src/MCview/PDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  27 import jalview.gui.FeatureRenderer;
  28 import jalview.gui.SequenceRenderer;
  29 import jalview.io.StructureFile;
  30 import jalview.structure.AtomSpec;
  31 import jalview.structure.StructureListener;
  32 import jalview.structure.StructureMapping;
  33 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  34
  35 import java.awt.Color;
  36 import java.awt.Dimension;
  37 import java.awt.Event;
  38 import java.awt.Font;
  39 import java.awt.Graphics;
  40 import java.awt.Graphics2D;
  41 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  42 import java.awt.Image;
  43 import java.awt.RenderingHints;
  44 import java.awt.event.KeyAdapter;
  45 import java.awt.event.KeyEvent;
  46 import java.awt.event.MouseEvent;
  47 import java.awt.event.MouseListener;
  48 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  49 import java.io.PrintStream;
  50 import java.util.List;
  51 import java.util.Vector;
  52
  53 import javax.swing.JPanel;
  54 import javax.swing.ToolTipManager;
  55
  56 public class PDBCanvas extends JPanel implements MouseListener,
  57         MouseMotionListener, StructureListener
  58 {
  59   boolean redrawneeded = true;
  60
  61   int omx = 0;
  62
  63   int mx = 0;
  64
  65   int omy = 0;
  66
  67   int my = 0;
  68
  69   public StructureFile pdb;
  70
  71   PDBEntry pdbentry;
  72
  73   int bsize;
  74
  75   Image img;
  76
  77   Graphics ig;
  78
  79   Dimension prefsize;
  80
  81   float[] centre = new float[3];
  82
  83   float[] width = new float[3];
  84
  85   float maxwidth;
  86
  87   float scale;
  88
  89   String inStr;
  90
  91   String inType;
  92
  93   boolean bysequence = true;
  94
  95   boolean depthcue = true;
  96
  97   boolean wire = false;
  98
  99   boolean bymolecule = false;
 100
 101   boolean zbuffer = true;
 102
 103   boolean dragging;
 104
 105   int xstart;
 106
 107   int xend;
 108
 109   int ystart;
 110
 111   int yend;
 112
 113   int xmid;
 114
 115   int ymid;
 116
 117   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
 118
 119   jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas;
 120
 121   public SequenceI[] sequence;
 122
 123   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
 124
 125   PDBChain mainchain;
 126
 127   Vector<String> highlightRes;
 128
 129   boolean pdbAction = false;
 130
 131   boolean seqColoursReady = false;
 132
 133   jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer fr;
 134
 135   Color backgroundColour = Color.black;
 136
 137   AlignmentPanel ap;
 138
 139   StructureSelectionManager ssm;
 140
 141   String errorMessage;
 142
 143   void init(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 144           AlignmentPanel ap, String protocol)
 145   {
 146     this.ap = ap;
 147     this.pdbentry = pdbentry;
 148     this.sequence = seq;
 149
 150     ssm = ap.av.getStructureSelectionManager();
 151
 152     try
 153     {
 154       pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol);
 155
 156       if (protocol.equals(jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 157       {
 158         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.getId());
 159       }
 160
 161     } catch (Exception ex)
 162     {
 163       ex.printStackTrace();
 164       return;
 165     }
 166
 167     if (pdb == null)
 168     {
 169       errorMessage = "Error loading file: " + pdbentry.getId();
 170       return;
 171     }
 172     pdbentry.setId(pdb.getId());
 173
 174     ssm.addStructureViewerListener(this);
 175
 176     colourBySequence();
 177
 178     int max = -10;
 179     int maxchain = -1;
 180     int pdbstart = 0;
 181     int pdbend = 0;
 182     int seqstart = 0;
 183     int seqend = 0;
 184
 185     // JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 186     SequenceI sequence = seq[0];
 187
 188     for (int i = 0; i < pdb.getChains().size(); i++)
 189     {
 190
 191       mappingDetails
 192               .append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = "
 193                       + pdb.getChains().elementAt(i).sequence
 194                               .getSequenceAsString());
 195       mappingDetails.append("\nNo of residues = "
 196               + pdb.getChains().elementAt(i).residues.size() + "\n\n");
 197
 198       // Now lets compare the sequences to get
 199       // the start and end points.
 200       // Align the sequence to the pdb
 201       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 202               pdb.getChains().elementAt(i).sequence, "pep");
 203       as.calcScoreMatrix();
 204       as.traceAlignment();
 205       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 206       {
 207         @Override
 208         public void print(String x)
 209         {
 210           mappingDetails.append(x);
 211         }
 212
 213         @Override
 214         public void println()
 215         {
 216           mappingDetails.append("\n");
 217         }
 218       };
 219
 220       as.printAlignment(ps);
 221
 222       if (as.maxscore > max)
 223       {
 224         max = as.maxscore;
 225         maxchain = i;
 226
 227         pdbstart = as.seq2start;
 228         pdbend = as.seq2end;
 229         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 230         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 231       }
 232
 233       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 234       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 235     }
 236
 237     mainchain = pdb.getChains().elementAt(maxchain);
 238
 239     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 240     mainchain.pdbend = pdbend;
 241     mainchain.seqstart = seqstart;
 242     mainchain.seqend = seqend;
 243     mainchain.isVisible = true;
 244
 245     this.pdb = pdb;
 246     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 247
 248     addMouseMotionListener(this);
 249     addMouseListener(this);
 250
 251     addKeyListener(new KeyAdapter()
 252     {
 253       @Override
 254       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 255       {
 256         keyPressed(evt);
 257       }
 258     });
 259
 260     findCentre();
 261     findWidth();
 262
 263     setupBonds();
 264
 265     scale = findScale();
 266
 267     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 268     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 269     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 270   }
 271
 272   Vector<Bond> visiblebonds;
 273
 274   void setupBonds()
 275   {
 276     seqColoursReady = false;
 277     // Sort the bonds by z coord
 278     visiblebonds = new Vector<Bond>();
 279
 280     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 281     {
 282       if (chain.isVisible)
 283       {
 284         for (Bond bond : chain.bonds)
 285         {
 286           visiblebonds.addElement(bond);
 287         }
 288       }
 289     }
 290
 291     updateSeqColours();
 292     seqColoursReady = true;
 293     redrawneeded = true;
 294     repaint();
 295   }
 296
 297   public void findWidth()
 298   {
 299     float[] max = new float[3];
 300     float[] min = new float[3];
 301
 302     max[0] = (float) -1e30;
 303     max[1] = (float) -1e30;
 304     max[2] = (float) -1e30;
 305
 306     min[0] = (float) 1e30;
 307     min[1] = (float) 1e30;
 308     min[2] = (float) 1e30;
 309
 310     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 311     {
 312       if (chain.isVisible)
 313       {
 314         for (Bond tmp : chain.bonds)
 315         {
 316           if (tmp.start[0] >= max[0])
 317           {
 318             max[0] = tmp.start[0];
 319           }
 320
 321           if (tmp.start[1] >= max[1])
 322           {
 323             max[1] = tmp.start[1];
 324           }
 325
 326           if (tmp.start[2] >= max[2])
 327           {
 328             max[2] = tmp.start[2];
 329           }
 330
 331           if (tmp.start[0] <= min[0])
 332           {
 333             min[0] = tmp.start[0];
 334           }
 335
 336           if (tmp.start[1] <= min[1])
 337           {
 338             min[1] = tmp.start[1];
 339           }
 340
 341           if (tmp.start[2] <= min[2])
 342           {
 343             min[2] = tmp.start[2];
 344           }
 345
 346           if (tmp.end[0] >= max[0])
 347           {
 348             max[0] = tmp.end[0];
 349           }
 350
 351           if (tmp.end[1] >= max[1])
 352           {
 353             max[1] = tmp.end[1];
 354           }
 355
 356           if (tmp.end[2] >= max[2])
 357           {
 358             max[2] = tmp.end[2];
 359           }
 360
 361           if (tmp.end[0] <= min[0])
 362           {
 363             min[0] = tmp.end[0];
 364           }
 365
 366           if (tmp.end[1] <= min[1])
 367           {
 368             min[1] = tmp.end[1];
 369           }
 370
 371           if (tmp.end[2] <= min[2])
 372           {
 373             min[2] = tmp.end[2];
 374           }
 375         }
 376       }
 377     }
 378     /*
 379      * System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);
 380      * System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);
 381      * System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);
 382      */
 383
 384     width[0] = Math.abs(max[0] - min[0]);
 385     width[1] = Math.abs(max[1] - min[1]);
 386     width[2] = Math.abs(max[2] - min[2]);
 387
 388     maxwidth = width[0];
 389
 390     if (width[1] > width[0])
 391     {
 392       maxwidth = width[1];
 393     }
 394
 395     if (width[2] > width[1])
 396     {
 397       maxwidth = width[2];
 398     }
 399
 400     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 401   }
 402
 403   public float findScale()
 404   {
 405     int dim;
 406     int width;
 407     int height;
 408
 409     if (getWidth() != 0)
 410     {
 411       width = getWidth();
 412       height = getHeight();
 413     }
 414     else
 415     {
 416       width = prefsize.width;
 417       height = prefsize.height;
 418     }
 419
 420     if (width < height)
 421     {
 422       dim = width;
 423     }
 424     else
 425     {
 426       dim = height;
 427     }
 428
 429     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 430   }
 431
 432   public void findCentre()
 433   {
 434     float xtot = 0;
 435     float ytot = 0;
 436     float ztot = 0;
 437
 438     int bsize = 0;
 439
 440     // Find centre coordinate
 441     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 442     {
 443       if (chain.isVisible)
 444       {
 445         bsize += chain.bonds.size();
 446
 447         for (Bond bond : chain.bonds)
 448         {
 449           xtot = xtot + bond.start[0] + bond.end[0];
 450           ytot = ytot + bond.start[1] + bond.end[1];
 451           ztot = ztot + bond.start[2] + bond.end[2];
 452         }
 453       }
 454     }
 455
 456     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 457     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 458     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 459   }
 460
 461   @Override
 462   public void paintComponent(Graphics g)
 463   {
 464     super.paintComponent(g);
 465
 466     if (!seqColoursReady || errorMessage != null)
 467     {
 468       g.setColor(Color.black);
 469       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 470       g.drawString(errorMessage == null ? "Retrieving PDB data...."
 471               : errorMessage, 20, getHeight() / 2);
 472       return;
 473     }
 474
 475     // Only create the image at the beginning -
 476     // this saves much memory usage
 477     if ((img == null) || (prefsize.width != getWidth())
 478             || (prefsize.height != getHeight()))
 479
 480     {
 481       prefsize.width = getWidth();
 482       prefsize.height = getHeight();
 483
 484       scale = findScale();
 485       img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 486       ig = img.getGraphics();
 487       Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;
 488
 489       ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 490               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 491
 492       redrawneeded = true;
 493     }
 494
 495     if (redrawneeded)
 496     {
 497       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 498       redrawneeded = false;
 499     }
 500
 501     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 502
 503     pdbAction = false;
 504   }
 505
 506   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 507   {
 508     g.setColor(backgroundColour);
 509     g.fillRect(0, 0, width, height);
 510     drawScene(g);
 511     drawLabels(g);
 512   }
 513
 514   public void updateSeqColours()
 515   {
 516     if (pdbAction)
 517     {
 518       return;
 519     }
 520
 521     colourBySequence();
 522
 523     redrawneeded = true;
 524     repaint();
 525   }
 526
 527   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 528   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 529   void colourBySequence()
 530   {
 531     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 532
 533     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 534
 535     boolean showFeatures = false;
 536     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
 537     {
 538       if (fr == null)
 539       {
 540         fr = new FeatureRenderer(ap);
 541       }
 542
 543       fr.transferSettings(ap.alignFrame.getFeatureRenderer());
 544
 545       showFeatures = true;
 546     }
 547
 548     PDBChain chain;
 549     if (bysequence && pdb != null)
 550     {
 551       for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 552       {
 553         chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
 554
 555         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 556         {
 557           Bond tmp = chain.bonds.elementAt(i);
 558           tmp.startCol = Color.lightGray;
 559           tmp.endCol = Color.lightGray;
 560           if (chain != mainchain)
 561           {
 562             continue;
 563           }
 564
 565           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 566           {
 567             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 568             {
 569               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 570               {
 571                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber) - 1;
 572                 if (pos > 0)
 573                 {
 574                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 575                   tmp.startCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 576                   if (showFeatures)
 577                   {
 578                     tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol,
 579                             sequence[s], pos);
 580                   }
 581                 }
 582                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber) - 1;
 583                 if (pos > 0)
 584                 {
 585                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 586                   tmp.endCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 587                   if (showFeatures)
 588                   {
 589                     tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol,
 590                             sequence[s], pos);
 591                   }
 592                 }
 593
 594               }
 595             }
 596           }
 597         }
 598       }
 599     }
 600   }
 601
 602   Zsort zsort;
 603
 604   public void drawScene(Graphics g)
 605   {
 606     if (zbuffer)
 607     {
 608       if (zsort == null)
 609       {
 610         zsort = new Zsort();
 611       }
 612
 613       zsort.sort(visiblebonds);
 614     }
 615
 616     Bond tmpBond = null;
 617     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 618     {
 619       tmpBond = visiblebonds.elementAt(i);
 620
 621       xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 622       ystart = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 623
 624       xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 625       yend = (int) (((centre[1] - tmpBond.end[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 626
 627       xmid = (xend + xstart) / 2;
 628       ymid = (yend + ystart) / 2;
 629       if (depthcue && !bymolecule)
 630       {
 631         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 632         {
 633
 634           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 635           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 636           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 637           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 638
 639         }
 640         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 641         {
 642           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 643           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 644
 645           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 646           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 647         }
 648         else
 649         {
 650           g.setColor(tmpBond.startCol);
 651           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 652
 653           g.setColor(tmpBond.endCol);
 654           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 655         }
 656       }
 657       else if (depthcue && bymolecule)
 658       {
 659         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 660         {
 661           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 662           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 663         }
 664         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 665         {
 666           g.setColor(Color.green.darker());
 667           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 668         }
 669         else
 670         {
 671           g.setColor(Color.green);
 672           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 673         }
 674       }
 675       else if (!depthcue && !bymolecule)
 676       {
 677         g.setColor(tmpBond.startCol);
 678         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 679         g.setColor(tmpBond.endCol);
 680         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 681       }
 682       else
 683       {
 684         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 685       }
 686
 687       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 688       {
 689         g.setColor(tmpBond.endCol.brighter().brighter().brighter()
 690                 .brighter());
 691         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 692       }
 693
 694       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 695       {
 696         g.setColor(tmpBond.startCol.brighter().brighter().brighter()
 697                 .brighter());
 698         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 699       }
 700
 701     }
 702
 703   }
 704
 705   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 706   {
 707     if (!wire)
 708     {
 709       if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 710       {
 711         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 712         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 713         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 714       }
 715       else
 716       {
 717         g.setColor(g.getColor().brighter());
 718         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 719         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 720         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 721       }
 722     }
 723     else
 724     {
 725       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 726     }
 727   }
 728
 729   public Dimension minimumsize()
 730   {
 731     return prefsize;
 732   }
 733
 734   public Dimension preferredsize()
 735   {
 736     return prefsize;
 737   }
 738
 739   public void keyPressed(KeyEvent evt)
 740   {
 741     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 742     {
 743       scale = (float) (scale * 1.1);
 744       redrawneeded = true;
 745       repaint();
 746     }
 747     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 748     {
 749       scale = (float) (scale * 0.9);
 750       redrawneeded = true;
 751       repaint();
 752     }
 753   }
 754
 755   @Override
 756   public void mousePressed(MouseEvent e)
 757   {
 758     pdbAction = true;
 759     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 760     if (fatom != null)
 761     {
 762       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 763
 764       redrawneeded = true;
 765       repaint();
 766       if (foundchain != -1)
 767       {
 768         PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 769         if (chain == mainchain)
 770         {
 771           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 772           {
 773             if (highlightRes == null)
 774             {
 775               highlightRes = new Vector<String>();
 776             }
 777
 778             final String atomString = Integer
 779                     .toString(fatom.alignmentMapping);
 780             if (highlightRes.contains(atomString))
 781             {
 782               highlightRes.remove(atomString);
 783             }
 784             else
 785             {
 786               highlightRes.add(atomString);
 787             }
 788           }
 789         }
 790       }
 791
 792     }
 793     mx = e.getX();
 794     my = e.getY();
 795     omx = mx;
 796     omy = my;
 797     dragging = false;
 798   }
 799
 800   @Override
 801   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 802   {
 803     pdbAction = true;
 804     if (highlightBond1 != null)
 805     {
 806       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 807       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 808       highlightBond1 = null;
 809       highlightBond2 = null;
 810     }
 811
 812     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 813
 814     PDBChain chain = null;
 815     if (foundchain != -1)
 816     {
 817       chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 818       if (chain == mainchain)
 819       {
 820         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 821       }
 822     }
 823
 824     if (fatom != null)
 825     {
 826       this.setToolTipText(chain.id + ":" + fatom.resNumber + " "
 827               + fatom.resName);
 828     }
 829     else
 830     {
 831       mouseOverStructure(-1, chain != null ? chain.id : null);
 832       this.setToolTipText(null);
 833     }
 834   }
 835
 836   @Override
 837   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 838   {
 839   }
 840
 841   @Override
 842   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 843   {
 844   }
 845
 846   @Override
 847   public void mouseExited(MouseEvent e)
 848   {
 849   }
 850
 851   @Override
 852   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 853   {
 854     int x = evt.getX();
 855     int y = evt.getY();
 856     mx = x;
 857     my = y;
 858
 859     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 860     objmat.setIdentity();
 861
 862     if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 863     {
 864       objmat.rotatez(((mx - omx)));
 865     }
 866     else
 867     {
 868       objmat.rotatex(((my - omy)));
 869       objmat.rotatey(((omx - mx)));
 870     }
 871
 872     // Alter the bonds
 873     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 874     {
 875       for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 876       {
 877         // Translate the bond so the centre is 0,0,0
 878         tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 879
 880         // Now apply the rotation matrix
 881         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 882         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 883
 884         // Now translate back again
 885         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 886       }
 887     }
 888
 889     objmat = null;
 890
 891     omx = mx;
 892     omy = my;
 893
 894     dragging = true;
 895
 896     redrawneeded = true;
 897
 898     repaint();
 899   }
 900
 901   @Override
 902   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 903   {
 904     dragging = false;
 905     return;
 906   }
 907
 908   void drawLabels(Graphics g)
 909   {
 910
 911     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 912     {
 913       if (chain.isVisible)
 914       {
 915         for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 916         {
 917           if (tmpBond.at1.isSelected)
 918           {
 919             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 920           }
 921
 922           if (tmpBond.at2.isSelected)
 923           {
 924             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 925           }
 926         }
 927       }
 928     }
 929   }
 930
 931   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 932   {
 933     g.setFont(font);
 934     g.setColor(Color.red);
 935     if (n == 1)
 936     {
 937       int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 938       int ystart = (int) (((centre[1] - b.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 939
 940       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 941     }
 942
 943     if (n == 2)
 944     {
 945       int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 946       int ystart = (int) (((centre[1] - b.end[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 947
 948       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 949     }
 950   }
 951
 952   int foundchain = -1;
 953
 954   public Atom findAtom(int x, int y)
 955   {
 956     Atom fatom = null;
 957
 958     foundchain = -1;
 959
 960     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 961     {
 962       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
 963       int truex;
 964       Bond tmpBond = null;
 965
 966       if (chain.isVisible)
 967       {
 968         for (Bond bond : chain.bonds)
 969         {
 970           tmpBond = bond;
 971
 972           truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 973
 974           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 975           {
 976             int truey = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 977
 978             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 979             {
 980               fatom = tmpBond.at1;
 981               foundchain = ii;
 982               break;
 983             }
 984           }
 985         }
 986
 987         // Still here? Maybe its the last bond
 988
 989         truex = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 990
 991         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 992         {
 993           int truey = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 994
 995           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 996           {
 997             fatom = tmpBond.at2;
 998             foundchain = ii;
 999             break;
1000           }
1001         }
1002
1003       }
1004
1005       if (fatom != null) // )&& chain.ds != null)
1006       { // dead code? value of chain is either overwritten or discarded
1007         chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
1008       }
1009     }
1010
1011     return fatom;
1012   }
1013
1014   Bond highlightBond1, highlightBond2;
1015
1016   public void highlightRes(int ii)
1017   {
1018     if (!seqColoursReady)
1019     {
1020       return;
1021     }
1022
1023     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((ii - 1) + ""))
1024     {
1025       return;
1026     }
1027
1028     int index = -1;
1029     Bond tmpBond;
1030     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1031     {
1032       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1033       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1034       {
1035         if (highlightBond1 != null)
1036         {
1037           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1038         }
1039
1040         if (highlightBond2 != null)
1041         {
1042           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1043         }
1044
1045         highlightBond1 = null;
1046         highlightBond2 = null;
1047
1048         if (index > 0)
1049         {
1050           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1051           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1052         }
1053
1054         if (index != mainchain.bonds.size())
1055         {
1056           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1057           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1058         }
1059
1060         break;
1061       }
1062     }
1063
1064     redrawneeded = true;
1065     repaint();
1066   }
1067
1068   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1069   {
1070     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
1071     {
1072       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
1073       chain.isVisible = b;
1074     }
1075     mainchain.isVisible = true;
1076     findCentre();
1077     setupBonds();
1078   }
1079
1080   // ////////////////////////////////
1081   // /StructureListener
1082   @Override
1083   public String[] getPdbFile()
1084   {
1085     return new String[] { pdbentry.getFile() };
1086   }
1087
1088   String lastMessage;
1089
1090   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1091   {
1092     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum + chain))
1093     {
1094       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1095     }
1096
1097     lastMessage = pdbResNum + chain;
1098   }
1099
1100   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1101
1102   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1103
1104   /**
1105    * Highlight the specified atoms in the structure.
1106    *
1107    * @param atoms
1108    */
1109   @Override
1110   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
1111   {
1112     if (!seqColoursReady)
1113     {
1114       return;
1115     }
1116
1117     for (AtomSpec atom : atoms)
1118     {
1119       int atomIndex = atom.getAtomIndex();
1120       if (highlightRes != null
1121               && highlightRes.contains((atomIndex - 1) + ""))
1122       {
1123         continue;
1124       }
1125
1126       highlightAtom(atomIndex);
1127     }
1128
1129     redrawneeded = true;
1130     repaint();
1131   }
1132
1133   /**
1134    * Highlight the atom at the specified index.
1135    *
1136    * @param atomIndex
1137    */
1138   protected void highlightAtom(int atomIndex)
1139   {
1140     int index = -1;
1141     Bond tmpBond;
1142     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1143     {
1144       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1145       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1146       {
1147         if (highlightBond1 != null)
1148         {
1149           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1150         }
1151
1152         if (highlightBond2 != null)
1153         {
1154           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1155         }
1156
1157         highlightBond1 = null;
1158         highlightBond2 = null;
1159
1160         if (index > 0)
1161         {
1162           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1163           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1164         }
1165
1166         if (index != mainchain.bonds.size())
1167         {
1168           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1169           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1170         }
1171
1172         break;
1173       }
1174     }
1175   }
1176
1177   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1178           String pdbfile)
1179   {
1180     return Color.white;
1181     // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1182     // return null;
1183
1184     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1185   }
1186
1187   @Override
1188   public void updateColours(Object source)
1189   {
1190     colourBySequence();
1191     redrawneeded = true;
1192     repaint();
1193   }
1194
1195   @Override
1196   public void releaseReferences(Object svl)
1197   {
1198     // TODO Auto-generated method stub
1199
1200   }
1201
1202   @Override
1203   public boolean isListeningFor(SequenceI seq)
1204   {
1205     if (sequence != null)
1206     {
1207       for (SequenceI s : sequence)
1208       {
1209         if (s == seq)
1210         {
1211           return true;
1212         }
1213       }
1214     }
1215     return false;
1216   }
1217 }