src/MCview/AppletPDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  25 import java.awt.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import jalview.analysis.*;
  29 import jalview.datamodel.*;
  30
  31 import jalview.appletgui.*;
  32 import jalview.structure.*;
  33
  34 public class AppletPDBCanvas extends Panel implements MouseListener,
  35         MouseMotionListener, StructureListener
  36 {
  37
  38   MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);
  39
  40   MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
  41
  42   boolean redrawneeded = true;
  43
  44   int omx = 0;
  45
  46   int mx = 0;
  47
  48   int omy = 0;
  49
  50   int my = 0;
  51
  52   public PDBfile pdb;
  53
  54   PDBEntry pdbentry;
  55
  56   int bsize;
  57
  58   Image img;
  59
  60   Graphics ig;
  61
  62   Dimension prefsize;
  63
  64   float[] centre = new float[3];
  65
  66   float[] width = new float[3];
  67
  68   float maxwidth;
  69
  70   float scale;
  71
  72   String inStr;
  73
  74   String inType;
  75
  76   boolean bysequence = true;
  77
  78   boolean depthcue = true;
  79
  80   boolean wire = false;
  81
  82   boolean bymolecule = false;
  83
  84   boolean zbuffer = true;
  85
  86   boolean dragging;
  87
  88   int xstart;
  89
  90   int xend;
  91
  92   int ystart;
  93
  94   int yend;
  95
  96   int xmid;
  97
  98   int ymid;
  99
 100   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
 101
 102   public SequenceI[] sequence;
 103
 104   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
 105
 106   String appletToolTip = null;
 107
 108   int toolx, tooly;
 109
 110   PDBChain mainchain;
 111
 112   Vector highlightRes;
 113
 114   boolean pdbAction = false;
 115
 116   Bond highlightBond1, highlightBond2;
 117
 118   boolean errorLoading = false;
 119
 120   boolean seqColoursReady = false;
 121
 122   FeatureRenderer fr;
 123
 124   AlignmentPanel ap;
 125
 126   StructureSelectionManager ssm;
 127
 128   public AppletPDBCanvas(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq,
 129           String[] chains, AlignmentPanel ap, String protocol)
 130
 131   {
 132     this.ap = ap;
 133     this.pdbentry = pdbentry;
 134     this.sequence = seq;
 135
 136     ssm = StructureSelectionManager
 137             .getStructureSelectionManager(ap.av.applet);
 138
 139     try
 140     {
 141       pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol);
 142
 143       if (protocol.equals(jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 144         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.id);
 145
 146     } catch (Exception ex)
 147     {
 148       ex.printStackTrace();
 149       return;
 150     }
 151
 152     pdbentry.setId(pdb.id);
 153
 154     ssm.addStructureViewerListener(this);
 155
 156     colourBySequence();
 157
 158     int max = -10;
 159     int maxchain = -1;
 160     int pdbstart = 0;
 161     int pdbend = 0;
 162     int seqstart = 0;
 163     int seqend = 0;
 164
 165     // JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 166     SequenceI sequence = seq[0];
 167
 168     for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
 169     {
 170
 171       mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = "
 172               + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence
 173                       .getSequenceAsString());
 174       mappingDetails.append("\nNo of residues = "
 175               + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()
 176               + "\n\n");
 177
 178       // Now lets compare the sequences to get
 179       // the start and end points.
 180       // Align the sequence to the pdb
 181       // TODO: DNa/Pep switch
 182       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 183               ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence,
 184               ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).isNa ? AlignSeq.DNA
 185                       : AlignSeq.PEP);
 186       as.calcScoreMatrix();
 187       as.traceAlignment();
 188       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 189       {
 190         public void print(String x)
 191         {
 192           mappingDetails.append(x);
 193         }
 194
 195         public void println()
 196         {
 197           mappingDetails.append("\n");
 198         }
 199       };
 200
 201       as.printAlignment(ps);
 202
 203       if (as.maxscore > max)
 204       {
 205         max = as.maxscore;
 206         maxchain = i;
 207
 208         pdbstart = as.seq2start;
 209         pdbend = as.seq2end;
 210         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 211         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 212       }
 213
 214       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 215       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 216     }
 217
 218     mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);
 219
 220     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 221     mainchain.pdbend = pdbend;
 222     mainchain.seqstart = seqstart;
 223     mainchain.seqend = seqend;
 224     mainchain.isVisible = true;
 225     // mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);
 226     // mainchain.transferRESNUMFeatures(sequence, null);
 227     this.pdb = pdb;
 228     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 229
 230     // Initialize the matrices to identity
 231     for (int i = 0; i < 3; i++)
 232     {
 233       for (int j = 0; j < 3; j++)
 234       {
 235         if (i != j)
 236         {
 237           idmat.addElement(i, j, 0);
 238           objmat.addElement(i, j, 0);
 239         }
 240         else
 241         {
 242           idmat.addElement(i, j, 1);
 243           objmat.addElement(i, j, 1);
 244         }
 245       }
 246     }
 247
 248     addMouseMotionListener(this);
 249     addMouseListener(this);
 250
 251     addKeyListener(new KeyAdapter()
 252     {
 253       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 254       {
 255         doKeyPressed(evt);
 256       }
 257     });
 258
 259     findCentre();
 260     findWidth();
 261
 262     setupBonds();
 263
 264     scale = findScale();
 265   }
 266
 267   Vector visiblebonds;
 268
 269   void setupBonds()
 270   {
 271     seqColoursReady = false;
 272     // Sort the bonds by z coord
 273     visiblebonds = new Vector();
 274
 275     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 276     {
 277       if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 278       {
 279         Vector tmp = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 280
 281         for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
 282         {
 283           visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));
 284         }
 285       }
 286     }
 287     seqColoursReady = true;
 288     colourBySequence();
 289     redrawneeded = true;
 290     repaint();
 291   }
 292
 293   public void findWidth()
 294   {
 295     float[] max = new float[3];
 296     float[] min = new float[3];
 297
 298     max[0] = (float) -1e30;
 299     max[1] = (float) -1e30;
 300     max[2] = (float) -1e30;
 301
 302     min[0] = (float) 1e30;
 303     min[1] = (float) 1e30;
 304     min[2] = (float) 1e30;
 305
 306     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 307     {
 308       if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 309       {
 310         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 311
 312         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 313         {
 314           Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);
 315
 316           if (tmp.start[0] >= max[0])
 317           {
 318             max[0] = tmp.start[0];
 319           }
 320
 321           if (tmp.start[1] >= max[1])
 322           {
 323             max[1] = tmp.start[1];
 324           }
 325
 326           if (tmp.start[2] >= max[2])
 327           {
 328             max[2] = tmp.start[2];
 329           }
 330
 331           if (tmp.start[0] <= min[0])
 332           {
 333             min[0] = tmp.start[0];
 334           }
 335
 336           if (tmp.start[1] <= min[1])
 337           {
 338             min[1] = tmp.start[1];
 339           }
 340
 341           if (tmp.start[2] <= min[2])
 342           {
 343             min[2] = tmp.start[2];
 344           }
 345
 346           if (tmp.end[0] >= max[0])
 347           {
 348             max[0] = tmp.end[0];
 349           }
 350
 351           if (tmp.end[1] >= max[1])
 352           {
 353             max[1] = tmp.end[1];
 354           }
 355
 356           if (tmp.end[2] >= max[2])
 357           {
 358             max[2] = tmp.end[2];
 359           }
 360
 361           if (tmp.end[0] <= min[0])
 362           {
 363             min[0] = tmp.end[0];
 364           }
 365
 366           if (tmp.end[1] <= min[1])
 367           {
 368             min[1] = tmp.end[1];
 369           }
 370
 371           if (tmp.end[2] <= min[2])
 372           {
 373             min[2] = tmp.end[2];
 374           }
 375         }
 376       }
 377     }
 378
 379     width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);
 380     width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);
 381     width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);
 382
 383     maxwidth = width[0];
 384
 385     if (width[1] > width[0])
 386     {
 387       maxwidth = width[1];
 388     }
 389
 390     if (width[2] > width[1])
 391     {
 392       maxwidth = width[2];
 393     }
 394
 395     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 396   }
 397
 398   public float findScale()
 399   {
 400     int dim;
 401     int width;
 402     int height;
 403
 404     if (getSize().width != 0)
 405     {
 406       width = getSize().width;
 407       height = getSize().height;
 408     }
 409     else
 410     {
 411       width = prefsize.width;
 412       height = prefsize.height;
 413     }
 414
 415     if (width < height)
 416     {
 417       dim = width;
 418     }
 419     else
 420     {
 421       dim = height;
 422     }
 423
 424     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 425   }
 426
 427   public void findCentre()
 428   {
 429     float xtot = 0;
 430     float ytot = 0;
 431     float ztot = 0;
 432
 433     int bsize = 0;
 434
 435     // Find centre coordinate
 436     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 437     {
 438       if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 439       {
 440         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 441
 442         bsize += bonds.size();
 443
 444         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 445         {
 446           xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0]
 447                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];
 448
 449           ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1]
 450                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];
 451
 452           ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2]
 453                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];
 454         }
 455       }
 456     }
 457
 458     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 459     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 460     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 461   }
 462
 463   public void paint(Graphics g)
 464   {
 465
 466     if (errorLoading)
 467     {
 468       g.setColor(Color.white);
 469       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 470       g.setColor(Color.black);
 471       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 472       g.drawString("Error loading PDB data!!", 50, getSize().height / 2);
 473       return;
 474     }
 475
 476     if (!seqColoursReady)
 477     {
 478       g.setColor(Color.black);
 479       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 480       g.drawString("Fetching PDB data...", 50, getSize().height / 2);
 481       return;
 482     }
 483
 484     // Only create the image at the beginning -
 485     // this saves much memory usage
 486     if ((img == null) || (prefsize.width != getSize().width)
 487             || (prefsize.height != getSize().height))
 488     {
 489
 490       try
 491       {
 492         prefsize.width = getSize().width;
 493         prefsize.height = getSize().height;
 494
 495         scale = findScale();
 496         img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 497         ig = img.getGraphics();
 498
 499         redrawneeded = true;
 500       } catch (Exception ex)
 501       {
 502         ex.printStackTrace();
 503       }
 504     }
 505
 506     if (redrawneeded)
 507     {
 508       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 509       redrawneeded = false;
 510     }
 511     if (appletToolTip != null)
 512     {
 513       ig.setColor(Color.red);
 514       ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);
 515     }
 516
 517     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 518
 519     pdbAction = false;
 520   }
 521
 522   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 523   {
 524     ig.setColor(Color.black);
 525     ig.fillRect(0, 0, width, height);
 526     drawScene(ig);
 527     drawLabels(ig);
 528   }
 529
 530   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 531   {
 532     bysequence = false;
 533     pdb.setColours(cs);
 534     redrawneeded = true;
 535     repaint();
 536   }
 537
 538   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 539   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 540   void colourBySequence()
 541   {
 542     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 543
 544     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 545
 546     boolean showFeatures = false;
 547     if (ap.av.getShowSequenceFeatures())
 548     {
 549       if (fr == null)
 550       {
 551         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(ap.av);
 552       }
 553
 554       fr.transferSettings(ap.getFeatureRenderer());
 555
 556       showFeatures = true;
 557     }
 558
 559     PDBChain chain;
 560     if (bysequence && pdb != null)
 561     {
 562       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 563       {
 564         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 565
 566         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 567         {
 568           Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);
 569           tmp.startCol = Color.lightGray;
 570           tmp.endCol = Color.lightGray;
 571           if (chain != mainchain)
 572           {
 573             continue;
 574           }
 575
 576           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 577           {
 578             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 579             {
 580               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 581               {
 582                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber) - 1;
 583                 if (pos > 0)
 584                 {
 585                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 586                   tmp.startCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 587                   if (showFeatures)
 588                   {
 589                     tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol,
 590                             sequence[s], pos);
 591                   }
 592                 }
 593                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber) - 1;
 594                 if (pos > 0)
 595                 {
 596                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 597                   tmp.endCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 598                   if (showFeatures)
 599                   {
 600                     tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol,
 601                             sequence[s], pos);
 602                   }
 603                 }
 604
 605               }
 606             }
 607           }
 608         }
 609       }
 610     }
 611   }
 612
 613   Zsort zsort;
 614
 615   public void drawScene(Graphics g)
 616   {
 617     if (zbuffer)
 618     {
 619       if (zsort == null)
 620       {
 621         zsort = new Zsort();
 622       }
 623
 624       zsort.Zsort(visiblebonds);
 625     }
 626
 627     Bond tmpBond = null;
 628     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 629     {
 630       tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);
 631
 632       xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 633       ystart = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 634
 635       xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 636       yend = (int) (((centre[1] - tmpBond.end[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 637
 638       xmid = (xend + xstart) / 2;
 639       ymid = (yend + ystart) / 2;
 640
 641       if (depthcue && !bymolecule)
 642       {
 643         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 644         {
 645           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 646           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 647
 648           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 649           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 650         }
 651         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 652         {
 653           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 654           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 655
 656           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 657           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 658         }
 659         else
 660         {
 661           g.setColor(tmpBond.startCol);
 662           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 663
 664           g.setColor(tmpBond.endCol);
 665           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 666         }
 667
 668       }
 669       else if (depthcue && bymolecule)
 670       {
 671         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 672         {
 673           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 674           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 675         }
 676         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 677         {
 678           g.setColor(Color.green.darker());
 679           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 680         }
 681         else
 682         {
 683           g.setColor(Color.green);
 684           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 685         }
 686       }
 687       else if (!depthcue && !bymolecule)
 688       {
 689         g.setColor(tmpBond.startCol);
 690         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 691         g.setColor(tmpBond.endCol);
 692         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 693       }
 694       else
 695       {
 696         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 697       }
 698
 699       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 700       {
 701         g.setColor(Color.white);
 702         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 703       }
 704
 705       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 706       {
 707         g.setColor(Color.white);
 708         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 709       }
 710
 711     }
 712   }
 713
 714   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 715   {
 716     if (!wire)
 717     {
 718       if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 719       {
 720         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 721         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 722         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 723       }
 724       else
 725       {
 726         g.setColor(g.getColor().brighter());
 727         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 728         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 729         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 730       }
 731     }
 732     else
 733     {
 734       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 735     }
 736   }
 737
 738   public Dimension minimumsize()
 739   {
 740     return prefsize;
 741   }
 742
 743   public Dimension preferredsize()
 744   {
 745     return prefsize;
 746   }
 747
 748   public void doKeyPressed(KeyEvent evt)
 749   {
 750     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 751     {
 752       scale = (float) (scale * 1.1);
 753       redrawneeded = true;
 754       repaint();
 755     }
 756     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 757     {
 758       scale = (float) (scale * 0.9);
 759       redrawneeded = true;
 760       repaint();
 761     }
 762   }
 763
 764   public void mousePressed(MouseEvent e)
 765   {
 766     pdbAction = true;
 767     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 768     if (fatom != null)
 769     {
 770       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 771
 772       redrawneeded = true;
 773       repaint();
 774       if (foundchain != -1)
 775       {
 776         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 777         if (chain == mainchain)
 778         {
 779           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 780           {
 781             if (highlightRes == null)
 782             {
 783               highlightRes = new Vector();
 784             }
 785
 786             if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping + "" + ""))
 787             {
 788               highlightRes.removeElement(fatom.alignmentMapping + "");
 789             }
 790             else
 791             {
 792               highlightRes.addElement(fatom.alignmentMapping + "");
 793             }
 794           }
 795         }
 796       }
 797
 798     }
 799     mx = e.getX();
 800     my = e.getY();
 801     omx = mx;
 802     omy = my;
 803     dragging = false;
 804   }
 805
 806   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 807   {
 808     pdbAction = true;
 809     if (highlightBond1 != null)
 810     {
 811       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 812       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 813       highlightBond1 = null;
 814       highlightBond2 = null;
 815     }
 816
 817     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 818
 819     PDBChain chain = null;
 820     if (foundchain != -1)
 821     {
 822       chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 823       if (chain == mainchain)
 824       {
 825         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 826       }
 827     }
 828
 829     if (fatom != null)
 830     {
 831       toolx = e.getX();
 832       tooly = e.getY();
 833
 834       appletToolTip = chain.id + ":" + fatom.resNumber + " "
 835               + fatom.resName;
 836       redrawneeded = true;
 837       repaint();
 838     }
 839     else
 840     {
 841       mouseOverStructure(-1, chain != null ? chain.id : null);
 842       appletToolTip = null;
 843       redrawneeded = true;
 844       repaint();
 845     }
 846   }
 847
 848   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 849   {
 850   }
 851
 852   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 853   {
 854   }
 855
 856   public void mouseExited(MouseEvent e)
 857   {
 858   }
 859
 860   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 861   {
 862     int x = evt.getX();
 863     int y = evt.getY();
 864     mx = x;
 865     my = y;
 866
 867     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 868     objmat.setIdentity();
 869
 870     if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 871     {
 872       objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));
 873     }
 874     else
 875     {
 876       objmat.rotatex((float) ((omy - my)));
 877       objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));
 878     }
 879
 880     // Alter the bonds
 881     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 882     {
 883       Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 884
 885       for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 886       {
 887         Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 888
 889         // Translate the bond so the centre is 0,0,0
 890         tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 891
 892         // Now apply the rotation matrix
 893         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 894         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 895
 896         // Now translate back again
 897         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 898       }
 899     }
 900
 901     objmat = null;
 902
 903     omx = mx;
 904     omy = my;
 905
 906     dragging = true;
 907
 908     redrawneeded = true;
 909
 910     repaint();
 911   }
 912
 913   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 914   {
 915     dragging = false;
 916     return;
 917   }
 918
 919   void drawLabels(Graphics g)
 920   {
 921
 922     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 923     {
 924       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 925
 926       if (chain.isVisible)
 927       {
 928         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 929
 930         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 931         {
 932           Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 933
 934           if (tmpBond.at1.isSelected)
 935           {
 936             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 937           }
 938
 939           if (tmpBond.at2.isSelected)
 940           {
 941
 942             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 943           }
 944         }
 945       }
 946     }
 947   }
 948
 949   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 950   {
 951     g.setFont(font);
 952
 953     if (n == 1)
 954     {
 955       int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 956       int ystart = (int) (((centre[1] - b.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 957
 958       g.setColor(Color.red);
 959       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 960     }
 961
 962     if (n == 2)
 963     {
 964       int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 965       int ystart = (int) (((centre[1] - b.end[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 966
 967       g.setColor(Color.red);
 968       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 969     }
 970   }
 971
 972   int foundchain = -1;
 973
 974   public Atom findAtom(int x, int y)
 975   {
 976     Atom fatom = null;
 977
 978     foundchain = -1;
 979
 980     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 981     {
 982       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 983       int truex;
 984       Bond tmpBond = null;
 985
 986       if (chain.isVisible)
 987       {
 988         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 989
 990         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 991         {
 992           tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 993
 994           truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 995
 996           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 997           {
 998             int truey = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 999
1000             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1001             {
1002               fatom = tmpBond.at1;
1003               foundchain = ii;
1004               break;
1005             }
1006           }
1007         }
1008
1009         // Still here? Maybe its the last bond
1010
1011         truex = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
1012
1013         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
1014         {
1015           int truey = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
1016
1017           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1018           {
1019             fatom = tmpBond.at2;
1020             foundchain = ii;
1021             break;
1022           }
1023         }
1024
1025       }
1026
1027       if (fatom != null) // )&& chain.ds != null)
1028       {
1029         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
1030       }
1031     }
1032
1033     return fatom;
1034   }
1035
1036   public void update(Graphics g)
1037   {
1038     paint(g);
1039   }
1040
1041   public void highlightRes(int ii)
1042   {
1043     if (!seqColoursReady)
1044     {
1045       return;
1046     }
1047
1048     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((ii - 1) + ""))
1049     {
1050       return;
1051     }
1052
1053     int index = -1;
1054     Bond tmpBond;
1055     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1056     {
1057       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1058       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1059       {
1060         if (highlightBond1 != null)
1061         {
1062           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1063         }
1064
1065         if (highlightBond2 != null)
1066         {
1067           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1068         }
1069
1070         highlightBond1 = null;
1071         highlightBond2 = null;
1072
1073         if (index > 0)
1074         {
1075           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1076           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1077         }
1078
1079         if (index != mainchain.bonds.size())
1080         {
1081           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1082           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1083         }
1084
1085         break;
1086       }
1087     }
1088
1089     redrawneeded = true;
1090     repaint();
1091   }
1092
1093   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1094   {
1095     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
1096     {
1097       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
1098       chain.isVisible = b;
1099     }
1100     mainchain.isVisible = true;
1101     findCentre();
1102     setupBonds();
1103   }
1104
1105   // ////////////////////////////////
1106   // /StructureListener
1107   public String[] getPdbFile()
1108   {
1109     return new String[]
1110     { pdbentry.getFile() };
1111   }
1112
1113   String lastMessage;
1114
1115   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1116   {
1117     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum + chain))
1118       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1119
1120     lastMessage = pdbResNum + chain;
1121   }
1122
1123   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1124
1125   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1126
1127   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1128           String pdbfile)
1129   {
1130     if (!seqColoursReady)
1131     {
1132       return;
1133     }
1134
1135     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((atomIndex - 1) + ""))
1136     {
1137       return;
1138     }
1139
1140     int index = -1;
1141     Bond tmpBond;
1142     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1143     {
1144       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1145       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1146       {
1147         if (highlightBond1 != null)
1148         {
1149           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1150         }
1151
1152         if (highlightBond2 != null)
1153         {
1154           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1155         }
1156
1157         highlightBond1 = null;
1158         highlightBond2 = null;
1159
1160         if (index > 0)
1161         {
1162           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1163           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1164         }
1165
1166         if (index != mainchain.bonds.size())
1167         {
1168           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1169           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1170         }
1171
1172         break;
1173       }
1174     }
1175
1176     redrawneeded = true;
1177     repaint();
1178   }
1179
1180   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1181           String pdbfile)
1182   {
1183     return Color.white;
1184     // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1185     // return null;
1186
1187     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1188   }
1189
1190   public void updateColours(Object source)
1191   {
1192     colourBySequence();
1193     redrawneeded = true;
1194     repaint();
1195   }
1196
1197   @Override
1198   public void releaseReferences(Object svl)
1199   {
1200     // TODO Auto-generated method stub
1201
1202   }
1203
1204 }