src/MCview/MCMatrix.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package MCview;
  20
  21 public class MCMatrix
  22 {
  23   float[][] matrix;
  24
  25   float[][] tmp;
  26
  27   float mycos;
  28
  29   float mysin;
  30
  31   float myconst = (float) (Math.PI / 180);
  32
  33   public MCMatrix(int rows, int cols)
  34   {
  35     matrix = new float[rows][cols];
  36     tmp = new float[rows][cols];
  37   }
  38
  39   public void addElement(int i, int j, float value)
  40   {
  41     matrix[i][j] = value;
  42   }
  43
  44   public void rotatex(float degrees)
  45   {
  46     mycos = (float) (Math.cos(degrees * myconst));
  47     mysin = (float) (Math.sin(degrees * myconst));
  48
  49     tmp[0][0] = 1;
  50     tmp[0][1] = 0;
  51     tmp[0][2] = 0;
  52     tmp[1][0] = 0;
  53     tmp[1][1] = mycos;
  54     tmp[1][2] = mysin;
  55     tmp[2][0] = 0;
  56     tmp[2][1] = -mysin;
  57     tmp[2][2] = mycos;
  58     preMultiply(tmp);
  59   }
  60
  61   public void rotatez(float degrees)
  62   {
  63     mycos = (float) (Math.cos(degrees * myconst));
  64     mysin = (float) (Math.sin(degrees * myconst));
  65
  66     tmp[0][0] = mycos;
  67     tmp[0][1] = -mysin;
  68     tmp[0][2] = 0;
  69     tmp[1][0] = mysin;
  70     tmp[1][1] = mycos;
  71     tmp[1][2] = 0;
  72     tmp[2][0] = 0;
  73     tmp[2][1] = 0;
  74     tmp[2][2] = 1;
  75
  76     preMultiply(tmp);
  77   }
  78
  79   public void rotatey(float degrees)
  80   {
  81     mycos = (float) (Math.cos(degrees * myconst));
  82     mysin = (float) (Math.sin(degrees * myconst));
  83
  84     tmp[0][0] = mycos;
  85     tmp[0][1] = 0;
  86     tmp[0][2] = -mysin;
  87     tmp[1][0] = 0;
  88     tmp[1][1] = 1;
  89     tmp[1][2] = 0;
  90     tmp[2][0] = mysin;
  91     tmp[2][1] = 0;
  92     tmp[2][2] = mycos;
  93
  94     preMultiply(tmp);
  95   }
  96
  97   public float[] vectorMultiply(float[] vect)
  98   {
  99     float[] temp = new float[3];
 100
 101     temp[0] = vect[0];
 102     temp[1] = vect[1];
 103     temp[2] = vect[2];
 104
 105     for (int i = 0; i < 3; i++)
 106     {
 107       temp[i] = ((float) matrix[i][0] * vect[0])
 108               + ((float) matrix[i][1] * vect[1])
 109               + ((float) matrix[i][2] * vect[2]);
 110     }
 111
 112     vect[0] = temp[0];
 113     vect[1] = temp[1];
 114     vect[2] = temp[2];
 115
 116     return vect;
 117   }
 118
 119   public void preMultiply(float[][] mat)
 120   {
 121     float[][] tmp = new float[3][3];
 122
 123     for (int i = 0; i < 3; i++)
 124     {
 125       for (int j = 0; j < 3; j++)
 126       {
 127         tmp[i][j] = (mat[i][0] * matrix[0][j]) + (mat[i][1] * matrix[1][j])
 128                 + (mat[i][2] * matrix[2][j]);
 129       }
 130     }
 131
 132     for (int i = 0; i < 3; i++)
 133     {
 134       for (int j = 0; j < 3; j++)
 135       {
 136         matrix[i][j] = tmp[i][j];
 137       }
 138     }
 139   }
 140
 141   public void postMultiply(float[][] mat)
 142   {
 143     float[][] tmp = new float[3][3];
 144
 145     for (int i = 0; i < 3; i++)
 146     {
 147       for (int j = 0; j < 3; j++)
 148       {
 149         tmp[i][j] = (matrix[i][0] * mat[0][j]) + (matrix[i][1] * mat[1][j])
 150                 + (matrix[i][2] * mat[2][j]);
 151       }
 152     }
 153
 154     for (int i = 0; i < 3; i++)
 155     {
 156       for (int j = 0; j < 3; j++)
 157       {
 158         matrix[i][j] = tmp[i][j];
 159       }
 160     }
 161   }
 162
 163   public void setIdentity()
 164   {
 165     matrix[0][0] = 1;
 166     matrix[1][1] = 1;
 167     matrix[2][2] = 1;
 168     matrix[0][1] = 0;
 169     matrix[0][2] = 0;
 170     matrix[1][0] = 0;
 171     matrix[1][2] = 0;
 172     matrix[2][0] = 0;
 173     matrix[2][1] = 0;
 174   }
 175 }