site/j2s/jalview/workers/ConservationThread.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.workers");
   2 Clazz.load (["jalview.api.AlignCalcWorkerI", "jalview.workers.AlignCalcWorker"], "jalview.workers.ConservationThread", ["jalview.analysis.Conservation", "jalview.schemes.ResidueProperties", "java.lang.Thread", "java.util.ArrayList"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.ConsPercGaps = 25;
   5 this.cons = null;
   6 this.conservation = null;
   7 this.quality = null;
   8 this.alWidth = 0;
   9 Clazz.instantialize (this, arguments);
  10 }, jalview.workers, "ConservationThread", jalview.workers.AlignCalcWorker, jalview.api.AlignCalcWorkerI);
  11 Clazz.makeConstructor (c$,
  12 function (alignViewport, alignPanel) {
  13 Clazz.superConstructor (this, jalview.workers.ConservationThread, [alignViewport, alignPanel]);
  14 this.ConsPercGaps = alignViewport.getConsPercGaps ();
  15 }, "jalview.api.AlignViewportI,jalview.api.AlignmentViewPanel");
  16 Clazz.overrideMethod (c$, "run",
  17 function () {
  18 try {
  19 this.calcMan.notifyStart (this);
  20 while (!this.calcMan.notifyWorking (this)) {
  21 try {
  22 if (this.ap != null) {
  23 }Thread.sleep (200);
  24 } catch (ex) {
  25 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
  26 ex.printStackTrace ();
  27 } else {
  28 throw ex;
  29 }
  30 }
  31 }
  32 if (this.alignViewport.isClosed ()) {
  33 this.abortAndDestroy ();
  34 return;
  35 }var ourAnnot =  new java.util.ArrayList ();
  36 var alignment = this.alignViewport.getAlignment ();
  37 this.conservation = this.alignViewport.getAlignmentConservationAnnotation ();
  38 this.quality = this.alignViewport.getAlignmentQualityAnnot ();
  39 ourAnnot.add (this.conservation);
  40 ourAnnot.add (this.quality);
  41 this.ourAnnots = ourAnnot;
  42 this.ConsPercGaps = this.alignViewport.getConsPercGaps ();
  43 if (alignment == null || (this.alWidth = alignment.getWidth ()) < 0) {
  44 this.calcMan.workerComplete (this);
  45 return;
  46 }try {
  47 this.cons = jalview.analysis.Conservation.calculateConservation ("All", jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 3, alignment.getSequences (), 0, this.alWidth - 1, false, this.ConsPercGaps, this.quality != null);
  48 } catch (x) {
  49 if (Clazz.exceptionOf (x, IndexOutOfBoundsException)) {
  50 this.calcMan.workerComplete (this);
  51 return;
  52 } else {
  53 throw x;
  54 }
  55 }
  56 this.updateResultAnnotation (true);
  57 } catch (error) {
  58 if (Clazz.exceptionOf (error, OutOfMemoryError)) {
  59 this.ap.raiseOOMWarning ("calculating conservation", error);
  60 this.calcMan.workerCannotRun (this);
  61 } else {
  62 throw error;
  63 }
  64 }
  65 this.calcMan.workerComplete (this);
  66 if (this.ap != null) {
  67 this.ap.paintAlignment (true);
  68 }});
  69 Clazz.defineMethod (c$, "updateResultAnnotation",
  70  function (b) {
  71 if (b || !this.calcMan.isWorking (this) && this.cons != null && this.conservation != null && this.quality != null) {
  72 this.alignViewport.setConservation (this.cons);
  73 this.cons.completeAnnotations (this.conservation, this.quality, 0, this.alWidth);
  74 }}, "~B");
  75 Clazz.overrideMethod (c$, "updateAnnotation",
  76 function () {
  77 this.updateResultAnnotation (false);
  78 });
  79 });