src/MCview/Atom.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.awt.*;
  22
  23 public class Atom
  24 {
  25   public float x;
  26
  27   public float y;
  28
  29   public float z;
  30
  31   public int number;
  32
  33   public String name;
  34
  35   public String resName;
  36
  37   public int resNumber;
  38
  39   public char insCode = ' ';
  40
  41   public String resNumIns = null;
  42
  43   public int type;
  44
  45   Color color = Color.lightGray;
  46
  47   public String chain;
  48
  49   /**
  50    * this is a temporary value - designed to store the position in sequence that
  51    * this atom corresponds to after aligning the chain to a SequenceI object. Do
  52    * not rely on its value being correct when visualizing sequence colourings on
  53    * the structure - use the StructureSelectionManager's mapping instead.
  54    */
  55   public int alignmentMapping = -1;
  56
  57   public int atomIndex;
  58
  59   public float occupancy = 0;
  60
  61   public float tfactor = 0;
  62
  63   // need these if we ever want to export Atom data
  64   // public boolean tfacset=true,occset=true;
  65   public boolean isSelected = false;
  66
  67   public Atom(String str)
  68   {
  69     atomIndex = Integer.parseInt(str.substring(6, 11).trim());
  70
  71     name = str.substring(12, 15).trim();
  72
  73     resName = str.substring(17, 20);
  74
  75     chain = str.substring(21, 22);
  76
  77     resNumber = Integer.parseInt(str.substring(22, 26).trim());
  78     resNumIns = str.substring(22, 27);
  79     insCode = str.substring(26, 27).charAt(0);
  80     this.x = (float) (new Float(str.substring(30, 38).trim()).floatValue());
  81     this.y = (float) (new Float(str.substring(38, 46).trim()).floatValue());
  82     this.z = (float) (new Float(str.substring(47, 55).trim()).floatValue());
  83     // optional entries - see JAL-730
  84     String tm = str.substring(54, 60).trim();
  85     if (tm.length() > 0)
  86     {
  87       occupancy = (float) (new Float(tm)).floatValue();
  88     }
  89     else
  90     {
  91       occupancy = 1f; // default occupancy
  92       // see note above: occset=false;
  93     }
  94     tm = str.substring(60, 66).trim();
  95     if (tm.length() > 0)
  96     {
  97       tfactor = (float) (new Float(tm).floatValue());
  98     }
  99     else
 100     {
 101       tfactor = 1f;
 102       // see note above: tfacset=false;
 103     }
 104   }
 105
 106   public Atom(float x, float y, float z)
 107   {
 108     this.x = x;
 109     this.y = y;
 110     this.z = z;
 111   }
 112   // public void setColor(Color col) {
 113   // this.color = col;
 114   // }
 115 }