src/MCview/PDBCanvas.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug\r
  26 import java.awt.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 \r
  29 import java.io.*;\r
  30 \r
  31 import java.util.*;\r
  32 \r
  33 import javax.swing.*;\r
  34 \r
  35 \r
  36 public class PDBCanvas extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
  37 {\r
  38     MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  39     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  40     boolean redrawneeded = true;\r
  41     int omx = 0;\r
  42     int mx = 0;\r
  43     int omy = 0;\r
  44     int my = 0;\r
  45     public PDBfile pdb;\r
  46     int bsize;\r
  47     Image img;\r
  48     Graphics ig;\r
  49     Dimension prefsize;\r
  50     float[] centre = new float[3];\r
  51     float[] width = new float[3];\r
  52     float maxwidth;\r
  53     float scale;\r
  54     String inStr;\r
  55     String inType;\r
  56     boolean bysequence = true;\r
  57     boolean depthcue = true;\r
  58     boolean wire = false;\r
  59     boolean bymolecule = false;\r
  60     boolean zbuffer = true;\r
  61     boolean dragging;\r
  62     int xstart;\r
  63     int xend;\r
  64     int ystart;\r
  65     int yend;\r
  66     int xmid;\r
  67     int ymid;\r
  68     Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);\r
  69     jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas;\r
  70     public Sequence sequence;\r
  71     final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();\r
  72     PDBChain mainchain;\r
  73     Vector highlightRes;\r
  74     boolean pdbAction = false;\r
  75 \r
  76     public PDBCanvas(jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas, Sequence seq)\r
  77     {\r
  78       this.seqcanvas = seqcanvas;\r
  79       this.sequence = seq;\r
  80       seqcanvas.setPDBCanvas(this);\r
  81     }\r
  82 \r
  83   public void setPDBFile(PDBfile pdb)\r
  84    {\r
  85         int max = -10;\r
  86         int maxchain = -1;\r
  87         int pdbstart = 0;\r
  88         int pdbend = 0;\r
  89         int seqstart = 0;\r
  90         int seqend = 0;\r
  91         AlignSeq maxAlignseq = null;\r
  92 \r
  93         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)\r
  94         {\r
  95 \r
  96           mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.getSequence());\r
  97           mappingDetails.append("\nNo of residues = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()+"\n\n");\r
  98 \r
  99             // Now lets compare the sequences to get\r
 100             // the start and end points.\r
 101             // Align the sequence to the pdb\r
 102             AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,\r
 103                     ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence, "pep");\r
 104             as.calcScoreMatrix();\r
 105             as.traceAlignment();\r
 106             PrintStream  ps = new PrintStream(System.out)\r
 107            {\r
 108               public void print(String x) {\r
 109                    mappingDetails.append(x);\r
 110                }\r
 111                public void println()\r
 112                {\r
 113                  mappingDetails.append("\n");\r
 114                }\r
 115             };\r
 116 \r
 117             as.printAlignment(ps);\r
 118 \r
 119 \r
 120 \r
 121             if (as.maxscore > max)\r
 122             {\r
 123                 max = as.maxscore;\r
 124                 maxchain = i;\r
 125                 pdbstart = as.seq2start;\r
 126                 pdbend = as.seq2end;\r
 127                 seqstart = as.seq1start + sequence.getStart()-1;\r
 128                 seqend = as.seq1end + sequence.getEnd()-1;\r
 129                 maxAlignseq = as;\r
 130             }\r
 131 \r
 132             mappingDetails.append("\nPDB start/end "  + pdbstart + " " + pdbend);\r
 133             mappingDetails.append("\nSEQ start/end "+ seqstart + " " + seqend);\r
 134         }\r
 135 \r
 136         mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);\r
 137 \r
 138         mainchain.pdbstart = pdbstart;\r
 139         mainchain.pdbend = pdbend;\r
 140         mainchain.seqstart = seqstart;\r
 141         mainchain.seqend = seqend;\r
 142         mainchain.isVisible = true;\r
 143         mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);\r
 144 \r
 145         this.pdb = pdb;\r
 146         this.prefsize = new Dimension(getWidth(), getHeight());\r
 147 \r
 148         //Initialize the matrices to identity\r
 149         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 150             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
 151                 if (i != j) {\r
 152                     idmat.addElement(i, j, 0);\r
 153                     objmat.addElement(i, j, 0);\r
 154                 } else {\r
 155                     idmat.addElement(i, j, 1);\r
 156                     objmat.addElement(i, j, 1);\r
 157                 }\r
 158             }\r
 159         }\r
 160 \r
 161         addMouseMotionListener(this);\r
 162         addMouseListener(this);\r
 163 \r
 164         addMouseWheelListener(new MouseWheelListener()\r
 165         {\r
 166           public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
 167           {\r
 168             if (e.getWheelRotation() > 0)\r
 169             {\r
 170               scale = (float) (scale * 1.1);\r
 171               redrawneeded = true;\r
 172               repaint();\r
 173             }\r
 174 \r
 175             else\r
 176             {\r
 177               scale = (float) (scale * 0.9);\r
 178               redrawneeded = true;\r
 179               repaint();\r
 180             }\r
 181           }\r
 182        });\r
 183 \r
 184 \r
 185         findCentre();\r
 186         findWidth();\r
 187 \r
 188         setupBonds();\r
 189 \r
 190         scale = findScale();\r
 191 \r
 192         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 193         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
 194         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
 195     }\r
 196 \r
 197 \r
 198     Vector visiblebonds;\r
 199     void setupBonds()\r
 200     {\r
 201       // Sort the bonds by z coord\r
 202       visiblebonds = new Vector();\r
 203 \r
 204       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 205       {\r
 206         if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)\r
 207         {\r
 208           Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 209 \r
 210           for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)\r
 211           {\r
 212             visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));\r
 213           }\r
 214         }\r
 215       }\r
 216 \r
 217       updateSeqColours();\r
 218       redrawneeded = true;\r
 219       repaint();\r
 220     }\r
 221 \r
 222 \r
 223     public void findWidth() {\r
 224         float[] max = new float[3];\r
 225         float[] min = new float[3];\r
 226 \r
 227         max[0] = (float) -1e30;\r
 228         max[1] = (float) -1e30;\r
 229         max[2] = (float) -1e30;\r
 230 \r
 231         min[0] = (float) 1e30;\r
 232         min[1] = (float) 1e30;\r
 233         min[2] = (float) 1e30;\r
 234 \r
 235         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 236             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 237                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 238 \r
 239                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 240                     Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 241 \r
 242                     if (tmp.start[0] >= max[0]) {\r
 243                         max[0] = tmp.start[0];\r
 244                     }\r
 245 \r
 246                     if (tmp.start[1] >= max[1]) {\r
 247                         max[1] = tmp.start[1];\r
 248                     }\r
 249 \r
 250                     if (tmp.start[2] >= max[2]) {\r
 251                         max[2] = tmp.start[2];\r
 252                     }\r
 253 \r
 254                     if (tmp.start[0] <= min[0]) {\r
 255                         min[0] = tmp.start[0];\r
 256                     }\r
 257 \r
 258                     if (tmp.start[1] <= min[1]) {\r
 259                         min[1] = tmp.start[1];\r
 260                     }\r
 261 \r
 262                     if (tmp.start[2] <= min[2]) {\r
 263                         min[2] = tmp.start[2];\r
 264                     }\r
 265 \r
 266                     if (tmp.end[0] >= max[0]) {\r
 267                         max[0] = tmp.end[0];\r
 268                     }\r
 269 \r
 270                     if (tmp.end[1] >= max[1]) {\r
 271                         max[1] = tmp.end[1];\r
 272                     }\r
 273 \r
 274                     if (tmp.end[2] >= max[2]) {\r
 275                         max[2] = tmp.end[2];\r
 276                     }\r
 277 \r
 278                     if (tmp.end[0] <= min[0]) {\r
 279                         min[0] = tmp.end[0];\r
 280                     }\r
 281 \r
 282                     if (tmp.end[1] <= min[1]) {\r
 283                         min[1] = tmp.end[1];\r
 284                     }\r
 285 \r
 286                     if (tmp.end[2] <= min[2]) {\r
 287                         min[2] = tmp.end[2];\r
 288                     }\r
 289                 }\r
 290             }\r
 291         }\r
 292         /*\r
 293         System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);\r
 294         System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);\r
 295         System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);*/\r
 296 \r
 297         width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);\r
 298         width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);\r
 299         width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);\r
 300 \r
 301         maxwidth = width[0];\r
 302 \r
 303         if (width[1] > width[0]) {\r
 304             maxwidth = width[1];\r
 305         }\r
 306 \r
 307         if (width[2] > width[1]) {\r
 308             maxwidth = width[2];\r
 309         }\r
 310 \r
 311        // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);\r
 312     }\r
 313 \r
 314     public float findScale() {\r
 315         int dim;\r
 316         int width;\r
 317         int height;\r
 318 \r
 319         if (getWidth() != 0) {\r
 320             width = getWidth();\r
 321             height = getHeight();\r
 322         } else {\r
 323             width = prefsize.width;\r
 324             height = prefsize.height;\r
 325         }\r
 326 \r
 327         if (width < height) {\r
 328             dim = width;\r
 329         } else {\r
 330             dim = height;\r
 331         }\r
 332 \r
 333         return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));\r
 334     }\r
 335 \r
 336     public void findCentre() {\r
 337         float xtot = 0;\r
 338         float ytot = 0;\r
 339         float ztot = 0;\r
 340 \r
 341         int bsize = 0;\r
 342 \r
 343         //Find centre coordinate\r
 344         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 345             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 346                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 347 \r
 348                 bsize += bonds.size();\r
 349 \r
 350                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 351                     xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +\r
 352                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];\r
 353 \r
 354                     ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +\r
 355                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];\r
 356 \r
 357                     ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +\r
 358                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];\r
 359                 }\r
 360             }\r
 361         }\r
 362 \r
 363         centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);\r
 364         centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);\r
 365         centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);\r
 366     }\r
 367 \r
 368     public void paintComponent(Graphics g)\r
 369     {\r
 370       super.paintComponent(g);\r
 371 \r
 372       if(visiblebonds==null)\r
 373       {\r
 374         g.setColor(Color.black);\r
 375         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 376         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, getHeight()/2);\r
 377         return;\r
 378       }\r
 379 \r
 380 \r
 381         //Only create the image at the beginning -\r
 382         //this saves much memory usage\r
 383         if ((img == null)\r
 384             || (prefsize.width != getWidth())\r
 385             || (prefsize.height != getHeight()))\r
 386 \r
 387       {\r
 388             prefsize.width = getWidth();\r
 389             prefsize.height = getHeight();\r
 390 \r
 391             scale = findScale();\r
 392             img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);\r
 393             ig = img.getGraphics();\r
 394             Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;\r
 395 \r
 396             ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 397                                  RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 398 \r
 399             redrawneeded = true;\r
 400         }\r
 401 \r
 402 \r
 403         if (redrawneeded)\r
 404         {\r
 405           drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);\r
 406           redrawneeded = false;\r
 407         }\r
 408 \r
 409         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 410 \r
 411         pdbAction = false;\r
 412     }\r
 413 \r
 414     public void drawAll(Graphics g, int width, int height)\r
 415     {\r
 416       g.setColor(Color.black);\r
 417       g.fillRect(0, 0, width, height);\r
 418       drawScene(g);\r
 419       drawLabels(g);\r
 420     }\r
 421 \r
 422 \r
 423     public void updateSeqColours()\r
 424     {\r
 425       if(pdbAction)\r
 426       {\r
 427         return;\r
 428       }\r
 429 \r
 430      // System.out.println("update seq colours");\r
 431       if(bysequence && pdb!=null)\r
 432       {\r
 433         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 434         {\r
 435           colourBySequence( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii));\r
 436         }\r
 437       }\r
 438 \r
 439       redrawneeded=true;\r
 440       repaint();\r
 441     }\r
 442 \r
 443     int findTrueIndex(int pos)\r
 444     {\r
 445       // returns the alignment position for a residue\r
 446       int j = sequence.getStart();\r
 447       int i = 0;\r
 448 \r
 449       while ( (i < sequence.getLength()) && (j <= sequence.getEnd()) && (j <= pos+1))\r
 450       {\r
 451         if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence.getCharAt(i)))\r
 452         {\r
 453           j++;\r
 454         }\r
 455 \r
 456         i++;\r
 457       }\r
 458 \r
 459       if(i>1)\r
 460          i--;\r
 461 \r
 462       if ( (j == sequence.getEnd()) && (j < pos))\r
 463       {\r
 464         return sequence.getEnd() + 1;\r
 465       }\r
 466       else\r
 467       {\r
 468         return i;\r
 469       }\r
 470     }\r
 471 \r
 472     // This method has been taken out of PDBChain to allow\r
 473     // Applet and Application specific sequence renderers to be used\r
 474     void colourBySequence(PDBChain chain)\r
 475     {\r
 476      // System.out.println("colour by seq");\r
 477       for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)\r
 478       {\r
 479         Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);\r
 480         tmp.startCol = Color.lightGray;\r
 481         tmp.endCol = Color.lightGray;\r
 482 \r
 483         if(chain!=mainchain)\r
 484           continue;\r
 485 \r
 486         if ( (tmp.at1.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
 487             (tmp.at1.resNumber <= ( (chain.offset + chain.pdbend) - 1)))\r
 488         {\r
 489             int index = findTrueIndex(tmp.at1.alignmentMapping);\r
 490                 //sequence.findIndex(tmp.at1.alignmentMapping);\r
 491             if (index != -1)\r
 492             {\r
 493               tmp.startCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().\r
 494                   getResidueBoxColour( sequence, index);\r
 495               if(tmp.startCol==null)\r
 496                 tmp.startCol = Color.white;\r
 497 \r
 498               tmp.startCol = seqcanvas.getFeatureRenderer().\r
 499                   findFeatureColour(tmp.startCol, sequence, index);\r
 500             }\r
 501         }\r
 502 \r
 503         if ( (tmp.at2.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
 504             (tmp.at2.resNumber <= ( (chain.pdbend + chain.offset) - 1)))\r
 505         {\r
 506 \r
 507             int index =  findTrueIndex(tmp.at2.alignmentMapping);\r
 508                 //sequence.findIndex( tmp.at2.alignmentMapping );\r
 509             if (index != -1)\r
 510             {\r
 511               tmp.endCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().\r
 512                   getResidueBoxColour( sequence, index);\r
 513               if(tmp.endCol==null)\r
 514                 tmp.endCol = Color.white;\r
 515               tmp.endCol = seqcanvas.getFeatureRenderer().\r
 516                   findFeatureColour(tmp.endCol, sequence, index);\r
 517             }\r
 518         }\r
 519       }\r
 520     }\r
 521 \r
 522 \r
 523     public void drawScene(Graphics g)\r
 524     {\r
 525         if (zbuffer)\r
 526         {\r
 527             Zsort.Zsort(visiblebonds);\r
 528         }\r
 529 \r
 530         Bond tmpBond=null;\r
 531         for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)\r
 532         {\r
 533             tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);\r
 534 \r
 535             xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 536                 (getWidth() / 2));\r
 537             ystart = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 538                 (getHeight() / 2));\r
 539 \r
 540             xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 541                 (getWidth() / 2));\r
 542             yend = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 543                 (getHeight() / 2));\r
 544 \r
 545             xmid = (xend + xstart) / 2;\r
 546             ymid = (yend + ystart) / 2;\r
 547 \r
 548             if (depthcue && !bymolecule)\r
 549             {\r
 550                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 551                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());\r
 552                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 553                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());\r
 554                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 555                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 556                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker());\r
 557                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 558 \r
 559                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker());\r
 560                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 561                 } else {\r
 562                     g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 563                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 564 \r
 565                     g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 566                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 567                 }\r
 568             } else if (depthcue && bymolecule) {\r
 569                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 570                     g.setColor(Color.green.darker().darker());\r
 571                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 572                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 573                     g.setColor(Color.green.darker());\r
 574                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 575                 } else {\r
 576                     g.setColor(Color.green);\r
 577                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 578                 }\r
 579             } else if (!depthcue && !bymolecule) {\r
 580                 g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 581                 drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 582                 g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 583                 drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 584             } else {\r
 585                 drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 586             }\r
 587 \r
 588             if(highlightBond1!=null && highlightBond1==tmpBond)\r
 589             {\r
 590               g.setColor(tmpBond.endCol.brighter().brighter().brighter().brighter());\r
 591               drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 592             }\r
 593 \r
 594             if(highlightBond2!=null && highlightBond2==tmpBond)\r
 595             {\r
 596               g.setColor(tmpBond.startCol.brighter().brighter().brighter().brighter());\r
 597               drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 598             }\r
 599 \r
 600         }\r
 601 \r
 602 \r
 603     }\r
 604 \r
 605     public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2) {\r
 606         if (!wire) {\r
 607             if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5) {\r
 608                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 609                 g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);\r
 610                 g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);\r
 611             } else {\r
 612                 g.setColor(g.getColor().brighter());\r
 613                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 614                 g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);\r
 615                 g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);\r
 616             }\r
 617         } else {\r
 618             g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 619         }\r
 620     }\r
 621 \r
 622     public Dimension minimumsize() {\r
 623         return prefsize;\r
 624     }\r
 625 \r
 626     public Dimension preferredsize() {\r
 627         return prefsize;\r
 628     }\r
 629 \r
 630     public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 631     {\r
 632       if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)\r
 633       {\r
 634         scale = (float) (scale * 1.1);\r
 635         redrawneeded = true;\r
 636         repaint();\r
 637       }\r
 638       else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)\r
 639       {\r
 640         scale = (float) (scale * 0.9);\r
 641         redrawneeded = true;\r
 642         repaint();\r
 643       }\r
 644     }\r
 645 \r
 646     public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 647     {\r
 648         pdbAction = true;\r
 649         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 650         if(fatom!=null)\r
 651         {\r
 652           fatom.isSelected = !fatom.isSelected;\r
 653 \r
 654           redrawneeded = true;\r
 655           repaint();\r
 656           if (foundchain != -1)\r
 657           {\r
 658             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 659             if (chain == mainchain)\r
 660             {\r
 661               if (fatom.alignmentMapping != -1)\r
 662               {\r
 663                 if (highlightRes == null)\r
 664                   highlightRes = new Vector();\r
 665 \r
 666                 if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping+"" + ""))\r
 667                   highlightRes.remove(fatom.alignmentMapping + "");\r
 668                 else\r
 669                   highlightRes.add(fatom.alignmentMapping + "");\r
 670               }\r
 671             }\r
 672           }\r
 673 \r
 674         }\r
 675         mx = e.getX();\r
 676         my = e.getY();\r
 677         omx = mx;\r
 678         omy = my;\r
 679         dragging = false;\r
 680     }\r
 681 \r
 682     public void mouseMoved(MouseEvent e)\r
 683     {\r
 684       pdbAction = true;\r
 685       if(highlightBond1!=null)\r
 686       {\r
 687         highlightBond1.at2.isSelected = false;\r
 688         highlightBond2.at1.isSelected = false;\r
 689         highlightBond1 = null;\r
 690         highlightBond2 = null;\r
 691       }\r
 692 \r
 693         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 694 \r
 695         PDBChain chain = null;\r
 696         if(foundchain!=-1)\r
 697         {\r
 698           chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 699           if(chain == mainchain)\r
 700           {\r
 701             highlightSeqcanvas( fatom.alignmentMapping );\r
 702           }\r
 703         }\r
 704 \r
 705         if (fatom != null)\r
 706         {\r
 707             this.setToolTipText(chain.id+":"+ fatom.resNumber+" "+ fatom.resName);\r
 708         } else\r
 709         {\r
 710             highlightSeqcanvas( -1);\r
 711             this.setToolTipText(null);\r
 712         }\r
 713     }\r
 714 \r
 715 \r
 716     void highlightSeqcanvas(int pos)\r
 717     {\r
 718       int index = seqcanvas.getViewport().getAlignment().findIndex(sequence);\r
 719 \r
 720       int size = pos==-1?0:3;\r
 721 \r
 722       if(highlightRes!=null)\r
 723         size += highlightRes.size()*3;\r
 724 \r
 725       int [] array = new int[size];\r
 726       int i=0;\r
 727       if(highlightRes!=null)\r
 728       {\r
 729         for (i = 0; i < highlightRes.size(); i++)\r
 730         {\r
 731           int a = Integer.parseInt(highlightRes.elementAt(\r
 732               i).toString())+1;\r
 733           array[i * 3] = index;\r
 734           array[ (i * 3) + 1] = a;\r
 735           array[ (i * 3) + 2] = a;\r
 736         }\r
 737       }\r
 738 \r
 739       if(pos!=-1)\r
 740       {\r
 741         array[i * 3] = index;\r
 742         array[i * 3 + 1] = pos+1;\r
 743         array[i * 3 + 2] = pos+1;\r
 744       }\r
 745 \r
 746       seqcanvas.highlightSearchResults(array);\r
 747     }\r
 748 \r
 749 \r
 750     public void mouseClicked(MouseEvent e)  { }\r
 751 \r
 752     public void mouseEntered(MouseEvent e) {  }\r
 753 \r
 754     public void mouseExited(MouseEvent e) { }\r
 755 \r
 756     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 757     {\r
 758         int x = evt.getX();\r
 759         int y = evt.getY();\r
 760         mx = x;\r
 761         my = y;\r
 762 \r
 763 \r
 764         MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
 765         objmat.setIdentity();\r
 766 \r
 767         if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0) {\r
 768             objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));\r
 769         } else {\r
 770             objmat.rotatex((float) ((my - omy)));\r
 771             objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));\r
 772         }\r
 773 \r
 774         //Alter the bonds\r
 775         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 776             Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 777 \r
 778             for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 779                 Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 780 \r
 781                 //Translate the bond so the centre is 0,0,0\r
 782                 tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);\r
 783 \r
 784                 //Now apply the rotation matrix\r
 785                 tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);\r
 786                 tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);\r
 787 \r
 788                 //Now translate back again\r
 789                 tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);\r
 790             }\r
 791         }\r
 792 \r
 793         objmat = null;\r
 794 \r
 795         omx = mx;\r
 796         omy = my;\r
 797 \r
 798         dragging = true;\r
 799 \r
 800         redrawneeded = true;\r
 801 \r
 802         repaint();\r
 803     }\r
 804 \r
 805     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 806     {\r
 807         dragging = false;\r
 808         return;\r
 809     }\r
 810 \r
 811     void drawLabels(Graphics g) {\r
 812 \r
 813         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 814         {\r
 815             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 816 \r
 817             if (chain.isVisible)\r
 818             {\r
 819               Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 820 \r
 821               for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 822               {\r
 823                   Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 824 \r
 825                   if (tmpBond.at1.isSelected)\r
 826                   {\r
 827                       labelAtom(g, tmpBond, 1);\r
 828                   }\r
 829 \r
 830                   if (tmpBond.at2.isSelected)\r
 831                   {\r
 832 \r
 833                       labelAtom(g, tmpBond, 2);\r
 834                   }\r
 835                 }\r
 836             }\r
 837         }\r
 838     }\r
 839 \r
 840     public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n) {\r
 841         g.setFont(font);\r
 842         g.setColor(Color.red);\r
 843         if (n == 1)\r
 844         {\r
 845             int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 846                 (getWidth() / 2));\r
 847             int ystart = (int) (((b.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 848                 (getHeight() / 2));\r
 849 \r
 850             g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);\r
 851         }\r
 852 \r
 853         if (n == 2) {\r
 854             int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 855                 (getWidth() / 2));\r
 856             int ystart = (int) (((b.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 857                 (getHeight() / 2));\r
 858 \r
 859             g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);\r
 860         }\r
 861     }\r
 862 \r
 863     int foundchain = -1;\r
 864     public Atom findAtom(int x, int y) {\r
 865         Atom fatom = null;\r
 866 \r
 867         foundchain = -1;\r
 868 \r
 869         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 870         {\r
 871             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 872             int truex;\r
 873             Bond tmpBond=null;\r
 874 \r
 875             if (chain.isVisible)\r
 876             {\r
 877                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 878 \r
 879                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 880                 {\r
 881                     tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 882 \r
 883                     truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 884                         (getWidth() / 2));\r
 885 \r
 886                     if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
 887                     {\r
 888                         int truey = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 889                             (getHeight() / 2));\r
 890 \r
 891                         if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 892                         {\r
 893                             fatom = tmpBond.at1;\r
 894                             foundchain = ii;\r
 895                             break;\r
 896                         }\r
 897                     }\r
 898                 }\r
 899 \r
 900                 // Still here? Maybe its the last bond\r
 901 \r
 902                 truex = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 903                                (getWidth() / 2));\r
 904 \r
 905                 if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
 906                 {\r
 907                   int truey = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 908                                      (getHeight() / 2));\r
 909 \r
 910                   if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 911                   {\r
 912                     fatom = tmpBond.at2;\r
 913                     foundchain = ii;\r
 914                     break;\r
 915                   }\r
 916                 }\r
 917 \r
 918             }\r
 919 \r
 920             if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)\r
 921              {\r
 922                 chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 923             }\r
 924         }\r
 925 \r
 926         return fatom;\r
 927     }\r
 928 \r
 929    Bond highlightBond1, highlightBond2;\r
 930    public void highlightRes(int ii)\r
 931   {\r
 932 \r
 933     if (highlightRes != null\r
 934         && highlightRes.contains((ii-1) + ""))\r
 935     {\r
 936       return;\r
 937     }\r
 938 \r
 939     int index = -1;\r
 940     Bond tmpBond;\r
 941     for(index=0; index<mainchain.bonds.size(); index++)\r
 942     {\r
 943       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
 944       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)\r
 945       {\r
 946         if (highlightBond1 != null)\r
 947           highlightBond1.at2.isSelected = false;\r
 948 \r
 949         if (highlightBond2 != null)\r
 950           highlightBond2.at1.isSelected = false;\r
 951 \r
 952         highlightBond1 = null;\r
 953         highlightBond2 = null;\r
 954 \r
 955         if (index > 0)\r
 956         {\r
 957           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);\r
 958           highlightBond1.at2.isSelected = true;\r
 959         }\r
 960 \r
 961         if (index != mainchain.bonds.size())\r
 962         {\r
 963           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
 964           highlightBond2.at1.isSelected = true;\r
 965         }\r
 966 \r
 967         break;\r
 968       }\r
 969     }\r
 970 \r
 971     redrawneeded = true;\r
 972     repaint();\r
 973   }\r
 974 \r
 975     public void setAllchainsVisible(boolean b)\r
 976     {\r
 977       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 978       {\r
 979         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 980         chain.isVisible = b;\r
 981       }\r
 982       mainchain.isVisible = true;\r
 983       findCentre();\r
 984       setupBonds();\r
 985     }\r
 986 }\r