src/MCview/AppletPDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.appletgui.AlignmentPanel;
  25 import jalview.appletgui.FeatureRenderer;
  26 import jalview.appletgui.SequenceRenderer;
  27 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.structure.AtomSpec;
  30 import jalview.structure.StructureListener;
  31 import jalview.structure.StructureMapping;
  32 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  33 import jalview.util.MessageManager;
  34
  35 import java.awt.Color;
  36 import java.awt.Dimension;
  37 import java.awt.Event;
  38 import java.awt.Font;
  39 import java.awt.Graphics;
  40 import java.awt.Image;
  41 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  42 import java.awt.Panel;
  43 import java.awt.event.KeyAdapter;
  44 import java.awt.event.KeyEvent;
  45 import java.awt.event.MouseEvent;
  46 import java.awt.event.MouseListener;
  47 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  48 import java.io.PrintStream;
  49 import java.util.List;
  50 import java.util.Vector;
  51
  52 public class AppletPDBCanvas extends Panel implements MouseListener,
  53         MouseMotionListener, StructureListener
  54 {
  55
  56   MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);
  57
  58   MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
  59
  60   boolean redrawneeded = true;
  61
  62   int omx = 0;
  63
  64   int mx = 0;
  65
  66   int omy = 0;
  67
  68   int my = 0;
  69
  70   public PDBfile pdb;
  71
  72   PDBEntry pdbentry;
  73
  74   int bsize;
  75
  76   Image img;
  77
  78   Graphics ig;
  79
  80   Dimension prefsize;
  81
  82   float[] centre = new float[3];
  83
  84   float[] width = new float[3];
  85
  86   float maxwidth;
  87
  88   float scale;
  89
  90   String inStr;
  91
  92   String inType;
  93
  94   boolean bysequence = true;
  95
  96   boolean depthcue = true;
  97
  98   boolean wire = false;
  99
 100   boolean bymolecule = false;
 101
 102   boolean zbuffer = true;
 103
 104   boolean dragging;
 105
 106   int xstart;
 107
 108   int xend;
 109
 110   int ystart;
 111
 112   int yend;
 113
 114   int xmid;
 115
 116   int ymid;
 117
 118   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
 119
 120   public SequenceI[] sequence;
 121
 122   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
 123
 124   String appletToolTip = null;
 125
 126   int toolx, tooly;
 127
 128   PDBChain mainchain;
 129
 130   Vector highlightRes;
 131
 132   boolean pdbAction = false;
 133
 134   Bond highlightBond1, highlightBond2;
 135
 136   boolean errorLoading = false;
 137
 138   boolean seqColoursReady = false;
 139
 140   FeatureRenderer fr;
 141
 142   AlignmentPanel ap;
 143
 144   StructureSelectionManager ssm;
 145
 146   public AppletPDBCanvas(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq,
 147           String[] chains, AlignmentPanel ap, String protocol)
 148
 149   {
 150     this.ap = ap;
 151     this.pdbentry = pdbentry;
 152     this.sequence = seq;
 153
 154     ssm = StructureSelectionManager
 155             .getStructureSelectionManager(ap.av.applet);
 156
 157     try
 158     {
 159       pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol);
 160
 161       if (protocol.equals(jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 162       {
 163         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.id);
 164       }
 165
 166     } catch (Exception ex)
 167     {
 168       ex.printStackTrace();
 169       return;
 170     }
 171
 172     pdbentry.setId(pdb.id);
 173
 174     ssm.addStructureViewerListener(this);
 175
 176     colourBySequence();
 177
 178     int max = -10;
 179     int maxchain = -1;
 180     int pdbstart = 0;
 181     int pdbend = 0;
 182     int seqstart = 0;
 183     int seqend = 0;
 184
 185     // JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 186     SequenceI sequence = seq[0];
 187
 188     for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
 189     {
 190
 191       mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = "
 192               + pdb.chains.elementAt(i).sequence
 193                       .getSequenceAsString());
 194       mappingDetails.append("\nNo of residues = "
 195               + pdb.chains.elementAt(i).residues.size()
 196               + "\n\n");
 197
 198       // Now lets compare the sequences to get
 199       // the start and end points.
 200       // Align the sequence to the pdb
 201       // TODO: DNa/Pep switch
 202       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 203               pdb.chains.elementAt(i).sequence,
 204               pdb.chains.elementAt(i).isNa ? AlignSeq.DNA
 205                       : AlignSeq.PEP);
 206       as.calcScoreMatrix();
 207       as.traceAlignment();
 208       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 209       {
 210         public void print(String x)
 211         {
 212           mappingDetails.append(x);
 213         }
 214
 215         public void println()
 216         {
 217           mappingDetails.append("\n");
 218         }
 219       };
 220
 221       as.printAlignment(ps);
 222
 223       if (as.maxscore > max)
 224       {
 225         max = as.maxscore;
 226         maxchain = i;
 227
 228         pdbstart = as.seq2start;
 229         pdbend = as.seq2end;
 230         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 231         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 232       }
 233
 234       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 235       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 236     }
 237
 238     mainchain = pdb.chains.elementAt(maxchain);
 239
 240     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 241     mainchain.pdbend = pdbend;
 242     mainchain.seqstart = seqstart;
 243     mainchain.seqend = seqend;
 244     mainchain.isVisible = true;
 245     // mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);
 246     // mainchain.transferRESNUMFeatures(sequence, null);
 247     this.pdb = pdb;
 248     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 249
 250     // Initialize the matrices to identity
 251     for (int i = 0; i < 3; i++)
 252     {
 253       for (int j = 0; j < 3; j++)
 254       {
 255         if (i != j)
 256         {
 257           idmat.addElement(i, j, 0);
 258           objmat.addElement(i, j, 0);
 259         }
 260         else
 261         {
 262           idmat.addElement(i, j, 1);
 263           objmat.addElement(i, j, 1);
 264         }
 265       }
 266     }
 267
 268     addMouseMotionListener(this);
 269     addMouseListener(this);
 270
 271     addKeyListener(new KeyAdapter()
 272     {
 273       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 274       {
 275         doKeyPressed(evt);
 276       }
 277     });
 278
 279     findCentre();
 280     findWidth();
 281
 282     setupBonds();
 283
 284     scale = findScale();
 285   }
 286
 287   Vector visiblebonds;
 288
 289   void setupBonds()
 290   {
 291     seqColoursReady = false;
 292     // Sort the bonds by z coord
 293     visiblebonds = new Vector();
 294
 295     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 296     {
 297       if (pdb.chains.elementAt(ii).isVisible)
 298       {
 299         Vector tmp = pdb.chains.elementAt(ii).bonds;
 300
 301         for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
 302         {
 303           visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));
 304         }
 305       }
 306     }
 307     seqColoursReady = true;
 308     colourBySequence();
 309     redrawneeded = true;
 310     repaint();
 311   }
 312
 313   public void findWidth()
 314   {
 315     float[] max = new float[3];
 316     float[] min = new float[3];
 317
 318     max[0] = (float) -1e30;
 319     max[1] = (float) -1e30;
 320     max[2] = (float) -1e30;
 321
 322     min[0] = (float) 1e30;
 323     min[1] = (float) 1e30;
 324     min[2] = (float) 1e30;
 325
 326     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 327     {
 328       if (pdb.chains.elementAt(ii).isVisible)
 329       {
 330         Vector bonds = pdb.chains.elementAt(ii).bonds;
 331
 332         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 333         {
 334           Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);
 335
 336           if (tmp.start[0] >= max[0])
 337           {
 338             max[0] = tmp.start[0];
 339           }
 340
 341           if (tmp.start[1] >= max[1])
 342           {
 343             max[1] = tmp.start[1];
 344           }
 345
 346           if (tmp.start[2] >= max[2])
 347           {
 348             max[2] = tmp.start[2];
 349           }
 350
 351           if (tmp.start[0] <= min[0])
 352           {
 353             min[0] = tmp.start[0];
 354           }
 355
 356           if (tmp.start[1] <= min[1])
 357           {
 358             min[1] = tmp.start[1];
 359           }
 360
 361           if (tmp.start[2] <= min[2])
 362           {
 363             min[2] = tmp.start[2];
 364           }
 365
 366           if (tmp.end[0] >= max[0])
 367           {
 368             max[0] = tmp.end[0];
 369           }
 370
 371           if (tmp.end[1] >= max[1])
 372           {
 373             max[1] = tmp.end[1];
 374           }
 375
 376           if (tmp.end[2] >= max[2])
 377           {
 378             max[2] = tmp.end[2];
 379           }
 380
 381           if (tmp.end[0] <= min[0])
 382           {
 383             min[0] = tmp.end[0];
 384           }
 385
 386           if (tmp.end[1] <= min[1])
 387           {
 388             min[1] = tmp.end[1];
 389           }
 390
 391           if (tmp.end[2] <= min[2])
 392           {
 393             min[2] = tmp.end[2];
 394           }
 395         }
 396       }
 397     }
 398
 399     width[0] = Math.abs(max[0] - min[0]);
 400     width[1] = Math.abs(max[1] - min[1]);
 401     width[2] = Math.abs(max[2] - min[2]);
 402
 403     maxwidth = width[0];
 404
 405     if (width[1] > width[0])
 406     {
 407       maxwidth = width[1];
 408     }
 409
 410     if (width[2] > width[1])
 411     {
 412       maxwidth = width[2];
 413     }
 414
 415     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 416   }
 417
 418   public float findScale()
 419   {
 420     int dim;
 421     int width;
 422     int height;
 423
 424     if (getSize().width != 0)
 425     {
 426       width = getSize().width;
 427       height = getSize().height;
 428     }
 429     else
 430     {
 431       width = prefsize.width;
 432       height = prefsize.height;
 433     }
 434
 435     if (width < height)
 436     {
 437       dim = width;
 438     }
 439     else
 440     {
 441       dim = height;
 442     }
 443
 444     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 445   }
 446
 447   public void findCentre()
 448   {
 449     float xtot = 0;
 450     float ytot = 0;
 451     float ztot = 0;
 452
 453     int bsize = 0;
 454
 455     // Find centre coordinate
 456     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 457     {
 458       if (pdb.chains.elementAt(ii).isVisible)
 459       {
 460         Vector bonds = pdb.chains.elementAt(ii).bonds;
 461
 462         bsize += bonds.size();
 463
 464         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 465         {
 466           xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0]
 467                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];
 468
 469           ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1]
 470                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];
 471
 472           ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2]
 473                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];
 474         }
 475       }
 476     }
 477
 478     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 479     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 480     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 481   }
 482
 483   public void paint(Graphics g)
 484   {
 485
 486     if (errorLoading)
 487     {
 488       g.setColor(Color.white);
 489       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 490       g.setColor(Color.black);
 491       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 492       g.drawString(
 493               MessageManager.getString("label.error_loading_pdb_data"), 50,
 494               getSize().height / 2);
 495       return;
 496     }
 497
 498     if (!seqColoursReady)
 499     {
 500       g.setColor(Color.black);
 501       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 502       g.drawString(MessageManager.getString("label.fetching_pdb_data"), 50,
 503               getSize().height / 2);
 504       return;
 505     }
 506
 507     // Only create the image at the beginning -
 508     // this saves much memory usage
 509     if ((img == null) || (prefsize.width != getSize().width)
 510             || (prefsize.height != getSize().height))
 511     {
 512
 513       try
 514       {
 515         prefsize.width = getSize().width;
 516         prefsize.height = getSize().height;
 517
 518         scale = findScale();
 519         img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 520         ig = img.getGraphics();
 521
 522         redrawneeded = true;
 523       } catch (Exception ex)
 524       {
 525         ex.printStackTrace();
 526       }
 527     }
 528
 529     if (redrawneeded)
 530     {
 531       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 532       redrawneeded = false;
 533     }
 534     if (appletToolTip != null)
 535     {
 536       ig.setColor(Color.red);
 537       ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);
 538     }
 539
 540     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 541
 542     pdbAction = false;
 543   }
 544
 545   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 546   {
 547     ig.setColor(Color.black);
 548     ig.fillRect(0, 0, width, height);
 549     drawScene(ig);
 550     drawLabels(ig);
 551   }
 552
 553   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 554   {
 555     bysequence = false;
 556     pdb.setColours(cs);
 557     redrawneeded = true;
 558     repaint();
 559   }
 560
 561   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 562   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 563   void colourBySequence()
 564   {
 565     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 566
 567     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 568
 569     boolean showFeatures = false;
 570     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
 571     {
 572       if (fr == null)
 573       {
 574         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(ap.av);
 575       }
 576
 577       fr.transferSettings(ap.getFeatureRenderer());
 578
 579       showFeatures = true;
 580     }
 581
 582     PDBChain chain;
 583     if (bysequence && pdb != null)
 584     {
 585       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 586       {
 587         chain = pdb.chains.elementAt(ii);
 588
 589         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 590         {
 591           Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);
 592           tmp.startCol = Color.lightGray;
 593           tmp.endCol = Color.lightGray;
 594           if (chain != mainchain)
 595           {
 596             continue;
 597           }
 598
 599           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 600           {
 601             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 602             {
 603               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 604               {
 605                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber) - 1;
 606                 if (pos > 0)
 607                 {
 608                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 609                   tmp.startCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 610                   if (showFeatures)
 611                   {
 612                     tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol,
 613                             sequence[s], pos);
 614                   }
 615                 }
 616                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber) - 1;
 617                 if (pos > 0)
 618                 {
 619                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 620                   tmp.endCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 621                   if (showFeatures)
 622                   {
 623                     tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol,
 624                             sequence[s], pos);
 625                   }
 626                 }
 627
 628               }
 629             }
 630           }
 631         }
 632       }
 633     }
 634   }
 635
 636   Zsort zsort;
 637
 638   public void drawScene(Graphics g)
 639   {
 640     if (zbuffer)
 641     {
 642       if (zsort == null)
 643       {
 644         zsort = new Zsort();
 645       }
 646
 647       zsort.Zsort(visiblebonds);
 648     }
 649
 650     Bond tmpBond = null;
 651     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 652     {
 653       tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);
 654
 655       xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 656       ystart = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 657
 658       xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 659       yend = (int) (((centre[1] - tmpBond.end[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 660
 661       xmid = (xend + xstart) / 2;
 662       ymid = (yend + ystart) / 2;
 663
 664       if (depthcue && !bymolecule)
 665       {
 666         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 667         {
 668           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 669           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 670
 671           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 672           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 673         }
 674         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 675         {
 676           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 677           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 678
 679           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 680           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 681         }
 682         else
 683         {
 684           g.setColor(tmpBond.startCol);
 685           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 686
 687           g.setColor(tmpBond.endCol);
 688           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 689         }
 690
 691       }
 692       else if (depthcue && bymolecule)
 693       {
 694         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 695         {
 696           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 697           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 698         }
 699         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 700         {
 701           g.setColor(Color.green.darker());
 702           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 703         }
 704         else
 705         {
 706           g.setColor(Color.green);
 707           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 708         }
 709       }
 710       else if (!depthcue && !bymolecule)
 711       {
 712         g.setColor(tmpBond.startCol);
 713         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 714         g.setColor(tmpBond.endCol);
 715         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 716       }
 717       else
 718       {
 719         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 720       }
 721
 722       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 723       {
 724         g.setColor(Color.white);
 725         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 726       }
 727
 728       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 729       {
 730         g.setColor(Color.white);
 731         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 732       }
 733
 734     }
 735   }
 736
 737   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 738   {
 739     if (!wire)
 740     {
 741       if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 742       {
 743         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 744         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 745         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 746       }
 747       else
 748       {
 749         g.setColor(g.getColor().brighter());
 750         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 751         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 752         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 753       }
 754     }
 755     else
 756     {
 757       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 758     }
 759   }
 760
 761   public Dimension minimumsize()
 762   {
 763     return prefsize;
 764   }
 765
 766   public Dimension preferredsize()
 767   {
 768     return prefsize;
 769   }
 770
 771   public void doKeyPressed(KeyEvent evt)
 772   {
 773     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 774     {
 775       scale = (float) (scale * 1.1);
 776       redrawneeded = true;
 777       repaint();
 778     }
 779     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 780     {
 781       scale = (float) (scale * 0.9);
 782       redrawneeded = true;
 783       repaint();
 784     }
 785   }
 786
 787   public void mousePressed(MouseEvent e)
 788   {
 789     pdbAction = true;
 790     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 791     if (fatom != null)
 792     {
 793       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 794
 795       redrawneeded = true;
 796       repaint();
 797       if (foundchain != -1)
 798       {
 799         PDBChain chain = pdb.chains.elementAt(foundchain);
 800         if (chain == mainchain)
 801         {
 802           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 803           {
 804             if (highlightRes == null)
 805             {
 806               highlightRes = new Vector();
 807             }
 808
 809             if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping + "" + ""))
 810             {
 811               highlightRes.removeElement(fatom.alignmentMapping + "");
 812             }
 813             else
 814             {
 815               highlightRes.addElement(fatom.alignmentMapping + "");
 816             }
 817           }
 818         }
 819       }
 820
 821     }
 822     mx = e.getX();
 823     my = e.getY();
 824     omx = mx;
 825     omy = my;
 826     dragging = false;
 827   }
 828
 829   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 830   {
 831     pdbAction = true;
 832     if (highlightBond1 != null)
 833     {
 834       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 835       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 836       highlightBond1 = null;
 837       highlightBond2 = null;
 838     }
 839
 840     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 841
 842     PDBChain chain = null;
 843     if (foundchain != -1)
 844     {
 845       chain = pdb.chains.elementAt(foundchain);
 846       if (chain == mainchain)
 847       {
 848         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 849       }
 850     }
 851
 852     if (fatom != null)
 853     {
 854       toolx = e.getX();
 855       tooly = e.getY();
 856
 857       appletToolTip = chain.id + ":" + fatom.resNumber + " "
 858               + fatom.resName;
 859       redrawneeded = true;
 860       repaint();
 861     }
 862     else
 863     {
 864       mouseOverStructure(-1, chain != null ? chain.id : null);
 865       appletToolTip = null;
 866       redrawneeded = true;
 867       repaint();
 868     }
 869   }
 870
 871   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 872   {
 873   }
 874
 875   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 876   {
 877   }
 878
 879   public void mouseExited(MouseEvent e)
 880   {
 881   }
 882
 883   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 884   {
 885     int x = evt.getX();
 886     int y = evt.getY();
 887     mx = x;
 888     my = y;
 889
 890     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 891     objmat.setIdentity();
 892
 893     if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 894     {
 895       objmat.rotatez(((mx - omx)));
 896     }
 897     else
 898     {
 899       objmat.rotatex(((omy - my)));
 900       objmat.rotatey(((omx - mx)));
 901     }
 902
 903     // Alter the bonds
 904     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 905     {
 906       Vector bonds = pdb.chains.elementAt(ii).bonds;
 907
 908       for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 909       {
 910         Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 911
 912         // Translate the bond so the centre is 0,0,0
 913         tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 914
 915         // Now apply the rotation matrix
 916         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 917         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 918
 919         // Now translate back again
 920         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 921       }
 922     }
 923
 924     objmat = null;
 925
 926     omx = mx;
 927     omy = my;
 928
 929     dragging = true;
 930
 931     redrawneeded = true;
 932
 933     repaint();
 934   }
 935
 936   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 937   {
 938     dragging = false;
 939     return;
 940   }
 941
 942   void drawLabels(Graphics g)
 943   {
 944
 945     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 946     {
 947       PDBChain chain = pdb.chains.elementAt(ii);
 948
 949       if (chain.isVisible)
 950       {
 951         Vector bonds = pdb.chains.elementAt(ii).bonds;
 952
 953         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 954         {
 955           Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 956
 957           if (tmpBond.at1.isSelected)
 958           {
 959             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 960           }
 961
 962           if (tmpBond.at2.isSelected)
 963           {
 964
 965             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 966           }
 967         }
 968       }
 969     }
 970   }
 971
 972   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 973   {
 974     g.setFont(font);
 975
 976     if (n == 1)
 977     {
 978       int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 979       int ystart = (int) (((centre[1] - b.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 980
 981       g.setColor(Color.red);
 982       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 983     }
 984
 985     if (n == 2)
 986     {
 987       int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 988       int ystart = (int) (((centre[1] - b.end[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 989
 990       g.setColor(Color.red);
 991       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 992     }
 993   }
 994
 995   int foundchain = -1;
 996
 997   public Atom findAtom(int x, int y)
 998   {
 999     Atom fatom = null;
1000
1001     foundchain = -1;
1002
1003     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
1004     {
1005       PDBChain chain = pdb.chains.elementAt(ii);
1006       int truex;
1007       Bond tmpBond = null;
1008
1009       if (chain.isVisible)
1010       {
1011         Vector bonds = pdb.chains.elementAt(ii).bonds;
1012
1013         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
1014         {
1015           tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
1016
1017           truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
1018
1019           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
1020           {
1021             int truey = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
1022
1023             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1024             {
1025               fatom = tmpBond.at1;
1026               foundchain = ii;
1027               break;
1028             }
1029           }
1030         }
1031
1032         // Still here? Maybe its the last bond
1033
1034         truex = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
1035
1036         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
1037         {
1038           int truey = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
1039
1040           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1041           {
1042             fatom = tmpBond.at2;
1043             foundchain = ii;
1044             break;
1045           }
1046         }
1047
1048       }
1049
1050       if (fatom != null) // )&& chain.ds != null)
1051       {
1052         chain = pdb.chains.elementAt(foundchain);
1053       }
1054     }
1055
1056     return fatom;
1057   }
1058
1059   public void update(Graphics g)
1060   {
1061     paint(g);
1062   }
1063
1064   public void highlightRes(int ii)
1065   {
1066     if (!seqColoursReady)
1067     {
1068       return;
1069     }
1070
1071     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((ii - 1) + ""))
1072     {
1073       return;
1074     }
1075
1076     int index = -1;
1077     Bond tmpBond;
1078     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1079     {
1080       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1081       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1082       {
1083         if (highlightBond1 != null)
1084         {
1085           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1086         }
1087
1088         if (highlightBond2 != null)
1089         {
1090           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1091         }
1092
1093         highlightBond1 = null;
1094         highlightBond2 = null;
1095
1096         if (index > 0)
1097         {
1098           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1099           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1100         }
1101
1102         if (index != mainchain.bonds.size())
1103         {
1104           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1105           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1106         }
1107
1108         break;
1109       }
1110     }
1111
1112     redrawneeded = true;
1113     repaint();
1114   }
1115
1116   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1117   {
1118     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
1119     {
1120       PDBChain chain = pdb.chains.elementAt(ii);
1121       chain.isVisible = b;
1122     }
1123     mainchain.isVisible = true;
1124     findCentre();
1125     setupBonds();
1126   }
1127
1128   // ////////////////////////////////
1129   // /StructureListener
1130   public String[] getPdbFile()
1131   {
1132     return new String[]
1133     { pdbentry.getFile() };
1134   }
1135
1136   String lastMessage;
1137
1138   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1139   {
1140     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum + chain))
1141     {
1142       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1143     }
1144
1145     lastMessage = pdbResNum + chain;
1146   }
1147
1148   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1149
1150   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1151
1152   /**
1153    * Highlight the specified atoms in the structure.
1154    *
1155    * @param atoms
1156    */
1157   @Override
1158   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
1159   {
1160     if (!seqColoursReady)
1161     {
1162       return;
1163     }
1164     for (AtomSpec atom : atoms)
1165     {
1166       int atomIndex = atom.getAtomIndex();
1167
1168       if (highlightRes != null
1169               && highlightRes.contains((atomIndex - 1) + ""))
1170       {
1171         continue;
1172       }
1173
1174       highlightAtom(atomIndex);
1175     }
1176
1177     redrawneeded = true;
1178     repaint();
1179   }
1180
1181   /**
1182    * @param atomIndex
1183    */
1184   protected void highlightAtom(int atomIndex)
1185   {
1186     int index = -1;
1187     Bond tmpBond;
1188     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1189     {
1190       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1191       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1192       {
1193         if (highlightBond1 != null)
1194         {
1195           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1196         }
1197
1198         if (highlightBond2 != null)
1199         {
1200           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1201         }
1202
1203         highlightBond1 = null;
1204         highlightBond2 = null;
1205
1206         if (index > 0)
1207         {
1208           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1209           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1210         }
1211
1212         if (index != mainchain.bonds.size())
1213         {
1214           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1215           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1216         }
1217
1218         break;
1219       }
1220     }
1221   }
1222
1223   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1224           String pdbfile)
1225   {
1226     return Color.white;
1227     // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1228     // return null;
1229
1230     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1231   }
1232
1233   public void updateColours(Object source)
1234   {
1235     colourBySequence();
1236     redrawneeded = true;
1237     repaint();
1238   }
1239
1240   @Override
1241   public void releaseReferences(Object svl)
1242   {
1243     // TODO Auto-generated method stub
1244
1245   }
1246
1247 }