src/MCview/AppletPDBViewer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.appletgui.*;
  27 import jalview.datamodel.*;
  28 import jalview.schemes.*;
  29 import jalview.util.MessageManager;
  30
  31 public class AppletPDBViewer extends EmbmenuFrame implements
  32         ActionListener, ItemListener
  33 {
  34   AppletPDBCanvas pdbcanvas;
  35
  36   public AppletPDBViewer(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq,
  37           String[] chains, AlignmentPanel ap, String protocol)
  38   {
  39     try
  40     {
  41       jbInit();
  42     } catch (Exception ex)
  43     {
  44       ex.printStackTrace();
  45     }
  46
  47     pdbcanvas = new AppletPDBCanvas(pdbentry, seq, chains, ap, protocol);
  48
  49     embedMenuIfNeeded(pdbcanvas);
  50     add(pdbcanvas, BorderLayout.CENTER);
  51
  52     StringBuffer title = new StringBuffer(seq[0].getName() + ":"
  53             + pdbcanvas.pdbentry.getFile());
  54
  55     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title.toString(), 400, 400);
  56
  57   }
  58
  59   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
  60   {
  61     if (evt.getSource() == mapping)
  62     {
  63       jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer cap = new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer(
  64               false, null);
  65       Frame frame = new Frame();
  66       frame.add(cap);
  67       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.getString("label.pdb_sequence_mapping"),
  68               500, 600);
  69       cap.setText(pdbcanvas.mappingDetails.toString());
  70
  71     }
  72     else if (evt.getSource() == charge)
  73     {
  74       pdbcanvas.bysequence = false;
  75       pdbcanvas.pdb.setChargeColours();
  76     }
  77
  78     else if (evt.getSource() == chain)
  79     {
  80       pdbcanvas.bysequence = false;
  81       pdbcanvas.pdb.setChainColours();
  82     }
  83     else if (evt.getSource() == seqButton)
  84     {
  85       pdbcanvas.bysequence = true;
  86       pdbcanvas.colourBySequence();
  87
  88     }
  89     else if (evt.getSource() == zappo)
  90     {
  91       pdbcanvas.setColours(new ZappoColourScheme());
  92     }
  93     else if (evt.getSource() == taylor)
  94     {
  95       pdbcanvas.setColours(new TaylorColourScheme());
  96     }
  97     else if (evt.getSource() == hydro)
  98     {
  99       pdbcanvas.setColours(new HydrophobicColourScheme());
 100     }
 101     else if (evt.getSource() == helix)
 102     {
 103       pdbcanvas.setColours(new HelixColourScheme());
 104     }
 105     else if (evt.getSource() == strand)
 106     {
 107       pdbcanvas.setColours(new StrandColourScheme());
 108     }
 109     else if (evt.getSource() == turn)
 110     {
 111       pdbcanvas.setColours(new TurnColourScheme());
 112     }
 113     else if (evt.getSource() == buried)
 114     {
 115       pdbcanvas.setColours(new BuriedColourScheme());
 116     }
 117     else if (evt.getSource() == user)
 118     {
 119       pdbcanvas.bysequence = false;
 120       new jalview.appletgui.UserDefinedColours(pdbcanvas);
 121     }
 122
 123     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 124     pdbcanvas.repaint();
 125
 126   }
 127
 128   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 129   {
 130     if (evt.getSource() == allchains)
 131     {
 132       pdbcanvas.setAllchainsVisible(allchains.getState());
 133     }
 134     else if (evt.getSource() == wire)
 135     {
 136       pdbcanvas.wire = !pdbcanvas.wire;
 137     }
 138     else if (evt.getSource() == depth)
 139     {
 140       pdbcanvas.depthcue = !pdbcanvas.depthcue;
 141     }
 142     else if (evt.getSource() == zbuffer)
 143     {
 144       pdbcanvas.zbuffer = !pdbcanvas.zbuffer;
 145     }
 146     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 147     pdbcanvas.repaint();
 148   }
 149
 150   private void jbInit() throws Exception
 151   {
 152     setMenuBar(jMenuBar1);
 153     fileMenu.setLabel(MessageManager.getString("action.file"));
 154     coloursMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.colours"));
 155     mapping.setLabel(MessageManager.getString("label.view_mapping"));
 156     mapping.addActionListener(this);
 157     wire.setLabel(MessageManager.getString("label.wireframe"));
 158     wire.addItemListener(this);
 159     depth.setState(true);
 160     depth.setLabel(MessageManager.getString("label.depthcue"));
 161     depth.addItemListener(this);
 162     zbuffer.setState(true);
 163     zbuffer.setLabel(MessageManager.getString("label.z_buffering"));
 164     zbuffer.addItemListener(this);
 165     charge.setLabel(MessageManager.getString("label.charge_cysteine"));
 166     charge.addActionListener(this);
 167     hydro.setLabel(MessageManager.getString("label.hydrophobicity"));
 168     hydro.addActionListener(this);
 169     chain.setLabel(MessageManager.getString("action.by_chain"));
 170     chain.addActionListener(this);
 171     seqButton.setLabel(MessageManager.getString("action.by_sequence"));
 172     seqButton.addActionListener(this);
 173     allchains.setLabel(MessageManager.getString("label.all_chains_visible"));
 174     allchains.addItemListener(this);
 175     viewMenu.setLabel(MessageManager.getString("action.view"));
 176     zappo.setLabel(MessageManager.getString("label.zappo"));
 177     zappo.addActionListener(this);
 178     taylor.setLabel(MessageManager.getString("label.taylor"));
 179     taylor.addActionListener(this);
 180     helix.setLabel(MessageManager.getString("label.helix_propensity"));
 181     helix.addActionListener(this);
 182     strand.setLabel(MessageManager.getString("label.strand_propensity"));
 183     strand.addActionListener(this);
 184     turn.setLabel(MessageManager.getString("label.turn_propensity"));
 185     turn.addActionListener(this);
 186     buried.setLabel(MessageManager.getString("label.buried_index"));
 187     buried.addActionListener(this);
 188     user.setLabel(MessageManager.getString("action.user_defined"));
 189     user.addActionListener(this);
 190     jMenuBar1.add(fileMenu);
 191     jMenuBar1.add(coloursMenu);
 192     jMenuBar1.add(viewMenu);
 193     fileMenu.add(mapping);
 194     ;
 195
 196     coloursMenu.add(seqButton);
 197     coloursMenu.add(chain);
 198     coloursMenu.add(charge);
 199     coloursMenu.add(zappo);
 200     coloursMenu.add(taylor);
 201     coloursMenu.add(hydro);
 202     coloursMenu.add(helix);
 203     coloursMenu.add(strand);
 204     coloursMenu.add(turn);
 205     coloursMenu.add(buried);
 206     coloursMenu.add(user);
 207     viewMenu.add(wire);
 208     viewMenu.add(depth);
 209     viewMenu.add(zbuffer);
 210     viewMenu.add(allchains);
 211     allchains.setState(true);
 212   }
 213
 214   MenuBar jMenuBar1 = new MenuBar();
 215
 216   Menu fileMenu = new Menu();
 217
 218   Menu coloursMenu = new Menu();
 219
 220   MenuItem mapping = new MenuItem();
 221
 222   CheckboxGroup bg = new CheckboxGroup();
 223
 224   CheckboxMenuItem wire = new CheckboxMenuItem();
 225
 226   CheckboxMenuItem depth = new CheckboxMenuItem();
 227
 228   CheckboxMenuItem zbuffer = new CheckboxMenuItem();
 229
 230   MenuItem charge = new MenuItem();
 231
 232   MenuItem hydro = new MenuItem();
 233
 234   MenuItem chain = new MenuItem();
 235
 236   MenuItem seqButton = new MenuItem();
 237
 238   CheckboxMenuItem allchains = new CheckboxMenuItem();
 239
 240   Menu viewMenu = new Menu();
 241
 242   MenuItem turn = new MenuItem();
 243
 244   MenuItem strand = new MenuItem();
 245
 246   MenuItem helix = new MenuItem();
 247
 248   MenuItem taylor = new MenuItem();
 249
 250   MenuItem zappo = new MenuItem();
 251
 252   MenuItem buried = new MenuItem();
 253
 254   MenuItem user = new MenuItem();
 255
 256   // End StructureListener
 257   // //////////////////////////
 258
 259 }