JAL-1632 JAL-2416 load score matrices from file, as float[][]
[jalview.git] / resources / lang / Messages.properties
1 action.refresh_services = Refresh Services
2 action.reset_services = Reset Services
3 action.merge_results = Merge Results
4 action.load_scheme = Load scheme
5 action.save_scheme = Save scheme
6 action.save_image = Save Image
7 action.paste = Paste
8 action.show_html_source = Show HTML Source
9 action.print = Print...
10 action.web_service = Web Service
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19 action.add_input_parameter = Add input parameter
20 action.edit = Edit
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29 action.save_project = Save Project
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33 action.page_setup = Page Setup...
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49 action.remove_empty_columns = Remove Empty Columns
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60 action.set_as_reference = Set as Reference 
61 action.remove = Remove
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63 action.pairwise_alignment = Pairwise Alignment
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65 action.by_conservation = By Conservation
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73 action.copy = Copy
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81 action.calculate_tree = Calculate Tree...
82 action.help = Help
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84 action.invert_sequence_selection = Invert Sequence Selection
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117 action.add = Add
118 action.save_as_default = Save as default
119 action.save_as = Save as...
120 action.save = Save
121 action.cancel_fetch = Cancel Fetch
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129 action.deselect_all = Deselect all
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138 label.view_flanking_regions = Show sequence data either side of the subsequences involved in this alignment
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142 label.url\: = URL:
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147 label.name_param = Name: {0}
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159 label.service_action = Service Action:
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169 label.average_distance_identity = Average Distance Using % Identity
170 label.neighbour_joining_identity = Neighbour Joining Using % Identity
171 label.choose_tree = Choose Tree Calculation
172 label.treecalc_title = {0} Using {1}
173 label.tree_calc_av = Average Distance
174 label.tree_calc_nj = Neighbour Joining
175 label.select_score_model = Select score model
176 label.score_model_pid = % Identity
177 label.score_model_blosum62 = BLOSUM62
178 label.score_model_pam250 = PAM 250
179 label.score_model_conservation = Physicochemical property conservation
180 label.score_model_enhconservation = Physicochemical property conservation
181 label.status_bar = Status bar
182 label.out_to_textbox = Output to Textbox
183 # delete Clustal - use FileFormat name instead
184 label.clustal = Clustal
185 # label.colourScheme_<schemeName> as in JalviewColourScheme
186 label.colourScheme_clustal = Clustalx
187 label.colourScheme_blosum62 = BLOSUM62 Score
188 label.colourScheme_%_identity = Percentage Identity
189 label.colourScheme_zappo = Zappo
190 label.colourScheme_taylor = Taylor
191 label.colourScheme_hydrophobic = Hydrophobicity
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193 label.colourScheme_strand_propensity = Strand Propensity
194 label.colourScheme_turn_propensity = Turn Propensity
195 label.colourScheme_buried_index = Buried Index
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197 label.colourScheme_nucleotide = Nucleotide
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200 label.blc = BLC
201 label.fasta = Fasta
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203 label.pfam = PFAM
204 label.pileup = Pileup
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206 label.average_distance_blosum62 = Average Distance Using BLOSUM62
207 label.neighbour_blosum62 = Neighbour Joining Using BLOSUM62
208 label.show_annotations = Show annotations
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210 label.show_all_seq_annotations = Show sequence related
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213 label.hide_all_al_annotations = Hide alignment related
214 label.hide_all = Hide all
215 label.add_reference_annotations = Add reference annotations
216 label.find_tip = Search alignment, selection or sequence ids for a subsequence (ignoring gaps).<br>Accepts regular expressions - search Help for 'regex' for details.
217 label.colour_text = Colour Text
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237 label.show_sequence_limits = Show Sequence Limits
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239 label.feature_settings = Feature Settings
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262 label.autoadd_temp = Add Temperature Factor annotation to alignment
263 label.structure_viewer = Default structure viewer
264 label.chimera_path = Path to Chimera program
265 label.chimera_path_tip = Jalview will first try any path entered here, else standard installation locations.<br>Double-click to browse for file.
266 label.invalid_chimera_path = Chimera path not found or not executable
267 label.chimera_missing = Chimera structure viewer not found.<br/>Please enter the path to Chimera (if installed),<br/>or download and install UCSF Chimera.
268 label.chimera_failed = Error opening Chimera - is it installed?\nCheck path in Preferences, Structure
269 label.min_colour = Minimum Colour
270 label.max_colour = Maximum Colour
271 label.use_original_colours = Use Original Colours
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274 label.selection = Selection
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285 label.output_values = Output Values...
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305 label.keyboard_editing_mode = Keyboard editing mode is {0}
306 label.paste_features_annotations_Tcoffee_here = Paste your features / annotations / T-coffee score file here.
307 label.removed_columns = Removed {0} columns.
308 label.removed_empty_columns = Removed {0} empty columns.
309 label.paste_newick_tree_file = Paste your Newick tree file here.
310 label.order_by_params = Order by {0}
311 label.html_content = <html>{0}</html>
312 label.paste_pdb_file= Paste your PDB file here.
313 label.paste_pdb_file_for_sequence = Paste PDB file for sequence {0}
314 label.could_not_parse_newick_file  = Could not parse Newick file\!\n {0}
315 label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment= Successfully pasted T-Coffee scores to alignment.
316 label.failed_add_tcoffee_scores = Failed to add T-Coffee scores: 
317 label.successfully_pasted_annotation_to_alignment= Successfully pasted annotation to alignment.
318 label.couldnt_parse_pasted_text_as_valid_annotation_feature_GFF_tcoffee_file = Couldn't parse pasted text as a valid annotation, feature, GFF, or T-Coffee score file
319 label.successfully_pasted_alignment_file = Successfully pasted alignment file
320 label.paste_your_alignment_file = Paste your alignment file here
321 label.paste_your = Paste your
322 label.finished_searching = Finished searching
323 label.search_results= Search results {0} : {1}
324 label.found_match_for = Found match for {0}
325 label.font = Font:
326 label.size = Size:
327 label.style = Style:
328 label.calculating = Calculating....
329 label.modify_conservation_visibility = Modify conservation visibility
330 label.colour_residues_above_occurrence = Colour residues above % occurrence
331 label.set_this_label_text = set this label text
332 label.sequences_from = Sequences from {0}
333 label.successfully_loaded_file  = Successfully loaded file {0}
334 label.successfully_saved_to_file_in_format = Successfully saved to file: {0} in {1} format.
335 label.copied_sequences_to_clipboard = Copied {0} sequences to clipboard.
336 label.check_file_matches_sequence_ids_alignment = Check that the file matches sequence IDs in the alignment.
337 label.problem_reading_tcoffee_score_file = Problem reading T-COFFEE score file
338 label.source_to_target = {0} ... {1}
339 label.per_sequence_only= Per-sequence only
340 label.to_file = to File
341 label.to_textbox = to Textbox
342 label.jalview = Jalview
343 label.csv_spreadsheet = CSV (Spreadsheet)
344 label.status = Status
345 label.channels = Channels
346 label.channel_title_item_count = {0} ({1})
347 label.blog_item_published_on_date = {0} {1} 
348 label.select_das_service_from_table = Select a DAS service from the table to read a full description here.</font></html>
349 label.session_update = Session Update
350 label.new_vamsas_session = New Vamsas Session
351 action.load_vamsas_session = Load Vamsas Session...
352 action.save_vamsas_session = Save Vamsas Session
353 label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session= Select a vamsas session to be opened as a new vamsas session.
354 label.open_saved_vamsas_session = Open a saved VAMSAS session
355 label.groovy_console = Groovy Console...
356 label.lineart = Lineart
357 label.dont_ask_me_again = Don't ask me again
358 label.select_eps_character_rendering_style = Select EPS character rendering style
359 label.invert_selection = Invert Selection
360 label.optimise_order = Optimise Order
361 label.seq_sort_by_score = Sequence sort by Score
362 label.load_colours = Load Colours
363 label.save_colours = Save Colours
364 label.fetch_das_features = Fetch DAS Features
365 label.selected_database_to_fetch_from = Selected {0} database {1} to fetch from {2} 
366 label.database_param = Database: {0}
367 label.example = Example
368 label.example_param = Example: {0}
369 label.select_file_format_before_saving = You must select a file format before saving!
370 label.file_format_not_specified = File format not specified
371 label.couldnt_save_file = Couldn't save file: {0}
372 label.error_saving_file = Error Saving File
373 label.remove_from_default_list = Remove from default list?
374 label.remove_user_defined_colour = Remove user defined colour
375 label.you_must_select_least_two_sequences = You must select at least 2 sequences.
376 label.invalid_selection = Invalid Selection
377 label.principal_component_analysis_must_take_least_four_input_sequences = Principal component analysis must take\nat least 4 input sequences.
378 label.sequence_selection_insufficient = Sequence selection insufficient
379 label.you_need_more_two_sequences_selected_build_tree = You need to have more than two sequences selected to build a tree!
380 label.not_enough_sequences = Not enough sequences
381 label.selected_region_to_tree_may_only_contain_residues_or_gaps =  The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
382 label.sequences_selection_not_aligned = Sequences in selection are not aligned
383 label.sequences_must_be_aligned_before_creating_tree = The sequences must be aligned before creating a tree.\nTry using the Pad function in the edit menu,\n or one of the multiple sequence alignment web services.
384 label.sequences_not_aligned = Sequences not aligned
385 label.problem_reading_tree_file =  Problem reading tree file
386 label.possible_problem_with_tree_file = Possible problem with tree file
387 label.select_at_least_three_bases_in_at_least_one_sequence_to_cDNA_translation = Please select at least three bases in at least one sequence in order to perform a cDNA translation.
388 label.translation_failed = Translation Failed
389 label.error_when_translating_sequences_submit_bug_report = Unfortunately, something went wrong when translating your sequences.\nPlease take a look in the Jalview java console\nand submit a bug report including the stacktrace.
390 label.implementation_error  = Implementation error:
391 label.automatically_associate_structure_files_with_sequences_same_name = Do you want to automatically associate the {0} structure file(s) with sequences in the alignment that have the same name?
392 label.automatically_associate_structure_files_by_name = Automatically Associate Structure files by name
393 label.ignore_unmatched_dropped_files_info = <html>Do you want to <em>ignore</em> the {0} files whose names did not match any sequence IDs ?</html>
394 label.ignore_unmatched_dropped_files = Ignore unmatched dropped files?
395 label.view_name_original = Original
396 label.enter_view_name = Enter View Name
397 label.enter_label = Enter label
398 label.enter_label_for_the_structure = Enter a label for the structure
399 label.pdb_entry_is_already_displayed = {0} is already displayed.\nDo you want to re-use this viewer ?
400 label.map_sequences_to_visible_window = Map Sequences to Visible Window: {0}
401 label.add_pdbentry_to_view = Do you want to add {0} to the view called\n{1}\n
402 label.align_to_existing_structure_view = Align to existing structure view
403 label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved = The following pdb entries could not be retrieved from the PDB\:\n{0}\nPlease retry, or try downloading them manually.
404 label.couldnt_load_file = Couldn't load file
405 label.couldnt_find_pdb_id_in_file = Couldn't find a PDB id in the file supplied. Please enter an Id to identify this structure.
406 label.no_pdb_id_in_file = No PDB Id in File
407 label.couldnt_read_pasted_text = Couldn't read the pasted text {0}
408 label.error_parsing_text = Error parsing text
409 label.enter_local_das_source = Enter Nickname & URL of Local DAS Source
410 label.you_can_only_edit_or_remove_local_das_sources = You can only edit or remove local DAS Sources!
411 label.public_das_source = Public DAS source - not editable
412 label.input_alignment_from_url = Input Alignment From URL
413 label.input_alignment = Input Alignment
414 label.couldnt_import_as_vamsas_session = Couldn't import {0} as a new vamsas session.
415 label.vamsas_document_import_failed = Vamsas Document Import Failed
416 label.couldnt_locate = Couldn't locate {0}
417 label.url_not_found = URL not found
418 label.new_sequence_url_link = New sequence URL link
419 label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view = Cannot edit annotations in wrapped view
420 label.wrapped_view_no_edit = Wrapped view - no edit
421 label.error_retrieving_data = Error Retrieving Data
422 label.user_colour_scheme_must_have_name = User colour scheme must have a name
423 label.no_name_colour_scheme = No name for colour scheme
424 label.invalid_url = Invalid URL !
425 label.error_loading_file = Error loading file
426 label.problems_opening_file = Encountered problems opening {0}!!
427 label.file_open_error = File open error
428 label.no_das_sources_selected_warn = No das sources were selected.\nPlease select some sources and\ntry again.
429 label.no_das_sources_selected_title = No DAS Sources Selected
430 label.colour_scheme_exists_overwrite = Colour scheme {0} exists.\nContinue saving colour scheme as {1}?"
431 label.duplicate_scheme_name = Duplicate scheme name
432 label.jalview_new_questionnaire = There is a new Questionnaire available. Would you like to complete it now ?\n
433 label.jalview_user_survey = Jalview User Survey
434 label.alignment_properties = Alignment Properties: {0}
435 label.alignment_props = Alignment Properties
436 label.input_cut_paste = Cut & Paste Input
437 label.input_cut_paste_params = Cut & Paste Input - {0}
438 label.alignment_output_command = Alignment output - {0}
439 label.annotations = Annotations
440 label.structure_options = Structure Options
441 label.features = Features
442 label.overview_params = Overview {0}
443 label.paste_newick_file = Paste Newick file
444 label.load_tree_from_file = From File - 
445 label.colour_by_annotation = Colour by Annotation
446 label.selection_output_command = Selection output - {0}
447 label.annotation_for_displayid = <p><h2>Annotation for {0} </h2></p><p>
448 label.pdb_sequence_mapping = PDB - Sequence Mapping
449 label.pca_details = PCA details
450 label.redundancy_threshold_selection = Redundancy threshold selection
451 label.user_defined_colours = User defined colours
452 label.jalviewLite_release = JalviewLite - Release {0}
453 label.jaview_build_date = Build date: {0}
454 label.jalview_authors_1 = Authors: Jim Procter, Andrew Waterhouse, Mungo Carstairs, Tochukwu Ofoegbu, Lauren Lui, Jan Engelhardt,
455 label.jalview_authors_2 = Natasha Sherstnev, Daniel Barton, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, David Martin & Geoff Barton.
456 label.jalview_dev_managers = Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.
457 label.jalview_distribution_lists = For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list
458 label.jalview_please_cite = If  you use Jalview, please cite:
459 label.jalview_cite_1_authors = Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
460 label.jalview_cite_1_title = Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench
461 label.jalview_cite_1_ref = Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033
462 label.right_click = Right click
463 label.to_add_annotation = to add annotation
464 label.alignment_has_no_annotations = Alignment has no annotations
465 label.retrieving_pdb_data = Retrieving PDB data...
466 label.label = Label
467 label.no_features_added_to_this_alignment = No Features added to this alignment!!
468 label.features_can_be_added_from_searches_1 = (Features can be added from searches or
469 label.features_can_be_added_from_searches_2 = from Jalview / GFF features files)
470 label.calculating_pca= Calculating PCA
471 label.jalview_cannot_open_file = Jalview can't open file
472 label.jalview_applet = Jalview applet
473 label.loading_data = Loading data
474 label.memory_stats = Total Free Memory: {0} MB; Max Memory: {1} MB; {2} %
475 label.calculating_tree = Calculating tree
476 label.state_queueing = queuing
477 label.state_running = running
478 label.state_completed = finished
479 label.state_job_cancelled = job cancelled!!
480 label.state_job_error = job error!
481 label.server_error_try_later = Server Error! (try later)
482 label.error_loading_pdb_data = Error loading PDB data!!
483 label.fetching_pdb_data = Fetching PDB data...
484 label.structure_type = Structure type
485 label.settings_for_type = Settings for {0}
486 label.view_full_application = View in Full Application
487 label.load_associated_tree = Load Associated Tree...
488 label.load_features_annotations = Load Features/Annotations...
489 label.export_features = Export Features...
490 label.export_annotations = Export Annotations...
491 label.to_upper_case = To Upper Case
492 label.to_lower_case = To Lower Case
493 label.toggle_case = Toggle Case
494 label.edit_name_description = Edit Name/Description...
495 label.create_sequence_feature = Create Sequence Feature...
496 label.edit_sequence = Edit Sequence
497 label.edit_sequences = Edit Sequences
498 label.sequence_details = Sequence Details
499 label.jmol_help = Jmol Help
500 label.chimera_help = Chimera Help
501 label.close_viewer = Close Viewer
502 label.confirm_close_chimera = This will close Jalview''s connection to {0}.<br>Do you want to close the Chimera window as well?
503 label.all = All
504 label.sort_by = Sort alignment by
505 label.sort_by_score = Sort by Score
506 label.sort_by_density = Sort by Density
507 label.sequence_sort_by_density = Sequence sort by Density
508 label.sort_ann_by = Sort annotations by
509 label.sort_annotations_by_sequence = Sort by sequence
510 label.sort_annotations_by_label = Sort by label
511 label.reveal = Reveal
512 label.hide_columns = Hide Columns
513 label.load_jalview_annotations = Load Jalview Annotations or Features File
514 label.load_tree_file = Load a tree file
515 label.retrieve_parse_sequence_database_records_alignment_or_selected_sequences = Retrieve and parse sequence database records for the alignment or the currently selected sequences
516 label.standard_databases = Standard Databases
517 label.fetch_embl_uniprot = Fetch from EMBL/EMBLCDS or Uniprot/PDB and any selected DAS sources
518 label.reset_min_max_colours_to_defaults = Reset min and max colours to defaults from user preferences.
519 label.align_structures_using_linked_alignment_views = Align structures using {0} linked alignment views
520 label.connect_to_session = Connect to session {0}
521 label.threshold_feature_display_by_score = Threshold the feature display by score.
522 label.threshold_feature_no_threshold = No Threshold
523 label.threshold_feature_above_threshold = Above Threshold
524 label.threshold_feature_below_threshold = Below Threshold
525 label.adjust_threshold = Adjust threshold
526 label.toggle_absolute_relative_display_threshold = Toggle between absolute and relative display threshold.
527 label.display_features_same_type_different_label_using_different_colour = Display features of the same type with a different label using a different colour. (e.g. domain features)
528 label.select_colour_minimum_value = Select Colour for Minimum Value
529 label.select_colour_maximum_value = Select Colour for Maximum Value
530 label.open_url_param = Open URL {0}
531 label.open_url_seqs_param = Open URL ({0}..) ({1} seqs)
532 label.load_pdb_file_associate_with_sequence = Load a PDB file and associate it with sequence {0}
533 label.reveal_hidden_columns = Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button
534 label.dark_colour = Dark Colour
535 label.light_colour = Light Colour
536 label.highlightnode = Left click to select leaves.<br>Double-click to invert leaves.<br>Right click to change colour.
537 label.load_colour_scheme = Load colour scheme
538 label.copy_format_from = Copy format from
539 label.toggle_enabled_views = When enabled, allows many views to be selected.
540 label.select_all_views = Select all views
541 label.select_many_views = Select many views
542 label.edit_notes_parameter_set = Click to edit the notes for this parameter set.
543 label.open_local_file = Open local file
544 label.enable_automatically_sort_alignment_when_open_new_tree = Enable this to automatically sort<br>the alignment when you open<br> a new tree.
545 label.listen_for_selections = Listen for selections
546 label.selections_mirror_selections_made_same_sequences_other_views = When selected, selections in this view will mirror<br>selections made on the same sequences in other views.
547 label.toggle_sequence_visibility = Shift+H toggles sequence visiblity
548 label.toggle_columns_visibility = Ctrl+H toggles column visiblity.
549 label.toggles_visibility_hidden_selected_regions = H toggles visibility of hidden or selected regions
550 label.rename_tab_eXpand_reGroup=  Right-click to rename tab <br> Press X to eXpand tabs, G to reGroup.
551 label.right_align_sequence_id = Right Align Sequence Id
552 label.sequence_id_tooltip = Sequence ID Tooltip
553 label.no_services = <No Services>
554 label.select_copy_raw_html = Select this if you want to copy raw html
555 label.share_data_vamsas_applications = Share data with other vamsas applications
556 label.connect_to = Connect to
557 label.join_existing_vamsas_session = Join an existing vamsas session
558 label.from_url = from URL
559 label.any_trees_calculated_or_loaded_alignment_automatically_sort = When selected, any trees calculated or loaded onto the alignment will automatically sort the alignment
560 label.sort_with_new_tree = Sort With New Tree
561 label.from_textbox = from Textbox
562 label.window = Window
563 label.preferences = Preferences
564 label.tools = Tools
565 label.fetch_sequences = Fetch Sequences
566 action.fetch_sequences = Fetch Sequences...
567 label.stop_vamsas_session = Stop Vamsas Session
568 label.collect_garbage = Collect Garbage
569 label.show_memory_usage = Show Memory Usage
570 label.show_java_console = Show Java Console
571 label.show_jalview_news = Show Jalview News
572 label.take_snapshot = Take snapshot
573 label.monospaced_fonts_faster_to_render = Monospaced fonts are faster to render
574 label.anti_alias_fonts = Anti-alias Fonts (Slower to render)
575 label.monospaced_font= Monospaced
576 label.quality = Quality
577 label.maximize_window = Maximize Window
578 label.conservation = Conservation
579 label.consensus = Consensus
580 label.histogram = Histogram
581 label.logo = Logo
582 label.non_positional_features = List Non-positional Features
583 label.database_references = List Database References
584 #label.share_selection_across_views = Share selection across views
585 #label.scroll_highlighted_regions = Scroll to highlighted regions
586 label.gap_symbol = Gap Symbol
587 label.prot_alignment_colour = Protein Alignment Colour
588 label.nuc_alignment_colour = Nucleotide Alignment Colour
589 label.address = Address
590 label.port = Port
591 label.default_browser_unix = Default Browser (Unix)
592 label.send_usage_statistics = Send usage statistics
593 label.check_for_questionnaires = Check for questionnaires
594 label.check_for_latest_version = Check for latest version
595 label.url_linkfrom_sequence_id = URL link from Sequence ID
596 label.use_proxy_server = Use a proxy server
597 label.eps_rendering_style = EPS rendering style
598 label.append_start_end = Append /start-end (/15-380)
599 label.full_sequence_id = Full Sequence Id
600 label.smooth_font = Smooth Font
601 label.autocalculate_consensus = AutoCalculate Consensus
602 label.pad_gaps = Pad Gaps
603 label.pad_gaps_when_editing = Pad Gaps When Editing
604 label.automatically_set_id_width = Automatically set ID width
605 label.figure_id_column_width = Figure ID column width
606 label.use_modeller_output = Use Modeller Output
607 label.wrap_alignment = Wrap Alignment
608 label.right_align_ids = Right Align Ids
609 label.sequence_name_italics = Italic Sequence Ids
610 label.open_overview = Open Overview
611 label.default_colour_scheme_for_alignment = Default Colour Scheme for alignment
612 label.annotation_shading_default = Annotation Shading Default
613 label.default_minimum_colour_annotation_shading = Default Minimum Colour for annotation shading
614 label.default_maximum_colour_annotation_shading = Default Maximum Colour for annotation shading
615 label.visual = Visual
616 label.connections = Connections
617 label.output = Output
618 label.editing = Editing
619 label.das_settings = DAS Settings
620 label.web_services = Web Services
621 label.right_click_to_edit_currently_selected_parameter = Right click to edit currently selected parameter.
622 label.let_jmol_manage_structure_colours = Let Jmol manage structure colours
623 label.let_chimera_manage_structure_colours = Let Chimera manage structure colours
624 label.marks_leaves_tree_not_associated_with_sequence = Marks leaves of tree not associated with a sequence
625 label.index_web_services_menu_by_host_site = Index web services in menu by the host site
626 label.option_want_informed_web_service_URL_cannot_be_accessed_jalview_when_starts_up = Check this option if you want to be informed<br>when a web service URL cannot be accessed by Jalview<br>when it starts up
627 label.new_service_url = New Service URL
628 label.edit_service_url = Edit Service URL
629 label.delete_service_url = Delete Service URL
630 label.details = Details
631 label.options = Options
632 label.parameters = Parameters
633 label.available_das_sources = Available DAS Sources
634 label.full_details = Full Details
635 label.authority = Authority
636 label.type = Type
637 label.proxy_server = Proxy Server
638 label.file_output = File Output
639 label.select_input_type = Select input type
640 label.set_options_for_type = Set options for type
641 label.data_input_parameters = Data input parameters
642 label.data_returned_by_service = Data returned by service
643 label.rsbs_encoded_service = RSBS Encoded Service
644 label.parsing_errors = Parsing errors
645 label.simple_bioinformatics_rest_services = Simple Bioinformatics Rest Services
646 label.web_service_discovery_urls = Web Service Discovery URLS
647 label.input_parameter_name = Input Parameter name
648 label.short_descriptive_name_for_service = Short descriptive name for service
649 label.function_service_performs = What kind of function the service performs (e.g. alignment, analysis, search, etc).
650 label.brief_description_service = Brief description of service
651 label.url_post_data_service = URL to post data to service. Include any special parameters needed here
652 label.optional_suffix = Optional suffix added to URL when retrieving results from service
653 label.preferred_gap_character = Which gap character does this service prefer?
654 label.gap_character = Gap character
655 label.move_return_type_up_order= Move return type up order
656 label.move_return_type_down_order= Move return type down order
657 label.update_user_parameter_set = Update this existing user parameter set
658 label.delete_user_parameter_set = Delete the currently selected user parameter set
659 label.create_user_parameter_set = Create a new parameter set with the current settings.
660 label.revert_changes_user_parameter_set = Undo all changes to the current parameter set
661 label.start_job_current_settings = Start Job with current settings
662 label.cancel_job_close_dialog = Close this dialog and cancel job
663 label.input_output = Input/Output
664 label.cut_paste = Cut'n'Paste
665 label.adjusting_parameters_for_calculation = Adjusting parameters for existing Calculation
666 label.2d_rna_structure_line = 2D RNA {0} (alignment)
667 label.2d_rna_sequence_name = 2D RNA - {0}
668 label.edit_name_and_description_current_group = Edit name and description of current group
669 label.from_file = From File
670 label.enter_pdb_id = Enter PDB Id (or pdbid:chaincode)
671 label.text_colour = Text Colour
672 action.set_text_colour = Text Colour...
673 label.structure = Structure
674 label.show_pdbstruct_dialog = 3D Structure Data...
675 label.view_rna_structure = VARNA 2D Structure
676 label.create_sequence_details_report_annotation_for = Annotation for {0}
677 label.sequence_details_for = Sequence Details for {0}
678 label.sequence_name = Sequence Name
679 label.sequence_description = Sequence Description
680 label.edit_sequence_name_description = Edit Sequence Name/Description
681 label.spaces_converted_to_backslashes = Spaces have been converted to _
682 label.no_spaces_allowed_sequence_name = No spaces allowed in Sequence Name
683 label.select_outline_colour = Select Outline Colour
684 label.web_browser_not_found_unix = Unixers\: Couldn't find default web browser.\nAdd the full path to your browser in Preferences."
685 label.web_browser_not_found = Web browser not found
686 label.select_pdb_file_for = Select a PDB file for {0}
687 label.html = HTML
688 label.wrap = Wrap
689 label.show_database_refs = Show Database Refs
690 label.show_non_positional_features = Show Non-Positional Features
691 label.save_png_image = Save As PNG Image
692 label.load_tree_for_sequence_set = Load a tree for this sequence set
693 label.export_image = Export Image
694 label.vamsas_store = VAMSAS store
695 label.translate_cDNA = Translate as cDNA
696 label.reverse = Reverse
697 label.reverse_complement = Reverse Complement
698 label.linked_view_title = Linked CDS and protein view
699 label.extract_scores = Extract Scores
700 label.get_cross_refs = Get Cross-References
701 label.sort_alignment_new_tree = Sort Alignment With New Tree
702 label.add_sequences = Add Sequences
703 label.new_window = New Window
704 label.split_window = Split Window
705 label.refresh_available_sources = Refresh Available Sources
706 label.use_registry = Use Registry
707 label.add_local_source = Add Local Source
708 label.set_as_default = Set as Default
709 label.show_labels = Show labels
710 action.background_colour = Background Colour...
711 label.associate_nodes_with = Associate Nodes With
712 label.jalview_pca_calculation = Jalview PCA Calculation
713 label.link_name = Link Name
714 label.pdb_file = PDB file
715 label.colour_with_jmol = Colour with Jmol
716 label.colour_with_chimera = Colour with Chimera
717 label.align_structures = Align Structures
718 label.jmol = Jmol
719 label.chimera = Chimera
720 label.sort_alignment_by_tree = Sort Alignment By Tree
721 label.mark_unlinked_leaves = Mark Unlinked Leaves
722 label.associate_leaves_with = Associate Leaves With
723 label.save_colour_scheme_with_unique_name_added_to_colour_menu = Save your colour scheme with a unique name and it will be added to the Colour menu
724 label.case_sensitive = Case Sensitive
725 label.lower_case_colour = Colour All Lower Case
726 label.lower_case_tip = Chosen colour applies to all lower case symbols
727 label.index_by_host = Index by Host
728 label.index_by_type = Index by Type
729 label.enable_jabaws_services = Enable JABAWS Services
730 label.display_warnings = Display Warnings
731 label.move_url_up = Move URL Up
732 label.move_url_down = Move URL Down
733 label.add_sbrs_definition = Add a SBRS Definition
734 label.edit_sbrs_definition = Edit SBRS Definition
735 label.delete_sbrs_definition = Delete SBRS Definition
736 label.your_sequences_have_been_verified = Your sequences have been verified against known sequence databases.\n(Use Calculate | Show flanking regions to show enclosing sequence.)\nTo preserve data changes, save your alignment.\n\n
737 label.sequences_updated = Sequences updated
738 label.dbref_search_completed = DBRef search completed
739 label.show_all_chains = Show all chains
740 label.fetch_all_param = Fetch all {0}
741 label.paste_new_window = Paste To New Window
742 label.settings_for_param = Settings for {0}
743 label.view_params = View {0}
744 label.aacon_calculations = AACon Calculations
745 label.aacon_settings = Change AACon Settings...
746 tooltip.aacon_calculations = When checked, AACon calculations are updated automatically.
747 tooltip.aacon_settings = Modify settings for AACon calculations.
748 label.rnalifold_calculations = RNAAliFold Prediction
749 label.rnalifold_settings = Change RNAAliFold settings...
750 tooltip.rnalifold_calculations = When checked, RNA secondary structure predictions will be calculated for the alignment, and updated when edits are made.
751 tooltip.rnalifold_settings = Modify settings for the RNAAliFold prediction. Use this to hide or show different results of the RNA calculation, and change RNA folding parameters.
752 label.all_views = All Views
753 label.align_sequences_to_existing_alignment = Align sequences to an existing alignment
754 label.realign_with_params = Realign with {0}
755 label.calcname_with_default_settings = {0} with Defaults
756 label.action_with_default_settings = {0} with default settings
757 label.edit_settings_and_run = Edit settings and run...
758 label.view_and_change_parameters_before_alignment = View and change the parameters before alignment
759 label.run_with_preset_params = Run {0} with preset
760 label.view_and_change_parameters_before_running_calculation = View and change parameters before running calculation
761 label.view_documentation = View documentation
762 label.select_return_type = Select return type
763 label.translation_of_params = Translation of {0}
764 label.features_for_params = Features for - {0}
765 label.annotations_for_params = Annotations for - {0}
766 label.generating_features_for_params = Generating features for - {0}
767 label.generating_annotations_for_params = Generating annotations for - {0}
768 label.varna_params = VARNA - {0}
769 label.sequence_feature_settings = Sequence Feature Settings
770 label.pairwise_aligned_sequences = Pairwise Aligned Sequences
771 label.original_data_for_params = Original Data for {0}
772 label.points_for_params = Points for {0}
773 label.transformed_points_for_params = Transformed points for {0}
774 label.graduated_color_for_params = Graduated Feature Colour for {0}
775 label.select_background_colour = Select Background Colour
776 label.invalid_font = Invalid Font
777 label.separate_multiple_accession_ids = Enter one or more accession IDs separated by a semi-colon ";"
778 label.separate_multiple_query_values = Enter one or more {0}s separated by a semi-colon ";"
779 label.search_all = Enter one or more search values separated by a semi-colon ";" (Note: This searches the entire database)
780 label.replace_commas_semicolons = Replace commas with semi-colons
781 label.parsing_failed_syntax_errors_shown_below_param = Parsing failed. Syntax errors shown below {0}
782 label.parsing_failed_unrecoverable_exception_thrown_param = \nParsing failed. An unrecoverable exception was thrown\:\n {0}
783 label.example_query_param = Example query: {0}
784 label.enter_value_increase_conservation_visibility = Enter value to increase conservation visibility
785 label.enter_percentage_identity_above_which_colour_residues = Enter % identity above which to colour residues
786 label.wswublast_client_credits = To display sequence features an exact Uniprot id with 100% sequence identity match must be entered.\nIn order to display these features, try changing the names of your sequences to the ids suggested below.\n\nRunning WSWUBlast at EBI.\nPlease quote Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R.\nSOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.\nNucleic Acids Res. 33(1)\:W25-W28 (2005));
787 label.blasting_for_unidentified_sequence = BLASTing for unidentified sequences
788 label.select_columns_containing = Select columns containing
789 label.select_columns_not_containing = Select columns that do not contain
790 label.hide_columns_containing = Hide columns containing
791 label.hide_columns_not_containing = Hide columns that do not contain
792 option.trim_retrieved_seqs = Trim retrieved sequences
793 label.trim_retrieved_sequences = When the reference sequence is longer than the sequence that you are working with, only keep the relevant subsequences.
794 label.use_sequence_id_1 = Use $DB_ACCESSION$ or $DB_ACCESSION=/<regex>/=$
795 label.use_sequence_id_2 = to embed accession id in URL
796 label.use_sequence_id_3 = Use $SEQUENCE_ID$ similarly to embed sequence id
797 label.use_sequence_id_4 = 
798 label.ws_parameters_for = Parameters for {0}
799 label.switch_server = Switch server
800 label.choose_jabaws_server = Choose a server for running this service
801 label.services_at = Services at {0}
802 label.rest_client_submit = {0} using {1}
803 label.fetch_retrieve_from =Retrieve from {0}</html>
804 label.fetch_retrieve_from_all_sources = Retrieve from all {0} sources in {1}<br>First is :{2}<html> 
805 label.feature_settings_click_drag = Drag up or down to change render order.<br/>Double click to select columns containing feature.
806 label.transparency_tip = Adjust transparency to 'see through' feature colours.
807 label.opt_and_params_further_details = see further details by right-clicking
808 label.opt_and_params_show_brief_desc_image_link = <html>Click to show brief description<br><img src="{0}"/> Right click for further information.</html> 
809 label.opt_and_params_show_brief_desc = <html>Click to show brief description<br></html>
810 label.adjusts_width_generated_eps_png = <html>Adjusts the width of the generated EPS or PNG file to ensure even the longest sequence ID or annotation label is displayed</html>
811 label.manually_specify_width_left_column = <html>Manually specify the width of the left hand column where sequence IDs and annotation labels will be rendered in exported alignment figures. This setting will be ignored if 'Automatically set ID width' is set</html>
812 label.job_created_when_checked = <html>When checked, a job is created for every sequence in the current selection.</html>
813 label.when_checked_job_visible_region_and_results = <html>When checked, a single job is created for the visible region and results mapped back onto their location in the alignment. Otherwise, a job would be created for every contiguous region visible in the alignment or current selection (e.g. a multiple alignment).</html>
814 label.flat_file_representation = <html>Flat file representation of this rest service using the Really Simple Bioinformatics Service formalism</html>
815 label.result_of_parsing_rsbs = <html>Results of parsing the RSBS representation</html>
816 label.user_preset = User Preset
817 label.service_preset = Service Preset
818 label.run_with_preset = Run {0} with preset
819 label.view_service_doc_url = <html>View <a href="{0}">{1}</a></html>
820 action.by_title_param = By {0}
821 label.source_from_db_source = Sources from {0}
822 label.from_msname = from {0}
823 label.superpose_with = Superpose with
824 label.scale_label_to_column = Scale Label to Column
825 label.add_new_row = Add New Row
826 label.edit_label_description = Edit Label/Description
827 label.hide_row = Hide This Row
828 label.delete_row = Delete This Row
829 label.show_all_hidden_rows = Show All Hidden Rows
830 label.export_annotation = Export Annotation
831 label.copy_consensus_sequence = Copy Consensus Sequence
832 label.helix = Helix
833 label.sheet = Sheet
834 label.rna_helix = RNA Helix
835 label.remove_annotation = Remove Annotation
836 label.colour_by = Colour by...
837 label.muscle_multiple_protein_sequence_alignment = Muscle Multiple Protein Sequence Alignment
838 label.mafft_multiple_sequence_alignment = MAFFT Multiple Sequence Alignment
839 label.clustalw_multiple_sequence_alignment = ClustalW Multiple Sequence Alignment
840 label.jnet_secondary_structure_prediction = JPred Secondary Structure Prediction
841 label.multiharmony = Multi-Harmony
842 label.unable_start_web_service_analysis = Unable to start web service analysis
843 label.job_couldnt_be_started_check_input = The Job couldn't be started. Please check your input, and the Jalview console for any warning messages.
844 label.prompt_each_time = Prompt each time
845 label.use_source = Use Source
846 label.couldnt_save_project = Couldn't save project
847 label.error_whilst_saving_current_state_to = Error whilst saving current state to {0}
848 label.error_whilst_loading_project_from = Error whilst loading project from {0}
849 label.couldnt_load_project = Couldn't load project
850 label.pca_sequences_not_aligned = The sequences must be aligned before calculating PCA.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
851 label.invalid_name_preset_exists = Invalid name - preset already exists.
852 label.invalid_name = Invalid name
853 label.set_proxy_settings = Please set up your proxy settings in the 'Connections' tab of the Preferences window
854 label.proxy_authorization_failed = Proxy Authorization Failed
855 label.internal_jalview_error = Internal Jalview Error
856 label.secondary_structure_prediction_service_couldnt_be_located = The Secondary Structure Prediction Service named {0} at {1} couldn't be located.
857 label.service_called_is_not_msa_service = The Service called \n{0}\nis not a \nMultiple Sequence Alignment Service\!
858 label.msa_service_is_unknown = The Multiple Sequence Alignment Service named {0} is unknown
859 label.service_called_is_not_seq_search_service = The Service called \n{0}\nis not a \nSequence Search Service\!
860 label.seq_search_service_is_unknown = The Sequence Search Service named {0} is unknown
861 label.feature_type = Feature Type
862 label.display = Display
863 label.service_url = Service URL
864 label.copied_sequences = Copied sequences
865 label.cut_sequences = Cut Sequences
866 label.conservation_colour_increment = Conservation Colour Increment ({0})
867 label.percentage_identity_threshold = Percentage Identity Threshold ({0})
868 label.error_unsupported_owwner_user_colour_scheme = Unsupported owner for User Colour scheme dialog
869 label.save_alignment_to_file = Save Alignment to file
870 label.save_features_to_file = Save Features to File
871 label.save_annotation_to_file = Save Annotation to File
872 label.no_features_on_alignment = No features found on alignment
873 label.save_pdb_file = Save PDB File
874 label.save_text_to_file = Save Text to File
875 label.save_state = Save State
876 label.restore_state = Restore State
877 label.saving_jalview_project = Saving jalview project {0}
878 label.loading_jalview_project = Loading jalview project {0}
879 label.save_vamsas_document_archive = Save Vamsas Document Archive
880 label.saving_vamsas_doc = Saving VAMSAS Document to {0}
881 label.load_feature_colours = Load Feature Colours
882 label.save_feature_colours = Save Feature Colour Scheme
883 label.select_startup_file = Select startup file
884 label.select_default_browser = Select default web browser
885 label.save_tree_as_newick = Save tree as newick file
886 label.create_eps_from_tree = Create EPS file from tree
887 label.create_png_from_tree = Create PNG image from tree
888 label.save_colour_scheme = Save colour scheme
889 label.edit_params_for = Edit parameters for {0}
890 label.choose_filename_for_param_file = Choose a filename for this parameter file
891 label.save_as_html = Save as HTML
892 label.recently_opened = Recently Opened
893 label.blasting_for_unidentified_sequence_jobs_running = BLASTing for unidentified sequences - {0}  jobs running.
894 label.tree_from = Tree from {0}
895 label.webservice_job_title = {0} using {1}
896 label.select_visible_region_of = selected {0} region of {1}
897 label.visible = Visible
898 label.select_unselect_visible_regions_from = select and unselected {0} regions from {1}
899 label.visible_region_of = visible region of
900 label.webservice_job_title_on = {0} using {1} on {2}
901 label.updating_vamsas_session = Updating vamsas session
902 label.loading_file = Loading File: {0}
903 label.edit_params = Edit {0}
904 error.not_implemented = Not implemented
905 error.no_such_method_as_clone1_for = No such method as clone1 for {0}
906 error.null_from_clone1 = Null from clone1!
907 error.implementation_error_sortbyfeature = Implementation Error - sortByFeature method must be one of FEATURE_SCORE, FEATURE_LABEL or FEATURE_DENSITY.
908 error.not_yet_implemented = Not yet implemented
909 error.unknown_type_dna_or_pep = Unknown Type {0} - dna or pep are the only allowed values.
910 error.implementation_error_dont_know_threshold_annotationcolourgradient = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
911 error.invalid_separator_parameter = Invalid separator parameter - must be non-zero length
912 error.alignment_cigararray_not_implemented = Alignment(CigarArray) not yet implemented
913 error.empty_view_cannot_be_updated = empty view cannot be updated.
914 error.mismatch_between_number_of_sequences_in_block = Mismatch between number of sequences in block {0} ({1}) and the original view ({2})
915 error.padding_not_yet_implemented = Padding not yet implemented
916 error.mismatch_between_visible_blocks_to_update_and_number_of_contigs_in_view = Mismatch between visible blocks to update and number of contigs in view (contigs=0,blocks={0})
917 error.unknown_seq_cigar_operation = Unknown SeqCigar operation {0}
918 error.implementation_bug_parse_cigar_string = Implementation bug in parseCigarString
919 error.implementation_error_invalid_operation_string = Implementation error. Invalid operation string.
920 error.invalid_range_string = Invalid range string (must be zero or positive number)
921 error.implementation_error_delete_range_out_of_bounds = Implementation Error: deleteRange out of bounds: start must be non-negative and less than end.
922 error.implementation_error = Implementation error
923 error.implementation_error_unknown_operation = Implementation Error! Unknown operation {0}
924 error.implementation_error_unexpected_null_from_get_sequence_and_deletions = Implementation Error - unexpected null from getSequenceAndDeletions
925 error.implementation_error_set_seq_null = Implementation Error - _setSeq(null,...)
926 error.implementation_error_s = Implementation Error: _s= {0}
927 error.implementation_error_seqcigar_possible = SeqCigar: Possible implementation error: sequence is longer than dataset sequence
928 error.implmentation_bug_seq_null = Implementation Bug. Null seq
929 error.implementation_bug_cigar_operation_list_range_list = Implementation Bug. Cigar Operation list!= range list
930 error.not_yet_implemented_cigar_object_from_cigar_string = NOT YET Implemented: Constructing a Cigar object from a cigar string and a gapped sequence.
931 error.implementation_bug_cigar_operation = Implementation Bug. Cigar Operation {0} {1} not one of {2}, {3}, or {4}.
932 error.implementation_error_for_new_cigar = Implementation error for new Cigar(SequenceI)
933 error.implementation_error_cigar_seq_no_operations = Implementation error: {0}th sequence Cigar has no operations.
934 error.implementation_error_no_pdbentry_from_index = Implementation error - no corresponding pdbentry (for index {0}) to add sequences mappings to
935 error.jmol_version_not_compatible_with_jalview_version = Jmol version {0} is not compatible with this version of Jalview. Report this problem at issues.jalview.org
936 error.not_implemented_remove = Remove: Not implemented
937 error.not_implemented_clone = Clone: Not implemented
938 error.call_setprogressbar_before_registering_handler = call setProgressBar before registering the progress bar's handler.
939 label.cancelled_params = Cancelled {0}
940 error.implementation_error_cannot_show_view_alignment_frame = Implementation error: cannot show a view from another alignment in an AlignFrame.
941 error.implementation_error_dont_know_about_threshold_setting = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
942 error.eps_generation_not_implemented = EPS Generation not yet implemented
943 error.png_generation_not_implemented = PNG Generation not yet implemented
944 error.try_join_vamsas_session_another = Trying to join a vamsas session when another is already connected
945 error.invalid_vamsas_session_id = Invalid vamsas session id
946 label.groovy_support_failed = Jalview Groovy Support Failed
947 label.couldnt_create_groovy_shell = Couldn't create the groovy Shell. Check the error log for the details of what went wrong.
948 error.unsupported_version_calcIdparam = Unsupported Version for calcIdparam {0}
949 error.implementation_error_cant_reorder_tree = Implementation Error: Can't reorder this tree. Not DefaultMutableTreeNode.
950 error.invalid_value_for_option = Invalid value {0} for option {1}
951 error.implementation_error_cannot_import_vamsas_doc = Implementation Error - cannot import existing vamsas document into an existing session, Yet!
952 label.vamsas_doc_couldnt_be_opened_as_new_session = VAMSAS Document could not be opened as a new session - please choose another
953 error.implementation_error_vamsas_operation_not_init = Impementation error! Vamsas Operations when client not initialised and connected
954 error.jalview_no_connected_vamsas_session = Jalview not connected to Vamsas session
955 error.implementation_error_cannot_recover_vamsas_object_mappings = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot recover vamsas object mappings - no backup was made
956 error.setstatus_called_non_existent_job_pane = setStatus called for non-existent job pane {0}
957 error.implementation_error_cannot_find_marshaller_for_param_set =Implementation error: Can't find a marshaller for the parameter set
958 error.implementation_error_old_jalview_object_not_bound =IMPLEMENTATION ERROR: old jalview object is not bound ! ({0})
959 error.implementation_error_vamsas_doc_class_should_bind_to_type = Implementation Error: Vamsas Document Class {0} should bind to a {1} (found a {2})
960 error.invalid_vamsas_rangetype_cannot_resolve_lists = Invalid vamsas RangeType - cannot resolve both lists of Pos and Seg from choice!
961 error.implementation_error_maplist_is_null = Implementation error. MapList is null for initMapType.
962 error.implementation_error_cannot_have_null_alignment = Implementation error: Cannot have null alignment property key
963 error.implementation_error_null_fileparse = Implementation error. Null FileParse in copy constructor
964 error.implementation_error_cannot_map_alignment_sequences = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot map an alignment of sequences from different datasets into a single alignment in the vamsas document.
965 error.implementation_error_structure_selection_manager_null = Implementation error. Structure selection manager's context is 'null'
966 exception.ssm_context_is_null = SSM context is null
967 error.idstring_seqstrings_only_one_per_sequence = idstrings and seqstrings contain one string each per sequence
968 error.cannot_have_mixed_length_replacement_vectors = Cannot have mixed length replacement vectors. Replacement vector for {0} is {1} strings long, and have already seen a {2} length vector.
969 error.cannot_have_zero_length_vector_replacement_strings = Cannot have zero length vector of replacement strings - either 1 value or n values.
970 error.implementation_error_multiple_single_sequence_prediction_jobs_not_supported = Implementation Error! Multiple single sequence prediction jobs are not yet supported
971 error.implementation_error_invalid_msa_index_for_job =Implementation Error! Invalid msaIndex for JPredJob on parent MSA input object!
972 error.implementation_error_startjob_called = Implementation error - StartJob(JpredJob) called on {0}
973 error.multiple_jnet_subjob_merge_not_implemented = Multiple JPred subjob merging not yet implemented
974 label.job_never_ran = Job never ran - input returned to user.
975 error.implementation_error_minlen_must_be_greater_zero = Implementation error: minlen must be zero or more
976 error.implementation_error_msawbjob_called = Implementation error - StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance {0}
977 error.implementation_error_cannot_attach_ws_menu_entry = IMPLEMENTATION ERROR: cannot attach WS Menu Entry without service handle reference!
978 error.parameter_migration_not_implemented_yet = Parameter migration not implemented yet
979 error.implementation_error_cannot_set_jaba_option = Implementation error: cannot set Jaba Option to a value outside its allowed value range!
980 error.implementation_error_valuetype_doesnt_support_jabaws_type = IMPLEMENTATION ERROR: jalview.ws.params.ValueConstrainI.ValueType does not support the JABAWS type : {0}
981 error.cannot_create_jabaws_param_set = Cannot create a JabaWSParamSet from non-JabaWS parameters
982 error.cannot_set_arguments_to_jabaws_param_set = Cannot set arguments to a JabaWSParamSet that are not JabaWS arguments
983 error.implementation_error_runner_config_not_available = Implementation Error: Runner Config not available for a JABAWS service of type {0} ({1})
984 error.implementation_error_cannot_handle_jaba_param = Implementation Error: Cannot handle Jaba parameter object {0}
985 error.implementation_error_attempt_to_delete_service_preset = Implementation error: Attempt to delete a service preset!
986 error.implementation_error_cannot_locate_oldname_presetname = Implementation error: Can't locate either oldname ({0}) or presetName ({1}in the datastore!"
987 error.implementation_error_jabaws_param_set_only_handled_by = Implementation error: JabaWsParamSets can only be handled by JabaParamStore
988 error.cannot_set_source_file_for = Cannot set source file for {0}
989 error.mismatch_service_instance_preset = Probable mismatch between service instance and preset!
990 error.cannot_set_params_for_ws_preset = Cannot set Parameters for a Jaba Web service's preset
991 error.implementation_error_can_only_instantiate_jaba_param_sets = Implementation error: Can only instantiate Jaba parameter sets
992 error.no_aacon_service_found = No AACon service found
993 error.implementation_error_couldnt_copy_value_constraint = Implementation error: could not copy ValueConstrain!
994 error.couldnt_encode_as_utf8 = Couldn't encode {0} as UTF-8.
995 error.tree_inputtype_not_yet_implemented = Tree InputType not yet implemented
996 error.implementation_error_need_to_have_httpresponse = Implementation Error: need to have an HttpResponse to process
997 error.dbrefsource_implementation_exception =DBRefSource Implementation Exception
998 error.implementation_error_dbinstance_must_implement_interface = Implmentation Error - getDbInstances must be given a class that implements jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy (was given{0})
999 error.implementation_error_must_init_dbsources =Implementation error. Must initialise dbSources
1000 label.view_controller_toggled_marked = {0} {1} columns {2} features of type {3}  across {4} sequence(s)
1001 label.toggled = Toggled
1002 label.marked = Marked
1003 label.containing = containing
1004 label.not_containing = not containing
1005 label.no_feature_of_type_found = No features of type {0} found.
1006 label.submission_params = Submission {0}
1007 label.empty_alignment_job = Empty Alignment Job
1008 label.add_new_sbrs_service = Add a new Simple Bioinformatics Rest Service
1009 label.edit_sbrs_entry = Edit Simple Bioinformatics Rest Service entry
1010 label.pca_recalculating = Recalculating PCA
1011 label.pca_calculating = Calculating PCA
1012 label.select_foreground_colour = Choose foreground colour
1013 label.select_colour_for_text = Select Colour for Text
1014 label.adjunst_foreground_text_colour_threshold = Adjust Foreground Text Colour Threshold
1015 label.select_subtree_colour = Select Sub-Tree Colour
1016 label.create_new_sequence_features = Create New Sequence Feature(s)
1017 label.amend_delete_features = Amend/Delete Features for {0}
1018 exception.out_of_bounds_for_file = Out of bounds for file: i={0}, Final Buffer: i0={1} iend={2}
1019 exception.null_string_given_to_regex_search = Null String Given to Regex.search
1020 exception.null_string_like_given_to_regex_search = Null StringLike Given to Regex.search
1021 exception.null_string_given_to_regex_reverse_search = Null String Given to Regex.reverseSearch
1022 exception.null_string_like_given_to_regex_reverse_search = Null StringLike Given to Regex.reverseSearch
1023 exception.null_string_like_given_to_regex_search_from = Null String Given to Regex.searchFrom
1024 exception.null_string_like_given_to_regex_search_region = Null String Given to Regex.searchRegion
1025 exception.replace_null_regex_pointer = Replacer has null Regex pointer
1026 exception.bad_pattern_to_regex_perl_code = bad pattern to Regex.perlCode: {0}
1027 exception.no_stub_implementation_for_interface = There is no stub implementation for the interface: {0}
1028 exception.cannot_set_endpoint_address_unknown_port = Cannot set Endpoint Address for Unknown Port {0}
1029 exception.mismatched_unseen_closing_char = Mismatched (unseen) closing character {0}
1030 exception.mismatched_closing_char = Mismatched closing character {0}
1031 exception.mismatched_opening_char = Mismatched opening character {0} at {1}
1032 exception.invalid_datasource_couldnt_obtain_reader = Invalid datasource. Could not obtain Reader
1033 exception.unterminated_cigar_string = Unterminated cigar string
1034 exception.unexpected_operation_cigar_string_pos = Unexpected operation {0} in cigar string (position {1} in {2}
1035 exception.couldnt_parse_responde_from_annotated3d_server = Couldn't parse response from Annotate3d server
1036 exception.application_test_npe = Application test: throwing an NullPointerException It should arrive at the console
1037 exception.overwriting_vamsas_id_binding = Overwriting vamsas id binding
1038 exception.overwriting_jalview_id_binding = Overwriting jalview id binding
1039 exception.failed_to_resolve_gzip_stream = Failed to resolve GZIP stream
1040 exception.problem_opening_file_also_tried = Problem opening {0} (also tried {1}) : {2}
1041 exception.problem_opening_file = Problem opening {0} : {1}
1042 exception.failed_to_read_data_from_source = Failed to read data from source: {0}
1043 exception.no_init_source_stream = Unitialised Source Stream
1044 exception.invalid_source_stream = Invalid Source Stream: {0}
1045 error.implementation_error_reset_called_for_invalid_source = Implementation Error: Reset called for invalid source.
1046 exception.number_of_residues_in_query_sequence_differ_from_prediction = Number of residues in {0} supposed query sequence ({1}\n{2})\ndiffer from number of prediction sites in prediction ({3})
1047 label.mapped = mapped
1048 exception.jpredconcide_entry_has_unexpected_number_of_columns = JPredConcise: Entry ({0}) has an unexpected number of columns
1049 exception.couldnt_parse_concise_annotation_for_prediction = Couldn't parse concise annotation for prediction profile.\n{0}
1050 exception.newfile = NewickFile\: {0}\n
1051 label.no_tree_read_in = No Tree read in
1052 exception.rnaml_couldnt_access_datasource = Couldn't access datasource ({0})
1053 exception.ranml_couldnt_process_data = Couldn't process data as RNAML file ({0})
1054 exception.ranml_invalid_file = Invalid RNAML file ({0})
1055 exception.ranml_problem_parsing_data = Problem parsing data as RNAML ({0})
1056 exception.pfam_no_sequences_found = No sequences found (PFAM input)
1057 exception.stockholm_invalid_format = This file is not in valid STOCKHOLM format: First line does not contain '# STOCKHOLM'
1058 exception.couldnt_parse_sequence_line = Could not parse sequence line: {0}
1059 exception.unknown_annotation_detected = Unknown annotation detected: {0} {1}
1060 exception.couldnt_store_sequence_mappings = Couldn't store sequence mappings for {0}
1061 exception.matrix_too_many_iteration = Too many iterations in {0} (max is {1})
1062 exception.browser_not_found = Exception in finding browser: {0}
1063 exception.browser_unable_to_locate = Unable to locate browser: {0}
1064 exception.invocation_target_exception_creating_aedesc = InvocationTargetException while creating AEDesc: {0}
1065 exception.illegal_access_building_apple_evt= IllegalAccessException while building AppleEvent: {0}
1066 exception.unable_to_launch_url = Unable to launch URL: {0}
1067 exception.unable_to_create_internet_config = Unable to create an Internet Config instance: {0}
1068 exception.invocation_target_calling_url = InvocationTargetException while calling openURL: {0}
1069 exception.illegal_access_calling_url = IllegalAccessException while calling openURL: {0}
1070 exception.interrupted_launching_browser = InterruptedException while launching browser: {0}
1071 exception.das_source_doesnt_support_sequence_command = Source {0} does not support the sequence command.
1072 exception.invalid_das_source = Invalid das source: {0}
1073 exception.ebiembl_retrieval_failed_on = EBI EMBL XML retrieval failed on {0}:{1}
1074 exception.no_pdb_records_for_chain = No PDB Records for {0} chain {1}
1075 exception.unexpected_handling_rnaml_translation_for_pdb = Unexpected exception when handling RNAML translation of PDB data
1076 exception.couldnt_recover_sequence_properties_for_alignment = Couldn't recover sequence properties for alignment
1077 exception.unknown_format_for_file = Unknown format {0} for file \: \n{1}
1078 label.remove_gaps = Remove Gaps
1079 exception.couldnt_recover_sequence_props_for_jnet_query = Couldn't recover sequence properties for JPred Query sequence!
1080 exception.server_timeout_try_later = Server timed out - try again later\n
1081 exception.web_service_returned_null_try_later= Server at {0} returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later.
1082 exception.cannot_contact_service_endpoint_at = Cannot contact service endpoint at {0}
1083 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set = Implementation error: Cannot find service url in the given url set!
1084 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set_param_store = Implementation error: Cannot find service url in the given url set for this service parameter store ({0}}
1085 exception.jobsubmission_invalid_params_set = Invalid parameter set. Check Jalview implementation
1086 exception.notvaliddata_group_contains_less_than_min_seqs = Group contains less than {0} sequences.
1087 exception.outofmemory_loading_pdb_file = Out of memory loading PDB File
1088 exception.eps_coudnt_write_output_file = Could not write to the output file: {0}
1089 exception.eps_method_not_supported = Method not currently supported by EpsGraphics2D version {0}
1090 exception.eps_unable_to_get_inverse_matrix = Unable to get inverse of matrix: {0}
1091 warn.job_cannot_be_cancelled_close_window = This job cannot be cancelled.\nJust close the window.
1092 warn.service_not_supported = Service not supported!
1093 warn.input_is_too_big = Input is too big!
1094 warn.invalid_job_param_set = Invalid job parameter set!
1095 warn.oneseq_msainput_selection = The current selection only contains a single sequence. Do you want to submit all sequences for alignment instead ?   
1096 info.job_couldnt_be_run_server_doesnt_support_program = Job could not be run because the server doesn't support this program.\n{0}
1097 info.job_couldnt_be_run_exceeded_hard_limit = Job could not be run because it exceeded a hard limit on the server.\n{0}
1098 info.job_couldnt_be_run_incorrect_param_setting = Job could not be run because some of the parameter settings are not supported by the server.\n{0}\nPlease check to make sure you have used the correct parameter set for this service\!\n
1099 info.no_jobs_ran = No jobs ran
1100 info.failed_to_submit_prediction = Failed to submit the prediction\:\n{0} {1}
1101 info.invalid_jnet_job_result_data ={0}\n{1}\nInvalid JPred job result data\!\n{2}
1102 info.failed_to_submit_sequences_for_alignment = Failed to submit sequences for alignment.\nIt is most likely that there is a problem with the server.\nJust close the window\n
1103 info.alignment_object_method_notes = \nAlignment Object Method Notes\n
1104 info.server_exception = \n{0} Server exception\!\n{1}
1105 info.invalid_msa_input_mininfo = Need at least two sequences with at least 3 residues each, with no hidden regions between them.  
1106 info.invalid_msa_notenough = Not enough sequence data to align
1107 status.processing_commandline_args = Processing commandline arguments...
1108 status.das_features_being_retrived = DAS features being retrieved...
1109 status.searching_for_sequences_from = Searching for sequences from {0}
1110 status.finished_searching_for_sequences_from = Finished searching for sequences from {0}
1111 label.eps_file = EPS file
1112 label.png_image = PNG image
1113 status.saving_file = Saving {0}
1114 status.export_complete = {0} Export completed.
1115 status.fetching_pdb = Fetching PDB {0}
1116 status.refreshing_news = Refreshing news
1117 status.importing_vamsas_session_from = Importing VAMSAS session from {0}
1118 status.opening_params = Opening {0}
1119 status.waiting_sequence_database_fetchers_init = Waiting for Sequence Database Fetchers to initialise
1120 status.init_sequence_database_fetchers = Initialising Sequence Database Fetchers
1121 status.fetching_sequence_queries_from = Fetching {0} sequence queries from {1}
1122 status.finshed_querying = Finished querying
1123 status.parsing_results = Parsing results.
1124 status.processing = Processing...
1125 status.refreshing_web_service_menus = Refreshing Web Service Menus
1126 status.collecting_job_results = Collecting job results.
1127 status.fetching_das_sequence_features = Fetching DAS Sequence Features
1128 status.no_das_sources_active = No DAS Sources Active
1129 status.das_feature_fetching_cancelled = DAS Feature Fetching Cancelled
1130 status.das_feature_fetching_complete = DAS Feature Fetching Complete
1131 status.fetching_db_refs = Fetching db refs
1132 status.loading_cached_pdb_entries = Loading Cached PDB Entries
1133 status.searching_for_pdb_structures = Searching for PDB Structures
1134 status.opening_file_for = opening file for
1135 status.colouring_chimera = Colouring Chimera
1136 label.font_doesnt_have_letters_defined = Font doesn't have letters defined\nso cannot be used\nwith alignment data
1137 label.font_too_small = Font size is too small
1138 label.error_loading_file_params = Error loading file {0}
1139 label.error_loading_jalview_file = Error loading Jalview file
1140 warn.out_of_memory_when_action = Out of memory when {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1141 warn.out_of_memory_loading_file = Out of memory loading file {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1142 label.out_of_memory = Out of memory
1143 label.invalid_id_column_width = Invalid ID Column width
1144 warn.user_defined_width_requirements = The user defined width for the\nannotation and sequence ID columns\nin exported figures must be\nat least 12 pixels wide.
1145 label.couldnt_create_sequence_fetcher = Couldn't create SequenceFetcher
1146 warn.couldnt_create_sequence_fetcher_client = Could not create the sequence fetcher client. Check error logs for details.
1147 warn.server_didnt_pass_validation = Service did not pass validation.\nCheck the Jalview Console for more details.
1148 warn.url_must_contain = Sequence URL must contain $SEQUENCE_ID$, $DB_ACCESSION$, or a regex
1149 warn.urls_not_contacted = URLs that could not be contacted
1150 warn.urls_no_jaba = URLs without any JABA Services
1151 info.validate_jabaws_server = Validate JabaWS Server ?\n(Look in console output for results)
1152 label.test_server = Test Server?
1153 info.you_want_jalview_to_find_uniprot_accessions = Do you want Jalview to find\nUniprot Accession ids for given sequence names?
1154 label.find_uniprot_accession_ids = Find Uniprot Accession Ids
1155 label.new_sequence_fetcher = New Sequence Fetcher
1156 label.additional_sequence_fetcher = Additional Sequence Fetcher
1157 label.select_database_retrieval_source = Select Database Retrieval Source
1158 label.overwrite_existing_file = Overwrite existing file?
1159 label.file_already_exists = File exists
1160 label.edit_jabaws_url = Edit JABAWS URL
1161 label.add_jabaws_url = Add new JABAWS URL
1162 label.news_from_jalview = News from http://www.jalview.org
1163 label.cut_paste_alignmen_file = Cut & Paste Alignment File
1164 label.enter_redundancy_threshold = Enter the redundancy threshold
1165 label.select_dark_light_set_threshold = <html><i>Select a dark and light text colour, then set the threshold to<br>switch between colours, based on background colour</i></html>
1166 label.select_feature_colour = Select Feature Colour
1167 label.delete_all = Delete all sequences
1168 warn.delete_all = <html>Deleting all sequences will close the alignment window.<br>Confirm deletion or Cancel.
1169 label.add_annotations_for = Add annotations for
1170 action.choose_annotations = Choose Annotations...
1171 label.choose_annotations = Choose Annotations
1172 label.find = Find
1173 label.invalid_search = Search string invalid
1174 error.invalid_regex = Invalid regular expression
1175 label.ignore_gaps_consensus = Ignore Gaps In Consensus
1176 label.show_group_histogram = Show Group Histogram
1177 label.show_group_logo = Show Group Logo
1178 label.normalise_group_logo = Normalise Group Logo
1179 label.show_histogram = Show Histogram
1180 label.show_logo = Show Logo
1181 label.normalise_logo = Normalise Logo
1182 label.no_colour_selection_in_scheme = Please make a colour selection before applying colour scheme
1183 label.no_colour_selection_warn = Error saving colour scheme
1184 label.open_split_window? = Would you like to open as a split window, with cDNA and protein linked?
1185 label.open_split_window = Open split window
1186 action.no = No
1187 action.yes = Yes
1188 label.for = for
1189 label.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation
1190 action.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation...
1191 label.threshold_filter =  Threshold Filter
1192 label.alpha_helix = Alpha Helix
1193 label.beta_strand = Beta Strand
1194 label.turn = Turn
1195 label.select_all = Select All
1196 label.structures_filter = Structures Filter
1197 label.search_filter = Search Filter
1198 label.include_description= Include Description
1199 action.back = Back
1200 label.hide_insertions = Hide Insertions
1201 label.mark_as_representative = Mark as representative
1202 label.open_jabaws_web_page = Open JABAWS web page
1203 label.pdb_sequence_fetcher = PDB Sequence Fetcher
1204 label.result = result
1205 label.results = results
1206 label.structure_chooser = Structure Chooser
1207 label.select = Select : 
1208 label.invert = Invert 
1209 label.select_pdb_file = Select PDB File
1210 info.select_filter_option = Select Filter Option/Manual Entry
1211 info.associate_wit_sequence = Associate with Sequence
1212 label.search_result = Search Result
1213 label.found_structures_summary = Found Structures Summary
1214 label.configure_displayed_columns = Customise Displayed Options
1215 label.start_jalview = Start Jalview
1216 label.biojs_html_export = BioJS
1217 label.scale_as_cdna = Scale protein residues to codons
1218 label.scale_protein_to_cdna = Scale Protein to cDNA
1219 label.scale_protein_to_cdna_tip = Make protein residues same width as codons in split frame views
1220 info.select_annotation_row = Select Annotation Row
1221 info.enter_search_text_here = Enter Search Text Here
1222 info.enter_search_text_to_enable = Enter Search Text to Enable
1223 info.search_in_annotation_label = Search in {0} Label
1224 info.search_in_annotation_description = Search in {0} Description
1225 info.change_threshold_mode_to_enable = Change Threshold Mode to Enable
1226 label.couldnt_read_data = Couldn't read data
1227 label.embbed_biojson = Embed BioJSON to HTML export
1228 action.export_groups = Export Groups
1229 action.export_annotations = Export Annotations
1230 action.export_hidden_columns = Export Hidden Columns
1231 action.export_hidden_sequences = Export Hidden Sequences
1232 action.export_features = Export Features
1233 label.export_settings = Export Settings
1234 label.pdb_web-service_error = PDB Web-service Error
1235 label.structure_chooser_manual_association = Structure Chooser - Manual association
1236 label.structure_chooser_filter_time = Structure Chooser - Filter time ({0})
1237 label.structure_chooser_no_of_structures = Structure Chooser - {0} Found ({1})
1238 info.no_pdb_entry_found_for = No PDB entry found for {0}
1239 exception.unable_to_detect_internet_connection = Jalview is unable to detect an internet connection
1240 exception.fts_rest_service_no_longer_available = {0} rest services no longer available!
1241 exception.resource_not_be_found = The requested resource could not be found
1242 exception.fts_server_error = There seems to be an error from the {0} server
1243 exception.fts_server_unreachable = Jalview is unable to reach the {0} server. \nPlease ensure that you are connected to the internet and try again.
1244 label.nw_mapping = Needleman & Wunsch Alignment
1245 label.sifts_mapping = SIFTs Mapping
1246 label.mapping_method = Sequence \u27f7 Structure mapping method
1247 status.waiting_for_user_to_select_output_file = Waiting for user to select {0} file
1248 status.cancelled_image_export_operation = Cancelled {0} export operation
1249 info.error_creating_file = Error creating {0} file
1250 exception.outofmemory_loading_mmcif_file = Out of memory loading mmCIF File
1251 label.run_groovy = Run Groovy console script
1252 label.run_groovy_tip = Run the script in the Groovy console over this alignment
1253 label.couldnt_run_groovy_script = Failed to run Groovy script
1254 label.uniprot_sequence_fetcher = UniProt Sequence Fetcher
1255 action.next_page= >> 
1256 action.prev_page= << 
1257 label.next_page_tooltip=Next Page
1258 label.prev_page_tooltip=Previous Page
1259 exception.bad_request=Bad request. There is a problem with your input.
1260 exception.service_not_available=Service not available. The server is being updated, try again later.
1261 status.launching_3d_structure_viewer = Launching 3D Structure viewer...
1262 status.fetching_3d_structures_for_selected_entries = Fetching 3D Structures for selected entries...
1263 status.fetching_dbrefs_for_sequences_without_valid_refs = Fetching db refs for {0} sequence(s) without valid db ref required for SIFTS mapping
1264 status.fetching_3d_structures_for = Fetching 3D Structure for {0}
1265 status.obtaining_mapping_with_sifts = Obtaining mapping with SIFTS
1266 status.obtaining_mapping_with_nw_alignment = Obtaining mapping with NW alignment
1267 status.exporting_alignment_as_x_file = Exporting alignment as {0} file
1268 label.column = Column
1269 label.cant_map_cds = Unable to map CDS to protein\nCDS missing or incomplete
1270 label.operation_failed = Operation failed
1271 label.SEQUENCE_ID_no_longer_used = $SEQUENCE_ID$ is no longer used for DB accessions
1272 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1 = Please review your URL links in the 'Connections' tab of the Preferences window:
1273 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2 = URL links using '$SEQUENCE_ID$' for DB accessions now use '$DB_ACCESSION$'.
1274 label.do_not_display_again = Do not display this message again
1275 exception.url_cannot_have_miriam_id = {0} is a MIRIAM id and cannot be used as a custom url name
1276 exception.url_cannot_have_duplicate_id = {0} cannot be used as a label for more than one line
1277 label.filter = Filter text:
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1279 action.showall = Show All
1280 label.insert = Insert:
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1283 label.primary = Double Click
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1286 label.database = Database
1287 label.urltooltip = Only one url, which must use a sequence id, can be selected for the 'On Click' option
1288 label.edit_sequence_url_link = Edit sequence URL link
1289 warn.name_cannot_be_duplicate = User-defined URL names must be unique and cannot be MIRIAM ids
1290 label.invalid_name = Invalid Name !
1291 label.output_seq_details = Output Sequence Details to list all database references
1292 label.urllinks = Links