src/MCview/PDBCanvas.java

   1 /*
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 *
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 * of the License, or (at your option) any later version.
   9 *
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 * GNU General Public License for more details.
  14 *
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18 */
  19 package MCview;
  20
  21 import jalview.analysis.AlignSeq;
  22
  23 import jalview.datamodel.*;
  24
  25 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  26 import java.awt.*;
  27 import java.awt.event.*;
  28
  29 import java.io.*;
  30
  31 import java.util.*;
  32
  33 import javax.swing.*;
  34
  35
  36 public class PDBCanvas extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener
  37 {
  38     MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);
  39     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
  40     boolean redrawneeded = true;
  41     int omx = 0;
  42     int mx = 0;
  43     int omy = 0;
  44     int my = 0;
  45     public PDBfile pdb;
  46     int bsize;
  47     Image img;
  48     Graphics ig;
  49     Dimension prefsize;
  50     float[] centre = new float[3];
  51     float[] width = new float[3];
  52     float maxwidth;
  53     float scale;
  54     String inStr;
  55     String inType;
  56     boolean bysequence = true;
  57     boolean depthcue = true;
  58     boolean wire = false;
  59     boolean bymolecule = false;
  60     boolean zbuffer = true;
  61     boolean dragging;
  62     int xstart;
  63     int xend;
  64     int ystart;
  65     int yend;
  66     int xmid;
  67     int ymid;
  68     Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
  69     jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas;
  70     public Sequence sequence;
  71     final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
  72     PDBChain mainchain;
  73     Vector highlightRes;
  74     boolean pdbAction = false;
  75     boolean seqColoursReady = false;
  76     jalview.gui.FeatureRenderer fr;
  77     Color backgroundColour = Color.black;
  78
  79     public PDBCanvas(jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas, Sequence seq)
  80     {
  81       this.seqcanvas = seqcanvas;
  82       this.sequence = seq;
  83       seqcanvas.setPDBCanvas(this);
  84     }
  85
  86   public void setPDBFile(PDBfile pdb)
  87    {
  88         int max = -10;
  89         int maxchain = -1;
  90         int pdbstart = 0;
  91         int pdbend = 0;
  92         int seqstart = 0;
  93         int seqend = 0;
  94         AlignSeq maxAlignseq = null;
  95
  96         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
  97         {
  98
  99           mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.getSequenceAsString());
 100           mappingDetails.append("\nNo of residues = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()+"\n\n");
 101
 102             // Now lets compare the sequences to get
 103             // the start and end points.
 104             // Align the sequence to the pdb
 105             AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 106                     ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence, AlignSeq.PEP);
 107             as.calcScoreMatrix();
 108             as.traceAlignment();
 109             PrintStream  ps = new PrintStream(System.out)
 110            {
 111               public void print(String x) {
 112                    mappingDetails.append(x);
 113                }
 114                public void println()
 115                {
 116                  mappingDetails.append("\n");
 117                }
 118             };
 119
 120             as.printAlignment(ps);
 121
 122
 123
 124             if (as.maxscore > max)
 125             {
 126                 max = as.maxscore;
 127                 maxchain = i;
 128                 pdbstart = as.seq2start;
 129                 pdbend = as.seq2end;
 130                 seqstart = as.seq1start + sequence.getStart()-1;
 131                 seqend = as.seq1end + sequence.getEnd()-1;
 132                 maxAlignseq = as;
 133             }
 134
 135             mappingDetails.append("\nPDB start/end "  + pdbstart + " " + pdbend);
 136             mappingDetails.append("\nSEQ start/end "+ seqstart + " " + seqend);
 137         }
 138
 139         mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);
 140
 141         mainchain.pdbstart = pdbstart;
 142         mainchain.pdbend = pdbend;
 143         mainchain.seqstart = seqstart;
 144         mainchain.seqend = seqend;
 145         mainchain.isVisible = true;
 146         mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);
 147         mainchain.transferRESNUMFeatures(sequence, null);
 148         seqcanvas.getFeatureRenderer().featuresAdded();
 149         this.pdb = pdb;
 150         this.prefsize = new Dimension(getWidth(), getHeight());
 151
 152         //Initialize the matrices to identity
 153         for (int i = 0; i < 3; i++) {
 154             for (int j = 0; j < 3; j++) {
 155                 if (i != j) {
 156                     idmat.addElement(i, j, 0);
 157                     objmat.addElement(i, j, 0);
 158                 } else {
 159                     idmat.addElement(i, j, 1);
 160                     objmat.addElement(i, j, 1);
 161                 }
 162             }
 163         }
 164
 165         addMouseMotionListener(this);
 166         addMouseListener(this);
 167
 168         addMouseWheelListener(new MouseWheelListener()
 169         {
 170           public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)
 171           {
 172             if (e.getWheelRotation() > 0)
 173             {
 174               scale = (float) (scale * 1.1);
 175               redrawneeded = true;
 176               repaint();
 177             }
 178
 179             else
 180             {
 181               scale = (float) (scale * 0.9);
 182               redrawneeded = true;
 183               repaint();
 184             }
 185           }
 186        });
 187
 188
 189         findCentre();
 190         findWidth();
 191
 192         setupBonds();
 193
 194         scale = findScale();
 195
 196         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 197         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 198         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 199     }
 200
 201
 202     Vector visiblebonds;
 203     void setupBonds()
 204     {
 205       seqColoursReady = false;
 206       // Sort the bonds by z coord
 207       visiblebonds = new Vector();
 208
 209       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 210       {
 211         if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)
 212         {
 213           Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 214
 215           for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
 216           {
 217             visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));
 218           }
 219         }
 220       }
 221
 222       updateSeqColours();
 223       seqColoursReady = true;
 224       redrawneeded = true;
 225       repaint();
 226     }
 227
 228
 229     public void findWidth() {
 230         float[] max = new float[3];
 231         float[] min = new float[3];
 232
 233         max[0] = (float) -1e30;
 234         max[1] = (float) -1e30;
 235         max[2] = (float) -1e30;
 236
 237         min[0] = (float) 1e30;
 238         min[1] = (float) 1e30;
 239         min[2] = (float) 1e30;
 240
 241         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {
 242             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {
 243                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 244
 245                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {
 246                     Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);
 247
 248                     if (tmp.start[0] >= max[0]) {
 249                         max[0] = tmp.start[0];
 250                     }
 251
 252                     if (tmp.start[1] >= max[1]) {
 253                         max[1] = tmp.start[1];
 254                     }
 255
 256                     if (tmp.start[2] >= max[2]) {
 257                         max[2] = tmp.start[2];
 258                     }
 259
 260                     if (tmp.start[0] <= min[0]) {
 261                         min[0] = tmp.start[0];
 262                     }
 263
 264                     if (tmp.start[1] <= min[1]) {
 265                         min[1] = tmp.start[1];
 266                     }
 267
 268                     if (tmp.start[2] <= min[2]) {
 269                         min[2] = tmp.start[2];
 270                     }
 271
 272                     if (tmp.end[0] >= max[0]) {
 273                         max[0] = tmp.end[0];
 274                     }
 275
 276                     if (tmp.end[1] >= max[1]) {
 277                         max[1] = tmp.end[1];
 278                     }
 279
 280                     if (tmp.end[2] >= max[2]) {
 281                         max[2] = tmp.end[2];
 282                     }
 283
 284                     if (tmp.end[0] <= min[0]) {
 285                         min[0] = tmp.end[0];
 286                     }
 287
 288                     if (tmp.end[1] <= min[1]) {
 289                         min[1] = tmp.end[1];
 290                     }
 291
 292                     if (tmp.end[2] <= min[2]) {
 293                         min[2] = tmp.end[2];
 294                     }
 295                 }
 296             }
 297         }
 298         /*
 299         System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);
 300         System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);
 301         System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);*/
 302
 303         width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);
 304         width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);
 305         width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);
 306
 307         maxwidth = width[0];
 308
 309         if (width[1] > width[0]) {
 310             maxwidth = width[1];
 311         }
 312
 313         if (width[2] > width[1]) {
 314             maxwidth = width[2];
 315         }
 316
 317        // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 318     }
 319
 320     public float findScale() {
 321         int dim;
 322         int width;
 323         int height;
 324
 325         if (getWidth() != 0) {
 326             width = getWidth();
 327             height = getHeight();
 328         } else {
 329             width = prefsize.width;
 330             height = prefsize.height;
 331         }
 332
 333         if (width < height) {
 334             dim = width;
 335         } else {
 336             dim = height;
 337         }
 338
 339         return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 340     }
 341
 342     public void findCentre() {
 343         float xtot = 0;
 344         float ytot = 0;
 345         float ztot = 0;
 346
 347         int bsize = 0;
 348
 349         //Find centre coordinate
 350         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {
 351             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {
 352                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 353
 354                 bsize += bonds.size();
 355
 356                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {
 357                     xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +
 358                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];
 359
 360                     ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +
 361                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];
 362
 363                     ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +
 364                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];
 365                 }
 366             }
 367         }
 368
 369         centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 370         centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 371         centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 372     }
 373
 374     public void paintComponent(Graphics g)
 375     {
 376       super.paintComponent(g);
 377
 378       if(!seqColoursReady)
 379       {
 380         g.setColor(Color.black);
 381         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 382         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, getHeight()/2);
 383         return;
 384       }
 385
 386
 387         //Only create the image at the beginning -
 388         //this saves much memory usage
 389         if ((img == null)
 390             || (prefsize.width != getWidth())
 391             || (prefsize.height != getHeight()))
 392
 393       {
 394             prefsize.width = getWidth();
 395             prefsize.height = getHeight();
 396
 397             scale = findScale();
 398             img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 399             ig = img.getGraphics();
 400             Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;
 401
 402             ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 403                                  RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 404
 405             redrawneeded = true;
 406         }
 407
 408
 409         if (redrawneeded)
 410         {
 411           drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 412           redrawneeded = false;
 413         }
 414
 415         g.drawImage(img, 0, 0, this);
 416
 417         pdbAction = false;
 418     }
 419
 420     public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 421     {
 422       g.setColor(backgroundColour);
 423       g.fillRect(0, 0, width, height);
 424       drawScene(g);
 425       drawLabels(g);
 426     }
 427
 428
 429     public void updateSeqColours()
 430     {
 431       if(pdbAction)
 432       {
 433         return;
 434       }
 435
 436      // System.out.println("update seq colours");
 437       if(bysequence && pdb!=null)
 438       {
 439         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 440         {
 441           colourBySequence( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii));
 442         }
 443       }
 444
 445       redrawneeded=true;
 446       repaint();
 447     }
 448
 449     int findTrueIndex(int pos)
 450     {
 451       // returns the alignment position for a residue
 452       int j = sequence.getStart(); // first position in PDB atom coordinate sequence
 453       int i = 0;
 454
 455       while ( (i < sequence.getLength()) && (j <= pos+1))
 456       {
 457         if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence.getCharAt(i)))
 458         {
 459           j++;
 460         }
 461
 462         i++;
 463       }
 464
 465       if(i>1)
 466          i--;
 467
 468       if (j < pos)
 469       {
 470         return sequence.getEnd() + 1;
 471       }
 472       else
 473       {
 474         return i;
 475       }
 476     }
 477
 478     // This method has been taken out of PDBChain to allow
 479     // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 480     void colourBySequence(PDBChain chain)
 481     {
 482      // System.out.println("colour by seq");
 483      boolean showFeatures = false;
 484      if(seqcanvas.getViewport().getShowSequenceFeatures())
 485      {
 486        showFeatures = true;
 487        if (fr == null)
 488          fr = new jalview.gui.FeatureRenderer(seqcanvas.getViewport());
 489
 490        fr.transferSettings( seqcanvas.getFeatureRenderer() );
 491      }
 492
 493       Bond tmp;
 494       for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 495       {
 496         tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);
 497
 498         if(chain!=mainchain)
 499           continue;
 500
 501         //if ( (tmp.at1.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&
 502         //    (tmp.at1.resNumber <= ( (chain.offset + chain.pdbend) - 1)))
 503         {
 504             int index = findTrueIndex(tmp.at1.alignmentMapping);
 505                 //sequence.findIndex(tmp.at1.alignmentMapping);
 506             if (index != -1)
 507             {
 508               tmp.startCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().
 509                   getResidueBoxColour( sequence, index);
 510
 511               if(showFeatures)
 512                 tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol, sequence, index);
 513
 514               if(tmp.startCol==null)
 515                 tmp.startCol = Color.white;
 516             }
 517         }
 518
 519         //if ( (tmp.at2.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&
 520         //    (tmp.at2.resNumber <= ( (chain.pdbend + chain.offset) - 1)))
 521         {
 522
 523             int index =  findTrueIndex(tmp.at2.alignmentMapping);
 524                 //sequence.findIndex( tmp.at2.alignmentMapping );
 525             if (index != -1)
 526             {
 527               tmp.endCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().
 528                   getResidueBoxColour( sequence, index);
 529
 530               if(showFeatures)
 531                 tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol, sequence, index);
 532
 533               if(tmp.endCol==null)
 534                 tmp.endCol = Color.white;
 535             }
 536         }
 537       }
 538     }
 539
 540
 541     Zsort zsort;
 542     public void drawScene(Graphics g)
 543     {
 544       if (zbuffer)
 545       {
 546         if (zsort == null)
 547           zsort = new Zsort();
 548
 549         zsort.Zsort(visiblebonds);
 550       }
 551
 552       Bond tmpBond = null;
 553       for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 554       {
 555         tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);
 556
 557         xstart = (int) ( ( (tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +
 558                         (getWidth() / 2));
 559         ystart = (int) ( ( (tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +
 560                         (getHeight() / 2));
 561
 562         xend = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +
 563                       (getWidth() / 2));
 564         yend = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +
 565                       (getHeight() / 2));
 566
 567         xmid = (xend + xstart) / 2;
 568         ymid = (yend + ystart) / 2;
 569         if (depthcue && !bymolecule)
 570         {
 571           if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 572           {
 573
 574             g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 575             drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 576             g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 577             drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 578
 579           }
 580           else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 581           {
 582             g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 583             drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 584
 585             g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 586             drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 587           }
 588           else
 589           {
 590             g.setColor(tmpBond.startCol);
 591             drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 592
 593             g.setColor(tmpBond.endCol);
 594             drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 595           }
 596         }
 597         else if (depthcue && bymolecule)
 598         {
 599           if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 600           {
 601             g.setColor(Color.green.darker().darker());
 602             drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 603           }
 604           else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 605           {
 606             g.setColor(Color.green.darker());
 607             drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 608           }
 609           else
 610           {
 611             g.setColor(Color.green);
 612             drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 613           }
 614         }
 615         else if (!depthcue && !bymolecule)
 616         {
 617           g.setColor(tmpBond.startCol);
 618           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 619           g.setColor(tmpBond.endCol);
 620           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 621         }
 622         else
 623         {
 624           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 625         }
 626
 627         if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 628         {
 629           g.setColor(tmpBond.endCol.brighter().brighter().brighter().brighter());
 630           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 631         }
 632
 633         if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 634         {
 635           g.setColor(tmpBond.startCol.brighter().brighter().brighter().brighter());
 636           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 637         }
 638
 639       }
 640
 641
 642     }
 643
 644     public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2) {
 645         if (!wire) {
 646             if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5) {
 647                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 648                 g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 649                 g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 650             } else {
 651                 g.setColor(g.getColor().brighter());
 652                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 653                 g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 654                 g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 655             }
 656         } else {
 657             g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 658         }
 659     }
 660
 661     public Dimension minimumsize() {
 662         return prefsize;
 663     }
 664
 665     public Dimension preferredsize() {
 666         return prefsize;
 667     }
 668
 669     public void keyPressed(KeyEvent evt)
 670     {
 671       if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 672       {
 673         scale = (float) (scale * 1.1);
 674         redrawneeded = true;
 675         repaint();
 676       }
 677       else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 678       {
 679         scale = (float) (scale * 0.9);
 680         redrawneeded = true;
 681         repaint();
 682       }
 683     }
 684
 685     public void mousePressed(MouseEvent e)
 686     {
 687         pdbAction = true;
 688         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 689         if(fatom!=null)
 690         {
 691           fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 692
 693           redrawneeded = true;
 694           repaint();
 695           if (foundchain != -1)
 696           {
 697             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 698             if (chain == mainchain)
 699             {
 700               if (fatom.alignmentMapping != -1)
 701               {
 702                 if (highlightRes == null)
 703                   highlightRes = new Vector();
 704
 705                 if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping+""))
 706                   highlightRes.remove(fatom.alignmentMapping + "");
 707                 else
 708                   highlightRes.add(fatom.alignmentMapping + "");
 709               }
 710             }
 711           }
 712
 713         }
 714         mx = e.getX();
 715         my = e.getY();
 716         omx = mx;
 717         omy = my;
 718         dragging = false;
 719     }
 720
 721     public void mouseMoved(MouseEvent e)
 722     {
 723       pdbAction = true;
 724       if(highlightBond1!=null)
 725       {
 726         highlightBond1.at2.isSelected = false;
 727         highlightBond2.at1.isSelected = false;
 728         highlightBond1 = null;
 729         highlightBond2 = null;
 730       }
 731
 732         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 733
 734         PDBChain chain = null;
 735         if(foundchain!=-1)
 736         {
 737           chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 738           if(chain == mainchain)
 739           {
 740             highlightSeqcanvas( fatom.alignmentMapping );
 741           }
 742         }
 743
 744         if (fatom != null)
 745         {
 746             this.setToolTipText(chain.id+":"+ fatom.resNumber+" "+ fatom.resName);
 747         } else
 748         {
 749             highlightSeqcanvas( -1);
 750             this.setToolTipText(null);
 751         }
 752     }
 753
 754
 755     void highlightSeqcanvas(int pos)
 756     {
 757       SearchResults searchResults = new SearchResults();
 758       if(highlightRes!=null)
 759       {
 760         for (int i = 0; i < highlightRes.size(); i++)
 761         {
 762           int a = Integer.parseInt(highlightRes.elementAt(
 763               i).toString())+1;
 764
 765           searchResults.addResult(sequence, a, a);
 766         }
 767       }
 768
 769       if(pos!=-1)
 770       {
 771         searchResults.addResult(sequence, pos+1, pos+1);
 772       }
 773
 774       seqcanvas.highlightSearchResults(searchResults);
 775     }
 776
 777
 778     public void mouseClicked(MouseEvent e)  { }
 779
 780     public void mouseEntered(MouseEvent e) {  }
 781
 782     public void mouseExited(MouseEvent e) { }
 783
 784     public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 785     {
 786         int x = evt.getX();
 787         int y = evt.getY();
 788         mx = x;
 789         my = y;
 790
 791
 792         MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 793         objmat.setIdentity();
 794
 795         if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0) {
 796             objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));
 797         } else {
 798             objmat.rotatex((float) ((my - omy)));
 799             objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));
 800         }
 801
 802         //Alter the bonds
 803         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {
 804             Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 805
 806             for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {
 807                 Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 808
 809                 //Translate the bond so the centre is 0,0,0
 810                 tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 811
 812                 //Now apply the rotation matrix
 813                 tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 814                 tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 815
 816                 //Now translate back again
 817                 tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 818             }
 819         }
 820
 821         objmat = null;
 822
 823         omx = mx;
 824         omy = my;
 825
 826         dragging = true;
 827
 828         redrawneeded = true;
 829
 830         repaint();
 831     }
 832
 833     public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 834     {
 835         dragging = false;
 836         return;
 837     }
 838
 839     void drawLabels(Graphics g) {
 840
 841         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 842         {
 843             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 844
 845             if (chain.isVisible)
 846             {
 847               Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 848
 849               for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 850               {
 851                   Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 852
 853                   if (tmpBond.at1.isSelected)
 854                   {
 855                       labelAtom(g, tmpBond, 1);
 856                   }
 857
 858                   if (tmpBond.at2.isSelected)
 859                   {
 860
 861                       labelAtom(g, tmpBond, 2);
 862                   }
 863                 }
 864             }
 865         }
 866     }
 867
 868     public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n) {
 869         g.setFont(font);
 870         g.setColor(Color.red);
 871         if (n == 1)
 872         {
 873             int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) +
 874                 (getWidth() / 2));
 875             int ystart = (int) (((b.start[1] - centre[1]) * scale) +
 876                 (getHeight() / 2));
 877
 878             g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 879         }
 880
 881         if (n == 2) {
 882             int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) +
 883                 (getWidth() / 2));
 884             int ystart = (int) (((b.end[1] - centre[1]) * scale) +
 885                 (getHeight() / 2));
 886
 887             g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 888         }
 889     }
 890
 891     int foundchain = -1;
 892     public Atom findAtom(int x, int y) {
 893         Atom fatom = null;
 894
 895         foundchain = -1;
 896
 897         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
 898         {
 899             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
 900             int truex;
 901             Bond tmpBond=null;
 902
 903             if (chain.isVisible)
 904             {
 905                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;
 906
 907                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)
 908                 {
 909                     tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);
 910
 911                     truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +
 912                         (getWidth() / 2));
 913
 914                     if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 915                     {
 916                         int truey = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +
 917                             (getHeight() / 2));
 918
 919                         if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 920                         {
 921                             fatom = tmpBond.at1;
 922                             foundchain = ii;
 923                             break;
 924                         }
 925                     }
 926                 }
 927
 928                 // Still here? Maybe its the last bond
 929
 930                 truex = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +
 931                                (getWidth() / 2));
 932
 933                 if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 934                 {
 935                   int truey = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +
 936                                      (getHeight() / 2));
 937
 938                   if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 939                   {
 940                     fatom = tmpBond.at2;
 941                     foundchain = ii;
 942                     break;
 943                   }
 944                 }
 945
 946             }
 947
 948             if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)
 949              {
 950                 chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);
 951             }
 952         }
 953
 954         return fatom;
 955     }
 956
 957    Bond highlightBond1, highlightBond2;
 958    public void highlightRes(int ii)
 959   {
 960     if( !seqColoursReady )
 961       return;
 962
 963     if (highlightRes != null
 964         && highlightRes.contains((ii-1) + ""))
 965     {
 966       return;
 967     }
 968
 969     int index = -1;
 970     Bond tmpBond;
 971     for(index=0; index<mainchain.bonds.size(); index++)
 972     {
 973       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
 974       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
 975       {
 976         if (highlightBond1 != null)
 977           highlightBond1.at2.isSelected = false;
 978
 979         if (highlightBond2 != null)
 980           highlightBond2.at1.isSelected = false;
 981
 982         highlightBond1 = null;
 983         highlightBond2 = null;
 984
 985         if (index > 0)
 986         {
 987           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
 988           highlightBond1.at2.isSelected = true;
 989         }
 990
 991         if (index != mainchain.bonds.size())
 992         {
 993           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);
 994           highlightBond2.at1.isSelected = true;
 995         }
 996
 997         break;
 998       }
 999     }
1000
1001     redrawneeded = true;
1002     repaint();
1003   }
1004
1005     public void setAllchainsVisible(boolean b)
1006     {
1007       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)
1008       {
1009         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);
1010         chain.isVisible = b;
1011       }
1012       mainchain.isVisible = true;
1013       findCentre();
1014       setupBonds();
1015     }
1016 }