resources/scoreModel/dna.scm

   1 ScoreMatrix DNA
   2 ACGTUIXRYN -
   3 #
   4 # A DNA substitution matrix.
   5 # This is an ad-hoc matrix which, in addition to penalising mutations between the common
   6 # nucleotides (ACGT), includes T/U equivalence in order to allow both DNA and/or RNA.
   7 # In addition, it encodes weak equivalence between R and Y with AG and CTU, respectively,
   8 # and N is allowed to match any other base weakly.
   9 # This matrix also includes I (Inosine) and X (Xanthine), but encodes them to weakly match
  10 # any of (ACGTU), and unfavourably match each other.
  11 #
  12 # The first line declares a ScoreMatrix with the name DNA (shown in menus)
  13 # The second line gives the symbols for which scores are held in the matrix
  14 # These may include a space (but not as the first or last character)
  15 # Scores are not case sensitive, unless column(s) are provided for lower case characters
  16 #
  17 #
  18 # Comment line with symbols is provided as a guide
  19 # Values may be integer or floating point, delimited by tab, space, comma or combinations
  20 #
  21 #       A       C       G       T       U       I       X       R       Y       N               -
  22 #
  23         10      -8      -8      -8      -8      1       1       1       -8      1       1       1
  24         -8      10      -8      -8      -8      1       1       -8      1       1       1       1
  25         -8      -8      10      -8      -8      1       1       1       -8      1       1       1
  26         -8      -8      -8      10      10      1       1       -8      1       1       1       1
  27         -8      -8      -8      10      10      1       1       -8      1       1       1       1
  28         1       1       1       1       1       10      0       0       0       1       1       1
  29         1       1       1       1       1       0       10      0       0       1       1       1
  30         1       -8      1       -8      -8      0       0       10      -8      1       1       1
  31         -8      1       -8      1       1       0       0       -8      10      1       1       1
  32         1       1       1       1       1       1       1       1       1       10      1       1
  33         1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  34         1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1       1
  35 #
  36 #       A       C       G       T       U       I       X       R       Y       N               -