src/MCview/PDBCanvas.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug\r
  26 import java.awt.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 \r
  29 import java.io.*;\r
  30 \r
  31 import java.util.*;\r
  32 \r
  33 import javax.swing.*;\r
  34 \r
  35 \r
  36 public class PDBCanvas extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
  37 {\r
  38     MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  39     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  40     boolean redrawneeded = true;\r
  41     int omx = 0;\r
  42     int mx = 0;\r
  43     int omy = 0;\r
  44     int my = 0;\r
  45     public PDBfile pdb;\r
  46     int bsize;\r
  47     Image img;\r
  48     Graphics ig;\r
  49     Dimension prefsize;\r
  50     float[] centre = new float[3];\r
  51     float[] width = new float[3];\r
  52     float maxwidth;\r
  53     float scale;\r
  54     String inStr;\r
  55     String inType;\r
  56     boolean bysequence = true;\r
  57     boolean depthcue = true;\r
  58     boolean wire = false;\r
  59     boolean bymolecule = false;\r
  60     boolean zbuffer = true;\r
  61     boolean dragging;\r
  62     int xstart;\r
  63     int xend;\r
  64     int ystart;\r
  65     int yend;\r
  66     int xmid;\r
  67     int ymid;\r
  68     Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);\r
  69     jalview.gui.SequenceRenderer sr;\r
  70     jalview.gui.FeatureRenderer  fr;\r
  71     jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas;\r
  72     public Sequence sequence;\r
  73     final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();\r
  74     PDBChain mainchain;\r
  75 \r
  76     public PDBCanvas(jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas, Sequence seq)\r
  77     {\r
  78       this.seqcanvas = seqcanvas;\r
  79       this.sequence = seq;\r
  80       sr = seqcanvas.getSequenceRenderer();\r
  81       fr = seqcanvas.getFeatureRenderer();\r
  82 \r
  83       seqcanvas.setPDBCanvas(this);\r
  84     }\r
  85 \r
  86   public void setPDBFile(PDBfile pdb)\r
  87    {\r
  88         this.sr = sr;\r
  89         this.fr = fr;\r
  90         int max = -10;\r
  91         int maxchain = -1;\r
  92         int pdbstart = 0;\r
  93         int pdbend = 0;\r
  94         int seqstart = 0;\r
  95         int seqend = 0;\r
  96 \r
  97         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)\r
  98         {\r
  99 \r
 100           mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.getSequence());\r
 101           mappingDetails.append("\nNo of residues = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()+"\n\n");\r
 102 \r
 103             // Now lets compare the sequences to get\r
 104             // the start and end points.\r
 105             // Align the sequence to the pdb\r
 106             AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,\r
 107                     ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence, "pep");\r
 108             as.calcScoreMatrix();\r
 109             as.traceAlignment();\r
 110             PrintStream  ps = new PrintStream(System.out)\r
 111            {\r
 112               public void print(String x) {\r
 113                    mappingDetails.append(x);\r
 114                }\r
 115                public void println()\r
 116                {\r
 117                  mappingDetails.append("\n");\r
 118                }\r
 119             };\r
 120 \r
 121             as.printAlignment(ps);\r
 122 \r
 123             if (as.maxscore > max) {\r
 124                 max = as.maxscore;\r
 125                 maxchain = i;\r
 126 \r
 127                 pdbstart = as.seq2start;\r
 128                 pdbend = as.seq2end;\r
 129                 seqstart = as.seq1start + sequence.getStart()-1;\r
 130                 seqend = as.seq1end + sequence.getEnd()-1;\r
 131             }\r
 132 \r
 133             mappingDetails.append("\nPDB start/end "  + pdbstart + " " + pdbend);\r
 134             mappingDetails.append("\nSEQ start/end "+ seqstart + " " + seqend);\r
 135         }\r
 136 \r
 137         mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);\r
 138 \r
 139         mainchain.pdbstart = pdbstart;\r
 140         mainchain.pdbend = pdbend;\r
 141         mainchain.seqstart = seqstart;\r
 142         mainchain.seqend = seqend;\r
 143         mainchain.isVisible = true;\r
 144         mainchain.sequence = sequence;\r
 145 \r
 146         this.pdb = pdb;\r
 147         this.prefsize = new Dimension(getWidth(), getHeight());\r
 148 \r
 149         //Initialize the matrices to identity\r
 150         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 151             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
 152                 if (i != j) {\r
 153                     idmat.addElement(i, j, 0);\r
 154                     objmat.addElement(i, j, 0);\r
 155                 } else {\r
 156                     idmat.addElement(i, j, 1);\r
 157                     objmat.addElement(i, j, 1);\r
 158                 }\r
 159             }\r
 160         }\r
 161 \r
 162         addMouseMotionListener(this);\r
 163         addMouseListener(this);\r
 164 \r
 165         addMouseWheelListener(new MouseWheelListener()\r
 166         {\r
 167           public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
 168           {\r
 169             if (e.getWheelRotation() > 0)\r
 170             {\r
 171               scale = (float) (scale * 1.1);\r
 172               redrawneeded = true;\r
 173               repaint();\r
 174             }\r
 175 \r
 176             else\r
 177             {\r
 178               scale = (float) (scale * 0.9);\r
 179               redrawneeded = true;\r
 180               repaint();\r
 181             }\r
 182           }\r
 183        });\r
 184 \r
 185       /*\r
 186        SequenceGroup sg = new SequenceGroup("PDB",\r
 187                                             null, true,true,false,\r
 188                                             sequence.findIndex(seqstart-1),\r
 189                                             sequence.findIndex(seqend-1));\r
 190        sg.addSequence(sequence, false);\r
 191        sg.setOutlineColour(Color.black);\r
 192        seqcanvas.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);\r
 193        */\r
 194 \r
 195         findCentre();\r
 196         findWidth();\r
 197 \r
 198         scale = findScale();\r
 199 \r
 200 \r
 201         updateSeqColours();\r
 202         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 203         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
 204         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
 205 \r
 206     }\r
 207 \r
 208     public void deleteBonds() {\r
 209         scale = 0;\r
 210         maxwidth = 0;\r
 211 \r
 212         width[0] = 0;\r
 213         width[1] = 0;\r
 214         width[2] = 0;\r
 215 \r
 216         centre[0] = 0;\r
 217         centre[1] = 0;\r
 218         centre[2] = 0;\r
 219 \r
 220         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++) {\r
 221             ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).bonds = null;\r
 222         }\r
 223     }\r
 224 \r
 225     public void findWidth() {\r
 226         float[] max = new float[3];\r
 227         float[] min = new float[3];\r
 228 \r
 229         max[0] = (float) -1e30;\r
 230         max[1] = (float) -1e30;\r
 231         max[2] = (float) -1e30;\r
 232 \r
 233         min[0] = (float) 1e30;\r
 234         min[1] = (float) 1e30;\r
 235         min[2] = (float) 1e30;\r
 236 \r
 237         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 238             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 239                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 240 \r
 241                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 242                     Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 243 \r
 244                     if (tmp.start[0] >= max[0]) {\r
 245                         max[0] = tmp.start[0];\r
 246                     }\r
 247 \r
 248                     if (tmp.start[1] >= max[1]) {\r
 249                         max[1] = tmp.start[1];\r
 250                     }\r
 251 \r
 252                     if (tmp.start[2] >= max[2]) {\r
 253                         max[2] = tmp.start[2];\r
 254                     }\r
 255 \r
 256                     if (tmp.start[0] <= min[0]) {\r
 257                         min[0] = tmp.start[0];\r
 258                     }\r
 259 \r
 260                     if (tmp.start[1] <= min[1]) {\r
 261                         min[1] = tmp.start[1];\r
 262                     }\r
 263 \r
 264                     if (tmp.start[2] <= min[2]) {\r
 265                         min[2] = tmp.start[2];\r
 266                     }\r
 267 \r
 268                     if (tmp.end[0] >= max[0]) {\r
 269                         max[0] = tmp.end[0];\r
 270                     }\r
 271 \r
 272                     if (tmp.end[1] >= max[1]) {\r
 273                         max[1] = tmp.end[1];\r
 274                     }\r
 275 \r
 276                     if (tmp.end[2] >= max[2]) {\r
 277                         max[2] = tmp.end[2];\r
 278                     }\r
 279 \r
 280                     if (tmp.end[0] <= min[0]) {\r
 281                         min[0] = tmp.end[0];\r
 282                     }\r
 283 \r
 284                     if (tmp.end[1] <= min[1]) {\r
 285                         min[1] = tmp.end[1];\r
 286                     }\r
 287 \r
 288                     if (tmp.end[2] <= min[2]) {\r
 289                         min[2] = tmp.end[2];\r
 290                     }\r
 291                 }\r
 292             }\r
 293         }\r
 294         /*\r
 295         System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);\r
 296         System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);\r
 297         System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);*/\r
 298 \r
 299         width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);\r
 300         width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);\r
 301         width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);\r
 302 \r
 303         maxwidth = width[0];\r
 304 \r
 305         if (width[1] > width[0]) {\r
 306             maxwidth = width[1];\r
 307         }\r
 308 \r
 309         if (width[2] > width[1]) {\r
 310             maxwidth = width[2];\r
 311         }\r
 312 \r
 313        // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);\r
 314     }\r
 315 \r
 316     public float findScale() {\r
 317         int dim;\r
 318         int width;\r
 319         int height;\r
 320 \r
 321         if (getWidth() != 0) {\r
 322             width = getWidth();\r
 323             height = getHeight();\r
 324         } else {\r
 325             width = prefsize.width;\r
 326             height = prefsize.height;\r
 327         }\r
 328 \r
 329         if (width < height) {\r
 330             dim = width;\r
 331         } else {\r
 332             dim = height;\r
 333         }\r
 334 \r
 335         return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));\r
 336     }\r
 337 \r
 338     public void findCentre() {\r
 339         float xtot = 0;\r
 340         float ytot = 0;\r
 341         float ztot = 0;\r
 342 \r
 343         int bsize = 0;\r
 344 \r
 345         //Find centre coordinate\r
 346         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 347             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 348                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 349 \r
 350                 bsize += bonds.size();\r
 351 \r
 352                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 353                     xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +\r
 354                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];\r
 355 \r
 356                     ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +\r
 357                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];\r
 358 \r
 359                     ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +\r
 360                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];\r
 361                 }\r
 362             }\r
 363         }\r
 364 \r
 365         centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);\r
 366         centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);\r
 367         centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);\r
 368     }\r
 369 \r
 370     public void paintComponent(Graphics g) {\r
 371 \r
 372       super.paintComponent(g);\r
 373 \r
 374       if(pdb==null)\r
 375       {\r
 376         g.setColor(Color.black);\r
 377         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 378         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, getHeight()/2);\r
 379         return;\r
 380       }\r
 381 \r
 382 \r
 383         //Only create the image at the beginning -\r
 384         //this saves much memory usage\r
 385         if ((img == null) || (prefsize.width != getWidth()) ||\r
 386                 (prefsize.height != getHeight())) {\r
 387             prefsize.width = getWidth();\r
 388             prefsize.height = getHeight();\r
 389 \r
 390             scale = findScale();\r
 391             img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);\r
 392             ig = img.getGraphics();\r
 393             Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;\r
 394 \r
 395             ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 396                                  RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 397 \r
 398 \r
 399             redrawneeded = true;\r
 400         }\r
 401 \r
 402 \r
 403         if (redrawneeded)\r
 404         {\r
 405           drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);\r
 406           redrawneeded = false;\r
 407         }\r
 408 \r
 409         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 410     }\r
 411 \r
 412     public void drawAll(Graphics g, int width, int height)\r
 413     {\r
 414       g.setColor(Color.black);\r
 415       g.fillRect(0, 0, width, height);\r
 416       drawScene(g);\r
 417       drawLabels(g);\r
 418     }\r
 419 \r
 420 \r
 421     public void updateSeqColours()\r
 422     {\r
 423       if(bysequence && pdb!=null)\r
 424       {\r
 425         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 426         {\r
 427           colourBySequence( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii) );\r
 428         }\r
 429       }\r
 430 \r
 431       redrawneeded=true;\r
 432       repaint();\r
 433 \r
 434     }\r
 435 \r
 436     // This method has been taken out of PDBChain to allow\r
 437     // Applet and Application specific sequence renderers to be used\r
 438     void colourBySequence(PDBChain chain)\r
 439     {\r
 440       for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)\r
 441       {\r
 442         Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);\r
 443 \r
 444         if ( (tmp.at1.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
 445             (tmp.at1.resNumber <= ( (chain.offset + chain.pdbend) - 1)))\r
 446         {\r
 447           int pos = chain.seqstart +\r
 448               (tmp.at1.resNumber - chain.pdbstart - chain.offset);\r
 449 \r
 450           int index = sequence.findIndex(pos);\r
 451 \r
 452           tmp.startCol = sr.findSequenceColour(tmp.startCol, sequence, index);\r
 453 \r
 454           tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol, sequence, index);\r
 455 \r
 456         }\r
 457         else\r
 458         {\r
 459           tmp.startCol = Color.gray;\r
 460         }\r
 461 \r
 462         if ( (tmp.at2.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
 463             (tmp.at2.resNumber <= ( (chain.pdbend + chain.offset) - 1)))\r
 464         {\r
 465           int pos = chain.seqstart +\r
 466               (tmp.at2.resNumber - chain.pdbstart - chain.offset);\r
 467           int index = sequence.findIndex(pos);\r
 468 \r
 469           tmp.endCol = sr.findSequenceColour(tmp.endCol, sequence, index);\r
 470           tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol, sequence, index);\r
 471         }\r
 472         else\r
 473         {\r
 474           tmp.endCol = Color.gray;\r
 475         }\r
 476       }\r
 477     }\r
 478 \r
 479 \r
 480     public void drawScene(Graphics g) {\r
 481         // Sort the bonds by z coord\r
 482         Vector bonds = new Vector();\r
 483 \r
 484         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 485         {\r
 486           if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)\r
 487           {\r
 488             Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 489 \r
 490             for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)\r
 491             {\r
 492               bonds.addElement(tmp.elementAt(i));\r
 493             }\r
 494           }\r
 495         }\r
 496 \r
 497         if (zbuffer) {\r
 498             Zsort.Zsort(bonds);\r
 499         }\r
 500 \r
 501         Bond tmpBond=null;\r
 502         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 503             tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 504 \r
 505             xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 506                 (getWidth() / 2));\r
 507             ystart = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 508                 (getHeight() / 2));\r
 509 \r
 510             xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 511                 (getWidth() / 2));\r
 512             yend = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 513                 (getHeight() / 2));\r
 514 \r
 515             xmid = (xend + xstart) / 2;\r
 516             ymid = (yend + ystart) / 2;\r
 517 \r
 518             if (depthcue && !bymolecule) {\r
 519                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 520                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());\r
 521                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 522 \r
 523                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());\r
 524                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 525                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 526                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker());\r
 527                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 528 \r
 529                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker());\r
 530                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 531                 } else {\r
 532                     g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 533                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 534 \r
 535                     g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 536                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 537                 }\r
 538             } else if (depthcue && bymolecule) {\r
 539                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 540                     g.setColor(Color.green.darker().darker());\r
 541                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 542                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 543                     g.setColor(Color.green.darker());\r
 544                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 545                 } else {\r
 546                     g.setColor(Color.green);\r
 547                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 548                 }\r
 549             } else if (!depthcue && !bymolecule) {\r
 550                 g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 551                 drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 552                 g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 553                 drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 554             } else {\r
 555                 drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 556             }\r
 557 \r
 558             if(highlightBond1!=null && highlightBond1==tmpBond)\r
 559             {\r
 560               g.setColor(tmpBond.endCol.brighter().brighter().brighter().brighter());\r
 561               drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 562             }\r
 563 \r
 564             if(highlightBond2!=null && highlightBond2==tmpBond)\r
 565             {\r
 566               g.setColor(tmpBond.startCol.brighter().brighter().brighter().brighter());\r
 567               drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 568             }\r
 569 \r
 570         }\r
 571 \r
 572 \r
 573     }\r
 574 \r
 575     public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2) {\r
 576         if (!wire) {\r
 577             if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5) {\r
 578                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 579                 g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);\r
 580                 g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);\r
 581             } else {\r
 582                 g.setColor(g.getColor().brighter());\r
 583                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 584                 g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);\r
 585                 g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);\r
 586             }\r
 587         } else {\r
 588             g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 589         }\r
 590     }\r
 591 \r
 592     public Dimension minimumsize() {\r
 593         return prefsize;\r
 594     }\r
 595 \r
 596     public Dimension preferredsize() {\r
 597         return prefsize;\r
 598     }\r
 599 \r
 600     public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 601     {\r
 602       if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)\r
 603       {\r
 604         scale = (float) (scale * 1.1);\r
 605         redrawneeded = true;\r
 606         repaint();\r
 607       }\r
 608       else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)\r
 609       {\r
 610         scale = (float) (scale * 0.9);\r
 611         redrawneeded = true;\r
 612         repaint();\r
 613       }\r
 614     }\r
 615 \r
 616     public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
 617         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 618         if(fatom!=null)\r
 619         {\r
 620           fatom.isSelected = !fatom.isSelected;\r
 621           redrawneeded = true;\r
 622           repaint();\r
 623         }\r
 624         mx = e.getX();\r
 625         my = e.getY();\r
 626         omx = mx;\r
 627         omy = my;\r
 628         dragging = false;\r
 629     }\r
 630 \r
 631     public void mouseMoved(MouseEvent e) {\r
 632 \r
 633         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 634 \r
 635         PDBChain chain = null;\r
 636         if(foundchain!=-1)\r
 637         {\r
 638           chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 639           if(chain == mainchain)\r
 640           {\r
 641             int pos = chain.seqstart +\r
 642                 (fatom.resNumber - chain.pdbstart - chain.offset) + 1;\r
 643 \r
 644             int index = seqcanvas.getViewport().getAlignment().findIndex(\r
 645                 sequence);\r
 646 \r
 647             seqcanvas.highlightSearchResults(new int[]\r
 648                                              {index, pos, pos});\r
 649           }\r
 650         }\r
 651         else\r
 652           seqcanvas.highlightSearchResults(null);\r
 653 \r
 654         if (fatom != null)\r
 655         {\r
 656             this.setToolTipText(chain.id+":"+ fatom.resNumber+" "+ fatom.resName);\r
 657         } else\r
 658         {\r
 659             this.setToolTipText("");\r
 660         }\r
 661     }\r
 662 \r
 663     public void mouseClicked(MouseEvent e) {\r
 664     }\r
 665 \r
 666     public void mouseEntered(MouseEvent e) {\r
 667     }\r
 668 \r
 669     public void mouseExited(MouseEvent e) {\r
 670     }\r
 671 \r
 672     public void mouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 673         int x = evt.getX();\r
 674         int y = evt.getY();\r
 675         mx = x;\r
 676         my = y;\r
 677 \r
 678         MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
 679         objmat.setIdentity();\r
 680 \r
 681         if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0) {\r
 682             objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));\r
 683         } else {\r
 684             objmat.rotatex((float) ((my - omy)));\r
 685             objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));\r
 686         }\r
 687 \r
 688         //Alter the bonds\r
 689         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 690             Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 691 \r
 692             for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 693                 Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 694 \r
 695                 //Translate the bond so the centre is 0,0,0\r
 696                 tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);\r
 697 \r
 698                 //Now apply the rotation matrix\r
 699                 tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);\r
 700                 tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);\r
 701 \r
 702                 //Now translate back again\r
 703                 tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);\r
 704             }\r
 705         }\r
 706 \r
 707         objmat = null;\r
 708 \r
 709         omx = mx;\r
 710         omy = my;\r
 711 \r
 712         dragging = true;\r
 713 \r
 714         redrawneeded = true;\r
 715 \r
 716         repaint();\r
 717     }\r
 718 \r
 719     public void mouseReleased(MouseEvent evt) {\r
 720         dragging = false;\r
 721         return;\r
 722     }\r
 723 \r
 724     void drawLabels(Graphics g) {\r
 725 \r
 726         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 727         {\r
 728             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 729 \r
 730             if (chain.isVisible)\r
 731             {\r
 732                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 733 \r
 734                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 735                 {\r
 736                     Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 737 \r
 738                     if (tmpBond.at1.isSelected)\r
 739                     {\r
 740                         labelAtom(g, tmpBond, 1);\r
 741                     }\r
 742 \r
 743                     if (tmpBond.at2.isSelected)\r
 744                     {\r
 745 \r
 746                         labelAtom(g, tmpBond, 2);\r
 747                     }\r
 748                 }\r
 749             }\r
 750         }\r
 751     }\r
 752 \r
 753     public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n) {\r
 754         g.setFont(font);\r
 755 \r
 756         if (n == 1) {\r
 757             int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 758                 (getWidth() / 2));\r
 759             int ystart = (int) (((b.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 760                 (getHeight() / 2));\r
 761 \r
 762             g.setColor(Color.red);\r
 763             g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);\r
 764         }\r
 765 \r
 766         if (n == 2) {\r
 767             int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 768                 (getWidth() / 2));\r
 769             int ystart = (int) (((b.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 770                 (getHeight() / 2));\r
 771 \r
 772             g.setColor(Color.red);\r
 773             g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);\r
 774         }\r
 775     }\r
 776 \r
 777     int foundchain = -1;\r
 778     public Atom findAtom(int x, int y) {\r
 779         Atom fatom = null;\r
 780 \r
 781         foundchain = -1;\r
 782 \r
 783         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 784         {\r
 785             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 786             int truex;\r
 787             Bond tmpBond=null;\r
 788 \r
 789             if (chain.isVisible)\r
 790             {\r
 791                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 792 \r
 793                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 794                 {\r
 795                     tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 796 \r
 797                     truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 798                         (getWidth() / 2));\r
 799 \r
 800                     if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
 801                     {\r
 802                         int truey = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 803                             (getHeight() / 2));\r
 804 \r
 805                         if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 806                         {\r
 807                             fatom = tmpBond.at1;\r
 808                             foundchain = ii;\r
 809                             break;\r
 810                         }\r
 811                     }\r
 812                 }\r
 813 \r
 814                 // Still here? Maybe its the last bond\r
 815 \r
 816                 truex = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 817                                (getWidth() / 2));\r
 818 \r
 819                 if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
 820                 {\r
 821                   int truey = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 822                                      (getHeight() / 2));\r
 823 \r
 824                   if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 825                   {\r
 826                     fatom = tmpBond.at2;\r
 827                     foundchain = ii;\r
 828                     break;\r
 829                   }\r
 830                 }\r
 831 \r
 832             }\r
 833 \r
 834             if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)\r
 835              {\r
 836                 chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 837             }\r
 838         }\r
 839 \r
 840         return fatom;\r
 841     }\r
 842 \r
 843    Bond highlightBond1, highlightBond2;\r
 844    public void highlightRes(int ii)\r
 845   {\r
 846     highlightBond1 = null;\r
 847     highlightBond2 = null;\r
 848 \r
 849     int index = ii - mainchain.seqstart;\r
 850 \r
 851     if(index <0 )\r
 852       return;\r
 853 \r
 854     if(index<=mainchain.bonds.size())\r
 855     {\r
 856       if(index>0)\r
 857       {\r
 858         highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);\r
 859       }\r
 860 \r
 861       if(index!=mainchain.bonds.size())\r
 862         highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
 863     }\r
 864 \r
 865     redrawneeded = true;\r
 866     repaint();\r
 867   }\r
 868 \r
 869     public void setAllchainsVisible(boolean b)\r
 870     {\r
 871       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 872       {\r
 873         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 874         chain.isVisible = b;\r
 875       }\r
 876       mainchain.isVisible = true;\r
 877       findCentre();\r
 878     }\r
 879 }\r