src/MCview/Atom.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package MCview;
  19
  20 import java.awt.*;
  21
  22 public class Atom
  23 {
  24   public float x;
  25
  26   public float y;
  27
  28   public float z;
  29
  30   public int number;
  31
  32   public String name;
  33
  34   public String resName;
  35
  36   public int resNumber;
  37
  38   public char insCode = ' ';
  39
  40   public String resNumIns = null;
  41
  42   public int type;
  43
  44   Color color = Color.lightGray;
  45
  46   public String chain;
  47
  48   public int alignmentMapping = -1;
  49
  50   public int atomIndex;
  51
  52   public float occupancy = 0;
  53
  54   public float tfactor = 0;
  55
  56   public boolean isSelected = false;
  57
  58   public Atom(String str)
  59   {
  60     atomIndex = Integer.parseInt(str.substring(6, 11).trim());
  61
  62     name = str.substring(12, 15).trim();
  63
  64     resName = str.substring(17, 20);
  65
  66     chain = str.substring(21, 22);
  67
  68     resNumber = Integer.parseInt(str.substring(22, 26).trim());
  69     resNumIns = str.substring(22, 27);
  70     insCode = str.substring(26, 27).charAt(0);
  71     this.x = (float) (new Float(str.substring(30, 38).trim()).floatValue());
  72     this.y = (float) (new Float(str.substring(38, 46).trim()).floatValue());
  73     this.z = (float) (new Float(str.substring(47, 55).trim()).floatValue());
  74     occupancy = (float) (new Float(str.substring(54, 60).trim())
  75             .floatValue());
  76     tfactor = (float) (new Float(str.substring(60, 66).trim()).floatValue());
  77   }
  78
  79   public Atom(float x, float y, float z)
  80   {
  81     this.x = x;
  82     this.y = y;
  83     this.z = z;
  84   }
  85   // public void setColor(Color col) {
  86   // this.color = col;
  87   // }
  88 }