src/MCview/AppletPDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package MCview;
  19
  20 import java.io.*;
  21 import java.util.*;
  22
  23 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  24 import java.awt.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26
  27 import jalview.analysis.*;
  28 import jalview.datamodel.*;
  29
  30 import jalview.appletgui.*;
  31 import jalview.structure.*;
  32
  33 public class AppletPDBCanvas extends Panel implements MouseListener,
  34         MouseMotionListener, StructureListener
  35 {
  36
  37   MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);
  38
  39   MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
  40
  41   boolean redrawneeded = true;
  42
  43   int omx = 0;
  44
  45   int mx = 0;
  46
  47   int omy = 0;
  48
  49   int my = 0;
  50
  51   public PDBfile pdb;
  52
  53   PDBEntry pdbentry;
  54
  55   int bsize;
  56
  57   Image img;
  58
  59   Graphics ig;
  60
  61   Dimension prefsize;
  62
  63   float[] centre = new float[3];
  64
  65   float[] width = new float[3];
  66
  67   float maxwidth;
  68
  69   float scale;
  70
  71   String inStr;
  72
  73   String inType;
  74
  75   boolean bysequence = true;
  76
  77   boolean depthcue = true;
  78
  79   boolean wire = false;
  80
  81   boolean bymolecule = false;
  82
  83   boolean zbuffer = true;
  84
  85   boolean dragging;
  86
  87   int xstart;
  88
  89   int xend;
  90
  91   int ystart;
  92
  93   int yend;
  94
  95   int xmid;
  96
  97   int ymid;
  98
  99   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
 100
 101   public SequenceI[] sequence;
 102
 103   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
 104
 105   String appletToolTip = null;
 106
 107   int toolx, tooly;
 108
 109   PDBChain mainchain;
 110
 111   Vector highlightRes;
 112
 113   boolean pdbAction = false;
 114
 115   Bond highlightBond1, highlightBond2;
 116
 117   boolean errorLoading = false;
 118
 119   boolean seqColoursReady = false;
 120
 121   FeatureRenderer fr;
 122
 123   AlignmentPanel ap;
 124
 125   StructureSelectionManager ssm;
 126
 127   public AppletPDBCanvas(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq,
 128           String[] chains, AlignmentPanel ap, String protocol)
 129
 130   {
 131     this.ap = ap;
 132     this.pdbentry = pdbentry;
 133     this.sequence = seq;
 134
 135     ssm = StructureSelectionManager
 136             .getStructureSelectionManager(ap.av.applet);
 137
 138     try
 139     {
 140       pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol);
 141
 142       if (protocol.equals(jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 143         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.id);
 144
 145     } catch (Exception ex)
 146     {
 147       ex.printStackTrace();
 148       return;
 149     }
 150
 151     pdbentry.setId(pdb.id);
 152
 153     ssm.addStructureViewerListener(this);
 154
 155     colourBySequence();
 156
 157     int max = -10;
 158     int maxchain = -1;
 159     int pdbstart = 0;
 160     int pdbend = 0;
 161     int seqstart = 0;
 162     int seqend = 0;
 163
 164     // JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 165     SequenceI sequence = seq[0];
 166
 167     for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
 168     {
 169
 170       mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = "
 171               + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence
 172                       .getSequenceAsString());
 173       mappingDetails.append("\nNo of residues = "
 174               + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()
 175               + "\n\n");
 176
 177       // Now lets compare the sequences to get
 178       // the start and end points.
 179       // Align the sequence to the pdb
 180       // TODO: DNa/Pep switch
 181       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 182               ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence,
 183               ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).isNa ? AlignSeq.DNA
 184                       : AlignSeq.PEP);
 185       as.calcScoreMatrix();
 186       as.traceAlignment();
 187       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 188       {
 189         public void print(String x)
 190         {
 191           mappingDetails.append(x);
 192         }
 193
 194         public void println()
 195         {
 196           mappingDetails.append("\n");
 197         }
 198       };
 199
 200       as.printAlignment(ps);
 201
 202       if (as.maxscore > max)
 203       {
 204         max = as.maxscore;
 205         maxchain = i;
 206
 207         pdbstart = as.seq2start;
 208         pdbend = as.seq2end;
 209         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 210         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 211       }
 212
 213       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 214       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 215     }
 216
 217     mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);
 218
 219     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 220     mainchain.pdbend = pdbend;
 221     mainchain.seqstart = seqstart;
 222     mainchain.seqend = seqend;
 223     mainchain.isVisible = true;
 224     // mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);
 225     // mainchain.transferRESNUMFeatures(sequence, null);
 226     this.pdb = pdb;
 227     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 228
 229     // Initialize the matrices to identity
 230     for (int i = 0; i < 3; i++)
 231     {
 232       for (int j = 0; j < 3; j++)
 233       {
 234         if (i != j)
 235         {
 236           idmat.addElement(i, j, 0);
 237           objmat.addElement(i, j, 0);
 238         }
 239         else
 240         {
 241           idmat.addElement(i, j, 1);
 242           objmat.addElement(i, j, 1);
 243         }
 244       }
 245     }
 246
 247     addMouseMotionListener(this);
 248     addMouseListener(this);
 249
 250     addKeyListener(new KeyAdapter()
 251     {
 252       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 253       {
 254         doKeyPressed(evt);
 255       }
 256     });
 257
 258     findCentre();
 259     findWidth();
 260
 261     setupBonds();
 262
 263     scale = findScale();
 264   }
 265
 266   Vector visiblebonds;
 267
 268   void setupBonds()
 269   {
 270     seqColoursReady = false;
 271     // Sort the bonds by z coord
 272     visiblebonds = new Vector();
 273
 274     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 275     {
 276       if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 277       {
 278         Vector tmp = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 279
 280         for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
 281         {
 282           visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));
 283         }
 284       }
 285     }
 286     seqColoursReady = true;
 287     colourBySequence();
 288     redrawneeded = true;
 289     repaint();
 290   }
 291
 292   public void findWidth()
 293   {
 294     float[] max = new float[3];
 295     float[] min = new float[3];
 296
 297     max[0] = (float) -1e30;
 298     max[1] = (float) -1e30;
 299     max[2] = (float) -1e30;
 300
 301     min[0] = (float) 1e30;
 302     min[1] = (float) 1e30;
 303     min[2] = (float) 1e30;
 304
 305     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 306     {
 307       if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 308       {
 309         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 310
 311         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 312         {
 313           Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);
 314
 315           if (tmp.start[0] >= max[0])
 316           {
 317             max[0] = tmp.start[0];
 318           }
 319
 320           if (tmp.start[1] >= max[1])
 321           {
 322             max[1] = tmp.start[1];
 323           }
 324
 325           if (tmp.start[2] >= max[2])
 326           {
 327             max[2] = tmp.start[2];
 328           }
 329
 330           if (tmp.start[0] <= min[0])
 331           {
 332             min[0] = tmp.start[0];
 333           }
 334
 335           if (tmp.start[1] <= min[1])
 336           {
 337             min[1] = tmp.start[1];
 338           }
 339
 340           if (tmp.start[2] <= min[2])
 341           {
 342             min[2] = tmp.start[2];
 343           }
 344
 345           if (tmp.end[0] >= max[0])
 346           {
 347             max[0] = tmp.end[0];
 348           }
 349
 350           if (tmp.end[1] >= max[1])
 351           {
 352             max[1] = tmp.end[1];
 353           }
 354
 355           if (tmp.end[2] >= max[2])
 356           {
 357             max[2] = tmp.end[2];
 358           }
 359
 360           if (tmp.end[0] <= min[0])
 361           {
 362             min[0] = tmp.end[0];
 363           }
 364
 365           if (tmp.end[1] <= min[1])
 366           {
 367             min[1] = tmp.end[1];
 368           }
 369
 370           if (tmp.end[2] <= min[2])
 371           {
 372             min[2] = tmp.end[2];
 373           }
 374         }
 375       }
 376     }
 377
 378     width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);
 379     width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);
 380     width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);
 381
 382     maxwidth = width[0];
 383
 384     if (width[1] > width[0])
 385     {
 386       maxwidth = width[1];
 387     }
 388
 389     if (width[2] > width[1])
 390     {
 391       maxwidth = width[2];
 392     }
 393
 394     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 395   }
 396
 397   public float findScale()
 398   {
 399     int dim;
 400     int width;
 401     int height;
 402
 403     if (getSize().width != 0)
 404     {
 405       width = getSize().width;
 406       height = getSize().height;
 407     }
 408     else
 409     {
 410       width = prefsize.width;
 411       height = prefsize.height;
 412     }
 413
 414     if (width < height)
 415     {
 416       dim = width;
 417     }
 418     else
 419     {
 420       dim = height;
 421     }
 422
 423     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 424   }
 425
 426   public void findCentre()
 427   {
 428     float xtot = 0;
 429     float ytot = 0;
 430     float ztot = 0;
 431
 432     int bsize = 0;
 433
 434     // Find centre coordinate
 435     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 436     {
 437       if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 438       {
 439         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 440
 441         bsize += bonds.size();
 442
 443         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 444         {
 445           xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0]
 446                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];
 447
 448           ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1]
 449                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];
 450
 451           ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2]
 452                   + ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];
 453         }
 454       }
 455     }
 456
 457     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 458     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 459     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 460   }
 461
 462   public void paint(Graphics g)
 463   {
 464
 465     if (errorLoading)
 466     {
 467       g.setColor(Color.white);
 468       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 469       g.setColor(Color.black);
 470       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 471       g.drawString("Error loading PDB data!!", 50, getSize().height / 2);
 472       return;
 473     }
 474
 475     if (!seqColoursReady)
 476     {
 477       g.setColor(Color.black);
 478       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 479       g.drawString("Fetching PDB data...", 50, getSize().height / 2);
 480       return;
 481     }
 482
 483     // Only create the image at the beginning -
 484     // this saves much memory usage
 485     if ((img == null) || (prefsize.width != getSize().width)
 486             || (prefsize.height != getSize().height))
 487     {
 488
 489       try
 490       {
 491         prefsize.width = getSize().width;
 492         prefsize.height = getSize().height;
 493
 494         scale = findScale();
 495         img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 496         ig = img.getGraphics();
 497
 498         redrawneeded = true;
 499       } catch (Exception ex)
 500       {
 501         ex.printStackTrace();
 502       }
 503     }
 504
 505     if (redrawneeded)
 506     {
 507       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 508       redrawneeded = false;
 509     }
 510     if (appletToolTip != null)
 511     {
 512       ig.setColor(Color.red);
 513       ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);
 514     }
 515
 516     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 517
 518     pdbAction = false;
 519   }
 520
 521   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 522   {
 523     ig.setColor(Color.black);
 524     ig.fillRect(0, 0, width, height);
 525     drawScene(ig);
 526     drawLabels(ig);
 527   }
 528
 529   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 530   {
 531     bysequence = false;
 532     pdb.setColours(cs);
 533     redrawneeded = true;
 534     repaint();
 535   }
 536
 537   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 538   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 539   void colourBySequence()
 540   {
 541     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 542
 543     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 544
 545     boolean showFeatures = false;
 546     if (ap.av.getShowSequenceFeatures())
 547     {
 548       if (fr == null)
 549       {
 550         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(ap.av);
 551       }
 552
 553       fr.transferSettings(ap.getFeatureRenderer());
 554
 555       showFeatures = true;
 556     }
 557
 558     PDBChain chain;
 559     if (bysequence && pdb != null)
 560     {
 561       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 562       {
 563         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 564
 565         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 566         {
 567           Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);
 568           tmp.startCol = Color.lightGray;
 569           tmp.endCol = Color.lightGray;
 570           if (chain != mainchain)
 571           {
 572             continue;
 573           }
 574
 575           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 576           {
 577             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 578             {
 579               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 580               {
 581                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber) - 1;
 582                 if (pos > 0)
 583                 {
 584                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 585                   tmp.startCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 586                   if (showFeatures)
 587                   {
 588                     tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol,
 589                             sequence[s], pos);
 590                   }
 591                 }
 592                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber) - 1;
 593                 if (pos > 0)
 594                 {
 595                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 596                   tmp.endCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 597                   if (showFeatures)
 598                   {
 599                     tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol,
 600                             sequence[s], pos);
 601                   }
 602                 }
 603
 604               }
 605             }
 606           }
 607         }
 608       }
 609     }
 610   }
 611
 612   Zsort zsort;
 613
 614   public void drawScene(Graphics g)
 615   {
 616     if (zbuffer)
 617     {
 618       if (zsort == null)
 619       {
 620         zsort = new Zsort();
 621       }
 622
 623       zsort.Zsort(visiblebonds);
 624     }
 625
 626     Bond tmpBond = null;
 627     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 628     {
 629       tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);
 630
 631       xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 632       ystart = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 633
 634       xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 635       yend = (int) (((centre[1] - tmpBond.end[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 636
 637       xmid = (xend + xstart) / 2;
 638       ymid = (yend + ystart) / 2;
 639
 640       if (depthcue && !bymolecule)
 641       {
 642         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 643         {
 644           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 645           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 646
 647           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 648           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 649         }
 650         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 651         {
 652           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 653           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 654
 655           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 656           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 657         }
 658         else
 659         {
 660           g.setColor(tmpBond.startCol);
 661           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 662
 663           g.setColor(tmpBond.endCol);
 664           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 665         }
 666
 667       }
 668       else if (depthcue && bymolecule)
 669       {
 670         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 671         {
 672           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 673           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 674         }
 675         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 676         {
 677           g.setColor(Color.green.darker());
 678           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 679         }
 680         else
 681         {
 682           g.setColor(Color.green);
 683           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 684         }
 685       }
 686       else if (!depthcue && !bymolecule)
 687       {
 688         g.setColor(tmpBond.startCol);
 689         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 690         g.setColor(tmpBond.endCol);
 691         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 692       }
 693       else
 694       {
 695         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 696       }
 697
 698       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 699       {
 700         g.setColor(Color.white);
 701         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 702       }
 703
 704       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 705       {
 706         g.setColor(Color.white);
 707         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 708       }
 709
 710     }
 711   }
 712
 713   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 714   {
 715     if (!wire)
 716     {
 717       if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 718       {
 719         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 720         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 721         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 722       }
 723       else
 724       {
 725         g.setColor(g.getColor().brighter());
 726         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 727         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 728         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 729       }
 730     }
 731     else
 732     {
 733       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 734     }
 735   }
 736
 737   public Dimension minimumsize()
 738   {
 739     return prefsize;
 740   }
 741
 742   public Dimension preferredsize()
 743   {
 744     return prefsize;
 745   }
 746
 747   public void doKeyPressed(KeyEvent evt)
 748   {
 749     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 750     {
 751       scale = (float) (scale * 1.1);
 752       redrawneeded = true;
 753       repaint();
 754     }
 755     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 756     {
 757       scale = (float) (scale * 0.9);
 758       redrawneeded = true;
 759       repaint();
 760     }
 761   }
 762
 763   public void mousePressed(MouseEvent e)
 764   {
 765     pdbAction = true;
 766     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 767     if (fatom != null)
 768     {
 769       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 770
 771       redrawneeded = true;
 772       repaint();
 773       if (foundchain != -1)
 774       {
 775         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 776         if (chain == mainchain)
 777         {
 778           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 779           {
 780             if (highlightRes == null)
 781             {
 782               highlightRes = new Vector();
 783             }
 784
 785             if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping + "" + ""))
 786             {
 787               highlightRes.removeElement(fatom.alignmentMapping + "");
 788             }
 789             else
 790             {
 791               highlightRes.addElement(fatom.alignmentMapping + "");
 792             }
 793           }
 794         }
 795       }
 796
 797     }
 798     mx = e.getX();
 799     my = e.getY();
 800     omx = mx;
 801     omy = my;
 802     dragging = false;
 803   }
 804
 805   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 806   {
 807     pdbAction = true;
 808     if (highlightBond1 != null)
 809     {
 810       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 811       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 812       highlightBond1 = null;
 813       highlightBond2 = null;
 814     }
 815
 816     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 817
 818     PDBChain chain = null;
 819     if (foundchain != -1)
 820     {
 821       chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 822       if (chain == mainchain)
 823       {
 824         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 825       }
 826     }
 827
 828     if (fatom != null)
 829     {
 830       toolx = e.getX();
 831       tooly = e.getY();
 832
 833       appletToolTip = chain.id + ":" + fatom.resNumber + " "
 834               + fatom.resName;
 835       redrawneeded = true;
 836       repaint();
 837     }
 838     else
 839     {
 840       mouseOverStructure(-1, chain != null ? chain.id : null);
 841       appletToolTip = null;
 842       redrawneeded = true;
 843       repaint();
 844     }
 845   }
 846
 847   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 848   {
 849   }
 850
 851   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 852   {
 853   }
 854
 855   public void mouseExited(MouseEvent e)
 856   {
 857   }
 858
 859   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 860   {
 861     int x = evt.getX();
 862     int y = evt.getY();
 863     mx = x;
 864     my = y;
 865
 866     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 867     objmat.setIdentity();
 868
 869     if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 870     {
 871       objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));
 872     }
 873     else
 874     {
 875       objmat.rotatex((float) ((omy - my)));
 876       objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));
 877     }
 878
 879     // Alter the bonds
 880     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 881     {
 882       Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 883
 884       for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 885       {
 886         Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 887
 888         // Translate the bond so the centre is 0,0,0
 889         tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 890
 891         // Now apply the rotation matrix
 892         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 893         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 894
 895         // Now translate back again
 896         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 897       }
 898     }
 899
 900     objmat = null;
 901
 902     omx = mx;
 903     omy = my;
 904
 905     dragging = true;
 906
 907     redrawneeded = true;
 908
 909     repaint();
 910   }
 911
 912   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 913   {
 914     dragging = false;
 915     return;
 916   }
 917
 918   void drawLabels(Graphics g)
 919   {
 920
 921     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 922     {
 923       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 924
 925       if (chain.isVisible)
 926       {
 927         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 928
 929         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 930         {
 931           Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 932
 933           if (tmpBond.at1.isSelected)
 934           {
 935             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 936           }
 937
 938           if (tmpBond.at2.isSelected)
 939           {
 940
 941             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 942           }
 943         }
 944       }
 945     }
 946   }
 947
 948   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 949   {
 950     g.setFont(font);
 951
 952     if (n == 1)
 953     {
 954       int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 955       int ystart = (int) (((centre[1] - b.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 956
 957       g.setColor(Color.red);
 958       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 959     }
 960
 961     if (n == 2)
 962     {
 963       int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 964       int ystart = (int) (((centre[1] - b.end[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 965
 966       g.setColor(Color.red);
 967       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 968     }
 969   }
 970
 971   int foundchain = -1;
 972
 973   public Atom findAtom(int x, int y)
 974   {
 975     Atom fatom = null;
 976
 977     foundchain = -1;
 978
 979     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 980     {
 981       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 982       int truex;
 983       Bond tmpBond = null;
 984
 985       if (chain.isVisible)
 986       {
 987         Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 988
 989         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 990         {
 991           tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 992
 993           truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 994
 995           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 996           {
 997             int truey = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 998
 999             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1000             {
1001               fatom = tmpBond.at1;
1002               foundchain = ii;
1003               break;
1004             }
1005           }
1006         }
1007
1008         // Still here? Maybe its the last bond
1009
1010         truex = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
1011
1012         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
1013         {
1014           int truey = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
1015
1016           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1017           {
1018             fatom = tmpBond.at2;
1019             foundchain = ii;
1020             break;
1021           }
1022         }
1023
1024       }
1025
1026       if (fatom != null) // )&& chain.ds != null)
1027       {
1028         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
1029       }
1030     }
1031
1032     return fatom;
1033   }
1034
1035   public void update(Graphics g)
1036   {
1037     paint(g);
1038   }
1039
1040   public void highlightRes(int ii)
1041   {
1042     if (!seqColoursReady)
1043     {
1044       return;
1045     }
1046
1047     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((ii - 1) + ""))
1048     {
1049       return;
1050     }
1051
1052     int index = -1;
1053     Bond tmpBond;
1054     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1055     {
1056       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1057       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1058       {
1059         if (highlightBond1 != null)
1060         {
1061           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1062         }
1063
1064         if (highlightBond2 != null)
1065         {
1066           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1067         }
1068
1069         highlightBond1 = null;
1070         highlightBond2 = null;
1071
1072         if (index > 0)
1073         {
1074           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1075           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1076         }
1077
1078         if (index != mainchain.bonds.size())
1079         {
1080           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1081           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1082         }
1083
1084         break;
1085       }
1086     }
1087
1088     redrawneeded = true;
1089     repaint();
1090   }
1091
1092   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1093   {
1094     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
1095     {
1096       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
1097       chain.isVisible = b;
1098     }
1099     mainchain.isVisible = true;
1100     findCentre();
1101     setupBonds();
1102   }
1103
1104   // ////////////////////////////////
1105   // /StructureListener
1106   public String[] getPdbFile()
1107   {
1108     return new String[]
1109     { pdbentry.getFile() };
1110   }
1111
1112   String lastMessage;
1113
1114   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1115   {
1116     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum + chain))
1117       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1118
1119     lastMessage = pdbResNum + chain;
1120   }
1121
1122   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1123
1124   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1125
1126   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1127           String pdbfile)
1128   {
1129     if (!seqColoursReady)
1130     {
1131       return;
1132     }
1133
1134     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((atomIndex - 1) + ""))
1135     {
1136       return;
1137     }
1138
1139     int index = -1;
1140     Bond tmpBond;
1141     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1142     {
1143       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1144       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1145       {
1146         if (highlightBond1 != null)
1147         {
1148           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1149         }
1150
1151         if (highlightBond2 != null)
1152         {
1153           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1154         }
1155
1156         highlightBond1 = null;
1157         highlightBond2 = null;
1158
1159         if (index > 0)
1160         {
1161           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1162           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1163         }
1164
1165         if (index != mainchain.bonds.size())
1166         {
1167           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1168           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1169         }
1170
1171         break;
1172       }
1173     }
1174
1175     redrawneeded = true;
1176     repaint();
1177   }
1178
1179   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1180           String pdbfile)
1181   {
1182     return Color.white;
1183     // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1184     // return null;
1185
1186     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1187   }
1188
1189   public void updateColours(Object source)
1190   {
1191     colourBySequence();
1192     redrawneeded = true;
1193     repaint();
1194   }
1195
1196   @Override
1197   public void releaseReferences(Object svl)
1198   {
1199     // TODO Auto-generated method stub
1200
1201   }
1202
1203 }