resources/scoreModel/blosum62.scm

   1 ScoreMatrix BLOSUM62
   2 ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX *
   3 #
   4 # The BLOSUM62 substitution matrix, as at https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Class/FieldGuide/BLOSUM62.txt
   5 # The first line declares a ScoreMatrix with the name BLOSUM62 (shown in menus)
   6 # The second line gives the symbols for which scores are held in the matrix
   7 # These may include a space (but not as the first or last character)
   8 #
   9 # Scores are not symbol case sensitive, unless column(s) are provided for lower case characters
  10 # The 'guide symbol' at the start of each row of score values is optional
  11 #
  12 # Header line with symbols may be provided as a guide
  13 # Values may be integer or floating point, delimited by tab, space, comma or combinations
  14 #
  15         A       R       N       D       C       Q       E       G       H       I       L       K       M       F       P       S       T       W       Y       V       B       Z       X           *
  16 #
  17 A       4       -1      -2      -2      0       -1      -1      0       -2      -1      -1      -1      -1      -2      -1      1       0       -3      -2      0       -2      -1      0       -4 -4
  18 R       -1      5       0       -2      -3      1       0       -2      0       -3      -2      2       -1      -3      -2      -1      -1      -3      -2      -3      -1      0       -1      -4 -4
  19 N       -2      0       6       1       -3      0       0       0       1       -3      -3      0       -2      -3      -2      1       0       -4      -2      -3      3       0       -1      -4 -4
  20 D       -2      -2      1       6       -3      0       2       -1      -1      -3      -4      -1      -3      -3      -1      0       -1      -4      -3      -3      4       1       -1      -4 -4
  21 C       0       3       -3      -3      9       -3      -4      -3      -3      -1      -1      -3      -1      -2      -3      -1      -1      -2      -2      -1      -3      -3      -2      -4 -4
  22 Q       -1      1       0       0       -3      5       2       -2      0       -3      -2      1       0       -3      -1      0       -1      -2      -1      -2      0       3       -1      -4 -4
  23 E       -1      0       0       2       -4      2       5       -2      0       -3      -3      1       -2      -3      -1      0       -1      -3      -2      -2      1       4       -1      -4 -4
  24 G       0       -2      0       -1      -3      -2      -2      6       -2      -4      -4      -2      -3      -3      -2      0       -2      -2      -3      -3      -1      -2      -1      -4 -4
  25 H       -2      0       1       -1      -3      0       0       -2      8       -3      -3      -1      -2      -1      -2      -1      -2      -2      2       -3      0       0       -1      -4 -4
  26 I       -1      -3      -3      -3      -1      -3      -3      -4      -3      4       2       -3      1       0       -3      -2      -1      -3      -1      3       -3      -3      -1      -4 -4
  27 L       -1      -2      -3      -4      -1      -2      -3      -4      -3      2       4       -2      2       0       -3      -2      -1      -2      -1      1       -4      -3      -1      -4 -4
  28 K       -1      2       0       -1      -3      1       1       -2      -1      -3      -2      5       -1      -3      -1      0       -1      -3      -2      -2      0       1       -1      -4 -4
  29 M       -1      -1      -2      -3      -1      0       -2      -3      -2      1       2       -1      5       0       -2      -1      -1      -1      -1      1       -3      -1      -1      -4 -4
  30 F       -2      -3      -3      -3      -2      -3      -3      -3      -1      0       0       -3      0       6       -4      -2      -2      1       3       -1      -3      -3      -1      -4 -4
  31 P       -1      -2      -2      -1      -3      -1      -1      -2      -2      -3      -3      -1      -2      -4      7       -1      -1      -4      -3      -2      -2      -1      -2      -4 -4
  32 S       1       -1      1       0       -1      0       0       0       -1      -2      -2      0       -1      -2      -1      4       1       -3      -2      -2      0       0       0       -4 -4
  33 T       0       -1      0       -1      -1      -1      -1      -2      -2      -1      -1      -1      -1      -2      -1      1       5       -2      -2      0       -1      -1      0       -4 -4
  34 W       -3      -3      -4      -4      -2      -2      -3      -2      -2      -3      -2      -3      -1      1       -4      -3      -2      11      2       -3      -4      -3      -2      -4 -4
  35 Y       -2      -2      -2      -3      -2      -1      -2      -3      2       -1      -1      -2      -1      3       -3      -2      -2      2       7       -1      -3      -2      -1      -4 -4
  36 V       0       -3      -3      -3      -1      -2      -2      -3      -3      3       1       -2      1       -1      -2      -2      0       -3      -1      4       -3      -2      -1      -4 -4
  37 B       -2      -1      3       4       -3      0       1       -1      0       -3      -4      0       -3      -3      -2      0       -1      -4      -3      -3      4       1       -1      -4 -4
  38 Z       -1      0       0       1       -3      3       4       -2      0       -3      -3      1       -1      -3      -1      0       -1      -3      -2      -2      1       4       -1      -4 -4
  39 X       0       -1      -1      -1      -2      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -2      0       0       -2      -1      -1      -1      -1      -1      -4 -4
  40         -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      1  1
  41 *       -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      -4      1  1
  42 #
  43 #       A       R       N       D       C       Q       E       G       H       I       L       K       M       F       P       S       T       W       Y       V       B       Z       X       *