src/MCview/AppletPDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.appletgui.AlignmentPanel;
  25 import jalview.appletgui.FeatureRenderer;
  26 import jalview.appletgui.SequenceRenderer;
  27 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.io.DataSourceType;
  30 import jalview.io.StructureFile;
  31 import jalview.renderer.seqfeatures.FeatureColourFinder;
  32 import jalview.structure.AtomSpec;
  33 import jalview.structure.StructureListener;
  34 import jalview.structure.StructureMapping;
  35 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  36 import jalview.util.MessageManager;
  37
  38 import java.awt.Color;
  39 import java.awt.Dimension;
  40 import java.awt.Event;
  41 import java.awt.Font;
  42 import java.awt.Graphics;
  43 import java.awt.Image;
  44 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  45 import java.awt.Panel;
  46 import java.awt.event.KeyAdapter;
  47 import java.awt.event.KeyEvent;
  48 import java.awt.event.MouseEvent;
  49 import java.awt.event.MouseListener;
  50 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  51 import java.io.PrintStream;
  52 import java.util.List;
  53 import java.util.Vector;
  54
  55 public class AppletPDBCanvas extends Panel implements MouseListener,
  56         MouseMotionListener, StructureListener
  57 {
  58
  59   MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);
  60
  61   MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
  62
  63   boolean redrawneeded = true;
  64
  65   int omx = 0;
  66
  67   int mx = 0;
  68
  69   int omy = 0;
  70
  71   int my = 0;
  72
  73   public StructureFile pdb;
  74
  75   PDBEntry pdbentry;
  76
  77   int bsize;
  78
  79   Image img;
  80
  81   Graphics ig;
  82
  83   Dimension prefsize;
  84
  85   float[] centre = new float[3];
  86
  87   float[] width = new float[3];
  88
  89   float maxwidth;
  90
  91   float scale;
  92
  93   String inStr;
  94
  95   String inType;
  96
  97   boolean bysequence = true;
  98
  99   boolean depthcue = true;
 100
 101   boolean wire = false;
 102
 103   boolean bymolecule = false;
 104
 105   boolean zbuffer = true;
 106
 107   boolean dragging;
 108
 109   int xstart;
 110
 111   int xend;
 112
 113   int ystart;
 114
 115   int yend;
 116
 117   int xmid;
 118
 119   int ymid;
 120
 121   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
 122
 123   public SequenceI[] sequence;
 124
 125   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
 126
 127   String appletToolTip = null;
 128
 129   int toolx, tooly;
 130
 131   PDBChain mainchain;
 132
 133   Vector<String> highlightRes;
 134
 135   boolean pdbAction = false;
 136
 137   Bond highlightBond1, highlightBond2;
 138
 139   boolean errorLoading = false;
 140
 141   boolean seqColoursReady = false;
 142
 143   FeatureRenderer fr;
 144
 145   AlignmentPanel ap;
 146
 147   StructureSelectionManager ssm;
 148
 149   public AppletPDBCanvas(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq,
 150           String[] chains, AlignmentPanel ap, DataSourceType protocol)
 151
 152   {
 153     this.ap = ap;
 154     this.pdbentry = pdbentry;
 155     this.sequence = seq;
 156
 157     ssm = StructureSelectionManager
 158             .getStructureSelectionManager(ap.av.applet);
 159
 160     try
 161     {
 162       pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol);
 163
 164       if (protocol == DataSourceType.PASTE)
 165       {
 166         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.getId());
 167       }
 168
 169     } catch (Exception ex)
 170     {
 171       ex.printStackTrace();
 172       return;
 173     }
 174
 175     pdbentry.setId(pdb.getId());
 176
 177     ssm.addStructureViewerListener(this);
 178
 179     colourBySequence();
 180
 181     int max = -10;
 182     int maxchain = -1;
 183     int pdbstart = 0;
 184     int pdbend = 0;
 185     int seqstart = 0;
 186     int seqend = 0;
 187
 188     // JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 189     SequenceI sequence = seq[0];
 190
 191     for (int i = 0; i < pdb.getChains().size(); i++)
 192     {
 193
 194       mappingDetails
 195               .append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = "
 196                       + pdb.getChains().elementAt(i).sequence
 197                               .getSequenceAsString());
 198       mappingDetails.append("\nNo of residues = "
 199               + pdb.getChains().elementAt(i).residues.size() + "\n\n");
 200
 201       // Now lets compare the sequences to get
 202       // the start and end points.
 203       // Align the sequence to the pdb
 204       // TODO: DNa/Pep switch
 205       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 206               pdb.getChains().elementAt(i).sequence, pdb.getChains()
 207                       .elementAt(i).isNa ? AlignSeq.DNA : AlignSeq.PEP);
 208       as.calcScoreMatrix();
 209       as.traceAlignment();
 210       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 211       {
 212         @Override
 213         public void print(String x)
 214         {
 215           mappingDetails.append(x);
 216         }
 217
 218         @Override
 219         public void println()
 220         {
 221           mappingDetails.append("\n");
 222         }
 223       };
 224
 225       as.printAlignment(ps);
 226
 227       if (as.maxscore > max)
 228       {
 229         max = as.maxscore;
 230         maxchain = i;
 231
 232         pdbstart = as.seq2start;
 233         pdbend = as.seq2end;
 234         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 235         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 236       }
 237
 238       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 239       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 240     }
 241
 242     mainchain = pdb.getChains().elementAt(maxchain);
 243
 244     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 245     mainchain.pdbend = pdbend;
 246     mainchain.seqstart = seqstart;
 247     mainchain.seqend = seqend;
 248     mainchain.isVisible = true;
 249     // mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);
 250     // mainchain.transferRESNUMFeatures(sequence, null);
 251     this.pdb = pdb;
 252     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 253
 254     // Initialize the matrices to identity
 255     for (int i = 0; i < 3; i++)
 256     {
 257       for (int j = 0; j < 3; j++)
 258       {
 259         if (i != j)
 260         {
 261           idmat.addElement(i, j, 0);
 262           objmat.addElement(i, j, 0);
 263         }
 264         else
 265         {
 266           idmat.addElement(i, j, 1);
 267           objmat.addElement(i, j, 1);
 268         }
 269       }
 270     }
 271
 272     addMouseMotionListener(this);
 273     addMouseListener(this);
 274
 275     addKeyListener(new KeyAdapter()
 276     {
 277       @Override
 278       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 279       {
 280         doKeyPressed(evt);
 281       }
 282     });
 283
 284     findCentre();
 285     findWidth();
 286
 287     setupBonds();
 288
 289     scale = findScale();
 290   }
 291
 292   Vector<Bond> visiblebonds;
 293
 294   void setupBonds()
 295   {
 296     seqColoursReady = false;
 297     // Sort the bonds by z coord
 298     visiblebonds = new Vector<Bond>();
 299
 300     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 301     {
 302       if (pdb.getChains().elementAt(ii).isVisible)
 303       {
 304         Vector<Bond> tmp = pdb.getChains().elementAt(ii).bonds;
 305
 306         for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
 307         {
 308           visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));
 309         }
 310       }
 311     }
 312     seqColoursReady = true;
 313     colourBySequence();
 314     redrawneeded = true;
 315     repaint();
 316   }
 317
 318   public void findWidth()
 319   {
 320     float[] max = new float[3];
 321     float[] min = new float[3];
 322
 323     max[0] = (float) -1e30;
 324     max[1] = (float) -1e30;
 325     max[2] = (float) -1e30;
 326
 327     min[0] = (float) 1e30;
 328     min[1] = (float) 1e30;
 329     min[2] = (float) 1e30;
 330
 331     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 332     {
 333       if (pdb.getChains().elementAt(ii).isVisible)
 334       {
 335         Vector<Bond> bonds = pdb.getChains().elementAt(ii).bonds;
 336
 337         for (Bond tmp : bonds)
 338         {
 339           if (tmp.start[0] >= max[0])
 340           {
 341             max[0] = tmp.start[0];
 342           }
 343
 344           if (tmp.start[1] >= max[1])
 345           {
 346             max[1] = tmp.start[1];
 347           }
 348
 349           if (tmp.start[2] >= max[2])
 350           {
 351             max[2] = tmp.start[2];
 352           }
 353
 354           if (tmp.start[0] <= min[0])
 355           {
 356             min[0] = tmp.start[0];
 357           }
 358
 359           if (tmp.start[1] <= min[1])
 360           {
 361             min[1] = tmp.start[1];
 362           }
 363
 364           if (tmp.start[2] <= min[2])
 365           {
 366             min[2] = tmp.start[2];
 367           }
 368
 369           if (tmp.end[0] >= max[0])
 370           {
 371             max[0] = tmp.end[0];
 372           }
 373
 374           if (tmp.end[1] >= max[1])
 375           {
 376             max[1] = tmp.end[1];
 377           }
 378
 379           if (tmp.end[2] >= max[2])
 380           {
 381             max[2] = tmp.end[2];
 382           }
 383
 384           if (tmp.end[0] <= min[0])
 385           {
 386             min[0] = tmp.end[0];
 387           }
 388
 389           if (tmp.end[1] <= min[1])
 390           {
 391             min[1] = tmp.end[1];
 392           }
 393
 394           if (tmp.end[2] <= min[2])
 395           {
 396             min[2] = tmp.end[2];
 397           }
 398         }
 399       }
 400     }
 401
 402     width[0] = Math.abs(max[0] - min[0]);
 403     width[1] = Math.abs(max[1] - min[1]);
 404     width[2] = Math.abs(max[2] - min[2]);
 405
 406     maxwidth = width[0];
 407
 408     if (width[1] > width[0])
 409     {
 410       maxwidth = width[1];
 411     }
 412
 413     if (width[2] > width[1])
 414     {
 415       maxwidth = width[2];
 416     }
 417
 418     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 419   }
 420
 421   public float findScale()
 422   {
 423     int dim;
 424     int width;
 425     int height;
 426
 427     if (getSize().width != 0)
 428     {
 429       width = getSize().width;
 430       height = getSize().height;
 431     }
 432     else
 433     {
 434       width = prefsize.width;
 435       height = prefsize.height;
 436     }
 437
 438     if (width < height)
 439     {
 440       dim = width;
 441     }
 442     else
 443     {
 444       dim = height;
 445     }
 446
 447     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 448   }
 449
 450   public void findCentre()
 451   {
 452     float xtot = 0;
 453     float ytot = 0;
 454     float ztot = 0;
 455
 456     int bsize = 0;
 457
 458     // Find centre coordinate
 459     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 460     {
 461       if (pdb.getChains().elementAt(ii).isVisible)
 462       {
 463         Vector<Bond> bonds = pdb.getChains().elementAt(ii).bonds;
 464
 465         bsize += bonds.size();
 466
 467         for (Bond b : bonds)
 468         {
 469           xtot = xtot + b.start[0] + b.end[0];
 470           ytot = ytot + b.start[1] + b.end[1];
 471           ztot = ztot + b.start[2] + b.end[2];
 472         }
 473       }
 474     }
 475
 476     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 477     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 478     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 479   }
 480
 481   @Override
 482   public void paint(Graphics g)
 483   {
 484
 485     if (errorLoading)
 486     {
 487       g.setColor(Color.white);
 488       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 489       g.setColor(Color.black);
 490       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 491       g.drawString(
 492               MessageManager.getString("label.error_loading_pdb_data"), 50,
 493               getSize().height / 2);
 494       return;
 495     }
 496
 497     if (!seqColoursReady)
 498     {
 499       g.setColor(Color.black);
 500       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 501       g.drawString(MessageManager.getString("label.fetching_pdb_data"), 50,
 502               getSize().height / 2);
 503       return;
 504     }
 505
 506     // Only create the image at the beginning -
 507     // this saves much memory usage
 508     if ((img == null) || (prefsize.width != getSize().width)
 509             || (prefsize.height != getSize().height))
 510     {
 511
 512       try
 513       {
 514         prefsize.width = getSize().width;
 515         prefsize.height = getSize().height;
 516
 517         scale = findScale();
 518         img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 519         ig = img.getGraphics();
 520
 521         redrawneeded = true;
 522       } catch (Exception ex)
 523       {
 524         ex.printStackTrace();
 525       }
 526     }
 527
 528     if (redrawneeded)
 529     {
 530       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 531       redrawneeded = false;
 532     }
 533     if (appletToolTip != null)
 534     {
 535       ig.setColor(Color.red);
 536       ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);
 537     }
 538
 539     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 540
 541     pdbAction = false;
 542   }
 543
 544   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 545   {
 546     ig.setColor(Color.black);
 547     ig.fillRect(0, 0, width, height);
 548     drawScene(ig);
 549     drawLabels(ig);
 550   }
 551
 552   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 553   {
 554     bysequence = false;
 555     pdb.setColours(cs);
 556     redrawneeded = true;
 557     repaint();
 558   }
 559
 560   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 561   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 562   void colourBySequence()
 563   {
 564     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 565
 566     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 567
 568     boolean showFeatures = false;
 569     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
 570     {
 571       if (fr == null)
 572       {
 573         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(ap.av);
 574       }
 575
 576       fr.transferSettings(ap.getFeatureRenderer());
 577
 578       showFeatures = true;
 579     }
 580
 581     FeatureColourFinder finder = new FeatureColourFinder(fr);
 582
 583     PDBChain chain;
 584     if (bysequence && pdb != null)
 585     {
 586       for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 587       {
 588         chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
 589
 590         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 591         {
 592           Bond tmp = chain.bonds.elementAt(i);
 593           tmp.startCol = Color.lightGray;
 594           tmp.endCol = Color.lightGray;
 595           if (chain != mainchain)
 596           {
 597             continue;
 598           }
 599
 600           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 601           {
 602             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 603             {
 604               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 605               {
 606                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber) - 1;
 607                 if (pos > 0)
 608                 {
 609                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 610                   tmp.startCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 611                   if (showFeatures)
 612                   {
 613                     tmp.startCol = finder.findFeatureColour(tmp.startCol,
 614                             sequence[s], pos);
 615                   }
 616                 }
 617                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber) - 1;
 618                 if (pos > 0)
 619                 {
 620                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 621                   tmp.endCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 622                   if (showFeatures)
 623                   {
 624                     tmp.endCol = finder.findFeatureColour(tmp.endCol,
 625                             sequence[s], pos);
 626                   }
 627                 }
 628               }
 629             }
 630           }
 631         }
 632       }
 633     }
 634   }
 635
 636   Zsort zsort;
 637
 638   public void drawScene(Graphics g)
 639   {
 640     if (zbuffer)
 641     {
 642       if (zsort == null)
 643       {
 644         zsort = new Zsort();
 645       }
 646
 647       zsort.sort(visiblebonds);
 648     }
 649
 650     Bond tmpBond = null;
 651     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 652     {
 653       tmpBond = visiblebonds.elementAt(i);
 654
 655       xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 656       ystart = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 657
 658       xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 659       yend = (int) (((centre[1] - tmpBond.end[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 660
 661       xmid = (xend + xstart) / 2;
 662       ymid = (yend + ystart) / 2;
 663
 664       if (depthcue && !bymolecule)
 665       {
 666         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 667         {
 668           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 669           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 670
 671           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 672           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 673         }
 674         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 675         {
 676           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 677           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 678
 679           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 680           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 681         }
 682         else
 683         {
 684           g.setColor(tmpBond.startCol);
 685           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 686
 687           g.setColor(tmpBond.endCol);
 688           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 689         }
 690
 691       }
 692       else if (depthcue && bymolecule)
 693       {
 694         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 695         {
 696           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 697           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 698         }
 699         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 700         {
 701           g.setColor(Color.green.darker());
 702           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 703         }
 704         else
 705         {
 706           g.setColor(Color.green);
 707           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 708         }
 709       }
 710       else if (!depthcue && !bymolecule)
 711       {
 712         g.setColor(tmpBond.startCol);
 713         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 714         g.setColor(tmpBond.endCol);
 715         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 716       }
 717       else
 718       {
 719         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 720       }
 721
 722       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 723       {
 724         g.setColor(Color.white);
 725         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 726       }
 727
 728       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 729       {
 730         g.setColor(Color.white);
 731         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 732       }
 733
 734     }
 735   }
 736
 737   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 738   {
 739     if (!wire)
 740     {
 741       if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 742       {
 743         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 744         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 745         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 746       }
 747       else
 748       {
 749         g.setColor(g.getColor().brighter());
 750         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 751         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 752         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 753       }
 754     }
 755     else
 756     {
 757       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 758     }
 759   }
 760
 761   public Dimension minimumsize()
 762   {
 763     return prefsize;
 764   }
 765
 766   public Dimension preferredsize()
 767   {
 768     return prefsize;
 769   }
 770
 771   public void doKeyPressed(KeyEvent evt)
 772   {
 773     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 774     {
 775       scale = (float) (scale * 1.1);
 776       redrawneeded = true;
 777       repaint();
 778     }
 779     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 780     {
 781       scale = (float) (scale * 0.9);
 782       redrawneeded = true;
 783       repaint();
 784     }
 785   }
 786
 787   @Override
 788   public void mousePressed(MouseEvent e)
 789   {
 790     pdbAction = true;
 791     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 792     if (fatom != null)
 793     {
 794       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 795
 796       redrawneeded = true;
 797       repaint();
 798       if (foundchain != -1)
 799       {
 800         PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 801         if (chain == mainchain)
 802         {
 803           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 804           {
 805             if (highlightRes == null)
 806             {
 807               highlightRes = new Vector<String>();
 808             }
 809
 810             final String atomString = Integer
 811                     .toString(fatom.alignmentMapping);
 812             if (highlightRes.contains(atomString))
 813             {
 814               highlightRes.removeElement(atomString);
 815             }
 816             else
 817             {
 818               highlightRes.addElement(atomString);
 819             }
 820           }
 821         }
 822       }
 823
 824     }
 825     mx = e.getX();
 826     my = e.getY();
 827     omx = mx;
 828     omy = my;
 829     dragging = false;
 830   }
 831
 832   @Override
 833   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 834   {
 835     pdbAction = true;
 836     if (highlightBond1 != null)
 837     {
 838       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 839       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 840       highlightBond1 = null;
 841       highlightBond2 = null;
 842     }
 843
 844     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 845
 846     PDBChain chain = null;
 847     if (foundchain != -1)
 848     {
 849       chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 850       if (chain == mainchain)
 851       {
 852         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 853       }
 854     }
 855
 856     if (fatom != null)
 857     {
 858       toolx = e.getX();
 859       tooly = e.getY();
 860
 861       appletToolTip = chain.id + ":" + fatom.resNumber + " "
 862               + fatom.resName;
 863       redrawneeded = true;
 864       repaint();
 865     }
 866     else
 867     {
 868       mouseOverStructure(-1, chain != null ? chain.id : null);
 869       appletToolTip = null;
 870       redrawneeded = true;
 871       repaint();
 872     }
 873   }
 874
 875   @Override
 876   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 877   {
 878   }
 879
 880   @Override
 881   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 882   {
 883   }
 884
 885   @Override
 886   public void mouseExited(MouseEvent e)
 887   {
 888   }
 889
 890   @Override
 891   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 892   {
 893     int x = evt.getX();
 894     int y = evt.getY();
 895     mx = x;
 896     my = y;
 897
 898     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 899     objmat.setIdentity();
 900
 901     if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 902     {
 903       objmat.rotatez(((mx - omx)));
 904     }
 905     else
 906     {
 907       objmat.rotatex(((omy - my)));
 908       objmat.rotatey(((omx - mx)));
 909     }
 910
 911     // Alter the bonds
 912     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 913     {
 914       for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 915       {
 916         // Translate the bond so the centre is 0,0,0
 917         tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 918
 919         // Now apply the rotation matrix
 920         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 921         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 922
 923         // Now translate back again
 924         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 925       }
 926     }
 927
 928     objmat = null;
 929
 930     omx = mx;
 931     omy = my;
 932
 933     dragging = true;
 934
 935     redrawneeded = true;
 936
 937     repaint();
 938   }
 939
 940   @Override
 941   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 942   {
 943     dragging = false;
 944     return;
 945   }
 946
 947   void drawLabels(Graphics g)
 948   {
 949
 950     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 951     {
 952       if (chain.isVisible)
 953       {
 954         for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 955         {
 956           if (tmpBond.at1.isSelected)
 957           {
 958             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 959           }
 960
 961           if (tmpBond.at2.isSelected)
 962           {
 963             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 964           }
 965         }
 966       }
 967     }
 968   }
 969
 970   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 971   {
 972     g.setFont(font);
 973
 974     if (n == 1)
 975     {
 976       int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 977       int ystart = (int) (((centre[1] - b.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 978
 979       g.setColor(Color.red);
 980       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 981     }
 982
 983     if (n == 2)
 984     {
 985       int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 986       int ystart = (int) (((centre[1] - b.end[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 987
 988       g.setColor(Color.red);
 989       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 990     }
 991   }
 992
 993   int foundchain = -1;
 994
 995   public Atom findAtom(int x, int y)
 996   {
 997     Atom fatom = null;
 998
 999     foundchain = -1;
1000
1001     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
1002     {
1003       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
1004       int truex;
1005       Bond tmpBond = null;
1006
1007       if (chain.isVisible)
1008       {
1009         Vector<Bond> bonds = pdb.getChains().elementAt(ii).bonds;
1010
1011         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
1012         {
1013           tmpBond = bonds.elementAt(i);
1014
1015           truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
1016
1017           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
1018           {
1019             int truey = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
1020
1021             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1022             {
1023               fatom = tmpBond.at1;
1024               foundchain = ii;
1025               break;
1026             }
1027           }
1028         }
1029
1030         // Still here? Maybe its the last bond
1031
1032         truex = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
1033
1034         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
1035         {
1036           int truey = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
1037
1038           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1039           {
1040             fatom = tmpBond.at2;
1041             foundchain = ii;
1042             break;
1043           }
1044         }
1045
1046       }
1047
1048       if (fatom != null) // )&& chain.ds != null)
1049       {
1050         chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
1051       }
1052     }
1053
1054     return fatom;
1055   }
1056
1057   @Override
1058   public void update(Graphics g)
1059   {
1060     paint(g);
1061   }
1062
1063   public void highlightRes(int ii)
1064   {
1065     if (!seqColoursReady)
1066     {
1067       return;
1068     }
1069
1070     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((ii - 1) + ""))
1071     {
1072       return;
1073     }
1074
1075     int index = -1;
1076     Bond tmpBond;
1077     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1078     {
1079       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1080       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1081       {
1082         if (highlightBond1 != null)
1083         {
1084           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1085         }
1086
1087         if (highlightBond2 != null)
1088         {
1089           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1090         }
1091
1092         highlightBond1 = null;
1093         highlightBond2 = null;
1094
1095         if (index > 0)
1096         {
1097           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1098           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1099         }
1100
1101         if (index != mainchain.bonds.size())
1102         {
1103           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1104           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1105         }
1106
1107         break;
1108       }
1109     }
1110
1111     redrawneeded = true;
1112     repaint();
1113   }
1114
1115   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1116   {
1117     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
1118     {
1119       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
1120       chain.isVisible = b;
1121     }
1122     mainchain.isVisible = true;
1123     findCentre();
1124     setupBonds();
1125   }
1126
1127   // ////////////////////////////////
1128   // /StructureListener
1129   @Override
1130   public String[] getPdbFile()
1131   {
1132     return new String[] { pdbentry.getFile() };
1133   }
1134
1135   String lastMessage;
1136
1137   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1138   {
1139     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum + chain))
1140     {
1141       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1142     }
1143
1144     lastMessage = pdbResNum + chain;
1145   }
1146
1147   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1148
1149   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1150
1151   /**
1152    * Highlight the specified atoms in the structure.
1153    *
1154    * @param atoms
1155    */
1156   @Override
1157   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
1158   {
1159     if (!seqColoursReady)
1160     {
1161       return;
1162     }
1163     for (AtomSpec atom : atoms)
1164     {
1165       int atomIndex = atom.getAtomIndex();
1166
1167       if (highlightRes != null
1168               && highlightRes.contains((atomIndex - 1) + ""))
1169       {
1170         continue;
1171       }
1172
1173       highlightAtom(atomIndex);
1174     }
1175
1176     redrawneeded = true;
1177     repaint();
1178   }
1179
1180   /**
1181    * @param atomIndex
1182    */
1183   protected void highlightAtom(int atomIndex)
1184   {
1185     int index = -1;
1186     Bond tmpBond;
1187     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1188     {
1189       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1190       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1191       {
1192         if (highlightBond1 != null)
1193         {
1194           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1195         }
1196
1197         if (highlightBond2 != null)
1198         {
1199           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1200         }
1201
1202         highlightBond1 = null;
1203         highlightBond2 = null;
1204
1205         if (index > 0)
1206         {
1207           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1208           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1209         }
1210
1211         if (index != mainchain.bonds.size())
1212         {
1213           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1214           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1215         }
1216
1217         break;
1218       }
1219     }
1220   }
1221
1222   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1223           String pdbfile)
1224   {
1225     return Color.white;
1226     // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1227     // return null;
1228
1229     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1230   }
1231
1232   @Override
1233   public void updateColours(Object source)
1234   {
1235     colourBySequence();
1236     redrawneeded = true;
1237     repaint();
1238   }
1239
1240   @Override
1241   public void releaseReferences(Object svl)
1242   {
1243     // TODO Auto-generated method stub
1244
1245   }
1246
1247   @Override
1248   public boolean isListeningFor(SequenceI seq)
1249   {
1250     if (sequence != null)
1251     {
1252       for (SequenceI s : sequence)
1253       {
1254         if (s == seq)
1255         {
1256           return true;
1257         }
1258       }
1259     }
1260     return false;
1261   }
1262 }