src/MCview/AppletPDBCanvas.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug\r
  26 import java.awt.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 \r
  29 import java.io.*;\r
  30 \r
  31 import java.util.*;\r
  32 \r
  33 \r
  34 \r
  35 public class AppletPDBCanvas extends Panel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
  36 {\r
  37 \r
  38     MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  39     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  40     boolean redrawneeded = true;\r
  41     int omx = 0;\r
  42     int mx = 0;\r
  43     int omy = 0;\r
  44     int my = 0;\r
  45     public PDBfile pdb;\r
  46     int bsize;\r
  47     Image img;\r
  48     Graphics ig;\r
  49     Dimension prefsize;\r
  50     float[] centre = new float[3];\r
  51     float[] width = new float[3];\r
  52     float maxwidth;\r
  53     float scale;\r
  54     String inStr;\r
  55     String inType;\r
  56     boolean bysequence = true;\r
  57     boolean depthcue = true;\r
  58     boolean wire = false;\r
  59     boolean bymolecule = false;\r
  60     boolean zbuffer = true;\r
  61     boolean dragging;\r
  62     int xstart;\r
  63     int xend;\r
  64     int ystart;\r
  65     int yend;\r
  66     int xmid;\r
  67     int ymid;\r
  68     Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);\r
  69     jalview.appletgui.SeqCanvas seqcanvas;\r
  70     public Sequence sequence;\r
  71     final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();\r
  72     String appletToolTip = null;\r
  73     int toolx, tooly;\r
  74     PDBChain mainchain;\r
  75     Vector highlightRes;\r
  76     boolean pdbAction = false;\r
  77     Bond highlightBond1, highlightBond2;\r
  78     boolean errorLoading = false;\r
  79 \r
  80     public AppletPDBCanvas(jalview.appletgui.SeqCanvas seqcanvas, Sequence seq)\r
  81     {\r
  82       this.seqcanvas = seqcanvas;\r
  83       this.sequence = seq;\r
  84 \r
  85       seqcanvas.setPDBCanvas(this);\r
  86       addKeyListener(new KeyAdapter()\r
  87       {\r
  88 \r
  89         public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
  90         {\r
  91           doKeyPressed(evt);\r
  92         }\r
  93       });\r
  94     }\r
  95 \r
  96 \r
  97   public void setPDBFile(PDBfile pdb)\r
  98    {\r
  99         int max = -10;\r
 100         int maxchain = -1;\r
 101         int pdbstart = 0;\r
 102         int pdbend = 0;\r
 103         int seqstart = 0;\r
 104         int seqend = 0;\r
 105         AlignSeq maxAlignseq = null;;\r
 106 \r
 107         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)\r
 108         {\r
 109 \r
 110           mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.getSequence());\r
 111           mappingDetails.append("\nNo of residues = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()+"\n\n");\r
 112 \r
 113             // Now lets compare the sequences to get\r
 114             // the start and end points.\r
 115             // Align the sequence to the pdb\r
 116             AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,\r
 117                     ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence, "pep");\r
 118             as.calcScoreMatrix();\r
 119             as.traceAlignment();\r
 120             PrintStream  ps = new PrintStream(System.out)\r
 121            {\r
 122               public void print(String x) {\r
 123                    mappingDetails.append(x);\r
 124                }\r
 125                public void println()\r
 126                {\r
 127                  mappingDetails.append("\n");\r
 128                }\r
 129             };\r
 130 \r
 131             as.printAlignment(ps);\r
 132 \r
 133             if (as.maxscore > max) {\r
 134                 max = as.maxscore;\r
 135                 maxchain = i;\r
 136 \r
 137                 pdbstart = as.seq2start;\r
 138                 pdbend = as.seq2end;\r
 139                 seqstart = as.seq1start + sequence.getStart()-1;\r
 140                 seqend = as.seq1end + sequence.getEnd()-1;\r
 141                 maxAlignseq = as;\r
 142             }\r
 143 \r
 144             mappingDetails.append("\nPDB start/end "  + pdbstart + " " + pdbend);\r
 145             mappingDetails.append("\nSEQ start/end "+ seqstart + " " + seqend);\r
 146         }\r
 147 \r
 148         mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);\r
 149 \r
 150         mainchain.pdbstart = pdbstart;\r
 151         mainchain.pdbend = pdbend;\r
 152         mainchain.seqstart = seqstart;\r
 153         mainchain.seqend = seqend;\r
 154         mainchain.isVisible = true;\r
 155         mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);\r
 156 \r
 157         this.pdb = pdb;\r
 158         this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);\r
 159 \r
 160         //Initialize the matrices to identity\r
 161         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 162             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
 163                 if (i != j) {\r
 164                     idmat.addElement(i, j, 0);\r
 165                     objmat.addElement(i, j, 0);\r
 166                 } else {\r
 167                     idmat.addElement(i, j, 1);\r
 168                     objmat.addElement(i, j, 1);\r
 169                 }\r
 170             }\r
 171         }\r
 172 \r
 173         addMouseMotionListener(this);\r
 174         addMouseListener(this);\r
 175 \r
 176 \r
 177         findCentre();\r
 178         findWidth();\r
 179 \r
 180         setupBonds();\r
 181 \r
 182         scale = findScale();\r
 183     }\r
 184 \r
 185 \r
 186     Vector visiblebonds;\r
 187     void setupBonds()\r
 188     {\r
 189       // Sort the bonds by z coord\r
 190       visiblebonds = new Vector();\r
 191 \r
 192       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 193       {\r
 194         if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)\r
 195         {\r
 196           Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 197 \r
 198           for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)\r
 199           {\r
 200             visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));\r
 201           }\r
 202         }\r
 203       }\r
 204       updateSeqColours();\r
 205       redrawneeded = true;\r
 206       repaint();\r
 207     }\r
 208 \r
 209 \r
 210     public void findWidth() {\r
 211         float[] max = new float[3];\r
 212         float[] min = new float[3];\r
 213 \r
 214         max[0] = (float) -1e30;\r
 215         max[1] = (float) -1e30;\r
 216         max[2] = (float) -1e30;\r
 217 \r
 218         min[0] = (float) 1e30;\r
 219         min[1] = (float) 1e30;\r
 220         min[2] = (float) 1e30;\r
 221 \r
 222         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 223             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 224                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 225 \r
 226                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 227                     Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 228 \r
 229                     if (tmp.start[0] >= max[0]) {\r
 230                         max[0] = tmp.start[0];\r
 231                     }\r
 232 \r
 233                     if (tmp.start[1] >= max[1]) {\r
 234                         max[1] = tmp.start[1];\r
 235                     }\r
 236 \r
 237                     if (tmp.start[2] >= max[2]) {\r
 238                         max[2] = tmp.start[2];\r
 239                     }\r
 240 \r
 241                     if (tmp.start[0] <= min[0]) {\r
 242                         min[0] = tmp.start[0];\r
 243                     }\r
 244 \r
 245                     if (tmp.start[1] <= min[1]) {\r
 246                         min[1] = tmp.start[1];\r
 247                     }\r
 248 \r
 249                     if (tmp.start[2] <= min[2]) {\r
 250                         min[2] = tmp.start[2];\r
 251                     }\r
 252 \r
 253                     if (tmp.end[0] >= max[0]) {\r
 254                         max[0] = tmp.end[0];\r
 255                     }\r
 256 \r
 257                     if (tmp.end[1] >= max[1]) {\r
 258                         max[1] = tmp.end[1];\r
 259                     }\r
 260 \r
 261                     if (tmp.end[2] >= max[2]) {\r
 262                         max[2] = tmp.end[2];\r
 263                     }\r
 264 \r
 265                     if (tmp.end[0] <= min[0]) {\r
 266                         min[0] = tmp.end[0];\r
 267                     }\r
 268 \r
 269                     if (tmp.end[1] <= min[1]) {\r
 270                         min[1] = tmp.end[1];\r
 271                     }\r
 272 \r
 273                     if (tmp.end[2] <= min[2]) {\r
 274                         min[2] = tmp.end[2];\r
 275                     }\r
 276                 }\r
 277             }\r
 278         }\r
 279 \r
 280         width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);\r
 281         width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);\r
 282         width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);\r
 283 \r
 284         maxwidth = width[0];\r
 285 \r
 286         if (width[1] > width[0]) {\r
 287             maxwidth = width[1];\r
 288         }\r
 289 \r
 290         if (width[2] > width[1]) {\r
 291             maxwidth = width[2];\r
 292         }\r
 293 \r
 294        // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);\r
 295     }\r
 296 \r
 297     public float findScale() {\r
 298         int dim;\r
 299         int width;\r
 300         int height;\r
 301 \r
 302         if (getSize().width != 0) {\r
 303             width = getSize().width;\r
 304             height = getSize().height;\r
 305         } else {\r
 306             width = prefsize.width;\r
 307             height = prefsize.height;\r
 308         }\r
 309 \r
 310         if (width < height) {\r
 311             dim = width;\r
 312         } else {\r
 313             dim = height;\r
 314         }\r
 315 \r
 316         return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));\r
 317     }\r
 318 \r
 319     public void findCentre() {\r
 320         float xtot = 0;\r
 321         float ytot = 0;\r
 322         float ztot = 0;\r
 323 \r
 324         int bsize = 0;\r
 325 \r
 326         //Find centre coordinate\r
 327         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 328             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 329                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 330 \r
 331                 bsize += bonds.size();\r
 332 \r
 333                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 334                     xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +\r
 335                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];\r
 336 \r
 337                     ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +\r
 338                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];\r
 339 \r
 340                     ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +\r
 341                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];\r
 342                 }\r
 343             }\r
 344         }\r
 345 \r
 346         centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);\r
 347         centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);\r
 348         centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);\r
 349     }\r
 350 \r
 351     public void paint(Graphics g)\r
 352     {\r
 353 \r
 354       if(errorLoading)\r
 355       {\r
 356         g.setColor(Color.white);\r
 357         g.fillRect(0,0,getSize().width, getSize().height);\r
 358         g.setColor(Color.black);\r
 359         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 360         g.drawString("Error loading PDB data!!", 50, getSize().height/2);\r
 361         return;\r
 362       }\r
 363       else if(visiblebonds==null)\r
 364       {\r
 365         g.setColor(Color.black);\r
 366         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 367         g.drawString("Fetching PDB data...", 50, getSize().height/2);\r
 368         return;\r
 369       }\r
 370 \r
 371 \r
 372 \r
 373         //Only create the image at the beginning -\r
 374         //this saves much memory usage\r
 375         if ((img == null) || (prefsize.width != getSize().width) ||\r
 376                 (prefsize.height != getSize().height)) {\r
 377 \r
 378          try{     prefsize.width = getSize().width;\r
 379            prefsize.height = getSize().height;\r
 380 \r
 381            scale = findScale();\r
 382            img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);\r
 383            ig = img.getGraphics();\r
 384 \r
 385            redrawneeded = true;\r
 386          }catch(Exception ex)\r
 387          {\r
 388            ex.printStackTrace();\r
 389          }\r
 390         }\r
 391 \r
 392 \r
 393         if (redrawneeded)\r
 394         {\r
 395           drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);\r
 396           redrawneeded = false;\r
 397         }\r
 398         if(appletToolTip!=null)\r
 399         {\r
 400           ig.setColor(Color.red);\r
 401           ig.drawString(appletToolTip, toolx, tooly);\r
 402         }\r
 403 \r
 404         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 405 \r
 406         pdbAction = false;\r
 407     }\r
 408 \r
 409     public void drawAll(Graphics g, int width, int height)\r
 410     {\r
 411       ig.setColor(Color.black);\r
 412       ig.fillRect(0, 0, width, height);\r
 413       drawScene(ig);\r
 414       drawLabels(ig);\r
 415     }\r
 416 \r
 417 \r
 418     public void updateSeqColours()\r
 419     {\r
 420       if (pdbAction)\r
 421       {\r
 422         return;\r
 423       }\r
 424 \r
 425       if(bysequence && pdb!=null)\r
 426       {\r
 427         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 428         {\r
 429           colourBySequence((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii));\r
 430         }\r
 431       }\r
 432 \r
 433       redrawneeded=true;\r
 434       repaint();\r
 435     }\r
 436 \r
 437 \r
 438     int findTrueIndex(int pos)\r
 439     {\r
 440       // returns the alignment position for a residue\r
 441       int j = sequence.getStart();\r
 442       int i = 0;\r
 443 \r
 444       while ( (i < sequence.getLength()) && (j <= sequence.getEnd()) && (j <= pos+1))\r
 445       {\r
 446         if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence.getCharAt(i)))\r
 447         {\r
 448           j++;\r
 449         }\r
 450 \r
 451         i++;\r
 452       }\r
 453 \r
 454       if(i>1)\r
 455          i--;\r
 456 \r
 457       if ( (j == sequence.getEnd()) && (j < pos))\r
 458       {\r
 459         return sequence.getEnd() + 1;\r
 460       }\r
 461       else\r
 462       {\r
 463         return i;\r
 464       }\r
 465     }\r
 466 \r
 467 \r
 468     // This method has been taken out of PDBChain to allow\r
 469     // Applet and Application specific sequence renderers to be used\r
 470     void colourBySequence(PDBChain chain)\r
 471     {\r
 472       for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)\r
 473       {\r
 474         Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);\r
 475         tmp.startCol = Color.lightGray;\r
 476         tmp.endCol = Color.lightGray;\r
 477         if(chain!=mainchain)\r
 478           continue;\r
 479 \r
 480         if ( (tmp.at1.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
 481             (tmp.at1.resNumber <= ( (chain.offset + chain.pdbend) - 1)))\r
 482         {\r
 483 \r
 484           int index = findTrueIndex(tmp.at1.alignmentMapping);\r
 485                 //sequence.findIndex(tmp.at1.alignmentMapping);\r
 486             if (index != -1)\r
 487             {\r
 488               tmp.startCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().\r
 489                   getResidueBoxColour( sequence, index);\r
 490 \r
 491           //    tmp.startCol = seqcanvas.getFeatureRenderer().\r
 492          //         findFeatureColour(tmp.startCol, sequence, index);\r
 493             }\r
 494         }\r
 495 \r
 496         int index =  findTrueIndex(tmp.at2.alignmentMapping);\r
 497             //sequence.findIndex( tmp.at2.alignmentMapping );\r
 498         if (index != -1)\r
 499         {\r
 500           tmp.endCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().\r
 501               getResidueBoxColour( sequence, index);\r
 502         //  tmp.endCol = seqcanvas.getFeatureRenderer().\r
 503         //      findFeatureColour(tmp.endCol, sequence, index);\r
 504         }\r
 505       }\r
 506     }\r
 507 \r
 508 \r
 509     public void drawScene(Graphics g)\r
 510     {\r
 511 \r
 512         if (zbuffer) {\r
 513             Zsort.Zsort(visiblebonds);\r
 514         }\r
 515 \r
 516 \r
 517         Bond tmpBond=null;\r
 518         for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)\r
 519         {\r
 520             tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);\r
 521 \r
 522 \r
 523             xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 524                 (getSize().width / 2));\r
 525             ystart = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 526                 (getSize().height / 2));\r
 527 \r
 528             xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 529                 (getSize().width / 2));\r
 530             yend = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 531                 (getSize().height / 2));\r
 532 \r
 533             xmid = (xend + xstart) / 2;\r
 534             ymid = (yend + ystart) / 2;\r
 535 \r
 536             if (depthcue && !bymolecule)\r
 537             {\r
 538                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 539                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());\r
 540                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 541 \r
 542                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());\r
 543                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 544                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 545                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker());\r
 546                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 547 \r
 548                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker());\r
 549                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 550                 } else {\r
 551                     g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 552                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 553 \r
 554                     g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 555                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 556                 }\r
 557 \r
 558             } else if (depthcue && bymolecule) {\r
 559                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 560                     g.setColor(Color.green.darker().darker());\r
 561                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 562                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 563                     g.setColor(Color.green.darker());\r
 564                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 565                 } else {\r
 566                     g.setColor(Color.green);\r
 567                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 568                 }\r
 569             } else if (!depthcue && !bymolecule) {\r
 570                 g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 571                 drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 572                 g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 573                 drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 574             } else {\r
 575                 drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 576             }\r
 577 \r
 578             if(highlightBond1!=null && highlightBond1==tmpBond)\r
 579             {\r
 580               g.setColor(Color.white);\r
 581               drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 582             }\r
 583 \r
 584             if(highlightBond2!=null && highlightBond2==tmpBond)\r
 585             {\r
 586               g.setColor(Color.white);\r
 587               drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 588             }\r
 589 \r
 590         }\r
 591     }\r
 592 \r
 593     public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2) {\r
 594         if (!wire) {\r
 595             if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5) {\r
 596                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 597                 g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);\r
 598                 g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);\r
 599             } else {\r
 600                 g.setColor(g.getColor().brighter());\r
 601                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 602                 g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);\r
 603                 g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);\r
 604             }\r
 605         } else {\r
 606             g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 607         }\r
 608     }\r
 609 \r
 610     public Dimension minimumsize() {\r
 611         return prefsize;\r
 612     }\r
 613 \r
 614     public Dimension preferredsize() {\r
 615         return prefsize;\r
 616     }\r
 617 \r
 618     public void doKeyPressed(KeyEvent evt)\r
 619     {\r
 620       if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)\r
 621       {\r
 622         scale = (float) (scale * 1.1);\r
 623         redrawneeded = true;\r
 624         repaint();\r
 625       }\r
 626       else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)\r
 627       {\r
 628         scale = (float) (scale * 0.9);\r
 629         redrawneeded = true;\r
 630         repaint();\r
 631       }\r
 632     }\r
 633 \r
 634     public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
 635       pdbAction = true;\r
 636       Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 637       if(fatom!=null)\r
 638       {\r
 639         fatom.isSelected = !fatom.isSelected;\r
 640 \r
 641         redrawneeded = true;\r
 642         repaint();\r
 643         if (foundchain != -1)\r
 644         {\r
 645           PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 646           if (chain == mainchain)\r
 647           {\r
 648             if (fatom.alignmentMapping != -1)\r
 649             {\r
 650               if (highlightRes == null)\r
 651                 highlightRes = new Vector();\r
 652 \r
 653               if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping+"" + ""))\r
 654                 highlightRes.removeElement(fatom.alignmentMapping + "");\r
 655               else\r
 656                 highlightRes.addElement(fatom.alignmentMapping + "");\r
 657             }\r
 658           }\r
 659         }\r
 660 \r
 661         }\r
 662         mx = e.getX();\r
 663         my = e.getY();\r
 664         omx = mx;\r
 665         omy = my;\r
 666         dragging = false;\r
 667     }\r
 668 \r
 669     public void mouseMoved(MouseEvent e) {\r
 670       pdbAction = true;\r
 671       if(highlightBond1!=null)\r
 672       {\r
 673         highlightBond1.at2.isSelected = false;\r
 674         highlightBond2.at1.isSelected = false;\r
 675         highlightBond1 = null;\r
 676         highlightBond2 = null;\r
 677       }\r
 678 \r
 679         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 680 \r
 681         PDBChain chain = null;\r
 682         if(foundchain!=-1)\r
 683         {\r
 684           chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 685           if(chain == mainchain)\r
 686           {\r
 687             highlightSeqcanvas( fatom.alignmentMapping );\r
 688           }\r
 689         }\r
 690 \r
 691         if (fatom != null) {\r
 692             toolx = e.getX();\r
 693             tooly = e.getY();\r
 694 \r
 695             appletToolTip = chain.id+":"+ fatom.resNumber+" "+ fatom.resName;\r
 696             redrawneeded = true;\r
 697             repaint();\r
 698         } else {\r
 699             highlightSeqcanvas( -1);\r
 700             appletToolTip = null;\r
 701             redrawneeded = true;\r
 702             repaint();\r
 703         }\r
 704     }\r
 705 \r
 706 \r
 707     void highlightSeqcanvas(int pos)\r
 708     {\r
 709       int index = seqcanvas.getViewport().getAlignment().findIndex(sequence);\r
 710 \r
 711       int size = pos==-1?0:3;\r
 712 \r
 713       if(highlightRes!=null)\r
 714         size += highlightRes.size()*3;\r
 715 \r
 716       int [] array = new int[size];\r
 717       int i=0;\r
 718       if(highlightRes!=null)\r
 719       {\r
 720         for (i = 0; i < highlightRes.size(); i++)\r
 721         {\r
 722           int a = Integer.parseInt(highlightRes.elementAt(\r
 723               i).toString())+1;\r
 724           array[i * 3] = index;\r
 725           array[ (i * 3) + 1] = a;\r
 726           array[ (i * 3) + 2] = a;\r
 727         }\r
 728       }\r
 729 \r
 730       if(pos!=-1)\r
 731       {\r
 732         array[i * 3] = index;\r
 733         array[i * 3 + 1] = pos+1;\r
 734         array[i * 3 + 2] = pos+1;\r
 735       }\r
 736 \r
 737       seqcanvas.highlightSearchResults(array);\r
 738     }\r
 739 \r
 740 \r
 741     public void mouseClicked(MouseEvent e) {\r
 742     }\r
 743 \r
 744     public void mouseEntered(MouseEvent e) {\r
 745     }\r
 746 \r
 747     public void mouseExited(MouseEvent e) {\r
 748     }\r
 749 \r
 750     public void mouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 751         int x = evt.getX();\r
 752         int y = evt.getY();\r
 753         mx = x;\r
 754         my = y;\r
 755 \r
 756         MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
 757         objmat.setIdentity();\r
 758 \r
 759         if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0) {\r
 760             objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));\r
 761         } else {\r
 762             objmat.rotatex((float) ((my - omy)));\r
 763             objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));\r
 764         }\r
 765 \r
 766         //Alter the bonds\r
 767         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 768             Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 769 \r
 770             for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 771                 Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 772 \r
 773                 //Translate the bond so the centre is 0,0,0\r
 774                 tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);\r
 775 \r
 776                 //Now apply the rotation matrix\r
 777                 tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);\r
 778                 tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);\r
 779 \r
 780                 //Now translate back again\r
 781                 tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);\r
 782             }\r
 783         }\r
 784 \r
 785         objmat = null;\r
 786 \r
 787         omx = mx;\r
 788         omy = my;\r
 789 \r
 790         dragging = true;\r
 791 \r
 792         redrawneeded = true;\r
 793 \r
 794         repaint();\r
 795     }\r
 796 \r
 797     public void mouseReleased(MouseEvent evt) {\r
 798         dragging = false;\r
 799         return;\r
 800     }\r
 801 \r
 802     void drawLabels(Graphics g) {\r
 803 \r
 804         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 805         {\r
 806             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 807 \r
 808             if (chain.isVisible)\r
 809             {\r
 810                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 811 \r
 812                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 813                 {\r
 814                     Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 815 \r
 816                     if (tmpBond.at1.isSelected)\r
 817                     {\r
 818                         labelAtom(g, tmpBond, 1);\r
 819                     }\r
 820 \r
 821                     if (tmpBond.at2.isSelected)\r
 822                     {\r
 823 \r
 824                         labelAtom(g, tmpBond, 2);\r
 825                     }\r
 826                 }\r
 827             }\r
 828         }\r
 829     }\r
 830 \r
 831     public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n) {\r
 832         g.setFont(font);\r
 833 \r
 834         if (n == 1) {\r
 835             int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 836                 (getSize().width / 2));\r
 837             int ystart = (int) (((b.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 838                 (getSize().height / 2));\r
 839 \r
 840             g.setColor(Color.red);\r
 841             g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);\r
 842         }\r
 843 \r
 844         if (n == 2) {\r
 845             int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 846                 (getSize().width / 2));\r
 847             int ystart = (int) (((b.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 848                 (getSize().height / 2));\r
 849 \r
 850             g.setColor(Color.red);\r
 851             g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);\r
 852         }\r
 853     }\r
 854 \r
 855     int foundchain = -1;\r
 856     public Atom findAtom(int x, int y) {\r
 857         Atom fatom = null;\r
 858 \r
 859         foundchain = -1;\r
 860 \r
 861         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 862         {\r
 863             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 864             int truex;\r
 865             Bond tmpBond=null;\r
 866 \r
 867             if (chain.isVisible)\r
 868             {\r
 869                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 870 \r
 871                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 872                 {\r
 873                     tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 874 \r
 875                     truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 876                         (getSize().width / 2));\r
 877 \r
 878                     if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
 879                     {\r
 880                         int truey = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 881                             (getSize().height / 2));\r
 882 \r
 883                         if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 884                         {\r
 885                             fatom = tmpBond.at1;\r
 886                             foundchain = ii;\r
 887                             break;\r
 888                         }\r
 889                     }\r
 890                 }\r
 891 \r
 892                 // Still here? Maybe its the last bond\r
 893 \r
 894                 truex = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 895                                (getSize().width / 2));\r
 896 \r
 897                 if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
 898                 {\r
 899                   int truey = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 900                                      (getSize().height / 2));\r
 901 \r
 902                   if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 903                   {\r
 904                     fatom = tmpBond.at2;\r
 905                     foundchain = ii;\r
 906                     break;\r
 907                   }\r
 908                 }\r
 909 \r
 910             }\r
 911 \r
 912             if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)\r
 913              {\r
 914                 chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 915             }\r
 916         }\r
 917 \r
 918         return fatom;\r
 919     }\r
 920 \r
 921     public void update(Graphics g)\r
 922     {\r
 923       paint(g);\r
 924     }\r
 925 \r
 926     public void highlightRes(int ii)\r
 927    {\r
 928 \r
 929      if (highlightRes != null\r
 930          && highlightRes.contains((ii-1) + ""))\r
 931      {\r
 932        return;\r
 933      }\r
 934 \r
 935      int index = -1;\r
 936      Bond tmpBond;\r
 937      for(index=0; index<mainchain.bonds.size(); index++)\r
 938      {\r
 939        tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
 940        if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)\r
 941        {\r
 942          if (highlightBond1 != null)\r
 943            highlightBond1.at2.isSelected = false;\r
 944 \r
 945          if (highlightBond2 != null)\r
 946            highlightBond2.at1.isSelected = false;\r
 947 \r
 948          highlightBond1 = null;\r
 949          highlightBond2 = null;\r
 950 \r
 951          if (index > 0)\r
 952          {\r
 953            highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);\r
 954            highlightBond1.at2.isSelected = true;\r
 955          }\r
 956 \r
 957          if (index != mainchain.bonds.size())\r
 958          {\r
 959            highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
 960            highlightBond2.at1.isSelected = true;\r
 961          }\r
 962 \r
 963          break;\r
 964        }\r
 965      }\r
 966 \r
 967      redrawneeded = true;\r
 968      repaint();\r
 969    }\r
 970 \r
 971 \r
 972     public void setAllchainsVisible(boolean b)\r
 973     {\r
 974       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 975       {\r
 976         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 977         chain.isVisible = b;\r
 978       }\r
 979       mainchain.isVisible = true;\r
 980       findCentre();\r
 981       setupBonds();\r
 982     }\r
 983 \r
 984 }\r