src/MCview/PDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  27 import jalview.gui.FeatureRenderer;
  28 import jalview.gui.SequenceRenderer;
  29 import jalview.io.DataSourceType;
  30 import jalview.io.StructureFile;
  31 import jalview.structure.AtomSpec;
  32 import jalview.structure.StructureListener;
  33 import jalview.structure.StructureMapping;
  34 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  35
  36 import java.awt.Color;
  37 import java.awt.Dimension;
  38 import java.awt.Event;
  39 import java.awt.Font;
  40 import java.awt.Graphics;
  41 import java.awt.Graphics2D;
  42 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  43 import java.awt.Image;
  44 import java.awt.RenderingHints;
  45 import java.awt.event.KeyAdapter;
  46 import java.awt.event.KeyEvent;
  47 import java.awt.event.MouseEvent;
  48 import java.awt.event.MouseListener;
  49 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  50 import java.io.PrintStream;
  51 import java.util.List;
  52 import java.util.Vector;
  53
  54 import javax.swing.JPanel;
  55 import javax.swing.ToolTipManager;
  56
  57 public class PDBCanvas extends JPanel implements MouseListener,
  58         MouseMotionListener, StructureListener
  59 {
  60   boolean redrawneeded = true;
  61
  62   int omx = 0;
  63
  64   int mx = 0;
  65
  66   int omy = 0;
  67
  68   int my = 0;
  69
  70   public StructureFile pdb;
  71
  72   PDBEntry pdbentry;
  73
  74   int bsize;
  75
  76   Image img;
  77
  78   Graphics ig;
  79
  80   Dimension prefsize;
  81
  82   float[] centre = new float[3];
  83
  84   float[] width = new float[3];
  85
  86   float maxwidth;
  87
  88   float scale;
  89
  90   String inStr;
  91
  92   String inType;
  93
  94   boolean bysequence = true;
  95
  96   boolean depthcue = true;
  97
  98   boolean wire = false;
  99
 100   boolean bymolecule = false;
 101
 102   boolean zbuffer = true;
 103
 104   boolean dragging;
 105
 106   int xstart;
 107
 108   int xend;
 109
 110   int ystart;
 111
 112   int yend;
 113
 114   int xmid;
 115
 116   int ymid;
 117
 118   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
 119
 120   jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas;
 121
 122   public SequenceI[] sequence;
 123
 124   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
 125
 126   PDBChain mainchain;
 127
 128   Vector<String> highlightRes;
 129
 130   boolean pdbAction = false;
 131
 132   boolean seqColoursReady = false;
 133
 134   jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer fr;
 135
 136   Color backgroundColour = Color.black;
 137
 138   AlignmentPanel ap;
 139
 140   StructureSelectionManager ssm;
 141
 142   String errorMessage;
 143
 144   void init(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 145           AlignmentPanel ap, DataSourceType protocol)
 146   {
 147     this.ap = ap;
 148     this.pdbentry = pdbentry;
 149     this.sequence = seq;
 150
 151     ssm = ap.av.getStructureSelectionManager();
 152
 153     try
 154     {
 155       pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol);
 156
 157       if (protocol.equals(jalview.io.DataSourceType.PASTE))
 158       {
 159         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.getId());
 160       }
 161
 162     } catch (Exception ex)
 163     {
 164       ex.printStackTrace();
 165       return;
 166     }
 167
 168     if (pdb == null)
 169     {
 170       errorMessage = "Error loading file: " + pdbentry.getId();
 171       return;
 172     }
 173     pdbentry.setId(pdb.getId());
 174
 175     ssm.addStructureViewerListener(this);
 176
 177     colourBySequence();
 178
 179     int max = -10;
 180     int maxchain = -1;
 181     int pdbstart = 0;
 182     int pdbend = 0;
 183     int seqstart = 0;
 184     int seqend = 0;
 185
 186     // JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 187     SequenceI sequence = seq[0];
 188
 189     for (int i = 0; i < pdb.getChains().size(); i++)
 190     {
 191
 192       mappingDetails
 193               .append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = "
 194                       + pdb.getChains().elementAt(i).sequence
 195                               .getSequenceAsString());
 196       mappingDetails.append("\nNo of residues = "
 197               + pdb.getChains().elementAt(i).residues.size() + "\n\n");
 198
 199       // Now lets compare the sequences to get
 200       // the start and end points.
 201       // Align the sequence to the pdb
 202       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 203               pdb.getChains().elementAt(i).sequence, "pep");
 204       as.calcScoreMatrix();
 205       as.traceAlignment();
 206       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 207       {
 208         @Override
 209         public void print(String x)
 210         {
 211           mappingDetails.append(x);
 212         }
 213
 214         @Override
 215         public void println()
 216         {
 217           mappingDetails.append("\n");
 218         }
 219       };
 220
 221       as.printAlignment(ps);
 222
 223       if (as.maxscore > max)
 224       {
 225         max = as.maxscore;
 226         maxchain = i;
 227
 228         pdbstart = as.seq2start;
 229         pdbend = as.seq2end;
 230         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 231         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 232       }
 233
 234       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 235       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 236     }
 237
 238     mainchain = pdb.getChains().elementAt(maxchain);
 239
 240     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 241     mainchain.pdbend = pdbend;
 242     mainchain.seqstart = seqstart;
 243     mainchain.seqend = seqend;
 244     mainchain.isVisible = true;
 245
 246     this.pdb = pdb;
 247     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 248
 249     addMouseMotionListener(this);
 250     addMouseListener(this);
 251
 252     addKeyListener(new KeyAdapter()
 253     {
 254       @Override
 255       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 256       {
 257         keyPressed(evt);
 258       }
 259     });
 260
 261     findCentre();
 262     findWidth();
 263
 264     setupBonds();
 265
 266     scale = findScale();
 267
 268     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 269     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 270     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 271   }
 272
 273   Vector<Bond> visiblebonds;
 274
 275   void setupBonds()
 276   {
 277     seqColoursReady = false;
 278     // Sort the bonds by z coord
 279     visiblebonds = new Vector<Bond>();
 280
 281     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 282     {
 283       if (chain.isVisible)
 284       {
 285         for (Bond bond : chain.bonds)
 286         {
 287           visiblebonds.addElement(bond);
 288         }
 289       }
 290     }
 291
 292     updateSeqColours();
 293     seqColoursReady = true;
 294     redrawneeded = true;
 295     repaint();
 296   }
 297
 298   public void findWidth()
 299   {
 300     float[] max = new float[3];
 301     float[] min = new float[3];
 302
 303     max[0] = (float) -1e30;
 304     max[1] = (float) -1e30;
 305     max[2] = (float) -1e30;
 306
 307     min[0] = (float) 1e30;
 308     min[1] = (float) 1e30;
 309     min[2] = (float) 1e30;
 310
 311     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 312     {
 313       if (chain.isVisible)
 314       {
 315         for (Bond tmp : chain.bonds)
 316         {
 317           if (tmp.start[0] >= max[0])
 318           {
 319             max[0] = tmp.start[0];
 320           }
 321
 322           if (tmp.start[1] >= max[1])
 323           {
 324             max[1] = tmp.start[1];
 325           }
 326
 327           if (tmp.start[2] >= max[2])
 328           {
 329             max[2] = tmp.start[2];
 330           }
 331
 332           if (tmp.start[0] <= min[0])
 333           {
 334             min[0] = tmp.start[0];
 335           }
 336
 337           if (tmp.start[1] <= min[1])
 338           {
 339             min[1] = tmp.start[1];
 340           }
 341
 342           if (tmp.start[2] <= min[2])
 343           {
 344             min[2] = tmp.start[2];
 345           }
 346
 347           if (tmp.end[0] >= max[0])
 348           {
 349             max[0] = tmp.end[0];
 350           }
 351
 352           if (tmp.end[1] >= max[1])
 353           {
 354             max[1] = tmp.end[1];
 355           }
 356
 357           if (tmp.end[2] >= max[2])
 358           {
 359             max[2] = tmp.end[2];
 360           }
 361
 362           if (tmp.end[0] <= min[0])
 363           {
 364             min[0] = tmp.end[0];
 365           }
 366
 367           if (tmp.end[1] <= min[1])
 368           {
 369             min[1] = tmp.end[1];
 370           }
 371
 372           if (tmp.end[2] <= min[2])
 373           {
 374             min[2] = tmp.end[2];
 375           }
 376         }
 377       }
 378     }
 379     /*
 380      * System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);
 381      * System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);
 382      * System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);
 383      */
 384
 385     width[0] = Math.abs(max[0] - min[0]);
 386     width[1] = Math.abs(max[1] - min[1]);
 387     width[2] = Math.abs(max[2] - min[2]);
 388
 389     maxwidth = width[0];
 390
 391     if (width[1] > width[0])
 392     {
 393       maxwidth = width[1];
 394     }
 395
 396     if (width[2] > width[1])
 397     {
 398       maxwidth = width[2];
 399     }
 400
 401     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 402   }
 403
 404   public float findScale()
 405   {
 406     int dim;
 407     int width;
 408     int height;
 409
 410     if (getWidth() != 0)
 411     {
 412       width = getWidth();
 413       height = getHeight();
 414     }
 415     else
 416     {
 417       width = prefsize.width;
 418       height = prefsize.height;
 419     }
 420
 421     if (width < height)
 422     {
 423       dim = width;
 424     }
 425     else
 426     {
 427       dim = height;
 428     }
 429
 430     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 431   }
 432
 433   public void findCentre()
 434   {
 435     float xtot = 0;
 436     float ytot = 0;
 437     float ztot = 0;
 438
 439     int bsize = 0;
 440
 441     // Find centre coordinate
 442     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 443     {
 444       if (chain.isVisible)
 445       {
 446         bsize += chain.bonds.size();
 447
 448         for (Bond bond : chain.bonds)
 449         {
 450           xtot = xtot + bond.start[0] + bond.end[0];
 451           ytot = ytot + bond.start[1] + bond.end[1];
 452           ztot = ztot + bond.start[2] + bond.end[2];
 453         }
 454       }
 455     }
 456
 457     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 458     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 459     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 460   }
 461
 462   @Override
 463   public void paintComponent(Graphics g)
 464   {
 465     super.paintComponent(g);
 466
 467     if (!seqColoursReady || errorMessage != null)
 468     {
 469       g.setColor(Color.black);
 470       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 471       g.drawString(errorMessage == null ? "Retrieving PDB data...."
 472               : errorMessage, 20, getHeight() / 2);
 473       return;
 474     }
 475
 476     // Only create the image at the beginning -
 477     // this saves much memory usage
 478     if ((img == null) || (prefsize.width != getWidth())
 479             || (prefsize.height != getHeight()))
 480
 481     {
 482       prefsize.width = getWidth();
 483       prefsize.height = getHeight();
 484
 485       scale = findScale();
 486       img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 487       ig = img.getGraphics();
 488       Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;
 489
 490       ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 491               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 492
 493       redrawneeded = true;
 494     }
 495
 496     if (redrawneeded)
 497     {
 498       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 499       redrawneeded = false;
 500     }
 501
 502     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 503
 504     pdbAction = false;
 505   }
 506
 507   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 508   {
 509     g.setColor(backgroundColour);
 510     g.fillRect(0, 0, width, height);
 511     drawScene(g);
 512     drawLabels(g);
 513   }
 514
 515   public void updateSeqColours()
 516   {
 517     if (pdbAction)
 518     {
 519       return;
 520     }
 521
 522     colourBySequence();
 523
 524     redrawneeded = true;
 525     repaint();
 526   }
 527
 528   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 529   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 530   void colourBySequence()
 531   {
 532     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 533
 534     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 535
 536     boolean showFeatures = false;
 537     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
 538     {
 539       if (fr == null)
 540       {
 541         fr = new FeatureRenderer(ap);
 542       }
 543
 544       fr.transferSettings(ap.alignFrame.getFeatureRenderer());
 545
 546       showFeatures = true;
 547     }
 548
 549     PDBChain chain;
 550     if (bysequence && pdb != null)
 551     {
 552       for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 553       {
 554         chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
 555
 556         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 557         {
 558           Bond tmp = chain.bonds.elementAt(i);
 559           tmp.startCol = Color.lightGray;
 560           tmp.endCol = Color.lightGray;
 561           if (chain != mainchain)
 562           {
 563             continue;
 564           }
 565
 566           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 567           {
 568             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 569             {
 570               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 571               {
 572                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber) - 1;
 573                 if (pos > 0)
 574                 {
 575                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 576                   tmp.startCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 577                   if (showFeatures)
 578                   {
 579                     tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol,
 580                             sequence[s], pos);
 581                   }
 582                 }
 583                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber) - 1;
 584                 if (pos > 0)
 585                 {
 586                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 587                   tmp.endCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 588                   if (showFeatures)
 589                   {
 590                     tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol,
 591                             sequence[s], pos);
 592                   }
 593                 }
 594
 595               }
 596             }
 597           }
 598         }
 599       }
 600     }
 601   }
 602
 603   Zsort zsort;
 604
 605   public void drawScene(Graphics g)
 606   {
 607     if (zbuffer)
 608     {
 609       if (zsort == null)
 610       {
 611         zsort = new Zsort();
 612       }
 613
 614       zsort.sort(visiblebonds);
 615     }
 616
 617     Bond tmpBond = null;
 618     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 619     {
 620       tmpBond = visiblebonds.elementAt(i);
 621
 622       xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 623       ystart = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 624
 625       xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 626       yend = (int) (((centre[1] - tmpBond.end[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 627
 628       xmid = (xend + xstart) / 2;
 629       ymid = (yend + ystart) / 2;
 630       if (depthcue && !bymolecule)
 631       {
 632         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 633         {
 634
 635           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 636           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 637           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 638           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 639
 640         }
 641         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 642         {
 643           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 644           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 645
 646           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 647           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 648         }
 649         else
 650         {
 651           g.setColor(tmpBond.startCol);
 652           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 653
 654           g.setColor(tmpBond.endCol);
 655           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 656         }
 657       }
 658       else if (depthcue && bymolecule)
 659       {
 660         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 661         {
 662           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 663           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 664         }
 665         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 666         {
 667           g.setColor(Color.green.darker());
 668           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 669         }
 670         else
 671         {
 672           g.setColor(Color.green);
 673           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 674         }
 675       }
 676       else if (!depthcue && !bymolecule)
 677       {
 678         g.setColor(tmpBond.startCol);
 679         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 680         g.setColor(tmpBond.endCol);
 681         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 682       }
 683       else
 684       {
 685         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 686       }
 687
 688       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 689       {
 690         g.setColor(tmpBond.endCol.brighter().brighter().brighter()
 691                 .brighter());
 692         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 693       }
 694
 695       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 696       {
 697         g.setColor(tmpBond.startCol.brighter().brighter().brighter()
 698                 .brighter());
 699         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 700       }
 701
 702     }
 703
 704   }
 705
 706   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 707   {
 708     if (!wire)
 709     {
 710       if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 711       {
 712         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 713         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 714         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 715       }
 716       else
 717       {
 718         g.setColor(g.getColor().brighter());
 719         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 720         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 721         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 722       }
 723     }
 724     else
 725     {
 726       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 727     }
 728   }
 729
 730   public Dimension minimumsize()
 731   {
 732     return prefsize;
 733   }
 734
 735   public Dimension preferredsize()
 736   {
 737     return prefsize;
 738   }
 739
 740   public void keyPressed(KeyEvent evt)
 741   {
 742     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 743     {
 744       scale = (float) (scale * 1.1);
 745       redrawneeded = true;
 746       repaint();
 747     }
 748     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 749     {
 750       scale = (float) (scale * 0.9);
 751       redrawneeded = true;
 752       repaint();
 753     }
 754   }
 755
 756   @Override
 757   public void mousePressed(MouseEvent e)
 758   {
 759     pdbAction = true;
 760     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 761     if (fatom != null)
 762     {
 763       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 764
 765       redrawneeded = true;
 766       repaint();
 767       if (foundchain != -1)
 768       {
 769         PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 770         if (chain == mainchain)
 771         {
 772           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 773           {
 774             if (highlightRes == null)
 775             {
 776               highlightRes = new Vector<String>();
 777             }
 778
 779             final String atomString = Integer
 780                     .toString(fatom.alignmentMapping);
 781             if (highlightRes.contains(atomString))
 782             {
 783               highlightRes.remove(atomString);
 784             }
 785             else
 786             {
 787               highlightRes.add(atomString);
 788             }
 789           }
 790         }
 791       }
 792
 793     }
 794     mx = e.getX();
 795     my = e.getY();
 796     omx = mx;
 797     omy = my;
 798     dragging = false;
 799   }
 800
 801   @Override
 802   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 803   {
 804     pdbAction = true;
 805     if (highlightBond1 != null)
 806     {
 807       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 808       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 809       highlightBond1 = null;
 810       highlightBond2 = null;
 811     }
 812
 813     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 814
 815     PDBChain chain = null;
 816     if (foundchain != -1)
 817     {
 818       chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 819       if (chain == mainchain)
 820       {
 821         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 822       }
 823     }
 824
 825     if (fatom != null)
 826     {
 827       this.setToolTipText(chain.id + ":" + fatom.resNumber + " "
 828               + fatom.resName);
 829     }
 830     else
 831     {
 832       mouseOverStructure(-1, chain != null ? chain.id : null);
 833       this.setToolTipText(null);
 834     }
 835   }
 836
 837   @Override
 838   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 839   {
 840   }
 841
 842   @Override
 843   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 844   {
 845   }
 846
 847   @Override
 848   public void mouseExited(MouseEvent e)
 849   {
 850   }
 851
 852   @Override
 853   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 854   {
 855     int x = evt.getX();
 856     int y = evt.getY();
 857     mx = x;
 858     my = y;
 859
 860     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 861     objmat.setIdentity();
 862
 863     if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 864     {
 865       objmat.rotatez(((mx - omx)));
 866     }
 867     else
 868     {
 869       objmat.rotatex(((my - omy)));
 870       objmat.rotatey(((omx - mx)));
 871     }
 872
 873     // Alter the bonds
 874     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 875     {
 876       for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 877       {
 878         // Translate the bond so the centre is 0,0,0
 879         tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 880
 881         // Now apply the rotation matrix
 882         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 883         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 884
 885         // Now translate back again
 886         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 887       }
 888     }
 889
 890     objmat = null;
 891
 892     omx = mx;
 893     omy = my;
 894
 895     dragging = true;
 896
 897     redrawneeded = true;
 898
 899     repaint();
 900   }
 901
 902   @Override
 903   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 904   {
 905     dragging = false;
 906     return;
 907   }
 908
 909   void drawLabels(Graphics g)
 910   {
 911
 912     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 913     {
 914       if (chain.isVisible)
 915       {
 916         for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 917         {
 918           if (tmpBond.at1.isSelected)
 919           {
 920             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 921           }
 922
 923           if (tmpBond.at2.isSelected)
 924           {
 925             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 926           }
 927         }
 928       }
 929     }
 930   }
 931
 932   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 933   {
 934     g.setFont(font);
 935     g.setColor(Color.red);
 936     if (n == 1)
 937     {
 938       int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 939       int ystart = (int) (((centre[1] - b.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 940
 941       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 942     }
 943
 944     if (n == 2)
 945     {
 946       int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 947       int ystart = (int) (((centre[1] - b.end[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 948
 949       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 950     }
 951   }
 952
 953   int foundchain = -1;
 954
 955   public Atom findAtom(int x, int y)
 956   {
 957     Atom fatom = null;
 958
 959     foundchain = -1;
 960
 961     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 962     {
 963       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
 964       int truex;
 965       Bond tmpBond = null;
 966
 967       if (chain.isVisible)
 968       {
 969         for (Bond bond : chain.bonds)
 970         {
 971           tmpBond = bond;
 972
 973           truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 974
 975           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 976           {
 977             int truey = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 978
 979             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 980             {
 981               fatom = tmpBond.at1;
 982               foundchain = ii;
 983               break;
 984             }
 985           }
 986         }
 987
 988         // Still here? Maybe its the last bond
 989
 990         truex = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 991
 992         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 993         {
 994           int truey = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 995
 996           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 997           {
 998             fatom = tmpBond.at2;
 999             foundchain = ii;
1000             break;
1001           }
1002         }
1003
1004       }
1005
1006       if (fatom != null) // )&& chain.ds != null)
1007       { // dead code? value of chain is either overwritten or discarded
1008         chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
1009       }
1010     }
1011
1012     return fatom;
1013   }
1014
1015   Bond highlightBond1, highlightBond2;
1016
1017   public void highlightRes(int ii)
1018   {
1019     if (!seqColoursReady)
1020     {
1021       return;
1022     }
1023
1024     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((ii - 1) + ""))
1025     {
1026       return;
1027     }
1028
1029     int index = -1;
1030     Bond tmpBond;
1031     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1032     {
1033       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1034       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1035       {
1036         if (highlightBond1 != null)
1037         {
1038           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1039         }
1040
1041         if (highlightBond2 != null)
1042         {
1043           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1044         }
1045
1046         highlightBond1 = null;
1047         highlightBond2 = null;
1048
1049         if (index > 0)
1050         {
1051           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1052           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1053         }
1054
1055         if (index != mainchain.bonds.size())
1056         {
1057           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1058           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1059         }
1060
1061         break;
1062       }
1063     }
1064
1065     redrawneeded = true;
1066     repaint();
1067   }
1068
1069   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1070   {
1071     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
1072     {
1073       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
1074       chain.isVisible = b;
1075     }
1076     mainchain.isVisible = true;
1077     findCentre();
1078     setupBonds();
1079   }
1080
1081   // ////////////////////////////////
1082   // /StructureListener
1083   @Override
1084   public String[] getPdbFile()
1085   {
1086     return new String[] { pdbentry.getFile() };
1087   }
1088
1089   String lastMessage;
1090
1091   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1092   {
1093     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum + chain))
1094     {
1095       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1096     }
1097
1098     lastMessage = pdbResNum + chain;
1099   }
1100
1101   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1102
1103   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1104
1105   /**
1106    * Highlight the specified atoms in the structure.
1107    *
1108    * @param atoms
1109    */
1110   @Override
1111   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
1112   {
1113     if (!seqColoursReady)
1114     {
1115       return;
1116     }
1117
1118     for (AtomSpec atom : atoms)
1119     {
1120       int atomIndex = atom.getAtomIndex();
1121       if (highlightRes != null
1122               && highlightRes.contains((atomIndex - 1) + ""))
1123       {
1124         continue;
1125       }
1126
1127       highlightAtom(atomIndex);
1128     }
1129
1130     redrawneeded = true;
1131     repaint();
1132   }
1133
1134   /**
1135    * Highlight the atom at the specified index.
1136    *
1137    * @param atomIndex
1138    */
1139   protected void highlightAtom(int atomIndex)
1140   {
1141     int index = -1;
1142     Bond tmpBond;
1143     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1144     {
1145       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1146       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1147       {
1148         if (highlightBond1 != null)
1149         {
1150           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1151         }
1152
1153         if (highlightBond2 != null)
1154         {
1155           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1156         }
1157
1158         highlightBond1 = null;
1159         highlightBond2 = null;
1160
1161         if (index > 0)
1162         {
1163           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1164           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1165         }
1166
1167         if (index != mainchain.bonds.size())
1168         {
1169           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1170           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1171         }
1172
1173         break;
1174       }
1175     }
1176   }
1177
1178   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1179           String pdbfile)
1180   {
1181     return Color.white;
1182     // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1183     // return null;
1184
1185     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1186   }
1187
1188   @Override
1189   public void updateColours(Object source)
1190   {
1191     colourBySequence();
1192     redrawneeded = true;
1193     repaint();
1194   }
1195
1196   @Override
1197   public void releaseReferences(Object svl)
1198   {
1199     // TODO Auto-generated method stub
1200
1201   }
1202
1203   @Override
1204   public boolean isListeningFor(SequenceI seq)
1205   {
1206     if (sequence != null)
1207     {
1208       for (SequenceI s : sequence)
1209       {
1210         if (s == seq)
1211         {
1212           return true;
1213         }
1214       }
1215     }
1216     return false;
1217   }
1218 }