src/MCview/PDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  25 import java.awt.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27 import javax.swing.*;
  28
  29 import jalview.analysis.*;
  30 import jalview.datamodel.*;
  31
  32 public class PDBCanvas
  33     extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener
  34 {
  35   MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);
  36   MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
  37   boolean redrawneeded = true;
  38   int omx = 0;
  39   int mx = 0;
  40   int omy = 0;
  41   int my = 0;
  42   public PDBfile pdb;
  43   int bsize;
  44   Image img;
  45   Graphics ig;
  46   Dimension prefsize;
  47   float[] centre = new float[3];
  48   float[] width = new float[3];
  49   float maxwidth;
  50   float scale;
  51   String inStr;
  52   String inType;
  53   boolean bysequence = true;
  54   boolean depthcue = true;
  55   boolean wire = false;
  56   boolean bymolecule = false;
  57   boolean zbuffer = true;
  58   boolean dragging;
  59   int xstart;
  60   int xend;
  61   int ystart;
  62   int yend;
  63   int xmid;
  64   int ymid;
  65   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
  66   jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas;
  67   public Sequence sequence;
  68   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
  69   PDBChain mainchain;
  70   Vector highlightRes;
  71   boolean pdbAction = false;
  72   boolean seqColoursReady = false;
  73   jalview.gui.FeatureRenderer fr;
  74   Color backgroundColour = Color.black;
  75
  76   public PDBCanvas(jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas, Sequence seq)
  77   {
  78     this.seqcanvas = seqcanvas;
  79     this.sequence = seq;
  80     seqcanvas.setPDBCanvas(this);
  81   }
  82
  83   public void setPDBFile(PDBfile pdb)
  84   {
  85     int max = -10;
  86     int maxchain = -1;
  87     int pdbstart = 0;
  88     int pdbend = 0;
  89     int seqstart = 0;
  90     int seqend = 0;
  91     AlignSeq maxAlignseq = null;
  92
  93     for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
  94     {
  95
  96       mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " +
  97                             ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.
  98                             getSequenceAsString());
  99       mappingDetails.append("\nNo of residues = " +
 100                             ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size() +
 101                             "\n\n");
 102
 103       // Now lets compare the sequences to get
 104       // the start and end points.
 105       // Align the sequence to the pdb
 106       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 107                                  ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence,
 108                                  AlignSeq.PEP);
 109       as.calcScoreMatrix();
 110       as.traceAlignment();
 111       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 112       {
 113         public void print(String x)
 114         {
 115           mappingDetails.append(x);
 116         }
 117
 118         public void println()
 119         {
 120           mappingDetails.append("\n");
 121         }
 122       };
 123
 124       as.printAlignment(ps);
 125
 126       if (as.maxscore > max)
 127       {
 128         max = as.maxscore;
 129         maxchain = i;
 130         pdbstart = as.seq2start;
 131         pdbend = as.seq2end;
 132         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 133         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 134         maxAlignseq = as;
 135       }
 136
 137       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 138       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 139     }
 140
 141     mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);
 142
 143     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 144     mainchain.pdbend = pdbend;
 145     mainchain.seqstart = seqstart;
 146     mainchain.seqend = seqend;
 147     mainchain.isVisible = true;
 148     mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);
 149     mainchain.transferRESNUMFeatures(sequence.getDatasetSequence(), null);
 150     seqcanvas.getFeatureRenderer().featuresAdded();
 151     this.pdb = pdb;
 152     this.prefsize = new Dimension(getWidth(), getHeight());
 153
 154     //Initialize the matrices to identity
 155     for (int i = 0; i < 3; i++)
 156     {
 157       for (int j = 0; j < 3; j++)
 158       {
 159         if (i != j)
 160         {
 161           idmat.addElement(i, j, 0);
 162           objmat.addElement(i, j, 0);
 163         }
 164         else
 165         {
 166           idmat.addElement(i, j, 1);
 167           objmat.addElement(i, j, 1);
 168         }
 169       }
 170     }
 171
 172     addMouseMotionListener(this);
 173     addMouseListener(this);
 174
 175     addMouseWheelListener(new MouseWheelListener()
 176     {
 177       public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)
 178       {
 179         if (e.getWheelRotation() > 0)
 180         {
 181           scale = (float) (scale * 1.1);
 182           redrawneeded = true;
 183           repaint();
 184         }
 185
 186         else
 187         {
 188           scale = (float) (scale * 0.9);
 189           redrawneeded = true;
 190           repaint();
 191         }
 192       }
 193     });
 194
 195     findCentre();
 196     findWidth();
 197
 198     setupBonds();
 199
 200     scale = findScale();
 201
 202     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 203     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 204     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 205   }
 206
 207   Vector visiblebonds;
 208   void setupBonds()
 209   {
 210     seqColoursReady = false;
 211     // Sort the bonds by z coord
 212     visiblebonds = new Vector();
 213
 214     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 215     {
 216       if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 217       {
 218         Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 219
 220         for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
 221         {
 222           visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));
 223         }
 224       }
 225     }
 226
 227     updateSeqColours();
 228     seqColoursReady = true;
 229     redrawneeded = true;
 230     repaint();
 231   }
 232
 233   public void findWidth()
 234   {
 235     float[] max = new float[3];
 236     float[] min = new float[3];
 237
 238     max[0] = (float) - 1e30;
 239     max[1] = (float) - 1e30;
 240     max[2] = (float) - 1e30;
 241
 242     min[0] = (float) 1e30;
 243     min[1] = (float) 1e30;
 244     min[2] = (float) 1e30;
 245
 246     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 247     {
 248       if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 249       {
 250         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 251
 252         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 253         {
 254           Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);
 255
 256           if (tmp.start[0] >= max[0])
 257           {
 258             max[0] = tmp.start[0];
 259           }
 260
 261           if (tmp.start[1] >= max[1])
 262           {
 263             max[1] = tmp.start[1];
 264           }
 265
 266           if (tmp.start[2] >= max[2])
 267           {
 268             max[2] = tmp.start[2];
 269           }
 270
 271           if (tmp.start[0] <= min[0])
 272           {
 273             min[0] = tmp.start[0];
 274           }
 275
 276           if (tmp.start[1] <= min[1])
 277           {
 278             min[1] = tmp.start[1];
 279           }
 280
 281           if (tmp.start[2] <= min[2])
 282           {
 283             min[2] = tmp.start[2];
 284           }
 285
 286           if (tmp.end[0] >= max[0])
 287           {
 288             max[0] = tmp.end[0];
 289           }
 290
 291           if (tmp.end[1] >= max[1])
 292           {
 293             max[1] = tmp.end[1];
 294           }
 295
 296           if (tmp.end[2] >= max[2])
 297           {
 298             max[2] = tmp.end[2];
 299           }
 300
 301           if (tmp.end[0] <= min[0])
 302           {
 303             min[0] = tmp.end[0];
 304           }
 305
 306           if (tmp.end[1] <= min[1])
 307           {
 308             min[1] = tmp.end[1];
 309           }
 310
 311           if (tmp.end[2] <= min[2])
 312           {
 313             min[2] = tmp.end[2];
 314           }
 315         }
 316       }
 317     }
 318     /*
 319              System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);
 320              System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);
 321              System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);*/
 322
 323     width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);
 324     width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);
 325     width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);
 326
 327     maxwidth = width[0];
 328
 329     if (width[1] > width[0])
 330     {
 331       maxwidth = width[1];
 332     }
 333
 334     if (width[2] > width[1])
 335     {
 336       maxwidth = width[2];
 337     }
 338
 339     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 340   }
 341
 342   public float findScale()
 343   {
 344     int dim;
 345     int width;
 346     int height;
 347
 348     if (getWidth() != 0)
 349     {
 350       width = getWidth();
 351       height = getHeight();
 352     }
 353     else
 354     {
 355       width = prefsize.width;
 356       height = prefsize.height;
 357     }
 358
 359     if (width < height)
 360     {
 361       dim = width;
 362     }
 363     else
 364     {
 365       dim = height;
 366     }
 367
 368     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 369   }
 370
 371   public void findCentre()
 372   {
 373     float xtot = 0;
 374     float ytot = 0;
 375     float ztot = 0;
 376
 377     int bsize = 0;
 378
 379     //Find centre coordinate
 380     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 381     {
 382       if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 383       {
 384         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 385
 386         bsize += bonds.size();
 387
 388         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 389         {
 390           xtot = xtot + ( (Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +
 391               ( (Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];
 392
 393           ytot = ytot + ( (Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +
 394               ( (Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];
 395
 396           ztot = ztot + ( (Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +
 397               ( (Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];
 398         }
 399       }
 400     }
 401
 402     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 403     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 404     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 405   }
 406
 407   public void paintComponent(Graphics g)
 408   {
 409     super.paintComponent(g);
 410
 411     if (!seqColoursReady)
 412     {
 413       g.setColor(Color.black);
 414       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 415       g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, getHeight() / 2);
 416       return;
 417     }
 418
 419     //Only create the image at the beginning -
 420     //this saves much memory usage
 421     if ( (img == null)
 422         || (prefsize.width != getWidth())
 423         || (prefsize.height != getHeight()))
 424
 425     {
 426       prefsize.width = getWidth();
 427       prefsize.height = getHeight();
 428
 429       scale = findScale();
 430       img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 431       ig = img.getGraphics();
 432       Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;
 433
 434       ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 435                            RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 436
 437       redrawneeded = true;
 438     }
 439
 440     if (redrawneeded)
 441     {
 442       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 443       redrawneeded = false;
 444     }
 445
 446     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 447
 448     pdbAction = false;
 449   }
 450
 451   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 452   {
 453     g.setColor(backgroundColour);
 454     g.fillRect(0, 0, width, height);
 455     drawScene(g);
 456     drawLabels(g);
 457   }
 458
 459   public void updateSeqColours()
 460   {
 461     if (pdbAction)
 462     {
 463       return;
 464     }
 465
 466     // System.out.println("update seq colours");
 467     if (bysequence && pdb != null)
 468     {
 469       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 470       {
 471         colourBySequence( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii));
 472       }
 473     }
 474
 475     redrawneeded = true;
 476     repaint();
 477   }
 478
 479   int findTrueIndex(int pos)
 480   {
 481     // returns the alignment position for a residue
 482     int j = sequence.getStart(); // first position in PDB atom coordinate sequence
 483     int i = 0;
 484
 485     while ( (i < sequence.getLength()) && (j <= pos + 1))
 486     {
 487       if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence.getCharAt(i)))
 488       {
 489         j++;
 490       }
 491
 492       i++;
 493     }
 494
 495     if (i > 1)
 496     {
 497       i--;
 498     }
 499
 500     if (j < pos)
 501     {
 502       return sequence.getEnd() + 1;
 503     }
 504     else
 505     {
 506       return i;
 507     }
 508   }
 509
 510   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 511   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 512   void colourBySequence(PDBChain chain)
 513   {
 514     // System.out.println("colour by seq");
 515     boolean showFeatures = false;
 516     if (seqcanvas.getViewport().getShowSequenceFeatures())
 517     {
 518       showFeatures = true;
 519       if (fr == null)
 520       {
 521         fr = new jalview.gui.FeatureRenderer(seqcanvas.getViewport());
 522       }
 523
 524       fr.transferSettings(seqcanvas.getFeatureRenderer());
 525     }
 526
 527     Bond tmp;
 528     for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 529     {
 530       tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);
 531
 532       if (chain != mainchain)
 533       {
 534         continue;
 535       }
 536
 537       //if ( (tmp.at1.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&
 538       //    (tmp.at1.resNumber <= ( (chain.offset + chain.pdbend) - 1)))
 539       {
 540         int index = findTrueIndex(tmp.at1.alignmentMapping);
 541         //sequence.findIndex(tmp.at1.alignmentMapping);
 542         if (index != -1)
 543         {
 544           tmp.startCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().
 545               getResidueBoxColour(sequence, index);
 546
 547           if (showFeatures)
 548           {
 549             tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol, sequence, index);
 550           }
 551
 552           if (tmp.startCol == null)
 553           {
 554             tmp.startCol = Color.white;
 555           }
 556         }
 557       }
 558
 559       //if ( (tmp.at2.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&
 560       //    (tmp.at2.resNumber <= ( (chain.pdbend + chain.offset) - 1)))
 561       {
 562
 563         int index = findTrueIndex(tmp.at2.alignmentMapping);
 564         //sequence.findIndex( tmp.at2.alignmentMapping );
 565         if (index != -1)
 566         {
 567           tmp.endCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().
 568               getResidueBoxColour(sequence, index);
 569
 570           if (showFeatures)
 571           {
 572             tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol, sequence, index);
 573           }
 574
 575           if (tmp.endCol == null)
 576           {
 577             tmp.endCol = Color.white;
 578           }
 579         }
 580       }
 581     }
 582   }
 583
 584   Zsort zsort;
 585   public void drawScene(Graphics g)
 586   {
 587     if (zbuffer)
 588     {
 589       if (zsort == null)
 590       {
 591         zsort = new Zsort();
 592       }
 593
 594       zsort.Zsort(visiblebonds);
 595     }
 596
 597     Bond tmpBond = null;
 598     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 599     {
 600       tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);
 601
 602       xstart = (int) ( ( (tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +
 603                       (getWidth() / 2));
 604       ystart = (int) ( ( (tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +
 605                       (getHeight() / 2));
 606
 607       xend = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +
 608                     (getWidth() / 2));
 609       yend = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +
 610                     (getHeight() / 2));
 611
 612       xmid = (xend + xstart) / 2;
 613       ymid = (yend + ystart) / 2;
 614       if (depthcue && !bymolecule)
 615       {
 616         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 617         {
 618
 619           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 620           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 621           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 622           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 623
 624         }
 625         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 626         {
 627           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 628           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 629
 630           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 631           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 632         }
 633         else
 634         {
 635           g.setColor(tmpBond.startCol);
 636           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 637
 638           g.setColor(tmpBond.endCol);
 639           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 640         }
 641       }
 642       else if (depthcue && bymolecule)
 643       {
 644         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 645         {
 646           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 647           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 648         }
 649         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 650         {
 651           g.setColor(Color.green.darker());
 652           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 653         }
 654         else
 655         {
 656           g.setColor(Color.green);
 657           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 658         }
 659       }
 660       else if (!depthcue && !bymolecule)
 661       {
 662         g.setColor(tmpBond.startCol);
 663         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 664         g.setColor(tmpBond.endCol);
 665         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 666       }
 667       else
 668       {
 669         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 670       }
 671
 672       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 673       {
 674         g.setColor(tmpBond.endCol.brighter().brighter().brighter().brighter());
 675         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 676       }
 677
 678       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 679       {
 680         g.setColor(tmpBond.startCol.brighter().brighter().brighter().brighter());
 681         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 682       }
 683
 684     }
 685
 686   }
 687
 688   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 689   {
 690     if (!wire)
 691     {
 692       if ( ( (float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 693       {
 694         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 695         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 696         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 697       }
 698       else
 699       {
 700         g.setColor(g.getColor().brighter());
 701         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 702         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 703         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 704       }
 705     }
 706     else
 707     {
 708       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 709     }
 710   }
 711
 712   public Dimension minimumsize()
 713   {
 714     return prefsize;
 715   }
 716
 717   public Dimension preferredsize()
 718   {
 719     return prefsize;
 720   }
 721
 722   public void keyPressed(KeyEvent evt)
 723   {
 724     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 725     {
 726       scale = (float) (scale * 1.1);
 727       redrawneeded = true;
 728       repaint();
 729     }
 730     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 731     {
 732       scale = (float) (scale * 0.9);
 733       redrawneeded = true;
 734       repaint();
 735     }
 736   }
 737
 738   public void mousePressed(MouseEvent e)
 739   {
 740     pdbAction = true;
 741     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 742     if (fatom != null)
 743     {
 744       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 745
 746       redrawneeded = true;
 747       repaint();
 748       if (foundchain != -1)
 749       {
 750         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 751         if (chain == mainchain)
 752         {
 753           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 754           {
 755             if (highlightRes == null)
 756             {
 757               highlightRes = new Vector();
 758             }
 759
 760             if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping + ""))
 761             {
 762               highlightRes.remove(fatom.alignmentMapping + "");
 763             }
 764             else
 765             {
 766               highlightRes.add(fatom.alignmentMapping + "");
 767             }
 768           }
 769         }
 770       }
 771
 772     }
 773     mx = e.getX();
 774     my = e.getY();
 775     omx = mx;
 776     omy = my;
 777     dragging = false;
 778   }
 779
 780   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 781   {
 782     pdbAction = true;
 783     if (highlightBond1 != null)
 784     {
 785       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 786       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 787       highlightBond1 = null;
 788       highlightBond2 = null;
 789     }
 790
 791     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 792
 793     PDBChain chain = null;
 794     if (foundchain != -1)
 795     {
 796       chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 797       if (chain == mainchain)
 798       {
 799         highlightSeqcanvas(fatom.alignmentMapping);
 800       }
 801     }
 802
 803     if (fatom != null)
 804     {
 805       this.setToolTipText(chain.id + ":" + fatom.resNumber + " " +
 806                           fatom.resName);
 807     }
 808     else
 809     {
 810       highlightSeqcanvas( -1);
 811       this.setToolTipText(null);
 812     }
 813   }
 814
 815   void highlightSeqcanvas(int pos)
 816   {
 817     SearchResults searchResults = new SearchResults();
 818     if (highlightRes != null)
 819     {
 820       for (int i = 0; i < highlightRes.size(); i++)
 821       {
 822         int a = Integer.parseInt(highlightRes.elementAt(
 823             i).toString()) + 1;
 824
 825         searchResults.addResult(sequence, a, a);
 826       }
 827     }
 828
 829     if (pos != -1)
 830     {
 831       searchResults.addResult(sequence, pos + 1, pos + 1);
 832     }
 833
 834     seqcanvas.highlightSearchResults(searchResults);
 835   }
 836
 837   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 838   {}
 839
 840   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 841   {}
 842
 843   public void mouseExited(MouseEvent e)
 844   {}
 845
 846   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 847   {
 848     int x = evt.getX();
 849     int y = evt.getY();
 850     mx = x;
 851     my = y;
 852
 853     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 854     objmat.setIdentity();
 855
 856     if ( (evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 857     {
 858       objmat.rotatez( (float) ( (mx - omx)));
 859     }
 860     else
 861     {
 862       objmat.rotatex( (float) ( (my - omy)));
 863       objmat.rotatey( (float) ( (omx - mx)));
 864     }
 865
 866     //Alter the bonds
 867     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 868     {
 869       Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 870
 871       for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 872       {
 873         Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 874
 875         //Translate the bond so the centre is 0,0,0
 876         tmpBond.translate( -centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 877
 878         //Now apply the rotation matrix
 879         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 880         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 881
 882         //Now translate back again
 883         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 884       }
 885     }
 886
 887     objmat = null;
 888
 889     omx = mx;
 890     omy = my;
 891
 892     dragging = true;
 893
 894     redrawneeded = true;
 895
 896     repaint();
 897   }
 898
 899   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 900   {
 901     dragging = false;
 902     return;
 903   }
 904
 905   void drawLabels(Graphics g)
 906   {
 907
 908     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 909     {
 910       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 911
 912       if (chain.isVisible)
 913       {
 914         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 915
 916         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 917         {
 918           Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 919
 920           if (tmpBond.at1.isSelected)
 921           {
 922             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 923           }
 924
 925           if (tmpBond.at2.isSelected)
 926           {
 927
 928             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 929           }
 930         }
 931       }
 932     }
 933   }
 934
 935   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 936   {
 937     g.setFont(font);
 938     g.setColor(Color.red);
 939     if (n == 1)
 940     {
 941       int xstart = (int) ( ( (b.start[0] - centre[0]) * scale) +
 942                           (getWidth() / 2));
 943       int ystart = (int) ( ( (b.start[1] - centre[1]) * scale) +
 944                           (getHeight() / 2));
 945
 946       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 947     }
 948
 949     if (n == 2)
 950     {
 951       int xstart = (int) ( ( (b.end[0] - centre[0]) * scale) +
 952                           (getWidth() / 2));
 953       int ystart = (int) ( ( (b.end[1] - centre[1]) * scale) +
 954                           (getHeight() / 2));
 955
 956       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 957     }
 958   }
 959
 960   int foundchain = -1;
 961   public Atom findAtom(int x, int y)
 962   {
 963     Atom fatom = null;
 964
 965     foundchain = -1;
 966
 967     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 968     {
 969       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 970       int truex;
 971       Bond tmpBond = null;
 972
 973       if (chain.isVisible)
 974       {
 975         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 976
 977         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 978         {
 979           tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 980
 981           truex = (int) ( ( (tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +
 982                          (getWidth() / 2));
 983
 984           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 985           {
 986             int truey = (int) ( ( (tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +
 987                                (getHeight() / 2));
 988
 989             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 990             {
 991               fatom = tmpBond.at1;
 992               foundchain = ii;
 993               break;
 994             }
 995           }
 996         }
 997
 998         // Still here? Maybe its the last bond
 999
1000         truex = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +
1001                        (getWidth() / 2));
1002
1003         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
1004         {
1005           int truey = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +
1006                              (getHeight() / 2));
1007
1008           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
1009           {
1010             fatom = tmpBond.at2;
1011             foundchain = ii;
1012             break;
1013           }
1014         }
1015
1016       }
1017
1018       if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)
1019       {
1020         chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
1021       }
1022     }
1023
1024     return fatom;
1025   }
1026
1027   Bond highlightBond1, highlightBond2;
1028   public void highlightRes(int ii)
1029   {
1030     if (!seqColoursReady)
1031     {
1032       return;
1033     }
1034
1035     if (highlightRes != null
1036         && highlightRes.contains( (ii - 1) + ""))
1037     {
1038       return;
1039     }
1040
1041     int index = -1;
1042     Bond tmpBond;
1043     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1044     {
1045       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1046       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1047       {
1048         if (highlightBond1 != null)
1049         {
1050           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1051         }
1052
1053         if (highlightBond2 != null)
1054         {
1055           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1056         }
1057
1058         highlightBond1 = null;
1059         highlightBond2 = null;
1060
1061         if (index > 0)
1062         {
1063           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1064           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1065         }
1066
1067         if (index != mainchain.bonds.size())
1068         {
1069           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
1070           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1071         }
1072
1073         break;
1074       }
1075     }
1076
1077     redrawneeded = true;
1078     repaint();
1079   }
1080
1081   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1082   {
1083     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
1084     {
1085       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
1086       chain.isVisible = b;
1087     }
1088     mainchain.isVisible = true;
1089     findCentre();
1090     setupBonds();
1091   }
1092 }