src/MCview/Bond.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package MCview;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 \r
  24 public class Bond {\r
  25 \r
  26   float start[];\r
  27   float end[];\r
  28 \r
  29   Color startCol;\r
  30   Color endCol;\r
  31 \r
  32   public myAtom at1;\r
  33   public myAtom at2;\r
  34 \r
  35   public Bond(float[] start, float[] end, myAtom at1, myAtom at2) {\r
  36     this.start    = start;\r
  37     this.end      = end;\r
  38     this.startCol = at1.color;\r
  39     this.endCol   = at2.color;\r
  40     this.at1      = at1;\r
  41     this.at2      = at2;\r
  42   }\r
  43   public Bond(Bond bond) {\r
  44     this.start    = new float[3];\r
  45 \r
  46     this.start[0] = bond.start[0];\r
  47     this.start[1] = bond.start[1];\r
  48     this.start[2] = bond.start[2];\r
  49 \r
  50     this.end    = new float[3];\r
  51 \r
  52     this.end[0] = bond.end[0];\r
  53     this.end[1] = bond.end[1];\r
  54     this.end[2] = bond.end[2];\r
  55 \r
  56     this.startCol = bond.startCol;\r
  57     this.endCol   = bond.endCol;\r
  58   }\r
  59 \r
  60   public void print() {\r
  61     System.out.println("Start " + start[0] + " "+ start[1] + " " + start[2]);\r
  62     System.out.println("End   " + end[0] + " "+ end[1] + " " + end[2]);\r
  63   }\r
  64 \r
  65   public float length() {\r
  66     float len = (end[0] - start[0])*(end[0] - start[0]) +\r
  67                 (end[1] - start[1])*(end[1] - start[1]) +\r
  68                 (end[2] - start[2])*(end[2] - start[2]);\r
  69 \r
  70     len = (float)(Math.sqrt(len));\r
  71 \r
  72     return len;\r
  73   }\r
  74   public void translate(float x, float y, float z) {\r
  75     start[0] = (start[0] + x);\r
  76     end[0]   = (end[0] + x);\r
  77 \r
  78     start[1] = (start[1] + y);\r
  79     end[1]   = (end[1] + y);\r
  80 \r
  81     start[2] = (start[2] + z);\r
  82     end[2]   = (end[2] + z);\r
  83   }\r
  84 }\r