src/MCview/AppletPDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import java.io.*;
  24 import java.util.*;
  25
  26 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  27 import java.awt.*;
  28 import java.awt.event.*;
  29
  30 import jalview.analysis.*;
  31 import jalview.datamodel.*;
  32
  33 import jalview.appletgui.*;
  34 import jalview.structure.*;
  35 import jalview.util.MessageManager;
  36
  37 public class AppletPDBCanvas extends Panel implements MouseListener,
  38         MouseMotionListener, StructureListener
  39 {
  40
  41   MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);
  42
  43   MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
  44
  45   boolean redrawneeded = true;
  46
  47   int omx = 0;
  48
  49   int mx = 0;
  50
  51   int omy = 0;
  52
  53   int my = 0;
  54
  55   public PDBfile pdb;
  56
  57   PDBEntry pdbentry;
  58
  59   int bsize;
  60
  61   Image img;
  62
  63   Graphics ig;
  64
  65   Dimension prefsize;
  66
  67   float[] centre = new float[3];
  68
  69   float[] width = new float[3];
  70
  71   float maxwidth;
  72
  73   float scale;
  74
  75   String inStr;
  76
  77   String inType;
  78
  79   boolean bysequence = true;
  80
  81   boolean depthcue = true;
  82
  83   boolean wire = false;
  84
  85   boolean bymolecule = false;
  86
  87   boolean zbuffer = true;
  88
  89   boolean dragging;
  90
  91   int xstart;
  92
  93   int xend;
  94
  95   int ystart;
  96
  97   int yend;
  98
  99   int xmid;
 100
 101   int ymid;
 102
 103   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
 104
 105   public SequenceI[] sequence;
 106
 107   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
 108
 109   String appletToolTip = null;
 110
 111   int toolx, tooly;
 112
 113   PDBChain mainchain;
 114
 115   Vector highlightRes;
 116
 117   boolean pdbAction = false;
 118
 119   Bond highlightBond1, highlightBond2;
 120
 121   boolean errorLoading = false;
 122
 123   boolean seqColoursReady = false;
 124
 125   FeatureRenderer fr;
 126
 127   AlignmentPanel ap;
 128
 129   StructureSelectionManager ssm;
 130
 131   public AppletPDBCanvas(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq,
 132           String[] chains, AlignmentPanel ap, String protocol)
 133
 134   {
 135     this.ap = ap;
 136     this.pdbentry = pdbentry;
 137     this.sequence = seq;
 138
 139     ssm = StructureSelectionManager
 140             .getStructureSelectionManager(ap.av.applet);
 141
 142     try
 143     {
 144       pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol);
 145
 146       if (protocol.equals(jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 147         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.id);
 148
 149     } catch (Exception ex)
 150     {
 151       ex.printStackTrace();
 152       return;
 153     }
 154
 155     pdbentry.setId(pdb.id);
 156
 157     ssm.addStructureViewerListener(this);
 158
 159     colourBySequence();
 160
 161     int max = -10;
 162     int maxchain = -1;
 163     int pdbstart = 0;
 164     int pdbend = 0;
 165     int seqstart = 0;
 166     int seqend = 0;
 167
 168     // JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 169     SequenceI sequence = seq[0];
 170
 171     for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
 172     {
 173
 174       mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = "
 175               + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence
 176                       .getSequenceAsString());
 177       mappingDetails.append("\nNo of residues = "
 178               + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()
 179               + "\n\n");
 180
 181       // Now lets compare the sequences to get
 182       // the start and end points.
 183       // Align the sequence to the pdb
 184       // TODO: DNa/Pep switch
 185       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 186               ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence,
 187               ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).isNa ? AlignSeq.DNA
 188                       : AlignSeq.PEP);
 189       as.calcScoreMatrix();
 190       as.traceAlignment();
 191       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 192       {
 193         public void print(String x)
 194         {
 195           mappingDetails.append(x);
 196         }
 197
 198         public void println()
 199         {
 200           mappingDetails.append("\n");
 201         }
 202       };
 203
 204       as.printAlignment(ps);
 205
 206       if (as.maxscore > max)
 207       {
 208         max = as.maxscore;
 209         maxchain = i;
 210
 211         pdbstart = as.seq2start;
 212         pdbend = as.seq2end;
 213         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 214         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 215       }
 216
 217       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 218       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 219     }
 220
 221     mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);
 222
 223     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 224     mainchain.pdbend = pdbend;
 225     mainchain.seqstart = seqstart;
 226     mainchain.seqend = seqend;
 227     mainchain.isVisible = true;
 228     // mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);
 229     // mainchain.transferRESNUMFeatures(sequence, null);
 230     this.pdb = pdb;
 231     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 232
 233     // Initialize the matrices to identity
 234     for (int i = 0; i < 3; i++)
 235     {
 236       for (int j = 0; j < 3; j++)
 237       {
 238         if (i != j)
 239         {
 240           idmat.addElement(i, j, 0);
 241           objmat.addElement(i, j, 0);
 242         }
 243         else
 244         {
 245           idmat.addElement(i, j, 1);
 246           objmat.addElement(i, j, 1);
 247         }
 248       }
 249     }
 250
 251     addMouseMotionListener(this);
 252     addMouseListener(this);
 253
 254     addKeyListener(new KeyAdapter()
 255     {
 256       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 257       {
 258         doKeyPressed(evt);
 259       }
 260     });
 261
 262     findCentre();
 263     findWidth();
 264
 265     setupBonds();
 266
 267     scale = findScale();
 268   }
 269
 270   Vector visiblebonds;
 271
 272   void setupBonds()
 273   {
 274     seqColoursReady = false;
 275     // Sort the bonds by z coord
 276     visiblebonds = new Vector();
 277
 278     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 279     {
 280       if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 281       {
 282         Vector tmp = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 283
 284         for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
 285         {
 286           visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));
 287         }
 288       }
 289     }
 290     seqColoursReady = true;
 291     colourBySequence();
 292     redrawneeded = true;
 293     repaint();
 294   }
 295
 296   public void findWidth()
 297   {
 298     float[] max = new float[3];
 299     float[] min = new float[3];
 300
 301     max[0] = (float) -1e30;
 302     max[1] = (float) -1e30;
 303     max[2] = (float) -1e30;
 304
 305     min[0] = (float) 1e30;
 306     min[1] = (float) 1e30;
 307     min[2] = (float) 1e30;
 308
 309     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 310     {
 311       if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 312       {
 313         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 314
 315         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 316         {
 317           Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);
 318
 319           if (tmp.start[0] >= max[0])
 320           {
 321             max[0] = tmp.start[0];
 322           }
 323
 324           if (tmp.start[1] >= max[1])
 325           {
 326             max[1] = tmp.start[1];
 327           }
 328
 329           if (tmp.start[2] >= max[2])
 330           {
 331             max[2] = tmp.start[2];
 332           }
 333
 334           if (tmp.start[0] <= min[0])
 335           {
 336             min[0] = tmp.start[0];
 337           }
 338
 339           if (tmp.start[1] <= min[1])
 340           {
 341             min[1] = tmp.start[1];
 342           }
 343
 344           if (tmp.start[2] <= min[2])
 345           {
 346             min[2] = tmp.start[2];
 347           }
 348
 349           if (tmp.end[0] >= max[0])
 350           {
 351             max[0] = tmp.end[0];
 352           }
 353
 354           if (tmp.end[1] >= max[1])
 355           {
 356             max[1] = tmp.end[1];
 357           }
 358
 359           if (tmp.end[2] >= max[2])
 360           {
 361             max[2] = tmp.end[2];
 362           }
 363
 364           if (tmp.end[0] <= min[0])
 365           {
 366             min[0] = tmp.end[0];
 367           }
 368
 369           if (tmp.end[1] <= min[1])
 370           {
 371             min[1] = tmp.end[1];
 372           }
 373
 374           if (tmp.end[2] <= min[2])
 375           {
 376             min[2] = tmp.end[2];
 377           }
 378         }
 379       }
 380     }
 381
 382     width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);
 383     width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);
 384     width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);
 385
 386     maxwidth = width[0];
 387
 388     if (width[1] > width[0])
 389     {
 390       maxwidth = width[1];
 391     }
 392
 393     if (width[2] > width[1])
 394     {
 395       maxwidth = width[2];
 396     }
 397
 398     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 399   }
 400
 401   public float findScale()
 402   {
 403     int dim;
 404     int width;
 405     int height;
 406
 407     if (getSize().width != 0)
 408     {
 409       width = getSize().width;
 410       height = getSize().height;
 411     }
 412     else
 413     {
 414       width = prefsize.width;
 415       height = prefsize.height;
 416     }
 417
 418     if (width < height)
 419     {
 420       dim = width;
 421     }
 422     else
 423     {
 424       dim = height;
 425     }
 426
 427     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 428   }
 429
 430   public void findCentre()
 431   {
 432     float xtot = 0;
 433     float ytot = 0;
 434     float ztot = 0;
 435
 436     int bsize = 0;
 437
 438     // Find centre coordinate
 439     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 440     {
 441       if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 442       {
 443         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 444
 445         bsize += bonds.size();
 446
 447         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 448         {
 449           xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0]
 450                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];
 451
 452           ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1]
 453                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];
 454
 455           ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2]
 456                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];
 457         }
 458       }
 459     }
 460
 461     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 462     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 463     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 464   }
 465
 466   public void paint(Graphics g)
 467   {
 468
 469     if (errorLoading)
 470     {
 471       g.setColor(Color.white);
 472       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 473       g.setColor(Color.black);
 474       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 475       g.drawString(MessageManager.getString("label.error_loading_pdb_data"), 50, getSize().height / 2);
 476       return;
 477     }
 478
 479     if (!seqColoursReady)
 480     {
 481       g.setColor(Color.black);
 482       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 483       g.drawString(MessageManager.getString("label.fetching_pdb_data"), 50, getSize().height / 2);
 484       return;
 485     }
 486
 487     // Only create the image at the beginning -
 488     // this saves much memory usage
 489     if ((img == null) || (prefsize.width != getSize().width)
 490             || (prefsize.height != getSize().height))
 491     {
 492
 493       try
 494       {
 495         prefsize.width = getSize().width;
 496         prefsize.height = getSize().height;
 497
 498         scale = findScale();
 499         img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 500         ig = img.getGraphics();
 501
 502         redrawneeded = true;
 503       } catch (Exception ex)
 504       {
 505         ex.printStackTrace();
 506       }
 507     }
 508
 509     if (redrawneeded)
 510     {
 511       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 512       redrawneeded = false;
 513     }
 514     if (appletToolTip != null)
 515     {
 516       ig.setColor(Color.red);
 517       ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);
 518     }
 519
 520     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 521
 522     pdbAction = false;
 523   }
 524
 525   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 526   {
 527     ig.setColor(Color.black);
 528     ig.fillRect(0, 0, width, height);
 529     drawScene(ig);
 530     drawLabels(ig);
 531   }
 532
 533   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 534   {
 535     bysequence = false;
 536     pdb.setColours(cs);
 537     redrawneeded = true;
 538     repaint();
 539   }
 540
 541   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 542   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 543   void colourBySequence()
 544   {
 545     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 546
 547     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 548
 549     boolean showFeatures = false;
 550     if (ap.av.getShowSequenceFeatures())
 551     {
 552       if (fr == null)
 553       {
 554         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(ap.av);
 555       }
 556
 557       fr.transferSettings(ap.getFeatureRenderer());
 558
 559       showFeatures = true;
 560     }
 561
 562     PDBChain chain;
 563     if (bysequence && pdb != null)
 564     {
 565       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 566       {
 567         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 568
 569         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 570         {
 571           Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);
 572           tmp.startCol = Color.lightGray;
 573           tmp.endCol = Color.lightGray;
 574           if (chain != mainchain)
 575           {
 576             continue;
 577           }
 578
 579           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 580           {
 581             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 582             {
 583               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 584               {
 585                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber) - 1;
 586                 if (pos > 0)
 587                 {
 588                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 589                   tmp.startCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 590                   if (showFeatures)
 591                   {
 592                     tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol,
 593                             sequence[s], pos);
 594                   }
 595                 }
 596                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber) - 1;
 597                 if (pos > 0)
 598                 {
 599                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 600                   tmp.endCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 601                   if (showFeatures)
 602                   {
 603                     tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol,
 604                             sequence[s], pos);
 605                   }
 606                 }
 607
 608               }
 609             }
 610           }
 611         }
 612       }
 613     }
 614   }
 615
 616   Zsort zsort;
 617
 618   public void drawScene(Graphics g)
 619   {
 620     if (zbuffer)
 621     {
 622       if (zsort == null)
 623       {
 624         zsort = new Zsort();
 625       }
 626
 627       zsort.Zsort(visiblebonds);
 628     }
 629
 630     Bond tmpBond = null;
 631     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 632     {
 633       tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);
 634
 635       xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 636       ystart = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 637
 638       xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 639       yend = (int) (((centre[1] - tmpBond.end[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 640
 641       xmid = (xend + xstart) / 2;
 642       ymid = (yend + ystart) / 2;
 643
 644       if (depthcue && !bymolecule)
 645       {
 646         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 647         {
 648           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 649           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 650
 651           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 652           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 653         }
 654         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 655         {
 656           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 657           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 658
 659           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 660           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 661         }
 662         else
 663         {
 664           g.setColor(tmpBond.startCol);
 665           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 666
 667           g.setColor(tmpBond.endCol);
 668           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 669         }
 670
 671       }
 672       else if (depthcue && bymolecule)
 673       {
 674         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 675         {
 676           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 677           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 678         }
 679         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 680         {
 681           g.setColor(Color.green.darker());
 682           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 683         }
 684         else
 685         {
 686           g.setColor(Color.green);
 687           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 688         }
 689       }
 690       else if (!depthcue && !bymolecule)
 691       {
 692         g.setColor(tmpBond.startCol);
 693         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 694         g.setColor(tmpBond.endCol);
 695         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 696       }
 697       else
 698       {
 699         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 700       }
 701
 702       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 703       {
 704         g.setColor(Color.white);
 705         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 706       }
 707
 708       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 709       {
 710         g.setColor(Color.white);
 711         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 712       }
 713
 714     }
 715   }
 716
 717   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 718   {
 719     if (!wire)
 720     {
 721       if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 722       {
 723         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 724         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 725         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 726       }
 727       else
 728       {
 729         g.setColor(g.getColor().brighter());
 730         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 731         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 732         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 733       }
 734     }
 735     else
 736     {
 737       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 738     }
 739   }
 740
 741   public Dimension minimumsize()
 742   {
 743     return prefsize;
 744   }
 745
 746   public Dimension preferredsize()
 747   {
 748     return prefsize;
 749   }
 750
 751   public void doKeyPressed(KeyEvent evt)
 752   {
 753     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 754     {
 755       scale = (float) (scale * 1.1);
 756       redrawneeded = true;
 757       repaint();
 758     }
 759     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 760     {
 761       scale = (float) (scale * 0.9);
 762       redrawneeded = true;
 763       repaint();
 764     }
 765   }
 766
 767   public void mousePressed(MouseEvent e)
 768   {
 769     pdbAction = true;
 770     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 771     if (fatom != null)
 772     {
 773       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 774
 775       redrawneeded = true;
 776       repaint();
 777       if (foundchain != -1)
 778       {
 779         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 780         if (chain == mainchain)
 781         {
 782           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 783           {
 784             if (highlightRes == null)
 785             {
 786               highlightRes = new Vector();
 787             }
 788
 789             if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping + "" + ""))
 790             {
 791               highlightRes.removeElement(fatom.alignmentMapping + "");
 792             }
 793             else
 794             {
 795               highlightRes.addElement(fatom.alignmentMapping + "");
 796             }
 797           }
 798         }
 799       }
 800
 801     }
 802     mx = e.getX();
 803     my = e.getY();
 804     omx = mx;
 805     omy = my;
 806     dragging = false;
 807   }
 808
 809   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 810   {
 811     pdbAction = true;
 812     if (highlightBond1 != null)
 813     {
 814       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 815       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 816       highlightBond1 = null;
 817       highlightBond2 = null;
 818     }
 819
 820     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 821
 822     PDBChain chain = null;
 823     if (foundchain != -1)
 824     {
 825       chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 826       if (chain == mainchain)
 827       {
 828         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 829       }
 830     }
 831
 832     if (fatom != null)
 833     {
 834       toolx = e.getX();
 835       tooly = e.getY();
 836
 837       appletToolTip = chain.id + ":" + fatom.resNumber + " "
 838               + fatom.resName;
 839       redrawneeded = true;
 840       repaint();
 841     }
 842     else
 843     {
 844       mouseOverStructure(-1, chain != null ? chain.id : null);
 845       appletToolTip = null;
 846       redrawneeded = true;
 847       repaint();
 848     }
 849   }
 850
 851   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 852   {
 853   }
 854
 855   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 856   {
 857   }
 858
 859   public void mouseExited(MouseEvent e)
 860   {
 861   }
 862
 863   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 864   {
 865     int x = evt.getX();
 866     int y = evt.getY();
 867     mx = x;
 868     my = y;
 869
 870     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 871     objmat.setIdentity();
 872
 873     if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 874     {
 875       objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));
 876     }
 877     else
 878     {
 879       objmat.rotatex((float) ((omy - my)));
 880       objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));
 881     }
 882
 883     // Alter the bonds
 884     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 885     {
 886       Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 887
 888       for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 889       {
 890         Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 891
 892         // Translate the bond so the centre is 0,0,0
 893         tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 894
 895         // Now apply the rotation matrix
 896         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 897         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 898
 899         // Now translate back again
 900         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 901       }
 902     }
 903
 904     objmat = null;
 905
 906     omx = mx;
 907     omy = my;
 908
 909     dragging = true;
 910
 911     redrawneeded = true;
 912
 913     repaint();
 914   }
 915
 916   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 917   {
 918     dragging = false;
 919     return;
 920   }
 921
 922   void drawLabels(Graphics g)
 923   {
 924
 925     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 926     {
 927       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 928
 929       if (chain.isVisible)
 930       {
 931         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 932
 933         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 934         {
 935           Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 936
 937           if (tmpBond.at1.isSelected)
 938           {
 939             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 940           }
 941
 942           if (tmpBond.at2.isSelected)
 943           {
 944
 945             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 946           }
 947         }
 948       }
 949     }
 950   }
 951
 952   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 953   {
 954     g.setFont(font);
 955
 956     if (n == 1)
 957     {
 958       int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 959       int ystart = (int) (((centre[1] - b.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 960
 961       g.setColor(Color.red);
 962       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 963     }
 964
 965     if (n == 2)
 966     {
 967       int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 968       int ystart = (int) (((centre[1] - b.end[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 969
 970       g.setColor(Color.red);
 971       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 972     }
 973   }
 974
 975   int foundchain = -1;
 976
 977   public Atom findAtom(int x, int y)
 978   {
 979     Atom fatom = null;
 980
 981     foundchain = -1;
 982
 983     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 984     {
 985       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 986       int truex;
 987       Bond tmpBond = null;
 988
 989       if (chain.isVisible)
 990       {
 991         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 992
 993         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 994         {
 995           tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 996
 997           truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 998
 999           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
1000           {
1001             int truey = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
1002
1003             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1004             {
1005               fatom = tmpBond.at1;
1006               foundchain = ii;
1007               break;
1008             }
1009           }
1010         }
1011
1012         // Still here? Maybe its the last bond
1013
1014         truex = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
1015
1016         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
1017         {
1018           int truey = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
1019
1020           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1021           {
1022             fatom = tmpBond.at2;
1023             foundchain = ii;
1024             break;
1025           }
1026         }
1027
1028       }
1029
1030       if (fatom != null) // )&& chain.ds != null)
1031       {
1032         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
1033       }
1034     }
1035
1036     return fatom;
1037   }
1038
1039   public void update(Graphics g)
1040   {
1041     paint(g);
1042   }
1043
1044   public void highlightRes(int ii)
1045   {
1046     if (!seqColoursReady)
1047     {
1048       return;
1049     }
1050
1051     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((ii - 1) + ""))
1052     {
1053       return;
1054     }
1055
1056     int index = -1;
1057     Bond tmpBond;
1058     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1059     {
1060       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1061       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1062       {
1063         if (highlightBond1 != null)
1064         {
1065           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1066         }
1067
1068         if (highlightBond2 != null)
1069         {
1070           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1071         }
1072
1073         highlightBond1 = null;
1074         highlightBond2 = null;
1075
1076         if (index > 0)
1077         {
1078           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1079           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1080         }
1081
1082         if (index != mainchain.bonds.size())
1083         {
1084           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1085           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1086         }
1087
1088         break;
1089       }
1090     }
1091
1092     redrawneeded = true;
1093     repaint();
1094   }
1095
1096   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1097   {
1098     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
1099     {
1100       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
1101       chain.isVisible = b;
1102     }
1103     mainchain.isVisible = true;
1104     findCentre();
1105     setupBonds();
1106   }
1107
1108   // ////////////////////////////////
1109   // /StructureListener
1110   public String[] getPdbFile()
1111   {
1112     return new String[]
1113     { pdbentry.getFile() };
1114   }
1115
1116   String lastMessage;
1117
1118   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1119   {
1120     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum + chain))
1121       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1122
1123     lastMessage = pdbResNum + chain;
1124   }
1125
1126   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1127
1128   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1129
1130   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1131           String pdbfile)
1132   {
1133     if (!seqColoursReady)
1134     {
1135       return;
1136     }
1137
1138     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((atomIndex - 1) + ""))
1139     {
1140       return;
1141     }
1142
1143     int index = -1;
1144     Bond tmpBond;
1145     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1146     {
1147       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1148       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1149       {
1150         if (highlightBond1 != null)
1151         {
1152           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1153         }
1154
1155         if (highlightBond2 != null)
1156         {
1157           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1158         }
1159
1160         highlightBond1 = null;
1161         highlightBond2 = null;
1162
1163         if (index > 0)
1164         {
1165           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1166           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1167         }
1168
1169         if (index != mainchain.bonds.size())
1170         {
1171           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1172           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1173         }
1174
1175         break;
1176       }
1177     }
1178
1179     redrawneeded = true;
1180     repaint();
1181   }
1182
1183   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1184           String pdbfile)
1185   {
1186     return Color.white;
1187     // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1188     // return null;
1189
1190     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1191   }
1192
1193   public void updateColours(Object source)
1194   {
1195     colourBySequence();
1196     redrawneeded = true;
1197     repaint();
1198   }
1199
1200   @Override
1201   public void releaseReferences(Object svl)
1202   {
1203     // TODO Auto-generated method stub
1204
1205   }
1206
1207 }