src/MCview/Atom.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 \r
  23 import java.util.*;\r
  24 \r
  25 \r
  26 public class Atom {\r
  27     double x;\r
  28     double y;\r
  29     double z;\r
  30     int number;\r
  31     String name;\r
  32     String resName;\r
  33     int resNumber;\r
  34     int type;\r
  35     Color color;\r
  36     String chain;\r
  37 \r
  38     public Atom(StringTokenizer str) {\r
  39         this.number = (new Integer(str.nextToken())).intValue();\r
  40         this.name = str.nextToken();\r
  41         this.resName = str.nextToken();\r
  42 \r
  43         String tmpstr = new String();\r
  44 \r
  45         try {\r
  46             tmpstr = str.nextToken();\r
  47 \r
  48             this.resNumber = (new Integer(tmpstr).intValue());\r
  49             this.chain = "A";\r
  50             this.color = Color.green;\r
  51         } catch (NumberFormatException e) {\r
  52             this.chain = tmpstr;\r
  53 \r
  54             if (tmpstr.equals("A")) {\r
  55                 this.color = new Color((float) Math.random(),\r
  56                         (float) Math.random(), (float) Math.random());\r
  57             } else {\r
  58                 this.color = Color.red;\r
  59             }\r
  60 \r
  61             this.resNumber = (new Integer(str.nextToken()).intValue());\r
  62         }\r
  63 \r
  64         this.x = (double) (new Double(str.nextToken()).floatValue());\r
  65         this.y = (double) (new Double(str.nextToken()).floatValue());\r
  66         this.z = (double) (new Double(str.nextToken()).floatValue());\r
  67     }\r
  68 \r
  69     public void setColor(Color col) {\r
  70         this.color = col;\r
  71     }\r
  72 }\r