src/MCview/PDBfile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 \r
  23 import java.net.*;\r
  24 \r
  25 import java.util.*;\r
  26 \r
  27 \r
  28 public class PDBfile extends jalview.io.FileParse {\r
  29     public Vector chains = new Vector();\r
  30     Vector lineArray = new Vector();\r
  31 \r
  32     public PDBfile(String[] lines) {\r
  33         for (int i = 0; i < lines.length; i++)\r
  34             lineArray.addElement(lines[i]);\r
  35 \r
  36         noLines = lineArray.size();\r
  37         parse();\r
  38     }\r
  39 \r
  40     public PDBfile(String inFile, String inType) throws IOException {\r
  41         super(inFile, inType);\r
  42 \r
  43         String line;\r
  44         this.lineArray = new Vector();\r
  45 \r
  46         BufferedReader dataIn;\r
  47 \r
  48         if (inType.equals("File")) {\r
  49             dataIn = new BufferedReader(new FileReader(inFile));\r
  50         }\r
  51         else {\r
  52             URL url = new URL(inFile);\r
  53             this.fileSize = 0;\r
  54             dataIn = new BufferedReader(new InputStreamReader(url.openStream()));\r
  55         }\r
  56 \r
  57         while ((line = dataIn.readLine()) != null) {\r
  58             lineArray.addElement(line);\r
  59         }\r
  60 \r
  61         noLines = lineArray.size();\r
  62 \r
  63         parse();\r
  64     }\r
  65 \r
  66     public void parse() {\r
  67         for (int i = 0; i < lineArray.size(); i++) {\r
  68             StringTokenizer str = new StringTokenizer(lineArray.elementAt(i)\r
  69                                                                .toString());\r
  70 \r
  71             if (str.hasMoreTokens()) {\r
  72                 String inStr = str.nextToken();\r
  73 \r
  74                 if (inStr.indexOf("ATOM") != -1) {\r
  75                     try {\r
  76                         myAtom tmpatom = new myAtom(str);\r
  77 \r
  78                         if (findChain(tmpatom.chain) != null) {\r
  79                             //   System.out.println("Adding to chain " + tmpatom.chain);\r
  80                             findChain(tmpatom.chain).atoms.addElement(tmpatom);\r
  81                         } else {\r
  82                             //  System.out.println("Making chain " + tmpatom.chain);\r
  83                             PDBChain tmpchain = new PDBChain(tmpatom.chain);\r
  84                             chains.addElement(tmpchain);\r
  85                             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);\r
  86                         }\r
  87                     } catch (NumberFormatException e) {\r
  88                         System.err.println("Caught" + e);\r
  89                         System.err.println("Record not added to PDB model:" +\r
  90                             lineArray.elementAt(i).toString());\r
  91                     }\r
  92                 }\r
  93             }\r
  94         }\r
  95 \r
  96         makeResidueList();\r
  97         makeCaBondList();\r
  98     }\r
  99 \r
 100     public void makeResidueList() {\r
 101         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 102             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeResidueList();\r
 103         }\r
 104     }\r
 105 \r
 106     public void makeCaBondList() {\r
 107         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 108             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeCaBondList();\r
 109         }\r
 110     }\r
 111 \r
 112     public PDBChain findChain(String id) {\r
 113         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 114             // System.out.println("ID = " + id + " " +((PDBChain)chains.elementAt(i)).id);\r
 115             if (((PDBChain) chains.elementAt(i)).id.equals(id)) {\r
 116                 return (PDBChain) chains.elementAt(i);\r
 117             }\r
 118         }\r
 119 \r
 120         return null;\r
 121     }\r
 122 \r
 123     public void setChargeColours() {\r
 124         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 125             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChargeColours();\r
 126         }\r
 127     }\r
 128 \r
 129     public void setHydrophobicityColours() {\r
 130         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 131             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setHydrophobicityColours();\r
 132         }\r
 133     }\r
 134 \r
 135     public void colourBySequence(jalview.gui.SequenceRenderer sr,\r
 136                                  jalview.gui.FeatureRenderer fr) {\r
 137             for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 138               ((PDBChain)chains.elementAt(i)).colourBySequence(sr,fr);\r
 139             }\r
 140     }\r
 141 \r
 142     public void setChainColours() {\r
 143         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 144             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours();\r
 145         }\r
 146     }\r
 147 }\r