src/MCview/AppletPDBViewer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import jalview.appletgui.AlignmentPanel;
  24 import jalview.appletgui.EmbmenuFrame;
  25 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  28 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  29 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
  30 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  31 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  32 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  33 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  34 import jalview.util.MessageManager;
  35
  36 import java.awt.BorderLayout;
  37 import java.awt.CheckboxGroup;
  38 import java.awt.CheckboxMenuItem;
  39 import java.awt.Frame;
  40 import java.awt.Menu;
  41 import java.awt.MenuBar;
  42 import java.awt.MenuItem;
  43 import java.awt.event.ActionEvent;
  44 import java.awt.event.ActionListener;
  45 import java.awt.event.ItemEvent;
  46 import java.awt.event.ItemListener;
  47
  48 public class AppletPDBViewer extends EmbmenuFrame implements
  49         ActionListener, ItemListener
  50 {
  51   AppletPDBCanvas pdbcanvas;
  52
  53   public AppletPDBViewer(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq,
  54           String[] chains, AlignmentPanel ap, String protocol)
  55   {
  56     try
  57     {
  58       jbInit();
  59     } catch (Exception ex)
  60     {
  61       ex.printStackTrace();
  62     }
  63
  64     pdbcanvas = new AppletPDBCanvas(pdbentry, seq, chains, ap, protocol);
  65
  66     embedMenuIfNeeded(pdbcanvas);
  67     add(pdbcanvas, BorderLayout.CENTER);
  68
  69     StringBuffer title = new StringBuffer(seq[0].getName() + ":"
  70             + pdbcanvas.pdbentry.getFile());
  71
  72     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title.toString(), 400, 400);
  73
  74   }
  75
  76   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
  77   {
  78     if (evt.getSource() == mapping)
  79     {
  80       jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer cap = new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer(
  81               false, null);
  82       Frame frame = new Frame();
  83       frame.add(cap);
  84       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
  85               MessageManager.getString("label.pdb_sequence_mapping"), 500,
  86               600);
  87       cap.setText(pdbcanvas.mappingDetails.toString());
  88
  89     }
  90     else if (evt.getSource() == charge)
  91     {
  92       pdbcanvas.bysequence = false;
  93       pdbcanvas.pdb.setChargeColours();
  94     }
  95
  96     else if (evt.getSource() == chain)
  97     {
  98       pdbcanvas.bysequence = false;
  99       pdbcanvas.pdb.setChainColours();
 100     }
 101     else if (evt.getSource() == seqButton)
 102     {
 103       pdbcanvas.bysequence = true;
 104       pdbcanvas.colourBySequence();
 105
 106     }
 107     else if (evt.getSource() == zappo)
 108     {
 109       pdbcanvas.setColours(new ZappoColourScheme());
 110     }
 111     else if (evt.getSource() == taylor)
 112     {
 113       pdbcanvas.setColours(new TaylorColourScheme());
 114     }
 115     else if (evt.getSource() == hydro)
 116     {
 117       pdbcanvas.setColours(new HydrophobicColourScheme());
 118     }
 119     else if (evt.getSource() == helix)
 120     {
 121       pdbcanvas.setColours(new HelixColourScheme());
 122     }
 123     else if (evt.getSource() == strand)
 124     {
 125       pdbcanvas.setColours(new StrandColourScheme());
 126     }
 127     else if (evt.getSource() == turn)
 128     {
 129       pdbcanvas.setColours(new TurnColourScheme());
 130     }
 131     else if (evt.getSource() == buried)
 132     {
 133       pdbcanvas.setColours(new BuriedColourScheme());
 134     }
 135     else if (evt.getSource() == user)
 136     {
 137       pdbcanvas.bysequence = false;
 138       new jalview.appletgui.UserDefinedColours(pdbcanvas);
 139     }
 140
 141     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 142     pdbcanvas.repaint();
 143
 144   }
 145
 146   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 147   {
 148     if (evt.getSource() == allchains)
 149     {
 150       pdbcanvas.setAllchainsVisible(allchains.getState());
 151     }
 152     else if (evt.getSource() == wire)
 153     {
 154       pdbcanvas.wire = !pdbcanvas.wire;
 155     }
 156     else if (evt.getSource() == depth)
 157     {
 158       pdbcanvas.depthcue = !pdbcanvas.depthcue;
 159     }
 160     else if (evt.getSource() == zbuffer)
 161     {
 162       pdbcanvas.zbuffer = !pdbcanvas.zbuffer;
 163     }
 164     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 165     pdbcanvas.repaint();
 166   }
 167
 168   private void jbInit() throws Exception
 169   {
 170     setMenuBar(jMenuBar1);
 171     fileMenu.setLabel(MessageManager.getString("action.file"));
 172     coloursMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.colours"));
 173     mapping.setLabel(MessageManager.getString("label.view_mapping"));
 174     mapping.addActionListener(this);
 175     wire.setLabel(MessageManager.getString("label.wireframe"));
 176     wire.addItemListener(this);
 177     depth.setState(true);
 178     depth.setLabel(MessageManager.getString("label.depthcue"));
 179     depth.addItemListener(this);
 180     zbuffer.setState(true);
 181     zbuffer.setLabel(MessageManager.getString("label.z_buffering"));
 182     zbuffer.addItemListener(this);
 183     charge.setLabel(MessageManager.getString("label.charge_cysteine"));
 184     charge.addActionListener(this);
 185     hydro.setLabel(MessageManager.getString("label.hydrophobicity"));
 186     hydro.addActionListener(this);
 187     chain.setLabel(MessageManager.getString("action.by_chain"));
 188     chain.addActionListener(this);
 189     seqButton.setLabel(MessageManager.getString("action.by_sequence"));
 190     seqButton.addActionListener(this);
 191     allchains
 192             .setLabel(MessageManager.getString("label.all_chains_visible"));
 193     allchains.addItemListener(this);
 194     viewMenu.setLabel(MessageManager.getString("action.view"));
 195     zappo.setLabel(MessageManager.getString("label.zappo"));
 196     zappo.addActionListener(this);
 197     taylor.setLabel(MessageManager.getString("label.taylor"));
 198     taylor.addActionListener(this);
 199     helix.setLabel(MessageManager.getString("label.helix_propensity"));
 200     helix.addActionListener(this);
 201     strand.setLabel(MessageManager.getString("label.strand_propensity"));
 202     strand.addActionListener(this);
 203     turn.setLabel(MessageManager.getString("label.turn_propensity"));
 204     turn.addActionListener(this);
 205     buried.setLabel(MessageManager.getString("label.buried_index"));
 206     buried.addActionListener(this);
 207     user.setLabel(MessageManager.getString("action.user_defined"));
 208     user.addActionListener(this);
 209     jMenuBar1.add(fileMenu);
 210     jMenuBar1.add(coloursMenu);
 211     jMenuBar1.add(viewMenu);
 212     fileMenu.add(mapping);
 213     ;
 214
 215     coloursMenu.add(seqButton);
 216     coloursMenu.add(chain);
 217     coloursMenu.add(charge);
 218     coloursMenu.add(zappo);
 219     coloursMenu.add(taylor);
 220     coloursMenu.add(hydro);
 221     coloursMenu.add(helix);
 222     coloursMenu.add(strand);
 223     coloursMenu.add(turn);
 224     coloursMenu.add(buried);
 225     coloursMenu.add(user);
 226     viewMenu.add(wire);
 227     viewMenu.add(depth);
 228     viewMenu.add(zbuffer);
 229     viewMenu.add(allchains);
 230     allchains.setState(true);
 231   }
 232
 233   MenuBar jMenuBar1 = new MenuBar();
 234
 235   Menu fileMenu = new Menu();
 236
 237   Menu coloursMenu = new Menu();
 238
 239   MenuItem mapping = new MenuItem();
 240
 241   CheckboxGroup bg = new CheckboxGroup();
 242
 243   CheckboxMenuItem wire = new CheckboxMenuItem();
 244
 245   CheckboxMenuItem depth = new CheckboxMenuItem();
 246
 247   CheckboxMenuItem zbuffer = new CheckboxMenuItem();
 248
 249   MenuItem charge = new MenuItem();
 250
 251   MenuItem hydro = new MenuItem();
 252
 253   MenuItem chain = new MenuItem();
 254
 255   MenuItem seqButton = new MenuItem();
 256
 257   CheckboxMenuItem allchains = new CheckboxMenuItem();
 258
 259   Menu viewMenu = new Menu();
 260
 261   MenuItem turn = new MenuItem();
 262
 263   MenuItem strand = new MenuItem();
 264
 265   MenuItem helix = new MenuItem();
 266
 267   MenuItem taylor = new MenuItem();
 268
 269   MenuItem zappo = new MenuItem();
 270
 271   MenuItem buried = new MenuItem();
 272
 273   MenuItem user = new MenuItem();
 274
 275   // End StructureListener
 276   // //////////////////////////
 277
 278 }