src/MCview/AppletPDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  25 import java.awt.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import jalview.analysis.*;
  29 import jalview.datamodel.*;
  30
  31 import jalview.appletgui.*;
  32 import jalview.structure.*;
  33 import jalview.util.MessageManager;
  34
  35 public class AppletPDBCanvas extends Panel implements MouseListener,
  36         MouseMotionListener, StructureListener
  37 {
  38
  39   MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);
  40
  41   MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
  42
  43   boolean redrawneeded = true;
  44
  45   int omx = 0;
  46
  47   int mx = 0;
  48
  49   int omy = 0;
  50
  51   int my = 0;
  52
  53   public PDBfile pdb;
  54
  55   PDBEntry pdbentry;
  56
  57   int bsize;
  58
  59   Image img;
  60
  61   Graphics ig;
  62
  63   Dimension prefsize;
  64
  65   float[] centre = new float[3];
  66
  67   float[] width = new float[3];
  68
  69   float maxwidth;
  70
  71   float scale;
  72
  73   String inStr;
  74
  75   String inType;
  76
  77   boolean bysequence = true;
  78
  79   boolean depthcue = true;
  80
  81   boolean wire = false;
  82
  83   boolean bymolecule = false;
  84
  85   boolean zbuffer = true;
  86
  87   boolean dragging;
  88
  89   int xstart;
  90
  91   int xend;
  92
  93   int ystart;
  94
  95   int yend;
  96
  97   int xmid;
  98
  99   int ymid;
 100
 101   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
 102
 103   public SequenceI[] sequence;
 104
 105   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
 106
 107   String appletToolTip = null;
 108
 109   int toolx, tooly;
 110
 111   PDBChain mainchain;
 112
 113   Vector highlightRes;
 114
 115   boolean pdbAction = false;
 116
 117   Bond highlightBond1, highlightBond2;
 118
 119   boolean errorLoading = false;
 120
 121   boolean seqColoursReady = false;
 122
 123   FeatureRenderer fr;
 124
 125   AlignmentPanel ap;
 126
 127   StructureSelectionManager ssm;
 128
 129   public AppletPDBCanvas(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq,
 130           String[] chains, AlignmentPanel ap, String protocol)
 131
 132   {
 133     this.ap = ap;
 134     this.pdbentry = pdbentry;
 135     this.sequence = seq;
 136
 137     ssm = StructureSelectionManager
 138             .getStructureSelectionManager(ap.av.applet);
 139
 140     try
 141     {
 142       pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol);
 143
 144       if (protocol.equals(jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 145         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.id);
 146
 147     } catch (Exception ex)
 148     {
 149       ex.printStackTrace();
 150       return;
 151     }
 152
 153     pdbentry.setId(pdb.id);
 154
 155     ssm.addStructureViewerListener(this);
 156
 157     colourBySequence();
 158
 159     int max = -10;
 160     int maxchain = -1;
 161     int pdbstart = 0;
 162     int pdbend = 0;
 163     int seqstart = 0;
 164     int seqend = 0;
 165
 166     // JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 167     SequenceI sequence = seq[0];
 168
 169     for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
 170     {
 171
 172       mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = "
 173               + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence
 174                       .getSequenceAsString());
 175       mappingDetails.append("\nNo of residues = "
 176               + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()
 177               + "\n\n");
 178
 179       // Now lets compare the sequences to get
 180       // the start and end points.
 181       // Align the sequence to the pdb
 182       // TODO: DNa/Pep switch
 183       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 184               ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence,
 185               ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).isNa ? AlignSeq.DNA
 186                       : AlignSeq.PEP);
 187       as.calcScoreMatrix();
 188       as.traceAlignment();
 189       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 190       {
 191         public void print(String x)
 192         {
 193           mappingDetails.append(x);
 194         }
 195
 196         public void println()
 197         {
 198           mappingDetails.append("\n");
 199         }
 200       };
 201
 202       as.printAlignment(ps);
 203
 204       if (as.maxscore > max)
 205       {
 206         max = as.maxscore;
 207         maxchain = i;
 208
 209         pdbstart = as.seq2start;
 210         pdbend = as.seq2end;
 211         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 212         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 213       }
 214
 215       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 216       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 217     }
 218
 219     mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);
 220
 221     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 222     mainchain.pdbend = pdbend;
 223     mainchain.seqstart = seqstart;
 224     mainchain.seqend = seqend;
 225     mainchain.isVisible = true;
 226     // mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);
 227     // mainchain.transferRESNUMFeatures(sequence, null);
 228     this.pdb = pdb;
 229     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 230
 231     // Initialize the matrices to identity
 232     for (int i = 0; i < 3; i++)
 233     {
 234       for (int j = 0; j < 3; j++)
 235       {
 236         if (i != j)
 237         {
 238           idmat.addElement(i, j, 0);
 239           objmat.addElement(i, j, 0);
 240         }
 241         else
 242         {
 243           idmat.addElement(i, j, 1);
 244           objmat.addElement(i, j, 1);
 245         }
 246       }
 247     }
 248
 249     addMouseMotionListener(this);
 250     addMouseListener(this);
 251
 252     addKeyListener(new KeyAdapter()
 253     {
 254       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 255       {
 256         doKeyPressed(evt);
 257       }
 258     });
 259
 260     findCentre();
 261     findWidth();
 262
 263     setupBonds();
 264
 265     scale = findScale();
 266   }
 267
 268   Vector visiblebonds;
 269
 270   void setupBonds()
 271   {
 272     seqColoursReady = false;
 273     // Sort the bonds by z coord
 274     visiblebonds = new Vector();
 275
 276     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 277     {
 278       if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 279       {
 280         Vector tmp = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 281
 282         for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
 283         {
 284           visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));
 285         }
 286       }
 287     }
 288     seqColoursReady = true;
 289     colourBySequence();
 290     redrawneeded = true;
 291     repaint();
 292   }
 293
 294   public void findWidth()
 295   {
 296     float[] max = new float[3];
 297     float[] min = new float[3];
 298
 299     max[0] = (float) -1e30;
 300     max[1] = (float) -1e30;
 301     max[2] = (float) -1e30;
 302
 303     min[0] = (float) 1e30;
 304     min[1] = (float) 1e30;
 305     min[2] = (float) 1e30;
 306
 307     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 308     {
 309       if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 310       {
 311         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 312
 313         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 314         {
 315           Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);
 316
 317           if (tmp.start[0] >= max[0])
 318           {
 319             max[0] = tmp.start[0];
 320           }
 321
 322           if (tmp.start[1] >= max[1])
 323           {
 324             max[1] = tmp.start[1];
 325           }
 326
 327           if (tmp.start[2] >= max[2])
 328           {
 329             max[2] = tmp.start[2];
 330           }
 331
 332           if (tmp.start[0] <= min[0])
 333           {
 334             min[0] = tmp.start[0];
 335           }
 336
 337           if (tmp.start[1] <= min[1])
 338           {
 339             min[1] = tmp.start[1];
 340           }
 341
 342           if (tmp.start[2] <= min[2])
 343           {
 344             min[2] = tmp.start[2];
 345           }
 346
 347           if (tmp.end[0] >= max[0])
 348           {
 349             max[0] = tmp.end[0];
 350           }
 351
 352           if (tmp.end[1] >= max[1])
 353           {
 354             max[1] = tmp.end[1];
 355           }
 356
 357           if (tmp.end[2] >= max[2])
 358           {
 359             max[2] = tmp.end[2];
 360           }
 361
 362           if (tmp.end[0] <= min[0])
 363           {
 364             min[0] = tmp.end[0];
 365           }
 366
 367           if (tmp.end[1] <= min[1])
 368           {
 369             min[1] = tmp.end[1];
 370           }
 371
 372           if (tmp.end[2] <= min[2])
 373           {
 374             min[2] = tmp.end[2];
 375           }
 376         }
 377       }
 378     }
 379
 380     width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);
 381     width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);
 382     width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);
 383
 384     maxwidth = width[0];
 385
 386     if (width[1] > width[0])
 387     {
 388       maxwidth = width[1];
 389     }
 390
 391     if (width[2] > width[1])
 392     {
 393       maxwidth = width[2];
 394     }
 395
 396     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 397   }
 398
 399   public float findScale()
 400   {
 401     int dim;
 402     int width;
 403     int height;
 404
 405     if (getSize().width != 0)
 406     {
 407       width = getSize().width;
 408       height = getSize().height;
 409     }
 410     else
 411     {
 412       width = prefsize.width;
 413       height = prefsize.height;
 414     }
 415
 416     if (width < height)
 417     {
 418       dim = width;
 419     }
 420     else
 421     {
 422       dim = height;
 423     }
 424
 425     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 426   }
 427
 428   public void findCentre()
 429   {
 430     float xtot = 0;
 431     float ytot = 0;
 432     float ztot = 0;
 433
 434     int bsize = 0;
 435
 436     // Find centre coordinate
 437     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 438     {
 439       if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 440       {
 441         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 442
 443         bsize += bonds.size();
 444
 445         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 446         {
 447           xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0]
 448                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];
 449
 450           ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1]
 451                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];
 452
 453           ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2]
 454                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];
 455         }
 456       }
 457     }
 458
 459     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 460     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 461     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 462   }
 463
 464   public void paint(Graphics g)
 465   {
 466
 467     if (errorLoading)
 468     {
 469       g.setColor(Color.white);
 470       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 471       g.setColor(Color.black);
 472       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 473       g.drawString(MessageManager.getString("label.error_loading_pdb_data"), 50, getSize().height / 2);
 474       return;
 475     }
 476
 477     if (!seqColoursReady)
 478     {
 479       g.setColor(Color.black);
 480       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 481       g.drawString(MessageManager.getString("label.fetching_pdb_data"), 50, getSize().height / 2);
 482       return;
 483     }
 484
 485     // Only create the image at the beginning -
 486     // this saves much memory usage
 487     if ((img == null) || (prefsize.width != getSize().width)
 488             || (prefsize.height != getSize().height))
 489     {
 490
 491       try
 492       {
 493         prefsize.width = getSize().width;
 494         prefsize.height = getSize().height;
 495
 496         scale = findScale();
 497         img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 498         ig = img.getGraphics();
 499
 500         redrawneeded = true;
 501       } catch (Exception ex)
 502       {
 503         ex.printStackTrace();
 504       }
 505     }
 506
 507     if (redrawneeded)
 508     {
 509       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 510       redrawneeded = false;
 511     }
 512     if (appletToolTip != null)
 513     {
 514       ig.setColor(Color.red);
 515       ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);
 516     }
 517
 518     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 519
 520     pdbAction = false;
 521   }
 522
 523   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 524   {
 525     ig.setColor(Color.black);
 526     ig.fillRect(0, 0, width, height);
 527     drawScene(ig);
 528     drawLabels(ig);
 529   }
 530
 531   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 532   {
 533     bysequence = false;
 534     pdb.setColours(cs);
 535     redrawneeded = true;
 536     repaint();
 537   }
 538
 539   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 540   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 541   void colourBySequence()
 542   {
 543     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 544
 545     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 546
 547     boolean showFeatures = false;
 548     if (ap.av.getShowSequenceFeatures())
 549     {
 550       if (fr == null)
 551       {
 552         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(ap.av);
 553       }
 554
 555       fr.transferSettings(ap.getFeatureRenderer());
 556
 557       showFeatures = true;
 558     }
 559
 560     PDBChain chain;
 561     if (bysequence && pdb != null)
 562     {
 563       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 564       {
 565         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 566
 567         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 568         {
 569           Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);
 570           tmp.startCol = Color.lightGray;
 571           tmp.endCol = Color.lightGray;
 572           if (chain != mainchain)
 573           {
 574             continue;
 575           }
 576
 577           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 578           {
 579             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 580             {
 581               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 582               {
 583                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber) - 1;
 584                 if (pos > 0)
 585                 {
 586                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 587                   tmp.startCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 588                   if (showFeatures)
 589                   {
 590                     tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol,
 591                             sequence[s], pos);
 592                   }
 593                 }
 594                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber) - 1;
 595                 if (pos > 0)
 596                 {
 597                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 598                   tmp.endCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 599                   if (showFeatures)
 600                   {
 601                     tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol,
 602                             sequence[s], pos);
 603                   }
 604                 }
 605
 606               }
 607             }
 608           }
 609         }
 610       }
 611     }
 612   }
 613
 614   Zsort zsort;
 615
 616   public void drawScene(Graphics g)
 617   {
 618     if (zbuffer)
 619     {
 620       if (zsort == null)
 621       {
 622         zsort = new Zsort();
 623       }
 624
 625       zsort.Zsort(visiblebonds);
 626     }
 627
 628     Bond tmpBond = null;
 629     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 630     {
 631       tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);
 632
 633       xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 634       ystart = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 635
 636       xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 637       yend = (int) (((centre[1] - tmpBond.end[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 638
 639       xmid = (xend + xstart) / 2;
 640       ymid = (yend + ystart) / 2;
 641
 642       if (depthcue && !bymolecule)
 643       {
 644         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 645         {
 646           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 647           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 648
 649           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 650           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 651         }
 652         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 653         {
 654           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 655           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 656
 657           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 658           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 659         }
 660         else
 661         {
 662           g.setColor(tmpBond.startCol);
 663           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 664
 665           g.setColor(tmpBond.endCol);
 666           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 667         }
 668
 669       }
 670       else if (depthcue && bymolecule)
 671       {
 672         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 673         {
 674           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 675           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 676         }
 677         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 678         {
 679           g.setColor(Color.green.darker());
 680           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 681         }
 682         else
 683         {
 684           g.setColor(Color.green);
 685           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 686         }
 687       }
 688       else if (!depthcue && !bymolecule)
 689       {
 690         g.setColor(tmpBond.startCol);
 691         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 692         g.setColor(tmpBond.endCol);
 693         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 694       }
 695       else
 696       {
 697         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 698       }
 699
 700       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 701       {
 702         g.setColor(Color.white);
 703         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 704       }
 705
 706       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 707       {
 708         g.setColor(Color.white);
 709         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 710       }
 711
 712     }
 713   }
 714
 715   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 716   {
 717     if (!wire)
 718     {
 719       if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 720       {
 721         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 722         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 723         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 724       }
 725       else
 726       {
 727         g.setColor(g.getColor().brighter());
 728         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 729         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 730         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 731       }
 732     }
 733     else
 734     {
 735       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 736     }
 737   }
 738
 739   public Dimension minimumsize()
 740   {
 741     return prefsize;
 742   }
 743
 744   public Dimension preferredsize()
 745   {
 746     return prefsize;
 747   }
 748
 749   public void doKeyPressed(KeyEvent evt)
 750   {
 751     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 752     {
 753       scale = (float) (scale * 1.1);
 754       redrawneeded = true;
 755       repaint();
 756     }
 757     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 758     {
 759       scale = (float) (scale * 0.9);
 760       redrawneeded = true;
 761       repaint();
 762     }
 763   }
 764
 765   public void mousePressed(MouseEvent e)
 766   {
 767     pdbAction = true;
 768     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 769     if (fatom != null)
 770     {
 771       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 772
 773       redrawneeded = true;
 774       repaint();
 775       if (foundchain != -1)
 776       {
 777         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 778         if (chain == mainchain)
 779         {
 780           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 781           {
 782             if (highlightRes == null)
 783             {
 784               highlightRes = new Vector();
 785             }
 786
 787             if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping + "" + ""))
 788             {
 789               highlightRes.removeElement(fatom.alignmentMapping + "");
 790             }
 791             else
 792             {
 793               highlightRes.addElement(fatom.alignmentMapping + "");
 794             }
 795           }
 796         }
 797       }
 798
 799     }
 800     mx = e.getX();
 801     my = e.getY();
 802     omx = mx;
 803     omy = my;
 804     dragging = false;
 805   }
 806
 807   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 808   {
 809     pdbAction = true;
 810     if (highlightBond1 != null)
 811     {
 812       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 813       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 814       highlightBond1 = null;
 815       highlightBond2 = null;
 816     }
 817
 818     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 819
 820     PDBChain chain = null;
 821     if (foundchain != -1)
 822     {
 823       chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 824       if (chain == mainchain)
 825       {
 826         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 827       }
 828     }
 829
 830     if (fatom != null)
 831     {
 832       toolx = e.getX();
 833       tooly = e.getY();
 834
 835       appletToolTip = chain.id + ":" + fatom.resNumber + " "
 836               + fatom.resName;
 837       redrawneeded = true;
 838       repaint();
 839     }
 840     else
 841     {
 842       mouseOverStructure(-1, chain != null ? chain.id : null);
 843       appletToolTip = null;
 844       redrawneeded = true;
 845       repaint();
 846     }
 847   }
 848
 849   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 850   {
 851   }
 852
 853   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 854   {
 855   }
 856
 857   public void mouseExited(MouseEvent e)
 858   {
 859   }
 860
 861   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 862   {
 863     int x = evt.getX();
 864     int y = evt.getY();
 865     mx = x;
 866     my = y;
 867
 868     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 869     objmat.setIdentity();
 870
 871     if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 872     {
 873       objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));
 874     }
 875     else
 876     {
 877       objmat.rotatex((float) ((omy - my)));
 878       objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));
 879     }
 880
 881     // Alter the bonds
 882     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 883     {
 884       Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 885
 886       for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 887       {
 888         Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 889
 890         // Translate the bond so the centre is 0,0,0
 891         tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 892
 893         // Now apply the rotation matrix
 894         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 895         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 896
 897         // Now translate back again
 898         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 899       }
 900     }
 901
 902     objmat = null;
 903
 904     omx = mx;
 905     omy = my;
 906
 907     dragging = true;
 908
 909     redrawneeded = true;
 910
 911     repaint();
 912   }
 913
 914   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 915   {
 916     dragging = false;
 917     return;
 918   }
 919
 920   void drawLabels(Graphics g)
 921   {
 922
 923     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 924     {
 925       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 926
 927       if (chain.isVisible)
 928       {
 929         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 930
 931         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 932         {
 933           Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 934
 935           if (tmpBond.at1.isSelected)
 936           {
 937             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 938           }
 939
 940           if (tmpBond.at2.isSelected)
 941           {
 942
 943             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 944           }
 945         }
 946       }
 947     }
 948   }
 949
 950   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 951   {
 952     g.setFont(font);
 953
 954     if (n == 1)
 955     {
 956       int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 957       int ystart = (int) (((centre[1] - b.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 958
 959       g.setColor(Color.red);
 960       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 961     }
 962
 963     if (n == 2)
 964     {
 965       int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 966       int ystart = (int) (((centre[1] - b.end[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 967
 968       g.setColor(Color.red);
 969       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 970     }
 971   }
 972
 973   int foundchain = -1;
 974
 975   public Atom findAtom(int x, int y)
 976   {
 977     Atom fatom = null;
 978
 979     foundchain = -1;
 980
 981     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 982     {
 983       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 984       int truex;
 985       Bond tmpBond = null;
 986
 987       if (chain.isVisible)
 988       {
 989         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 990
 991         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 992         {
 993           tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 994
 995           truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 996
 997           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 998           {
 999             int truey = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
1000
1001             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1002             {
1003               fatom = tmpBond.at1;
1004               foundchain = ii;
1005               break;
1006             }
1007           }
1008         }
1009
1010         // Still here? Maybe its the last bond
1011
1012         truex = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
1013
1014         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
1015         {
1016           int truey = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
1017
1018           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1019           {
1020             fatom = tmpBond.at2;
1021             foundchain = ii;
1022             break;
1023           }
1024         }
1025
1026       }
1027
1028       if (fatom != null) // )&& chain.ds != null)
1029       {
1030         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
1031       }
1032     }
1033
1034     return fatom;
1035   }
1036
1037   public void update(Graphics g)
1038   {
1039     paint(g);
1040   }
1041
1042   public void highlightRes(int ii)
1043   {
1044     if (!seqColoursReady)
1045     {
1046       return;
1047     }
1048
1049     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((ii - 1) + ""))
1050     {
1051       return;
1052     }
1053
1054     int index = -1;
1055     Bond tmpBond;
1056     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1057     {
1058       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1059       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1060       {
1061         if (highlightBond1 != null)
1062         {
1063           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1064         }
1065
1066         if (highlightBond2 != null)
1067         {
1068           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1069         }
1070
1071         highlightBond1 = null;
1072         highlightBond2 = null;
1073
1074         if (index > 0)
1075         {
1076           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1077           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1078         }
1079
1080         if (index != mainchain.bonds.size())
1081         {
1082           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1083           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1084         }
1085
1086         break;
1087       }
1088     }
1089
1090     redrawneeded = true;
1091     repaint();
1092   }
1093
1094   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1095   {
1096     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
1097     {
1098       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
1099       chain.isVisible = b;
1100     }
1101     mainchain.isVisible = true;
1102     findCentre();
1103     setupBonds();
1104   }
1105
1106   // ////////////////////////////////
1107   // /StructureListener
1108   public String[] getPdbFile()
1109   {
1110     return new String[]
1111     { pdbentry.getFile() };
1112   }
1113
1114   String lastMessage;
1115
1116   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1117   {
1118     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum + chain))
1119       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1120
1121     lastMessage = pdbResNum + chain;
1122   }
1123
1124   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1125
1126   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1127
1128   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1129           String pdbfile)
1130   {
1131     if (!seqColoursReady)
1132     {
1133       return;
1134     }
1135
1136     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((atomIndex - 1) + ""))
1137     {
1138       return;
1139     }
1140
1141     int index = -1;
1142     Bond tmpBond;
1143     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1144     {
1145       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1146       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1147       {
1148         if (highlightBond1 != null)
1149         {
1150           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1151         }
1152
1153         if (highlightBond2 != null)
1154         {
1155           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1156         }
1157
1158         highlightBond1 = null;
1159         highlightBond2 = null;
1160
1161         if (index > 0)
1162         {
1163           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1164           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1165         }
1166
1167         if (index != mainchain.bonds.size())
1168         {
1169           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1170           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1171         }
1172
1173         break;
1174       }
1175     }
1176
1177     redrawneeded = true;
1178     repaint();
1179   }
1180
1181   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1182           String pdbfile)
1183   {
1184     return Color.white;
1185     // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1186     // return null;
1187
1188     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1189   }
1190
1191   public void updateColours(Object source)
1192   {
1193     colourBySequence();
1194     redrawneeded = true;
1195     repaint();
1196   }
1197
1198   @Override
1199   public void releaseReferences(Object svl)
1200   {
1201     // TODO Auto-generated method stub
1202
1203   }
1204
1205 }