resources/scoreModel/blosum80.scm

   1 #
   2 # Source: http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?aaindex:HENS920103
   3 #
   4 H HENS920103
   5 D BLOSUM80 substitution matrix (Henikoff-Henikoff, 1992)
   6 R PMID:1438297
   7 A Henikoff, S. and Henikoff, J.G.
   8 T Amino acid substitution matrices from protein blocks
   9 J Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89, 10915-10919 (1992)
  10 * matrix in 1/3 Bit Units
  11 M rows = ARNDCQEGHILKMFPSTWYV, cols = ARNDCQEGHILKMFPSTWYV
  12       7.
  13      -3.      9.
  14      -3.     -1.      9.
  15      -3.     -3.      2.     10.
  16      -1.     -6.     -5.     -7.     13.
  17      -2.      1.      0.     -1.     -5.      9.
  18      -2.     -1.     -1.      2.     -7.      3.      8.
  19       0.     -4.     -1.     -3.     -6.     -4.     -4.      9.
  20      -3.      0.      1.     -2.     -7.      1.      0.     -4.     12.
  21      -3.     -5.     -6.     -7.     -2.     -5.     -6.     -7.     -6.      7.
  22      -3.     -4.     -6.     -7.     -3.     -4.     -6.     -7.     -5.      2.      6.
  23      -1.      3.      0.     -2.     -6.      2.      1.     -3.     -1.     -5.     -4.      8.
  24      -2.     -3.     -4.     -6.     -3.     -1.     -4.     -5.     -4.      2.      3.     -3.      9.
  25      -4.     -5.     -6.     -6.     -4.     -5.     -6.     -6.     -2.     -1.      0.     -5.      0.     10.
  26      -1.     -3.     -4.     -3.     -6.     -3.     -2.     -5.     -4.     -5.     -5.     -2.     -4.     -6.     12.
  27       2.     -2.      1.     -1.     -2.     -1.     -1.     -1.     -2.     -4.     -4.     -1.     -3.     -4.     -2.      7.
  28       0.     -2.      0.     -2.     -2.     -1.     -2.     -3.     -3.     -2.     -3.     -1.     -1.     -4.     -3.      2.      8.
  29      -5.     -5.     -7.     -8.     -5.     -4.     -6.     -6.     -4.     -5.     -4.     -6.     -3.      0.     -7.     -6.     -5.     16.
  30      -4.     -4.     -4.     -6.     -5.     -3.     -5.     -6.      3.     -3.     -2.     -4.     -3.      4.     -6.     -3.     -3.      3.     11.
  31      -1.     -4.     -5.     -6.     -2.     -4.     -4.     -6.     -5.      4.      1.     -4.      1.     -2.     -4.     -3.      0.     -5.     -3.      7.
  32 //