JAL-3187 fix for JAL-3533 on CDS/Protein tabbed feature settings
[jalview.git] / resources / lang / Messages.properties
1 action.refresh_services = Refresh Services
2 action.reset_services = Reset Services
3 action.merge_results = Merge Results
4 action.load_scheme = Load scheme
5 action.save_scheme = Save scheme
6 label.scheme_changed = Changes to scheme ''{0}'' have not been saved.<br><br>Save changes, or continue without saving to make a new colour scheme.
7 label.save_changes = Save Changes
8 label.dont_save_changes = Don't Save
9 action.save_image = Save Image
10 action.paste = Paste
11 action.show_html_source = Show HTML Source
12 action.print = Print...
13 action.web_service = Web Service
14 action.cancel_job = Cancel Job
15 action.start_job = Start Job
16 action.revert = Revert
17 action.move_down = Move Down
18 action.move_up = Move Up
19 action.remove_return_datatype = Remove return datatype
20 action.add_return_datatype = Add return datatype
21 action.remove_input_parameter = Remove selected input parameter
22 action.add_input_parameter = Add input parameter
23 action.edit = Edit
24 action.new = New
25 action.open_file = Open file
26 action.show_unconserved = Show Unconserved
27 action.open_new_alignment = Open new alignment
28 action.raise_associated_windows = Raise Associated Windows
29 action.minimize_associated_windows = Minimize Associated Windows
30 action.close_all = Close all
31 action.load_project = Load Project
32 action.save_project = Save Project
33 action.save_project_as = Save Project as...
34 action.quit = Quit
35 label.quit_jalview = Quit Jalview?
36 action.expand_views = Expand Views
37 action.gather_views = Gather Views
38 action.page_setup = Page Setup...
39 action.reload = Reload
40 action.load = Load
41 action.open = Open
42 action.cancel = Cancel
43 action.create = Create
44 action.update = Update
45 action.delete = Delete
46 action.clear = Clear
47 action.accept = Accept
48 action.select_ddbb = --- Select Database ---
49 action.undo = Undo
50 action.redo = Redo
51 action.reset = Reset
52 action.remove_left = Remove left
53 action.remove_right = Remove right
54 action.remove_empty_columns = Remove Empty Columns
55 action.remove_all_gaps = Remove All Gaps
56 action.left_justify_alignment = Left Justify Alignment
57 action.right_justify_alignment = Right Justify Alignment
58 action.boxes = Boxes
59 action.text = Text
60 action.by_pairwise_id = By Pairwise Identity
61 action.by_id = By Id
62 action.by_length = By Length
63 action.by_group = By Group
64 action.unmark_as_reference = Unmark as Reference 
65 action.set_as_reference = Set as Reference 
66 action.remove = Remove
67 action.remove_redundancy = Remove Redundancy...
68 action.pairwise_alignment = Pairwise Alignment
69 action.user_defined = User Defined...
70 action.by_conservation = By Conservation
71 action.wrap = Wrap
72 action.show_gaps = Show Gaps
73 action.show_hidden_markers = Show Hidden Markers
74 action.find = Find
75 action.undefine_groups = Undefine Groups
76 action.make_groups_selection = Make Groups For Selection
77 action.copy = Copy
78 action.cut = Cut
79 action.font = Font...
80 action.scale_above = Scale Above
81 action.scale_left = Scale Left
82 action.scale_right = Scale Right
83 action.by_tree_order = By Tree Order
84 action.sort = Sort
85 action.calculate_tree = Calculate Tree...
86 action.calculate_tree_pca = Calculate Tree or PCA...
87 action.help = Help
88 action.by_annotation = By Annotation...
89 action.invert_sequence_selection = Invert Sequence Selection
90 action.invert_column_selection = Invert Column Selection
91 action.show = Show
92 action.hide = Hide
93 action.ok = OK
94 action.set_defaults = Defaults
95 action.create_group = Create Group
96 action.remove_group = Remove Group
97 action.edit_group = Edit Group
98 action.border_colour = Border colour
99 action.edit_new_group = Edit New Group
100 action.hide_sequences = Hide Sequences
101 action.sequences = Sequences
102 action.ids = IDS
103 action.ids_sequences = IDS and sequences
104 action.reveal_all = Reveal All
105 action.reveal_sequences = Reveal Sequences
106 action.find_all = Find all
107 action.find_next = Find next
108 action.file = File
109 action.view = View
110 action.annotations = Annotations
111 action.change_params = Change Parameters
112 action.apply = Apply
113 action.apply_threshold_all_groups = Apply threshold to all groups
114 action.apply_all_groups = Apply to all Groups
115 action.by_chain = By Chain
116 action.by_sequence = By Sequence
117 action.paste_annotations = Paste Annotations
118 action.format = Format
119 action.select = Select
120 action.new_view = New View
121 action.close = Close
122 action.add = Add
123 action.save_as = Save as...
124 action.save = Save
125 action.change_font = Change Font
126 action.change_font_tree_panel = Change Font (Tree Panel)
127 action.colour = Colour
128 action.calculate = Calculate
129 action.select_all = Select all
130 action.select_highlighted_columns = Select Highlighted Columns
131 tooltip.select_highlighted_columns = Press B to mark highlighted columns, Ctrl-(or Cmd)-B to toggle, and Alt-B to mark all but highlighted columns 
132 action.deselect_all = Deselect all
133 action.invert_selection = Invert selection
134 action.using_jmol = Using Jmol
135 action.link = Link
136 action.group_link = Group Link
137 action.show_chain = Show Chain
138 action.show_group = Show Group
139 action.fetch_db_references = Fetch DB References
140 action.view_flanking_regions = Show flanking regions
141 label.view_flanking_regions = Show sequence data either side of the subsequences involved in this alignment
142 label.structures_manager = Structures Manager
143 label.url = URL
144 label.url\: = URL:
145 label.input_file_url = Enter URL or Input File
146 label.select_feature = Select feature
147 label.name = Name
148 label.name\: = Name:
149 label.name_param = Name: {0}
150 label.group = Group
151 label.group\: = Group:
152 label.group_name = Group Name
153 label.group_description = Group Description
154 label.edit_group_name_description = Edit Group Name/Description
155 label.colour = Colour:
156 label.description = Description
157 label.description\: = Description:
158 label.start = Start:
159 label.end = End:
160 label.current_parameter_set_name = Current parameter set name:
161 label.service_action = Service Action:
162 label.post_url = POST URL:
163 label.url_suffix = URL Suffix
164 label.per_seq = per Sequence
165 label.result_vertically_separable = Results are vertically separable
166 label.amend = Amend
167 label.undo_command = Undo {0}
168 label.redo_command = Redo {0}
169 label.principal_component_analysis = Principal Component Analysis
170 label.average_distance_identity = Average Distance Using % Identity
171 label.neighbour_joining_identity = Neighbour Joining Using % Identity
172 label.choose_calculation = Choose Calculation
173 label.calc_title = {0} Using {1}
174 label.tree_calc_av = Average Distance
175 label.tree_calc_nj = Neighbour Joining
176 label.score_model_pid = % Identity
177 label.score_model_blosum62 = BLOSUM62
178 label.score_model_pam250 = PAM 250
179 label.score_model_smithwatermanscore = Score between two sequences aligned with Smith-Waterman with default Peptide/Nucleotide matrix
180 label.score_model_sequencefeaturesimilarity = Distance measure of average number of features not shared at sequence positions 
181 label.score_model_conservation = Physicochemical property conservation
182 label.score_model_enhconservation = Physicochemical property conservation
183 label.status_bar = Status bar
184 label.out_to_textbox = Output to Textbox
185 label.occupancy = Occupancy
186 # delete Clustal - use FileFormat name instead
187 label.clustal = Clustal
188 # label.colourScheme_<schemeName> as in JalviewColourScheme, spaces removed
189 label.colourScheme_clustal = Clustalx
190 label.colourScheme_blosum62 = BLOSUM62 Score
191 label.colourScheme_%identity = Percentage Identity
192 label.colourScheme_zappo = Zappo
193 label.colourScheme_taylor = Taylor
194 label.colourScheme_hydrophobic = Hydrophobicity
195 label.colourScheme_helixpropensity = Helix Propensity
196 label.colourScheme_strandpropensity = Strand Propensity
197 label.colourScheme_turnpropensity = Turn Propensity
198 label.colourScheme_buriedindex = Buried Index
199 label.colourScheme_purine/pyrimidine = Purine/Pyrimidine
200 label.colourScheme_nucleotide = Nucleotide
201 label.colourScheme_t-coffeescores = T-Coffee Scores
202 label.colourScheme_rnahelices = By RNA Helices
203 label.colourScheme_sequenceid = Sequence ID Colour
204 label.blc = BLC
205 label.fasta = Fasta
206 label.msf = MSF
207 label.pfam = PFAM
208 label.pileup = Pileup
209 label.pir = PIR
210 label.average_distance_blosum62 = Average Distance Using BLOSUM62
211 label.neighbour_blosum62 = Neighbour Joining Using BLOSUM62
212 label.show_annotations = Show annotations
213 label.hide_annotations = Hide annotations
214 label.show_all_seq_annotations = Show sequence related
215 label.hide_all_seq_annotations = Hide sequence related
216 label.show_all_al_annotations = Show alignment related
217 label.hide_all_al_annotations = Hide alignment related
218 label.hide_all = Hide all
219 label.add_reference_annotations = Add reference annotations
220 label.find_tip = Search alignment, selection or sequence ids for a subsequence (ignoring gaps).<br>Accepts regular expressions - search Help for 'regex' for details.
221 label.colour_text = Colour Text
222 label.show_non_conserved = Show nonconserved
223 label.overview_window = Overview Window
224 label.none = None
225 label.above_identity_threshold = Above Identity Threshold
226 label.show_sequence_features = Show Sequence Features
227 label.nucleotide = Nucleotide
228 label.protein = Protein
229 label.nucleotides = Nucleotides
230 label.proteins = Proteins
231 label.CDS = CDS
232 label.to_new_alignment = To New Alignment
233 label.to_this_alignment = Add To This Alignment
234 label.apply_colour_to_all_groups = Apply Colour To All Groups
235 label.modify_identity_threshold = Modify Identity Threshold...
236 label.modify_conservation_threshold = Modify Conservation Threshold...
237 label.input_from_textbox = Input from textbox
238 label.centre_column_labels = Centre column labels
239 label.automatic_scrolling = Automatic Scrolling
240 label.documentation = Documentation
241 label.about = About...
242 label.show_sequence_limits = Show Sequence Limits
243 action.feature_settings = Feature Settings...
244 label.all_columns = All Columns
245 label.all_sequences = All Sequences
246 label.selected_columns = Selected Columns 
247 label.selected_sequences = Selected Sequences
248 label.except_selected_sequences = All except selected sequences
249 label.all_but_selected_region = All but Selected Region (Shift+Ctrl+H)
250 label.selected_region = Selected Region
251 label.all_sequences_columns = All Sequences and Columns
252 label.hide_selected_annotations = Hide selected annotations
253 label.show_selected_annotations = Show selected annotations
254 label.group_consensus = Group Consensus
255 label.group_conservation = Group Conservation
256 label.show_consensus_histogram = Show Consensus Histogram
257 label.show_consensus_logo = Show Consensus Logo
258 label.norm_consensus_logo = Normalise Consensus Logo
259 label.apply_all_groups = Apply to all groups
260 label.autocalculated_annotation = Autocalculated Annotation
261 label.show_first = Show first
262 label.show_last = Show last
263 label.struct_from_pdb = Process secondary structure from PDB
264 label.use_rnaview = Use RNAView for secondary structure
265 label.autoadd_secstr = Add secondary structure annotation to alignment
266 label.autoadd_temp = Add Temperature Factor annotation to alignment
267 label.structure_viewer = Default structure viewer
268 label.double_click_to_browse = Double-click to browse for file
269 label.chimera_path = Path to Chimera program
270 label.chimera_path_tip = Jalview will first try any path entered here, else standard installation locations.<br>Double-click to browse for file.
271 label.invalid_chimera_path = Chimera path not found or not executable
272 label.chimera_missing = Chimera structure viewer not found.<br/>Please enter the path to Chimera (if installed),<br/>or download and install UCSF Chimera.
273 label.chimera_failed = Error opening Chimera - is it installed?\nCheck path in Preferences, Structure
274 label.min_colour = Minimum Colour
275 label.max_colour = Maximum Colour
276 label.no_colour = No Colour
277 label.use_original_colours = Use Original Colours
278 label.threshold_minmax = Threshold is min/max
279 label.represent_group_with = Represent Group with {0}
280 label.selection = Selection
281 label.group_colour = Group Colour
282 label.sequence = Sequence
283 label.view_pdb_structure = View PDB Structure
284 label.min_value = Min value
285 label.max_value = Max value
286 label.no_value = No value
287 label.new_feature = New Feature
288 label.match_case = Match Case
289 label.view_alignment_editor = View in alignment editor
290 label.labels = Labels
291 label.output_values = Output Values...
292 label.output_points = Output points...
293 label.output_transformed_points = Output transformed points
294 label.input_data = Input Data...
295 label.nucleotide_matrix = Nucleotide matrix
296 label.protein_matrix = Protein matrix
297 label.show_bootstrap_values = Show Bootstrap Values
298 label.show_distances = Show distances
299 label.mark_unassociated_leaves = Mark Unassociated Leaves
300 label.fit_to_window = Fit To Window
301 label.newick_format = Newick Format
302 label.select_newick_like_tree_file = Select a newick-like tree file
303 label.colours = Colours
304 label.view_mapping = View Mapping
305 label.wireframe = Wireframe
306 label.depthcue = Depthcue
307 label.z_buffering = Z Buffering
308 label.charge_cysteine = Charge & Cysteine
309 label.all_chains_visible = All Chains Visible
310 label.successfully_added_features_alignment = Successfully added features to alignment
311 label.keyboard_editing_mode = Keyboard editing mode is {0}
312 label.paste_features_annotations_Tcoffee_here = Paste your features / annotations / T-coffee score file here.
313 label.removed_columns = Removed {0} columns.
314 label.removed_empty_columns = Removed {0} empty columns.
315 label.paste_newick_tree_file = Paste your Newick tree file here.
316 label.order_by_params = Order by {0}
317 label.html_content = <html>{0}</html>
318 label.paste_pdb_file= Paste your PDB file here.
319 label.paste_pdb_file_for_sequence = Paste PDB file for sequence {0}
320 label.could_not_parse_newick_file  = Could not parse Newick file\!\n {0}
321 label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment= Successfully pasted T-Coffee scores to alignment.
322 label.failed_add_tcoffee_scores = Failed to add T-Coffee scores: 
323 label.successfully_pasted_annotation_to_alignment= Successfully pasted annotation to alignment.
324 label.couldnt_parse_pasted_text_as_valid_annotation_feature_GFF_tcoffee_file = Couldn't parse pasted text as a valid annotation, feature, GFF, or T-Coffee score file
325 label.successfully_pasted_alignment_file = Successfully pasted alignment file
326 label.paste_your_alignment_file = Paste your alignment file here
327 label.paste_your = Paste your
328 label.finished_searching = Finished searching
329 label.search_results= Search results {0} : {1}
330 label.found_match_for = Found match for {0}
331 label.font = Font:
332 label.size = Size:
333 label.style = Style:
334 label.calculating = Calculating....
335 label.modify_conservation_visibility = Modify conservation visibility
336 label.colour_residues_above_occurrence = Colour residues above % occurrence
337 label.set_this_label_text = set this label text
338 label.sequences_from = Sequences from {0}
339 label.successfully_loaded_file  = Successfully loaded file {0}
340 label.successfully_loaded_matrix  = Successfully loaded score matrix {0}
341 label.successfully_saved_to_file_in_format = Successfully saved to file: {0} in {1} format.
342 label.copied_sequences_to_clipboard = Copied {0} sequences to clipboard.
343 label.check_file_matches_sequence_ids_alignment = Check that the file matches sequence IDs in the alignment.
344 label.problem_reading_tcoffee_score_file = Problem reading T-COFFEE score file
345 label.source_to_target = {0} ... {1}
346 label.per_sequence_only= Per-sequence only
347 label.to_file = to File
348 label.to_textbox = to Textbox
349 label.jalview = Jalview
350 label.csv_spreadsheet = CSV (Spreadsheet)
351 label.status = Status
352 label.channels = Channels
353 label.channel_title_item_count = {0} ({1})
354 label.blog_item_published_on_date = {0} {1} 
355 label.session_update = Session Update
356 label.new_vamsas_session = New Vamsas Session
357 action.load_vamsas_session = Load Vamsas Session...
358 action.save_vamsas_session = Save Vamsas Session
359 label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session= Select a vamsas session to be opened as a new vamsas session.
360 label.open_saved_vamsas_session = Open a saved VAMSAS session
361 label.groovy_console = Groovy Console...
362 label.lineart = Lineart
363 label.dont_ask_me_again = Don't ask me again
364 label.select_eps_character_rendering_style = Select EPS character rendering style
365 label.invert_selection = Invert Selection
366 label.optimise_order = Optimise Order
367 label.seq_sort_by_score = Sequence sort by Score
368 label.load_colours = Load Colours
369 label.save_colours = Save Colours
370 label.load_colours_tooltip = Load feature colours and filters from file
371 label.save_colours_tooltip = Save feature colours and filters to file
372 label.selected_database_to_fetch_from = Selected {0} database {1} to fetch from {2} 
373 label.database_param = Database: {0}
374 label.example = Example
375 label.example_param = Example: {0}
376 label.select_file_format_before_saving = You must select a file format before saving!
377 label.file_format_not_specified = File format not specified
378 label.couldnt_save_file = Couldn't save file: {0}
379 label.error_saving_file = Error Saving File
380 label.remove_from_default_list = Remove from default list?
381 label.remove_user_defined_colour = Remove user defined colour
382 label.you_must_select_least_two_sequences = You must select at least 2 sequences.
383 label.invalid_selection = Invalid Selection
384 label.sequence_selection_insufficient = Sequence selection insufficient
385 label.you_need_at_least_n_sequences = You need to select at least {0} sequences
386 label.not_enough_sequences = Not enough sequences
387 label.selected_region_to_tree_may_only_contain_residues_or_gaps =  The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
388 label.sequences_selection_not_aligned = Sequences in selection are not aligned
389 label.problem_reading_tree_file =  Problem reading tree file
390 label.possible_problem_with_tree_file = Possible problem with tree file
391 label.select_at_least_three_bases_in_at_least_one_sequence_to_cDNA_translation = Please select at least three bases in at least one sequence in order to perform a cDNA translation.
392 label.translation_failed = Translation Failed
393 label.error_when_translating_sequences_submit_bug_report = Unfortunately, something went wrong when translating your sequences.\nPlease take a look in the Jalview java console\nand submit a bug report including the stacktrace.
394 label.implementation_error  = Implementation error:
395 label.automatically_associate_structure_files_with_sequences_same_name = Do you want to automatically associate the {0} structure file(s) with sequences in the alignment that have the same name?
396 label.automatically_associate_structure_files_by_name = Automatically Associate Structure files by name
397 label.ignore_unmatched_dropped_files_info = <html>Do you want to <em>ignore</em> the {0} files whose names did not match any sequence IDs ?</html>
398 label.ignore_unmatched_dropped_files = Ignore unmatched dropped files?
399 label.view_name_original = Original
400 label.enter_view_name = Enter View Name
401 label.enter_label = Enter label
402 label.enter_label_for_the_structure = Enter a label for the structure
403 label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved = The following pdb entries could not be retrieved from the PDB\:\n{0}\nPlease retry, or try downloading them manually.
404 label.couldnt_load_file = Couldn't load file
405 label.couldnt_find_pdb_id_in_file = Couldn't find a PDB id in the file supplied. Please enter an Id to identify this structure.
406 label.no_pdb_id_in_file = No PDB Id in File
407 label.couldnt_read_pasted_text = Couldn't read the pasted text {0}
408 label.error_parsing_text = Error parsing text
409 label.input_alignment_from_url = Input Alignment From URL
410 label.input_alignment = Input Alignment
411 label.couldnt_import_as_vamsas_session = Couldn't import {0} as a new vamsas session.
412 label.vamsas_document_import_failed = Vamsas Document Import Failed
413 label.couldnt_locate = Could not locate {0}
414 label.url_not_found = URL not found
415 label.new_sequence_url_link = New sequence URL link
416 label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view = Cannot edit annotations in wrapped view
417 label.wrapped_view_no_edit = Wrapped view - no edit
418 label.error_retrieving_data = Error Retrieving Data
419 label.user_colour_scheme_must_have_name = User colour scheme must have a name
420 label.no_name_colour_scheme = No name for colour scheme
421 label.invalid_url = Invalid URL !
422 label.error_loading_file = Error loading file
423 label.problems_opening_file = Encountered problems opening {0}!!
424 label.file_open_error = File open error
425 label.colour_scheme_exists_overwrite = Colour scheme {0} exists.\nContinue saving colour scheme as {1}?"
426 label.duplicate_scheme_name = Duplicate scheme name
427 label.jalview_new_questionnaire = There is a new Questionnaire available. Would you like to complete it now ?\n
428 label.jalview_user_survey = Jalview User Survey
429 label.alignment_properties = Alignment Properties: {0}
430 label.alignment_props = Alignment Properties
431 label.input_cut_paste = Cut & Paste Input
432 label.input_cut_paste_params = Cut & Paste Input - {0}
433 label.alignment_output_command = Alignment output - {0}
434 label.annotations = Annotations
435 label.structure_options = Structure Options
436 label.features = Features
437 label.overview_params = Overview {0}
438 label.paste_newick_file = Paste Newick file
439 label.load_tree_from_file = From File - 
440 label.colour_by_annotation = Colour by Annotation
441 label.selection_output_command = Selection output - {0}
442 label.annotation_for_displayid = <p><h2>Annotation for {0} </h2></p><p>
443 label.pdb_sequence_mapping = PDB - Sequence Mapping
444 label.pca_details = PCA details
445 label.redundancy_threshold_selection = Redundancy threshold selection
446 label.user_defined_colours = User defined colours
447 label.jalviewLite_release = JalviewLite - Release {0}
448 label.jaview_build_date = Build date: {0}
449 label.jalview_authors_1 = Authors: Jim Procter, Andrew Waterhouse, Mungo Carstairs, Tochukwu Ofoegbu, Lauren Lui, Jan Engelhardt,
450 label.jalview_authors_2 = Natasha Sherstnev, Daniel Barton, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, David Martin & Geoff Barton.
451 label.jalview_dev_managers = Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.
452 label.jalview_distribution_lists = For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list
453 label.jalview_please_cite = If  you use Jalview, please cite:
454 label.jalview_cite_1_authors = Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
455 label.jalview_cite_1_title = Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench
456 label.jalview_cite_1_ref = Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033
457 label.right_click = Right click
458 label.to_add_annotation = to add annotation
459 label.alignment_has_no_annotations = Alignment has no annotations
460 label.retrieving_pdb_data = Retrieving PDB data...
461 label.label = Label
462 label.no_features_added_to_this_alignment = No Features added to this alignment!!
463 label.features_can_be_added_from_searches_1 = (Features can be added from searches or
464 label.features_can_be_added_from_searches_2 = from Jalview / GFF features files)
465 label.calculating_pca= Calculating PCA
466 label.jalview_cannot_open_file = Jalview can't open file
467 label.jalview_applet = Jalview applet
468 label.loading_data = Loading data
469 label.memory_stats = Total Free Memory: {0} MB; Max Memory: {1} MB; {2} %
470 label.calculating_tree = Calculating tree
471 label.state_queueing = queuing
472 label.state_running = running
473 label.state_completed = finished
474 label.state_job_cancelled = job cancelled!!
475 label.state_job_error = job error!
476 label.server_error_try_later = Server Error! (try later)
477 label.error_loading_pdb_data = Error loading PDB data!!
478 label.fetching_pdb_data = Fetching PDB data...
479 label.structure_type = Structure type
480 label.settings_for_type = Settings for {0}
481 label.view_full_application = View in Full Application
482 label.load_associated_tree = Load Associated Tree...
483 label.load_features_annotations = Load Features/Annotations...
484 label.load_vcf = Load SNP variants from plain text or indexed VCF data
485 label.load_vcf_file = Load VCF File
486 label.searching_vcf = Loading VCF variants...
487 label.added_vcf = Added {0} VCF variants to {1} sequence(s)
488 label.export_features = Export Features...
489 label.export_annotations = Export Annotations...
490 label.to_upper_case = To Upper Case
491 label.to_lower_case = To Lower Case
492 label.toggle_case = Toggle Case
493 label.edit_name_description = Edit Name/Description...
494 label.create_sequence_feature = Create Sequence Feature...
495 label.edit_sequence = Edit Sequence
496 label.edit_sequences = Edit Sequences
497 label.insert_gap = Insert 1 gap
498 label.insert_gaps = Insert {0} gaps
499 label.delete_gap = Delete 1 gap
500 label.delete_gaps = Delete {0} gaps
501 label.sequence_details = Sequence Details
502 label.jmol_help = Jmol Help
503 label.chimera_help = Chimera Help
504 label.close_viewer = Close Viewer
505 label.confirm_close_chimera = This will close Jalview''s connection to {0}.<br>Do you want to close the Chimera window as well?
506 label.all = All
507 label.sort_by = Sort alignment by
508 label.sort_by_score = Sort by Score
509 label.sort_by_density = Sort by Density
510 label.sequence_sort_by_density = Sequence sort by Density
511 label.sort_ann_by = Sort annotations by
512 label.sort_annotations_by_sequence = Sort by sequence
513 label.sort_annotations_by_label = Sort by label
514 label.reveal = Reveal
515 label.hide_columns = Hide Columns
516 label.load_jalview_annotations = Load Jalview Annotations or Features File
517 label.load_tree_file = Load a tree file
518 label.retrieve_parse_sequence_database_records_alignment_or_selected_sequences = Retrieve and parse sequence database records for the alignment or the currently selected sequences
519 label.standard_databases = Standard Databases
520 label.fetch_embl_uniprot = Fetch from EMBL/EMBLCDS or Uniprot/PDB and any selected DAS sources
521 label.reset_min_max_colours_to_defaults = Reset min and max colours to defaults from user preferences.
522 label.align_structures_using_linked_alignment_views = Superpose structures using {0} selected alignment view(s)
523 label.connect_to_session = Connect to session {0}
524 label.threshold_feature_display_by_score = Threshold the feature display by score.
525 label.threshold_feature_no_threshold = No Threshold
526 label.threshold_feature_above_threshold = Above Threshold
527 label.threshold_feature_below_threshold = Below Threshold
528 label.adjust_threshold = Adjust threshold
529 label.toggle_absolute_relative_display_threshold = Toggle between absolute and relative display threshold.
530 label.select_colour_minimum_value = Select Colour for Minimum Value
531 label.select_colour_maximum_value = Select Colour for Maximum Value
532 label.open_url_param = Open URL {0}
533 label.open_url_seqs_param = Open URL ({0}..) ({1} seqs)
534 label.load_pdb_file_associate_with_sequence = Load a PDB file and associate it with sequence {0}
535 label.reveal_hidden_columns = Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button
536 label.dark_colour = Dark Colour
537 label.light_colour = Light Colour
538 label.highlightnode = Left click to select leaves.<br>Double-click to invert leaves.<br>Right click to change colour.
539 label.load_colour_scheme = Load colour scheme
540 label.copy_format_from = Copy format from
541 label.toggle_enabled_views = When enabled, allows many views to be selected.
542 label.select_all_views = Select all views
543 label.select_many_views = Select many views
544 label.edit_notes_parameter_set = Click to edit the notes for this parameter set.
545 label.open_local_file = Open local file
546 label.enable_automatically_sort_alignment_when_open_new_tree = Enable this to automatically sort<br>the alignment when you open<br> a new tree.
547 label.listen_for_selections = Listen for selections
548 label.selections_mirror_selections_made_same_sequences_other_views = When selected, selections in this view will mirror<br>selections made on the same sequences in other views.
549 label.toggle_sequence_visibility = Shift+H toggles sequence visiblity
550 label.toggle_columns_visibility = Ctrl+H toggles column visiblity.
551 label.toggles_visibility_hidden_selected_regions = H toggles visibility of hidden or selected regions
552 label.rename_tab_eXpand_reGroup=  Right-click to rename tab <br> Press X to eXpand tabs, G to reGroup.
553 label.right_align_sequence_id = Right Align Sequence Id
554 label.sequence_id_tooltip = Sequence ID Tooltip
555 label.no_services = <No Services>
556 label.select_copy_raw_html = Select this if you want to copy raw html
557 label.share_data_vamsas_applications = Share data with other vamsas applications
558 label.connect_to = Connect to
559 label.join_existing_vamsas_session = Join an existing vamsas session
560 label.from_url = from URL
561 label.any_trees_calculated_or_loaded_alignment_automatically_sort = When selected, any trees calculated or loaded onto the alignment will automatically sort the alignment
562 label.sort_with_new_tree = Sort With New Tree
563 label.from_textbox = from Textbox
564 label.window = Window
565 label.preferences = Preferences
566 label.tools = Tools
567 label.fetch_sequences = Fetch Sequences
568 action.fetch_sequences = Fetch Sequences...
569 label.stop_vamsas_session = Stop Vamsas Session
570 label.collect_garbage = Collect Garbage
571 label.show_memory_usage = Show Memory Usage
572 label.show_java_console = Show Java Console
573 label.show_jalview_news = Show Jalview News
574 label.take_snapshot = Take snapshot
575 label.monospaced_fonts_faster_to_render = Monospaced fonts are faster to render
576 label.anti_alias_fonts = Anti-alias Fonts (Slower to render)
577 label.monospaced_font= Monospaced
578 label.quality = Quality
579 label.maximize_window = Maximize Window
580 label.conservation = Conservation
581 label.consensus = Consensus
582 label.histogram = Histogram
583 label.logo = Logo
584 label.non_positional_features = List Non-positional Features
585 label.database_references = List Database References
586 #label.share_selection_across_views = Share selection across views
587 #label.scroll_highlighted_regions = Scroll to highlighted regions
588 label.gap_symbol = Gap Symbol
589 label.prot_alignment_colour = Protein Alignment Colour
590 label.nuc_alignment_colour = Nucleotide Alignment Colour
591 label.address = Address
592 label.port = Port
593 label.default_browser_unix = Default Browser (Unix)
594 label.send_usage_statistics = Send usage statistics
595 label.check_for_questionnaires = Check for questionnaires
596 label.check_for_latest_version = Check for latest version
597 label.url_linkfrom_sequence_id = URL link from Sequence ID
598 label.use_proxy_server = Use a proxy server
599 label.eps_rendering_style = EPS rendering style
600 label.append_start_end = Append /start-end (/15-380)
601 label.full_sequence_id = Full Sequence Id
602 label.smooth_font = Smooth Font
603 label.autocalculate_consensus = AutoCalculate Consensus
604 label.pad_gaps = Pad Gaps
605 label.pad_gaps_when_editing = Pad Gaps When Editing
606 label.automatically_set_id_width = Automatically set ID width
607 label.figure_id_column_width = Figure ID column width
608 label.use_modeller_output = Use Modeller Output
609 label.wrap_alignment = Wrap Alignment
610 label.right_align_ids = Right Align Ids
611 label.sequence_name_italics = Italic Sequence Ids
612 label.open_overview = Open Overview
613 label.default_colour_scheme_for_alignment = Default Colour Scheme for alignment
614 label.annotation_shading_default = Annotation Shading Default
615 label.default_minimum_colour_annotation_shading = Default Minimum Colour for annotation shading
616 label.default_maximum_colour_annotation_shading = Default Maximum Colour for annotation shading
617 label.visual = Visual
618 label.connections = Connections
619 label.output = Output
620 label.editing = Editing
621 label.web_services = Web Services
622 label.right_click_to_edit_currently_selected_parameter = Right click to edit currently selected parameter.
623 label.let_jmol_manage_structure_colours = Let Jmol manage structure colours
624 label.let_chimera_manage_structure_colours = Let Chimera manage structure colours
625 label.fetch_chimera_attributes = Fetch Chimera attributes
626 label.fetch_chimera_attributes_tip = Copy Chimera attribute to Jalview feature
627 label.marks_leaves_tree_not_associated_with_sequence = Marks leaves of tree not associated with a sequence
628 label.index_web_services_menu_by_host_site = Index web services in menu by the host site
629 label.option_want_informed_web_service_URL_cannot_be_accessed_jalview_when_starts_up = Check this option if you want to be informed<br>when a web service URL cannot be accessed by Jalview<br>when it starts up
630 label.new_service_url = New Service URL
631 label.edit_service_url = Edit Service URL
632 label.delete_service_url = Delete Service URL
633 label.details = Details
634 label.options = Options
635 label.parameters = Parameters
636 label.proxy_server = Proxy Server
637 label.file_output = File Output
638 label.select_input_type = Select input type
639 label.set_options_for_type = Set options for type
640 label.data_input_parameters = Data input parameters
641 label.data_returned_by_service = Data returned by service
642 label.rsbs_encoded_service = RSBS Encoded Service
643 label.parsing_errors = Parsing errors
644 label.simple_bioinformatics_rest_services = Simple Bioinformatics Rest Services
645 label.web_service_discovery_urls = Web Service Discovery URLS
646 label.input_parameter_name = Input Parameter name
647 label.short_descriptive_name_for_service = Short descriptive name for service
648 label.function_service_performs = What kind of function the service performs (e.g. alignment, analysis, search, etc).
649 label.brief_description_service = Brief description of service
650 label.url_post_data_service = URL to post data to service. Include any special parameters needed here
651 label.optional_suffix = Optional suffix added to URL when retrieving results from service
652 label.preferred_gap_character = Which gap character does this service prefer?
653 label.gap_character = Gap character
654 label.move_return_type_up_order= Move return type up order
655 label.move_return_type_down_order= Move return type down order
656 label.update_user_parameter_set = Update this existing user parameter set
657 label.delete_user_parameter_set = Delete the currently selected user parameter set
658 label.create_user_parameter_set = Create a new parameter set with the current settings.
659 label.revert_changes_user_parameter_set = Undo all changes to the current parameter set
660 label.start_job_current_settings = Start Job with current settings
661 label.cancel_job_close_dialog = Close this dialog and cancel job
662 label.input_output = Input/Output
663 label.cut_paste = Cut'n'Paste
664 label.adjusting_parameters_for_calculation = Adjusting parameters for existing Calculation
665 label.2d_rna_structure_line = 2D RNA {0} (alignment)
666 label.2d_rna_sequence_name = 2D RNA - {0}
667 label.edit_name_and_description_current_group = Edit name and description of current group
668 label.from_file = From File
669 label.enter_pdb_id = Enter PDB Id
670 label.enter_pdb_id_tip = Enter PDB Id (or pdbid:chaincode)
671 label.text_colour = Text Colour...
672 label.structure = Structure
673 label.show_pdbstruct_dialog = 3D Structure Data...
674 label.view_rna_structure = VARNA 2D Structure
675 label.create_sequence_details_report_annotation_for = Annotation for {0}
676 label.sequence_details_for = Sequence Details for {0}
677 label.sequence_name = Sequence Name
678 label.sequence_description = Sequence Description
679 label.edit_sequence_name_description = Edit Sequence Name/Description
680 label.spaces_converted_to_backslashes = Spaces have been converted to _
681 label.no_spaces_allowed_sequence_name = No spaces allowed in Sequence Name
682 label.select_outline_colour = Select Outline Colour
683 label.web_browser_not_found_unix = Unixers\: Couldn't find default web browser.\nAdd the full path to your browser in Preferences."
684 label.web_browser_not_found = Web browser not found
685 label.select_pdb_file_for = Select a PDB file for {0}
686 label.html = HTML
687 label.wrap = Wrap
688 label.show_database_refs = Show Database Refs
689 label.show_non_positional_features = Show Non-Positional Features
690 label.save_png_image = Save As PNG Image
691 label.load_tree_for_sequence_set = Load a tree for this sequence set
692 label.export_image = Export Image
693 label.vamsas_store = VAMSAS store
694 label.translate_cDNA = Translate as cDNA
695 label.reverse = Reverse
696 label.reverse_complement = Reverse Complement
697 label.linked_view_title = Linked CDS and protein view
698 label.extract_scores = Extract Scores
699 label.get_cross_refs = Get Cross-References
700 label.sort_alignment_new_tree = Sort Alignment With New Tree
701 label.add_sequences = Add Sequences
702 label.new_window = New Window
703 label.split_window = Split Window
704 label.set_as_default = Set as Default
705 label.show_labels = Show labels
706 action.background_colour = Background Colour...
707 label.associate_nodes_with = Associate Nodes With
708 label.link_name = Link Name
709 label.pdb_file = PDB file
710 label.colour_with_jmol = Colour with Jmol
711 label.colour_with_chimera = Colour with Chimera
712 label.superpose_structures = Superpose Structures
713 error.superposition_failed = Superposition failed: {0}
714 label.insufficient_residues = Not enough aligned residues ({0}) to perform superposition
715 label.jmol = Jmol
716 label.chimera = Chimera
717 label.create_chimera_attributes = Write Jalview features
718 label.create_chimera_attributes_tip = Set Chimera residue attributes for visible features
719 label.attributes_set = {0} attribute values set on Chimera
720 label.sort_alignment_by_tree = Sort Alignment By Tree
721 label.mark_unlinked_leaves = Mark Unlinked Leaves
722 label.associate_leaves_with = Associate Leaves With
723 label.save_colour_scheme_with_unique_name_added_to_colour_menu = Save your colour scheme with a unique name and it will be added to the Colour menu
724 label.case_sensitive = Case Sensitive
725 label.lower_case_colour = Colour All Lower Case
726 label.lower_case_tip = Chosen colour applies to all lower case symbols
727 label.index_by_host = Index by Host
728 label.index_by_type = Index by Type
729 label.enable_jabaws_services = Enable JABAWS Services
730 label.display_warnings = Display Warnings
731 label.move_url_up = Move URL Up
732 label.move_url_down = Move URL Down
733 label.add_sbrs_definition = Add a SBRS Definition
734 label.edit_sbrs_definition = Edit SBRS Definition
735 label.delete_sbrs_definition = Delete SBRS Definition
736 label.your_sequences_have_been_verified = Your sequences have been verified against known sequence databases.\n(Use Calculate | Show flanking regions to show enclosing sequence.)\nTo preserve data changes, save your alignment.\n\n
737 label.sequences_updated = Sequences updated
738 label.dbref_search_completed = DBRef search completed
739 label.fetch_all_param = Fetch all {0}
740 label.paste_new_window = Paste To New Window
741 label.settings_for_param = Settings for {0}
742 label.view_params = View {0}
743 label.aacon_calculations = AACon Calculations
744 label.aacon_settings = Change AACon Settings...
745 tooltip.aacon_calculations = When checked, AACon calculations are updated automatically.
746 tooltip.aacon_settings = Modify settings for AACon calculations.
747 label.rnalifold_calculations = RNAAliFold Prediction
748 label.rnalifold_settings = Change RNAAliFold settings...
749 tooltip.rnalifold_calculations = When checked, RNA secondary structure predictions will be calculated for the alignment, and updated when edits are made.
750 tooltip.rnalifold_settings = Modify settings for the RNAAliFold prediction. Use this to hide or show different results of the RNA calculation, and change RNA folding parameters.
751 label.all_views = All Views
752 label.align_sequences_to_existing_alignment = Align sequences to an existing alignment
753 label.realign_with_params = Realign with {0}
754 label.calcname_with_default_settings = {0} with Defaults
755 label.action_with_default_settings = {0} with default settings
756 label.edit_settings_and_run = Edit settings and run...
757 label.view_and_change_parameters_before_alignment = View and change the parameters before alignment
758 label.run_with_preset_params = Run {0} with preset
759 label.view_and_change_parameters_before_running_calculation = View and change parameters before running calculation
760 label.view_documentation = View documentation
761 label.select_return_type = Select return type
762 label.translation_of_params = Translation of {0} (Table {1})
763 label.features_for_params = Features for - {0}
764 label.annotations_for_params = Annotations for - {0}
765 label.generating_features_for_params = Generating features for - {0}
766 label.generating_annotations_for_params = Generating annotations for - {0}
767 label.varna_params = VARNA - {0}
768 label.sequence_feature_settings = Sequence Feature Settings
769 label.sequence_feature_settings_for = Sequence Feature Settings for {0}
770 label.sequence_feature_settings_for_view = Sequence Feature Settings for view "{0}"
771 label.pairwise_aligned_sequences = Pairwise Aligned Sequences
772 label.original_data_for_params = Original Data for {0}
773 label.points_for_params = Points for {0}
774 label.transformed_points_for_params = Transformed points for {0}
775 label.variable_color_for = Variable Feature Colour for {0}
776 label.select_background_colour = Select Background Colour
777 label.invalid_font = Invalid Font
778 label.separate_multiple_accession_ids = Enter one or more accession IDs separated by a semi-colon ";"
779 label.separate_multiple_query_values = Enter one or more {0}s separated by a semi-colon ";"
780 label.search_all = Enter one or more search values separated by a semi-colon ";" (Note: This searches the entire database)
781 label.replace_commas_semicolons = Replace commas with semi-colons
782 label.parsing_failed_syntax_errors_shown_below_param = Parsing failed. Syntax errors shown below {0}
783 label.parsing_failed_unrecoverable_exception_thrown_param = \nParsing failed. An unrecoverable exception was thrown\:\n {0}
784 label.example_query_param = Example query: {0}
785 label.enter_value_increase_conservation_visibility = Enter value to increase conservation visibility
786 label.enter_percentage_identity_above_which_colour_residues = Enter % identity above which to colour residues
787 label.wswublast_client_credits = To display sequence features an exact Uniprot id with 100% sequence identity match must be entered.\nIn order to display these features, try changing the names of your sequences to the ids suggested below.\n\nRunning WSWUBlast at EBI.\nPlease quote Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R.\nSOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.\nNucleic Acids Res. 33(1)\:W25-W28 (2005));
788 label.blasting_for_unidentified_sequence = BLASTing for unidentified sequences
789 label.select_columns_containing = Select columns containing
790 label.select_columns_not_containing = Select columns that do not contain
791 label.hide_columns_containing = Hide columns containing
792 label.hide_columns_not_containing = Hide columns that do not contain
793 option.trim_retrieved_seqs = Trim retrieved sequences
794 label.trim_retrieved_sequences = When the reference sequence is longer than the sequence that you are working with, only keep the relevant subsequences.
795 label.use_sequence_id_1 = Use $DB_ACCESSION$ or $DB_ACCESSION=/<regex>/=$
796 label.use_sequence_id_2 = to embed accession id in URL
797 label.use_sequence_id_3 = Use $SEQUENCE_ID$ similarly to embed sequence id
798 label.use_sequence_id_4 = 
799 label.ws_parameters_for = Parameters for {0}
800 label.switch_server = Switch server
801 label.choose_jabaws_server = Choose a server for running this service
802 label.services_at = Services at {0}
803 label.rest_client_submit = {0} using {1}
804 label.fetch_retrieve_from =Retrieve from {0}</html>
805 label.fetch_retrieve_from_all_sources = Retrieve from all {0} sources in {1}<br>First is :{2}<html> 
806 label.feature_settings_click_drag = Drag up or down to change render order.<br/>Double click to select columns containing feature.
807 label.transparency_tip = Adjust transparency to 'see through' feature colours.
808 label.opt_and_params_further_details = see further details by right-clicking
809 label.opt_and_params_show_brief_desc_image_link = <html>Click to show brief description<br><img src="{0}"/> Right click for further information.</html> 
810 label.opt_and_params_show_brief_desc = <html>Click to show brief description<br></html>
811 label.adjusts_width_generated_eps_png = <html>Adjusts the width of the generated EPS or PNG file to ensure even the longest sequence ID or annotation label is displayed</html>
812 label.manually_specify_width_left_column = <html>Manually specify the width of the left hand column where sequence IDs and annotation labels will be rendered in exported alignment figures. This setting will be ignored if 'Automatically set ID width' is set</html>
813 label.job_created_when_checked = <html>When checked, a job is created for every sequence in the current selection.</html>
814 label.when_checked_job_visible_region_and_results = <html>When checked, a single job is created for the visible region and results mapped back onto their location in the alignment. Otherwise, a job would be created for every contiguous region visible in the alignment or current selection (e.g. a multiple alignment).</html>
815 label.flat_file_representation = <html>Flat file representation of this rest service using the Really Simple Bioinformatics Service formalism</html>
816 label.result_of_parsing_rsbs = <html>Results of parsing the RSBS representation</html>
817 label.user_preset = User Preset
818 label.service_preset = Service Preset
819 label.run_with_preset = Run {0} with preset
820 label.view_service_doc_url = <html>View <a href="{0}">{1}</a></html>
821 action.by_title_param = By {0}
822 label.source_from_db_source = Sources from {0}
823 label.from_msname = from {0}
824 label.superpose_with = Superpose with
825 label.scale_label_to_column = Scale Label to Column
826 label.add_new_row = Add New Row
827 label.edit_label_description = Edit Label/Description
828 label.hide_row = Hide This Row
829 label.delete_row = Delete This Row
830 label.show_all_hidden_rows = Show All Hidden Rows
831 label.export_annotation = Export Annotation
832 label.copy_consensus_sequence = Copy Consensus Sequence
833 label.helix = Helix
834 label.sheet = Sheet
835 label.rna_helix = RNA Helix
836 label.remove_annotation = Remove Annotation
837 label.colour_by = Colour by...
838 label.muscle_multiple_protein_sequence_alignment = Muscle Multiple Protein Sequence Alignment
839 label.mafft_multiple_sequence_alignment = MAFFT Multiple Sequence Alignment
840 label.clustalw_multiple_sequence_alignment = ClustalW Multiple Sequence Alignment
841 label.jnet_secondary_structure_prediction = JPred Secondary Structure Prediction
842 label.multiharmony = Multi-Harmony
843 label.unable_start_web_service_analysis = Unable to start web service analysis
844 label.job_couldnt_be_started_check_input = The Job couldn't be started. Please check your input, and the Jalview console for any warning messages.
845 label.prompt_each_time = Prompt each time
846 label.couldnt_save_project = Couldn't save project
847 label.error_whilst_saving_current_state_to = Error whilst saving current state to {0}
848 label.error_whilst_loading_project_from = Error whilst loading project from {0}
849 label.couldnt_load_project = Couldn't load project
850 label.invalid_name_preset_exists = Invalid name - preset already exists.
851 label.invalid_name = Invalid name
852 label.set_proxy_settings = Please set up your proxy settings in the 'Connections' tab of the Preferences window
853 label.proxy_authorization_failed = Proxy Authorization Failed
854 label.internal_jalview_error = Internal Jalview Error
855 label.secondary_structure_prediction_service_couldnt_be_located = The Secondary Structure Prediction Service named {0} at {1} couldn't be located.
856 label.service_called_is_not_msa_service = The Service called \n{0}\nis not a \nMultiple Sequence Alignment Service\!
857 label.msa_service_is_unknown = The Multiple Sequence Alignment Service named {0} is unknown
858 label.service_called_is_not_seq_search_service = The Service called \n{0}\nis not a \nSequence Search Service\!
859 label.seq_search_service_is_unknown = The Sequence Search Service named {0} is unknown
860 label.feature_type = Feature Type
861 label.show = Show
862 label.service_url = Service URL
863 label.copied_sequences = Copied sequences
864 label.cut_sequences = Cut Sequences
865 label.conservation_colour_increment = Conservation Colour Increment ({0})
866 label.percentage_identity_threshold = Percentage Identity Threshold ({0})
867 label.error_unsupported_owwner_user_colour_scheme = Unsupported owner for User Colour scheme dialog
868 label.save_alignment_to_file = Save Alignment to file
869 label.save_features_to_file = Save Features to File
870 label.save_annotation_to_file = Save Annotation to File
871 label.save_pdb_file = Save PDB File
872 label.save_text_to_file = Save Text to File
873 label.save_state = Save State
874 label.restore_state = Restore State
875 label.saving_jalview_project = Saving jalview project {0}
876 label.loading_jalview_project = Loading jalview project {0}
877 label.save_vamsas_document_archive = Save Vamsas Document Archive
878 label.saving_vamsas_doc = Saving VAMSAS Document to {0}
879 label.load_feature_colours = Load Feature Colours
880 label.save_feature_colours = Save Feature Colour Scheme
881 label.select_startup_file = Select startup file
882 label.select_default_browser = Select default web browser
883 label.save_tree_as_newick = Save tree as newick file
884 label.create_eps_from_tree = Create EPS file from tree
885 label.create_png_from_tree = Create PNG image from tree
886 label.save_colour_scheme = Save colour scheme
887 label.edit_params_for = Edit parameters for {0}
888 label.choose_filename_for_param_file = Choose a filename for this parameter file
889 label.save_as_html = Save as HTML
890 label.recently_opened = Recently Opened
891 label.blasting_for_unidentified_sequence_jobs_running = BLASTing for unidentified sequences - {0}  jobs running.
892 label.tree = Tree
893 label.tree_from = Tree from {0}
894 label.webservice_job_title = {0} using {1}
895 label.select_visible_region_of = selected {0} region of {1}
896 label.visible = Visible
897 label.select_unselect_visible_regions_from = select and unselected {0} regions from {1}
898 label.visible_region_of = visible region of
899 label.webservice_job_title_on = {0} using {1} on {2}
900 label.updating_vamsas_session = Updating vamsas session
901 label.loading_file = Loading File: {0}
902 label.edit_params = Edit {0}
903 label.as_percentage = As Percentage
904 error.not_implemented = Not implemented
905 error.no_such_method_as_clone1_for = No such method as clone1 for {0}
906 error.null_from_clone1 = Null from clone1!
907 error.not_yet_implemented = Not yet implemented
908 error.unknown_type_dna_or_pep = Unknown Type {0} - dna or pep are the only allowed values.
909 error.implementation_error_dont_know_threshold_annotationcolourgradient = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
910 error.invalid_separator_parameter = Invalid separator parameter - must be non-zero length
911 error.alignment_cigararray_not_implemented = Alignment(CigarArray) not yet implemented
912 error.empty_view_cannot_be_updated = empty view cannot be updated.
913 error.mismatch_between_number_of_sequences_in_block = Mismatch between number of sequences in block {0} ({1}) and the original view ({2})
914 error.padding_not_yet_implemented = Padding not yet implemented
915 error.mismatch_between_visible_blocks_to_update_and_number_of_contigs_in_view = Mismatch between visible blocks to update and number of contigs in view (contigs=0,blocks={0})
916 error.unknown_seq_cigar_operation = Unknown SeqCigar operation {0}
917 error.implementation_bug_parse_cigar_string = Implementation bug in parseCigarString
918 error.implementation_error_invalid_operation_string = Implementation error. Invalid operation string.
919 error.invalid_range_string = Invalid range string (must be zero or positive number)
920 error.implementation_error_delete_range_out_of_bounds = Implementation Error: deleteRange out of bounds: start must be non-negative and less than end.
921 error.implementation_error = Implementation error
922 error.implementation_error_unknown_operation = Implementation Error! Unknown operation {0}
923 error.implementation_error_unexpected_null_from_get_sequence_and_deletions = Implementation Error - unexpected null from getSequenceAndDeletions
924 error.implementation_error_set_seq_null = Implementation Error - _setSeq(null,...)
925 error.implementation_error_s = Implementation Error: _s= {0}
926 error.implementation_error_seqcigar_possible = SeqCigar: Possible implementation error: sequence is longer than dataset sequence
927 error.implmentation_bug_seq_null = Implementation Bug. Null seq
928 error.implementation_bug_cigar_operation_list_range_list = Implementation Bug. Cigar Operation list!= range list
929 error.not_yet_implemented_cigar_object_from_cigar_string = NOT YET Implemented: Constructing a Cigar object from a cigar string and a gapped sequence.
930 error.implementation_bug_cigar_operation = Implementation Bug. Cigar Operation {0} {1} not one of {2}, {3}, or {4}.
931 error.implementation_error_for_new_cigar = Implementation error for new Cigar(SequenceI)
932 error.implementation_error_cigar_seq_no_operations = Implementation error: {0}th sequence Cigar has no operations.
933 error.implementation_error_no_pdbentry_from_index = Implementation error - no corresponding pdbentry (for index {0}) to add sequences mappings to
934 error.jmol_version_not_compatible_with_jalview_version = Jmol version {0} is not compatible with this version of Jalview. Report this problem at issues.jalview.org
935 error.not_implemented_remove = Remove: Not implemented
936 error.not_implemented_clone = Clone: Not implemented
937 error.call_setprogressbar_before_registering_handler = call setProgressBar before registering the progress bar's handler.
938 label.cancelled_params = Cancelled {0}
939 error.implementation_error_cannot_show_view_alignment_frame = Implementation error: cannot show a view from another alignment in an AlignFrame.
940 error.implementation_error_dont_know_about_threshold_setting = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
941 error.eps_generation_not_implemented = EPS Generation not yet implemented
942 error.png_generation_not_implemented = PNG Generation not yet implemented
943 error.try_join_vamsas_session_another = Trying to join a vamsas session when another is already connected
944 error.invalid_vamsas_session_id = Invalid vamsas session id
945 label.groovy_support_failed = Jalview Groovy Support Failed
946 label.couldnt_create_groovy_shell = Couldn't create the groovy Shell. Check the error log for the details of what went wrong.
947 error.unsupported_version_calcIdparam = Unsupported Version for calcIdparam {0}
948 error.implementation_error_cant_reorder_tree = Implementation Error: Can't reorder this tree. Not DefaultMutableTreeNode.
949 error.invalid_value_for_option = Invalid value {0} for option {1}
950 error.implementation_error_cannot_import_vamsas_doc = Implementation Error - cannot import existing vamsas document into an existing session, Yet!
951 label.vamsas_doc_couldnt_be_opened_as_new_session = VAMSAS Document could not be opened as a new session - please choose another
952 error.implementation_error_vamsas_operation_not_init = Impementation error! Vamsas Operations when client not initialised and connected
953 error.jalview_no_connected_vamsas_session = Jalview not connected to Vamsas session
954 error.implementation_error_cannot_recover_vamsas_object_mappings = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot recover vamsas object mappings - no backup was made
955 error.setstatus_called_non_existent_job_pane = setStatus called for non-existent job pane {0}
956 error.implementation_error_cannot_find_marshaller_for_param_set =Implementation error: Can't find a marshaller for the parameter set
957 error.implementation_error_old_jalview_object_not_bound =IMPLEMENTATION ERROR: old jalview object is not bound ! ({0})
958 error.implementation_error_vamsas_doc_class_should_bind_to_type = Implementation Error: Vamsas Document Class {0} should bind to a {1} (found a {2})
959 error.invalid_vamsas_rangetype_cannot_resolve_lists = Invalid vamsas RangeType - cannot resolve both lists of Pos and Seg from choice!
960 error.implementation_error_maplist_is_null = Implementation error. MapList is null for initMapType.
961 error.implementation_error_cannot_have_null_alignment = Implementation error: Cannot have null alignment property key
962 error.implementation_error_null_fileparse = Implementation error. Null FileParse in copy constructor
963 error.implementation_error_cannot_map_alignment_sequences = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot map an alignment of sequences from different datasets into a single alignment in the vamsas document.
964 error.implementation_error_structure_selection_manager_null = Implementation error. Structure selection manager's context is 'null'
965 exception.ssm_context_is_null = SSM context is null
966 error.idstring_seqstrings_only_one_per_sequence = idstrings and seqstrings contain one string each per sequence
967 error.cannot_have_mixed_length_replacement_vectors = Cannot have mixed length replacement vectors. Replacement vector for {0} is {1} strings long, and have already seen a {2} length vector.
968 error.cannot_have_zero_length_vector_replacement_strings = Cannot have zero length vector of replacement strings - either 1 value or n values.
969 error.implementation_error_multiple_single_sequence_prediction_jobs_not_supported = Implementation Error! Multiple single sequence prediction jobs are not yet supported
970 error.implementation_error_invalid_msa_index_for_job =Implementation Error! Invalid msaIndex for JPredJob on parent MSA input object!
971 error.implementation_error_startjob_called = Implementation error - StartJob(JpredJob) called on {0}
972 error.multiple_jnet_subjob_merge_not_implemented = Multiple JPred subjob merging not yet implemented
973 label.job_never_ran = Job never ran - input returned to user.
974 error.implementation_error_minlen_must_be_greater_zero = Implementation error: minlen must be zero or more
975 error.implementation_error_msawbjob_called = Implementation error - StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance {0}
976 error.implementation_error_cannot_attach_ws_menu_entry = IMPLEMENTATION ERROR: cannot attach WS Menu Entry without service handle reference!
977 error.parameter_migration_not_implemented_yet = Parameter migration not implemented yet
978 error.implementation_error_cannot_set_jaba_option = Implementation error: cannot set Jaba Option to a value outside its allowed value range!
979 error.implementation_error_valuetype_doesnt_support_jabaws_type = IMPLEMENTATION ERROR: jalview.ws.params.ValueConstrainI.ValueType does not support the JABAWS type : {0}
980 error.cannot_create_jabaws_param_set = Cannot create a JabaWSParamSet from non-JabaWS parameters
981 error.cannot_set_arguments_to_jabaws_param_set = Cannot set arguments to a JabaWSParamSet that are not JabaWS arguments
982 error.implementation_error_runner_config_not_available = Implementation Error: Runner Config not available for a JABAWS service of type {0} ({1})
983 error.implementation_error_cannot_handle_jaba_param = Implementation Error: Cannot handle Jaba parameter object {0}
984 error.implementation_error_attempt_to_delete_service_preset = Implementation error: Attempt to delete a service preset!
985 error.implementation_error_cannot_locate_oldname_presetname = Implementation error: Can't locate either oldname ({0}) or presetName ({1}in the datastore!"
986 error.implementation_error_jabaws_param_set_only_handled_by = Implementation error: JabaWsParamSets can only be handled by JabaParamStore
987 error.cannot_set_source_file_for = Cannot set source file for {0}
988 error.mismatch_service_instance_preset = Probable mismatch between service instance and preset!
989 error.cannot_set_params_for_ws_preset = Cannot set Parameters for a Jaba Web service's preset
990 error.implementation_error_can_only_instantiate_jaba_param_sets = Implementation error: Can only instantiate Jaba parameter sets
991 error.no_aacon_service_found = No AACon service found
992 error.implementation_error_couldnt_copy_value_constraint = Implementation error: could not copy ValueConstrain!
993 error.couldnt_encode_as_utf8 = Couldn't encode {0} as UTF-8.
994 error.tree_inputtype_not_yet_implemented = Tree InputType not yet implemented
995 error.implementation_error_need_to_have_httpresponse = Implementation Error: need to have an HttpResponse to process
996 error.dbrefsource_implementation_exception =DBRefSource Implementation Exception
997 error.implementation_error_dbinstance_must_implement_interface = Implmentation Error - getDbInstances must be given a class that implements jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy (was given{0})
998 error.implementation_error_must_init_dbsources =Implementation error. Must initialise dbSources
999 label.view_controller_toggled_marked = {0} {1} columns {2} features of type {3}  across {4} sequence(s)
1000 label.toggled = Toggled
1001 label.marked = Marked
1002 label.containing = containing
1003 label.not_containing = not containing
1004 label.no_feature_of_type_found = No features of type {0} found
1005 label.no_feature_found_selection = No features of type {0} found in selection
1006 label.submission_params = Submission {0}
1007 label.empty_alignment_job = Empty Alignment Job
1008 label.add_new_sbrs_service = Add a new Simple Bioinformatics Rest Service
1009 label.edit_sbrs_entry = Edit Simple Bioinformatics Rest Service entry
1010 label.pca_recalculating = Recalculating PCA
1011 label.pca_calculating = Calculating PCA
1012 label.select_foreground_colour = Choose foreground colour
1013 label.select_colour_for_text = Select Colour for Text
1014 label.adjunst_foreground_text_colour_threshold = Adjust Foreground Text Colour Threshold
1015 label.select_subtree_colour = Select Sub-Tree Colour
1016 label.create_new_sequence_features = Create New Sequence Feature(s)
1017 label.amend_delete_features = Amend/Delete Features for {0}
1018 exception.out_of_bounds_for_file = Out of bounds for file: i={0}, Final Buffer: i0={1} iend={2}
1019 exception.null_string_given_to_regex_search = Null String Given to Regex.search
1020 exception.null_string_like_given_to_regex_search = Null StringLike Given to Regex.search
1021 exception.null_string_given_to_regex_reverse_search = Null String Given to Regex.reverseSearch
1022 exception.null_string_like_given_to_regex_reverse_search = Null StringLike Given to Regex.reverseSearch
1023 exception.null_string_like_given_to_regex_search_from = Null String Given to Regex.searchFrom
1024 exception.null_string_like_given_to_regex_search_region = Null String Given to Regex.searchRegion
1025 exception.replace_null_regex_pointer = Replacer has null Regex pointer
1026 exception.bad_pattern_to_regex_perl_code = bad pattern to Regex.perlCode: {0}
1027 exception.no_stub_implementation_for_interface = There is no stub implementation for the interface: {0}
1028 exception.cannot_set_endpoint_address_unknown_port = Cannot set Endpoint Address for Unknown Port {0}
1029 exception.mismatched_unseen_closing_char = Mismatched (unseen) closing character {0}
1030 exception.mismatched_closing_char = Mismatched closing character {0}
1031 exception.mismatched_opening_char = Mismatched opening character {0} at {1}
1032 exception.invalid_datasource_couldnt_obtain_reader = Invalid datasource. Could not obtain Reader
1033 exception.unterminated_cigar_string = Unterminated cigar string
1034 exception.unexpected_operation_cigar_string_pos = Unexpected operation {0} in cigar string (position {1} in {2}
1035 exception.couldnt_parse_responde_from_annotated3d_server = Couldn't parse response from Annotate3d server
1036 exception.application_test_npe = Application test: throwing an NullPointerException It should arrive at the console
1037 exception.overwriting_vamsas_id_binding = Overwriting vamsas id binding
1038 exception.overwriting_jalview_id_binding = Overwriting jalview id binding
1039 exception.failed_to_resolve_gzip_stream = Failed to resolve GZIP stream
1040 exception.problem_opening_file_also_tried = Problem opening {0} (also tried {1}) : {2}
1041 exception.problem_opening_file = Problem opening {0} : {1}
1042 exception.failed_to_read_data_from_source = Failed to read data from source: {0}
1043 exception.no_init_source_stream = Unitialised Source Stream
1044 exception.invalid_source_stream = Invalid Source Stream: {0}
1045 error.implementation_error_reset_called_for_invalid_source = Implementation Error: Reset called for invalid source.
1046 exception.number_of_residues_in_query_sequence_differ_from_prediction = Number of residues in {0} supposed query sequence ({1}\n{2})\ndiffer from number of prediction sites in prediction ({3})
1047 label.mapped = mapped
1048 exception.jpredconcide_entry_has_unexpected_number_of_columns = JPredConcise: Entry ({0}) has an unexpected number of columns
1049 exception.couldnt_parse_concise_annotation_for_prediction = Couldn't parse concise annotation for prediction profile.\n{0}
1050 exception.newfile = NewickFile\: {0}\n
1051 label.no_tree_read_in = No Tree read in
1052 exception.rnaml_couldnt_access_datasource = Couldn't access datasource ({0})
1053 exception.ranml_couldnt_process_data = Couldn't process data as RNAML file ({0})
1054 exception.ranml_invalid_file = Invalid RNAML file ({0})
1055 exception.ranml_problem_parsing_data = Problem parsing data as RNAML ({0})
1056 exception.pfam_no_sequences_found = No sequences found (PFAM input)
1057 exception.stockholm_invalid_format = This file is not in valid STOCKHOLM format: First line does not contain '# STOCKHOLM'
1058 exception.couldnt_parse_sequence_line = Could not parse sequence line: {0}
1059 exception.unknown_annotation_detected = Unknown annotation detected: {0} {1}
1060 exception.couldnt_store_sequence_mappings = Couldn't store sequence mappings for {0}
1061 exception.matrix_too_many_iteration = Too many iterations in {0} (max is {1})
1062 exception.browser_not_found = Exception in finding browser: {0}
1063 exception.browser_unable_to_locate = Unable to locate browser: {0}
1064 exception.invocation_target_exception_creating_aedesc = InvocationTargetException while creating AEDesc: {0}
1065 exception.illegal_access_building_apple_evt= IllegalAccessException while building AppleEvent: {0}
1066 exception.unable_to_launch_url = Unable to launch URL: {0}
1067 exception.unable_to_create_internet_config = Unable to create an Internet Config instance: {0}
1068 exception.invocation_target_calling_url = InvocationTargetException while calling openURL: {0}
1069 exception.illegal_access_calling_url = IllegalAccessException while calling openURL: {0}
1070 exception.interrupted_launching_browser = InterruptedException while launching browser: {0}
1071 exception.ebiembl_retrieval_failed_on = EBI EMBL XML retrieval failed on {0}:{1}
1072 exception.no_pdb_records_for_chain = No PDB Records for {0} chain {1}
1073 exception.unexpected_handling_rnaml_translation_for_pdb = Unexpected exception when handling RNAML translation of PDB data
1074 exception.couldnt_recover_sequence_properties_for_alignment = Couldn't recover sequence properties for alignment
1075 exception.unknown_format_for_file = Unknown format {0} for file \: \n{1}
1076 label.remove_gaps = Remove Gaps
1077 exception.couldnt_recover_sequence_props_for_jnet_query = Couldn't recover sequence properties for JPred Query sequence!
1078 exception.server_timeout_try_later = Server timed out - try again later\n
1079 exception.web_service_returned_null_try_later= Server at {0} returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later.
1080 exception.cannot_contact_service_endpoint_at = Cannot contact service endpoint at {0}
1081 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set = Implementation error: Cannot find service url in the given url set!
1082 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set_param_store = Implementation error: Cannot find service url in the given url set for this service parameter store ({0}}
1083 exception.jobsubmission_invalid_params_set = Invalid parameter set. Check Jalview implementation
1084 exception.notvaliddata_group_contains_less_than_min_seqs = Group contains less than {0} sequences.
1085 exception.outofmemory_loading_pdb_file = Out of memory loading PDB File
1086 exception.eps_coudnt_write_output_file = Could not write to the output file: {0}
1087 exception.eps_method_not_supported = Method not currently supported by EpsGraphics2D version {0}
1088 exception.eps_unable_to_get_inverse_matrix = Unable to get inverse of matrix: {0}
1089 warn.job_cannot_be_cancelled_close_window = This job cannot be cancelled.\nJust close the window.
1090 warn.service_not_supported = Service not supported!
1091 warn.input_is_too_big = Input is too big!
1092 warn.invalid_job_param_set = Invalid job parameter set!
1093 warn.oneseq_msainput_selection = The current selection only contains a single sequence. Do you want to submit all sequences for alignment instead ?   
1094 info.job_couldnt_be_run_server_doesnt_support_program = Job could not be run because the server doesn't support this program.\n{0}
1095 info.job_couldnt_be_run_exceeded_hard_limit = Job could not be run because it exceeded a hard limit on the server.\n{0}
1096 info.job_couldnt_be_run_incorrect_param_setting = Job could not be run because some of the parameter settings are not supported by the server.\n{0}\nPlease check to make sure you have used the correct parameter set for this service\!\n
1097 info.no_jobs_ran = No jobs ran
1098 info.failed_to_submit_prediction = Failed to submit the prediction\:\n{0} {1}
1099 info.invalid_jnet_job_result_data ={0}\n{1}\nInvalid JPred job result data\!\n{2}
1100 info.failed_to_submit_sequences_for_alignment = Failed to submit sequences for alignment.\nIt is most likely that there is a problem with the server.\nJust close the window\n
1101 info.alignment_object_method_notes = \nAlignment Object Method Notes\n
1102 info.server_exception = \n{0} Server exception\!\n{1}
1103 info.invalid_msa_input_mininfo = Need at least two sequences with at least 3 residues each, with no hidden regions between them.  
1104 info.invalid_msa_notenough = Not enough sequence data to align
1105 status.processing_commandline_args = Processing commandline arguments...
1106 status.das_features_being_retrived = DAS features being retrieved...
1107 status.searching_for_sequences_from = Searching for sequences from {0}
1108 status.finished_searching_for_sequences_from = Finished searching for sequences from {0}
1109 label.eps_file = EPS file
1110 label.png_image = PNG image
1111 status.saving_file = Saving {0}
1112 status.export_complete = {0} Export completed.
1113 status.fetching_pdb = Fetching PDB {0}
1114 status.refreshing_news = Refreshing news
1115 status.importing_vamsas_session_from = Importing VAMSAS session from {0}
1116 status.opening_params = Opening {0}
1117 status.waiting_sequence_database_fetchers_init = Waiting for Sequence Database Fetchers to initialise
1118 status.init_sequence_database_fetchers = Initialising Sequence Database Fetchers
1119 status.fetching_sequence_queries_from = Fetching {0} sequence queries from {1}
1120 status.finshed_querying = Finished querying
1121 status.parsing_results = Parsing results.
1122 status.processing = Processing...
1123 status.refreshing_web_service_menus = Refreshing Web Service Menus
1124 status.collecting_job_results = Collecting job results.
1125 status.fetching_db_refs = Fetching db refs
1126 status.loading_cached_pdb_entries = Loading Cached PDB Entries
1127 status.searching_for_pdb_structures = Searching for PDB Structures
1128 status.opening_file_for = opening file for
1129 status.colouring_chimera = Colouring Chimera
1130 label.font_doesnt_have_letters_defined = Font doesn't have letters defined\nso cannot be used\nwith alignment data
1131 label.font_too_small = Font size is too small
1132 label.error_loading_file_params = Error loading file {0}
1133 label.error_loading_jalview_file = Error loading Jalview file
1134 warn.out_of_memory_when_action = Out of memory when {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1135 warn.out_of_memory_loading_file = Out of memory loading file {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1136 label.out_of_memory = Out of memory
1137 label.invalid_id_column_width = Invalid ID Column width
1138 warn.user_defined_width_requirements = The user defined width for the\nannotation and sequence ID columns\nin exported figures must be\nat least 12 pixels wide.
1139 label.couldnt_create_sequence_fetcher = Couldn't create SequenceFetcher
1140 warn.couldnt_create_sequence_fetcher_client = Could not create the sequence fetcher client. Check error logs for details.
1141 warn.server_didnt_pass_validation = Service did not pass validation.\nCheck the Jalview Console for more details.
1142 warn.url_must_contain = Sequence URL must contain $SEQUENCE_ID$, $DB_ACCESSION$, or a regex
1143 warn.urls_not_contacted = URLs that could not be contacted
1144 warn.urls_no_jaba = URLs without any JABA Services
1145 info.validate_jabaws_server = Validate JabaWS Server ?\n(Look in console output for results)
1146 label.test_server = Test Server?
1147 label.new_sequence_fetcher = New Sequence Fetcher
1148 label.additional_sequence_fetcher = Additional Sequence Fetcher
1149 label.select_database_retrieval_source = Select Database Retrieval Source
1150 label.overwrite_existing_file = Overwrite existing file?
1151 label.file_already_exists = File exists
1152 label.edit_jabaws_url = Edit JABAWS URL
1153 label.add_jabaws_url = Add new JABAWS URL
1154 label.news_from_jalview = News from http://www.jalview.org
1155 label.cut_paste_alignmen_file = Cut & Paste Alignment File
1156 label.enter_redundancy_threshold = Enter the redundancy threshold
1157 label.select_dark_light_set_threshold = <html><i>Select a dark and light text colour, then set the threshold to<br>switch between colours, based on background colour</i></html>
1158 label.select_feature_colour = Select Feature Colour
1159 label.delete_all = Delete all sequences
1160 warn.delete_all = <html>Deleting all sequences will close the alignment window.<br>Confirm deletion or Cancel.
1161 label.add_annotations_for = Add annotations for
1162 action.choose_annotations = Choose Annotations...
1163 label.choose_annotations = Choose Annotations
1164 label.find = Find
1165 label.invalid_search = Search string invalid
1166 error.invalid_regex = Invalid regular expression
1167 label.ignore_gaps_consensus = Ignore Gaps In Consensus
1168 label.show_group_histogram = Show Group Histogram
1169 label.show_group_logo = Show Group Logo
1170 label.normalise_group_logo = Normalise Group Logo
1171 label.show_histogram = Show Histogram
1172 label.show_logo = Show Logo
1173 label.normalise_logo = Normalise Logo
1174 label.no_colour_selection_in_scheme = Please make a colour selection before applying colour scheme
1175 label.no_colour_selection_warn = Error saving colour scheme
1176 label.open_split_window? = Would you like to open as a split window, with cDNA and protein linked?
1177 label.open_split_window = Open split window
1178 action.no = No
1179 action.yes = Yes
1180 label.for = for
1181 label.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation
1182 action.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation...
1183 label.threshold_filter =  Threshold Filter
1184 label.alpha_helix = Alpha Helix
1185 label.beta_strand = Beta Strand
1186 label.turn = Turn
1187 label.select_all = Select All
1188 label.structures_filter = Structures Filter
1189 label.search_filter = Search Filter
1190 label.include_description= Include Description
1191 action.back = Back
1192 label.hide_insertions = Hide Insertions
1193 label.mark_as_representative = Mark as representative
1194 label.open_jabaws_web_page = Open JABAWS web page
1195 label.pdb_sequence_fetcher = PDB Sequence Fetcher
1196 label.result = result
1197 label.results = results
1198 label.structure_chooser = Structure Chooser
1199 label.invert = Invert 
1200 label.select_pdb_file = Select PDB File
1201 info.select_filter_option = Select Filter Option/Manual Entry
1202 info.associate_wit_sequence = Associate with Sequence
1203 label.search_result = Search Result
1204 label.found_structures_summary = Found Structures Summary
1205 label.configure_displayed_columns = Customise Displayed Options
1206 label.start_jalview = Start Jalview
1207 label.biojs_html_export = BioJS
1208 label.scale_as_cdna = Scale protein residues to codons
1209 label.font_as_cdna = Use same font for cDNA and peptide
1210 label.scale_protein_to_cdna = Scale Protein to cDNA
1211 label.scale_protein_to_cdna_tip = Make protein residues same width as codons in split frame views
1212 info.select_annotation_row = Select Annotation Row
1213 info.enter_search_text_here = Enter Search Text Here
1214 info.enter_search_text_to_enable = Enter Search Text to Enable
1215 info.search_in_annotation_label = Search in {0} Label
1216 info.search_in_annotation_description = Search in {0} Description
1217 info.change_threshold_mode_to_enable = Change Threshold Mode to Enable
1218 label.couldnt_read_data = Couldn't read data
1219 label.embbed_biojson = Embed BioJSON to HTML export
1220 action.export_groups = Export Groups
1221 action.export_annotations = Export Annotations
1222 action.export_hidden_columns = Export Hidden Columns
1223 action.export_hidden_sequences = Export Hidden Sequences
1224 action.export_features = Export Features
1225 label.export_settings = Export Settings
1226 label.pdb_web-service_error = PDB Web-service Error
1227 label.structure_chooser_manual_association = Structure Chooser - Manual association
1228 label.structure_chooser_filter_time = Structure Chooser - Filter time ({0})
1229 label.structure_chooser_no_of_structures = Structure Chooser - {0} Found ({1})
1230 info.no_pdb_entry_found_for = No PDB entry found for {0}
1231 exception.unable_to_detect_internet_connection = Jalview is unable to detect an internet connection
1232 exception.fts_server_unreachable = Jalview is unable to reach the {0} server. \nPlease ensure that you are connected to the internet and try again.
1233 label.nw_mapping = Needleman & Wunsch Alignment
1234 label.sifts_mapping = SIFTs Mapping
1235 label.mapping_method = Sequence \u27f7 Structure mapping method
1236 status.waiting_for_user_to_select_output_file = Waiting for user to select {0} file
1237 status.cancelled_image_export_operation = Cancelled {0} export operation
1238 info.error_creating_file = Error creating {0} file
1239 exception.outofmemory_loading_mmcif_file = Out of memory loading mmCIF File
1240 label.run_groovy = Run Groovy console script
1241 label.run_groovy_tip = Run the script in the Groovy console over this alignment
1242 label.couldnt_run_groovy_script = Failed to run Groovy script
1243 label.uniprot_sequence_fetcher = UniProt Sequence Fetcher
1244 action.next_page= >> 
1245 action.prev_page= << 
1246 label.next_page_tooltip=Next Page
1247 label.prev_page_tooltip=Previous Page
1248 status.launching_3d_structure_viewer = Launching 3D Structure viewer...
1249 status.fetching_3d_structures_for_selected_entries = Fetching 3D Structures for selected entries...
1250 status.fetching_dbrefs_for_sequences_without_valid_refs = Fetching db refs for {0} sequence(s) without valid db ref required for SIFTS mapping
1251 status.fetching_3d_structures_for = Fetching 3D Structure for {0}
1252 status.obtaining_mapping_with_sifts = Obtaining mapping with SIFTS
1253 status.obtaining_mapping_with_nw_alignment = Obtaining mapping with NW alignment
1254 status.exporting_alignment_as_x_file = Exporting alignment as {0} file
1255 label.column = Column
1256 label.cant_map_cds = Unable to map CDS to protein\nCDS missing or incomplete
1257 label.operation_failed = Operation failed
1258 label.SEQUENCE_ID_no_longer_used = $SEQUENCE_ID$ is no longer used for DB accessions
1259 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1 = Please review your URL links in the 'Connections' tab of the Preferences window:
1260 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2 = URL links using '$SEQUENCE_ID$' for DB accessions now use '$DB_ACCESSION$'.
1261 label.do_not_display_again = Do not display this message again
1262 exception.url_cannot_have_duplicate_id = {0} cannot be used as a label for more than one line
1263 action.customfilter = Custom only
1264 action.showall = Show All
1265 label.insert = Insert:
1266 action.seq_id = $SEQUENCE_ID$
1267 action.db_acc = $DB_ACCESSION$
1268 label.primary = Double Click
1269 label.inmenu = In Menu
1270 label.id = ID
1271 label.database = Database
1272 label.urltooltip = Only one url, which must use a sequence id, can be selected for the 'On Click' option
1273 label.edit_sequence_url_link = Edit sequence URL link
1274 warn.name_cannot_be_duplicate = User-defined URL names must be unique and cannot be MIRIAM ids
1275 label.output_seq_details = Output Sequence Details to list all database references
1276 label.urllinks = Links
1277 action.clear_cached_items = Clear Cached Items
1278 label.togglehidden = Show hidden regions
1279 label.quality_descr = Alignment Quality based on Blosum62 scores
1280 label.conservation_descr = Conservation of total alignment less than {0}% gaps
1281 label.consensus_descr = PID
1282 label.complement_consensus_descr = PID for cDNA
1283 label.strucconsensus_descr = PID for base pairs
1284 label.occupancy_descr = Number of aligned positions 
1285 label.show_experimental = Enable experimental features
1286 label.show_experimental_tip = Enable any new and currently 'experimental' features (see Latest Release Notes for details)
1287 label.warning_hidden = Warning: {0} {1} is currently hidden
1288 label.overview_settings = Overview settings
1289 label.ov_legacy_gap = Use legacy gap colouring (gaps are white)
1290 label.gap_colour = Gap colour:
1291 label.ov_show_hide_default = Show hidden regions when opening overview
1292 label.hidden_colour = Hidden colour:
1293 label.select_gap_colour = Select gap colour
1294 label.select_hidden_colour = Select hidden colour
1295 label.overview = Overview
1296 label.reset_to_defaults = Reset to defaults
1297 label.oview_calc = Recalculating overview...
1298 label.feature_details = Feature details
1299 label.matchCondition_contains = Contains
1300 label.matchCondition_notcontains = Does not contain
1301 label.matchCondition_matches = Matches
1302 label.matchCondition_notmatches = Does not match
1303 label.matchCondition_present = Is present
1304 label.matchCondition_notpresent = Is not present
1305 label.matchCondition_eq = =
1306 label.matchCondition_ne = not =
1307 label.matchCondition_lt = <
1308 label.matchCondition_le = <=
1309 label.matchCondition_gt = >
1310 label.matchCondition_ge = >=
1311 label.numeric_required = The value should be numeric
1312 label.filter = Filter
1313 label.filters = Filters
1314 label.join_conditions = Join conditions with
1315 label.delete_condition = Delete this condition
1316 label.score = Score
1317 label.colour_by_label = Colour by label
1318 label.variable_colour = Variable colour...
1319 label.select_colour = Select colour
1320 option.enable_disable_autosearch = When ticked, search is performed automatically
1321 option.autosearch = Autosearch
1322 label.retrieve_ids = Retrieve IDs
1323 label.display_settings_for = Display settings for {0} features
1324 label.simple = Simple
1325 label.simple_colour = Simple Colour
1326 label.colour_by_text = Colour by text
1327 label.graduated_colour = Graduated Colour
1328 label.by_text_of = By text of
1329 label.by_range_of = By range of
1330 label.or = Or
1331 label.and = And
1332 label.sequence_feature_colours = Sequence Feature Colours
1333 label.best_quality = Best Quality
1334 label.best_resolution = Best Resolution
1335 label.most_protein_chain = Most Protein Chain
1336 label.most_bound_molecules = Most Bound Molecules
1337 label.most_polymer_residues = Most Polymer Residues
1338 label.cached_structures = Cached Structures
1339 label.free_text_search = Free Text Search
1340 label.backupfiles_confirm_delete = Confirm delete
1341 label.backupfiles_confirm_delete_old_files = Delete the following older backup files? (see the Backups tab in Preferences for more options)
1342 label.backupfiles_confirm_save_file = Confirm save file
1343 label.backupfiles_confirm_save_file_backupfiles_roll_wrong = Something possibly went wrong with the backups of this file.
1344 label.backupfiles_confirm_save_new_saved_file_ok = The new saved file seems okay.
1345 label.backupfiles_confirm_save_new_saved_file_not_ok = The new saved file might not be okay.
1346 label.backups = Backups
1347 label.backup = Backup
1348 label.backup_files = Backup Files
1349 label.enable_backupfiles = Enable backup files
1350 label.backup_filename_strategy = Backup filename strategy
1351 label.append_to_filename = Append to filename (%n is replaced by the backup number)
1352 label.append_to_filename_tooltip = %n in the text will be replaced by the backup number. The text will appear after the filename. See the summary box above.
1353 label.index_digits = Number of digits to use for the backup number (%n)
1354 label.summary_of_backups_scheme = Summary of backup scheme
1355 label.scheme_examples = Scheme examples
1356 label.increment_index = Increase appended text numbers - newest file has largest number.
1357 label.reverse_roll = "Roll" appended text numbers - newest backup file is always number 1.
1358 label.keep_files = Deleting old backup files
1359 label.keep_all_backup_files = Do not delete old backup files
1360 label.keep_only_this_number_of_backup_files = Keep only this number of most recent backup files
1361 label.autodelete_old_backup_files = Auto-delete old backup files:
1362 label.always_ask = Always ask
1363 label.auto_delete = Automatically delete
1364 label.filename = filename
1365 label.braced_oldest = (oldest)
1366 label.braced_newest = (most recent)
1367 label.configuration = Configuration
1368 label.configure_feature_tooltip = Click to configure variable colour or filters
1369 label.schemes = Schemes
1370 label.customise = Customise
1371 label.custom = Custom
1372 label.default = Default
1373 label.single_file = Single backup
1374 label.keep_all_versions = Keep all versions
1375 label.rolled_backups = Rolled backup files
1376 label.customise_description = Select Customise, make changes, and click on OK to save your own custom scheme
1377 label.custom_description = Your own saved scheme
1378 label.default_description = Keep the last three versions of the file
1379 label.single_file_description = Keep the last version of the file
1380 label.keep_all_versions_description = Keep all previous versions of the file
1381 label.rolled_backups_description = Keep the last nine versions of the file from _bak.1 (newest) to _bak.9 (oldest)
1382 label.cancel_changes_description = Cancel changes made to your last saved Custom scheme
1383 label.previously_saved_scheme = Previously saved scheme
1384 label.no_backup_files = NO BACKUP FILES
1385 label.include_backup_files = Include backup files
1386 label.cancel_changes = Cancel changes
1387 label.warning_confirm_change_reverse = Warning!\nIf you change the increment/decrement of the backup filename number, without changing the suffix or number of digits,\nthis may cause loss of backup files created with the previous backup filename scheme.\nAre you sure you wish to do this?
1388 label.change_increment_decrement = Change increment/decrement?
1389 label.was_previous = was {0}
1390 label.newerdelete_replacement_line = Backup file\n''{0}''\t(modified {2}, size {4})\nis to be deleted and replaced by apparently older file\n''{1}''\t(modified {3}, size {5}).
1391 label.confirm_deletion_or_rename = Confirm deletion of ''{0}'' or rename to ''{1}''?
1392 label.newerdelete_line = Backup file\n''{0}''\t(modified {2}, size {4})\nis to be deleted but is newer than the oldest remaining backup file\n''{1}''\t(modified {3}, size {5}).
1393 label.confirm_deletion = Confirm deletion of ''{0}''?
1394 label.delete = Delete
1395 label.rename = Rename
1396 label.keep = Keep
1397 label.file_info = (modified {0}, size {1})
1398 label.annotation_name = Annotation Name
1399 label.annotation_description = Annotation Description 
1400 label.edit_annotation_name_description = Edit Annotation Name/Description
1401 label.alignment = alignment
1402 label.pca = PCA
1403 label.create_image_of = Create {0} image of {1}
1404 label.click_to_edit = Click to edit, right-click for menu
1405 label.by_annotation_tooltip = Annotation Colour is configured from the main Colour menu
1406 label.show_linked_features = Show {0} features
1407 label.show_linked_feature_settings = Open {0} settings
1408 label.on_top = on top
1409 label.include_linked_features = Include {0} features
1410 label.include_linked_tooltip = Include visible {0} features<br>converted to local sequence coordinates