src/MCview/Atom.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  24
  25 import java.awt.Color;
  26
  27 public class Atom
  28 {
  29   public float x;
  30
  31   public float y;
  32
  33   public float z;
  34
  35   public int number;
  36
  37   public String name;
  38
  39   public String resName;
  40
  41   public int resNumber;
  42
  43   public char insCode = ' ';
  44
  45   public String resNumIns = null;
  46
  47   public int type;
  48
  49   Color color = Color.lightGray;
  50
  51   public String chain;
  52
  53   /**
  54    * this is a temporary value - designed to store the position in sequence that
  55    * this atom corresponds to after aligning the chain to a SequenceI object. Do
  56    * not rely on its value being correct when visualizing sequence colourings on
  57    * the structure - use the StructureSelectionManager's mapping instead.
  58    */
  59   public int alignmentMapping = -1;
  60
  61   public int atomIndex;
  62
  63   public float occupancy = 0;
  64
  65   public float tfactor = 0;
  66
  67   // need these if we ever want to export Atom data
  68   // public boolean tfacset=true,occset=true;
  69   public boolean isSelected = false;
  70
  71   public Atom(String str)
  72   {
  73     atomIndex = Integer.parseInt(str.substring(6, 11).trim());
  74
  75     name = str.substring(12, 15).trim();
  76
  77     resName = str.substring(17, 20);
  78     // JAL-1828 treat MSE Selenomethionine as MET (etc)
  79     resName = ResidueProperties.getCanonicalAminoAcid(resName);
  80
  81     chain = str.substring(21, 22);
  82
  83     resNumber = Integer.parseInt(str.substring(22, 26).trim());
  84     resNumIns = str.substring(22, 27);
  85     insCode = str.substring(26, 27).charAt(0);
  86     this.x = (new Float(str.substring(30, 38).trim()).floatValue());
  87     this.y = (new Float(str.substring(38, 46).trim()).floatValue());
  88     this.z = (new Float(str.substring(47, 55).trim()).floatValue());
  89     // optional entries - see JAL-730
  90     String tm = str.substring(54, 60).trim();
  91     if (tm.length() > 0)
  92     {
  93       occupancy = (new Float(tm)).floatValue();
  94     }
  95     else
  96     {
  97       occupancy = 1f; // default occupancy
  98       // see note above: occset=false;
  99     }
 100     tm = str.substring(60, 66).trim();
 101     if (tm.length() > 0)
 102     {
 103       tfactor = (new Float(tm).floatValue());
 104     }
 105     else
 106     {
 107       tfactor = 1f;
 108       // see note above: tfacset=false;
 109     }
 110   }
 111
 112   public Atom(float x, float y, float z)
 113   {
 114     this.x = x;
 115     this.y = y;
 116     this.z = z;
 117   }
 118 }