src/MCview/PDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  27 import jalview.gui.FeatureRenderer;
  28 import jalview.gui.SequenceRenderer;
  29 import jalview.io.DataSourceType;
  30 import jalview.io.StructureFile;
  31 import jalview.renderer.seqfeatures.FeatureColourFinder;
  32 import jalview.structure.AtomSpec;
  33 import jalview.structure.StructureListener;
  34 import jalview.structure.StructureMapping;
  35 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  36
  37 import java.awt.Color;
  38 import java.awt.Dimension;
  39 import java.awt.Event;
  40 import java.awt.Font;
  41 import java.awt.Graphics;
  42 import java.awt.Graphics2D;
  43 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  44 import java.awt.Image;
  45 import java.awt.RenderingHints;
  46 import java.awt.event.KeyAdapter;
  47 import java.awt.event.KeyEvent;
  48 import java.awt.event.MouseEvent;
  49 import java.awt.event.MouseListener;
  50 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  51 import java.io.PrintStream;
  52 import java.util.List;
  53 import java.util.Vector;
  54
  55 import javax.swing.JPanel;
  56 import javax.swing.ToolTipManager;
  57
  58 public class PDBCanvas extends JPanel implements MouseListener,
  59         MouseMotionListener, StructureListener
  60 {
  61   boolean redrawneeded = true;
  62
  63   int omx = 0;
  64
  65   int mx = 0;
  66
  67   int omy = 0;
  68
  69   int my = 0;
  70
  71   public StructureFile pdb;
  72
  73   PDBEntry pdbentry;
  74
  75   int bsize;
  76
  77   Image img;
  78
  79   Graphics ig;
  80
  81   Dimension prefsize;
  82
  83   float[] centre = new float[3];
  84
  85   float[] width = new float[3];
  86
  87   float maxwidth;
  88
  89   float scale;
  90
  91   String inStr;
  92
  93   String inType;
  94
  95   boolean bysequence = true;
  96
  97   boolean depthcue = true;
  98
  99   boolean wire = false;
 100
 101   boolean bymolecule = false;
 102
 103   boolean zbuffer = true;
 104
 105   boolean dragging;
 106
 107   int xstart;
 108
 109   int xend;
 110
 111   int ystart;
 112
 113   int yend;
 114
 115   int xmid;
 116
 117   int ymid;
 118
 119   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
 120
 121   jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas;
 122
 123   public SequenceI[] sequence;
 124
 125   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
 126
 127   PDBChain mainchain;
 128
 129   Vector<String> highlightRes;
 130
 131   boolean pdbAction = false;
 132
 133   boolean seqColoursReady = false;
 134
 135   jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer fr;
 136
 137   Color backgroundColour = Color.black;
 138
 139   AlignmentPanel ap;
 140
 141   StructureSelectionManager ssm;
 142
 143   String errorMessage;
 144
 145   void init(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 146           AlignmentPanel ap, DataSourceType protocol)
 147   {
 148     this.ap = ap;
 149     this.pdbentry = pdbentry;
 150     this.sequence = seq;
 151
 152     ssm = ap.av.getStructureSelectionManager();
 153
 154     try
 155     {
 156       pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol);
 157
 158       if (protocol.equals(jalview.io.DataSourceType.PASTE))
 159       {
 160         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.getId());
 161       }
 162
 163     } catch (Exception ex)
 164     {
 165       ex.printStackTrace();
 166       return;
 167     }
 168
 169     if (pdb == null)
 170     {
 171       errorMessage = "Error loading file: " + pdbentry.getId();
 172       return;
 173     }
 174     pdbentry.setId(pdb.getId());
 175
 176     ssm.addStructureViewerListener(this);
 177
 178     colourBySequence();
 179
 180     int max = -10;
 181     int maxchain = -1;
 182     int pdbstart = 0;
 183     int pdbend = 0;
 184     int seqstart = 0;
 185     int seqend = 0;
 186
 187     // JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 188     SequenceI sequence = seq[0];
 189
 190     for (int i = 0; i < pdb.getChains().size(); i++)
 191     {
 192
 193       mappingDetails
 194               .append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = "
 195                       + pdb.getChains().elementAt(i).sequence
 196                               .getSequenceAsString());
 197       mappingDetails.append("\nNo of residues = "
 198               + pdb.getChains().elementAt(i).residues.size() + "\n\n");
 199
 200       // Now lets compare the sequences to get
 201       // the start and end points.
 202       // Align the sequence to the pdb
 203       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 204               pdb.getChains().elementAt(i).sequence, "pep");
 205       as.calcScoreMatrix();
 206       as.traceAlignment();
 207       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 208       {
 209         @Override
 210         public void print(String x)
 211         {
 212           mappingDetails.append(x);
 213         }
 214
 215         @Override
 216         public void println()
 217         {
 218           mappingDetails.append("\n");
 219         }
 220       };
 221
 222       as.printAlignment(ps);
 223
 224       if (as.maxscore > max)
 225       {
 226         max = as.maxscore;
 227         maxchain = i;
 228
 229         pdbstart = as.seq2start;
 230         pdbend = as.seq2end;
 231         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 232         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 233       }
 234
 235       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 236       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 237     }
 238
 239     mainchain = pdb.getChains().elementAt(maxchain);
 240
 241     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 242     mainchain.pdbend = pdbend;
 243     mainchain.seqstart = seqstart;
 244     mainchain.seqend = seqend;
 245     mainchain.isVisible = true;
 246
 247     this.pdb = pdb;
 248     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 249
 250     addMouseMotionListener(this);
 251     addMouseListener(this);
 252
 253     addKeyListener(new KeyAdapter()
 254     {
 255       @Override
 256       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 257       {
 258         keyPressed(evt);
 259       }
 260     });
 261
 262     findCentre();
 263     findWidth();
 264
 265     setupBonds();
 266
 267     scale = findScale();
 268
 269     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 270     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 271     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 272   }
 273
 274   Vector<Bond> visiblebonds;
 275
 276   void setupBonds()
 277   {
 278     seqColoursReady = false;
 279     // Sort the bonds by z coord
 280     visiblebonds = new Vector<Bond>();
 281
 282     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 283     {
 284       if (chain.isVisible)
 285       {
 286         for (Bond bond : chain.bonds)
 287         {
 288           visiblebonds.addElement(bond);
 289         }
 290       }
 291     }
 292
 293     updateSeqColours();
 294     seqColoursReady = true;
 295     redrawneeded = true;
 296     repaint();
 297   }
 298
 299   public void findWidth()
 300   {
 301     float[] max = new float[3];
 302     float[] min = new float[3];
 303
 304     max[0] = (float) -1e30;
 305     max[1] = (float) -1e30;
 306     max[2] = (float) -1e30;
 307
 308     min[0] = (float) 1e30;
 309     min[1] = (float) 1e30;
 310     min[2] = (float) 1e30;
 311
 312     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 313     {
 314       if (chain.isVisible)
 315       {
 316         for (Bond tmp : chain.bonds)
 317         {
 318           if (tmp.start[0] >= max[0])
 319           {
 320             max[0] = tmp.start[0];
 321           }
 322
 323           if (tmp.start[1] >= max[1])
 324           {
 325             max[1] = tmp.start[1];
 326           }
 327
 328           if (tmp.start[2] >= max[2])
 329           {
 330             max[2] = tmp.start[2];
 331           }
 332
 333           if (tmp.start[0] <= min[0])
 334           {
 335             min[0] = tmp.start[0];
 336           }
 337
 338           if (tmp.start[1] <= min[1])
 339           {
 340             min[1] = tmp.start[1];
 341           }
 342
 343           if (tmp.start[2] <= min[2])
 344           {
 345             min[2] = tmp.start[2];
 346           }
 347
 348           if (tmp.end[0] >= max[0])
 349           {
 350             max[0] = tmp.end[0];
 351           }
 352
 353           if (tmp.end[1] >= max[1])
 354           {
 355             max[1] = tmp.end[1];
 356           }
 357
 358           if (tmp.end[2] >= max[2])
 359           {
 360             max[2] = tmp.end[2];
 361           }
 362
 363           if (tmp.end[0] <= min[0])
 364           {
 365             min[0] = tmp.end[0];
 366           }
 367
 368           if (tmp.end[1] <= min[1])
 369           {
 370             min[1] = tmp.end[1];
 371           }
 372
 373           if (tmp.end[2] <= min[2])
 374           {
 375             min[2] = tmp.end[2];
 376           }
 377         }
 378       }
 379     }
 380     /*
 381      * System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);
 382      * System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);
 383      * System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);
 384      */
 385
 386     width[0] = Math.abs(max[0] - min[0]);
 387     width[1] = Math.abs(max[1] - min[1]);
 388     width[2] = Math.abs(max[2] - min[2]);
 389
 390     maxwidth = width[0];
 391
 392     if (width[1] > width[0])
 393     {
 394       maxwidth = width[1];
 395     }
 396
 397     if (width[2] > width[1])
 398     {
 399       maxwidth = width[2];
 400     }
 401
 402     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 403   }
 404
 405   public float findScale()
 406   {
 407     int dim;
 408     int width;
 409     int height;
 410
 411     if (getWidth() != 0)
 412     {
 413       width = getWidth();
 414       height = getHeight();
 415     }
 416     else
 417     {
 418       width = prefsize.width;
 419       height = prefsize.height;
 420     }
 421
 422     if (width < height)
 423     {
 424       dim = width;
 425     }
 426     else
 427     {
 428       dim = height;
 429     }
 430
 431     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 432   }
 433
 434   public void findCentre()
 435   {
 436     float xtot = 0;
 437     float ytot = 0;
 438     float ztot = 0;
 439
 440     int bsize = 0;
 441
 442     // Find centre coordinate
 443     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 444     {
 445       if (chain.isVisible)
 446       {
 447         bsize += chain.bonds.size();
 448
 449         for (Bond bond : chain.bonds)
 450         {
 451           xtot = xtot + bond.start[0] + bond.end[0];
 452           ytot = ytot + bond.start[1] + bond.end[1];
 453           ztot = ztot + bond.start[2] + bond.end[2];
 454         }
 455       }
 456     }
 457
 458     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 459     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 460     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 461   }
 462
 463   @Override
 464   public void paintComponent(Graphics g)
 465   {
 466     super.paintComponent(g);
 467
 468     if (!seqColoursReady || errorMessage != null)
 469     {
 470       g.setColor(Color.black);
 471       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 472       g.drawString(errorMessage == null ? "Retrieving PDB data...."
 473               : errorMessage, 20, getHeight() / 2);
 474       return;
 475     }
 476
 477     // Only create the image at the beginning -
 478     // this saves much memory usage
 479     if ((img == null) || (prefsize.width != getWidth())
 480             || (prefsize.height != getHeight()))
 481
 482     {
 483       prefsize.width = getWidth();
 484       prefsize.height = getHeight();
 485
 486       scale = findScale();
 487       img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 488       ig = img.getGraphics();
 489       Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;
 490
 491       ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 492               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 493
 494       redrawneeded = true;
 495     }
 496
 497     if (redrawneeded)
 498     {
 499       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 500       redrawneeded = false;
 501     }
 502
 503     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 504
 505     pdbAction = false;
 506   }
 507
 508   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 509   {
 510     g.setColor(backgroundColour);
 511     g.fillRect(0, 0, width, height);
 512     drawScene(g);
 513     drawLabels(g);
 514   }
 515
 516   public void updateSeqColours()
 517   {
 518     if (pdbAction)
 519     {
 520       return;
 521     }
 522
 523     colourBySequence();
 524
 525     redrawneeded = true;
 526     repaint();
 527   }
 528
 529   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 530   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 531   void colourBySequence()
 532   {
 533     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 534
 535     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 536
 537     boolean showFeatures = false;
 538     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
 539     {
 540       if (fr == null)
 541       {
 542         fr = new FeatureRenderer(ap);
 543       }
 544
 545       fr.transferSettings(ap.alignFrame.getFeatureRenderer());
 546
 547       showFeatures = true;
 548     }
 549
 550     FeatureColourFinder finder = new FeatureColourFinder(fr);
 551     PDBChain chain;
 552     if (bysequence && pdb != null)
 553     {
 554       for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 555       {
 556         chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
 557
 558         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 559         {
 560           Bond tmp = chain.bonds.elementAt(i);
 561           tmp.startCol = Color.lightGray;
 562           tmp.endCol = Color.lightGray;
 563           if (chain != mainchain)
 564           {
 565             continue;
 566           }
 567
 568           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 569           {
 570             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 571             {
 572               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 573               {
 574                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber) - 1;
 575                 if (pos > 0)
 576                 {
 577                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 578                   tmp.startCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 579                   if (showFeatures)
 580                   {
 581                     tmp.startCol = finder.findFeatureColour(tmp.startCol,
 582                             sequence[s], pos);
 583                   }
 584                 }
 585                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber) - 1;
 586                 if (pos > 0)
 587                 {
 588                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 589                   tmp.endCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 590                   if (showFeatures)
 591                   {
 592                     tmp.endCol = finder.findFeatureColour(tmp.endCol,
 593                             sequence[s], pos);
 594                   }
 595                 }
 596
 597               }
 598             }
 599           }
 600         }
 601       }
 602     }
 603   }
 604
 605   Zsort zsort;
 606
 607   public void drawScene(Graphics g)
 608   {
 609     if (zbuffer)
 610     {
 611       if (zsort == null)
 612       {
 613         zsort = new Zsort();
 614       }
 615
 616       zsort.sort(visiblebonds);
 617     }
 618
 619     Bond tmpBond = null;
 620     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 621     {
 622       tmpBond = visiblebonds.elementAt(i);
 623
 624       xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 625       ystart = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 626
 627       xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 628       yend = (int) (((centre[1] - tmpBond.end[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 629
 630       xmid = (xend + xstart) / 2;
 631       ymid = (yend + ystart) / 2;
 632       if (depthcue && !bymolecule)
 633       {
 634         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 635         {
 636
 637           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 638           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 639           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 640           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 641
 642         }
 643         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 644         {
 645           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 646           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 647
 648           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 649           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 650         }
 651         else
 652         {
 653           g.setColor(tmpBond.startCol);
 654           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 655
 656           g.setColor(tmpBond.endCol);
 657           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 658         }
 659       }
 660       else if (depthcue && bymolecule)
 661       {
 662         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 663         {
 664           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 665           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 666         }
 667         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 668         {
 669           g.setColor(Color.green.darker());
 670           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 671         }
 672         else
 673         {
 674           g.setColor(Color.green);
 675           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 676         }
 677       }
 678       else if (!depthcue && !bymolecule)
 679       {
 680         g.setColor(tmpBond.startCol);
 681         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 682         g.setColor(tmpBond.endCol);
 683         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 684       }
 685       else
 686       {
 687         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 688       }
 689
 690       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 691       {
 692         g.setColor(tmpBond.endCol.brighter().brighter().brighter()
 693                 .brighter());
 694         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 695       }
 696
 697       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 698       {
 699         g.setColor(tmpBond.startCol.brighter().brighter().brighter()
 700                 .brighter());
 701         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 702       }
 703
 704     }
 705
 706   }
 707
 708   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 709   {
 710     if (!wire)
 711     {
 712       if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 713       {
 714         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 715         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 716         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 717       }
 718       else
 719       {
 720         g.setColor(g.getColor().brighter());
 721         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 722         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 723         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 724       }
 725     }
 726     else
 727     {
 728       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 729     }
 730   }
 731
 732   public Dimension minimumsize()
 733   {
 734     return prefsize;
 735   }
 736
 737   public Dimension preferredsize()
 738   {
 739     return prefsize;
 740   }
 741
 742   public void keyPressed(KeyEvent evt)
 743   {
 744     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 745     {
 746       scale = (float) (scale * 1.1);
 747       redrawneeded = true;
 748       repaint();
 749     }
 750     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 751     {
 752       scale = (float) (scale * 0.9);
 753       redrawneeded = true;
 754       repaint();
 755     }
 756   }
 757
 758   @Override
 759   public void mousePressed(MouseEvent e)
 760   {
 761     pdbAction = true;
 762     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 763     if (fatom != null)
 764     {
 765       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 766
 767       redrawneeded = true;
 768       repaint();
 769       if (foundchain != -1)
 770       {
 771         PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 772         if (chain == mainchain)
 773         {
 774           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 775           {
 776             if (highlightRes == null)
 777             {
 778               highlightRes = new Vector<String>();
 779             }
 780
 781             final String atomString = Integer
 782                     .toString(fatom.alignmentMapping);
 783             if (highlightRes.contains(atomString))
 784             {
 785               highlightRes.remove(atomString);
 786             }
 787             else
 788             {
 789               highlightRes.add(atomString);
 790             }
 791           }
 792         }
 793       }
 794
 795     }
 796     mx = e.getX();
 797     my = e.getY();
 798     omx = mx;
 799     omy = my;
 800     dragging = false;
 801   }
 802
 803   @Override
 804   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 805   {
 806     pdbAction = true;
 807     if (highlightBond1 != null)
 808     {
 809       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 810       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 811       highlightBond1 = null;
 812       highlightBond2 = null;
 813     }
 814
 815     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 816
 817     PDBChain chain = null;
 818     if (foundchain != -1)
 819     {
 820       chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 821       if (chain == mainchain)
 822       {
 823         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 824       }
 825     }
 826
 827     if (fatom != null)
 828     {
 829       this.setToolTipText(chain.id + ":" + fatom.resNumber + " "
 830               + fatom.resName);
 831     }
 832     else
 833     {
 834       mouseOverStructure(-1, chain != null ? chain.id : null);
 835       this.setToolTipText(null);
 836     }
 837   }
 838
 839   @Override
 840   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 841   {
 842   }
 843
 844   @Override
 845   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 846   {
 847   }
 848
 849   @Override
 850   public void mouseExited(MouseEvent e)
 851   {
 852   }
 853
 854   @Override
 855   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 856   {
 857     int x = evt.getX();
 858     int y = evt.getY();
 859     mx = x;
 860     my = y;
 861
 862     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 863     objmat.setIdentity();
 864
 865     if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 866     {
 867       objmat.rotatez(((mx - omx)));
 868     }
 869     else
 870     {
 871       objmat.rotatex(((my - omy)));
 872       objmat.rotatey(((omx - mx)));
 873     }
 874
 875     // Alter the bonds
 876     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 877     {
 878       for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 879       {
 880         // Translate the bond so the centre is 0,0,0
 881         tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 882
 883         // Now apply the rotation matrix
 884         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 885         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 886
 887         // Now translate back again
 888         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 889       }
 890     }
 891
 892     objmat = null;
 893
 894     omx = mx;
 895     omy = my;
 896
 897     dragging = true;
 898
 899     redrawneeded = true;
 900
 901     repaint();
 902   }
 903
 904   @Override
 905   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 906   {
 907     dragging = false;
 908     return;
 909   }
 910
 911   void drawLabels(Graphics g)
 912   {
 913
 914     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 915     {
 916       if (chain.isVisible)
 917       {
 918         for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 919         {
 920           if (tmpBond.at1.isSelected)
 921           {
 922             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 923           }
 924
 925           if (tmpBond.at2.isSelected)
 926           {
 927             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 928           }
 929         }
 930       }
 931     }
 932   }
 933
 934   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 935   {
 936     g.setFont(font);
 937     g.setColor(Color.red);
 938     if (n == 1)
 939     {
 940       int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 941       int ystart = (int) (((centre[1] - b.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 942
 943       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 944     }
 945
 946     if (n == 2)
 947     {
 948       int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 949       int ystart = (int) (((centre[1] - b.end[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 950
 951       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 952     }
 953   }
 954
 955   int foundchain = -1;
 956
 957   public Atom findAtom(int x, int y)
 958   {
 959     Atom fatom = null;
 960
 961     foundchain = -1;
 962
 963     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 964     {
 965       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
 966       int truex;
 967       Bond tmpBond = null;
 968
 969       if (chain.isVisible)
 970       {
 971         for (Bond bond : chain.bonds)
 972         {
 973           tmpBond = bond;
 974
 975           truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 976
 977           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 978           {
 979             int truey = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 980
 981             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 982             {
 983               fatom = tmpBond.at1;
 984               foundchain = ii;
 985               break;
 986             }
 987           }
 988         }
 989
 990         // Still here? Maybe its the last bond
 991
 992         truex = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 993
 994         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 995         {
 996           int truey = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 997
 998           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 999           {
1000             fatom = tmpBond.at2;
1001             foundchain = ii;
1002             break;
1003           }
1004         }
1005
1006       }
1007
1008       if (fatom != null) // )&& chain.ds != null)
1009       { // dead code? value of chain is either overwritten or discarded
1010         chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
1011       }
1012     }
1013
1014     return fatom;
1015   }
1016
1017   Bond highlightBond1, highlightBond2;
1018
1019   public void highlightRes(int ii)
1020   {
1021     if (!seqColoursReady)
1022     {
1023       return;
1024     }
1025
1026     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((ii - 1) + ""))
1027     {
1028       return;
1029     }
1030
1031     int index = -1;
1032     Bond tmpBond;
1033     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1034     {
1035       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1036       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1037       {
1038         if (highlightBond1 != null)
1039         {
1040           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1041         }
1042
1043         if (highlightBond2 != null)
1044         {
1045           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1046         }
1047
1048         highlightBond1 = null;
1049         highlightBond2 = null;
1050
1051         if (index > 0)
1052         {
1053           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1054           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1055         }
1056
1057         if (index != mainchain.bonds.size())
1058         {
1059           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1060           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1061         }
1062
1063         break;
1064       }
1065     }
1066
1067     redrawneeded = true;
1068     repaint();
1069   }
1070
1071   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1072   {
1073     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
1074     {
1075       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
1076       chain.isVisible = b;
1077     }
1078     mainchain.isVisible = true;
1079     findCentre();
1080     setupBonds();
1081   }
1082
1083   // ////////////////////////////////
1084   // /StructureListener
1085   @Override
1086   public String[] getPdbFile()
1087   {
1088     return new String[] { pdbentry.getFile() };
1089   }
1090
1091   String lastMessage;
1092
1093   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1094   {
1095     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum + chain))
1096     {
1097       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1098     }
1099
1100     lastMessage = pdbResNum + chain;
1101   }
1102
1103   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1104
1105   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1106
1107   /**
1108    * Highlight the specified atoms in the structure.
1109    *
1110    * @param atoms
1111    */
1112   @Override
1113   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
1114   {
1115     if (!seqColoursReady)
1116     {
1117       return;
1118     }
1119
1120     for (AtomSpec atom : atoms)
1121     {
1122       int atomIndex = atom.getAtomIndex();
1123       if (highlightRes != null
1124               && highlightRes.contains((atomIndex - 1) + ""))
1125       {
1126         continue;
1127       }
1128
1129       highlightAtom(atomIndex);
1130     }
1131
1132     redrawneeded = true;
1133     repaint();
1134   }
1135
1136   /**
1137    * Highlight the atom at the specified index.
1138    *
1139    * @param atomIndex
1140    */
1141   protected void highlightAtom(int atomIndex)
1142   {
1143     int index = -1;
1144     Bond tmpBond;
1145     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1146     {
1147       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1148       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1149       {
1150         if (highlightBond1 != null)
1151         {
1152           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1153         }
1154
1155         if (highlightBond2 != null)
1156         {
1157           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1158         }
1159
1160         highlightBond1 = null;
1161         highlightBond2 = null;
1162
1163         if (index > 0)
1164         {
1165           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1166           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1167         }
1168
1169         if (index != mainchain.bonds.size())
1170         {
1171           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1172           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1173         }
1174
1175         break;
1176       }
1177     }
1178   }
1179
1180   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1181           String pdbfile)
1182   {
1183     return Color.white;
1184     // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1185     // return null;
1186
1187     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1188   }
1189
1190   @Override
1191   public void updateColours(Object source)
1192   {
1193     colourBySequence();
1194     redrawneeded = true;
1195     repaint();
1196   }
1197
1198   @Override
1199   public void releaseReferences(Object svl)
1200   {
1201     // TODO Auto-generated method stub
1202
1203   }
1204
1205   @Override
1206   public boolean isListeningFor(SequenceI seq)
1207   {
1208     if (sequence != null)
1209     {
1210       for (SequenceI s : sequence)
1211       {
1212         if (s == seq)
1213         {
1214           return true;
1215         }
1216       }
1217     }
1218     return false;
1219   }
1220 }