src/MCview/PDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  27 import jalview.gui.FeatureRenderer;
  28 import jalview.gui.SequenceRenderer;
  29 import jalview.io.StructureFile;
  30 import jalview.structure.AtomSpec;
  31 import jalview.structure.StructureListener;
  32 import jalview.structure.StructureMapping;
  33 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  34
  35 import java.awt.Color;
  36 import java.awt.Dimension;
  37 import java.awt.Event;
  38 import java.awt.Font;
  39 import java.awt.Graphics;
  40 import java.awt.Graphics2D;
  41 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  42 import java.awt.Image;
  43 import java.awt.RenderingHints;
  44 import java.awt.event.KeyAdapter;
  45 import java.awt.event.KeyEvent;
  46 import java.awt.event.MouseEvent;
  47 import java.awt.event.MouseListener;
  48 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  49 import java.io.PrintStream;
  50 import java.util.List;
  51 import java.util.Vector;
  52
  53 import javax.swing.JPanel;
  54 import javax.swing.ToolTipManager;
  55
  56 public class PDBCanvas extends JPanel implements MouseListener,
  57         MouseMotionListener, StructureListener
  58 {
  59   boolean redrawneeded = true;
  60
  61   int omx = 0;
  62
  63   int mx = 0;
  64
  65   int omy = 0;
  66
  67   int my = 0;
  68
  69   public StructureFile pdb;
  70
  71   PDBEntry pdbentry;
  72
  73   int bsize;
  74
  75   Image img;
  76
  77   Graphics ig;
  78
  79   Dimension prefsize;
  80
  81   float[] centre = new float[3];
  82
  83   float[] width = new float[3];
  84
  85   float maxwidth;
  86
  87   float scale;
  88
  89   String inStr;
  90
  91   String inType;
  92
  93   boolean bysequence = true;
  94
  95   boolean depthcue = true;
  96
  97   boolean wire = false;
  98
  99   boolean bymolecule = false;
 100
 101   boolean zbuffer = true;
 102
 103   boolean dragging;
 104
 105   int xstart;
 106
 107   int xend;
 108
 109   int ystart;
 110
 111   int yend;
 112
 113   int xmid;
 114
 115   int ymid;
 116
 117   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
 118
 119   jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas;
 120
 121   public SequenceI[] sequence;
 122
 123   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
 124
 125   PDBChain mainchain;
 126
 127   Vector<String> highlightRes;
 128
 129   boolean pdbAction = false;
 130
 131   boolean seqColoursReady = false;
 132
 133   jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer fr;
 134
 135   Color backgroundColour = Color.black;
 136
 137   AlignmentPanel ap;
 138
 139   StructureSelectionManager ssm;
 140
 141   String errorMessage;
 142
 143   void init(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 144           AlignmentPanel ap, String protocol)
 145   {
 146     this.ap = ap;
 147     this.pdbentry = pdbentry;
 148     this.sequence = seq;
 149
 150     ssm = ap.av.getStructureSelectionManager();
 151
 152     try
 153     {
 154       pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol);
 155
 156       if (protocol.equals(jalview.io.AppletFormatAdapter.PASTE))
 157       {
 158         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.getId());
 159       }
 160
 161     } catch (Exception ex)
 162     {
 163       ex.printStackTrace();
 164       return;
 165     }
 166
 167     if (pdb == null)
 168     {
 169       errorMessage = "Error loading file: " + pdbentry.getId();
 170       return;
 171     }
 172     pdbentry.setId(pdb.getId());
 173
 174     ssm.addStructureViewerListener(this);
 175
 176     colourBySequence();
 177
 178     int max = -10;
 179     int maxchain = -1;
 180     int pdbstart = 0;
 181     int pdbend = 0;
 182     int seqstart = 0;
 183     int seqend = 0;
 184
 185     // JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 186     SequenceI sequence = seq[0];
 187
 188     for (int i = 0; i < pdb.getChains().size(); i++)
 189     {
 190
 191       mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = "
 192               + pdb.getChains().elementAt(i).sequence.getSequenceAsString());
 193       mappingDetails.append("\nNo of residues = "
 194               + pdb.getChains().elementAt(i).residues.size() + "\n\n");
 195
 196       // Now lets compare the sequences to get
 197       // the start and end points.
 198       // Align the sequence to the pdb
 199       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 200               pdb.getChains().elementAt(i).sequence, "pep");
 201       as.calcScoreMatrix();
 202       as.traceAlignment();
 203       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 204       {
 205         @Override
 206         public void print(String x)
 207         {
 208           mappingDetails.append(x);
 209         }
 210
 211         @Override
 212         public void println()
 213         {
 214           mappingDetails.append("\n");
 215         }
 216       };
 217
 218       as.printAlignment(ps);
 219
 220       if (as.maxscore > max)
 221       {
 222         max = as.maxscore;
 223         maxchain = i;
 224
 225         pdbstart = as.seq2start;
 226         pdbend = as.seq2end;
 227         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 228         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 229       }
 230
 231       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 232       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 233     }
 234
 235     mainchain = pdb.getChains().elementAt(maxchain);
 236
 237     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 238     mainchain.pdbend = pdbend;
 239     mainchain.seqstart = seqstart;
 240     mainchain.seqend = seqend;
 241     mainchain.isVisible = true;
 242
 243     this.pdb = pdb;
 244     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 245
 246     addMouseMotionListener(this);
 247     addMouseListener(this);
 248
 249     addKeyListener(new KeyAdapter()
 250     {
 251       @Override
 252       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 253       {
 254         keyPressed(evt);
 255       }
 256     });
 257
 258     findCentre();
 259     findWidth();
 260
 261     setupBonds();
 262
 263     scale = findScale();
 264
 265     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 266     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 267     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 268   }
 269
 270   Vector<Bond> visiblebonds;
 271
 272   void setupBonds()
 273   {
 274     seqColoursReady = false;
 275     // Sort the bonds by z coord
 276     visiblebonds = new Vector<Bond>();
 277
 278     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 279     {
 280       if (chain.isVisible)
 281       {
 282         for (Bond bond : chain.bonds)
 283         {
 284           visiblebonds.addElement(bond);
 285         }
 286       }
 287     }
 288
 289     updateSeqColours();
 290     seqColoursReady = true;
 291     redrawneeded = true;
 292     repaint();
 293   }
 294
 295   public void findWidth()
 296   {
 297     float[] max = new float[3];
 298     float[] min = new float[3];
 299
 300     max[0] = (float) -1e30;
 301     max[1] = (float) -1e30;
 302     max[2] = (float) -1e30;
 303
 304     min[0] = (float) 1e30;
 305     min[1] = (float) 1e30;
 306     min[2] = (float) 1e30;
 307
 308     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 309     {
 310       if (chain.isVisible)
 311       {
 312         for (Bond tmp : chain.bonds)
 313         {
 314           if (tmp.start[0] >= max[0])
 315           {
 316             max[0] = tmp.start[0];
 317           }
 318
 319           if (tmp.start[1] >= max[1])
 320           {
 321             max[1] = tmp.start[1];
 322           }
 323
 324           if (tmp.start[2] >= max[2])
 325           {
 326             max[2] = tmp.start[2];
 327           }
 328
 329           if (tmp.start[0] <= min[0])
 330           {
 331             min[0] = tmp.start[0];
 332           }
 333
 334           if (tmp.start[1] <= min[1])
 335           {
 336             min[1] = tmp.start[1];
 337           }
 338
 339           if (tmp.start[2] <= min[2])
 340           {
 341             min[2] = tmp.start[2];
 342           }
 343
 344           if (tmp.end[0] >= max[0])
 345           {
 346             max[0] = tmp.end[0];
 347           }
 348
 349           if (tmp.end[1] >= max[1])
 350           {
 351             max[1] = tmp.end[1];
 352           }
 353
 354           if (tmp.end[2] >= max[2])
 355           {
 356             max[2] = tmp.end[2];
 357           }
 358
 359           if (tmp.end[0] <= min[0])
 360           {
 361             min[0] = tmp.end[0];
 362           }
 363
 364           if (tmp.end[1] <= min[1])
 365           {
 366             min[1] = tmp.end[1];
 367           }
 368
 369           if (tmp.end[2] <= min[2])
 370           {
 371             min[2] = tmp.end[2];
 372           }
 373         }
 374       }
 375     }
 376     /*
 377      * System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);
 378      * System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);
 379      * System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);
 380      */
 381
 382     width[0] = Math.abs(max[0] - min[0]);
 383     width[1] = Math.abs(max[1] - min[1]);
 384     width[2] = Math.abs(max[2] - min[2]);
 385
 386     maxwidth = width[0];
 387
 388     if (width[1] > width[0])
 389     {
 390       maxwidth = width[1];
 391     }
 392
 393     if (width[2] > width[1])
 394     {
 395       maxwidth = width[2];
 396     }
 397
 398     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 399   }
 400
 401   public float findScale()
 402   {
 403     int dim;
 404     int width;
 405     int height;
 406
 407     if (getWidth() != 0)
 408     {
 409       width = getWidth();
 410       height = getHeight();
 411     }
 412     else
 413     {
 414       width = prefsize.width;
 415       height = prefsize.height;
 416     }
 417
 418     if (width < height)
 419     {
 420       dim = width;
 421     }
 422     else
 423     {
 424       dim = height;
 425     }
 426
 427     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 428   }
 429
 430   public void findCentre()
 431   {
 432     float xtot = 0;
 433     float ytot = 0;
 434     float ztot = 0;
 435
 436     int bsize = 0;
 437
 438     // Find centre coordinate
 439     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 440     {
 441       if (chain.isVisible)
 442       {
 443         bsize += chain.bonds.size();
 444
 445         for (Bond bond : chain.bonds)
 446         {
 447           xtot = xtot + bond.start[0] + bond.end[0];
 448           ytot = ytot + bond.start[1] + bond.end[1];
 449           ztot = ztot + bond.start[2] + bond.end[2];
 450         }
 451       }
 452     }
 453
 454     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 455     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 456     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 457   }
 458
 459   @Override
 460   public void paintComponent(Graphics g)
 461   {
 462     super.paintComponent(g);
 463
 464     if (!seqColoursReady || errorMessage != null)
 465     {
 466       g.setColor(Color.black);
 467       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 468       g.drawString(errorMessage == null ? "Retrieving PDB data...."
 469               : errorMessage, 20, getHeight() / 2);
 470       return;
 471     }
 472
 473     // Only create the image at the beginning -
 474     // this saves much memory usage
 475     if ((img == null) || (prefsize.width != getWidth())
 476             || (prefsize.height != getHeight()))
 477
 478     {
 479       prefsize.width = getWidth();
 480       prefsize.height = getHeight();
 481
 482       scale = findScale();
 483       img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 484       ig = img.getGraphics();
 485       Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;
 486
 487       ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 488               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 489
 490       redrawneeded = true;
 491     }
 492
 493     if (redrawneeded)
 494     {
 495       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 496       redrawneeded = false;
 497     }
 498
 499     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 500
 501     pdbAction = false;
 502   }
 503
 504   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 505   {
 506     g.setColor(backgroundColour);
 507     g.fillRect(0, 0, width, height);
 508     drawScene(g);
 509     drawLabels(g);
 510   }
 511
 512   public void updateSeqColours()
 513   {
 514     if (pdbAction)
 515     {
 516       return;
 517     }
 518
 519     colourBySequence();
 520
 521     redrawneeded = true;
 522     repaint();
 523   }
 524
 525   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 526   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 527   void colourBySequence()
 528   {
 529     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 530
 531     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 532
 533     boolean showFeatures = false;
 534     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
 535     {
 536       if (fr == null)
 537       {
 538         fr = new FeatureRenderer(ap);
 539       }
 540
 541       fr.transferSettings(ap.alignFrame.getFeatureRenderer());
 542
 543       showFeatures = true;
 544     }
 545
 546     PDBChain chain;
 547     if (bysequence && pdb != null)
 548     {
 549       for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 550       {
 551         chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
 552
 553         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 554         {
 555           Bond tmp = chain.bonds.elementAt(i);
 556           tmp.startCol = Color.lightGray;
 557           tmp.endCol = Color.lightGray;
 558           if (chain != mainchain)
 559           {
 560             continue;
 561           }
 562
 563           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 564           {
 565             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 566             {
 567               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 568               {
 569                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber) - 1;
 570                 if (pos > 0)
 571                 {
 572                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 573                   tmp.startCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 574                   if (showFeatures)
 575                   {
 576                     tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol,
 577                             sequence[s], pos);
 578                   }
 579                 }
 580                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber) - 1;
 581                 if (pos > 0)
 582                 {
 583                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 584                   tmp.endCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 585                   if (showFeatures)
 586                   {
 587                     tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol,
 588                             sequence[s], pos);
 589                   }
 590                 }
 591
 592               }
 593             }
 594           }
 595         }
 596       }
 597     }
 598   }
 599
 600   Zsort zsort;
 601
 602   public void drawScene(Graphics g)
 603   {
 604     if (zbuffer)
 605     {
 606       if (zsort == null)
 607       {
 608         zsort = new Zsort();
 609       }
 610
 611       zsort.sort(visiblebonds);
 612     }
 613
 614     Bond tmpBond = null;
 615     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 616     {
 617       tmpBond = visiblebonds.elementAt(i);
 618
 619       xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 620       ystart = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 621
 622       xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 623       yend = (int) (((centre[1] - tmpBond.end[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 624
 625       xmid = (xend + xstart) / 2;
 626       ymid = (yend + ystart) / 2;
 627       if (depthcue && !bymolecule)
 628       {
 629         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 630         {
 631
 632           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 633           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 634           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 635           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 636
 637         }
 638         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 639         {
 640           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 641           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 642
 643           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 644           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 645         }
 646         else
 647         {
 648           g.setColor(tmpBond.startCol);
 649           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 650
 651           g.setColor(tmpBond.endCol);
 652           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 653         }
 654       }
 655       else if (depthcue && bymolecule)
 656       {
 657         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 658         {
 659           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 660           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 661         }
 662         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 663         {
 664           g.setColor(Color.green.darker());
 665           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 666         }
 667         else
 668         {
 669           g.setColor(Color.green);
 670           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 671         }
 672       }
 673       else if (!depthcue && !bymolecule)
 674       {
 675         g.setColor(tmpBond.startCol);
 676         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 677         g.setColor(tmpBond.endCol);
 678         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 679       }
 680       else
 681       {
 682         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 683       }
 684
 685       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 686       {
 687         g.setColor(tmpBond.endCol.brighter().brighter().brighter()
 688                 .brighter());
 689         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 690       }
 691
 692       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 693       {
 694         g.setColor(tmpBond.startCol.brighter().brighter().brighter()
 695                 .brighter());
 696         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 697       }
 698
 699     }
 700
 701   }
 702
 703   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 704   {
 705     if (!wire)
 706     {
 707       if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 708       {
 709         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 710         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 711         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 712       }
 713       else
 714       {
 715         g.setColor(g.getColor().brighter());
 716         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 717         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 718         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 719       }
 720     }
 721     else
 722     {
 723       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 724     }
 725   }
 726
 727   public Dimension minimumsize()
 728   {
 729     return prefsize;
 730   }
 731
 732   public Dimension preferredsize()
 733   {
 734     return prefsize;
 735   }
 736
 737   public void keyPressed(KeyEvent evt)
 738   {
 739     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 740     {
 741       scale = (float) (scale * 1.1);
 742       redrawneeded = true;
 743       repaint();
 744     }
 745     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 746     {
 747       scale = (float) (scale * 0.9);
 748       redrawneeded = true;
 749       repaint();
 750     }
 751   }
 752
 753   @Override
 754   public void mousePressed(MouseEvent e)
 755   {
 756     pdbAction = true;
 757     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 758     if (fatom != null)
 759     {
 760       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 761
 762       redrawneeded = true;
 763       repaint();
 764       if (foundchain != -1)
 765       {
 766         PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 767         if (chain == mainchain)
 768         {
 769           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 770           {
 771             if (highlightRes == null)
 772             {
 773               highlightRes = new Vector<String>();
 774             }
 775
 776             final String atomString = Integer
 777                     .toString(fatom.alignmentMapping);
 778             if (highlightRes.contains(atomString))
 779             {
 780               highlightRes.remove(atomString);
 781             }
 782             else
 783             {
 784               highlightRes.add(atomString);
 785             }
 786           }
 787         }
 788       }
 789
 790     }
 791     mx = e.getX();
 792     my = e.getY();
 793     omx = mx;
 794     omy = my;
 795     dragging = false;
 796   }
 797
 798   @Override
 799   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 800   {
 801     pdbAction = true;
 802     if (highlightBond1 != null)
 803     {
 804       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 805       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 806       highlightBond1 = null;
 807       highlightBond2 = null;
 808     }
 809
 810     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 811
 812     PDBChain chain = null;
 813     if (foundchain != -1)
 814     {
 815       chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 816       if (chain == mainchain)
 817       {
 818         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 819       }
 820     }
 821
 822     if (fatom != null)
 823     {
 824       this.setToolTipText(chain.id + ":" + fatom.resNumber + " "
 825               + fatom.resName);
 826     }
 827     else
 828     {
 829       mouseOverStructure(-1, chain != null ? chain.id : null);
 830       this.setToolTipText(null);
 831     }
 832   }
 833
 834   @Override
 835   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 836   {
 837   }
 838
 839   @Override
 840   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 841   {
 842   }
 843
 844   @Override
 845   public void mouseExited(MouseEvent e)
 846   {
 847   }
 848
 849   @Override
 850   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 851   {
 852     int x = evt.getX();
 853     int y = evt.getY();
 854     mx = x;
 855     my = y;
 856
 857     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 858     objmat.setIdentity();
 859
 860     if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 861     {
 862       objmat.rotatez(((mx - omx)));
 863     }
 864     else
 865     {
 866       objmat.rotatex(((my - omy)));
 867       objmat.rotatey(((omx - mx)));
 868     }
 869
 870     // Alter the bonds
 871     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 872     {
 873       for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 874       {
 875         // Translate the bond so the centre is 0,0,0
 876         tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 877
 878         // Now apply the rotation matrix
 879         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 880         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 881
 882         // Now translate back again
 883         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 884       }
 885     }
 886
 887     objmat = null;
 888
 889     omx = mx;
 890     omy = my;
 891
 892     dragging = true;
 893
 894     redrawneeded = true;
 895
 896     repaint();
 897   }
 898
 899   @Override
 900   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 901   {
 902     dragging = false;
 903     return;
 904   }
 905
 906   void drawLabels(Graphics g)
 907   {
 908
 909     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 910     {
 911       if (chain.isVisible)
 912       {
 913         for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 914         {
 915           if (tmpBond.at1.isSelected)
 916           {
 917             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 918           }
 919
 920           if (tmpBond.at2.isSelected)
 921           {
 922             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 923           }
 924         }
 925       }
 926     }
 927   }
 928
 929   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 930   {
 931     g.setFont(font);
 932     g.setColor(Color.red);
 933     if (n == 1)
 934     {
 935       int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 936       int ystart = (int) (((centre[1] - b.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 937
 938       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 939     }
 940
 941     if (n == 2)
 942     {
 943       int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 944       int ystart = (int) (((centre[1] - b.end[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 945
 946       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 947     }
 948   }
 949
 950   int foundchain = -1;
 951
 952   public Atom findAtom(int x, int y)
 953   {
 954     Atom fatom = null;
 955
 956     foundchain = -1;
 957
 958     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 959     {
 960       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
 961       int truex;
 962       Bond tmpBond = null;
 963
 964       if (chain.isVisible)
 965       {
 966         for (Bond bond : chain.bonds)
 967         {
 968           tmpBond = bond;
 969
 970           truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 971
 972           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 973           {
 974             int truey = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 975
 976             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 977             {
 978               fatom = tmpBond.at1;
 979               foundchain = ii;
 980               break;
 981             }
 982           }
 983         }
 984
 985         // Still here? Maybe its the last bond
 986
 987         truex = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 988
 989         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 990         {
 991           int truey = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 992
 993           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 994           {
 995             fatom = tmpBond.at2;
 996             foundchain = ii;
 997             break;
 998           }
 999         }
1000
1001       }
1002
1003       if (fatom != null) // )&& chain.ds != null)
1004       { // dead code? value of chain is either overwritten or discarded
1005         chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
1006       }
1007     }
1008
1009     return fatom;
1010   }
1011
1012   Bond highlightBond1, highlightBond2;
1013
1014   public void highlightRes(int ii)
1015   {
1016     if (!seqColoursReady)
1017     {
1018       return;
1019     }
1020
1021     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((ii - 1) + ""))
1022     {
1023       return;
1024     }
1025
1026     int index = -1;
1027     Bond tmpBond;
1028     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1029     {
1030       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1031       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1032       {
1033         if (highlightBond1 != null)
1034         {
1035           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1036         }
1037
1038         if (highlightBond2 != null)
1039         {
1040           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1041         }
1042
1043         highlightBond1 = null;
1044         highlightBond2 = null;
1045
1046         if (index > 0)
1047         {
1048           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1049           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1050         }
1051
1052         if (index != mainchain.bonds.size())
1053         {
1054           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1055           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1056         }
1057
1058         break;
1059       }
1060     }
1061
1062     redrawneeded = true;
1063     repaint();
1064   }
1065
1066   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1067   {
1068     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
1069     {
1070       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
1071       chain.isVisible = b;
1072     }
1073     mainchain.isVisible = true;
1074     findCentre();
1075     setupBonds();
1076   }
1077
1078   // ////////////////////////////////
1079   // /StructureListener
1080   @Override
1081   public String[] getPdbFile()
1082   {
1083     return new String[] { pdbentry.getFile() };
1084   }
1085
1086   String lastMessage;
1087
1088   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1089   {
1090     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum + chain))
1091     {
1092       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1093     }
1094
1095     lastMessage = pdbResNum + chain;
1096   }
1097
1098   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1099
1100   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1101
1102   /**
1103    * Highlight the specified atoms in the structure.
1104    *
1105    * @param atoms
1106    */
1107   @Override
1108   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
1109   {
1110     if (!seqColoursReady)
1111     {
1112       return;
1113     }
1114
1115     for (AtomSpec atom : atoms)
1116     {
1117       int atomIndex = atom.getAtomIndex();
1118       if (highlightRes != null
1119               && highlightRes.contains((atomIndex - 1) + ""))
1120       {
1121         continue;
1122       }
1123
1124       highlightAtom(atomIndex);
1125     }
1126
1127     redrawneeded = true;
1128     repaint();
1129   }
1130
1131   /**
1132    * Highlight the atom at the specified index.
1133    *
1134    * @param atomIndex
1135    */
1136   protected void highlightAtom(int atomIndex)
1137   {
1138     int index = -1;
1139     Bond tmpBond;
1140     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1141     {
1142       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1143       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1144       {
1145         if (highlightBond1 != null)
1146         {
1147           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1148         }
1149
1150         if (highlightBond2 != null)
1151         {
1152           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1153         }
1154
1155         highlightBond1 = null;
1156         highlightBond2 = null;
1157
1158         if (index > 0)
1159         {
1160           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1161           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1162         }
1163
1164         if (index != mainchain.bonds.size())
1165         {
1166           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1167           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1168         }
1169
1170         break;
1171       }
1172     }
1173   }
1174
1175   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1176           String pdbfile)
1177   {
1178     return Color.white;
1179     // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1180     // return null;
1181
1182     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1183   }
1184
1185   @Override
1186   public void updateColours(Object source)
1187   {
1188     colourBySequence();
1189     redrawneeded = true;
1190     repaint();
1191   }
1192
1193   @Override
1194   public void releaseReferences(Object svl)
1195   {
1196     // TODO Auto-generated method stub
1197
1198   }
1199
1200   @Override
1201   public boolean isListeningFor(SequenceI seq)
1202   {
1203     if (sequence != null)
1204     {
1205       for (SequenceI s : sequence)
1206       {
1207         if (s == seq)
1208         {
1209           return true;
1210         }
1211       }
1212     }
1213     return false;
1214   }
1215 }