src/MCview/PDBfile.java

   1 /*
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 *
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 * of the License, or (at your option) any later version.
   9 *
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 * GNU General Public License for more details.
  14 *
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18 */
  19 package MCview;
  20
  21 import jalview.datamodel.*;
  22
  23 import java.io.*;
  24
  25 import java.util.*;
  26 import java.awt.Color;
  27
  28
  29 public class PDBfile extends jalview.io.AlignFile {
  30     public Vector chains;
  31     public String id;
  32
  33     public PDBfile(String inFile, String inType) throws IOException
  34     {
  35         super(inFile, inType);
  36     }
  37
  38     public String print()
  39     {
  40       return null;
  41     }
  42
  43     public void parse() throws IOException
  44     {
  45         chains = new Vector();
  46
  47         PDBChain tmpchain;
  48         String line;
  49         boolean modelFlag = false;
  50         boolean terFlag = false;
  51
  52
  53         int index = 0;
  54         while((line = nextLine())!=null)
  55         {
  56            if (line.indexOf("HEADER") == 0)
  57            {
  58              id = line.substring(62, 67).trim();
  59              continue;
  60            }
  61
  62            if(line.indexOf("MODEL")==0)
  63              modelFlag = true;
  64
  65            if(line.indexOf("TER")==0)
  66              terFlag = true;
  67
  68            if(modelFlag && line.indexOf("ENDMDL")==0)
  69              break;
  70
  71            if (    line.indexOf("ATOM")==0
  72                || (line.indexOf("HETATM")==0 && !terFlag)
  73              )
  74             {
  75               terFlag = false;
  76
  77
  78               //Jalview is only interested in CA bonds????
  79               if (!line.substring(12, 15).trim().equals("CA"))
  80               {
  81                 continue;
  82               }
  83
  84               Atom tmpatom = new Atom(line);
  85               tmpchain = findChain(tmpatom.chain);
  86               if (tmpchain != null)
  87               {
  88                 tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
  89               }
  90               else
  91               {
  92                 tmpchain = new PDBChain(tmpatom.chain);
  93                 chains.addElement(tmpchain);
  94                 tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
  95               }
  96           }
  97           index ++;
  98         }
  99
 100        makeResidueList();
 101        makeCaBondList();
 102
 103        if(id==null)
 104        {
 105          id = inFile.getName();
 106        }
 107        for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 108        {
 109          SequenceI seq = ( (PDBChain) chains.elementAt(i)).
 110              sequence;
 111          seq.setName(id + "|" + seq.getName());
 112          Sequence dataset = new Sequence(seq.
 113              getName(),
 114              seq.getSequence().toString(), seq.getStart(), seq.getEnd());
 115
 116          PDBEntry entry = new PDBEntry();
 117          entry.setId(id);
 118          if(inFile!=null)
 119            entry.setFile(inFile.getAbsolutePath());
 120
 121          seq.setDatasetSequence(dataset);
 122          dataset.addPDBId(entry);
 123
 124          getSeqs().addElement(seq);
 125        }
 126     }
 127
 128     public void makeResidueList() {
 129         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {
 130             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeResidueList();
 131         }
 132     }
 133
 134     public void makeCaBondList() {
 135         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {
 136             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeCaBondList();
 137         }
 138     }
 139
 140     public PDBChain findChain(String id) {
 141         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {
 142             if (((PDBChain) chains.elementAt(i)).id.equals(id)) {
 143                 return (PDBChain) chains.elementAt(i);
 144             }
 145         }
 146
 147         return null;
 148     }
 149
 150     public void setChargeColours() {
 151         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {
 152             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChargeColours();
 153         }
 154     }
 155
 156     public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs) {
 157         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {
 158             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(cs);
 159         }
 160     }
 161
 162     public void setChainColours()
 163     {
 164        for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 165        {
 166             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(
 167                      Color.getHSBColor(1.0f / (float)i, .4f, 1.0f)
 168                 );
 169         }
 170     }
 171 }