resources/scoreModel/pam250.scm

   1 ScoreMatrix PAM250
   2 #
   3 # The PAM250 substitution matrix
   4 # The first line declares a ScoreMatrix with the name PAM250 (shown in menus)
   5 # Scores are not case sensitive, unless column(s) are provided for lower case characters
   6 # Values may be integer or floating point, delimited by tab, space, comma or combinations
   7 #
   8          A       R       N       D       C       Q       E       G       H       I       L       K       M       F       P       S       T       W       Y       V       B       Z       X       *
   9 A        2      -2       0       0      -2       0       0       1      -1      -1      -2      -1      -1      -3       1       1       1      -6      -3       0       0       0       0      -8
  10 R       -2       6       0      -1      -4       1      -1      -3       2      -2      -3       3       0      -4       0       0      -1       2      -4      -2      -1       0      -1      -8
  11 N        0       0       2       2      -4       1       1       0       2      -2      -3       1      -2      -3       0       1       0      -4      -2      -2       2       1       0      -8
  12 D        0      -1       2       4      -5       2       3       1       1      -2      -4       0      -3      -6      -1       0       0      -7      -4      -2       3       3      -1      -8
  13 C       -2      -4      -4      -5      12      -5      -5      -3      -3      -2      -6      -5      -5      -4      -3       0      -2      -8       0      -2      -4      -5      -3      -8
  14 Q        0       1       1       2      -5       4       2      -1       3      -2      -2       1      -1      -5       0      -1      -1      -5      -4      -2       1       3      -1      -8
  15 E        0      -1       1       3      -5       2       4       0       1      -2      -3       0      -2      -5      -1       0       0      -7      -4      -2       3       3      -1      -8
  16 G        1      -3       0       1      -3      -1       0       5      -2      -3      -4      -2      -3      -5       0       1       0      -7      -5      -1       0       0      -1      -8
  17 H       -1       2       2       1      -3       3       1      -2       6      -2      -2       0      -2      -2       0      -1      -1      -3       0      -2       1       2      -1      -8
  18 I       -1      -2      -2      -2      -2      -2      -2      -3      -2       5       2      -2       2       1      -2      -1       0      -5      -1       4      -2      -2      -1      -8
  19 L       -2      -3      -3      -4      -6      -2      -3      -4      -2       2       6      -3       4       2      -3      -3      -2      -2      -1       2      -3      -3      -1      -8
  20 K       -1       3       1       0      -5       1       0      -2       0      -2      -3       5       0      -5      -1       0       0      -3      -4      -2       1       0      -1      -8
  21 M       -1       0      -2      -3      -5      -1      -2      -3      -2       2       4       0       6       0      -2      -2      -1      -4      -2       2      -2      -2      -1      -8
  22 F       -3      -4      -3      -6      -4      -5      -5      -5      -2       1       2      -5       0      9       -5      -3      -3       0       7      -1      -4      -5      -2      -8
  23 P        1       0       0      -1      -3       0      -1       0       0      -2      -3      -1      -2      -5       6       1       0      -6      -5      -1      -1       0      -1      -8
  24 S        1       0       1       0       0      -1       0       1      -1      -1      -3       0      -2      -3       1       2       1      -2      -3      -1       0       0       0      -8
  25 T        1      -1       0       0      -2      -1       0       0      -1       0      -2       0      -1      -3       0       1       3      -5      -3       0       0      -1       0      -8
  26 W       -6       2      -4      -7      -8      -5      -7      -7      -3      -5      -2      -3      -4       0      -6      -2      -5      17       0      -6      -5      -6      -4      -8
  27 Y       -3      -4      -2      -4       0      -4      -4      -5       0      -1      -1      -4      -2       7      -5      -3      -3       0      10      -2      -3      -4      -2      -8
  28 V        0      -2      -2      -2      -2      -2      -2      -1      -2       4       2      -2       2      -1      -1      -1       0      -6      -2       4      -2      -2      -1      -8
  29 B        0      -1       2       3      -4       1       3       0       1      -2      -3       1      -2      -4      -1       0       0      -5      -3      -2       3       2      -1      -8
  30 Z        0       0       1       3      -5       3       3       0       2      -2      -3       0      -2      -5       0       0      -1      -6      -4      -2       2       3      -1      -8
  31 X        0      -1       0      -1      -3      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -1      -2      -1       0       0      -4      -2      -1      -1      -1      -1      -8
  32 *       -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8      -8       1