src/MCview/AppletPDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.appletgui.AlignmentPanel;
  25 import jalview.appletgui.FeatureRenderer;
  26 import jalview.appletgui.SequenceRenderer;
  27 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.io.DataSourceType;
  30 import jalview.io.StructureFile;
  31 import jalview.structure.AtomSpec;
  32 import jalview.structure.StructureListener;
  33 import jalview.structure.StructureMapping;
  34 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  35 import jalview.util.MessageManager;
  36
  37 import java.awt.Color;
  38 import java.awt.Dimension;
  39 import java.awt.Event;
  40 import java.awt.Font;
  41 import java.awt.Graphics;
  42 import java.awt.Image;
  43 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  44 import java.awt.Panel;
  45 import java.awt.event.KeyAdapter;
  46 import java.awt.event.KeyEvent;
  47 import java.awt.event.MouseEvent;
  48 import java.awt.event.MouseListener;
  49 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  50 import java.io.PrintStream;
  51 import java.util.List;
  52 import java.util.Vector;
  53
  54 public class AppletPDBCanvas extends Panel implements MouseListener,
  55         MouseMotionListener, StructureListener
  56 {
  57
  58   MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);
  59
  60   MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
  61
  62   boolean redrawneeded = true;
  63
  64   int omx = 0;
  65
  66   int mx = 0;
  67
  68   int omy = 0;
  69
  70   int my = 0;
  71
  72   public StructureFile pdb;
  73
  74   PDBEntry pdbentry;
  75
  76   int bsize;
  77
  78   Image img;
  79
  80   Graphics ig;
  81
  82   Dimension prefsize;
  83
  84   float[] centre = new float[3];
  85
  86   float[] width = new float[3];
  87
  88   float maxwidth;
  89
  90   float scale;
  91
  92   String inStr;
  93
  94   String inType;
  95
  96   boolean bysequence = true;
  97
  98   boolean depthcue = true;
  99
 100   boolean wire = false;
 101
 102   boolean bymolecule = false;
 103
 104   boolean zbuffer = true;
 105
 106   boolean dragging;
 107
 108   int xstart;
 109
 110   int xend;
 111
 112   int ystart;
 113
 114   int yend;
 115
 116   int xmid;
 117
 118   int ymid;
 119
 120   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
 121
 122   public SequenceI[] sequence;
 123
 124   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
 125
 126   String appletToolTip = null;
 127
 128   int toolx, tooly;
 129
 130   PDBChain mainchain;
 131
 132   Vector<String> highlightRes;
 133
 134   boolean pdbAction = false;
 135
 136   Bond highlightBond1, highlightBond2;
 137
 138   boolean errorLoading = false;
 139
 140   boolean seqColoursReady = false;
 141
 142   FeatureRenderer fr;
 143
 144   AlignmentPanel ap;
 145
 146   StructureSelectionManager ssm;
 147
 148   public AppletPDBCanvas(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq,
 149           String[] chains, AlignmentPanel ap, DataSourceType protocol)
 150
 151   {
 152     this.ap = ap;
 153     this.pdbentry = pdbentry;
 154     this.sequence = seq;
 155
 156     ssm = StructureSelectionManager
 157             .getStructureSelectionManager(ap.av.applet);
 158
 159     try
 160     {
 161       pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol, null);
 162
 163       if (protocol == DataSourceType.PASTE)
 164       {
 165         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.getId());
 166       }
 167
 168     } catch (Exception ex)
 169     {
 170       ex.printStackTrace();
 171       return;
 172     }
 173
 174     pdbentry.setId(pdb.getId());
 175
 176     ssm.addStructureViewerListener(this);
 177
 178     colourBySequence();
 179
 180     int max = -10;
 181     int maxchain = -1;
 182     int pdbstart = 0;
 183     int pdbend = 0;
 184     int seqstart = 0;
 185     int seqend = 0;
 186
 187     // JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 188     SequenceI sequence = seq[0];
 189
 190     for (int i = 0; i < pdb.getChains().size(); i++)
 191     {
 192
 193       mappingDetails
 194               .append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = "
 195                       + pdb.getChains().elementAt(i).sequence
 196                               .getSequenceAsString());
 197       mappingDetails.append("\nNo of residues = "
 198               + pdb.getChains().elementAt(i).residues.size() + "\n\n");
 199
 200       // Now lets compare the sequences to get
 201       // the start and end points.
 202       // Align the sequence to the pdb
 203       // TODO: DNa/Pep switch
 204       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 205               pdb.getChains().elementAt(i).sequence, pdb.getChains()
 206                       .elementAt(i).isNa ? AlignSeq.DNA : AlignSeq.PEP);
 207       as.calcScoreMatrix();
 208       as.traceAlignment();
 209       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 210       {
 211         @Override
 212         public void print(String x)
 213         {
 214           mappingDetails.append(x);
 215         }
 216
 217         @Override
 218         public void println()
 219         {
 220           mappingDetails.append("\n");
 221         }
 222       };
 223
 224       as.printAlignment(ps);
 225
 226       if (as.maxscore > max)
 227       {
 228         max = as.maxscore;
 229         maxchain = i;
 230
 231         pdbstart = as.seq2start;
 232         pdbend = as.seq2end;
 233         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 234         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 235       }
 236
 237       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 238       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 239     }
 240
 241     mainchain = pdb.getChains().elementAt(maxchain);
 242
 243     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 244     mainchain.pdbend = pdbend;
 245     mainchain.seqstart = seqstart;
 246     mainchain.seqend = seqend;
 247     mainchain.isVisible = true;
 248     // mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);
 249     // mainchain.transferRESNUMFeatures(sequence, null);
 250     this.pdb = pdb;
 251     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 252
 253     // Initialize the matrices to identity
 254     for (int i = 0; i < 3; i++)
 255     {
 256       for (int j = 0; j < 3; j++)
 257       {
 258         if (i != j)
 259         {
 260           idmat.addElement(i, j, 0);
 261           objmat.addElement(i, j, 0);
 262         }
 263         else
 264         {
 265           idmat.addElement(i, j, 1);
 266           objmat.addElement(i, j, 1);
 267         }
 268       }
 269     }
 270
 271     addMouseMotionListener(this);
 272     addMouseListener(this);
 273
 274     addKeyListener(new KeyAdapter()
 275     {
 276       @Override
 277       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 278       {
 279         doKeyPressed(evt);
 280       }
 281     });
 282
 283     findCentre();
 284     findWidth();
 285
 286     setupBonds();
 287
 288     scale = findScale();
 289   }
 290
 291   Vector<Bond> visiblebonds;
 292
 293   void setupBonds()
 294   {
 295     seqColoursReady = false;
 296     // Sort the bonds by z coord
 297     visiblebonds = new Vector<Bond>();
 298
 299     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 300     {
 301       if (pdb.getChains().elementAt(ii).isVisible)
 302       {
 303         Vector<Bond> tmp = pdb.getChains().elementAt(ii).bonds;
 304
 305         for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
 306         {
 307           visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));
 308         }
 309       }
 310     }
 311     seqColoursReady = true;
 312     colourBySequence();
 313     redrawneeded = true;
 314     repaint();
 315   }
 316
 317   public void findWidth()
 318   {
 319     float[] max = new float[3];
 320     float[] min = new float[3];
 321
 322     max[0] = (float) -1e30;
 323     max[1] = (float) -1e30;
 324     max[2] = (float) -1e30;
 325
 326     min[0] = (float) 1e30;
 327     min[1] = (float) 1e30;
 328     min[2] = (float) 1e30;
 329
 330     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 331     {
 332       if (pdb.getChains().elementAt(ii).isVisible)
 333       {
 334         Vector<Bond> bonds = pdb.getChains().elementAt(ii).bonds;
 335
 336         for (Bond tmp : bonds)
 337         {
 338           if (tmp.start[0] >= max[0])
 339           {
 340             max[0] = tmp.start[0];
 341           }
 342
 343           if (tmp.start[1] >= max[1])
 344           {
 345             max[1] = tmp.start[1];
 346           }
 347
 348           if (tmp.start[2] >= max[2])
 349           {
 350             max[2] = tmp.start[2];
 351           }
 352
 353           if (tmp.start[0] <= min[0])
 354           {
 355             min[0] = tmp.start[0];
 356           }
 357
 358           if (tmp.start[1] <= min[1])
 359           {
 360             min[1] = tmp.start[1];
 361           }
 362
 363           if (tmp.start[2] <= min[2])
 364           {
 365             min[2] = tmp.start[2];
 366           }
 367
 368           if (tmp.end[0] >= max[0])
 369           {
 370             max[0] = tmp.end[0];
 371           }
 372
 373           if (tmp.end[1] >= max[1])
 374           {
 375             max[1] = tmp.end[1];
 376           }
 377
 378           if (tmp.end[2] >= max[2])
 379           {
 380             max[2] = tmp.end[2];
 381           }
 382
 383           if (tmp.end[0] <= min[0])
 384           {
 385             min[0] = tmp.end[0];
 386           }
 387
 388           if (tmp.end[1] <= min[1])
 389           {
 390             min[1] = tmp.end[1];
 391           }
 392
 393           if (tmp.end[2] <= min[2])
 394           {
 395             min[2] = tmp.end[2];
 396           }
 397         }
 398       }
 399     }
 400
 401     width[0] = Math.abs(max[0] - min[0]);
 402     width[1] = Math.abs(max[1] - min[1]);
 403     width[2] = Math.abs(max[2] - min[2]);
 404
 405     maxwidth = width[0];
 406
 407     if (width[1] > width[0])
 408     {
 409       maxwidth = width[1];
 410     }
 411
 412     if (width[2] > width[1])
 413     {
 414       maxwidth = width[2];
 415     }
 416
 417     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 418   }
 419
 420   public float findScale()
 421   {
 422     int dim;
 423     int width;
 424     int height;
 425
 426     if (getSize().width != 0)
 427     {
 428       width = getSize().width;
 429       height = getSize().height;
 430     }
 431     else
 432     {
 433       width = prefsize.width;
 434       height = prefsize.height;
 435     }
 436
 437     if (width < height)
 438     {
 439       dim = width;
 440     }
 441     else
 442     {
 443       dim = height;
 444     }
 445
 446     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 447   }
 448
 449   public void findCentre()
 450   {
 451     float xtot = 0;
 452     float ytot = 0;
 453     float ztot = 0;
 454
 455     int bsize = 0;
 456
 457     // Find centre coordinate
 458     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 459     {
 460       if (pdb.getChains().elementAt(ii).isVisible)
 461       {
 462         Vector<Bond> bonds = pdb.getChains().elementAt(ii).bonds;
 463
 464         bsize += bonds.size();
 465
 466         for (Bond b : bonds)
 467         {
 468           xtot = xtot + b.start[0] + b.end[0];
 469           ytot = ytot + b.start[1] + b.end[1];
 470           ztot = ztot + b.start[2] + b.end[2];
 471         }
 472       }
 473     }
 474
 475     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 476     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 477     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 478   }
 479
 480   @Override
 481   public void paint(Graphics g)
 482   {
 483
 484     if (errorLoading)
 485     {
 486       g.setColor(Color.white);
 487       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 488       g.setColor(Color.black);
 489       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 490       g.drawString(
 491               MessageManager.getString("label.error_loading_pdb_data"), 50,
 492               getSize().height / 2);
 493       return;
 494     }
 495
 496     if (!seqColoursReady)
 497     {
 498       g.setColor(Color.black);
 499       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 500       g.drawString(MessageManager.getString("label.fetching_pdb_data"), 50,
 501               getSize().height / 2);
 502       return;
 503     }
 504
 505     // Only create the image at the beginning -
 506     // this saves much memory usage
 507     if ((img == null) || (prefsize.width != getSize().width)
 508             || (prefsize.height != getSize().height))
 509     {
 510
 511       try
 512       {
 513         prefsize.width = getSize().width;
 514         prefsize.height = getSize().height;
 515
 516         scale = findScale();
 517         img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 518         ig = img.getGraphics();
 519
 520         redrawneeded = true;
 521       } catch (Exception ex)
 522       {
 523         ex.printStackTrace();
 524       }
 525     }
 526
 527     if (redrawneeded)
 528     {
 529       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 530       redrawneeded = false;
 531     }
 532     if (appletToolTip != null)
 533     {
 534       ig.setColor(Color.red);
 535       ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);
 536     }
 537
 538     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 539
 540     pdbAction = false;
 541   }
 542
 543   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 544   {
 545     ig.setColor(Color.black);
 546     ig.fillRect(0, 0, width, height);
 547     drawScene(ig);
 548     drawLabels(ig);
 549   }
 550
 551   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 552   {
 553     bysequence = false;
 554     pdb.setColours(cs);
 555     redrawneeded = true;
 556     repaint();
 557   }
 558
 559   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 560   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 561   void colourBySequence()
 562   {
 563     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 564
 565     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 566
 567     boolean showFeatures = false;
 568     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
 569     {
 570       if (fr == null)
 571       {
 572         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(ap.av);
 573       }
 574
 575       fr.transferSettings(ap.getFeatureRenderer());
 576
 577       showFeatures = true;
 578     }
 579
 580     PDBChain chain;
 581     if (bysequence && pdb != null)
 582     {
 583       for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 584       {
 585         chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
 586
 587         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 588         {
 589           Bond tmp = chain.bonds.elementAt(i);
 590           tmp.startCol = Color.lightGray;
 591           tmp.endCol = Color.lightGray;
 592           if (chain != mainchain)
 593           {
 594             continue;
 595           }
 596
 597           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 598           {
 599             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 600             {
 601               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 602               {
 603                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber) - 1;
 604                 if (pos > 0)
 605                 {
 606                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 607                   tmp.startCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 608                   if (showFeatures)
 609                   {
 610                     tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol,
 611                             sequence[s], pos);
 612                   }
 613                 }
 614                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber) - 1;
 615                 if (pos > 0)
 616                 {
 617                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 618                   tmp.endCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 619                   if (showFeatures)
 620                   {
 621                     tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol,
 622                             sequence[s], pos);
 623                   }
 624                 }
 625
 626               }
 627             }
 628           }
 629         }
 630       }
 631     }
 632   }
 633
 634   Zsort zsort;
 635
 636   public void drawScene(Graphics g)
 637   {
 638     if (zbuffer)
 639     {
 640       if (zsort == null)
 641       {
 642         zsort = new Zsort();
 643       }
 644
 645       zsort.sort(visiblebonds);
 646     }
 647
 648     Bond tmpBond = null;
 649     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 650     {
 651       tmpBond = visiblebonds.elementAt(i);
 652
 653       xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 654       ystart = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 655
 656       xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 657       yend = (int) (((centre[1] - tmpBond.end[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 658
 659       xmid = (xend + xstart) / 2;
 660       ymid = (yend + ystart) / 2;
 661
 662       if (depthcue && !bymolecule)
 663       {
 664         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 665         {
 666           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 667           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 668
 669           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 670           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 671         }
 672         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 673         {
 674           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 675           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 676
 677           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 678           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 679         }
 680         else
 681         {
 682           g.setColor(tmpBond.startCol);
 683           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 684
 685           g.setColor(tmpBond.endCol);
 686           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 687         }
 688
 689       }
 690       else if (depthcue && bymolecule)
 691       {
 692         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 693         {
 694           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 695           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 696         }
 697         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 698         {
 699           g.setColor(Color.green.darker());
 700           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 701         }
 702         else
 703         {
 704           g.setColor(Color.green);
 705           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 706         }
 707       }
 708       else if (!depthcue && !bymolecule)
 709       {
 710         g.setColor(tmpBond.startCol);
 711         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 712         g.setColor(tmpBond.endCol);
 713         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 714       }
 715       else
 716       {
 717         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 718       }
 719
 720       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 721       {
 722         g.setColor(Color.white);
 723         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 724       }
 725
 726       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 727       {
 728         g.setColor(Color.white);
 729         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 730       }
 731
 732     }
 733   }
 734
 735   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 736   {
 737     if (!wire)
 738     {
 739       if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 740       {
 741         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 742         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 743         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 744       }
 745       else
 746       {
 747         g.setColor(g.getColor().brighter());
 748         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 749         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 750         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 751       }
 752     }
 753     else
 754     {
 755       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 756     }
 757   }
 758
 759   public Dimension minimumsize()
 760   {
 761     return prefsize;
 762   }
 763
 764   public Dimension preferredsize()
 765   {
 766     return prefsize;
 767   }
 768
 769   public void doKeyPressed(KeyEvent evt)
 770   {
 771     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 772     {
 773       scale = (float) (scale * 1.1);
 774       redrawneeded = true;
 775       repaint();
 776     }
 777     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 778     {
 779       scale = (float) (scale * 0.9);
 780       redrawneeded = true;
 781       repaint();
 782     }
 783   }
 784
 785   @Override
 786   public void mousePressed(MouseEvent e)
 787   {
 788     pdbAction = true;
 789     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 790     if (fatom != null)
 791     {
 792       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 793
 794       redrawneeded = true;
 795       repaint();
 796       if (foundchain != -1)
 797       {
 798         PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 799         if (chain == mainchain)
 800         {
 801           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 802           {
 803             if (highlightRes == null)
 804             {
 805               highlightRes = new Vector<String>();
 806             }
 807
 808             final String atomString = Integer
 809                     .toString(fatom.alignmentMapping);
 810             if (highlightRes.contains(atomString))
 811             {
 812               highlightRes.removeElement(atomString);
 813             }
 814             else
 815             {
 816               highlightRes.addElement(atomString);
 817             }
 818           }
 819         }
 820       }
 821
 822     }
 823     mx = e.getX();
 824     my = e.getY();
 825     omx = mx;
 826     omy = my;
 827     dragging = false;
 828   }
 829
 830   @Override
 831   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 832   {
 833     pdbAction = true;
 834     if (highlightBond1 != null)
 835     {
 836       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 837       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 838       highlightBond1 = null;
 839       highlightBond2 = null;
 840     }
 841
 842     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 843
 844     PDBChain chain = null;
 845     if (foundchain != -1)
 846     {
 847       chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 848       if (chain == mainchain)
 849       {
 850         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 851       }
 852     }
 853
 854     if (fatom != null)
 855     {
 856       toolx = e.getX();
 857       tooly = e.getY();
 858
 859       appletToolTip = chain.id + ":" + fatom.resNumber + " "
 860               + fatom.resName;
 861       redrawneeded = true;
 862       repaint();
 863     }
 864     else
 865     {
 866       mouseOverStructure(-1, chain != null ? chain.id : null);
 867       appletToolTip = null;
 868       redrawneeded = true;
 869       repaint();
 870     }
 871   }
 872
 873   @Override
 874   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 875   {
 876   }
 877
 878   @Override
 879   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 880   {
 881   }
 882
 883   @Override
 884   public void mouseExited(MouseEvent e)
 885   {
 886   }
 887
 888   @Override
 889   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 890   {
 891     int x = evt.getX();
 892     int y = evt.getY();
 893     mx = x;
 894     my = y;
 895
 896     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 897     objmat.setIdentity();
 898
 899     if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 900     {
 901       objmat.rotatez(((mx - omx)));
 902     }
 903     else
 904     {
 905       objmat.rotatex(((omy - my)));
 906       objmat.rotatey(((omx - mx)));
 907     }
 908
 909     // Alter the bonds
 910     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 911     {
 912       for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 913       {
 914         // Translate the bond so the centre is 0,0,0
 915         tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 916
 917         // Now apply the rotation matrix
 918         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 919         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 920
 921         // Now translate back again
 922         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 923       }
 924     }
 925
 926     objmat = null;
 927
 928     omx = mx;
 929     omy = my;
 930
 931     dragging = true;
 932
 933     redrawneeded = true;
 934
 935     repaint();
 936   }
 937
 938   @Override
 939   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 940   {
 941     dragging = false;
 942     return;
 943   }
 944
 945   void drawLabels(Graphics g)
 946   {
 947
 948     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 949     {
 950       if (chain.isVisible)
 951       {
 952         for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 953         {
 954           if (tmpBond.at1.isSelected)
 955           {
 956             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 957           }
 958
 959           if (tmpBond.at2.isSelected)
 960           {
 961             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 962           }
 963         }
 964       }
 965     }
 966   }
 967
 968   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 969   {
 970     g.setFont(font);
 971
 972     if (n == 1)
 973     {
 974       int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 975       int ystart = (int) (((centre[1] - b.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 976
 977       g.setColor(Color.red);
 978       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 979     }
 980
 981     if (n == 2)
 982     {
 983       int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
 984       int ystart = (int) (((centre[1] - b.end[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
 985
 986       g.setColor(Color.red);
 987       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 988     }
 989   }
 990
 991   int foundchain = -1;
 992
 993   public Atom findAtom(int x, int y)
 994   {
 995     Atom fatom = null;
 996
 997     foundchain = -1;
 998
 999     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
1000     {
1001       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
1002       int truex;
1003       Bond tmpBond = null;
1004
1005       if (chain.isVisible)
1006       {
1007         Vector<Bond> bonds = pdb.getChains().elementAt(ii).bonds;
1008
1009         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
1010         {
1011           tmpBond = bonds.elementAt(i);
1012
1013           truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
1014
1015           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
1016           {
1017             int truey = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
1018
1019             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1020             {
1021               fatom = tmpBond.at1;
1022               foundchain = ii;
1023               break;
1024             }
1025           }
1026         }
1027
1028         // Still here? Maybe its the last bond
1029
1030         truex = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getSize().width / 2));
1031
1032         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
1033         {
1034           int truey = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) + (getSize().height / 2));
1035
1036           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1037           {
1038             fatom = tmpBond.at2;
1039             foundchain = ii;
1040             break;
1041           }
1042         }
1043
1044       }
1045
1046       if (fatom != null) // )&& chain.ds != null)
1047       {
1048         chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
1049       }
1050     }
1051
1052     return fatom;
1053   }
1054
1055   @Override
1056   public void update(Graphics g)
1057   {
1058     paint(g);
1059   }
1060
1061   public void highlightRes(int ii)
1062   {
1063     if (!seqColoursReady)
1064     {
1065       return;
1066     }
1067
1068     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((ii - 1) + ""))
1069     {
1070       return;
1071     }
1072
1073     int index = -1;
1074     Bond tmpBond;
1075     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1076     {
1077       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1078       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1079       {
1080         if (highlightBond1 != null)
1081         {
1082           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1083         }
1084
1085         if (highlightBond2 != null)
1086         {
1087           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1088         }
1089
1090         highlightBond1 = null;
1091         highlightBond2 = null;
1092
1093         if (index > 0)
1094         {
1095           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1096           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1097         }
1098
1099         if (index != mainchain.bonds.size())
1100         {
1101           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1102           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1103         }
1104
1105         break;
1106       }
1107     }
1108
1109     redrawneeded = true;
1110     repaint();
1111   }
1112
1113   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1114   {
1115     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
1116     {
1117       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
1118       chain.isVisible = b;
1119     }
1120     mainchain.isVisible = true;
1121     findCentre();
1122     setupBonds();
1123   }
1124
1125   // ////////////////////////////////
1126   // /StructureListener
1127   @Override
1128   public String[] getPdbFile()
1129   {
1130     return new String[] { pdbentry.getFile() };
1131   }
1132
1133   String lastMessage;
1134
1135   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1136   {
1137     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum + chain))
1138     {
1139       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1140     }
1141
1142     lastMessage = pdbResNum + chain;
1143   }
1144
1145   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1146
1147   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1148
1149   /**
1150    * Highlight the specified atoms in the structure.
1151    *
1152    * @param atoms
1153    */
1154   @Override
1155   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
1156   {
1157     if (!seqColoursReady)
1158     {
1159       return;
1160     }
1161     for (AtomSpec atom : atoms)
1162     {
1163       int atomIndex = atom.getAtomIndex();
1164
1165       if (highlightRes != null
1166               && highlightRes.contains((atomIndex - 1) + ""))
1167       {
1168         continue;
1169       }
1170
1171       highlightAtom(atomIndex);
1172     }
1173
1174     redrawneeded = true;
1175     repaint();
1176   }
1177
1178   /**
1179    * @param atomIndex
1180    */
1181   protected void highlightAtom(int atomIndex)
1182   {
1183     int index = -1;
1184     Bond tmpBond;
1185     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1186     {
1187       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1188       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1189       {
1190         if (highlightBond1 != null)
1191         {
1192           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1193         }
1194
1195         if (highlightBond2 != null)
1196         {
1197           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1198         }
1199
1200         highlightBond1 = null;
1201         highlightBond2 = null;
1202
1203         if (index > 0)
1204         {
1205           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1206           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1207         }
1208
1209         if (index != mainchain.bonds.size())
1210         {
1211           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1212           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1213         }
1214
1215         break;
1216       }
1217     }
1218   }
1219
1220   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1221           String pdbfile)
1222   {
1223     return Color.white;
1224     // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1225     // return null;
1226
1227     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1228   }
1229
1230   @Override
1231   public void updateColours(Object source)
1232   {
1233     colourBySequence();
1234     redrawneeded = true;
1235     repaint();
1236   }
1237
1238   @Override
1239   public void releaseReferences(Object svl)
1240   {
1241     // TODO Auto-generated method stub
1242
1243   }
1244
1245   @Override
1246   public boolean isListeningFor(SequenceI seq)
1247   {
1248     if (sequence != null)
1249     {
1250       for (SequenceI s : sequence)
1251       {
1252         if (s == seq)
1253         {
1254           return true;
1255         }
1256       }
1257     }
1258     return false;
1259   }
1260 }