site/j2s/jalview/workers/StrucConsensusThread.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.workers");
   2 Clazz.load (["jalview.api.AlignCalcWorkerI", "jalview.workers.AlignCalcWorker"], "jalview.workers.StrucConsensusThread", ["jalview.analysis.StructureFrequency", "java.lang.Thread"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.strucConsensus = null;
   5 this.hStrucConsensus = null;
   6 this.nseq = -1;
   7 Clazz.instantialize (this, arguments);
   8 }, jalview.workers, "StrucConsensusThread", jalview.workers.AlignCalcWorker, jalview.api.AlignCalcWorkerI);
   9 Clazz.overrideMethod (c$, "run",
  10 function () {
  11 try {
  12 if (this.calcMan.isPending (this)) {
  13 return;
  14 }this.calcMan.notifyStart (this);
  15 while (!this.calcMan.notifyWorking (this)) {
  16 try {
  17 if (this.ap != null) {
  18 }Thread.sleep (200);
  19 } catch (ex) {
  20 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
  21 ex.printStackTrace ();
  22 } else {
  23 throw ex;
  24 }
  25 }
  26 }
  27 if (this.alignViewport.isClosed ()) {
  28 this.abortAndDestroy ();
  29 return;
  30 }var alignment = this.alignViewport.getAlignment ();
  31 var aWidth = -1;
  32 if (alignment == null || (aWidth = alignment.getWidth ()) < 0) {
  33 this.calcMan.workerComplete (this);
  34 return;
  35 }this.strucConsensus = this.alignViewport.getAlignmentStrucConsensusAnnotation ();
  36 this.hStrucConsensus = this.alignViewport.getRnaStructureConsensusHash ();
  37 this.strucConsensus.annotations = null;
  38 this.strucConsensus.annotations =  new Array (aWidth);
  39 this.hStrucConsensus =  new Array (aWidth);
  40 var aa = this.alignViewport.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ();
  41 var rnaStruc = null;
  42 for (var i = 0; i < aa.length; i++) {
  43 if (aa[i].getRNAStruc () != null && aa[i].isValidStruc ()) {
  44 rnaStruc = aa[i];
  45 break;
  46 }}
  47 if (rnaStruc == null || !rnaStruc.isValidStruc ()) {
  48 this.calcMan.workerComplete (this);
  49 return;
  50 }try {
  51 var arr = alignment.getSequencesArray ();
  52 this.nseq = arr.length;
  53 jalview.analysis.StructureFrequency.calculate (arr, 0, alignment.getWidth (), this.hStrucConsensus, true, rnaStruc);
  54 } catch (x) {
  55 if (Clazz.exceptionOf (x, ArrayIndexOutOfBoundsException)) {
  56 this.calcMan.workerComplete (this);
  57 return;
  58 } else {
  59 throw x;
  60 }
  61 }
  62 this.alignViewport.setRnaStructureConsensusHash (this.hStrucConsensus);
  63 this.updateResultAnnotation (true);
  64 if (this.alignViewport.getGlobalColourScheme () != null) {
  65 this.alignViewport.getGlobalColourScheme ().setConsensus (this.hStrucConsensus);
  66 }} catch (error) {
  67 if (Clazz.exceptionOf (error, OutOfMemoryError)) {
  68 this.calcMan.workerCannotRun (this);
  69 this.ap.raiseOOMWarning ("calculating RNA structure consensus", error);
  70 } else {
  71 throw error;
  72 }
  73 } finally {
  74 this.calcMan.workerComplete (this);
  75 if (this.ap != null) {
  76 this.ap.paintAlignment (true);
  77 }}
  78 });
  79 Clazz.overrideMethod (c$, "updateAnnotation",
  80 function () {
  81 this.updateResultAnnotation (false);
  82 });
  83 Clazz.defineMethod (c$, "updateResultAnnotation",
  84 function (immediate) {
  85 if (immediate || !this.calcMan.isWorking (this) && this.strucConsensus != null && this.hStrucConsensus != null) {
  86 jalview.analysis.StructureFrequency.completeConsensus (this.strucConsensus, this.hStrucConsensus, 0, this.hStrucConsensus.length, this.alignViewport.isIgnoreGapsConsensus (), this.alignViewport.isShowSequenceLogo (), this.nseq);
  87 }}, "~B");
  88 });