src/MCview/PDBfile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 \r
  23 import java.net.*;\r
  24 \r
  25 import java.util.*;\r
  26 import java.awt.Color;\r
  27 \r
  28 \r
  29 public class PDBfile extends jalview.io.FileParse {\r
  30     public Vector chains = new Vector();\r
  31     Vector lineArray = new Vector();\r
  32     String id;\r
  33 \r
  34     public PDBfile(String[] lines) {\r
  35         for (int i = 0; i < lines.length; i++)\r
  36             lineArray.addElement(lines[i]);\r
  37 \r
  38         noLines = lineArray.size();\r
  39         parse();\r
  40     }\r
  41 \r
  42     public PDBfile(String inFile, String inType) throws IOException {\r
  43         super(inFile, inType);\r
  44 \r
  45         String line;\r
  46         this.lineArray = new Vector();\r
  47 \r
  48         BufferedReader dataIn;\r
  49 \r
  50         if (inType.equals("File")) {\r
  51             dataIn = new BufferedReader(new FileReader(inFile));\r
  52         }\r
  53         else if(inType.equals("Paste"))\r
  54         {\r
  55             dataIn = new BufferedReader(new StringReader(inFile));\r
  56         }\r
  57         else {\r
  58             URL url = new URL(inFile);\r
  59             this.fileSize = 0;\r
  60             dataIn = new BufferedReader(new InputStreamReader(url.openStream()));\r
  61         }\r
  62 \r
  63         while ((line = dataIn.readLine()) != null) {\r
  64             lineArray.addElement(line);\r
  65         }\r
  66 \r
  67         noLines = lineArray.size();\r
  68 \r
  69         parse();\r
  70     }\r
  71 \r
  72     public void parse()\r
  73     {\r
  74         PDBChain tmpchain;\r
  75         String line;\r
  76         boolean modelFlag = false;\r
  77         for (int i = 0; i < lineArray.size(); i++)\r
  78         {\r
  79 \r
  80            line = lineArray.elementAt(i).toString();\r
  81 \r
  82            if (line.indexOf("HEADER") == 0)\r
  83            {\r
  84              id = line.substring(62, 67).trim();\r
  85              continue;\r
  86            }\r
  87 \r
  88            if(line.indexOf("MODEL")==0)\r
  89              modelFlag = true;\r
  90 \r
  91            if(modelFlag && line.indexOf("ENDMDL")==0)\r
  92              break;\r
  93 \r
  94            if (line.indexOf("ATOM")==0 || line.indexOf("HETATM")==0 )\r
  95             {\r
  96                     try {\r
  97                         Atom tmpatom = new Atom(line);\r
  98 \r
  99                         //Jalview is only interested in CA bonds????\r
 100                         if(!tmpatom.name.equals("CA"))\r
 101                           continue;\r
 102 \r
 103                         tmpchain = findChain(tmpatom.chain);\r
 104                         if ( tmpchain != null)\r
 105                         {\r
 106                           tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);\r
 107                         }\r
 108                         else\r
 109                         {\r
 110                             tmpchain = new PDBChain(tmpatom.chain);\r
 111                             chains.addElement(tmpchain);\r
 112                             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);\r
 113                         }\r
 114                     } catch (NumberFormatException e) {\r
 115                         System.err.println("Caught" + e);\r
 116                         System.err.println("Record not added to PDB model:" +\r
 117                             lineArray.elementAt(i).toString());\r
 118                     }\r
 119                 }\r
 120         }\r
 121 \r
 122         makeResidueList();\r
 123         makeCaBondList();\r
 124     }\r
 125 \r
 126     public void makeResidueList() {\r
 127         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 128             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeResidueList();\r
 129         }\r
 130     }\r
 131 \r
 132     public void makeCaBondList() {\r
 133         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 134             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeCaBondList();\r
 135         }\r
 136     }\r
 137 \r
 138     public PDBChain findChain(String id) {\r
 139         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 140             if (((PDBChain) chains.elementAt(i)).id.equals(id)) {\r
 141                 return (PDBChain) chains.elementAt(i);\r
 142             }\r
 143         }\r
 144 \r
 145         return null;\r
 146     }\r
 147 \r
 148     public void setChargeColours() {\r
 149         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 150             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChargeColours();\r
 151         }\r
 152     }\r
 153 \r
 154     public void setHydrophobicityColours() {\r
 155         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 156             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setHydrophobicityColours();\r
 157         }\r
 158     }\r
 159 \r
 160     public void setChainColours()\r
 161     {\r
 162        for (int i = 0; i < chains.size(); i++)\r
 163        {\r
 164             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(\r
 165                      Color.getHSBColor(1.0f / (float)i, .4f, 1.0f)\r
 166                 );\r
 167         }\r
 168     }\r
 169 }\r