1025 exception.cannot_set_endpoint_address_unknown_port = Cannot set Endpoint Address for Unknown Port {0}
1026 exception.mismatched_unseen_closing_char = Mismatched (unseen) closing character {0}
1027 exception.mismatched_closing_char = Mismatched closing character {0}
1028 exception.mismatched_opening_char = Mismatched opening character {0} at {1}
1029 exception.invalid_datasource_couldnt_obtain_reader = Invalid datasource. Could not obtain Reader
1030 exception.unterminated_cigar_string = Unterminated cigar string
1031 exception.unexpected_operation_cigar_string_pos = Unexpected operation {0} in cigar string (position {1} in {2}
1032 exception.couldnt_parse_responde_from_annotated3d_server = Couldn't parse response from Annotate3d server
1033 exception.application_test_npe = Application test: throwing an NullPointerException It should arrive at the console
1034 exception.overwriting_vamsas_id_binding = Overwriting vamsas id binding
1035 exception.overwriting_jalview_id_binding = Overwriting jalview id binding
1036 exception.failed_to_resolve_gzip_stream = Failed to resolve GZIP stream
1037 exception.problem_opening_file_also_tried = Problem opening {0} (also tried {1}) : {2}
1038 exception.problem_opening_file = Problem opening {0} : {1}
1039 exception.failed_to_read_data_from_source = Failed to read data from source: {0}
1040 exception.no_init_source_stream = Unitialised Source Stream
1041 exception.invalid_source_stream = Invalid Source Stream: {0}
1042 error.implementation_error_reset_called_for_invalid_source = Implementation Error: Reset called for invalid source.
1043 exception.number_of_residues_in_query_sequence_differ_from_prediction = Number of residues in {0} supposed query sequence ({1}\n{2})\ndiffer from number of prediction sites in prediction ({3})
1044 label.mapped = mapped
1045 exception.jpredconcide_entry_has_unexpected_number_of_columns = JPredConcise: Entry ({0}) has an unexpected number of columns
1046 exception.couldnt_parse_concise_annotation_for_prediction = Couldn't parse concise annotation for prediction profile.\n{0}
1047 exception.newfile = NewickFile\: {0}\n
1048 label.no_tree_read_in = No Tree read in
1049 exception.rnaml_couldnt_access_datasource = Couldn't access datasource ({0})
1050 exception.ranml_couldnt_process_data = Couldn't process data as RNAML file ({0})
1051 exception.ranml_invalid_file = Invalid RNAML file ({0})
1052 exception.ranml_problem_parsing_data = Problem parsing data as RNAML ({0})
1053 exception.pfam_no_sequences_found = No sequences found (PFAM input)
1054 exception.stockholm_invalid_format = This file is not in valid STOCKHOLM format: First line does not contain '# STOCKHOLM'
1055 exception.couldnt_parse_sequence_line = Could not parse sequence line: {0}
1056 exception.unknown_annotation_detected = Unknown annotation detected: {0} {1}
1057 exception.couldnt_store_sequence_mappings = Couldn't store sequence mappings for {0}
1058 exception.matrix_too_many_iteration = Too many iterations in {0} (max is {1})
1059 exception.browser_not_found = Exception in finding browser: {0}
1060 exception.browser_unable_to_locate = Unable to locate browser: {0}
1061 exception.invocation_target_exception_creating_aedesc = InvocationTargetException while creating AEDesc: {0}
1062 exception.illegal_access_building_apple_evt= IllegalAccessException while building AppleEvent: {0}
1063 exception.unable_to_launch_url = Unable to launch URL: {0}
1064 exception.unable_to_create_internet_config = Unable to create an Internet Config instance: {0}
1065 exception.invocation_target_calling_url = InvocationTargetException while calling openURL: {0}
1066 exception.illegal_access_calling_url = IllegalAccessException while calling openURL: {0}
1067 exception.interrupted_launching_browser = InterruptedException while launching browser: {0}
1068 exception.ebiembl_retrieval_failed_on = EBI EMBL XML retrieval failed on {0}:{1}
1069 exception.no_pdb_records_for_chain = No PDB Records for {0} chain {1}
1070 exception.unexpected_handling_rnaml_translation_for_pdb = Unexpected exception when handling RNAML translation of PDB data
1071 exception.couldnt_recover_sequence_properties_for_alignment = Couldn't recover sequence properties for alignment
1072 exception.unknown_format_for_file = Unknown format {0} for file \: \n{1}
1073 label.remove_gaps = Remove Gaps
1074 exception.couldnt_recover_sequence_props_for_jnet_query = Couldn't recover sequence properties for JPred Query sequence!
1075 exception.server_timeout_try_later = Server timed out - try again later\n
1076 exception.web_service_returned_null_try_later= Server at {0} returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later.
1077 exception.cannot_contact_service_endpoint_at = Cannot contact service endpoint at {0}
1078 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set = Implementation error: Cannot find service url in the given url set!
1079 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set_param_store = Implementation error: Cannot find service url in the given url set for this service parameter store ({0}}
1080 exception.jobsubmission_invalid_params_set = Invalid parameter set. Check Jalview implementation
1081 exception.notvaliddata_group_contains_less_than_min_seqs = Group contains less than {0} sequences.
1082 exception.outofmemory_loading_pdb_file = Out of memory loading PDB File
1083 exception.eps_coudnt_write_output_file = Could not write to the output file: {0}
1084 exception.eps_method_not_supported = Method not currently supported by EpsGraphics2D version {0}
1085 exception.eps_unable_to_get_inverse_matrix = Unable to get inverse of matrix: {0}
1086 warn.job_cannot_be_cancelled_close_window = This job cannot be cancelled.\nJust close the window.
1087 warn.service_not_supported = Service not supported!
1088 warn.input_is_too_big = Input is too big!
1089 warn.invalid_job_param_set = Invalid job parameter set!
1090 warn.oneseq_msainput_selection = The current selection only contains a single sequence. Do you want to submit all sequences for alignment instead ?   
1091 info.job_couldnt_be_run_server_doesnt_support_program = Job could not be run because the server doesn't support this program.\n{0}
1092 info.job_couldnt_be_run_exceeded_hard_limit = Job could not be run because it exceeded a hard limit on the server.\n{0}
1093 info.job_couldnt_be_run_incorrect_param_setting = Job could not be run because some of the parameter settings are not supported by the server.\n{0}\nPlease check to make sure you have used the correct parameter set for this service\!\n
1094 info.no_jobs_ran = No jobs ran
1095 info.failed_to_submit_prediction = Failed to submit the prediction\:\n{0} {1}
1096 info.invalid_jnet_job_result_data ={0}\n{1}\nInvalid JPred job result data\!\n{2}
1097 info.failed_to_submit_sequences_for_alignment = Failed to submit sequences for alignment.\nIt is most likely that there is a problem with the server.\nJust close the window\n
1098 info.alignment_object_method_notes = \nAlignment Object Method Notes\n
1099 info.server_exception = \n{0} Server exception\!\n{1}
1100 info.invalid_msa_input_mininfo = Need at least two sequences with at least 3 residues each, with no hidden regions between them.  
1101 info.invalid_msa_notenough = Not enough sequence data to align
1102 status.processing_commandline_args = Processing commandline arguments...
1103 status.das_features_being_retrived = DAS features being retrieved...
1104 status.searching_for_sequences_from = Searching for sequences from {0}
1105 status.finished_searching_for_sequences_from = Finished searching for sequences from {0}
1106 label.eps_file = EPS file
1107 label.png_image = PNG image
1108 status.saving_file = Saving {0}
1109 status.export_complete = {0} Export completed.
1110 status.fetching_pdb = Fetching PDB {0}
1111 status.refreshing_news = Refreshing news
1112 status.importing_vamsas_session_from = Importing VAMSAS session from {0}
1113 status.opening_params = Opening {0}
1114 status.waiting_sequence_database_fetchers_init = Waiting for Sequence Database Fetchers to initialise
1115 status.init_sequence_database_fetchers = Initialising Sequence Database Fetchers
1116 status.fetching_sequence_queries_from = Fetching {0} sequence queries from {1}
1117 status.finshed_querying = Finished querying
1118 status.parsing_results = Parsing results.
1119 status.processing = Processing...
1120 status.refreshing_web_service_menus = Refreshing Web Service Menus
1121 status.collecting_job_results = Collecting job results.
1122 status.fetching_db_refs = Fetching db refs
1123 status.loading_cached_pdb_entries = Loading Cached PDB Entries
1124 status.searching_for_pdb_structures = Searching for PDB Structures
1125 status.opening_file_for = opening file for
1126 status.colouring_chimera = Colouring Chimera
1127 label.font_doesnt_have_letters_defined = Font doesn't have letters defined\nso cannot be used\nwith alignment data
1128 label.font_too_small = Font size is too small
1129 label.error_loading_file_params = Error loading file {0}
1130 label.error_loading_jalview_file = Error loading Jalview file
1131 warn.out_of_memory_when_action = Out of memory when {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1132 warn.out_of_memory_loading_file = Out of memory loading file {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1133 label.out_of_memory = Out of memory
1134 label.invalid_id_column_width = Invalid ID Column width
1135 warn.user_defined_width_requirements = The user defined width for the\nannotation and sequence ID columns\nin exported figures must be\nat least 12 pixels wide.
1136 label.couldnt_create_sequence_fetcher = Couldn't create SequenceFetcher
1137 warn.couldnt_create_sequence_fetcher_client = Could not create the sequence fetcher client. Check error logs for details.
1138 warn.server_didnt_pass_validation = Service did not pass validation.\nCheck the Jalview Console for more details.
1139 warn.url_must_contain = Sequence URL must contain $SEQUENCE_ID$, $DB_ACCESSION$, or a regex
1140 warn.urls_not_contacted = URLs that could not be contacted
1141 warn.urls_no_jaba = URLs without any JABA Services
1142 info.validate_jabaws_server = Validate JabaWS Server ?\n(Look in console output for results)
1143 label.test_server = Test Server?
1144 label.new_sequence_fetcher = New Sequence Fetcher
1145 label.additional_sequence_fetcher = Additional Sequence Fetcher
1146 label.select_database_retrieval_source = Select Database Retrieval Source
1147 label.overwrite_existing_file = Overwrite existing file?
1148 label.file_already_exists = File exists
1149 label.edit_jabaws_url = Edit JABAWS URL
1150 label.add_jabaws_url = Add new JABAWS URL
1151 label.news_from_jalview = News from http://www.jalview.org
1152 label.cut_paste_alignmen_file = Cut & Paste Alignment File
1153 label.enter_redundancy_threshold = Enter the redundancy threshold
1154 label.select_dark_light_set_threshold = <html><i>Select a dark and light text colour, then set the threshold to<br>switch between colours, based on background colour</i></html>
1155 label.select_feature_colour = Select Feature Colour
1156 label.delete_all = Delete all sequences
1157 warn.delete_all = <html>Deleting all sequences will close the alignment window.<br>Confirm deletion or Cancel.
1158 label.add_annotations_for = Add annotations for
1159 action.choose_annotations = Choose Annotations...
1160 label.choose_annotations = Choose Annotations
1161 label.find = Find
1162 label.invalid_search = Search string invalid
1163 error.invalid_regex = Invalid regular expression
1164 label.ignore_gaps_consensus = Ignore Gaps In Consensus
1165 label.show_group_histogram = Show Group Histogram
1166 label.show_group_logo = Show Group Logo
1167 label.normalise_group_logo = Normalise Group Logo
1168 label.show_histogram = Show Histogram
1169 label.show_logo = Show Logo
1170 label.normalise_logo = Normalise Logo
1171 label.no_colour_selection_in_scheme = Please make a colour selection before applying colour scheme
1172 label.no_colour_selection_warn = Error saving colour scheme
1173 label.open_split_window? = Would you like to open as a split window, with cDNA and protein linked?
1174 label.open_split_window = Open split window
1175 action.no = No
1176 action.yes = Yes
1177 label.for = for
1178 label.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation
1179 action.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation...
1180 label.threshold_filter =  Threshold Filter
1181 label.alpha_helix = Alpha Helix
1182 label.beta_strand = Beta Strand
1183 label.turn = Turn
1184 label.select_all = Select All
1185 label.structures_filter = Structures Filter
1186 label.search_filter = Search Filter
1187 label.include_description= Include Description
1188 action.back = Back
1189 label.hide_insertions = Hide Insertions
1190 label.mark_as_representative = Mark as representative
1191 label.open_jabaws_web_page = Open JABAWS web page
1192 label.pdb_sequence_fetcher = PDB Sequence Fetcher
1193 label.result = result
1194 label.results = results
1195 label.structure_chooser = Structure Chooser
1196 label.invert = Invert 
1197 label.select_pdb_file = Select PDB File
1198 info.select_filter_option = Select Filter Option/Manual Entry
1199 info.associate_wit_sequence = Associate with Sequence
1200 label.search_result = Search Result
1201 label.found_structures_summary = Found Structures Summary
1202 label.configure_displayed_columns = Customise Displayed Options
1203 label.start_jalview = Start Jalview
1204 label.biojs_html_export = BioJS
1205 label.scale_as_cdna = Scale protein residues to codons
1206 label.font_as_cdna = Use same font for cDNA and peptide
1207 label.scale_protein_to_cdna = Scale Protein to cDNA
1208 label.scale_protein_to_cdna_tip = Make protein residues same width as codons in split frame views
1209 info.select_annotation_row = Select Annotation Row
1210 info.enter_search_text_here = Enter Search Text Here
1211 info.enter_search_text_to_enable = Enter Search Text to Enable
1212 info.search_in_annotation_label = Search in {0} Label
1213 info.search_in_annotation_description = Search in {0} Description
1214 info.change_threshold_mode_to_enable = Change Threshold Mode to Enable
1215 label.couldnt_read_data = Couldn't read data
1216 label.embbed_biojson = Embed BioJSON to HTML export
1217 action.export_groups = Export Groups
1218 action.export_annotations = Export Annotations
1219 action.export_hidden_columns = Export Hidden Columns
1220 action.export_hidden_sequences = Export Hidden Sequences
1221 action.export_features = Export Features
1222 label.export_settings = Export Settings
1223 label.pdb_web-service_error = PDB Web-service Error
1224 label.structure_chooser_manual_association = Structure Chooser - Manual association
1225 label.structure_chooser_filter_time = Structure Chooser - Filter time ({0})
1226 label.structure_chooser_no_of_structures = Structure Chooser - {0} Found ({1})
1227 info.no_pdb_entry_found_for = No PDB entry found for {0}
1228 exception.unable_to_detect_internet_connection = Jalview is unable to detect an internet connection
1229 exception.fts_server_unreachable = Jalview is unable to reach the {0} server. \nPlease ensure that you are connected to the internet and try again.
1230 label.nw_mapping = Needleman & Wunsch Alignment
1231 label.sifts_mapping = SIFTs Mapping
1232 label.mapping_method = Sequence \u27f7 Structure mapping method
1233 status.waiting_for_user_to_select_output_file = Waiting for user to select {0} file
1234 status.cancelled_image_export_operation = Cancelled {0} export operation
1235 info.error_creating_file = Error creating {0} file
1236 exception.outofmemory_loading_mmcif_file = Out of memory loading mmCIF File
1237 label.run_groovy = Run Groovy console script
1238 label.run_groovy_tip = Run the script in the Groovy console over this alignment
1239 label.couldnt_run_groovy_script = Failed to run Groovy script
1240 label.uniprot_sequence_fetcher = UniProt Sequence Fetcher
1241 action.next_page= >> 
1242 action.prev_page= << 
1243 label.next_page_tooltip=Next Page
1244 label.prev_page_tooltip=Previous Page
1245 status.launching_3d_structure_viewer = Launching 3D Structure viewer...
1246 status.fetching_3d_structures_for_selected_entries = Fetching 3D Structures for selected entries...
1247 status.fetching_dbrefs_for_sequences_without_valid_refs = Fetching db refs for {0} sequence(s) without valid db ref required for SIFTS mapping
1248 status.fetching_3d_structures_for = Fetching 3D Structure for {0}
1249 status.obtaining_mapping_with_sifts = Obtaining mapping with SIFTS
1250 status.obtaining_mapping_with_nw_alignment = Obtaining mapping with NW alignment
1251 status.exporting_alignment_as_x_file = Exporting alignment as {0} file
1252 label.column = Column
1253 label.cant_map_cds = Unable to map CDS to protein\nCDS missing or incomplete
1254 label.operation_failed = Operation failed
1255 label.SEQUENCE_ID_no_longer_used = $SEQUENCE_ID$ is no longer used for DB accessions
1256 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1 = Please review your URL links in the 'Connections' tab of the Preferences window:
1257 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2 = URL links using '$SEQUENCE_ID$' for DB accessions now use '$DB_ACCESSION$'.
1258 label.do_not_display_again = Do not display this message again
1259 exception.url_cannot_have_duplicate_id = {0} cannot be used as a label for more than one line
1260 action.customfilter = Custom only
1261 action.showall = Show All
1262 label.insert = Insert:
1263 action.seq_id = $SEQUENCE_ID$
1264 action.db_acc = $DB_ACCESSION$
1265 label.primary = Double Click
1266 label.inmenu = In Menu
1267 label.id = ID
1268 label.database = Database
1269 label.urltooltip = Only one url, which must use a sequence id, can be selected for the 'On Click' option
1270 label.edit_sequence_url_link = Edit sequence URL link
1271 warn.name_cannot_be_duplicate = User-defined URL names must be unique and cannot be MIRIAM ids
1272 label.output_seq_details = Output Sequence Details to list all database references
1273 label.urllinks = Links
1274 action.clear_cached_items = Clear Cached Items
1275 label.togglehidden = Show hidden regions
1276 label.quality_descr = Alignment Quality based on Blosum62 scores
1277 label.conservation_descr = Conservation of total alignment less than {0}% gaps
1278 label.consensus_descr = PID
1279 label.complement_consensus_descr = PID for cDNA
1280 label.strucconsensus_descr = PID for base pairs
1281 label.occupancy_descr = Number of aligned positions 
1282 label.show_experimental = Enable experimental features
1283 label.show_experimental_tip = Enable any new and currently 'experimental' features (see Latest Release Notes for details)
1284 label.warning_hidden = Warning: {0} {1} is currently hidden
1285 label.overview_settings = Overview settings
1286 label.ov_legacy_gap = Use legacy gap colouring (gaps are white)
1287 label.gap_colour = Gap colour:
1288 label.ov_show_hide_default = Show hidden regions when opening overview
1289 label.hidden_colour = Hidden colour:
1290 label.select_gap_colour = Select gap colour
1291 label.select_hidden_colour = Select hidden colour
1292 label.overview = Overview
1293 label.reset_to_defaults = Reset to defaults
1294 label.oview_calc = Recalculating overview...
1295 label.feature_details = Feature details
1296 label.matchCondition_contains = Contains
1297 label.matchCondition_notcontains = Does not contain
1298 label.matchCondition_matches = Matches
1299 label.matchCondition_notmatches = Does not match
1300 label.matchCondition_present = Is present
1301 label.matchCondition_notpresent = Is not present
1302 label.matchCondition_eq = =
1303 label.matchCondition_ne = not =
1304 label.matchCondition_lt = <
1305 label.matchCondition_le = <=
1306 label.matchCondition_gt = >
1307 label.matchCondition_ge = >=
1308 label.numeric_required = The value should be numeric
1309 label.filter = Filter
1310 label.filters = Filters
1311 label.join_conditions = Join conditions with
1312 label.delete_condition = Delete this condition
1313 label.score = Score
1314 label.colour_by_label = Colour by label
1315 label.variable_colour = Variable colour...
1316 label.select_colour = Select colour
1317 option.enable_disable_autosearch = When ticked, search is performed automatically
1318 option.autosearch = Autosearch
1319 label.retrieve_ids = Retrieve IDs
1320 label.display_settings_for = Display settings for {0} features
1321 label.simple = Simple
1322 label.simple_colour = Simple Colour
1323 label.colour_by_text = Colour by text
1324 label.graduated_colour = Graduated Colour
1325 label.by_text_of = By text of
1326 label.by_range_of = By range of
1327 label.or = Or
1328 label.and = And
1329 label.sequence_feature_colours = Sequence Feature Colours
1330 label.best_quality = Best Quality
1331 label.best_resolution = Best Resolution
1332 label.most_protein_chain = Most Protein Chain
1333 label.most_bound_molecules = Most Bound Molecules
1334 label.most_polymer_residues = Most Polymer Residues
1335 label.cached_structures = Cached Structures
1336 label.free_text_search = Free Text Search
1337 label.backupfiles_confirm_delete = Confirm delete
1338 label.backupfiles_confirm_delete_old_files = Delete the following older backup files? (see the Backups tab in Preferences for more options)
1339 label.backupfiles_confirm_save_file = Confirm save file
1340 label.backupfiles_confirm_save_file_backupfiles_roll_wrong = Something possibly went wrong with the backups of this file.
1341 label.backupfiles_confirm_save_new_saved_file_ok = The new saved file seems okay.
1342 label.backupfiles_confirm_save_new_saved_file_not_ok = The new saved file might not be okay.
1343 label.backups = Backups
1344 label.backup = Backup
1345 label.backup_files = Backup Files
1346 label.enable_backupfiles = Enable backup files
1347 label.backup_filename_strategy = Backup filename strategy
1348 label.append_to_filename = Append to filename (%n is replaced by the backup number)
1349 label.append_to_filename_tooltip = %n in the text will be replaced by the backup number. The text will appear after the filename. See the summary box above.
1350 label.index_digits = Number of digits to use for the backup number (%n)
1351 label.summary_of_backups_scheme = Summary of backup scheme
1352 label.scheme_examples = Scheme examples
1353 label.increment_index = Increase appended text numbers - newest file has largest number.
1354 label.reverse_roll = "Roll" appended text numbers - newest backup file is always number 1.
1355 label.keep_files = Deleting old backup files
1356 label.keep_all_backup_files = Do not delete old backup files
1357 label.keep_only_this_number_of_backup_files = Keep only this number of most recent backup files
1358 label.autodelete_old_backup_files = Auto-delete old backup files:
1359 label.always_ask = Always ask
1360 label.auto_delete = Automatically delete
1361 label.filename = filename
1362 label.braced_oldest = (oldest)
1363 label.braced_newest = (most recent)
1364 label.configuration = Configuration
1365 label.configure_feature_tooltip = Click to configure variable colour or filters
1366 label.schemes = Schemes
1367 label.customise = Customise
1368 label.custom = Custom
1369 label.default = Default
1370 label.single_file = Single backup
1371 label.keep_all_versions = Keep all versions
1372 label.rolled_backups = Rolled backup files
1373 label.customise_description = Select Customise, make changes, and click on OK to save your own custom scheme
1374 label.custom_description = Your own saved scheme
1375 label.default_description = Keep the last three versions of the file
1376 label.single_file_description = Keep the last version of the file
1377 label.keep_all_versions_description = Keep all previous versions of the file
1378 label.rolled_backups_description = Keep the last nine versions of the file from _bak.1 (newest) to _bak.9 (oldest)
1379 label.cancel_changes_description = Cancel changes made to your last saved Custom scheme
1380 label.previously_saved_scheme = Previously saved scheme
1381 label.no_backup_files = NO BACKUP FILES
1382 label.include_backup_files = Include backup files
1383 label.cancel_changes = Cancel changes
1384 label.warning_confirm_change_reverse = Warning!\nIf you change the increment/decrement of the backup filename number, without changing the suffix or number of digits,\nthis may cause loss of backup files created with the previous backup filename scheme.\nAre you sure you wish to do this?
1385 label.change_increment_decrement = Change increment/decrement?
1386 label.was_previous = was {0}
1387 label.newerdelete_replacement_line = Backup file\n''{0}''\t(modified {2}, size {4})\nis to be deleted and replaced by apparently older file\n''{1}''\t(modified {3}, size {5}).
1388 label.confirm_deletion_or_rename = Confirm deletion of ''{0}'' or rename to ''{1}''?
1389 label.newerdelete_line = Backup file\n''{0}''\t(modified {2}, size {4})\nis to be deleted but is newer than the oldest remaining backup file\n''{1}''\t(modified {3}, size {5}).
1390 label.confirm_deletion = Confirm deletion of ''{0}''?
1391 label.delete = Delete
1392 label.rename = Rename
1393 label.keep = Keep
1394 label.file_info = (modified {0}, size {1})
1395 label.annotation_name = Annotation Name
1396 label.annotation_description = Annotation Description 
1397 label.edit_annotation_name_description = Edit Annotation Name/Description
1398 label.alignment = alignment
1399 label.pca = PCA
1400 label.create_image_of = Create {0} image of {1}
1401 label.click_to_edit = Click to edit, right-click for menu
1402 label.by_annotation_tooltip = Annotation Colour is configured from the main Colour menu
1403 label.show_linked_features = Show {0} features
1404 label.show_linked_feature_settings = Open {0} settings
1405 label.on_top = on top
1406 label.include_linked_features = Include {0} features
1407 label.include_linked_tooltip = Include visible {0} features<br>converted to local sequence coordinates