src/MCview/PDBfile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 \r
  23 import java.net.*;\r
  24 \r
  25 import java.util.*;\r
  26 import java.awt.Color;\r
  27 \r
  28 \r
  29 public class PDBfile extends jalview.io.FileParse {\r
  30     public Vector chains = new Vector();\r
  31     Vector lineArray = new Vector();\r
  32     String id;\r
  33 \r
  34     public PDBfile(String[] lines) {\r
  35         for (int i = 0; i < lines.length; i++)\r
  36             lineArray.addElement(lines[i]);\r
  37 \r
  38         noLines = lineArray.size();\r
  39         parse();\r
  40     }\r
  41 \r
  42     public PDBfile(String inFile, String inType) throws IOException {\r
  43         super(inFile, inType);\r
  44 \r
  45         String line;\r
  46         this.lineArray = new Vector();\r
  47 \r
  48         BufferedReader dataIn;\r
  49 \r
  50         if (inType.equals("File")) {\r
  51             dataIn = new BufferedReader(new FileReader(inFile));\r
  52         }\r
  53         else if(inType.equals("Paste"))\r
  54         {\r
  55             dataIn = new BufferedReader(new StringReader(inFile));\r
  56         }\r
  57         else {\r
  58             URL url = new URL(inFile);\r
  59             this.fileSize = 0;\r
  60             dataIn = new BufferedReader(new InputStreamReader(url.openStream()));\r
  61         }\r
  62 \r
  63         while ((line = dataIn.readLine()) != null) {\r
  64             lineArray.addElement(line);\r
  65         }\r
  66 \r
  67         noLines = lineArray.size();\r
  68 \r
  69         parse();\r
  70     }\r
  71 \r
  72     public void parse()\r
  73     {\r
  74         String line;\r
  75         for (int i = 0; i < lineArray.size(); i++)\r
  76         {\r
  77 \r
  78            line = lineArray.elementAt(i).toString();\r
  79 \r
  80            if (line.indexOf("HEADER") == 0)\r
  81            {\r
  82              id = line.substring(62, 67).trim();\r
  83              continue;\r
  84            }\r
  85 \r
  86                 if (line.indexOf("ATOM") == 0) {\r
  87                     try {\r
  88                         Atom tmpatom = new Atom(line);\r
  89 \r
  90                         if (findChain(tmpatom.chain) != null)\r
  91                         {\r
  92                             findChain(tmpatom.chain).atoms.addElement(tmpatom);\r
  93                         } else\r
  94                         {\r
  95                             PDBChain tmpchain = new PDBChain(tmpatom.chain);\r
  96                             chains.addElement(tmpchain);\r
  97                             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);\r
  98                         }\r
  99                     } catch (NumberFormatException e) {\r
 100                         System.err.println("Caught" + e);\r
 101                         System.err.println("Record not added to PDB model:" +\r
 102                             lineArray.elementAt(i).toString());\r
 103                     }\r
 104                 }\r
 105         }\r
 106 \r
 107         makeResidueList();\r
 108         makeCaBondList();\r
 109     }\r
 110 \r
 111     public void makeResidueList() {\r
 112         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 113             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeResidueList();\r
 114         }\r
 115     }\r
 116 \r
 117     public void makeCaBondList() {\r
 118         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 119             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeCaBondList();\r
 120         }\r
 121     }\r
 122 \r
 123     public PDBChain findChain(String id) {\r
 124         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 125             if (((PDBChain) chains.elementAt(i)).id.equals(id)) {\r
 126                 return (PDBChain) chains.elementAt(i);\r
 127             }\r
 128         }\r
 129 \r
 130         return null;\r
 131     }\r
 132 \r
 133     public void setChargeColours() {\r
 134         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 135             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChargeColours();\r
 136         }\r
 137     }\r
 138 \r
 139     public void setHydrophobicityColours() {\r
 140         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 141             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setHydrophobicityColours();\r
 142         }\r
 143     }\r
 144 \r
 145     public void setChainColours()\r
 146     {\r
 147        for (int i = 0; i < chains.size(); i++)\r
 148        {\r
 149             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(\r
 150                      Color.getHSBColor(1.0f / (float)i, .4f, 1.0f)\r
 151                 );\r
 152         }\r
 153     }\r
 154 }\r