src/MCview/AppletPDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.appletgui.AlignmentPanel;
  25 import jalview.appletgui.FeatureRenderer;
  26 import jalview.appletgui.SequenceRenderer;
  27 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.io.DataSourceType;
  30 import jalview.io.StructureFile;
  31 import jalview.structure.AtomSpec;
  32 import jalview.structure.StructureListener;
  33 import jalview.structure.StructureMapping;
  34 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  35 import jalview.util.MessageManager;
  36
  37 import java.awt.Color;
  38 import java.awt.Dimension;
  39 import java.awt.Event;
  40 import java.awt.Font;
  41 import java.awt.Graphics;
  42 import java.awt.Image;
  43 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  44 import java.awt.Panel;
  45 import java.awt.event.KeyAdapter;
  46 import java.awt.event.KeyEvent;
  47 import java.awt.event.MouseEvent;
  48 import java.awt.event.MouseListener;
  49 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  50 import java.io.PrintStream;
  51 import java.util.List;
  52 import java.util.Vector;
  53
  54 public class AppletPDBCanvas extends Panel implements MouseListener,
  55         MouseMotionListener, StructureListener
  56 {
  57
  58   MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);
  59
  60   MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
  61
  62   boolean redrawneeded = true;
  63
  64   int omx = 0;
  65
  66   int mx = 0;
  67
  68   int omy = 0;
  69
  70   int my = 0;
  71
  72   public StructureFile pdb;
  73
  74   PDBEntry pdbentry;
  75
  76   int bsize;
  77
  78   Image img;
  79
  80   Graphics ig;
  81
  82   Dimension prefsize;
  83
  84   float[] centre = new float[3];
  85
  86   float[] width = new float[3];
  87
  88   float maxwidth;
  89
  90   float scale;
  91
  92   String inStr;
  93
  94   String inType;
  95
  96   boolean bysequence = true;
  97
  98   boolean depthcue = true;
  99
 100   boolean wire = false;
 101
 102   boolean bymolecule = false;
 103
 104   boolean zbuffer = true;
 105
 106   boolean dragging;
 107
 108   int xstart;
 109
 110   int xend;
 111
 112   int ystart;
 113
 114   int yend;
 115
 116   int xmid;
 117
 118   int ymid;
 119
 120   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
 121
 122   public SequenceI[] sequence;
 123
 124   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
 125
 126   String appletToolTip = null;
 127
 128   int toolx, tooly;
 129
 130   PDBChain mainchain;
 131
 132   Vector<String> highlightRes;
 133
 134   boolean pdbAction = false;
 135
 136   Bond highlightBond1, highlightBond2;
 137
 138   boolean errorLoading = false;
 139
 140   boolean seqColoursReady = false;
 141
 142   FeatureRenderer fr;
 143
 144   AlignmentPanel ap;
 145
 146   StructureSelectionManager ssm;
 147
 148   public AppletPDBCanvas(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq,
 149           String[] chains, AlignmentPanel ap, DataSourceType protocol)
 150
 151   {
 152     this.ap = ap;
 153     this.pdbentry = pdbentry;
 154     this.sequence = seq;
 155
 156     ssm = StructureSelectionManager
 157             .getStructureSelectionManager(ap.av.applet);
 158
 159     try
 160     {
 161       pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol);
 162
 163       if (protocol == DataSourceType.PASTE)
 164       {
 165         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.getId());
 166       }
 167
 168     } catch (Exception ex)
 169     {
 170       ex.printStackTrace();
 171       return;
 172     }
 173
 174     pdbentry.setId(pdb.getId());
 175
 176     ssm.addStructureViewerListener(this);
 177
 178     colourBySequence();
 179
 180     int max = -10;
 181     int maxchain = -1;
 182     int pdbstart = 0;
 183     int pdbend = 0;
 184     int seqstart = 0;
 185     int seqend = 0;
 186
 187     // JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 188     SequenceI sequence = seq[0];
 189
 190     for (int i = 0; i < pdb.getChains().size(); i++)
 191     {
 192
 193       mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = "
 194               + pdb.getChains().elementAt(i).sequence.getSequenceAsString());
 195       mappingDetails.append("\nNo of residues = "
 196               + pdb.getChains().elementAt(i).residues.size() + "\n\n");
 197
 198       // Now lets compare the sequences to get
 199       // the start and end points.
 200       // Align the sequence to the pdb
 201       // TODO: DNa/Pep switch
 202       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 203               pdb.getChains().elementAt(i).sequence,
 204               pdb.getChains().elementAt(i).isNa ? AlignSeq.DNA : AlignSeq.PEP);
 205       as.calcScoreMatrix();
 206       as.traceAlignment();
 207       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 208       {
 209         @Override
 210         public void print(String x)
 211         {
 212           mappingDetails.append(x);
 213         }
 214
 215         @Override
 216         public void println()
 217         {
 218           mappingDetails.append("\n");
 219         }
 220       };
 221
 222       as.printAlignment(ps);
 223
 224       if (as.maxscore > max)
 225       {
 226         max = as.maxscore;
 227         maxchain = i;
 228
 229         pdbstart = as.seq2start;
 230         pdbend = as.seq2end;
 231         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 232         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 233       }
 234
 235       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 236       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 237     }
 238
 239     mainchain = pdb.getChains().elementAt(maxchain);
 240
 241     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 242     mainchain.pdbend = pdbend;
 243     mainchain.seqstart = seqstart;
 244     mainchain.seqend = seqend;
 245     mainchain.isVisible = true;
 246     // mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);
 247     // mainchain.transferRESNUMFeatures(sequence, null);
 248     this.pdb = pdb;
 249     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 250
 251     // Initialize the matrices to identity
 252     for (int i = 0; i < 3; i++)
 253     {
 254       for (int j = 0; j < 3; j++)
 255       {
 256         if (i != j)
 257         {
 258           idmat.addElement(i, j, 0);
 259           objmat.addElement(i, j, 0);
 260         }
 261         else
 262         {
 263           idmat.addElement(i, j, 1);
 264           objmat.addElement(i, j, 1);
 265         }
 266       }
 267     }
 268
 269     addMouseMotionListener(this);
 270     addMouseListener(this);
 271
 272     addKeyListener(new KeyAdapter()
 273     {
 274       @Override
 275       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 276       {
 277         doKeyPressed(evt);
 278       }
 279     });
 280
 281     findCentre();
 282     findWidth();
 283
 284     setupBonds();
 285
 286     scale = findScale();
 287   }
 288
 289   Vector<Bond> visiblebonds;
 290
 291   void setupBonds()
 292   {
 293     seqColoursReady = false;
 294     // Sort the bonds by z coord
 295     visiblebonds = new Vector<Bond>();
 296
 297     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 298     {
 299       if (pdb.getChains().elementAt(ii).isVisible)
 300       {
 301         Vector<Bond> tmp = pdb.getChains().elementAt(ii).bonds;
 302
 303         for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
 304         {
 305           visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));
 306         }
 307       }
 308     }
 309     seqColoursReady = true;
 310     colourBySequence();
 311     redrawneeded = true;
 312     repaint();
 313   }
 314
 315   public void findWidth()
 316   {
 317     float[] max = new float[3];
 318     float[] min = new float[3];
 319
 320     max[0] = (float) -1e30;
 321     max[1] = (float) -1e30;
 322     max[2] = (float) -1e30;
 323
 324     min[0] = (float) 1e30;
 325     min[1] = (float) 1e30;
 326     min[2] = (float) 1e30;
 327
 328     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 329     {
 330       if (pdb.getChains().elementAt(ii).isVisible)
 331       {
 332         Vector<Bond> bonds = pdb.getChains().elementAt(ii).bonds;
 333
 334         for (Bond tmp : bonds)
 335         {
 336           if (tmp.start[0] >= max[0])
 337           {
 338             max[0] = tmp.start[0];
 339           }
 340
 341           if (tmp.start[1] >= max[1])
 342           {
 343             max[1] = tmp.start[1];
 344           }
 345
 346           if (tmp.start[2] >= max[2])
 347           {
 348             max[2] = tmp.start[2];
 349           }
 350
 351           if (tmp.start[0] <= min[0])
 352           {
 353             min[0] = tmp.start[0];
 354           }
 355
 356           if (tmp.start[1] <= min[1])
 357           {
 358             min[1] = tmp.start[1];
 359           }
 360
 361           if (tmp.start[2] <= min[2])
 362           {
 363             min[2] = tmp.start[2];
 364           }
 365
 366           if (tmp.end[0] >= max[0])
 367           {
 368             max[0] = tmp.end[0];
 369           }
 370
 371           if (tmp.end[1] >= max[1])
 372           {
 373             max[1] = tmp.end[1];
 374           }
 375
 376           if (tmp.end[2] >= max[2])
 377           {
 378             max[2] = tmp.end[2];
 379           }
 380
 381           if (tmp.end[0] <= min[0])
 382           {
 383             min[0] = tmp.end[0];
 384           }
 385
 386           if (tmp.end[1] <= min[1])
 387           {
 388             min[1] = tmp.end[1];
 389           }
 390
 391           if (tmp.end[2] <= min[2])
 392           {
 393             min[2] = tmp.end[2];
 394           }
 395         }
 396       }
 397     }
 398
 399     width[0] = Math.abs(max[0] - min[0]);
 400     width[1] = Math.abs(max[1] - min[1]);
 401     width[2] = Math.abs(max[2] - min[2]);
 402
 403     maxwidth = width[0];
 404
 405     if (width[1] > width[0])
 406     {
 407       maxwidth = width[1];
 408     }
 409
 410     if (width[2] > width[1])
 411     {
 412       maxwidth = width[2];
 413     }
 414
 415     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 416   }
 417
 418   public float findScale()
 419   {
 420     int dim;
 421     int width;
 422     int height;
 423
 424     if (getSize().width != 0)
 425     {
 426       width = getSize().width;
 427       height = getSize().height;
 428     }
 429     else
 430     {
 431       width = prefsize.width;
 432       height = prefsize.height;
 433     }
 434
 435     if (width < height)
 436     {
 437       dim = width;
 438     }
 439     else
 440     {
 441       dim = height;
 442     }
 443
 444     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 445   }
 446
 447   public void findCentre()
 448   {
 449     float xtot = 0;
 450     float ytot = 0;
 451     float ztot = 0;
 452
 453     int bsize = 0;
 454
 455     // Find centre coordinate
 456     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 457     {
 458       if (pdb.getChains().elementAt(ii).isVisible)
 459       {
 460         Vector<Bond> bonds = pdb.getChains().elementAt(ii).bonds;
 461
 462         bsize += bonds.size();
 463
 464         for (Bond b : bonds)
 465         {
 466           xtot = xtot + b.start[0] + b.end[0];
 467           ytot = ytot + b.start[1] + b.end[1];
 468           ztot = ztot + b.start[2] + b.end[2];
 469         }
 470       }
 471     }
 472
 473     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 474     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 475     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 476   }
 477
 478   @Override
 479   public void paint(Graphics g)
 480   {
 481
 482     if (errorLoading)
 483     {
 484       g.setColor(Color.white);
 485       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 486       g.setColor(Color.black);
 487       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 488       g.drawString(
 489               MessageManager.getString("label.error_loading_pdb_data"), 50,
 490               getSize().height / 2);
 491       return;
 492     }
 493
 494     if (!seqColoursReady)
 495     {
 496       g.setColor(Color.black);
 497       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 498       g.drawString(MessageManager.getString("label.fetching_pdb_data"), 50,
 499               getSize().height / 2);
 500       return;
 501     }
 502
 503     // Only create the image at the beginning -
 504     // this saves much memory usage
 505     if ((img == null) || (prefsize.width != getSize().width)
 506             || (prefsize.height != getSize().height))
 507     {
 508
 509       try
 510       {
 511         prefsize.width = getSize().width;
 512         prefsize.height = getSize().height;
 513
 514         scale = findScale();
 515         img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 516         ig = img.getGraphics();
 517
 518         redrawneeded = true;
 519       } catch (Exception ex)
 520       {
 521         ex.printStackTrace();
 522       }
 523     }
 524
 525     if (redrawneeded)
 526     {
 527       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 528       redrawneeded = false;
 529     }
 530     if (appletToolTip != null)
 531     {
 532       ig.setColor(Color.red);
 533       ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);
 534     }
 535
 536     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 537
 538     pdbAction = false;
 539   }
 540
 541   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 542   {
 543     ig.setColor(Color.black);
 544     ig.fillRect(0, 0, width, height);
 545     drawScene(ig);
 546     drawLabels(ig);
 547   }
 548
 549   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 550   {
 551     bysequence = false;
 552     pdb.setColours(cs);
 553     redrawneeded = true;
 554     repaint();
 555   }
 556
 557   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 558   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 559   void colourBySequence()
 560   {
 561     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 562
 563     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 564
 565     boolean showFeatures = false;
 566     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
 567     {
 568       if (fr == null)
 569       {
 570         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(ap.av);
 571       }
 572
 573       fr.transferSettings(ap.getFeatureRenderer());
 574
 575       showFeatures = true;
 576     }
 577
 578     PDBChain chain;
 579     if (bysequence && pdb != null)
 580     {
 581       for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 582       {
 583         chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
 584
 585         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 586         {
 587           Bond tmp = chain.bonds.elementAt(i);
 588           tmp.startCol = Color.lightGray;
 589           tmp.endCol = Color.lightGray;
 590           if (chain != mainchain)
 591           {
 592             continue;
 593           }
 594
 595           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 596           {
 597             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 598             {
 599               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 600               {
 601                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber) - 1;
 602                 if (pos > 0)
 603                 {
 604                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 605                   tmp.startCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 606                   if (showFeatures)
 607                   {
 608                     tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol,
 609                             sequence[s], pos);
 610                   }
 611                 }
 612                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber) - 1;
 613                 if (pos > 0)
 614                 {
 615                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 616                   tmp.endCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 617                   if (showFeatures)
 618                   {
 619                     tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol,
 620                             sequence[s], pos);
 621                   }
 622                 }
 623
 624               }
 625             }
 626           }
 627         }
 628       }
 629     }
 630   }
 631
 632   Zsort zsort;
 633
 634   public void drawScene(Graphics g)
 635   {
 636     if (zbuffer)
 637     {
 638       if (zsort == null)
 639       {
 640         zsort = new Zsort();
 641       }
 642
 643       zsort.sort(visiblebonds);
 644     }
 645
 646     Bond tmpBond = null;
 647     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 648     {
 649       tmpBond = visiblebonds.elementAt(i);
 650
 651       xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 652       ystart = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 653
 654       xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 655       yend = (int) (((centre[1] - tmpBond.end[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 656
 657       xmid = (xend + xstart) / 2;
 658       ymid = (yend + ystart) / 2;
 659
 660       if (depthcue && !bymolecule)
 661       {
 662         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 663         {
 664           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 665           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 666
 667           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 668           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 669         }
 670         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 671         {
 672           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 673           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 674
 675           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 676           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 677         }
 678         else
 679         {
 680           g.setColor(tmpBond.startCol);
 681           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 682
 683           g.setColor(tmpBond.endCol);
 684           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 685         }
 686
 687       }
 688       else if (depthcue && bymolecule)
 689       {
 690         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 691         {
 692           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 693           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 694         }
 695         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 696         {
 697           g.setColor(Color.green.darker());
 698           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 699         }
 700         else
 701         {
 702           g.setColor(Color.green);
 703           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 704         }
 705       }
 706       else if (!depthcue && !bymolecule)
 707       {
 708         g.setColor(tmpBond.startCol);
 709         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 710         g.setColor(tmpBond.endCol);
 711         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 712       }
 713       else
 714       {
 715         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 716       }
 717
 718       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 719       {
 720         g.setColor(Color.white);
 721         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 722       }
 723
 724       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 725       {
 726         g.setColor(Color.white);
 727         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 728       }
 729
 730     }
 731   }
 732
 733   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 734   {
 735     if (!wire)
 736     {
 737       if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 738       {
 739         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 740         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 741         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 742       }
 743       else
 744       {
 745         g.setColor(g.getColor().brighter());
 746         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 747         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 748         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 749       }
 750     }
 751     else
 752     {
 753       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 754     }
 755   }
 756
 757   public Dimension minimumsize()
 758   {
 759     return prefsize;
 760   }
 761
 762   public Dimension preferredsize()
 763   {
 764     return prefsize;
 765   }
 766
 767   public void doKeyPressed(KeyEvent evt)
 768   {
 769     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 770     {
 771       scale = (float) (scale * 1.1);
 772       redrawneeded = true;
 773       repaint();
 774     }
 775     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 776     {
 777       scale = (float) (scale * 0.9);
 778       redrawneeded = true;
 779       repaint();
 780     }
 781   }
 782
 783   @Override
 784   public void mousePressed(MouseEvent e)
 785   {
 786     pdbAction = true;
 787     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 788     if (fatom != null)
 789     {
 790       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 791
 792       redrawneeded = true;
 793       repaint();
 794       if (foundchain != -1)
 795       {
 796         PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 797         if (chain == mainchain)
 798         {
 799           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 800           {
 801             if (highlightRes == null)
 802             {
 803               highlightRes = new Vector<String>();
 804             }
 805
 806             final String atomString = Integer
 807                     .toString(fatom.alignmentMapping);
 808             if (highlightRes.contains(atomString))
 809             {
 810               highlightRes.removeElement(atomString);
 811             }
 812             else
 813             {
 814               highlightRes.addElement(atomString);
 815             }
 816           }
 817         }
 818       }
 819
 820     }
 821     mx = e.getX();
 822     my = e.getY();
 823     omx = mx;
 824     omy = my;
 825     dragging = false;
 826   }
 827
 828   @Override
 829   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 830   {
 831     pdbAction = true;
 832     if (highlightBond1 != null)
 833     {
 834       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 835       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 836       highlightBond1 = null;
 837       highlightBond2 = null;
 838     }
 839
 840     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 841
 842     PDBChain chain = null;
 843     if (foundchain != -1)
 844     {
 845       chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 846       if (chain == mainchain)
 847       {
 848         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 849       }
 850     }
 851
 852     if (fatom != null)
 853     {
 854       toolx = e.getX();
 855       tooly = e.getY();
 856
 857       appletToolTip = chain.id + ":" + fatom.resNumber + " "
 858               + fatom.resName;
 859       redrawneeded = true;
 860       repaint();
 861     }
 862     else
 863     {
 864       mouseOverStructure(-1, chain != null ? chain.id : null);
 865       appletToolTip = null;
 866       redrawneeded = true;
 867       repaint();
 868     }
 869   }
 870
 871   @Override
 872   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 873   {
 874   }
 875
 876   @Override
 877   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 878   {
 879   }
 880
 881   @Override
 882   public void mouseExited(MouseEvent e)
 883   {
 884   }
 885
 886   @Override
 887   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 888   {
 889     int x = evt.getX();
 890     int y = evt.getY();
 891     mx = x;
 892     my = y;
 893
 894     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 895     objmat.setIdentity();
 896
 897     if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 898     {
 899       objmat.rotatez(((mx - omx)));
 900     }
 901     else
 902     {
 903       objmat.rotatex(((omy - my)));
 904       objmat.rotatey(((omx - mx)));
 905     }
 906
 907     // Alter the bonds
 908     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 909     {
 910       for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 911       {
 912         // Translate the bond so the centre is 0,0,0
 913         tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 914
 915         // Now apply the rotation matrix
 916         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 917         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 918
 919         // Now translate back again
 920         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 921       }
 922     }
 923
 924     objmat = null;
 925
 926     omx = mx;
 927     omy = my;
 928
 929     dragging = true;
 930
 931     redrawneeded = true;
 932
 933     repaint();
 934   }
 935
 936   @Override
 937   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 938   {
 939     dragging = false;
 940     return;
 941   }
 942
 943   void drawLabels(Graphics g)
 944   {
 945
 946     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 947     {
 948       if (chain.isVisible)
 949       {
 950         for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 951         {
 952           if (tmpBond.at1.isSelected)
 953           {
 954             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 955           }
 956
 957           if (tmpBond.at2.isSelected)
 958           {
 959             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 960           }
 961         }
 962       }
 963     }
 964   }
 965
 966   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 967   {
 968     g.setFont(font);
 969
 970     if (n == 1)
 971     {
 972       int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 973       int ystart = (int) (((centre[1] - b.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 974
 975       g.setColor(Color.red);
 976       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 977     }
 978
 979     if (n == 2)
 980     {
 981       int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 982       int ystart = (int) (((centre[1] - b.end[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 983
 984       g.setColor(Color.red);
 985       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 986     }
 987   }
 988
 989   int foundchain = -1;
 990
 991   public Atom findAtom(int x, int y)
 992   {
 993     Atom fatom = null;
 994
 995     foundchain = -1;
 996
 997     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 998     {
 999       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
1000       int truex;
1001       Bond tmpBond = null;
1002
1003       if (chain.isVisible)
1004       {
1005         Vector<Bond> bonds = pdb.getChains().elementAt(ii).bonds;
1006
1007         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
1008         {
1009           tmpBond = bonds.elementAt(i);
1010
1011           truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
1012
1013           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
1014           {
1015             int truey = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
1016
1017             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1018             {
1019               fatom = tmpBond.at1;
1020               foundchain = ii;
1021               break;
1022             }
1023           }
1024         }
1025
1026         // Still here? Maybe its the last bond
1027
1028         truex = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
1029
1030         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
1031         {
1032           int truey = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
1033
1034           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1035           {
1036             fatom = tmpBond.at2;
1037             foundchain = ii;
1038             break;
1039           }
1040         }
1041
1042       }
1043
1044       if (fatom != null) // )&& chain.ds != null)
1045       {
1046         chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
1047       }
1048     }
1049
1050     return fatom;
1051   }
1052
1053   @Override
1054   public void update(Graphics g)
1055   {
1056     paint(g);
1057   }
1058
1059   public void highlightRes(int ii)
1060   {
1061     if (!seqColoursReady)
1062     {
1063       return;
1064     }
1065
1066     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((ii - 1) + ""))
1067     {
1068       return;
1069     }
1070
1071     int index = -1;
1072     Bond tmpBond;
1073     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1074     {
1075       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1076       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1077       {
1078         if (highlightBond1 != null)
1079         {
1080           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1081         }
1082
1083         if (highlightBond2 != null)
1084         {
1085           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1086         }
1087
1088         highlightBond1 = null;
1089         highlightBond2 = null;
1090
1091         if (index > 0)
1092         {
1093           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1094           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1095         }
1096
1097         if (index != mainchain.bonds.size())
1098         {
1099           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1100           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1101         }
1102
1103         break;
1104       }
1105     }
1106
1107     redrawneeded = true;
1108     repaint();
1109   }
1110
1111   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1112   {
1113     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
1114     {
1115       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
1116       chain.isVisible = b;
1117     }
1118     mainchain.isVisible = true;
1119     findCentre();
1120     setupBonds();
1121   }
1122
1123   // ////////////////////////////////
1124   // /StructureListener
1125   @Override
1126   public String[] getPdbFile()
1127   {
1128     return new String[] { pdbentry.getFile() };
1129   }
1130
1131   String lastMessage;
1132
1133   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1134   {
1135     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum + chain))
1136     {
1137       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1138     }
1139
1140     lastMessage = pdbResNum + chain;
1141   }
1142
1143   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1144
1145   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1146
1147   /**
1148    * Highlight the specified atoms in the structure.
1149    *
1150    * @param atoms
1151    */
1152   @Override
1153   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
1154   {
1155     if (!seqColoursReady)
1156     {
1157       return;
1158     }
1159     for (AtomSpec atom : atoms)
1160     {
1161       int atomIndex = atom.getAtomIndex();
1162
1163       if (highlightRes != null
1164               && highlightRes.contains((atomIndex - 1) + ""))
1165       {
1166         continue;
1167       }
1168
1169       highlightAtom(atomIndex);
1170     }
1171
1172     redrawneeded = true;
1173     repaint();
1174   }
1175
1176   /**
1177    * @param atomIndex
1178    */
1179   protected void highlightAtom(int atomIndex)
1180   {
1181     int index = -1;
1182     Bond tmpBond;
1183     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1184     {
1185       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1186       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1187       {
1188         if (highlightBond1 != null)
1189         {
1190           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1191         }
1192
1193         if (highlightBond2 != null)
1194         {
1195           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1196         }
1197
1198         highlightBond1 = null;
1199         highlightBond2 = null;
1200
1201         if (index > 0)
1202         {
1203           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1204           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1205         }
1206
1207         if (index != mainchain.bonds.size())
1208         {
1209           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1210           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1211         }
1212
1213         break;
1214       }
1215     }
1216   }
1217
1218   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1219           String pdbfile)
1220   {
1221     return Color.white;
1222     // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1223     // return null;
1224
1225     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1226   }
1227
1228   @Override
1229   public void updateColours(Object source)
1230   {
1231     colourBySequence();
1232     redrawneeded = true;
1233     repaint();
1234   }
1235
1236   @Override
1237   public void releaseReferences(Object svl)
1238   {
1239     // TODO Auto-generated method stub
1240
1241   }
1242
1243   @Override
1244   public boolean isListeningFor(SequenceI seq)
1245   {
1246     if (sequence != null)
1247     {
1248       for (SequenceI s : sequence)
1249       {
1250         if (s == seq)
1251         {
1252           return true;
1253         }
1254       }
1255     }
1256     return false;
1257   }
1258 }