src/MCview/AppletPDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.appletgui.AlignmentPanel;
  25 import jalview.appletgui.FeatureRenderer;
  26 import jalview.appletgui.SequenceRenderer;
  27 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  30 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  31 import jalview.structure.AtomSpec;
  32 import jalview.structure.StructureListener;
  33 import jalview.structure.StructureMapping;
  34 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  35 import jalview.util.MessageManager;
  36
  37 import java.awt.Color;
  38 import java.awt.Dimension;
  39 import java.awt.Event;
  40 import java.awt.Font;
  41 import java.awt.Graphics;
  42 import java.awt.Image;
  43 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  44 import java.awt.Panel;
  45 import java.awt.event.KeyAdapter;
  46 import java.awt.event.KeyEvent;
  47 import java.awt.event.MouseEvent;
  48 import java.awt.event.MouseListener;
  49 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  50 import java.io.PrintStream;
  51 import java.util.List;
  52 import java.util.Vector;
  53
  54 public class AppletPDBCanvas extends Panel implements MouseListener,
  55         MouseMotionListener, StructureListener
  56 {
  57
  58   MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);
  59
  60   MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
  61
  62   boolean redrawneeded = true;
  63
  64   int omx = 0;
  65
  66   int mx = 0;
  67
  68   int omy = 0;
  69
  70   int my = 0;
  71
  72   public PDBfile pdb;
  73
  74   PDBEntry pdbentry;
  75
  76   int bsize;
  77
  78   Image img;
  79
  80   Graphics ig;
  81
  82   Dimension prefsize;
  83
  84   float[] centre = new float[3];
  85
  86   float[] width = new float[3];
  87
  88   float maxwidth;
  89
  90   float scale;
  91
  92   String inStr;
  93
  94   String inType;
  95
  96   boolean bysequence = true;
  97
  98   boolean depthcue = true;
  99
 100   boolean wire = false;
 101
 102   boolean bymolecule = false;
 103
 104   boolean zbuffer = true;
 105
 106   boolean dragging;
 107
 108   int xstart;
 109
 110   int xend;
 111
 112   int ystart;
 113
 114   int yend;
 115
 116   int xmid;
 117
 118   int ymid;
 119
 120   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
 121
 122   public SequenceI[] sequence;
 123
 124   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
 125
 126   String appletToolTip = null;
 127
 128   int toolx, tooly;
 129
 130   PDBChain mainchain;
 131
 132   Vector<String> highlightRes;
 133
 134   boolean pdbAction = false;
 135
 136   Bond highlightBond1, highlightBond2;
 137
 138   boolean errorLoading = false;
 139
 140   boolean seqColoursReady = false;
 141
 142   FeatureRenderer fr;
 143
 144   AlignmentPanel ap;
 145
 146   StructureSelectionManager ssm;
 147
 148   public AppletPDBCanvas(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq,
 149           String[] chains, AlignmentPanel ap, String protocol)
 150
 151   {
 152     this.ap = ap;
 153     this.pdbentry = pdbentry;
 154     this.sequence = seq;
 155
 156     ssm = StructureSelectionManager
 157             .getStructureSelectionManager(ap.av.applet);
 158
 159     try
 160     {
 161       pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol);
 162
 163       if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))
 164       {
 165         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.id);
 166       }
 167
 168     } catch (Exception ex)
 169     {
 170       ex.printStackTrace();
 171       return;
 172     }
 173
 174     pdbentry.setId(pdb.id);
 175
 176     ssm.addStructureViewerListener(this);
 177
 178     colourBySequence();
 179
 180     int max = -10;
 181     int maxchain = -1;
 182     int pdbstart = 0;
 183     int pdbend = 0;
 184     int seqstart = 0;
 185     int seqend = 0;
 186
 187     // JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 188     SequenceI sequence = seq[0];
 189
 190     for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
 191     {
 192
 193       mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = "
 194               + pdb.chains.elementAt(i).sequence
 195                       .getSequenceAsString());
 196       mappingDetails.append("\nNo of residues = "
 197               + pdb.chains.elementAt(i).residues.size()
 198               + "\n\n");
 199
 200       // Now lets compare the sequences to get
 201       // the start and end points.
 202       // Align the sequence to the pdb
 203       // TODO: DNa/Pep switch
 204       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 205               pdb.chains.elementAt(i).sequence,
 206               pdb.chains.elementAt(i).isNa ? AlignSeq.DNA
 207                       : AlignSeq.PEP);
 208       as.calcScoreMatrix();
 209       as.traceAlignment();
 210       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 211       {
 212         public void print(String x)
 213         {
 214           mappingDetails.append(x);
 215         }
 216
 217         public void println()
 218         {
 219           mappingDetails.append("\n");
 220         }
 221       };
 222
 223       as.printAlignment(ps);
 224
 225       if (as.maxscore > max)
 226       {
 227         max = as.maxscore;
 228         maxchain = i;
 229
 230         pdbstart = as.seq2start;
 231         pdbend = as.seq2end;
 232         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 233         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 234       }
 235
 236       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 237       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 238     }
 239
 240     mainchain = pdb.chains.elementAt(maxchain);
 241
 242     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 243     mainchain.pdbend = pdbend;
 244     mainchain.seqstart = seqstart;
 245     mainchain.seqend = seqend;
 246     mainchain.isVisible = true;
 247     // mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);
 248     // mainchain.transferRESNUMFeatures(sequence, null);
 249     this.pdb = pdb;
 250     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 251
 252     // Initialize the matrices to identity
 253     for (int i = 0; i < 3; i++)
 254     {
 255       for (int j = 0; j < 3; j++)
 256       {
 257         if (i != j)
 258         {
 259           idmat.addElement(i, j, 0);
 260           objmat.addElement(i, j, 0);
 261         }
 262         else
 263         {
 264           idmat.addElement(i, j, 1);
 265           objmat.addElement(i, j, 1);
 266         }
 267       }
 268     }
 269
 270     addMouseMotionListener(this);
 271     addMouseListener(this);
 272
 273     addKeyListener(new KeyAdapter()
 274     {
 275       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 276       {
 277         doKeyPressed(evt);
 278       }
 279     });
 280
 281     findCentre();
 282     findWidth();
 283
 284     setupBonds();
 285
 286     scale = findScale();
 287   }
 288
 289   Vector<Bond> visiblebonds;
 290
 291   void setupBonds()
 292   {
 293     seqColoursReady = false;
 294     // Sort the bonds by z coord
 295     visiblebonds = new Vector<Bond>();
 296
 297     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 298     {
 299       if (pdb.chains.elementAt(ii).isVisible)
 300       {
 301         Vector<Bond> tmp = pdb.chains.elementAt(ii).bonds;
 302
 303         for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
 304         {
 305           visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));
 306         }
 307       }
 308     }
 309     seqColoursReady = true;
 310     colourBySequence();
 311     redrawneeded = true;
 312     repaint();
 313   }
 314
 315   public void findWidth()
 316   {
 317     float[] max = new float[3];
 318     float[] min = new float[3];
 319
 320     max[0] = (float) -1e30;
 321     max[1] = (float) -1e30;
 322     max[2] = (float) -1e30;
 323
 324     min[0] = (float) 1e30;
 325     min[1] = (float) 1e30;
 326     min[2] = (float) 1e30;
 327
 328     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 329     {
 330       if (pdb.chains.elementAt(ii).isVisible)
 331       {
 332         Vector<Bond> bonds = pdb.chains.elementAt(ii).bonds;
 333
 334         for (Bond tmp : bonds)
 335         {
 336           if (tmp.start[0] >= max[0])
 337           {
 338             max[0] = tmp.start[0];
 339           }
 340
 341           if (tmp.start[1] >= max[1])
 342           {
 343             max[1] = tmp.start[1];
 344           }
 345
 346           if (tmp.start[2] >= max[2])
 347           {
 348             max[2] = tmp.start[2];
 349           }
 350
 351           if (tmp.start[0] <= min[0])
 352           {
 353             min[0] = tmp.start[0];
 354           }
 355
 356           if (tmp.start[1] <= min[1])
 357           {
 358             min[1] = tmp.start[1];
 359           }
 360
 361           if (tmp.start[2] <= min[2])
 362           {
 363             min[2] = tmp.start[2];
 364           }
 365
 366           if (tmp.end[0] >= max[0])
 367           {
 368             max[0] = tmp.end[0];
 369           }
 370
 371           if (tmp.end[1] >= max[1])
 372           {
 373             max[1] = tmp.end[1];
 374           }
 375
 376           if (tmp.end[2] >= max[2])
 377           {
 378             max[2] = tmp.end[2];
 379           }
 380
 381           if (tmp.end[0] <= min[0])
 382           {
 383             min[0] = tmp.end[0];
 384           }
 385
 386           if (tmp.end[1] <= min[1])
 387           {
 388             min[1] = tmp.end[1];
 389           }
 390
 391           if (tmp.end[2] <= min[2])
 392           {
 393             min[2] = tmp.end[2];
 394           }
 395         }
 396       }
 397     }
 398
 399     width[0] = Math.abs(max[0] - min[0]);
 400     width[1] = Math.abs(max[1] - min[1]);
 401     width[2] = Math.abs(max[2] - min[2]);
 402
 403     maxwidth = width[0];
 404
 405     if (width[1] > width[0])
 406     {
 407       maxwidth = width[1];
 408     }
 409
 410     if (width[2] > width[1])
 411     {
 412       maxwidth = width[2];
 413     }
 414
 415     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 416   }
 417
 418   public float findScale()
 419   {
 420     int dim;
 421     int width;
 422     int height;
 423
 424     if (getSize().width != 0)
 425     {
 426       width = getSize().width;
 427       height = getSize().height;
 428     }
 429     else
 430     {
 431       width = prefsize.width;
 432       height = prefsize.height;
 433     }
 434
 435     if (width < height)
 436     {
 437       dim = width;
 438     }
 439     else
 440     {
 441       dim = height;
 442     }
 443
 444     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 445   }
 446
 447   public void findCentre()
 448   {
 449     float xtot = 0;
 450     float ytot = 0;
 451     float ztot = 0;
 452
 453     int bsize = 0;
 454
 455     // Find centre coordinate
 456     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 457     {
 458       if (pdb.chains.elementAt(ii).isVisible)
 459       {
 460         Vector<Bond> bonds = pdb.chains.elementAt(ii).bonds;
 461
 462         bsize += bonds.size();
 463
 464         for (Bond b : bonds)
 465         {
 466           xtot = xtot + b.start[0] + b.end[0];
 467           ytot = ytot + b.start[1] + b.end[1];
 468           ztot = ztot + b.start[2] + b.end[2];
 469         }
 470       }
 471     }
 472
 473     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 474     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 475     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 476   }
 477
 478   public void paint(Graphics g)
 479   {
 480
 481     if (errorLoading)
 482     {
 483       g.setColor(Color.white);
 484       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 485       g.setColor(Color.black);
 486       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 487       g.drawString(
 488               MessageManager.getString("label.error_loading_pdb_data"), 50,
 489               getSize().height / 2);
 490       return;
 491     }
 492
 493     if (!seqColoursReady)
 494     {
 495       g.setColor(Color.black);
 496       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 497       g.drawString(MessageManager.getString("label.fetching_pdb_data"), 50,
 498               getSize().height / 2);
 499       return;
 500     }
 501
 502     // Only create the image at the beginning -
 503     // this saves much memory usage
 504     if ((img == null) || (prefsize.width != getSize().width)
 505             || (prefsize.height != getSize().height))
 506     {
 507
 508       try
 509       {
 510         prefsize.width = getSize().width;
 511         prefsize.height = getSize().height;
 512
 513         scale = findScale();
 514         img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 515         ig = img.getGraphics();
 516
 517         redrawneeded = true;
 518       } catch (Exception ex)
 519       {
 520         ex.printStackTrace();
 521       }
 522     }
 523
 524     if (redrawneeded)
 525     {
 526       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 527       redrawneeded = false;
 528     }
 529     if (appletToolTip != null)
 530     {
 531       ig.setColor(Color.red);
 532       ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);
 533     }
 534
 535     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 536
 537     pdbAction = false;
 538   }
 539
 540   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 541   {
 542     ig.setColor(Color.black);
 543     ig.fillRect(0, 0, width, height);
 544     drawScene(ig);
 545     drawLabels(ig);
 546   }
 547
 548   public void setColours(ColourSchemeI cs)
 549   {
 550     bysequence = false;
 551     pdb.setColours(cs);
 552     redrawneeded = true;
 553     repaint();
 554   }
 555
 556   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 557   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 558   void colourBySequence()
 559   {
 560     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 561
 562     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 563
 564     boolean showFeatures = false;
 565     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
 566     {
 567       if (fr == null)
 568       {
 569         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(ap.av);
 570       }
 571
 572       fr.transferSettings(ap.getFeatureRenderer());
 573
 574       showFeatures = true;
 575     }
 576
 577     PDBChain chain;
 578     if (bysequence && pdb != null)
 579     {
 580       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 581       {
 582         chain = pdb.chains.elementAt(ii);
 583
 584         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 585         {
 586           Bond tmp = chain.bonds.elementAt(i);
 587           tmp.startCol = Color.lightGray;
 588           tmp.endCol = Color.lightGray;
 589           if (chain != mainchain)
 590           {
 591             continue;
 592           }
 593
 594           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 595           {
 596             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 597             {
 598               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 599               {
 600                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber) - 1;
 601                 if (pos > 0)
 602                 {
 603                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 604                   tmp.startCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 605                   if (showFeatures)
 606                   {
 607                     tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol,
 608                             sequence[s], pos);
 609                   }
 610                 }
 611                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber) - 1;
 612                 if (pos > 0)
 613                 {
 614                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 615                   tmp.endCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 616                   if (showFeatures)
 617                   {
 618                     tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol,
 619                             sequence[s], pos);
 620                   }
 621                 }
 622
 623               }
 624             }
 625           }
 626         }
 627       }
 628     }
 629   }
 630
 631   Zsort zsort;
 632
 633   public void drawScene(Graphics g)
 634   {
 635     if (zbuffer)
 636     {
 637       if (zsort == null)
 638       {
 639         zsort = new Zsort();
 640       }
 641
 642       zsort.sort(visiblebonds);
 643     }
 644
 645     Bond tmpBond = null;
 646     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 647     {
 648       tmpBond = visiblebonds.elementAt(i);
 649
 650       xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 651       ystart = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 652
 653       xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 654       yend = (int) (((centre[1] - tmpBond.end[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 655
 656       xmid = (xend + xstart) / 2;
 657       ymid = (yend + ystart) / 2;
 658
 659       if (depthcue && !bymolecule)
 660       {
 661         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 662         {
 663           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 664           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 665
 666           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 667           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 668         }
 669         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 670         {
 671           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 672           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 673
 674           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 675           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 676         }
 677         else
 678         {
 679           g.setColor(tmpBond.startCol);
 680           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 681
 682           g.setColor(tmpBond.endCol);
 683           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 684         }
 685
 686       }
 687       else if (depthcue && bymolecule)
 688       {
 689         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 690         {
 691           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 692           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 693         }
 694         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 695         {
 696           g.setColor(Color.green.darker());
 697           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 698         }
 699         else
 700         {
 701           g.setColor(Color.green);
 702           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 703         }
 704       }
 705       else if (!depthcue && !bymolecule)
 706       {
 707         g.setColor(tmpBond.startCol);
 708         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 709         g.setColor(tmpBond.endCol);
 710         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 711       }
 712       else
 713       {
 714         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 715       }
 716
 717       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 718       {
 719         g.setColor(Color.white);
 720         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 721       }
 722
 723       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 724       {
 725         g.setColor(Color.white);
 726         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 727       }
 728
 729     }
 730   }
 731
 732   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 733   {
 734     if (!wire)
 735     {
 736       if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 737       {
 738         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 739         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 740         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 741       }
 742       else
 743       {
 744         g.setColor(g.getColor().brighter());
 745         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 746         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 747         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 748       }
 749     }
 750     else
 751     {
 752       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 753     }
 754   }
 755
 756   public Dimension minimumsize()
 757   {
 758     return prefsize;
 759   }
 760
 761   public Dimension preferredsize()
 762   {
 763     return prefsize;
 764   }
 765
 766   public void doKeyPressed(KeyEvent evt)
 767   {
 768     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 769     {
 770       scale = (float) (scale * 1.1);
 771       redrawneeded = true;
 772       repaint();
 773     }
 774     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 775     {
 776       scale = (float) (scale * 0.9);
 777       redrawneeded = true;
 778       repaint();
 779     }
 780   }
 781
 782   public void mousePressed(MouseEvent e)
 783   {
 784     pdbAction = true;
 785     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 786     if (fatom != null)
 787     {
 788       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 789
 790       redrawneeded = true;
 791       repaint();
 792       if (foundchain != -1)
 793       {
 794         PDBChain chain = pdb.chains.elementAt(foundchain);
 795         if (chain == mainchain)
 796         {
 797           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 798           {
 799             if (highlightRes == null)
 800             {
 801               highlightRes = new Vector<String>();
 802             }
 803
 804             final String atomString = Integer
 805                     .toString(fatom.alignmentMapping);
 806             if (highlightRes.contains(atomString))
 807             {
 808               highlightRes.removeElement(atomString);
 809             }
 810             else
 811             {
 812               highlightRes.addElement(atomString);
 813             }
 814           }
 815         }
 816       }
 817
 818     }
 819     mx = e.getX();
 820     my = e.getY();
 821     omx = mx;
 822     omy = my;
 823     dragging = false;
 824   }
 825
 826   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 827   {
 828     pdbAction = true;
 829     if (highlightBond1 != null)
 830     {
 831       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 832       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 833       highlightBond1 = null;
 834       highlightBond2 = null;
 835     }
 836
 837     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 838
 839     PDBChain chain = null;
 840     if (foundchain != -1)
 841     {
 842       chain = pdb.chains.elementAt(foundchain);
 843       if (chain == mainchain)
 844       {
 845         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 846       }
 847     }
 848
 849     if (fatom != null)
 850     {
 851       toolx = e.getX();
 852       tooly = e.getY();
 853
 854       appletToolTip = chain.id + ":" + fatom.resNumber + " "
 855               + fatom.resName;
 856       redrawneeded = true;
 857       repaint();
 858     }
 859     else
 860     {
 861       mouseOverStructure(-1, chain != null ? chain.id : null);
 862       appletToolTip = null;
 863       redrawneeded = true;
 864       repaint();
 865     }
 866   }
 867
 868   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 869   {
 870   }
 871
 872   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 873   {
 874   }
 875
 876   public void mouseExited(MouseEvent e)
 877   {
 878   }
 879
 880   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 881   {
 882     int x = evt.getX();
 883     int y = evt.getY();
 884     mx = x;
 885     my = y;
 886
 887     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 888     objmat.setIdentity();
 889
 890     if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 891     {
 892       objmat.rotatez(((mx - omx)));
 893     }
 894     else
 895     {
 896       objmat.rotatex(((omy - my)));
 897       objmat.rotatey(((omx - mx)));
 898     }
 899
 900     // Alter the bonds
 901     for (PDBChain chain : pdb.chains)
 902     {
 903       for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 904       {
 905         // Translate the bond so the centre is 0,0,0
 906         tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 907
 908         // Now apply the rotation matrix
 909         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 910         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 911
 912         // Now translate back again
 913         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 914       }
 915     }
 916
 917     objmat = null;
 918
 919     omx = mx;
 920     omy = my;
 921
 922     dragging = true;
 923
 924     redrawneeded = true;
 925
 926     repaint();
 927   }
 928
 929   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 930   {
 931     dragging = false;
 932     return;
 933   }
 934
 935   void drawLabels(Graphics g)
 936   {
 937
 938     for (PDBChain chain : pdb.chains)
 939     {
 940       if (chain.isVisible)
 941       {
 942         for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 943         {
 944           if (tmpBond.at1.isSelected)
 945           {
 946             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 947           }
 948
 949           if (tmpBond.at2.isSelected)
 950           {
 951             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 952           }
 953         }
 954       }
 955     }
 956   }
 957
 958   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 959   {
 960     g.setFont(font);
 961
 962     if (n == 1)
 963     {
 964       int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 965       int ystart = (int) (((centre[1] - b.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 966
 967       g.setColor(Color.red);
 968       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 969     }
 970
 971     if (n == 2)
 972     {
 973       int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 974       int ystart = (int) (((centre[1] - b.end[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 975
 976       g.setColor(Color.red);
 977       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 978     }
 979   }
 980
 981   int foundchain = -1;
 982
 983   public Atom findAtom(int x, int y)
 984   {
 985     Atom fatom = null;
 986
 987     foundchain = -1;
 988
 989     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 990     {
 991       PDBChain chain = pdb.chains.elementAt(ii);
 992       int truex;
 993       Bond tmpBond = null;
 994
 995       if (chain.isVisible)
 996       {
 997         Vector<Bond> bonds = pdb.chains.elementAt(ii).bonds;
 998
 999         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
1000         {
1001           tmpBond = bonds.elementAt(i);
1002
1003           truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
1004
1005           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
1006           {
1007             int truey = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
1008
1009             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1010             {
1011               fatom = tmpBond.at1;
1012               foundchain = ii;
1013               break;
1014             }
1015           }
1016         }
1017
1018         // Still here? Maybe its the last bond
1019
1020         truex = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
1021
1022         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
1023         {
1024           int truey = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
1025
1026           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1027           {
1028             fatom = tmpBond.at2;
1029             foundchain = ii;
1030             break;
1031           }
1032         }
1033
1034       }
1035
1036       if (fatom != null) // )&& chain.ds != null)
1037       {
1038         chain = pdb.chains.elementAt(foundchain);
1039       }
1040     }
1041
1042     return fatom;
1043   }
1044
1045   public void update(Graphics g)
1046   {
1047     paint(g);
1048   }
1049
1050   public void highlightRes(int ii)
1051   {
1052     if (!seqColoursReady)
1053     {
1054       return;
1055     }
1056
1057     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((ii - 1) + ""))
1058     {
1059       return;
1060     }
1061
1062     int index = -1;
1063     Bond tmpBond;
1064     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1065     {
1066       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1067       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1068       {
1069         if (highlightBond1 != null)
1070         {
1071           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1072         }
1073
1074         if (highlightBond2 != null)
1075         {
1076           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1077         }
1078
1079         highlightBond1 = null;
1080         highlightBond2 = null;
1081
1082         if (index > 0)
1083         {
1084           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1085           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1086         }
1087
1088         if (index != mainchain.bonds.size())
1089         {
1090           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1091           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1092         }
1093
1094         break;
1095       }
1096     }
1097
1098     redrawneeded = true;
1099     repaint();
1100   }
1101
1102   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1103   {
1104     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
1105     {
1106       PDBChain chain = pdb.chains.elementAt(ii);
1107       chain.isVisible = b;
1108     }
1109     mainchain.isVisible = true;
1110     findCentre();
1111     setupBonds();
1112   }
1113
1114   // ////////////////////////////////
1115   // /StructureListener
1116   public String[] getPdbFile()
1117   {
1118     return new String[]
1119     { pdbentry.getFile() };
1120   }
1121
1122   String lastMessage;
1123
1124   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1125   {
1126     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum + chain))
1127     {
1128       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1129     }
1130
1131     lastMessage = pdbResNum + chain;
1132   }
1133
1134   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1135
1136   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1137
1138   /**
1139    * Highlight the specified atoms in the structure.
1140    *
1141    * @param atoms
1142    */
1143   @Override
1144   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
1145   {
1146     if (!seqColoursReady)
1147     {
1148       return;
1149     }
1150     for (AtomSpec atom : atoms)
1151     {
1152       int atomIndex = atom.getAtomIndex();
1153
1154       if (highlightRes != null
1155               && highlightRes.contains((atomIndex - 1) + ""))
1156       {
1157         continue;
1158       }
1159
1160       highlightAtom(atomIndex);
1161     }
1162
1163     redrawneeded = true;
1164     repaint();
1165   }
1166
1167   /**
1168    * @param atomIndex
1169    */
1170   protected void highlightAtom(int atomIndex)
1171   {
1172     int index = -1;
1173     Bond tmpBond;
1174     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1175     {
1176       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1177       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1178       {
1179         if (highlightBond1 != null)
1180         {
1181           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1182         }
1183
1184         if (highlightBond2 != null)
1185         {
1186           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1187         }
1188
1189         highlightBond1 = null;
1190         highlightBond2 = null;
1191
1192         if (index > 0)
1193         {
1194           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1195           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1196         }
1197
1198         if (index != mainchain.bonds.size())
1199         {
1200           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1201           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1202         }
1203
1204         break;
1205       }
1206     }
1207   }
1208
1209   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1210           String pdbfile)
1211   {
1212     return Color.white;
1213     // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1214     // return null;
1215
1216     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1217   }
1218
1219   public void updateColours(Object source)
1220   {
1221     colourBySequence();
1222     redrawneeded = true;
1223     repaint();
1224   }
1225
1226   @Override
1227   public void releaseReferences(Object svl)
1228   {
1229     // TODO Auto-generated method stub
1230
1231   }
1232
1233   @Override
1234   public boolean isListeningFor(SequenceI seq)
1235   {
1236     if (sequence != null)
1237     {
1238       for (SequenceI s : sequence)
1239       {
1240         if (s == seq)
1241         {
1242           return true;
1243         }
1244       }
1245     }
1246     return false;
1247   }
1248 }