src/MCview/PDBCanvas.java

   1 /*
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 *
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 * of the License, or (at your option) any later version.
   9 *
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 * GNU General Public License for more details.
  14 *
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18 */
  19 package MCview;
  20
  21 import jalview.analysis.AlignSeq;
  22
  23 import jalview.datamodel.*;
  24
  25 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  26 import java.awt.*;
  27 import java.awt.event.*;
  28
  29 import java.io.*;
  30
  31 import java.util.*;
  32
  33 import javax.swing.*;
  34
  35
  36 public class PDBCanvas extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener
  37 {
  38     MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);
  39     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
  40     boolean redrawneeded = true;
  41     int omx = 0;
  42     int mx = 0;
  43     int omy = 0;
  44     int my = 0;
  45     public PDBfile pdb;
  46     int bsize;
  47     Image img;
  48     Graphics ig;
  49     Dimension prefsize;
  50     float[] centre = new float[3];
  51     float[] width = new float[3];
  52     float maxwidth;
  53     float scale;
  54     String inStr;
  55     String inType;
  56     boolean bysequence = true;
  57     boolean depthcue = true;
  58     boolean wire = false;
  59     boolean bymolecule = false;
  60     boolean zbuffer = true;
  61     boolean dragging;
  62     int xstart;
  63     int xend;
  64     int ystart;
  65     int yend;
  66     int xmid;
  67     int ymid;
  68     Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
  69     jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas;
  70     public Sequence sequence;
  71     final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
  72     PDBChain mainchain;
  73     Vector highlightRes;
  74     boolean pdbAction = false;
  75     boolean seqColoursReady = false;
  76     jalview.gui.FeatureRenderer fr;
  77     Color backgroundColour = Color.black;
  78
  79     public PDBCanvas(jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas, Sequence seq)
  80     {
  81       this.seqcanvas = seqcanvas;
  82       this.sequence = seq;
  83       seqcanvas.setPDBCanvas(this);
  84     }
  85
  86   public void setPDBFile(PDBfile pdb)
  87    {
  88         int max = -10;
  89         int maxchain = -1;
  90         int pdbstart = 0;
  91         int pdbend = 0;
  92         int seqstart = 0;
  93         int seqend = 0;
  94         AlignSeq maxAlignseq = null;
  95
  96         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
  97         {
  98
  99           mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.getSequenceAsString());
 100           mappingDetails.append("\nNo of residues = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()+"\n\n");
 101
 102             // Now lets compare the sequences to get
 103             // the start and end points.
 104             // Align the sequence to the pdb
 105             AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 106                     ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence, "pep");
 107             as.calcScoreMatrix();
 108             as.traceAlignment();
 109             PrintStream  ps = new PrintStream(System.out)
 110            {
 111               public void print(String x) {
 112                    mappingDetails.append(x);
 113                }
 114                public void println()
 115                {
 116                  mappingDetails.append("\n");
 117                }
 118             };
 119
 120             as.printAlignment(ps);
 121
 122
 123
 124             if (as.maxscore > max)
 125             {
 126                 max = as.maxscore;
 127                 maxchain = i;
 128                 pdbstart = as.seq2start;
 129                 pdbend = as.seq2end;
 130                 seqstart = as.seq1start + sequence.getStart()-1;
 131                 seqend = as.seq1end + sequence.getEnd()-1;
 132                 maxAlignseq = as;
 133             }
 134
 135             mappingDetails.append("\nPDB start/end "  + pdbstart + " " + pdbend);
 136             mappingDetails.append("\nSEQ start/end "+ seqstart + " " + seqend);
 137         }
 138
 139         mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);
 140
 141         mainchain.pdbstart = pdbstart;
 142         mainchain.pdbend = pdbend;
 143         mainchain.seqstart = seqstart;
 144         mainchain.seqend = seqend;
 145         mainchain.isVisible = true;
 146         mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);
 147
 148         this.pdb = pdb;
 149         this.prefsize = new Dimension(getWidth(), getHeight());
 150
 151         //Initialize the matrices to identity
 152         for (int i = 0; i < 3; i++) {
 153             for (int j = 0; j < 3; j++) {
 154                 if (i != j) {
 155                     idmat.addElement(i, j, 0);
 156                     objmat.addElement(i, j, 0);
 157                 } else {
 158                     idmat.addElement(i, j, 1);
 159                     objmat.addElement(i, j, 1);
 160                 }
 161             }
 162         }
 163
 164         addMouseMotionListener(this);
 165         addMouseListener(this);
 166
 167         addMouseWheelListener(new MouseWheelListener()
 168         {
 169           public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)
 170           {
 171             if (e.getWheelRotation() > 0)
 172             {
 173               scale = (float) (scale * 1.1);
 174               redrawneeded = true;
 175               repaint();
 176             }
 177
 178             else
 179             {
 180               scale = (float) (scale * 0.9);
 181               redrawneeded = true;
 182               repaint();
 183             }
 184           }
 185        });
 186
 187
 188         findCentre();
 189         findWidth();
 190
 191         setupBonds();
 192
 193         scale = findScale();
 194
 195         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 196         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 197         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 198     }
 199
 200
 201     Vector visiblebonds;
 202     void setupBonds()
 203     {
 204       seqColoursReady = false;
 205       // Sort the bonds by z coord
 206       visiblebonds = new Vector();
 207
 208       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 209       {
 210         if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 211         {
 212           Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 213
 214           for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
 215           {
 216             visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));
 217           }
 218         }
 219       }
 220
 221       updateSeqColours();
 222       seqColoursReady = true;
 223       redrawneeded = true;
 224       repaint();
 225     }
 226
 227
 228     public void findWidth() {
 229         float[] max = new float[3];
 230         float[] min = new float[3];
 231
 232         max[0] = (float) -1e30;
 233         max[1] = (float) -1e30;
 234         max[2] = (float) -1e30;
 235
 236         min[0] = (float) 1e30;
 237         min[1] = (float) 1e30;
 238         min[2] = (float) 1e30;
 239
 240         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {
 241             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {
 242                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 243
 244                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {
 245                     Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);
 246
 247                     if (tmp.start[0] >= max[0]) {
 248                         max[0] = tmp.start[0];
 249                     }
 250
 251                     if (tmp.start[1] >= max[1]) {
 252                         max[1] = tmp.start[1];
 253                     }
 254
 255                     if (tmp.start[2] >= max[2]) {
 256                         max[2] = tmp.start[2];
 257                     }
 258
 259                     if (tmp.start[0] <= min[0]) {
 260                         min[0] = tmp.start[0];
 261                     }
 262
 263                     if (tmp.start[1] <= min[1]) {
 264                         min[1] = tmp.start[1];
 265                     }
 266
 267                     if (tmp.start[2] <= min[2]) {
 268                         min[2] = tmp.start[2];
 269                     }
 270
 271                     if (tmp.end[0] >= max[0]) {
 272                         max[0] = tmp.end[0];
 273                     }
 274
 275                     if (tmp.end[1] >= max[1]) {
 276                         max[1] = tmp.end[1];
 277                     }
 278
 279                     if (tmp.end[2] >= max[2]) {
 280                         max[2] = tmp.end[2];
 281                     }
 282
 283                     if (tmp.end[0] <= min[0]) {
 284                         min[0] = tmp.end[0];
 285                     }
 286
 287                     if (tmp.end[1] <= min[1]) {
 288                         min[1] = tmp.end[1];
 289                     }
 290
 291                     if (tmp.end[2] <= min[2]) {
 292                         min[2] = tmp.end[2];
 293                     }
 294                 }
 295             }
 296         }
 297         /*
 298         System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);
 299         System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);
 300         System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);*/
 301
 302         width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);
 303         width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);
 304         width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);
 305
 306         maxwidth = width[0];
 307
 308         if (width[1] > width[0]) {
 309             maxwidth = width[1];
 310         }
 311
 312         if (width[2] > width[1]) {
 313             maxwidth = width[2];
 314         }
 315
 316        // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 317     }
 318
 319     public float findScale() {
 320         int dim;
 321         int width;
 322         int height;
 323
 324         if (getWidth() != 0) {
 325             width = getWidth();
 326             height = getHeight();
 327         } else {
 328             width = prefsize.width;
 329             height = prefsize.height;
 330         }
 331
 332         if (width < height) {
 333             dim = width;
 334         } else {
 335             dim = height;
 336         }
 337
 338         return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 339     }
 340
 341     public void findCentre() {
 342         float xtot = 0;
 343         float ytot = 0;
 344         float ztot = 0;
 345
 346         int bsize = 0;
 347
 348         //Find centre coordinate
 349         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {
 350             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {
 351                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 352
 353                 bsize += bonds.size();
 354
 355                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {
 356                     xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +
 357                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];
 358
 359                     ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +
 360                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];
 361
 362                     ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +
 363                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];
 364                 }
 365             }
 366         }
 367
 368         centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 369         centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 370         centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 371     }
 372
 373     public void paintComponent(Graphics g)
 374     {
 375       super.paintComponent(g);
 376
 377       if(!seqColoursReady)
 378       {
 379         g.setColor(Color.black);
 380         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 381         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, getHeight()/2);
 382         return;
 383       }
 384
 385
 386         //Only create the image at the beginning -
 387         //this saves much memory usage
 388         if ((img == null)
 389             || (prefsize.width != getWidth())
 390             || (prefsize.height != getHeight()))
 391
 392       {
 393             prefsize.width = getWidth();
 394             prefsize.height = getHeight();
 395
 396             scale = findScale();
 397             img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 398             ig = img.getGraphics();
 399             Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;
 400
 401             ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 402                                  RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 403
 404             redrawneeded = true;
 405         }
 406
 407
 408         if (redrawneeded)
 409         {
 410           drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 411           redrawneeded = false;
 412         }
 413
 414         g.drawImage(img, 0, 0, this);
 415
 416         pdbAction = false;
 417     }
 418
 419     public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 420     {
 421       g.setColor(backgroundColour);
 422       g.fillRect(0, 0, width, height);
 423       drawScene(g);
 424       drawLabels(g);
 425     }
 426
 427
 428     public void updateSeqColours()
 429     {
 430       if(pdbAction)
 431       {
 432         return;
 433       }
 434
 435      // System.out.println("update seq colours");
 436       if(bysequence && pdb!=null)
 437       {
 438         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 439         {
 440           colourBySequence( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii));
 441         }
 442       }
 443
 444       redrawneeded=true;
 445       repaint();
 446     }
 447
 448     int findTrueIndex(int pos)
 449     {
 450       // returns the alignment position for a residue
 451       int j = sequence.getStart();
 452       int i = 0;
 453
 454       while ( (i < sequence.getLength()) && (j <= sequence.getEnd()) && (j <= pos+1))
 455       {
 456         if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence.getCharAt(i)))
 457         {
 458           j++;
 459         }
 460
 461         i++;
 462       }
 463
 464       if(i>1)
 465          i--;
 466
 467       if ( (j == sequence.getEnd()) && (j < pos))
 468       {
 469         return sequence.getEnd() + 1;
 470       }
 471       else
 472       {
 473         return i;
 474       }
 475     }
 476
 477     // This method has been taken out of PDBChain to allow
 478     // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 479     void colourBySequence(PDBChain chain)
 480     {
 481      // System.out.println("colour by seq");
 482      boolean showFeatures = false;
 483      if(seqcanvas.getViewport().getShowSequenceFeatures())
 484      {
 485        showFeatures = true;
 486        if (fr == null)
 487          fr = new jalview.gui.FeatureRenderer(seqcanvas.getViewport());
 488
 489        fr.transferSettings( seqcanvas.getFeatureRenderer() );
 490      }
 491
 492       Bond tmp;
 493       for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 494       {
 495         tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);
 496
 497         if(chain!=mainchain)
 498           continue;
 499
 500         if ( (tmp.at1.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&
 501             (tmp.at1.resNumber <= ( (chain.offset + chain.pdbend) - 1)))
 502         {
 503             int index = findTrueIndex(tmp.at1.alignmentMapping);
 504                 //sequence.findIndex(tmp.at1.alignmentMapping);
 505             if (index != -1)
 506             {
 507               tmp.startCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().
 508                   getResidueBoxColour( sequence, index);
 509
 510               if(showFeatures)
 511                 tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol, sequence, index);
 512
 513               if(tmp.startCol==null)
 514                 tmp.startCol = Color.white;
 515             }
 516         }
 517
 518         if ( (tmp.at2.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&
 519             (tmp.at2.resNumber <= ( (chain.pdbend + chain.offset) - 1)))
 520         {
 521
 522             int index =  findTrueIndex(tmp.at2.alignmentMapping);
 523                 //sequence.findIndex( tmp.at2.alignmentMapping );
 524             if (index != -1)
 525             {
 526               tmp.endCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().
 527                   getResidueBoxColour( sequence, index);
 528
 529               if(showFeatures)
 530                 tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol, sequence, index);
 531
 532               if(tmp.endCol==null)
 533                 tmp.endCol = Color.white;
 534             }
 535         }
 536       }
 537     }
 538
 539
 540     Zsort zsort;
 541     public void drawScene(Graphics g)
 542     {
 543       if (zbuffer)
 544       {
 545         if (zsort == null)
 546           zsort = new Zsort();
 547
 548         zsort.Zsort(visiblebonds);
 549       }
 550
 551       Bond tmpBond = null;
 552       for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 553       {
 554         tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);
 555
 556         xstart = (int) ( ( (tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +
 557                         (getWidth() / 2));
 558         ystart = (int) ( ( (tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +
 559                         (getHeight() / 2));
 560
 561         xend = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +
 562                       (getWidth() / 2));
 563         yend = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +
 564                       (getHeight() / 2));
 565
 566         xmid = (xend + xstart) / 2;
 567         ymid = (yend + ystart) / 2;
 568         if (depthcue && !bymolecule)
 569         {
 570           if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 571           {
 572
 573             g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 574             drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 575             g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 576             drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 577
 578           }
 579           else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 580           {
 581             g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 582             drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 583
 584             g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 585             drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 586           }
 587           else
 588           {
 589             g.setColor(tmpBond.startCol);
 590             drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 591
 592             g.setColor(tmpBond.endCol);
 593             drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 594           }
 595         }
 596         else if (depthcue && bymolecule)
 597         {
 598           if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 599           {
 600             g.setColor(Color.green.darker().darker());
 601             drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 602           }
 603           else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 604           {
 605             g.setColor(Color.green.darker());
 606             drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 607           }
 608           else
 609           {
 610             g.setColor(Color.green);
 611             drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 612           }
 613         }
 614         else if (!depthcue && !bymolecule)
 615         {
 616           g.setColor(tmpBond.startCol);
 617           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 618           g.setColor(tmpBond.endCol);
 619           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 620         }
 621         else
 622         {
 623           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 624         }
 625
 626         if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 627         {
 628           g.setColor(tmpBond.endCol.brighter().brighter().brighter().brighter());
 629           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 630         }
 631
 632         if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 633         {
 634           g.setColor(tmpBond.startCol.brighter().brighter().brighter().brighter());
 635           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 636         }
 637
 638       }
 639
 640
 641     }
 642
 643     public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2) {
 644         if (!wire) {
 645             if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5) {
 646                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 647                 g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 648                 g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 649             } else {
 650                 g.setColor(g.getColor().brighter());
 651                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 652                 g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 653                 g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 654             }
 655         } else {
 656             g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 657         }
 658     }
 659
 660     public Dimension minimumsize() {
 661         return prefsize;
 662     }
 663
 664     public Dimension preferredsize() {
 665         return prefsize;
 666     }
 667
 668     public void keyPressed(KeyEvent evt)
 669     {
 670       if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 671       {
 672         scale = (float) (scale * 1.1);
 673         redrawneeded = true;
 674         repaint();
 675       }
 676       else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 677       {
 678         scale = (float) (scale * 0.9);
 679         redrawneeded = true;
 680         repaint();
 681       }
 682     }
 683
 684     public void mousePressed(MouseEvent e)
 685     {
 686         pdbAction = true;
 687         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 688         if(fatom!=null)
 689         {
 690           fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 691
 692           redrawneeded = true;
 693           repaint();
 694           if (foundchain != -1)
 695           {
 696             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 697             if (chain == mainchain)
 698             {
 699               if (fatom.alignmentMapping != -1)
 700               {
 701                 if (highlightRes == null)
 702                   highlightRes = new Vector();
 703
 704                 if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping+""))
 705                   highlightRes.remove(fatom.alignmentMapping + "");
 706                 else
 707                   highlightRes.add(fatom.alignmentMapping + "");
 708               }
 709             }
 710           }
 711
 712         }
 713         mx = e.getX();
 714         my = e.getY();
 715         omx = mx;
 716         omy = my;
 717         dragging = false;
 718     }
 719
 720     public void mouseMoved(MouseEvent e)
 721     {
 722       pdbAction = true;
 723       if(highlightBond1!=null)
 724       {
 725         highlightBond1.at2.isSelected = false;
 726         highlightBond2.at1.isSelected = false;
 727         highlightBond1 = null;
 728         highlightBond2 = null;
 729       }
 730
 731         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 732
 733         PDBChain chain = null;
 734         if(foundchain!=-1)
 735         {
 736           chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 737           if(chain == mainchain)
 738           {
 739             highlightSeqcanvas( fatom.alignmentMapping );
 740           }
 741         }
 742
 743         if (fatom != null)
 744         {
 745             this.setToolTipText(chain.id+":"+ fatom.resNumber+" "+ fatom.resName);
 746         } else
 747         {
 748             highlightSeqcanvas( -1);
 749             this.setToolTipText(null);
 750         }
 751     }
 752
 753
 754     void highlightSeqcanvas(int pos)
 755     {
 756       SearchResults searchResults = new SearchResults();
 757       if(highlightRes!=null)
 758       {
 759         for (int i = 0; i < highlightRes.size(); i++)
 760         {
 761           int a = Integer.parseInt(highlightRes.elementAt(
 762               i).toString())+1;
 763
 764           searchResults.addResult(sequence, a, a);
 765         }
 766       }
 767
 768       if(pos!=-1)
 769       {
 770         searchResults.addResult(sequence, pos+1, pos+1);
 771       }
 772
 773       seqcanvas.highlightSearchResults(searchResults);
 774     }
 775
 776
 777     public void mouseClicked(MouseEvent e)  { }
 778
 779     public void mouseEntered(MouseEvent e) {  }
 780
 781     public void mouseExited(MouseEvent e) { }
 782
 783     public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 784     {
 785         int x = evt.getX();
 786         int y = evt.getY();
 787         mx = x;
 788         my = y;
 789
 790
 791         MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 792         objmat.setIdentity();
 793
 794         if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0) {
 795             objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));
 796         } else {
 797             objmat.rotatex((float) ((my - omy)));
 798             objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));
 799         }
 800
 801         //Alter the bonds
 802         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {
 803             Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 804
 805             for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {
 806                 Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 807
 808                 //Translate the bond so the centre is 0,0,0
 809                 tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 810
 811                 //Now apply the rotation matrix
 812                 tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 813                 tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 814
 815                 //Now translate back again
 816                 tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 817             }
 818         }
 819
 820         objmat = null;
 821
 822         omx = mx;
 823         omy = my;
 824
 825         dragging = true;
 826
 827         redrawneeded = true;
 828
 829         repaint();
 830     }
 831
 832     public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 833     {
 834         dragging = false;
 835         return;
 836     }
 837
 838     void drawLabels(Graphics g) {
 839
 840         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 841         {
 842             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 843
 844             if (chain.isVisible)
 845             {
 846               Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 847
 848               for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 849               {
 850                   Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 851
 852                   if (tmpBond.at1.isSelected)
 853                   {
 854                       labelAtom(g, tmpBond, 1);
 855                   }
 856
 857                   if (tmpBond.at2.isSelected)
 858                   {
 859
 860                       labelAtom(g, tmpBond, 2);
 861                   }
 862                 }
 863             }
 864         }
 865     }
 866
 867     public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n) {
 868         g.setFont(font);
 869         g.setColor(Color.red);
 870         if (n == 1)
 871         {
 872             int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) +
 873                 (getWidth() / 2));
 874             int ystart = (int) (((b.start[1] - centre[1]) * scale) +
 875                 (getHeight() / 2));
 876
 877             g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 878         }
 879
 880         if (n == 2) {
 881             int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) +
 882                 (getWidth() / 2));
 883             int ystart = (int) (((b.end[1] - centre[1]) * scale) +
 884                 (getHeight() / 2));
 885
 886             g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 887         }
 888     }
 889
 890     int foundchain = -1;
 891     public Atom findAtom(int x, int y) {
 892         Atom fatom = null;
 893
 894         foundchain = -1;
 895
 896         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 897         {
 898             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 899             int truex;
 900             Bond tmpBond=null;
 901
 902             if (chain.isVisible)
 903             {
 904                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 905
 906                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 907                 {
 908                     tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 909
 910                     truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +
 911                         (getWidth() / 2));
 912
 913                     if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 914                     {
 915                         int truey = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +
 916                             (getHeight() / 2));
 917
 918                         if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 919                         {
 920                             fatom = tmpBond.at1;
 921                             foundchain = ii;
 922                             break;
 923                         }
 924                     }
 925                 }
 926
 927                 // Still here? Maybe its the last bond
 928
 929                 truex = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +
 930                                (getWidth() / 2));
 931
 932                 if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 933                 {
 934                   int truey = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +
 935                                      (getHeight() / 2));
 936
 937                   if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 938                   {
 939                     fatom = tmpBond.at2;
 940                     foundchain = ii;
 941                     break;
 942                   }
 943                 }
 944
 945             }
 946
 947             if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)
 948              {
 949                 chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 950             }
 951         }
 952
 953         return fatom;
 954     }
 955
 956    Bond highlightBond1, highlightBond2;
 957    public void highlightRes(int ii)
 958   {
 959     if( !seqColoursReady )
 960       return;
 961
 962     if (highlightRes != null
 963         && highlightRes.contains((ii-1) + ""))
 964     {
 965       return;
 966     }
 967
 968     int index = -1;
 969     Bond tmpBond;
 970     for(index=0; index<mainchain.bonds.size(); index++)
 971     {
 972       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
 973       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
 974       {
 975         if (highlightBond1 != null)
 976           highlightBond1.at2.isSelected = false;
 977
 978         if (highlightBond2 != null)
 979           highlightBond2.at1.isSelected = false;
 980
 981         highlightBond1 = null;
 982         highlightBond2 = null;
 983
 984         if (index > 0)
 985         {
 986           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
 987           highlightBond1.at2.isSelected = true;
 988         }
 989
 990         if (index != mainchain.bonds.size())
 991         {
 992           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
 993           highlightBond2.at1.isSelected = true;
 994         }
 995
 996         break;
 997       }
 998     }
 999
1000     redrawneeded = true;
1001     repaint();
1002   }
1003
1004     public void setAllchainsVisible(boolean b)
1005     {
1006       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
1007       {
1008         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
1009         chain.isVisible = b;
1010       }
1011       mainchain.isVisible = true;
1012       findCentre();
1013       setupBonds();
1014     }
1015 }