src/MCview/Bond.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.awt.*;
  22
  23 public class Bond
  24 {
  25   float[] start;
  26
  27   float[] end;
  28
  29   Color startCol = Color.lightGray;
  30
  31   Color endCol = Color.lightGray;
  32
  33   public Atom at1;
  34
  35   public Atom at2;
  36
  37   public Bond(float[] start, float[] end, Atom at1, Atom at2)
  38   {
  39     this.start = start;
  40     this.end = end;
  41     this.startCol = at1.color;
  42     this.endCol = at2.color;
  43     this.at1 = at1;
  44     this.at2 = at2;
  45   }
  46
  47   /*
  48    * public Bond(Bond bond) { this.start = new float[3];
  49    *
  50    * this.start[0] = bond.start[0]; this.start[1] = bond.start[1]; this.start[2]
  51    * = bond.start[2];
  52    *
  53    * this.end = new float[3];
  54    *
  55    * this.end[0] = bond.end[0]; this.end[1] = bond.end[1]; this.end[2] =
  56    * bond.end[2];
  57    *
  58    * this.startCol = bond.startCol; this.endCol = bond.endCol; }
  59    *
  60    * public float length() { float len = ((end[0] - start[0]) * (end[0] -
  61    * start[0])) + ((end[1] - start[1]) * (end[1] - start[1])) + ((end[2] -
  62    * start[2]) * (end[2] - start[2]));
  63    *
  64    * len = (float) (Math.sqrt(len));
  65    *
  66    * return len; }
  67    */
  68
  69   public void translate(float x, float y, float z)
  70   {
  71     start[0] = (start[0] + x);
  72     end[0] = (end[0] + x);
  73
  74     start[1] = (start[1] + y);
  75     end[1] = (end[1] + y);
  76
  77     start[2] = (start[2] + z);
  78     end[2] = (end[2] + z);
  79   }
  80 }