src/MCview/PDBViewer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package MCview;
  20
  21 import java.io.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25 import javax.swing.*;
  26 import java.util.BitSet;
  27
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.gui.*;
  30 import jalview.io.*;
  31 import jalview.schemes.*;
  32
  33 import org.jmol.api.*;
  34 import org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter;
  35 import org.jmol.util.Logger;
  36 import org.jmol.popup.*;
  37
  38 public class PDBViewer
  39     extends JInternalFrame implements Runnable
  40 {
  41   PDBEntry pdb;
  42   /**
  43    * The associated sequence in an alignment
  44    */
  45   Sequence sequence;
  46   PDBCanvas pdbcanvas;
  47   String tmpPDBFile;
  48
  49   public PDBViewer(PDBEntry entry,
  50                    Sequence seq,
  51                    SeqCanvas seqcanvas)
  52   {
  53    /* try
  54     {
  55       jbInit();
  56     }
  57     catch (Exception ex)
  58     {
  59       ex.printStackTrace();
  60     }
  61
  62     if (entry == null)
  63     {
  64       return;
  65     }
  66     pdb = entry;
  67     sequence = seq;
  68     pdbcanvas = new PDBCanvas(seqcanvas, sequence);
  69
  70     if (pdb.getFile() != null)
  71     {
  72       try
  73       {
  74         tmpPDBFile = pdb.getFile();
  75         PDBfile pdbfile = new PDBfile(tmpPDBFile,
  76                                       jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE);
  77         pdbcanvas.setPDBFile(pdbfile);
  78
  79       }
  80       catch (java.io.IOException ex)
  81       {
  82         ex.printStackTrace();
  83       }
  84     }
  85     else
  86     {
  87       Thread worker = new Thread(this);
  88       worker.start();
  89     }
  90
  91       public void run()
  92       {
  93         try
  94         {
  95           EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();
  96           String query = "pdb:" + pdb.getId();
  97           tmpPDBFile = ebi.fetchDataAsFile(query, "default", "raw").getAbsolutePath();
  98           if (tmpPDBFile != null)
  99           {
 100             PDBfile pdbfile = new PDBfile(tmpPDBFile,
 101                                           jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE);
 102             pdbcanvas.setPDBFile(pdbfile);
 103           }
 104           else
 105           {
 106             throw new Exception("Empty result for WSDbFetch Query: " + query);
 107           }
 108         }
 109         catch (Exception ex)
 110         {
 111           ex.printStackTrace();
 112           showErrorMessage("Failed to retrieve PDB structure.");
 113 //      this.dispose();
 114         }
 115       }
 116
 117
 118     setContentPane(pdbcanvas);
 119     StringBuffer title = new StringBuffer(sequence.getName() + ":" + pdb.getId());
 120     if (pdb.getProperty() != null)
 121     {
 122       if (pdb.getProperty().get("method") != null)
 123       {
 124         title.append(" Method: ");
 125         title.append(pdb.getProperty().get("method"));
 126       }
 127       if (pdb.getProperty().get("chains") != null)
 128       {
 129         title.append(" Chain:");
 130         title.append(pdb.getProperty().get("chains"));
 131       }
 132     }
 133     */
 134
 135      Container contentPane = getContentPane();
 136      JmolPanel jmolPanel = new JmolPanel();
 137      contentPane.add(jmolPanel);
 138
 139      JmolViewer viewer = jmolPanel.viewer;
 140
 141
 142      System.out.println(entry.getFile()+" "+entry.getId());
 143      viewer.openFile(entry.getFile());
 144
 145
 146      StringBuffer string = new StringBuffer();
 147
 148      for(int i=0; i<seq.getLength(); i++)
 149      {
 150        Color col = seqcanvas.getSequenceRenderer().getResidueBoxColour(seq, i);
 151
 152        string.append("select " + i + "B; color [" +
 153                      col.getRed()+","
 154                      +col.getGreen()+","
 155                      +col.getBlue()+"]; ");
 156      }
 157     System.out.println(string);
 158
 159     viewer.evalString(string.toString());
 160
 161
 162      String strError = viewer.getOpenFileError();
 163      if (strError != null)
 164        Logger.error(strError);
 165
 166
 167   //   Desktop.addInternalFrame(this,
 168    //                           seq.getName() + ":1GAQ"
 169    //                           , 400, 400);
 170
 171   }
 172
 173
 174
 175
 176   static class JmolPanel
 177       extends JPanel implements JmolSelectionListener
 178   {
 179     JmolViewer viewer;
 180     JmolAdapter adapter;
 181     JmolPanel()
 182     {
 183       adapter = new SmarterJmolAdapter(null);
 184       viewer = org.jmol.viewer.Viewer.allocateViewer(this, adapter);
 185       viewer.addSelectionListener(this);
 186
 187       MyStatusListener myStatusListener;
 188       myStatusListener = new MyStatusListener();
 189       viewer.setJmolStatusListener(myStatusListener);
 190
 191       JFrame frame = new JFrame("script window");
 192      // scriptWindow = new ScriptWindow(viewer, frame);
 193
 194       myStatusListener.jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer);
 195     }
 196      public ScriptWindow scriptWindow;
 197  class MyStatusListener implements JmolStatusListener
 198  {
 199
 200    JmolPopup jmolpopup ;
 201
 202
 203    public String eval(String strEval) {
 204      return "# 'eval' is implemented only for the applet.";
 205    }
 206
 207    public void createImage(String file, String type, int quality) {
 208    System.out.println("CREATE IMAGE");
 209      // ImageCreator c = new ImageCreator(viewer, status);
 210    //  c.createImage(file, type, quality);
 211    }
 212
 213    public void setCallbackFunction(String callbackType, String callbackFunction) {
 214      // applet only?
 215    }
 216
 217    public void notifyFileLoaded(String fullPathName, String fileName,
 218                                 String modelName, Object clientFile,
 219                                 String errorMsg) {
 220
 221    }
 222
 223    public void notifyFrameChanged(int frameNo) {
 224      // Note: twos-complement. To get actual frame number, use
 225      // Math.max(frameNo, -2 - frameNo)
 226      // -1 means all frames are now displayed
 227
 228      boolean isAnimationRunning = (frameNo <= -2);
 229
 230    }
 231
 232    public void notifyScriptStart(String statusMessage, String additionalInfo) {
 233      //System.out.println("notifyScriptStart:" + statusMessage + (additionalInfo == "" ? "" : additionalInfo));
 234    }
 235
 236    public void sendConsoleEcho(String strEcho) {
 237      if (scriptWindow != null)
 238        scriptWindow.sendConsoleEcho(strEcho);
 239    }
 240
 241    public void sendConsoleMessage(String strStatus) {
 242      if (scriptWindow != null)
 243        scriptWindow.sendConsoleMessage(strStatus);
 244    }
 245
 246    public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime) {
 247      if (scriptWindow != null)
 248        scriptWindow.notifyScriptTermination(strStatus, msWalltime);
 249    }
 250
 251    public void handlePopupMenu(int x, int y) {
 252      jmolpopup.show(x, y);
 253    }
 254
 255    public void notifyNewPickingModeMeasurement(int iatom, String strMeasure) {
 256      notifyAtomPicked(iatom, strMeasure);
 257    }
 258
 259    public void notifyNewDefaultModeMeasurement(int count, String strInfo) {
 260    //  measurementTable.updateTables();
 261    }
 262
 263    public void notifyAtomPicked(int atomIndex, String strInfo) {
 264
 265      System.out.println("ATOM PICKED "+atomIndex+" "+strInfo);
 266      if (scriptWindow != null) {
 267        scriptWindow.sendConsoleMessage(strInfo);
 268        scriptWindow.sendConsoleMessage("\n");
 269      }
 270    }
 271
 272    public void notifyAtomHovered(int atomIndex, String strInfo) {
 273 System.out.println("HOVER "+atomIndex+" "+strInfo);
 274    }
 275
 276    public void sendSyncScript(String script, String appletName) {
 277    }
 278
 279    public void showUrl(String url) {
 280    }
 281
 282    public void showConsole(boolean showConsole) {
 283      System.out.println("SHOW CONSOLE" +(scriptWindow==null));
 284      if (scriptWindow == null)
 285        return;
 286
 287      scriptWindow.setVisible(showConsole);
 288    }
 289
 290    public float functionXY(String functionName, int x, int y) {
 291      return 0;  // for user-defined isosurface functions (testing only -- bob hanson)
 292    }
 293
 294     }
 295
 296
 297     class ScriptWindowAction extends AbstractAction {
 298
 299       public ScriptWindowAction() {
 300         super("BLAH");
 301       }
 302
 303       public void actionPerformed(ActionEvent e) {
 304         if (scriptWindow != null)
 305         scriptWindow.show();
 306       }
 307     }
 308
 309     /**
 310      * Called when the selected atoms change
 311      * @param selection bit set giving selection of atom indexes
 312      */
 313     public void selectionChanged(BitSet selection)
 314     {
 315   System.out.println("SELECTION: "+selection);
 316     }
 317
 318
 319     public JmolSimpleViewer getViewer()
 320     {
 321       return viewer;
 322     }
 323
 324     final Dimension currentSize = new Dimension();
 325     final Rectangle rectClip = new Rectangle();
 326
 327     public void paint(Graphics g)
 328     {
 329
 330       getSize(currentSize);
 331       g.getClipBounds(rectClip);
 332       viewer.renderScreenImage(g, currentSize, rectClip);
 333     }
 334   }
 335
 336
 337   public void run()
 338   {
 339     try
 340     {
 341       EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();
 342       String query = "pdb:" + pdb.getId();
 343       tmpPDBFile = ebi.fetchDataAsFile(query, "default", "raw").getAbsolutePath();
 344       if (tmpPDBFile != null)
 345       {
 346         PDBfile pdbfile = new PDBfile(tmpPDBFile,
 347                                       jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE);
 348         pdbcanvas.setPDBFile(pdbfile);
 349       }
 350       else
 351       {
 352         throw new Exception("Empty result for WSDbFetch Query: " + query);
 353       }
 354     }
 355     catch (Exception ex)
 356     {
 357       ex.printStackTrace();
 358       showErrorMessage("Failed to retrieve PDB structure.");
 359 //      this.dispose();
 360     }
 361   }
 362
 363   private void jbInit()
 364       throws Exception
 365   {
 366     this.addKeyListener(new KeyAdapter()
 367     {
 368       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 369       {
 370         pdbcanvas.keyPressed(evt);
 371       }
 372     });
 373
 374     this.setJMenuBar(jMenuBar1);
 375     fileMenu.setText("File");
 376     coloursMenu.setText("Colours");
 377     saveMenu.setActionCommand("Save Image");
 378     saveMenu.setText("Save As");
 379     png.setText("PNG");
 380     png.addActionListener(new ActionListener()
 381     {
 382       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 383       {
 384         png_actionPerformed(e);
 385       }
 386     });
 387     eps.setText("EPS");
 388     eps.addActionListener(new ActionListener()
 389     {
 390       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 391       {
 392         eps_actionPerformed(e);
 393       }
 394     });
 395     mapping.setText("View Mapping");
 396     mapping.addActionListener(new ActionListener()
 397     {
 398       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 399       {
 400         mapping_actionPerformed(e);
 401       }
 402     });
 403     wire.setText("Wireframe");
 404     wire.addActionListener(new ActionListener()
 405     {
 406       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 407       {
 408         wire_actionPerformed(e);
 409       }
 410     });
 411     depth.setSelected(true);
 412     depth.setText("Depthcue");
 413     depth.addActionListener(new ActionListener()
 414     {
 415       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 416       {
 417         depth_actionPerformed(e);
 418       }
 419     });
 420     zbuffer.setSelected(true);
 421     zbuffer.setText("Z Buffering");
 422     zbuffer.addActionListener(new ActionListener()
 423     {
 424       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 425       {
 426         zbuffer_actionPerformed(e);
 427       }
 428     });
 429     charge.setText("Charge & Cysteine");
 430     charge.addActionListener(new ActionListener()
 431     {
 432       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 433       {
 434         charge_actionPerformed(e);
 435       }
 436     });
 437     chain.setText("By Chain");
 438     chain.addActionListener(new ActionListener()
 439     {
 440       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 441       {
 442         chain_actionPerformed(e);
 443       }
 444     });
 445     seqButton.setSelected(true);
 446     seqButton.setText("By Sequence");
 447     seqButton.addActionListener(new ActionListener()
 448     {
 449       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 450       {
 451         seqButton_actionPerformed(e);
 452       }
 453     });
 454     allchains.setSelected(true);
 455     allchains.setText("Show All Chains");
 456     allchains.addItemListener(new ItemListener()
 457     {
 458       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 459       {
 460         allchains_itemStateChanged(e);
 461       }
 462     });
 463     zappo.setText("Zappo");
 464     zappo.addActionListener(new ActionListener()
 465     {
 466       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 467       {
 468         zappo_actionPerformed(e);
 469       }
 470     });
 471     taylor.setText("Taylor");
 472     taylor.addActionListener(new ActionListener()
 473     {
 474       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 475       {
 476         taylor_actionPerformed(e);
 477       }
 478     });
 479     hydro.setText("Hydro");
 480     hydro.addActionListener(new ActionListener()
 481     {
 482       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 483       {
 484         hydro_actionPerformed(e);
 485       }
 486     });
 487     helix.setText("Helix");
 488     helix.addActionListener(new ActionListener()
 489     {
 490       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 491       {
 492         helix_actionPerformed(e);
 493       }
 494     });
 495     strand.setText("Strand");
 496     strand.addActionListener(new ActionListener()
 497     {
 498       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 499       {
 500         strand_actionPerformed(e);
 501       }
 502     });
 503     turn.setText("Turn");
 504     turn.addActionListener(new ActionListener()
 505     {
 506       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 507       {
 508         turn_actionPerformed(e);
 509       }
 510     });
 511     buried.setText("Buried");
 512     buried.addActionListener(new ActionListener()
 513     {
 514       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 515       {
 516         buried_actionPerformed(e);
 517       }
 518     });
 519     user.setText("User Defined...");
 520     user.addActionListener(new ActionListener()
 521     {
 522       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 523       {
 524         user_actionPerformed(e);
 525       }
 526     });
 527     viewMenu.setText("View");
 528     background.setText("Background Colour...");
 529     background.addActionListener(new ActionListener()
 530     {
 531       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 532       {
 533         background_actionPerformed(e);
 534       }
 535     });
 536     savePDB.setText("PDB File");
 537     savePDB.addActionListener(new ActionListener()
 538     {
 539       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 540       {
 541         savePDB_actionPerformed(e);
 542       }
 543     });
 544     jMenuBar1.add(fileMenu);
 545     jMenuBar1.add(coloursMenu);
 546     jMenuBar1.add(viewMenu);
 547     fileMenu.add(saveMenu);
 548     fileMenu.add(mapping);
 549     saveMenu.add(savePDB);
 550     saveMenu.add(png);
 551     saveMenu.add(eps);
 552     coloursMenu.add(seqButton);
 553     coloursMenu.add(chain);
 554     coloursMenu.add(charge);
 555     coloursMenu.add(zappo);
 556     coloursMenu.add(taylor);
 557     coloursMenu.add(hydro);
 558     coloursMenu.add(helix);
 559     coloursMenu.add(strand);
 560     coloursMenu.add(turn);
 561     coloursMenu.add(buried);
 562     coloursMenu.add(user);
 563     coloursMenu.add(background);
 564     ButtonGroup bg = new ButtonGroup();
 565     bg.add(seqButton);
 566     bg.add(chain);
 567     bg.add(charge);
 568     bg.add(zappo);
 569     bg.add(taylor);
 570     bg.add(hydro);
 571     bg.add(helix);
 572     bg.add(strand);
 573     bg.add(turn);
 574     bg.add(buried);
 575     bg.add(user);
 576
 577     if (jalview.gui.UserDefinedColours.getUserColourSchemes() != null)
 578     {
 579       java.util.Enumeration userColours = jalview.gui.UserDefinedColours.
 580           getUserColourSchemes().keys();
 581
 582       while (userColours.hasMoreElements())
 583       {
 584         final JRadioButtonMenuItem radioItem = new JRadioButtonMenuItem(
 585             userColours.
 586             nextElement().toString());
 587         radioItem.setName("USER_DEFINED");
 588         radioItem.addMouseListener(new MouseAdapter()
 589         {
 590           public void mousePressed(MouseEvent evt)
 591           {
 592             if (evt.isControlDown() || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 593             {
 594               radioItem.removeActionListener(radioItem.getActionListeners()[0]);
 595
 596               int option = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(jalview.gui.
 597                   Desktop.desktop,
 598                   "Remove from default list?",
 599                   "Remove user defined colour",
 600                   JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 601               if (option == JOptionPane.YES_OPTION)
 602               {
 603                 jalview.gui.UserDefinedColours.removeColourFromDefaults(
 604                     radioItem.getText());
 605                 coloursMenu.remove(radioItem);
 606               }
 607               else
 608               {
 609                 radioItem.addActionListener(new ActionListener()
 610                 {
 611                   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 612                   {
 613                     user_actionPerformed(evt);
 614                   }
 615                 });
 616               }
 617             }
 618           }
 619         });
 620         radioItem.addActionListener(new ActionListener()
 621         {
 622           public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 623           {
 624             user_actionPerformed(evt);
 625           }
 626         });
 627         coloursMenu.add(radioItem);
 628         bg.add(radioItem);
 629       }
 630     }
 631
 632     viewMenu.add(wire);
 633     viewMenu.add(depth);
 634     viewMenu.add(zbuffer);
 635     viewMenu.add(allchains);
 636   }
 637
 638   JMenuBar jMenuBar1 = new JMenuBar();
 639   JMenu fileMenu = new JMenu();
 640   JMenu coloursMenu = new JMenu();
 641   JMenu saveMenu = new JMenu();
 642   JMenuItem png = new JMenuItem();
 643   JMenuItem eps = new JMenuItem();
 644   JMenuItem mapping = new JMenuItem();
 645   JCheckBoxMenuItem wire = new JCheckBoxMenuItem();
 646   JCheckBoxMenuItem depth = new JCheckBoxMenuItem();
 647   JCheckBoxMenuItem zbuffer = new JCheckBoxMenuItem();
 648   JCheckBoxMenuItem allchains = new JCheckBoxMenuItem();
 649
 650   JRadioButtonMenuItem charge = new JRadioButtonMenuItem();
 651   JRadioButtonMenuItem chain = new JRadioButtonMenuItem();
 652   JRadioButtonMenuItem seqButton = new JRadioButtonMenuItem();
 653   JRadioButtonMenuItem hydro = new JRadioButtonMenuItem();
 654   JRadioButtonMenuItem taylor = new JRadioButtonMenuItem();
 655   JRadioButtonMenuItem zappo = new JRadioButtonMenuItem();
 656   JRadioButtonMenuItem user = new JRadioButtonMenuItem();
 657   JRadioButtonMenuItem buried = new JRadioButtonMenuItem();
 658   JRadioButtonMenuItem turn = new JRadioButtonMenuItem();
 659   JRadioButtonMenuItem strand = new JRadioButtonMenuItem();
 660   JRadioButtonMenuItem helix = new JRadioButtonMenuItem();
 661   JMenu viewMenu = new JMenu();
 662   JMenuItem background = new JMenuItem();
 663   JMenuItem savePDB = new JMenuItem();
 664
 665   /**
 666    * DOCUMENT ME!
 667    *
 668    * @param e DOCUMENT ME!
 669    */
 670   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 671   {
 672     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.EPS);
 673   }
 674
 675   /**
 676    * DOCUMENT ME!
 677    *
 678    * @param e DOCUMENT ME!
 679    */
 680   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 681   {
 682     makePDBImage(jalview.util.ImageMaker.PNG);
 683   }
 684
 685   void makePDBImage(int type)
 686   {
 687     int width = pdbcanvas.getWidth();
 688     int height = pdbcanvas.getHeight();
 689
 690     jalview.util.ImageMaker im;
 691
 692     if (type == jalview.util.ImageMaker.PNG)
 693     {
 694       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 695                                        jalview.util.ImageMaker.PNG,
 696                                        "Make PNG image from view",
 697                                        width, height,
 698                                        null, null);
 699     }
 700     else
 701     {
 702       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 703                                        jalview.util.ImageMaker.EPS,
 704                                        "Make EPS file from view",
 705                                        width, height,
 706                                        null, this.getTitle());
 707     }
 708
 709     if (im.getGraphics() != null)
 710     {
 711       pdbcanvas.drawAll(im.getGraphics(), width, height);
 712       im.writeImage();
 713     }
 714   }
 715
 716   public void charge_actionPerformed(ActionEvent e)
 717   {
 718     pdbcanvas.bysequence = false;
 719     pdbcanvas.pdb.setChargeColours();
 720     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 721     pdbcanvas.repaint();
 722   }
 723
 724   public void hydro_actionPerformed(ActionEvent e)
 725   {
 726     pdbcanvas.bysequence = false;
 727     pdbcanvas.pdb.setColours(new HydrophobicColourScheme());
 728     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 729     pdbcanvas.repaint();
 730   }
 731
 732   public void chain_actionPerformed(ActionEvent e)
 733   {
 734     pdbcanvas.bysequence = false;
 735     pdbcanvas.pdb.setChainColours();
 736     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 737     pdbcanvas.repaint();
 738   }
 739
 740   public void zbuffer_actionPerformed(ActionEvent e)
 741   {
 742     pdbcanvas.zbuffer = !pdbcanvas.zbuffer;
 743     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 744     pdbcanvas.repaint();
 745   }
 746
 747   public void molecule_actionPerformed(ActionEvent e)
 748   {
 749     pdbcanvas.bymolecule = !pdbcanvas.bymolecule;
 750     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 751     pdbcanvas.repaint();
 752   }
 753
 754   public void depth_actionPerformed(ActionEvent e)
 755   {
 756     pdbcanvas.depthcue = !pdbcanvas.depthcue;
 757     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 758     pdbcanvas.repaint();
 759   }
 760
 761   public void wire_actionPerformed(ActionEvent e)
 762   {
 763     pdbcanvas.wire = !pdbcanvas.wire;
 764     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 765     pdbcanvas.repaint();
 766   }
 767
 768   public void seqButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 769   {
 770     pdbcanvas.bysequence = true;
 771     pdbcanvas.updateSeqColours();
 772   }
 773
 774   public void mapping_actionPerformed(ActionEvent e)
 775   {
 776     jalview.gui.CutAndPasteTransfer cap = new jalview.gui.CutAndPasteTransfer();
 777   //  Desktop.addInternalFrame(cap, "PDB - Sequence Mapping", 550, 600);
 778     cap.setText(pdbcanvas.mappingDetails.toString());
 779   }
 780
 781   public void allchains_itemStateChanged(ItemEvent e)
 782   {
 783     pdbcanvas.setAllchainsVisible(allchains.getState());
 784   }
 785
 786   void showErrorMessage(String error)
 787   {
 788   //  JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 789   //                                        error, "PDB Viewer Error",
 790   //                                        JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 791   }
 792
 793   public void zappo_actionPerformed(ActionEvent e)
 794   {
 795     pdbcanvas.bysequence = false;
 796     pdbcanvas.pdb.setColours(new ZappoColourScheme());
 797     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 798     pdbcanvas.repaint();
 799   }
 800
 801   public void taylor_actionPerformed(ActionEvent e)
 802   {
 803     pdbcanvas.bysequence = false;
 804     pdbcanvas.pdb.setColours(new TaylorColourScheme());
 805     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 806     pdbcanvas.repaint();
 807   }
 808
 809   public void helix_actionPerformed(ActionEvent e)
 810   {
 811     pdbcanvas.bysequence = false;
 812     pdbcanvas.pdb.setColours(new HelixColourScheme());
 813     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 814     pdbcanvas.repaint();
 815   }
 816
 817   public void strand_actionPerformed(ActionEvent e)
 818   {
 819     pdbcanvas.bysequence = false;
 820     pdbcanvas.pdb.setColours(new StrandColourScheme());
 821     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 822     pdbcanvas.repaint();
 823   }
 824
 825   public void turn_actionPerformed(ActionEvent e)
 826   {
 827     pdbcanvas.bysequence = false;
 828     pdbcanvas.pdb.setColours(new TurnColourScheme());
 829     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 830     pdbcanvas.repaint();
 831   }
 832
 833   public void buried_actionPerformed(ActionEvent e)
 834   {
 835     pdbcanvas.bysequence = false;
 836     pdbcanvas.pdb.setColours(new BuriedColourScheme());
 837     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 838     pdbcanvas.repaint();
 839   }
 840
 841   public void user_actionPerformed(ActionEvent e)
 842   {
 843     if (e.getActionCommand().equals("User Defined..."))
 844     {
 845      // new UserDefinedColours(pdbcanvas, null);
 846     }
 847     else
 848     {
 849       UserColourScheme udc = (UserColourScheme) UserDefinedColours.
 850           getUserColourSchemes().get(e.getActionCommand());
 851
 852       pdbcanvas.pdb.setColours(udc);
 853       pdbcanvas.redrawneeded = true;
 854       pdbcanvas.repaint();
 855     }
 856   }
 857
 858   public void background_actionPerformed(ActionEvent e)
 859   {
 860     java.awt.Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 861                                                   "Select Background Colour",
 862                                                   pdbcanvas.backgroundColour);
 863
 864     if (col != null)
 865     {
 866       pdbcanvas.backgroundColour = col;
 867       pdbcanvas.redrawneeded = true;
 868       pdbcanvas.repaint();
 869     }
 870   }
 871
 872   public void savePDB_actionPerformed(ActionEvent e)
 873   {
 874     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 875         jalview.bin.Cache.getProperty(
 876             "LAST_DIRECTORY"));
 877
 878     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 879     chooser.setDialogTitle("Save PDB File");
 880     chooser.setToolTipText("Save");
 881
 882     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 883
 884     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 885     {
 886       try
 887       {
 888         BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader(tmpPDBFile));
 889         File outFile = chooser.getSelectedFile();
 890
 891         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(outFile));
 892         String data;
 893         while ( (data = in.readLine()) != null)
 894         {
 895           if (
 896               ! (data.indexOf("<PRE>") > -1 || data.indexOf("</PRE>") > -1)
 897               )
 898           {
 899             out.println(data);
 900           }
 901         }
 902         out.close();
 903       }
 904       catch (Exception ex)
 905       {
 906         ex.printStackTrace();
 907       }
 908     }
 909   }
 910 }