src/MCview/AppletPDBViewer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.appletgui.*;
  27 import jalview.datamodel.*;
  28 import jalview.schemes.*;
  29 import jalview.util.MessageManager;
  30
  31 public class AppletPDBViewer extends EmbmenuFrame implements
  32         ActionListener, ItemListener
  33 {
  34   AppletPDBCanvas pdbcanvas;
  35
  36   public AppletPDBViewer(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq,
  37           String[] chains, AlignmentPanel ap, String protocol)
  38   {
  39     try
  40     {
  41       jbInit();
  42     } catch (Exception ex)
  43     {
  44       ex.printStackTrace();
  45     }
  46
  47     pdbcanvas = new AppletPDBCanvas(pdbentry, seq, chains, ap, protocol);
  48
  49     embedMenuIfNeeded(pdbcanvas);
  50     add(pdbcanvas, BorderLayout.CENTER);
  51
  52     StringBuffer title = new StringBuffer(seq[0].getName() + ":"
  53             + pdbcanvas.pdbentry.getFile());
  54
  55     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title.toString(), 400, 400);
  56
  57   }
  58
  59   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
  60   {
  61     if (evt.getSource() == mapping)
  62     {
  63       jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer cap = new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer(
  64               false, null);
  65       Frame frame = new Frame();
  66       frame.add(cap);
  67       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
  68               MessageManager.getString("label.pdb_sequence_mapping"), 500,
  69               600);
  70       cap.setText(pdbcanvas.mappingDetails.toString());
  71
  72     }
  73     else if (evt.getSource() == charge)
  74     {
  75       pdbcanvas.bysequence = false;
  76       pdbcanvas.pdb.setChargeColours();
  77     }
  78
  79     else if (evt.getSource() == chain)
  80     {
  81       pdbcanvas.bysequence = false;
  82       pdbcanvas.pdb.setChainColours();
  83     }
  84     else if (evt.getSource() == seqButton)
  85     {
  86       pdbcanvas.bysequence = true;
  87       pdbcanvas.colourBySequence();
  88
  89     }
  90     else if (evt.getSource() == zappo)
  91     {
  92       pdbcanvas.setColours(new ZappoColourScheme());
  93     }
  94     else if (evt.getSource() == taylor)
  95     {
  96       pdbcanvas.setColours(new TaylorColourScheme());
  97     }
  98     else if (evt.getSource() == hydro)
  99     {
 100       pdbcanvas.setColours(new HydrophobicColourScheme());
 101     }
 102     else if (evt.getSource() == helix)
 103     {
 104       pdbcanvas.setColours(new HelixColourScheme());
 105     }
 106     else if (evt.getSource() == strand)
 107     {
 108       pdbcanvas.setColours(new StrandColourScheme());
 109     }
 110     else if (evt.getSource() == turn)
 111     {
 112       pdbcanvas.setColours(new TurnColourScheme());
 113     }
 114     else if (evt.getSource() == buried)
 115     {
 116       pdbcanvas.setColours(new BuriedColourScheme());
 117     }
 118     else if (evt.getSource() == user)
 119     {
 120       pdbcanvas.bysequence = false;
 121       new jalview.appletgui.UserDefinedColours(pdbcanvas);
 122     }
 123
 124     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 125     pdbcanvas.repaint();
 126
 127   }
 128
 129   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 130   {
 131     if (evt.getSource() == allchains)
 132     {
 133       pdbcanvas.setAllchainsVisible(allchains.getState());
 134     }
 135     else if (evt.getSource() == wire)
 136     {
 137       pdbcanvas.wire = !pdbcanvas.wire;
 138     }
 139     else if (evt.getSource() == depth)
 140     {
 141       pdbcanvas.depthcue = !pdbcanvas.depthcue;
 142     }
 143     else if (evt.getSource() == zbuffer)
 144     {
 145       pdbcanvas.zbuffer = !pdbcanvas.zbuffer;
 146     }
 147     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 148     pdbcanvas.repaint();
 149   }
 150
 151   private void jbInit() throws Exception
 152   {
 153     setMenuBar(jMenuBar1);
 154     fileMenu.setLabel(MessageManager.getString("action.file"));
 155     coloursMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.colours"));
 156     mapping.setLabel(MessageManager.getString("label.view_mapping"));
 157     mapping.addActionListener(this);
 158     wire.setLabel(MessageManager.getString("label.wireframe"));
 159     wire.addItemListener(this);
 160     depth.setState(true);
 161     depth.setLabel(MessageManager.getString("label.depthcue"));
 162     depth.addItemListener(this);
 163     zbuffer.setState(true);
 164     zbuffer.setLabel(MessageManager.getString("label.z_buffering"));
 165     zbuffer.addItemListener(this);
 166     charge.setLabel(MessageManager.getString("label.charge_cysteine"));
 167     charge.addActionListener(this);
 168     hydro.setLabel(MessageManager.getString("label.hydrophobicity"));
 169     hydro.addActionListener(this);
 170     chain.setLabel(MessageManager.getString("action.by_chain"));
 171     chain.addActionListener(this);
 172     seqButton.setLabel(MessageManager.getString("action.by_sequence"));
 173     seqButton.addActionListener(this);
 174     allchains
 175             .setLabel(MessageManager.getString("label.all_chains_visible"));
 176     allchains.addItemListener(this);
 177     viewMenu.setLabel(MessageManager.getString("action.view"));
 178     zappo.setLabel(MessageManager.getString("label.zappo"));
 179     zappo.addActionListener(this);
 180     taylor.setLabel(MessageManager.getString("label.taylor"));
 181     taylor.addActionListener(this);
 182     helix.setLabel(MessageManager.getString("label.helix_propensity"));
 183     helix.addActionListener(this);
 184     strand.setLabel(MessageManager.getString("label.strand_propensity"));
 185     strand.addActionListener(this);
 186     turn.setLabel(MessageManager.getString("label.turn_propensity"));
 187     turn.addActionListener(this);
 188     buried.setLabel(MessageManager.getString("label.buried_index"));
 189     buried.addActionListener(this);
 190     user.setLabel(MessageManager.getString("action.user_defined"));
 191     user.addActionListener(this);
 192     jMenuBar1.add(fileMenu);
 193     jMenuBar1.add(coloursMenu);
 194     jMenuBar1.add(viewMenu);
 195     fileMenu.add(mapping);
 196     ;
 197
 198     coloursMenu.add(seqButton);
 199     coloursMenu.add(chain);
 200     coloursMenu.add(charge);
 201     coloursMenu.add(zappo);
 202     coloursMenu.add(taylor);
 203     coloursMenu.add(hydro);
 204     coloursMenu.add(helix);
 205     coloursMenu.add(strand);
 206     coloursMenu.add(turn);
 207     coloursMenu.add(buried);
 208     coloursMenu.add(user);
 209     viewMenu.add(wire);
 210     viewMenu.add(depth);
 211     viewMenu.add(zbuffer);
 212     viewMenu.add(allchains);
 213     allchains.setState(true);
 214   }
 215
 216   MenuBar jMenuBar1 = new MenuBar();
 217
 218   Menu fileMenu = new Menu();
 219
 220   Menu coloursMenu = new Menu();
 221
 222   MenuItem mapping = new MenuItem();
 223
 224   CheckboxGroup bg = new CheckboxGroup();
 225
 226   CheckboxMenuItem wire = new CheckboxMenuItem();
 227
 228   CheckboxMenuItem depth = new CheckboxMenuItem();
 229
 230   CheckboxMenuItem zbuffer = new CheckboxMenuItem();
 231
 232   MenuItem charge = new MenuItem();
 233
 234   MenuItem hydro = new MenuItem();
 235
 236   MenuItem chain = new MenuItem();
 237
 238   MenuItem seqButton = new MenuItem();
 239
 240   CheckboxMenuItem allchains = new CheckboxMenuItem();
 241
 242   Menu viewMenu = new Menu();
 243
 244   MenuItem turn = new MenuItem();
 245
 246   MenuItem strand = new MenuItem();
 247
 248   MenuItem helix = new MenuItem();
 249
 250   MenuItem taylor = new MenuItem();
 251
 252   MenuItem zappo = new MenuItem();
 253
 254   MenuItem buried = new MenuItem();
 255
 256   MenuItem user = new MenuItem();
 257
 258   // End StructureListener
 259   // //////////////////////////
 260
 261 }