src/MCview/MCMatrix.java

   1 /*
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 *
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 * of the License, or (at your option) any later version.
   9 *
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 * GNU General Public License for more details.
  14 *
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18 */
  19 package MCview;
  20
  21 public class MCMatrix {
  22     float[][] matrix;
  23     float[][] tmp;
  24     float mycos;
  25     float mysin;
  26     float myconst = (float) (Math.PI / 180);
  27
  28     public MCMatrix(int rows, int cols) {
  29         matrix = new float[rows][cols];
  30         tmp = new float[rows][cols];
  31     }
  32
  33     public void addElement(int i, int j, float value) {
  34         matrix[i][j] = value;
  35     }
  36
  37     public void rotatex(float degrees) {
  38         mycos = (float) (Math.cos(degrees * myconst));
  39         mysin = (float) (Math.sin(degrees * myconst));
  40
  41         tmp[0][0] = 1;
  42         tmp[0][1] = 0;
  43         tmp[0][2] = 0;
  44         tmp[1][0] = 0;
  45         tmp[1][1] = mycos;
  46         tmp[1][2] = mysin;
  47         tmp[2][0] = 0;
  48         tmp[2][1] = -mysin;
  49         tmp[2][2] = mycos;
  50         preMultiply(tmp);
  51     }
  52
  53     public void rotatez(float degrees) {
  54         mycos = (float) (Math.cos(degrees * myconst));
  55         mysin = (float) (Math.sin(degrees * myconst));
  56
  57         tmp[0][0] = mycos;
  58         tmp[0][1] = -mysin;
  59         tmp[0][2] = 0;
  60         tmp[1][0] = mysin;
  61         tmp[1][1] = mycos;
  62         tmp[1][2] = 0;
  63         tmp[2][0] = 0;
  64         tmp[2][1] = 0;
  65         tmp[2][2] = 1;
  66
  67         preMultiply(tmp);
  68     }
  69
  70     public void rotatey(float degrees) {
  71         mycos = (float) (Math.cos(degrees * myconst));
  72         mysin = (float) (Math.sin(degrees * myconst));
  73
  74         tmp[0][0] = mycos;
  75         tmp[0][1] = 0;
  76         tmp[0][2] = -mysin;
  77         tmp[1][0] = 0;
  78         tmp[1][1] = 1;
  79         tmp[1][2] = 0;
  80         tmp[2][0] = mysin;
  81         tmp[2][1] = 0;
  82         tmp[2][2] = mycos;
  83
  84         preMultiply(tmp);
  85     }
  86
  87     public float[] vectorMultiply(float[] vect) {
  88         float[] temp = new float[3];
  89
  90         temp[0] = vect[0];
  91         temp[1] = vect[1];
  92         temp[2] = vect[2];
  93
  94         for (int i = 0; i < 3; i++) {
  95             temp[i] = ((float) matrix[i][0] * vect[0]) +
  96                 ((float) matrix[i][1] * vect[1]) +
  97                 ((float) matrix[i][2] * vect[2]);
  98         }
  99
 100         vect[0] = temp[0];
 101         vect[1] = temp[1];
 102         vect[2] = temp[2];
 103
 104         return vect;
 105     }
 106
 107     public void preMultiply(float[][] mat) {
 108         float[][] tmp = new float[3][3];
 109
 110         for (int i = 0; i < 3; i++) {
 111             for (int j = 0; j < 3; j++) {
 112                 tmp[i][j] = (mat[i][0] * matrix[0][j]) +
 113                     (mat[i][1] * matrix[1][j]) + (mat[i][2] * matrix[2][j]);
 114             }
 115         }
 116
 117         for (int i = 0; i < 3; i++) {
 118             for (int j = 0; j < 3; j++) {
 119                 matrix[i][j] = tmp[i][j];
 120             }
 121         }
 122     }
 123
 124     public void postMultiply(float[][] mat) {
 125         float[][] tmp = new float[3][3];
 126
 127         for (int i = 0; i < 3; i++) {
 128             for (int j = 0; j < 3; j++) {
 129                 tmp[i][j] = (matrix[i][0] * mat[0][j]) +
 130                     (matrix[i][1] * mat[1][j]) + (matrix[i][2] * mat[2][j]);
 131             }
 132         }
 133
 134         for (int i = 0; i < 3; i++) {
 135             for (int j = 0; j < 3; j++) {
 136                 matrix[i][j] = tmp[i][j];
 137             }
 138         }
 139     }
 140
 141     public void setIdentity() {
 142         matrix[0][0] = 1;
 143         matrix[1][1] = 1;
 144         matrix[2][2] = 1;
 145         matrix[0][1] = 0;
 146         matrix[0][2] = 0;
 147         matrix[1][0] = 0;
 148         matrix[1][2] = 0;
 149         matrix[2][0] = 0;
 150         matrix[2][1] = 0;
 151     }
 152 }