site/j2s/jalview/workers/AlignCalcManager.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.workers");
   2 Clazz.load (["jalview.api.AlignCalcManagerI", "java.util.ArrayList", "$.Collections", "$.HashSet", "$.Hashtable"], "jalview.workers.AlignCalcManager", ["java.lang.Thread"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.restartable = null;
   5 this.blackList = null;
   6 this.inProgress = null;
   7 this.updating = null;
   8 this.canUpdate = null;
   9 Clazz.instantialize (this, arguments);
  10 }, jalview.workers, "AlignCalcManager", null, jalview.api.AlignCalcManagerI);
  11 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  12 this.restartable = java.util.Collections.synchronizedList ( new java.util.ArrayList ());
  13 this.blackList = java.util.Collections.synchronizedList ( new java.util.ArrayList ());
  14 this.inProgress = java.util.Collections.synchronizedMap ( new java.util.Hashtable ());
  15 this.updating = java.util.Collections.synchronizedMap ( new java.util.Hashtable ());
  16 this.canUpdate =  new java.util.HashSet ();
  17 });
  18 Clazz.overrideMethod (c$, "notifyStart",
  19 function (worker) {
  20 {
  21 var upd = this.updating.get (worker.getClass ());
  22 if (upd == null) {
  23 this.updating.put (worker.getClass (), upd = java.util.Collections.synchronizedList ( new java.util.ArrayList ()));
  24 }{
  25 upd.add (worker);
  26 }}}, "jalview.api.AlignCalcWorkerI");
  27 Clazz.overrideMethod (c$, "alreadyDoing",
  28 function (worker) {
  29 {
  30 return this.inProgress.containsKey (worker.getClass ());
  31 }}, "jalview.api.AlignCalcWorkerI");
  32 Clazz.overrideMethod (c$, "isPending",
  33 function (workingClass) {
  34 var upd;
  35 {
  36 upd = this.updating.get (workingClass.getClass ());
  37 if (upd == null) {
  38 return false;
  39 }{
  40 if (upd.size () > 1) {
  41 return true;
  42 }}return false;
  43 }}, "jalview.api.AlignCalcWorkerI");
  44 Clazz.defineMethod (c$, "numberLive",
  45 function (worker) {
  46 {
  47 var upd = this.updating.get (worker.getClass ());
  48 if (upd == null) {
  49 return 0;
  50 };return upd.size ();
  51 }}, "jalview.api.AlignCalcWorkerI");
  52 Clazz.overrideMethod (c$, "notifyWorking",
  53 function (worker) {
  54 {
  55 if (this.inProgress.get (worker.getClass ()) != null) {
  56 if (false) {
  57 System.err.println ("Warning: Multiple workers are running of type " + worker.getClass ());
  58 }return false;
  59 }this.inProgress.put (worker.getClass (), worker);
  60 }return true;
  61 }, "jalview.api.AlignCalcWorkerI");
  62 Clazz.overrideMethod (c$, "workerComplete",
  63 function (worker) {
  64 {
  65 this.inProgress.remove (worker.getClass ());
  66 var upd = this.updating.get (worker.getClass ());
  67 if (upd != null) {
  68 {
  69 upd.remove (worker);
  70 }this.canUpdate.add (worker);
  71 }}}, "jalview.api.AlignCalcWorkerI");
  72 Clazz.overrideMethod (c$, "workerCannotRun",
  73 function (worker) {
  74 {
  75 this.blackList.add (worker.getClass ());
  76 }}, "jalview.api.AlignCalcWorkerI");
  77 Clazz.defineMethod (c$, "isBlackListed",
  78 function (workerType) {
  79 {
  80 return this.blackList.contains (workerType);
  81 }}, "Class");
  82 Clazz.overrideMethod (c$, "startWorker",
  83 function (worker) {
  84 var tw =  new Thread (worker);
  85 tw.setName (worker.getClass ().toString ());
  86 tw.start ();
  87 }, "jalview.api.AlignCalcWorkerI");
  88 Clazz.defineMethod (c$, "isWorking",
  89 function (worker) {
  90 {
  91 return worker != null && this.inProgress.get (worker.getClass ()) === worker;
  92 }}, "jalview.api.AlignCalcWorkerI");
  93 Clazz.defineMethod (c$, "isWorking",
  94 function () {
  95 {
  96 return this.inProgress.size () > 0;
  97 }});
  98 Clazz.overrideMethod (c$, "registerWorker",
  99 function (worker) {
 100 {
 101 if (!this.restartable.contains (worker)) {
 102 this.restartable.add (worker);
 103 }this.startWorker (worker);
 104 }}, "jalview.api.AlignCalcWorkerI");
 105 Clazz.overrideMethod (c$, "restartWorkers",
 106 function () {
 107 {
 108 for (var worker, $worker = this.restartable.iterator (); $worker.hasNext () && ((worker = $worker.next ()) || true);) {
 109 this.startWorker (worker);
 110 }
 111 }});
 112 Clazz.overrideMethod (c$, "workingInvolvedWith",
 113 function (alignmentAnnotation) {
 114 {
 115 for (var worker, $worker = this.inProgress.values ().iterator (); $worker.hasNext () && ((worker = $worker.next ()) || true);) {
 116 if (worker.involves (alignmentAnnotation)) {
 117 return true;
 118 }}
 119 }{
 120 for (var workers, $workers = this.updating.values ().iterator (); $workers.hasNext () && ((workers = $workers.next ()) || true);) {
 121 for (var worker, $worker = workers.iterator (); $worker.hasNext () && ((worker = $worker.next ()) || true);) {
 122 if (worker.involves (alignmentAnnotation)) {
 123 return true;
 124 }}
 125 }
 126 }return false;
 127 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");
 128 Clazz.overrideMethod (c$, "updateAnnotationFor",
 129 function (workerClass) {
 130 var workers;
 131 {
 132 workers = this.canUpdate.toArray ( new Array (0));
 133 }for (var worker, $worker = 0, $$worker = workers; $worker < $$worker.length && ((worker = $$worker[$worker]) || true); $worker++) {
 134 if (workerClass.equals (worker.getClass ())) {
 135 worker.updateAnnotation ();
 136 }}
 137 }, "Class");
 138 Clazz.overrideMethod (c$, "getRegisteredWorkersOfClass",
 139 function (workerClass) {
 140 var workingClass =  new java.util.ArrayList ();
 141 var workers;
 142 {
 143 workers = this.canUpdate.toArray ( new Array (this.canUpdate.size ()));
 144 }for (var worker, $worker = 0, $$worker = workers; $worker < $$worker.length && ((worker = $$worker[$worker]) || true); $worker++) {
 145 if (workerClass.equals (worker.getClass ())) {
 146 workingClass.add (worker);
 147 }}
 148 return (workingClass.size () == 0) ? null : workingClass;
 149 }, "Class");
 150 Clazz.overrideMethod (c$, "startRegisteredWorkersOfClass",
 151 function (workerClass) {
 152 var workers = this.getRegisteredWorkersOfClass (workerClass);
 153 if (workers == null) {
 154 return false;
 155 }for (var worker, $worker = workers.iterator (); $worker.hasNext () && ((worker = $worker.next ()) || true);) {
 156 if (!this.isPending (worker)) {
 157 this.startWorker (worker);
 158 } else {
 159 System.err.println ("Pending exists for " + workerClass);
 160 }}
 161 return true;
 162 }, "Class");
 163 Clazz.overrideMethod (c$, "workerMayRun",
 164 function (worker) {
 165 {
 166 if (this.blackList.contains (worker.getClass ())) {
 167 this.blackList.remove (worker.getClass ());
 168 }}}, "jalview.api.AlignCalcWorkerI");
 169 Clazz.overrideMethod (c$, "removeRegisteredWorkersOfClass",
 170 function (typeToRemove) {
 171 var workers = this.getRegisteredWorkersOfClass (typeToRemove);
 172 var removable =  new java.util.ArrayList ();
 173 var toremovannot =  new java.util.HashSet ();
 174 {
 175 for (var worker, $worker = this.restartable.iterator (); $worker.hasNext () && ((worker = $worker.next ()) || true);) {
 176 if (typeToRemove.equals (worker.getClass ())) {
 177 removable.add (worker);
 178 toremovannot.add (worker);
 179 }}
 180 this.restartable.removeAll (removable);
 181 }{
 182 for (var worker, $worker = this.canUpdate.iterator (); $worker.hasNext () && ((worker = $worker.next ()) || true);) {
 183 if (typeToRemove.equals (worker.getClass ())) {
 184 removable.add (worker);
 185 toremovannot.add (worker);
 186 }}
 187 this.canUpdate.removeAll (removable);
 188 }}, "Class");
 189 });