src/MCview/PDBCanvas.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug\r
  26 import java.awt.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 \r
  29 import java.io.*;\r
  30 \r
  31 import java.util.*;\r
  32 \r
  33 import javax.swing.*;\r
  34 \r
  35 \r
  36 public class PDBCanvas extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
  37 {\r
  38     MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  39     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  40     boolean redrawneeded = true;\r
  41     int omx = 0;\r
  42     int mx = 0;\r
  43     int omy = 0;\r
  44     int my = 0;\r
  45     public PDBfile pdb;\r
  46     int bsize;\r
  47     Image img;\r
  48     Graphics ig;\r
  49     Dimension prefsize;\r
  50     float[] centre = new float[3];\r
  51     float[] width = new float[3];\r
  52     float maxwidth;\r
  53     float scale;\r
  54     String inStr;\r
  55     String inType;\r
  56     boolean bysequence = true;\r
  57     boolean depthcue = true;\r
  58     boolean wire = false;\r
  59     boolean bymolecule = false;\r
  60     boolean zbuffer = true;\r
  61     boolean dragging;\r
  62     int xstart;\r
  63     int xend;\r
  64     int ystart;\r
  65     int yend;\r
  66     int xmid;\r
  67     int ymid;\r
  68     Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);\r
  69     jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas;\r
  70     public Sequence sequence;\r
  71     final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();\r
  72     PDBChain mainchain;\r
  73     Vector highlightRes;\r
  74     boolean pdbAction = false;\r
  75 \r
  76     public PDBCanvas(jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas, Sequence seq)\r
  77     {\r
  78       this.seqcanvas = seqcanvas;\r
  79       this.sequence = seq;\r
  80       seqcanvas.setPDBCanvas(this);\r
  81     }\r
  82 \r
  83   public void setPDBFile(PDBfile pdb)\r
  84    {\r
  85         int max = -10;\r
  86         int maxchain = -1;\r
  87         int pdbstart = 0;\r
  88         int pdbend = 0;\r
  89         int seqstart = 0;\r
  90         int seqend = 0;\r
  91         AlignSeq maxAlignseq = null;\r
  92 \r
  93         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)\r
  94         {\r
  95 \r
  96           mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.getSequence());\r
  97           mappingDetails.append("\nNo of residues = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()+"\n\n");\r
  98 \r
  99             // Now lets compare the sequences to get\r
 100             // the start and end points.\r
 101             // Align the sequence to the pdb\r
 102             AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,\r
 103                     ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence, "pep");\r
 104             as.calcScoreMatrix();\r
 105             as.traceAlignment();\r
 106             PrintStream  ps = new PrintStream(System.out)\r
 107            {\r
 108               public void print(String x) {\r
 109                    mappingDetails.append(x);\r
 110                }\r
 111                public void println()\r
 112                {\r
 113                  mappingDetails.append("\n");\r
 114                }\r
 115             };\r
 116 \r
 117             as.printAlignment(ps);\r
 118 \r
 119 \r
 120 \r
 121             if (as.maxscore > max)\r
 122             {\r
 123                 max = as.maxscore;\r
 124                 maxchain = i;\r
 125                 pdbstart = as.seq2start;\r
 126                 pdbend = as.seq2end;\r
 127                 seqstart = as.seq1start + sequence.getStart()-1;\r
 128                 seqend = as.seq1end + sequence.getEnd()-1;\r
 129                 maxAlignseq = as;\r
 130             }\r
 131 \r
 132             mappingDetails.append("\nPDB start/end "  + pdbstart + " " + pdbend);\r
 133             mappingDetails.append("\nSEQ start/end "+ seqstart + " " + seqend);\r
 134         }\r
 135 \r
 136         mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);\r
 137 \r
 138         mainchain.pdbstart = pdbstart;\r
 139         mainchain.pdbend = pdbend;\r
 140         mainchain.seqstart = seqstart;\r
 141         mainchain.seqend = seqend;\r
 142         mainchain.isVisible = true;\r
 143         mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);\r
 144 \r
 145         this.pdb = pdb;\r
 146         this.prefsize = new Dimension(getWidth(), getHeight());\r
 147 \r
 148         //Initialize the matrices to identity\r
 149         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 150             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
 151                 if (i != j) {\r
 152                     idmat.addElement(i, j, 0);\r
 153                     objmat.addElement(i, j, 0);\r
 154                 } else {\r
 155                     idmat.addElement(i, j, 1);\r
 156                     objmat.addElement(i, j, 1);\r
 157                 }\r
 158             }\r
 159         }\r
 160 \r
 161         addMouseMotionListener(this);\r
 162         addMouseListener(this);\r
 163 \r
 164         addMouseWheelListener(new MouseWheelListener()\r
 165         {\r
 166           public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
 167           {\r
 168             if (e.getWheelRotation() > 0)\r
 169             {\r
 170               scale = (float) (scale * 1.1);\r
 171               redrawneeded = true;\r
 172               repaint();\r
 173             }\r
 174 \r
 175             else\r
 176             {\r
 177               scale = (float) (scale * 0.9);\r
 178               redrawneeded = true;\r
 179               repaint();\r
 180             }\r
 181           }\r
 182        });\r
 183 \r
 184 \r
 185         findCentre();\r
 186         findWidth();\r
 187 \r
 188         setupBonds();\r
 189 \r
 190         scale = findScale();\r
 191 \r
 192         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 193         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
 194         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
 195     }\r
 196 \r
 197 \r
 198     Vector visiblebonds;\r
 199     void setupBonds()\r
 200     {\r
 201       // Sort the bonds by z coord\r
 202       visiblebonds = new Vector();\r
 203 \r
 204       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 205       {\r
 206         if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)\r
 207         {\r
 208           Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 209 \r
 210           for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)\r
 211           {\r
 212             visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));\r
 213           }\r
 214         }\r
 215       }\r
 216 \r
 217       updateSeqColours();\r
 218       redrawneeded = true;\r
 219       repaint();\r
 220     }\r
 221 \r
 222 \r
 223     public void findWidth() {\r
 224         float[] max = new float[3];\r
 225         float[] min = new float[3];\r
 226 \r
 227         max[0] = (float) -1e30;\r
 228         max[1] = (float) -1e30;\r
 229         max[2] = (float) -1e30;\r
 230 \r
 231         min[0] = (float) 1e30;\r
 232         min[1] = (float) 1e30;\r
 233         min[2] = (float) 1e30;\r
 234 \r
 235         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 236             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 237                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 238 \r
 239                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 240                     Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 241 \r
 242                     if (tmp.start[0] >= max[0]) {\r
 243                         max[0] = tmp.start[0];\r
 244                     }\r
 245 \r
 246                     if (tmp.start[1] >= max[1]) {\r
 247                         max[1] = tmp.start[1];\r
 248                     }\r
 249 \r
 250                     if (tmp.start[2] >= max[2]) {\r
 251                         max[2] = tmp.start[2];\r
 252                     }\r
 253 \r
 254                     if (tmp.start[0] <= min[0]) {\r
 255                         min[0] = tmp.start[0];\r
 256                     }\r
 257 \r
 258                     if (tmp.start[1] <= min[1]) {\r
 259                         min[1] = tmp.start[1];\r
 260                     }\r
 261 \r
 262                     if (tmp.start[2] <= min[2]) {\r
 263                         min[2] = tmp.start[2];\r
 264                     }\r
 265 \r
 266                     if (tmp.end[0] >= max[0]) {\r
 267                         max[0] = tmp.end[0];\r
 268                     }\r
 269 \r
 270                     if (tmp.end[1] >= max[1]) {\r
 271                         max[1] = tmp.end[1];\r
 272                     }\r
 273 \r
 274                     if (tmp.end[2] >= max[2]) {\r
 275                         max[2] = tmp.end[2];\r
 276                     }\r
 277 \r
 278                     if (tmp.end[0] <= min[0]) {\r
 279                         min[0] = tmp.end[0];\r
 280                     }\r
 281 \r
 282                     if (tmp.end[1] <= min[1]) {\r
 283                         min[1] = tmp.end[1];\r
 284                     }\r
 285 \r
 286                     if (tmp.end[2] <= min[2]) {\r
 287                         min[2] = tmp.end[2];\r
 288                     }\r
 289                 }\r
 290             }\r
 291         }\r
 292         /*\r
 293         System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);\r
 294         System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);\r
 295         System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);*/\r
 296 \r
 297         width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);\r
 298         width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);\r
 299         width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);\r
 300 \r
 301         maxwidth = width[0];\r
 302 \r
 303         if (width[1] > width[0]) {\r
 304             maxwidth = width[1];\r
 305         }\r
 306 \r
 307         if (width[2] > width[1]) {\r
 308             maxwidth = width[2];\r
 309         }\r
 310 \r
 311        // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);\r
 312     }\r
 313 \r
 314     public float findScale() {\r
 315         int dim;\r
 316         int width;\r
 317         int height;\r
 318 \r
 319         if (getWidth() != 0) {\r
 320             width = getWidth();\r
 321             height = getHeight();\r
 322         } else {\r
 323             width = prefsize.width;\r
 324             height = prefsize.height;\r
 325         }\r
 326 \r
 327         if (width < height) {\r
 328             dim = width;\r
 329         } else {\r
 330             dim = height;\r
 331         }\r
 332 \r
 333         return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));\r
 334     }\r
 335 \r
 336     public void findCentre() {\r
 337         float xtot = 0;\r
 338         float ytot = 0;\r
 339         float ztot = 0;\r
 340 \r
 341         int bsize = 0;\r
 342 \r
 343         //Find centre coordinate\r
 344         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 345             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 346                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 347 \r
 348                 bsize += bonds.size();\r
 349 \r
 350                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 351                     xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +\r
 352                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];\r
 353 \r
 354                     ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +\r
 355                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];\r
 356 \r
 357                     ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +\r
 358                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];\r
 359                 }\r
 360             }\r
 361         }\r
 362 \r
 363         centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);\r
 364         centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);\r
 365         centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);\r
 366     }\r
 367 \r
 368     public void paintComponent(Graphics g)\r
 369     {\r
 370       super.paintComponent(g);\r
 371 \r
 372       if(visiblebonds==null)\r
 373       {\r
 374         g.setColor(Color.black);\r
 375         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 376         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, getHeight()/2);\r
 377         return;\r
 378       }\r
 379 \r
 380 \r
 381         //Only create the image at the beginning -\r
 382         //this saves much memory usage\r
 383         if ((img == null)\r
 384             || (prefsize.width != getWidth())\r
 385             || (prefsize.height != getHeight()))\r
 386 \r
 387       {\r
 388             prefsize.width = getWidth();\r
 389             prefsize.height = getHeight();\r
 390 \r
 391             scale = findScale();\r
 392             img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);\r
 393             ig = img.getGraphics();\r
 394             Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;\r
 395 \r
 396             ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 397                                  RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 398 \r
 399             redrawneeded = true;\r
 400         }\r
 401 \r
 402 \r
 403         if (redrawneeded)\r
 404         {\r
 405           drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);\r
 406           redrawneeded = false;\r
 407         }\r
 408 \r
 409         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 410 \r
 411         pdbAction = false;\r
 412     }\r
 413 \r
 414     public void drawAll(Graphics g, int width, int height)\r
 415     {\r
 416       g.setColor(Color.black);\r
 417       g.fillRect(0, 0, width, height);\r
 418       drawScene(g);\r
 419       drawLabels(g);\r
 420     }\r
 421 \r
 422 \r
 423     public void updateSeqColours()\r
 424     {\r
 425       if(pdbAction)\r
 426       {\r
 427         return;\r
 428       }\r
 429 \r
 430      // System.out.println("update seq colours");\r
 431       if(bysequence && pdb!=null)\r
 432       {\r
 433         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 434         {\r
 435           colourBySequence( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii));\r
 436         }\r
 437       }\r
 438 \r
 439       redrawneeded=true;\r
 440       repaint();\r
 441     }\r
 442 \r
 443     int findTrueIndex(int pos)\r
 444     {\r
 445       // returns the alignment position for a residue\r
 446       int j = sequence.getStart();\r
 447       int i = 0;\r
 448 \r
 449       while ( (i < sequence.getLength()) && (j <= sequence.getEnd()) && (j <= pos+1))\r
 450       {\r
 451         if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence.getCharAt(i)))\r
 452         {\r
 453           j++;\r
 454         }\r
 455 \r
 456         i++;\r
 457       }\r
 458 \r
 459       if(i>1)\r
 460          i--;\r
 461 \r
 462       if ( (j == sequence.getEnd()) && (j < pos))\r
 463       {\r
 464         return sequence.getEnd() + 1;\r
 465       }\r
 466       else\r
 467       {\r
 468         return i;\r
 469       }\r
 470     }\r
 471 \r
 472     // This method has been taken out of PDBChain to allow\r
 473     // Applet and Application specific sequence renderers to be used\r
 474     void colourBySequence(PDBChain chain)\r
 475     {\r
 476      // System.out.println("colour by seq");\r
 477       for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)\r
 478       {\r
 479         Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);\r
 480         tmp.startCol = Color.lightGray;\r
 481         tmp.endCol = Color.lightGray;\r
 482 \r
 483         if(chain!=mainchain)\r
 484           continue;\r
 485 \r
 486         if ( (tmp.at1.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
 487             (tmp.at1.resNumber <= ( (chain.offset + chain.pdbend) - 1)))\r
 488         {\r
 489             int index = findTrueIndex(tmp.at1.alignmentMapping);\r
 490                 //sequence.findIndex(tmp.at1.alignmentMapping);\r
 491             if (index != -1)\r
 492             {\r
 493               tmp.startCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().\r
 494                   getResidueBoxColour( sequence, index);\r
 495 \r
 496               tmp.startCol = seqcanvas.getFeatureRenderer().\r
 497                   findFeatureColour(tmp.startCol, sequence, index);\r
 498             }\r
 499         }\r
 500 \r
 501         if ( (tmp.at2.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
 502             (tmp.at2.resNumber <= ( (chain.pdbend + chain.offset) - 1)))\r
 503         {\r
 504 \r
 505             int index =  findTrueIndex(tmp.at2.alignmentMapping);\r
 506                 //sequence.findIndex( tmp.at2.alignmentMapping );\r
 507             if (index != -1)\r
 508             {\r
 509               tmp.endCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().\r
 510                   getResidueBoxColour( sequence, index);\r
 511               tmp.endCol = seqcanvas.getFeatureRenderer().\r
 512                   findFeatureColour(tmp.endCol, sequence, index);\r
 513             }\r
 514         }\r
 515       }\r
 516     }\r
 517 \r
 518 \r
 519     public void drawScene(Graphics g)\r
 520     {\r
 521         if (zbuffer)\r
 522         {\r
 523             Zsort.Zsort(visiblebonds);\r
 524         }\r
 525 \r
 526         Bond tmpBond=null;\r
 527         for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)\r
 528         {\r
 529             tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);\r
 530 \r
 531             xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 532                 (getWidth() / 2));\r
 533             ystart = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 534                 (getHeight() / 2));\r
 535 \r
 536             xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 537                 (getWidth() / 2));\r
 538             yend = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 539                 (getHeight() / 2));\r
 540 \r
 541             xmid = (xend + xstart) / 2;\r
 542             ymid = (yend + ystart) / 2;\r
 543 \r
 544             if (depthcue && !bymolecule)\r
 545             {\r
 546                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 547                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());\r
 548                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 549                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());\r
 550                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 551                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 552                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker());\r
 553                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 554 \r
 555                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker());\r
 556                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 557                 } else {\r
 558                     g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 559                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 560 \r
 561                     g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 562                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 563                 }\r
 564             } else if (depthcue && bymolecule) {\r
 565                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 566                     g.setColor(Color.green.darker().darker());\r
 567                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 568                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 569                     g.setColor(Color.green.darker());\r
 570                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 571                 } else {\r
 572                     g.setColor(Color.green);\r
 573                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 574                 }\r
 575             } else if (!depthcue && !bymolecule) {\r
 576                 g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 577                 drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 578                 g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 579                 drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 580             } else {\r
 581                 drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 582             }\r
 583 \r
 584             if(highlightBond1!=null && highlightBond1==tmpBond)\r
 585             {\r
 586               g.setColor(tmpBond.endCol.brighter().brighter().brighter().brighter());\r
 587               drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 588             }\r
 589 \r
 590             if(highlightBond2!=null && highlightBond2==tmpBond)\r
 591             {\r
 592               g.setColor(tmpBond.startCol.brighter().brighter().brighter().brighter());\r
 593               drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 594             }\r
 595 \r
 596         }\r
 597 \r
 598 \r
 599     }\r
 600 \r
 601     public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2) {\r
 602         if (!wire) {\r
 603             if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5) {\r
 604                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 605                 g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);\r
 606                 g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);\r
 607             } else {\r
 608                 g.setColor(g.getColor().brighter());\r
 609                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 610                 g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);\r
 611                 g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);\r
 612             }\r
 613         } else {\r
 614             g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 615         }\r
 616     }\r
 617 \r
 618     public Dimension minimumsize() {\r
 619         return prefsize;\r
 620     }\r
 621 \r
 622     public Dimension preferredsize() {\r
 623         return prefsize;\r
 624     }\r
 625 \r
 626     public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 627     {\r
 628       if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)\r
 629       {\r
 630         scale = (float) (scale * 1.1);\r
 631         redrawneeded = true;\r
 632         repaint();\r
 633       }\r
 634       else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)\r
 635       {\r
 636         scale = (float) (scale * 0.9);\r
 637         redrawneeded = true;\r
 638         repaint();\r
 639       }\r
 640     }\r
 641 \r
 642     public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 643     {\r
 644         pdbAction = true;\r
 645         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 646         if(fatom!=null)\r
 647         {\r
 648           fatom.isSelected = !fatom.isSelected;\r
 649 \r
 650           redrawneeded = true;\r
 651           repaint();\r
 652           if (foundchain != -1)\r
 653           {\r
 654             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 655             if (chain == mainchain)\r
 656             {\r
 657               if (fatom.alignmentMapping != -1)\r
 658               {\r
 659                 if (highlightRes == null)\r
 660                   highlightRes = new Vector();\r
 661 \r
 662                 if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping+"" + ""))\r
 663                   highlightRes.remove(fatom.alignmentMapping + "");\r
 664                 else\r
 665                   highlightRes.add(fatom.alignmentMapping + "");\r
 666               }\r
 667             }\r
 668           }\r
 669 \r
 670         }\r
 671         mx = e.getX();\r
 672         my = e.getY();\r
 673         omx = mx;\r
 674         omy = my;\r
 675         dragging = false;\r
 676     }\r
 677 \r
 678     public void mouseMoved(MouseEvent e)\r
 679     {\r
 680       pdbAction = true;\r
 681       if(highlightBond1!=null)\r
 682       {\r
 683         highlightBond1.at2.isSelected = false;\r
 684         highlightBond2.at1.isSelected = false;\r
 685         highlightBond1 = null;\r
 686         highlightBond2 = null;\r
 687       }\r
 688 \r
 689         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 690 \r
 691         PDBChain chain = null;\r
 692         if(foundchain!=-1)\r
 693         {\r
 694           chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 695           if(chain == mainchain)\r
 696           {\r
 697             highlightSeqcanvas( fatom.alignmentMapping );\r
 698           }\r
 699         }\r
 700 \r
 701         if (fatom != null)\r
 702         {\r
 703             this.setToolTipText(chain.id+":"+ fatom.resNumber+" "+ fatom.resName);\r
 704         } else\r
 705         {\r
 706             highlightSeqcanvas( -1);\r
 707             this.setToolTipText(null);\r
 708         }\r
 709     }\r
 710 \r
 711 \r
 712     void highlightSeqcanvas(int pos)\r
 713     {\r
 714       int index = seqcanvas.getViewport().getAlignment().findIndex(sequence);\r
 715 \r
 716       int size = pos==-1?0:3;\r
 717 \r
 718       if(highlightRes!=null)\r
 719         size += highlightRes.size()*3;\r
 720 \r
 721       int [] array = new int[size];\r
 722       int i=0;\r
 723       if(highlightRes!=null)\r
 724       {\r
 725         for (i = 0; i < highlightRes.size(); i++)\r
 726         {\r
 727           int a = Integer.parseInt(highlightRes.elementAt(\r
 728               i).toString())+1;\r
 729           array[i * 3] = index;\r
 730           array[ (i * 3) + 1] = a;\r
 731           array[ (i * 3) + 2] = a;\r
 732         }\r
 733       }\r
 734 \r
 735       if(pos!=-1)\r
 736       {\r
 737         array[i * 3] = index;\r
 738         array[i * 3 + 1] = pos+1;\r
 739         array[i * 3 + 2] = pos+1;\r
 740       }\r
 741 \r
 742       seqcanvas.highlightSearchResults(array);\r
 743     }\r
 744 \r
 745 \r
 746     public void mouseClicked(MouseEvent e)  { }\r
 747 \r
 748     public void mouseEntered(MouseEvent e) {  }\r
 749 \r
 750     public void mouseExited(MouseEvent e) { }\r
 751 \r
 752     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 753     {\r
 754         int x = evt.getX();\r
 755         int y = evt.getY();\r
 756         mx = x;\r
 757         my = y;\r
 758 \r
 759 \r
 760         MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
 761         objmat.setIdentity();\r
 762 \r
 763         if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0) {\r
 764             objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));\r
 765         } else {\r
 766             objmat.rotatex((float) ((my - omy)));\r
 767             objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));\r
 768         }\r
 769 \r
 770         //Alter the bonds\r
 771         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 772             Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 773 \r
 774             for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 775                 Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 776 \r
 777                 //Translate the bond so the centre is 0,0,0\r
 778                 tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);\r
 779 \r
 780                 //Now apply the rotation matrix\r
 781                 tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);\r
 782                 tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);\r
 783 \r
 784                 //Now translate back again\r
 785                 tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);\r
 786             }\r
 787         }\r
 788 \r
 789         objmat = null;\r
 790 \r
 791         omx = mx;\r
 792         omy = my;\r
 793 \r
 794         dragging = true;\r
 795 \r
 796         redrawneeded = true;\r
 797 \r
 798         repaint();\r
 799     }\r
 800 \r
 801     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 802     {\r
 803         dragging = false;\r
 804         return;\r
 805     }\r
 806 \r
 807     void drawLabels(Graphics g) {\r
 808 \r
 809         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 810         {\r
 811             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 812 \r
 813             if (chain.isVisible)\r
 814             {\r
 815               Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 816 \r
 817               for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 818               {\r
 819                   Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 820 \r
 821                   if (tmpBond.at1.isSelected)\r
 822                   {\r
 823                       labelAtom(g, tmpBond, 1);\r
 824                   }\r
 825 \r
 826                   if (tmpBond.at2.isSelected)\r
 827                   {\r
 828 \r
 829                       labelAtom(g, tmpBond, 2);\r
 830                   }\r
 831                 }\r
 832             }\r
 833         }\r
 834     }\r
 835 \r
 836     public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n) {\r
 837         g.setFont(font);\r
 838         g.setColor(Color.red);\r
 839         if (n == 1)\r
 840         {\r
 841             int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 842                 (getWidth() / 2));\r
 843             int ystart = (int) (((b.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 844                 (getHeight() / 2));\r
 845 \r
 846             g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);\r
 847         }\r
 848 \r
 849         if (n == 2) {\r
 850             int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 851                 (getWidth() / 2));\r
 852             int ystart = (int) (((b.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 853                 (getHeight() / 2));\r
 854 \r
 855             g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);\r
 856         }\r
 857     }\r
 858 \r
 859     int foundchain = -1;\r
 860     public Atom findAtom(int x, int y) {\r
 861         Atom fatom = null;\r
 862 \r
 863         foundchain = -1;\r
 864 \r
 865         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 866         {\r
 867             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 868             int truex;\r
 869             Bond tmpBond=null;\r
 870 \r
 871             if (chain.isVisible)\r
 872             {\r
 873                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 874 \r
 875                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 876                 {\r
 877                     tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 878 \r
 879                     truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 880                         (getWidth() / 2));\r
 881 \r
 882                     if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
 883                     {\r
 884                         int truey = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 885                             (getHeight() / 2));\r
 886 \r
 887                         if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 888                         {\r
 889                             fatom = tmpBond.at1;\r
 890                             foundchain = ii;\r
 891                             break;\r
 892                         }\r
 893                     }\r
 894                 }\r
 895 \r
 896                 // Still here? Maybe its the last bond\r
 897 \r
 898                 truex = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 899                                (getWidth() / 2));\r
 900 \r
 901                 if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
 902                 {\r
 903                   int truey = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 904                                      (getHeight() / 2));\r
 905 \r
 906                   if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 907                   {\r
 908                     fatom = tmpBond.at2;\r
 909                     foundchain = ii;\r
 910                     break;\r
 911                   }\r
 912                 }\r
 913 \r
 914             }\r
 915 \r
 916             if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)\r
 917              {\r
 918                 chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 919             }\r
 920         }\r
 921 \r
 922         return fatom;\r
 923     }\r
 924 \r
 925    Bond highlightBond1, highlightBond2;\r
 926    public void highlightRes(int ii)\r
 927   {\r
 928 \r
 929     if (highlightRes != null\r
 930         && highlightRes.contains((ii-1) + ""))\r
 931     {\r
 932       return;\r
 933     }\r
 934 \r
 935     int index = -1;\r
 936     Bond tmpBond;\r
 937     for(index=0; index<mainchain.bonds.size(); index++)\r
 938     {\r
 939       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
 940       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)\r
 941       {\r
 942         if (highlightBond1 != null)\r
 943           highlightBond1.at2.isSelected = false;\r
 944 \r
 945         if (highlightBond2 != null)\r
 946           highlightBond2.at1.isSelected = false;\r
 947 \r
 948         highlightBond1 = null;\r
 949         highlightBond2 = null;\r
 950 \r
 951         if (index > 0)\r
 952         {\r
 953           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);\r
 954           highlightBond1.at2.isSelected = true;\r
 955         }\r
 956 \r
 957         if (index != mainchain.bonds.size())\r
 958         {\r
 959           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
 960           highlightBond2.at1.isSelected = true;\r
 961         }\r
 962 \r
 963         break;\r
 964       }\r
 965     }\r
 966 \r
 967     redrawneeded = true;\r
 968     repaint();\r
 969   }\r
 970 \r
 971     public void setAllchainsVisible(boolean b)\r
 972     {\r
 973       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 974       {\r
 975         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 976         chain.isVisible = b;\r
 977       }\r
 978       mainchain.isVisible = true;\r
 979       findCentre();\r
 980       setupBonds();\r
 981     }\r
 982 }\r