src/MCview/Bond.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package MCview;
  19
  20 import java.awt.*;
  21
  22 public class Bond
  23 {
  24   float[] start;
  25
  26   float[] end;
  27
  28   Color startCol = Color.lightGray;
  29
  30   Color endCol = Color.lightGray;
  31
  32   public Atom at1;
  33
  34   public Atom at2;
  35
  36   public Bond(float[] start, float[] end, Atom at1, Atom at2)
  37   {
  38     this.start = start;
  39     this.end = end;
  40     this.startCol = at1.color;
  41     this.endCol = at2.color;
  42     this.at1 = at1;
  43     this.at2 = at2;
  44   }
  45
  46   /*
  47    * public Bond(Bond bond) { this.start = new float[3];
  48    *
  49    * this.start[0] = bond.start[0]; this.start[1] = bond.start[1]; this.start[2]
  50    * = bond.start[2];
  51    *
  52    * this.end = new float[3];
  53    *
  54    * this.end[0] = bond.end[0]; this.end[1] = bond.end[1]; this.end[2] =
  55    * bond.end[2];
  56    *
  57    * this.startCol = bond.startCol; this.endCol = bond.endCol; }
  58    *
  59    * public float length() { float len = ((end[0] - start[0]) * (end[0] -
  60    * start[0])) + ((end[1] - start[1]) * (end[1] - start[1])) + ((end[2] -
  61    * start[2]) * (end[2] - start[2]));
  62    *
  63    * len = (float) (Math.sqrt(len));
  64    *
  65    * return len; }
  66    */
  67
  68   public void translate(float x, float y, float z)
  69   {
  70     start[0] = (start[0] + x);
  71     end[0] = (end[0] + x);
  72
  73     start[1] = (start[1] + y);
  74     end[1] = (end[1] + y);
  75
  76     start[2] = (start[2] + z);
  77     end[2] = (end[2] + z);
  78   }
  79 }